5HRPA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124t mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrpA00
1XI1A 3VA0A 2Z1IA 3V9ZA 4CE9A 5HRSA 1U45A 3SV4A 5HRPA 2QKKA 3HP6A 4QCLA 3DM2A 4F3TA 4H4MA 3RMCA 3VQEA 4E7LA 1TGOA 1VSDA 1EXQA 4BE1A 4Z4EA 3HSTB 1CZBA 2HW3A 4FZZA 4RW4A 1S9EA 5C42A 4DQQA 1RDBA 1JLGA 3DYAA 4O0JA 4CIEA 4C8LA 4DQIA 3K58A 4F2SA 4M42A 4M3ZA 3OYAA 3TAEA 1HYZA 4CK1A 3MXMA 1F21A 3DI6A 3HVTA 4N5SA 4FK2A 1CLQA 1KFDA 1QS4A 2VG6A 3NDKA 4OKEA 3QNOA 3P1GA 5FRMA 2KQ2A 3LZJA 1KTQA 2FBXA 1DLOA 3BGRA 4CEAA 5DMRA 1Q9YA 4FZXC 1HNVA 1MU2A 4CJFA 1NOYA 4CJSA 1IKYA 3K57A 3DLBA 3KLEA 1LW0A 1N5YA 4FK4A 3OYLA 3IS9A 3ZT2A 1L3VA 3TAFA 1EKEA 2BGGA 4YFUA 1JLQA 3HL8A 3KK2A 3V81A 4YNQA 1CXQA 3E01A 4CJ5A 2O4IA 4JS4A 4OLAA 2FBVA 3ALYA 4BE2A 4Y1DA 4DTNA 1BI4B 2DFEA 3KLGA 4CFBA 3CM6A 4KV8A 3DRSA 4H8KA 3PV8A 4FJ7A 4KPYA 4O55A 4M3XA 2OPQA 3VA3A 3VN5A 3SQ0A 4RW7A 3ZSWA 1NK5A 4OVLA 1ZBIA 3G10A 1RT7A 4BDZA 4KFBA 1TV6A 4DSLA 4ZHRA 1ASUA 4W5OA 4F3OA 3F73A 1NK6A 2G8FA 1SKWA 2P51A 4CF0A 4AHSA 4N56A 1Z25A 4OGEA 1U47A 1XHXA 4B9LA 3D0PA 2XY5A 1YTAA 2QK9A 1JLFA 5I42A 4F4KA 2YHBA 3S3OA 5KTQA 4OPKA 3OYIA 2ZE2A 3S9HA 4Z4IA 3RWUA 4O5BA 3NH2A 1D8YA 1L3TA 5HBMA 3RMAA 1FKOA 4B9VA 4HHTA 1SUQA 1J5OA 3WNEA 4CEZA 4Z4HA 3K59A 3TAQA 1LV5A 1N6QA 3F9KA 3P5JA 3LP0A 3S3MA 2PZSA 3O3HA 1BL3A 4Y1CA 4FJHA 3C6TA 1ZBLA 3QERA 4M45A 2BE2A 3HVRA 2HB5A 3DRPA 1WNSA 2VG7A 4O4GA 4B9SA 4M3YA 4DFPA 4RW9A 1TKTA 2IGIA 4OKJA 4CJUA 3AVKA 1ZBUA 1LWEA 1L3SA 1RTJA 2YNIA 1TL3A 4FM1A 2Z1HA 2FBTA 3QEVA 1B92A 2G8VA 1FKPA 5EU7A 4CGIA 4HVJA 1TK8A 3JSMA 4EZ9A 4MFBA 1LAWA 2HMIA 1RNHA 4FJMA 4CHQA 4DTUA 1RBUA 5SZTA 4BDYA 2X78A 1BHLA 3IG1A 2HNYA 3TR8A 3ZSRA 2B4JA 3VQ8A 3LWMA 1L5UA 4C8KA 2G8IA 2ZD1A 4FW2A 2A1SA 4AHVA 1X9MA 1WLJA 1GOBA 2X6NA 3AVIA 4EP4A 4E7KA 1T05A 2D0CA 2PYJA 2HNZA 3IRXA 1VSFA 1IH7A 3C95A 4ID1A 3ZT0A 3ISNC 4C8OA 2HHQA 4DF4A 3QEWA 3CFPA 3FFIA 3CG7A 4CJLA 3WNGA 2G8KA 4DSIA 2DY4A 3AVCA 1D9DA 3K5NA 2OPRA 4DLEA 1KCFA 1JXEA 3DLKA 3O3GA 3AA2A 4BACA 5HRRA 1T8EA 1REVA 1WSGA 3MAQA 1I3AA 3AVLA 3ASMA 