5HTZA

Bace1 in complex with (s)-5-(3-chloro-5-(5-(prop-1-yn-1-yl)pyridin-3-yl)thiophen-2-yl)-2,5-dimethyl-1,2,4-thiadiazinan-3-iminium 1,1-dioxide
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
391
structure length
388
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of the 3-Imino-1,2,4-thiadiazinane 1,1-Dioxide Derivative Verubecestat (MK-8931)-A beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 Inhibitor for the Treatment of Alzheimer's Disease.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 388
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5htzA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5htzA02
4YD6A 5P12A 2B42A 5P1PA 1MSMA 4ZSPA 5P8MA 3MSJA 3PSUA 5P6AA 3OUDB 1M0BA 3NDUA 3KT2A 2R9BA 4YCKA 5I3WA 5P0WA 3LIYA 4HDPA 5OYUA 4NJTA 5P0KA 1NH0A 2WHHA 4GJDA 4EWOA 1SDTA 4B1DA 5P40A 3TOFA 1YTGA 5P8HA 2V12C 4YD3A 1K1UA 5P4RA 5P0BA 3LINA 1HSHA 2J9JA 5P3GA 3ZLQA 3VV8A 3S43A 4Y4AA 5P3YA 5P5TA 2ZDZA 1HXBA 1KJ4A 5IE1A 2WL0A 2R5PA 6FIVA 1EPPE 4B1CA 1HEFE 1EPLE 4GJCA 5P2RA 3KF0A 1IDBA 3MSKA 3KFSA 5HDZA 4Y4ZA 4FS4A 4Y5KA 5P42A 2P3AA 4NKKA 5P87A 4TRWA 3OU4B 1BBSA 4FAFA 3EL5A 3D91A 3QPJA 3SM2A 3O99A 1M4HA 2NMYA 3T6IA 2ZJMA 1ME6A 5P00A 3QN8A 1G2KA 1B5FA 1EPNE 1IZDA 4YD4A 4NJSA 5OYXA 5OZNA 5P2DA 4B77A 4BEKA 1IIQA 3R2FA 2B7ZA 5P28A 5P67A 4I11A 4Y5PA 3DK1A 4L1AB 1SP5A 3EKWA 5HDXA 5OZEA 2PSUA 5P27A 4R93A 2VNMA 3UQPA 4ZEAA 4U7QA 2ZHRA 3LPIA 4RVJA 3OXXA 5P88A 5KQZA 4CMSA 3G6ZA 1FQ4A 1BXQA 1OHRA 1HTFA 3AUPA 4ZPFA 1AIDA 1B6PA 5P0PA 3VFAA 3OXCA 5P2YA 1VIJA 3GI5A 5OZ0A 4Y3DA 5OZAA 6APRE 4DJWA 5P2IA 5P3RA 3TPJA 2QI1A 5P4FA 5DQCA 5OZ2A 4XX4A 5P06A 4DQBA 1GKTA 3PJ6A 3ZPSA 5OZ9A 5DQ5A 3QP0A 2F8GA 5ER2E 5P7DA 4OBJA 1T6GA 5P6DA 1TW7A 3NYGA 4LAPA 5P5MA 2QI7A 4HZTA 2Q5KA 3EKPA 3SPKA 4OBZA 5JODA 4YBIA 3SA8A 2FDDA 4AUCA 1HVSA 