5HR6A

X-ray crystal structure of c118a rlmn with cross-linked trna purified from escherichia coli
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
354
structure length
353
Chain Sequence
INLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDIDAAGQLAGDVIDRTKRTLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/rna
molecule keywords RlmN methylase
publication title Crystallographic capture of a radical S-adenosylmethionine enzyme in the act of modifying tRNA.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 131
structure length 353
sequence length 354
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2016-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5hr6A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5hr6A02
2B7QA 3SI9A 1TPH1 1KM1A 4R34A 3W1RA 2BWGA 1HL2A 1NAL1 3PY2A 4UTTC 2ZRWA 1LRTA 4M6VA 1D3HA 1QMLA 1ZENA 4HKPA 3TROA 3NQAA 2ZRYA 1HTIA 2B7OA 3W88A 3I7QA 3W2LA 4WD0A 1FCBA 1WV2A 2GQ9A 3G1XA 1PHQA 3L65A 1TPC1 3Q2DA 4X9SA 3LB0A 2R14A 4N6FA 3VE7A 4Y96A 1F6KA 1K8XA 1T96A 1G69A 4NZFA 4U4MA 1SZFA 2Y62A 3G1HA 3U8GA 3FFSA 3EXTA 3M7WA 3QSTA 4HNTA 5F2GA 2A4AA 2C3ZA 4I9AA 3L0NA 1OF6A 3QF0A 2H6RA 4MLRA 3O8AA 4ZQCA 3W84A 5F4XA 2DZTA 4TO8A 1W3IA 1KM3A 3F4WA 4M19A 5LKYA 2VXNA 1TPVA 2DZPA 4JDBA 1O94A 2XFWA 4WQ6A 3HF3A 1H60A 4G1KA 4Q32A 2Z6IA 1ZAHA 5C6MA 3GDKA 1CI1A 1W8SA 1QDSA 3FA5A 2GQ8A 1ICPA 3QM3A 3S42A 3TMLA 4TMBA 2A1YA 3TNOA 3YPIA 3E02A 4JNMA 4X2RA 4JICA 1BWKA 1TB3A 2HMCA 4OE7A 2VELA 4WOZA 4LC8A 4JR5A 1GPWA 4BR1A 1WAUA 3P84A 4AVFA 1T0OA 2ZQ0A 3NG3A 1QPQA 1H51A 5I3HA 3LCIA 3O6YX 1SFJA 5TIMA 3NM1A 3W1AA 4KFPA 5G2IA 3CWNA 1YPFA 3A9IA 5G2WA 3TJXA 1OHLA 1OX6A 3W7HA 2EHHA 3WJXA 2V2CA 1RR2A 2DU2A 1KV5A 1OFOA 3DKJA 2C19A 2C16A 2QCHA 4ZVJA 1PE1A 1CW2A 1ALDA 5I3IA 3U2OA 3S9YA 1KM4A 2FB3A 2ZZ6A 5TBOA 2ZA2A 2H90A 2ZTKA 4YMZA 3MHUA 2NWRA 