5HRNA 4DF8A 1NK0A 4EZ6A 1I39A 4HUGA 1EX4A 4FJIA 3RTVA 4N41A 3L2UA 3ZSQA 2B6AA 2KFZA 4M3RA 3SPZA 5HROA 4DWIA 3L3VA 4ELVA 4CHOA 4NCGA 1NJXA 4CGDA 3RRHA 4KHSA 4DTXA 4CJKA 1HYVA 3L2WA 3V4IA 1UA0A 1C1CA 3L3UA 3AVFA 3M8RA 3OYMA 3V9SA 1SKRA 4CEOA 2WOMA 4NYFA 1KSPA 1DTQA 3NGYA 1JLEA 4CGFA 3KLFA 2D5RA 4DTJA 4CJ4A 4CFDA 4W5RA 1QSLA 4FZYA 4BE0A 4M3TA 4ELUA 1W0HA 3EZ5A 1G15A 2LSNA 3SQ1A 4HCCA 3QINA 5C24A 1S1XA 2E6LA 2PY5A 2F96A 4AHCA 4E19A 4CHYA 4B9TA 3AVJA 1KVCA 2ATQA 4OKKA 1SL0A 3ZT1A 1K6YA 4G1QA 1IKVA 3K5LA 3SJJA 1IO2A 1XWLA 2G8UA 3HK2A 2Z1JA 3OJUA 4FYDA 1SL1A 4IFVA 4C8NA 1U49A 1ITGA 3K2PA 4M3WA 3SCXA 4FJKA 1RTHA 2JGUA 4CJVA 4R5PA 4AHTA 3UIQA 3TABA 5JS1A 3VQDA 3VQPA 3TARA 1O1WA 4ID5A 4DTMA 1LWCA 3ZSZA 4DFMA 1QHTA 5CYMA 4DU4A 3OS1A 2OA8A 3VQ4A 4OLBA 1JLAA 1LWFA 2HNDA 4IFYA 4LSLA 3WNFA 3T3FA 3ZSVA 4FXDA 3LWLA 1QE1A 4LH5A 2KTQA 1HQUA 1VSKA 3LPUA 4CHPA 4KB1A 1S1VA 4TSXA 4J2AA 1TKZA 3G0ZA 4DQPA 4CECA 3O4QA 2ZQBA 4CESA 2XY6A 4HTUA 4DQSA 3DLHA 4KRFA 4LH4A 3OYEA 4DFKA 5SWMA 2RF2A 3PX6A 4CK2A 4C8MA 4CEFA 3OY9A 3LAKA 3CQ8A 2B5JA 1TVRA 3CFOA 4CJEA 1D9FA 1C0TA 1WAJA 3WNHA 3QLHA 2YKNA 3AO1A 5CY4A 3SV3A 4E7HA 1JL2A 2XO7A 3EYZA 3K5MA 1YT3A 4J2DA 1KRPA 4IG3A 4KTZA 4BWJA 3MEDA 4GW6A 5K14A 4E1NA 5C25A 2VWJA 3V9UA 5HP1A 4F2RA 4HCBA 4UQGA 3VQQA 2GV9A 1RT4A 3U3GA 2YNGA 4XIUA 3LANA 5I3UA 2BDPA 2E4LA 3HM9A 3OYFA 1JLBA 2DFFA 2VG5A 1J53A 1QTMA 3DMJA 4ZTJA 4NCAA 1BIUA 1HMVA 1ZBFA 4DSFA 3KLIA 4IBNA 1LAVA 4AH9A 4DSEA 3HYFA 5E41A 4IDKA 3HPOA 3SQ4A 3V6DA 5KRTA 4FVMA 1LW2A 3NH1A 3NAEA 3PY8A 3L8BA 4OGCA 4Z4CA 4KHQA 4AHUA 2Z1GA 1X9SA 4KHYA 1XHZA 4RG8A 2OZSA 2HHTA 4CJ3A 1S6PA 1VSLA 2OYQA 4Z4FA 3SZ2A 3V1QA 1NJZA 3AVBA 3OYBA 3VQAA 3TWHA 4FLTA 4CEEA 4M41A 1ASVA 5J1EA 3OS2A 1NJYA 1U48A 4DQRA 2YNHA 3CYMA 1S1TA 1BIZA 3QIPA 4NYNA 3OS0A 4JRQA 4DS5A 5CZ2A 1Z26A 3AV9A 3NBPA 3QETA 1WSIA 3SI6A 1IKWA 1SL2A 5CYQA 4N76A 4LSNA 3TAPA 5HLFA 3THVA 4FJ5A 4KHUA 5FDLA 1B9FA 1JXBA 5J2MA 1S5JA 3L2QA 1ZBHA 4DU3A 3I8DA 1S1UA 3ZCMA 1A5WA 3NE6A 3SPYA 2XRIA 4PWDA 1NOZA 2YHAA 4FJGA 3ULDA 2P5GA 1JLCA 2OZMA 3AVAA 