1MTBA 2QI3A 1HIVA 3JVWA 5OZGA 1HVHA 5P3TA 5OYWA 3SAAA 3K5GA 3O9EA 5I70A 1FQ7A 3RSXA 5P8CA 5P2BA 5IVSA 4DFGA 3LZSA 4HDBA 1EPME 4PEPA 5P3DA 1PPKE 2QI4A 2IEOA 2OHMA 5KR8A 1FLHA 5P53A 5HVPA 1EC3A 3NXEA 5T4SA 4MC1A 5P7FA 3L59A 4Y5GA 4DQHA 3T7PA 4RGHA 4B05A 1KZKA 1G35A 1HVRA 3ER3E 5HE5A 2OHSA 3D1ZA 1IVQA 1ODWA 5P0UA 2I4UA 2I0AA 5P5CA 3K5DA 5SY2A 2QK5A 2VJ7A 4Y3HA 4YA8A 3OGQA 1OEXA 3O9BA 4Y43A 2BPYA 2PH6A 1LF3A 5KQFA 1BILA 1T3RA 1QBRA 2HB2A 5P69A 4OBDA 3VUCA 4DUSA 4Q1YA 5P3ZA 3EKYA 2VJ9A 1UPJA 3R0WA 1MVPA 1W6HA 5P2OA 2ZHUA 3RTHA 1SH9A 5SZ9A 2BJUA 5P6CA 4Y6MA 4F74A 1T7IA 1E81E 3H5BA 2BB9A 3IXJA 4J0ZA 1LF4A 2G22A 3ZL7A 4FM6A 2XYFA 1FEJC 1QBSA 4DJXA 5P0YA 3KYRA 2QHCA 4F75A 4FSLA 4I0GA 5P1UA 5OYVA 5FIVA 4GJ8A 5SY3A 3VYDA 1MT9A 5P6JA 2AVMA 1QDMA 5P8PA 2IS0A 1BXOA 2QNQA 1LYAA 5P73A 5P4NA 3T3CA 5P1VA 5OZ1A 3LNKA 3TTPA 3SFCA 3INDA 2WEDA 1MRXA 4RZ1A 1W5XA 5P8NA 4CPWA 1FG8C 1ODYA 2EWYA 4FRKA 3B80A 2QZLA 3TOHA 4ZPEA 3VSXA 5P5OA 4Y4DA 4CP7A 3UQWA 1SMEA 3RTMA 5P5YA 3NU3A 5P8VA 5P6VA 1ZTZA 5P0VA 2NTRA 3S85A 5HU0A 4NJVA 2FDEA 3SO9A 5P5DA 5P59A 4Y4JA 5P0AA 3L38A 5P50A 4YE3A 3HW1A 5OYTA 5P2CA 5P31A 4A6BA 2P4JA 4Y3LA 5P6ZA 1T7JA 2V16C 1D4SA 1D4JA 4BELA 2HM1A 1B6JA 3UDKA 3UFNA 5P64A 3WB5A 4I0DA 4I0FA 2NXLA 4Z2ZA 5P24A 4H3IA 3EC0A 1FFIC 5P4SA 3G72A 5P7HA 4EHCA 5P5VA 3FIVA 2OHQA 1D4LA 4QLHA 3D1XA 3S53A 4QJAA 5P7SA 2WEAA 2VA7A 5P1FA 4Y3AA 5P29A 5P11A 5P6XA 5AH9A 2WECA 5OYYA 1Z1RA 1MT7A 3UQXA 4I8ZA 2IRZA 3UDYA 4APEA 1FF0C 1E80E 4S1GA 3ZOVA 5P0QA 3GGUA 5P77A 4J0TA 3CIBA 5P2VA 3SA4A 3UDJA 3QRSA 3PBDA 4AA9A 5KOSA 4HE9A 5P1SA 3KMXA 3MSLA 5P60A 5P4MA 4EP3A 4RVXA 5DR8A 2QZXA 1XE5A 3DJKA 4F73A 4Y3WA 5P1YA 5P79A 3OUCA 1LV1A 5P10A 5P3QA 2P83A 2V0ZC 5HCTA 5P8OA 1EBZA 2FNSA 4JOOA 4QGIA 2PC0A 2NNPA 4PHVA 1IZEA 1HTEA 3PRSA 5P6YA 1ZLFA 3EL4A 1A30A 3EL9A 3KN0A 2QP8A 