4IXXA 4R33A 5H2ZA 3KVMA 1A5CA 4DF0A 3LXCA 3E96A 1ME7A 4LRSA 3Q94A 1UUMA 3IEBA 3LOTA 2A6NA 2CZDA 4O1BA 3G3MA 3EB2A 4GBUA 3RU6A 1XCFA 3V75A 5FEWA 4MZ1A 3A22A 3U6WA 5BMXA 4LVFA 3BVJA 3GK0A 3MHFA 2Y7EA 4O1AA 2DZSA 1I2NA 1TRIA 4OT7A 4JTEA 3FKKA 1FUYA 2J9ZA 5F1UA 2YX0A 1DJNA 3MI3A 4H6KA 5FF2A 3IVSA 3BLEA 5CZTA 1YXCA 3MP3A 4LRTA 2V5LA 2J27A 5EPDA 4XTDA 5AC6A 4UUIA 1VLIA 5CSSA 1VH7A 4O10A 3B0UX 4OHQA 1JCYA 5DXXA 3G1VA 3L67A 3LHTA 3C61A 3RF9A 3HGSA 4Z1DA 3B04A 2B4GA 1ZAIA 2XN2A 3OG3A 3QPZA 5HUOA 1IGSA 2DJXA 4JTLA 1EB3A 3GVGA 1P4CA 5DBUA 5C5YA 2Y6ZA 4EF8A 4IMGA 5U7SA 3CT7A 2WNNA 1NVMA 2GOUA 1PHWA 1B4KA 4MZYA 4O1DA 1B9BA 3TV8A 1RQEA 1W0MA 4WY0F 3CIXA 2PRHA 4UFLA 2GUUA 3GX9A 1VZWA 2VFDA 3TR2A 3M43A 3SY5A 1LDCA 3M5YA 4OGZA 4CNPA 1G4PA 3INPA 5KZMA 3UZJA 2E1DA 2YYTA 5D03A 1QO5A 3TFCA 1OX4B 3DHDA 3P81A 2AQWA 3BARA 3L0GA 2VFIA 1W3TA 3W76A 3THQA 2ZCGA 1MEIA 3G1AA 1TTPA 5IBXC 2WJZA 2AAMA 2QAPA 5CGQA 3QMRA 3GXTA 3A23A 2QUUA 3W7MA 3W7EA 3BW3A 1JCMP 4JTTA 2CZ5A 2X1UA 1FWRA 3PSWA 4AF0A 2Y61A 1O95A 1OFRA 4JX6A 3MO7A 3EKLA 3BGJA 2CLEA 5HUPA 5EY5A 2E5BA 4NJKA 4IMEA 1QPRA 4NNCA 3IRDA 3H55A 4GC4A 1ZCOA 3NPXA 1VYPX 1F6PA 2V2HA 1GVFA 1JCXA 1SFLA 1GG0A 3HBLA 2DJLA 4RR4A 2A6LA 4JTGA 2QUTA 3KAOA 1IIHA 1EP2A 4UTIA 4BK9A 3LRKA 4UR7A 3S1WA 1SO6A 5DN1A 2I9EA 1GWJA 3NPWA 1S5WA 2V0TA 3KVJA 3MUXA 5AC8A 1RQBA 5G2HA 3HGRA 1FBAA 2OX1A 5AYXA 5FEZA 4AEOA 1NFBA 4OV4A 3E9AA 1W31A 1V5XA 4IXHA 1YXDA 2YW4A 4Q33A 1YTKA 3EWYA 4TMCA 4GFSA 1SW0A 4OBTA 1ZALA 3LX9A 3SZ8A 4FXRA 2DZXA 3NM3A 3NNTA 5SWUA 1B4EA 3IIVA 3W74A 3QMSA 5AYYA 5K4ZA 4NJGA 5E93A 4NQ1A 2FPYA 5G1YA 1G7VA 1FXQA 3BLIA 1UCWA 4A21A 2GJNA 4CNNA 1VQTA 3N34A 3S1XA 4O28A 1ICQA 2UV8G 2FJKA 5LHFA 3DFOA 2GJLA 1TSIA 4K8HA 1EP3A 4JX5A 4ADSA 1RZMA 3W23A 3S5NA 3TSBA 3BG9A 3LCFA 4MZ8A 1EPXA 1I2RA 2ZZ2A 3G1FA 4M6PA 5G1TA 2G97A 3W22A 3EWZA 4LVGA 1VGAA 