1W9HA 1FK9A 4JRPA 2W42A 4DMNA 3BDPA 4CJTA 4J2EA 1VSMA 1EETA 4H4OA 1RDDA 2D0AA 1HQEA 2IS3A 4Q5VA 3QESA 2XHBA 1UAXA 3VQ7A 3VQBA 3AVGA 3VQCA 4FCYA 3SQ2A 1TAUA 2QXFA 1Q8IA 1RTIA 2IOCA 4CGGA 4E1MA 4FJXA 4CEBA 1VSEA 3U6FA 3B6PA 3VQ9A 2YKMA 4W5QA 1ZYQA 4DTSA 1C1BA 1HPZA 1R0AA 3NHGA 3LZIA 4DSJA 4Q0BA 1UWBA 3NGZA 3M8SA 1X1PA 1BCOA 5FRNA 1KFSA 3T19A 1RBRA 1S9GA 3L2VA 2KZZA 4EP5A 1A5XA 3D45A 3AO5A 4KTWA 5KGWA 3V9WA 2X74A 4AHRA 3KD1E 4FLWA 4KREA 3SUOA 4AILC 1RDAA 3M8PA 1TAQA 4E7IA 3MXIA 1TKDA 3NF7A 2ETJA 1S6QA 3S3NA 1UA1A 1RBTA 2YV0X 4FLVA 3SYZA 2FC0A 4K8ZA 4KHWA 1A5VA 2O4GA 4CFCA 4KB0A 3JYTA 4J2BA 3PUFA 4HUFA 5J2NA 1HNIA 1NKCA 2GBZA 1C0MA 4I7FA 3OYGA 3KTQA 3MEGA 1C6VA 2FBYA 3OYNA 4E7JA 4KAZA 4IKFA 4QAGA 1NKEA 2Y1JA 4Z4GA 1RBSA 3RR7A 3VQ6A 4F8RA 2KFNA 3LP3A 1RCHA 2VWKA 4B3OA 1HJRA 2G8WA 4GMJB 1SV5A 5JS2A 3PX4A 4WE1A 3QEPA 1YVUA 3RRGA 4Z0UA 3LP1A 2P5OA 4QOZB 3TANA 2HHSA 3IAYA 2ITGA 1T03A 1VK0A 3M8QA 3SUQA 4B8CA 3A2FA 1J9AA 4FJ8A 4B9MA 3HO1A 4DG1A 4CHNA 3OYDA 1EP4A 1FXXA 2P1JA 1ASWA 1C0UA 4ICLA 1NK9A 1RT1A 1VSIA 1HRHA 3DLEA 1JKHA 1GOAA 1TK0A 3AO2A 1BQNA 4O44A 1RTDA 3ZT3A 3LDSA 1WSEA 1NK8A 3C6UA 3LAMA 4CF8A 4CJWA 1U04A 3KLHA 4O0IA 3NF6A 2EX3A 3OVNA 1BGXT 1C1AA 4CF2A 4KKOA 3HT3A 3B6OA 1DTTA 1BCMA 1WSJA 4RW8A 3ZSXA 3ZSOA 1RT5A 1VRTA 4CCHA 4FJJA 3MECA 3DLGA 4DFJA 2BANA 4CHZA 4CF1A 1CZ9A 4BWMA 4CEDA 4HUEA 1GOCA 1YTUA 1RT6A 3LALA 2IDOA 2EHGA 2KZMA 2F8SA 1KVBA 4PQUA 3OYCA 3P83D 1TL1A 3T1AA 3VQ5A 3KK1A 4DU1A 3QEIA 2XY7A 1CXUA 2Q3SA 3NF8A 1NKBA 1WSHA 4KTQA 4OPJA 5CZ1A 2R7YA 3HPHA 3AO3A 3CM5A 3EY1A 1J54A 3KKSA 1NK7A 2JLEA 3SUNA 4IG0A 4L8RB 4FM2A 3AA3A 4FJNA 4I9LA 3TAGA 3CFRA 1BI4A 2HHUA 4FJ9A 3I0RA 3ZT4A 2QKBA 4W5TA 3RR8A 2HHVA 4CK3A 3OYHA 1WSFA 3L2RA 2G8HA 2IAJA 2RN2A 4PUOA 4FK0A 3SNNA 1QSYA 3AO4A 3V1OA 5J2PA 4KI4A 3AVHA 2OPPA 1NK4A 1WN7A 4B8AB 2HHXA 3OJSA 1VSHA 1RILA 3DOLA 3RMBA 4W5NA 3AA5X 3NFAA 1BQMA 4E89A 4CIFA 3HP9A 4ZTFA 5T7BA 3MXJA 2XY8A 1KLNA 3PO5A 2F8TA 2HVIA 1D5AA 2YNFA 2OPSA 3AA4A 4CJQA 4E0DA 4B08A 1TK5A 4PY5A 2GUIA 3NF9A 4JLHA 2RKIA 3SUPA 1KLMA 2X6SA 