5P6HA 4Y3RA 1TQFA 4I0JA 5P5BA 5P7YA 1AAQA 1YX9A 5UPJA 4PPHA 2Q64A 1W6IA 4YHQA 5P7KA 3OQDA 4K9HA 2ZHTA 4XKXA 1ZP8A 3IN4A 5OZMA 4EPJA 5APRE 5KR0A 2BPVA 3F9QA 2I4XA 4DVFA 3TNEA 5OZ8A 2F3FA 5P4QA 5P8AA 1HTRB 2VS2A 2G21A 5P8QA 5P78A 2AOJA 2VIYA 2QD6A 4DH6A 5P3CA 3VF7A 1XL2A 3NU9A 4Y5NA 5P7PA 2NXDA 4QJ9A 4APRE 3FV3A 2I4WA 3DOXA 2OAHA 3NWXA 2AOCA 2G20A 3HAWA 2QAKA 1D4HA 1DIFA 4QJ6A 5P5WA 4RROA 5P1DA 3S7LA 2IDWA 3EKTA 5P5PA 1RQ9A 5P7VA 2Q15A 4TRYA 2AODA 2BQVA 5P6SA 1C6XA 3VV6A 4Y3TA 3EXOA 5P0TA 2QHZA 7UPJA 2NR6A 5P37A 2BBBA 5P0JA 5P89A 3O9IA 4L1AA 3OU1B 5P1MA 4GJ7A 2Z4OA 4CPSA 4EP2A 3WSJA 3TPRA 1ER8E 3U6AA 3GW5A 3VV7A 5OZFA 3N3IA 4Y47A 4YOBA 2H6SA 3TL9A 4OBFA 3EM6A 4K4QA 2MIPA 3DV5A 3LPKA 5P62A 3WB4A 5P2UA 2AOEA 3HBOA 4K4RA 5P1AA 3G70A 1E5OE 3BVBA 3A2OA 4J54A 2QMFA 2PK6A 4EJDA 2VKMA 5DGUA 4Y38A 4CPRA 2HPFA 1A8GA 2I0DA 5P7CA 5P7LA 5P0LA 2BKTA 3HLOA 4Q1XA 3DM6A 5P46A 4Y3YA 5P61A 2I4QA 5AGZA 5P38A 5OZJA 2FGVA 3Q6YA 5P1LA 4NPUA 5P15A 4I1CA 3SA3A 3PWWA 3URIA 3PCZA 3OTYA 5P8JA 1MSNA 2PYNA 4EXGA 5P56A 4FRIA 4Y54A 1LYWA 4XX3A 4YDGA 5OZBA 3PWMA 3PVKA 2OHRA 3KDDA 3APRE 4DI2A 6UPJA 3ER5E 5DR7A 3SA6A 5P1GA 1DW6C 1NSOA 4HVPA 4Y3PA 3SKGA 4JP9A 1K1TA 4Y3XA 2AZCA 5EZZA 4FIVA 1AXAA 2IKUA 5P6EA 4DJRA 4M8XA 4QJ8A 1PPME 5P2TA 2QZWA 2QCIA 1FB7A 3GI0A 2R43A 1FMUA 4RCDA 4TVHA 3LIQA 5BWYA 3Q70A 1J71A 3SKFA 5P09A 3IN3A 5P8EA 3KFPA 2ZGAA 5P1BA 5P7TA 5P8LA 1LYBB 1EBWA 3HD8A 3U7SA 5OYQA 2AOGA 2ANLA 2XFJA 5ISJA 5OZ7A 5AH6A 3CKPA 5OZCA 3MXEA 5P55A 3RU1A 1PPLE 3TKGA 3LIVA 5HDUA 1VIKA 5P0CA 1UH8A 3KFNA 4R8YA 4L7HA 3R0YA 1HOSA 3LITA 5P1KA 4K4PA 4B72A 3OWNA 5P83A 5P5FA 4A4QA 3L5FA 4RLDA 5P5IA 5P7IA 4WY1A 4ER2E 3OQAA 5HTZA 4Y4WA 4A6CA 4FL8A 5JFPA 3BRAA 5P51A 2BKSA 3QI1A 5P7WA 2OHLA 2AVSA 4KE0A 5OZUA 5P5QA 4Y3JA 3FKTA 5P2LA 1U8GA 2UPJA 3NLSA 5P35A 4EJ8A 4XXSA 5P2EA 5P14A 