3I7SA 1VRDA 4C1KA 1P5BA 4LWWA 5K9DA 2VEKA 1DQXA 1TV5A 3WK3A 3LLDA 4O50A 5HNRA 4CCDA 1AG1O 3KRZA 1PV8A 4Q4KA 1L9WA 3NPVA 1OX5A 1AMKA 4CNOA 3C4UA 4EWND 1S3HA 3MP4A 4AH7A 4LVBA 1J5TA 1EEPA 2BXVA 3N2MA 3LCGA 3S5ZA 2YFOA 2FB2A 3JR2A 3G22A 1VLWA 1OFDA 3L5LA 1Q6QA 2A21A 4LOCA 5DELA 3QW4B 5HWMA 1S5TA 3S1UA 4JTFA 3M9YA 4JDYA 1FDJA 3CHVA 4ZQRA 3SJ3A 3UZ5A 3G3DA 4BWLA 5LGZA 3W2MA 1FWSA 2NXIA 3O07A 3SW6A 5FF3A 1DKWA 4LT9A 1LLWA 4XBSA 1WXJA 3GR8A 5AHMA 4TX9A 5DCBA 3KHJA 3PM6A 4C1LA 4MY9A 1MEHA 3W86A 5LNVA 1VPXA 1TRDA 3DFPA 2CWNA 4UTMA 2YPIA 4ZQPA 2YR1A 3W73A 1JCNA 5BW6A 4DF1A 5EA9A 5T26A 4OU1A 3LHZA 3H54A 1XC4A 1TJPA 3NO5A 2JKEA 4FNQA 2H8ZA 2JGYA 1H7OA 4Z0SA 3W87A 3TK7A 5AFDA 4WX2A 3SSJA 2QCNA 1G4EA 2Y7GA 3GXNA 5HR7A 1GTHA 4XBKA 3TUUA 3IIOA 3DGRA 3UXAA 1PVNA 2Q3RA 4S1FA 2ZFAA 3LRLA 4PC8A 4BF9A 3OVQA 3LRMA 3PSVA 1EX5A 4JTHA 5J5DA 3W7RA 1RVGA 1K02A 1EIXA 1LOQA 3GYEA 3KXQA 2X2GA 3Q37A 4IMDA 1RPXA 2CLFA 3F1QA 3PS7A 3KOFA 4PL2A 2OT0A 3B03A 3TMQA 3RFAA 5FI8A 3TJLA 1QPNA 3IVUA 3RLUA 1X6UA 2WOQA 3NQ6A 5HWJA 4LVDA 3GDTA 4M5PA 4QISA 1JUEA 5BRBA 2A7RA 4KFOA 1VC4A 1Q6OA 3NQ8A 3HMJG 2BLEA 2Y63A 2NXHA 3P74A 3M5VA 4YCPA 1C8VA 3BG3A 1RQHA 3DFTA 2BTMA 4EF9A 2A7NA 2CW6A 1QPOA 1Z42A 1JUKA 1K8ZA 3QH2A 4JYFA 2FFCA 2C18A 1OVDA 3W75A 3UWWA 4UTKA 3EX2A 4K36A 3DI1A 3O6DA 4LUIA 5K9CA 3NR0A 1W37A 4DO5A 1TMHA 2FDSA 3I68A 3QZEA 1TO3A 1R46A 4JYEA 3UPBA 1NF7A 3L2IA 5A5WA 4JYDA 4NX5A 3E12A 1KM2A 2TRSA 3DI0A 3P80A 3GNDA 1Z41A 5KINA 3C2OA 4LUJA 4UNLA 4GUGA 2PRMA 1F2JA 4PEKA 4R53A 1W5QA 4A22A 3VNDA 1GTEA 1LRQA 3M0ZA 4K7YA 3CTLA 4FEZA 4UFMA 1KM6A 5D32A 4UMAA 2HTMA 2R94A 3EXSA 1T8XA 1N7KA 1GVQA 2FLIA 3OEXA 3ABSA 1KA9F 3L9CA 2W79A 3DBPA 4UR8A 3QW3A 1N8FA 2ZDRA 2E77A 1VHCA 4NXKA 4RK8A 3C6CA 1KTBA 5CPMA 1JUBA 3NPUA 3MI2A 1LBMA 1SZEA 2PE4A 4AHPA 2V9DA 4K7VA 4KFNA 3CPRA 2I1OA 3TW7A 2X1SA 3IGUA 3UD6A 