4PA1A 4I2PA 4FJLA 4NCBA 1IKXA 3AVMA 4CJPA 4I9QA 3OYKA 1VSJA 3OYJA 2RPIA 4JS5A 1RT3A 3C94A 4LD0A 4B9NA 3KIOA 4DTRA 4KI6A 2D0BA 4KO0A 2A1RA 4CJRA 4FW1A 4KHNA 5KRSA 5KI6A 1UOCA 3O4NA 4DTOA 4CFAA 4DTPA 1XC9A 1SKSA 2HVHA 3I0SA 2NUBA 4K8XA 4CIGA 4MQ3A 1Y97A 2IC3A 3KK3A 2Y1IA 4CGJA 3PX0A 1JL1A 1BISA 3TAMA 4DS4A 1U4BA 1S1WA 3PO4A 2E6MA 1TKXA 3KJVA 3HXMA 4RW6A 3U3YA 1KVAA 5KGXA 4LY7A 4B9UA 3AVNA 3HPGA 4ELTA 2DTUA 3QIOA 3QEXA 4M3UA 1T7PA 3DRRA 3QO9A 3H08A 5D3GA 3NGIA 1L3UA 5DK5A 1QQCA 3LP2A 4GVMA 4E3SA 4BDPA 1NJWA 3V9XA 4FLUA 1WAFA 4CGHA 1X9WA 3MEEA 3NH0A 4DSKA 3LPTA 3RMDA 2DFHA 2WONA 1B9DA 5FROA 3V1RA 1Q9XA 1QSSA 4FLYA 2HHWA 4FLZA 1VRUA 4DLGA 4OJRA 3DOKA 2AJQA 1RDCA 2KW4A 3KKRA 3ZSYA 1IG9A 1RBVA 4FM0A 4I2QA 4CF9A 3K5OA 4FLXA 4N47A 3ITHA 3HJFA 3KD5E 2PYLA 4CEQA 3TI0A 1HYSA 3DLRA 3NCIA 5J2QA 3QNNA 2I5JA 3O3FA 4CERA 1RT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XI1A 3GG4A 2Z1IA 3V9ZA 4CE9A 5HRSA 5HRPA 2YJEA 2UUAK 3WXIA 2NLXA 4FL9A 1CZBA 4FZZA 5C42A 3VPZA 1JLGA 4O0JA 4M3ZA 3WT0A 3OYAA 2BUPA 4DR1K 2WBNA 1KQSM 4FK2A 1QS4A 4KH5A 5AQRA 2FBXA 5DMRA 4FZXC 1HLUA 1SZ2A 1RFQA 3IS9A 1EKEA 4M63C 5M1OA 1CXQA 4CJ5A 1HNWK 2O4IA 4LFBK 2FBVA 4CBUA 4BE2A 2YI1A 5ELZA 3PV8A 3KWIA 4FJ7A 4M3XA 3VA3A 2QWOA 2FSJA 3SMSA 1ZBIA 3ZSWA 4OVLA 2E88A 3E9OA 2FF3B 4DSLA 4IDHA 2ZJQL 5AQSA 2WUSA 1BU6O 4BQZA 1NK6A 4LFCK 3THWB 4B9LA 1U47A 1XHXA 3WXMB 3CJ7A 4H03B 4MLHA 4IJAA 4IZ9A 4OPKA 4PKHA 3E9PA 3OHRA 3RWUA 4O5BA 3NH2A 3O80A 4WQ4A 3CMEN 5BRFA 4B9VA 3ZEUA 1J5OA 4CEZA 1M1KO 3C65A 3ULEB 2YCHA 1N6QA 3S3MA 3O3HA 1ZBLA 3HVRA 2IVNA 2IVPA 4B9SA 4M3YA 4DFPA 4FM1A 2FBTA 3O9TA 4BRCA 4CD3A 5EU7A 2NRHA 3TSPA 3O08A 3O9SA 3CMAN 4JI0K 1T6DA 2NNWA 2X78A 1L5UA 3VQ8A 2A1SA 4AHVA 1BDGA 1NLVA 3UE5A 2X6NA 3AVIA 4DUZK 1OH8A 4A59A 5CE3A 2PYJA 1VSFA 3ZT0A 4CJLA 2D4WA 3AVCA 4BRIA 1JXEA 4BACA 1T8EA 5HRRA 1ATRA 4DCHA 3ASMA 4EZ6A 1TYQB 4HUGA 4FJIA 5FPDA 3RTVA 3MCAB 3ZSQA 2B6AA 3L6QA 3SPZA 4DWIA 3L2WA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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