3D1YA 1LS5A 4FLGA 1IBQA 2WKZA 4R5NA 1QBTA 4OD9B 2V00A 1BWBA 4Y4XA 5P3KA 5P6GA 5P04A 5P6LA 1HHPA 3PLDA 1EC1A 3UDQA 3ZPUA 4FAEA 2FXEA 2ZJHA 3DCRA 3IVIA 3UHLA 3S43B 3S2OA 5P0IA 1IZIA 4D85A 1AJXA 5P0EA 5P7BA 2B8VA 4X7IA 4HA5A 1MRWA 3PMUA 1CMSA 5DR0A 4LXKA 4Z4XA 2RMPA 5P72A 4J5JA 1LF2A 4TRZA 1GNOA 4RYGA 2P3BB 1SGZA 3IXKA 3QBFA 1GVUA 1WBKA 3MXDA 2G27A 5P3UA 3LHGA 1NPAA 3TKWA 3GI6A 3KFRA 2FS4A 9HVPA 3QROA 1APWE 2R3WA 5P4OA 1HPVA 5F01A 1WBMA 5P8GA 3VG1A 4GJ6A 2RSPA 3UTLA 4MC6A 1GVVA 2P3CA 5P32A 3VEUA 4Y35A 5DPZA 5OZZA 2WF2A 3ZKMA 3K1WA 5P75A 3INEA 1A9MA 5P58A 1FQ6A 3SQFA 3VCMA 4E43A 1B6KA 4Y4GA 1XE6A 4Q5MA 5P08A 2P8HA 1UH9A 4J1EA 4N00A 5HE7A 1PSOE 1GVTA 5ER1E 5P5GA 4Y41A 2PYMA 2UXZA 3O9HA 2QMGA 3NU4A 5OZOA 4Y4EA 5JFUA 3O9DA 2O4KA 3BXSA 5P1CA 1C70A 1MPPA 1YTIA 2VA6A 1AM5A 2JE4A 4GB2A 1AVFA 2ZHSA 5DR4A 3OXVA 4CPTA 5P4WA 3IXOA 4Y3QA 4Y3ZA 5P4XA 5P4LA 2VNNA 3Q5HA 5P3HA 3CKTA 3UF3A 3OU3A 1FQ5A 3I6OA 5P70A 5P4HA 3OHFA 1MERA 2IL2A 1TZSA 1G6LA 4ZSMA 5J25A 5OZ3A 4FE6A 3VF3A 1ZAPA 2WF0A 3K4VC 3ZMGA 4DQFA 2HPEA 5P3MA 5P43A 2G26A 4Y4TA 2VIZA 3I2LA 5P6TA 2WF4A 1BWAA 2R8NA 5P0SA 5I3XA 4Y50A 4AA8A 5OZYA 3O9LB 2ZE1A 5P17A 3WZ7A 3OHHA 1ZPKA 5P2XA 5P44A 4Y53A 5OZWA 3BGBA 3INHA 2XFKA 4LC7A 5P5EA 5P0RA 3OUBA 2FNTA 1BVEA 5KR2A 4GJAA 4LXAA 3LIXA 1EBKC 1OD1A 3HVGA 3L3AA 4B70A 1E82E 5P41A 5P82A 1WKRA 5P1ZA 5P0GA 1TSUA 1B11A 3UDRA 4RCFA 5OZDA 2CENA 2F81A 5IVTA 3UPJA 3I7EA 4AMTA 2R5QA 4Y5MA 4Y56A 1BDLA 5P49A 5P4ZA 5P84A 4GJ5A 4Y3FA 4UPJA 1KJGA 1SMRA 4CPXA 3OUAA 3IVHA 4Y3EA 1SIVA 5P13A 1RPIA 5P8RA 5P18A 1HTGA 4U7VA 2QU2A 5P74A 1GVXA 1W51A 1HPSA 1HVJA 1Z8CA 3NUOA 3BUFA 5BS4A 3S56A 4I0HA 1HVLA 5HE4A 1EC2A 4DJPA 3IGBA 1HSIA 3LZVA 4K8SA 4CPQA 5P85A 5AH7A 3OU1A 5P3JA 2AVOA 3Q4BA 5KQXA 4I0IA 3D20A 2PSGA 5P4UA 5P2HA 5P65A 3WZ6A 5P68A 2ER6E 4J1FA 3OAGA 5P1XA 1HIHA 5OYRA 