4WXYA 3GB6A 3EWUA 1C29A 3MBFA 3Q58A 3DFSA 1G67A 2NUXA 1TV8A 4Y9AA 3STEA 4QIUA 3NQDA 1M7OA 3IIPA 4KKXA 3W2NA 4WXZA 5H91A 4XQ6A 2ALDA 3VKJA 3TKFA 1FY6A 1O4UA 2WKJA 1YXYA 3K30A 3NQFA 3CEUA 3C0JA 1XBXA 4NXSA 5TQLA 2HS8A 3NL6A 4CQAA 5MHBA 4IGHA 4TU1A 3C56A 5DXYA 1B57A 4PL1A 3GKAA 1FDYA 2R8WA 4N9DA 4IX0A 4I7VA 1SPQA 4LC6A 1KW1A 3HPSA 1M7PA 4O4VA 3T7VA 3GKFA 1GVOA 4FX8A 3TA6A 2E6FA 3LTYA 3W1XA 4DQWA 2QCMA 2XN0A 1QR7A 4UTUA 2JBMA 2E5CA 2YZRA 4TIMA 3SIZA 3T78A 4JEQA 3TC7A 2Y85A 1BWLA 3NGJA 4O52A 3W1MA 3NL5A 3W83A 1X7FA 2OZ0A 5BOOA 3LHYA 5I3KA 3W70A 4HIBA 1OFEA 3NZ1A 1X1ZA 3TU9A 1NEYA 3MYPA 1FCQA 5HJLA 4QNEA 2FIQA 3LHUA 2LLEA 2C1HA 4GUHA 2ISWA 4YCOA 2X16A 3CM4A 4LTSA 3GR7A 3RMJA 1ONRA 3G1DA 4Y6GA 1H63A 4L4MA 3TFXA 1IF2A 5LNUA 3ZFHA 5AHFA 4O15A 2VFEA 2YYUA 4FXSA 1TCDA 4PFMA 2R91A 1H50A 1S5VA 1H7NA 1Q45A 1FCUA 5A8GA 1PIIA 4UFHA 5AHEA 1QOPA 1TTIA 5AN7A 3M44A 1JCJA 2ZA3A 2CLOA 2A2IA 4MY8A 5ABTA 3NXFA 1TQXA 2X30A 3IIZA 1OFBA 4JIQA 1FWWA 2J6XA 3MWAA 1MXSA 1HO1A 2JK2A 4BI5A 4BWLC 2C0AA 4MPQA 4RKAA 4Y8FA 3MHGA 3TQVA 2BX7A 3PBYA 1YTDA 1A50A 3LCHA 1KLYA 2WSRA 5DY2A 3WJYA 1VYSX 2XN1A 4MUZA 3F03K 5D2YA 1GQNA 5AOUA 3M41A 5CSRA 4LY8A 4MOZA 2A7PA 4MLJA 1JJKA 3W71A 4A2SA 4EVZA 2J9XA 3QJAA 1TREA 1VCVA 3PR2A 4RXFA 4XWUA 2TPSA 4E2DA 1O60A 3EXRA 5EKYA 1R2SA 4XKYA 2VC6A 3DXIA 2WPBA 4DXVA 3NQVA 1UJPA 2YFNA 1VS1A 3L5MA 1GG1A 3FKRA 3FOKA 3S5YA 5F4SA 4IJBA 4NVTA 2ZZ1A 4FB7A 3OBKA 1XFBA 1LCOA 3PBVA 4AWUA 1GJPA 1SR9A 4E38A 5D2VA 5C2XA 3SR7A 4NX0A 2Q3OA 3VE9A 1KM5A 3NDOA 3G24A 3RLVA 1K7FA 3R5EA 5G5IA 2QCEA 1LBFA 2NXGA 3VCRA 3LM7A 5FEXA 3LCLA 3IVTA 3W1NA 4JGDA 3WJZA 1I8JA 1LLZA 1RD5A 3GXPA 3NEVA 4R7JA 3N14A 3W7CA 1JCLA 3IIXA 1TQJA 3KRSA 3BG5A 3HGJA 4JTJA 1A53A 1DL3A 3LBMA 1QFEA 5D2XA 2VEIA 3TQ0A 1V7YA 1FX6A 2YW3A 4ML9A 2GVLA 1G4SA 4MYAA 2G96A 3OHIA 2DZUA 5F2MA 3SGZA 3LI1A 5G4WA 4RZ6A 1QO2A 3GNNA 2P1FA 4AXKA 3UY7A 4K8EA 1KBJA 3PULA 4UFKA 3NQ7A 2A0NA 1YPIA 4P2VA 5L6UA 4MY1A 1XL9A 3HG4A 4QSHA 3WK1A 5CZJA 3I6RA 3C8FA 2YGYA 5KTLA 3TXVA 4I7UA 4FNPA 3NQEA 2ZYFA 4RV8A 4A2RA 4J9JA 2ZRXA 2Y7FA 2CLLA 1K3UA 4LS0A 2E09A 2H8XA 3BW2A 3BK0A 3G18A 3FIGA 1HUVA 1ME8A 2CLIA 1G7UA 2WO5A 2NUWA 4OV9A 3W2UA 3C3NA 3R12A 1SW7A 3SFKA 5KZEA 1QCWA 4H3DA 1J2WA 3FYOA 3MI6A 1L6SA 2JKAA 3W7GA 3C2RA 3W07A 3TAOA 2JKPA 2WQPA 1C9DA 2NZLA 4O11A 3G1SA 3UYCA 2QKFA 3T44A 3G8RA 2GVGA 3LERA 4MYXA 4WY0A 1F73A 3CQ0A 1LTDA 2YDAA 2QJHA 3BV4A 4ORIA 2YSWA 1SSGA 1B3OA 4POCA 4E0CA 3UPWA 4ZZ9A 3W7KA 3TX9A 4UFIA 3HO8A 1GYLA 5I3FA 4L4LA 5D04C 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B7Q A;  4Q4Q A;  1TPH 1;  4R34 A;  1BRL A;  3W1R A;  5TD4 A;  2HVN A;  2BWG A;  1NAL 1;  2Z1K A;  3GQY A;  4GI9 A;  2UVR A;  1XF0 A;  5KET A;  4W7U A;  1L8O A;  1FIQ A;  1X42 A;  5L1J A;  1D3H A;  5I02 A;  2B7O A;  3MAN A;  3WQW A;  3R0K A;  2RUS A;  3POC A;  1WV2 A;  5XIN A;  2LMR A;  3G1X A;  3KCL A;  3L65 A;  1Q2S A;  2XH4 A;  3QEA Z;  2M9N A;  3GY1 A;  3M6Z A;  2F6K A;  1KQY A;  4N6F A;  4JN8 A;  2Z7J A;  3EWA A;  4D6E A;  1LT7 A;  3CYJ A;  2OYL A;  2BQU A;  1TZ9 A;  3G1H A;  3M7W A;  1H0I A;  3VGE A;  5E9X A;  4HNT A;  1WO2 A;  2A4A A;  2EG8 A;  3RH6 A;  3L0N A;  4IIE A;  1NQ6 A;  4Y8E A;  1GVI A;  3G6X A;  2K4E A;  5HP4 A;  1SL2 A;  1GOQ A;  4Q8V A;  2OZ3 A;  1E9Z B;  1KFD A;  3NDY A;  4D6J A;  4DQQ A;  4JDB A;  3VD9 A;  1US0 A;  4GQ0 A;  1DJI A;  3QHO A;  5KFO A;  5C6M A;  4G5D A;  1ZAH A;  4V33 A;  1UIP A;  5AI5 A;  3WH6 A;  5I03 A;  3VAV A;  3TNO A;  3YPI A;  1OW5 A;  1QUM A;  4X2R A;  1Y88 A;  4JIC A;  4NM2 A;  1XYA A;  2UVW A;  4R85 A;  4RNJ A;  4HOX A;  2GLE A;  1BWK A;  5REQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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