3VYEA 5P3LA 3UFLA 1OEWA 5P8DA 1D4KA 1T6EX 3LZUA 3EKVA 2V13A 2A1EA 4FGXA 3PLLA 5P2SA 2R38A 5P6IA 5P4VA 1MTRA 5P4IA 2G1SA 4YDFA 5P34A 3OADB 5IS4A 3OUDA 5P3XA 1EAGA 4B00A 5P1RA 5P1HA 5P0HA 4Z22A 4YD5A 1IVPA 4ZPGA 2A4FA 1W5VA 1SBGA 2ER7E 4LP9A 2RENA 1HEGE 4DPIA 4ZSQA 4DQEA 5P4JA 4Y3NA 4Y44A 2AZBA 3FSMA 2APRA 3RSVA 5P3WA 1C6YA 5E5JA 4RRNA 3SA9A 4I0EA 2B7FA 1BV7A 4FRJA 5C9FA 5P5NA 5P3IA 1XL5A 5P2JA 2JYSA 1AZ5A 5P7MA 3HZCA 3PGIA 1ZJ7A 5P7QA 5OZ6A 4EJLA 2PWRA 2WEZA 2AIDA 5P16A 2QNNA 3EMYA 2O4SA 2VA5A 4B1EA 4Y3GA 5P4GA 5TOLA 4ZIPA 1EPQE 3I25A 4R92A 1HVKA 3OU4A 3VLBA 2G1RA 5P45A 5P47A 5SXNA 2I4VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YD6 A;  5P12 A;  2B42 A;  5P1P A;  1MSM A;  4ZSP A;  5P8M A;  3MSJ A;  3PSU A;  5P6A A;  3OUD B;  1M0B A;  3NDU A;  3KT2 A;  2R9B A;  4YCK A;  5I3W A;  5P0W A;  3LIY A;  4HDP A;  5OYU A;  4NJT A;  5P0K A;  1NH0 A;  2WHH A;  4GJD A;  4EWO A;  1SDT A;  4B1D A;  5P40 A;  3TOF A;  1YTG A;  5P8H A;  2V12 C;  4YD3 A;  1K1U A;  5P4R A;  5P0B A;  3LIN A;  1HSH A;  2J9J A;  5P3G A;  3ZLQ A;  3VV8 A;  3S43 A;  4Y4A A;  5P3Y A;  5P5T A;  2ZDZ A;  1HXB A;  1KJ4 A;  5IE1 A;  2WL0 A;  2R5P A;  6FIV A;  1EPP E;  4B1C A;  1HEF E;  1EPL E;  4GJC A;  5P2R A;  3KF0 A;  1IDB A;  3MSK A;  3KFS A;  5HDZ A;  4Y4Z A;  4FS4 A;  4Y5K A;  5P42 A;  2P3A A;  4NKK A;  5P87 A;  4TRW A;  3OU4 B;  1BBS A;  4FAF A;  3EL5 A;  3D91 A;  3QPJ A;  3SM2 A;  3O99 A;  1M4H A;  2NMY A;  3T6I A;  2ZJM A;  1ME6 A;  5P00 A;  3QN8 A;  1G2K A;  1B5F A;  1EPN E;  1IZD A;  4YD4 A;  4NJS A;  5OYX A;  5OZN A;  5P2D A;  4B77 A;  4BEK A;  1IIQ A;  3R2F A;  2B7Z A;  5P28 A;  5P67 A;  4I11 A;  4Y5P A;  3DK1 A;  4L1A B;  1SP5 A;  3EKW A;  5HDX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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