5HU1A

Bace1 in complex with (r)-n-(3-(3-amino-2,5-dimethyl-1,1-dioxido-5,6-dihydro-2h-1,2,4-thiadiazin-5-yl)-4-fluorophenyl)-5-fluoropicolinamide
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
391
structure length
388
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of the 3-Imino-1,2,4-thiadiazinane 1,1-Dioxide Derivative Verubecestat (MK-8931)-A beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 Inhibitor for the Treatment of Alzheimer's Disease.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 388
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hu1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hu1A02
2PK5A 3H0BA 3IXJA 2P3AA 4L7JA 5HDUA 1T6EX 3AIDA 3HLOA 3BVAA 5P2EA 4CPSA 3QBFA 5P09A 5P7RA 5P3GA 5P63A 4KE1A 4I0HA 2PYNA 1UPJA 4Y4WA 4Y3EA 4GJ8A 3FIVA 5P57A 5F01A 3PRSA 2HM1A 5P4KA 5P89A 5P3IA 4ZSMA 5P5CA 5OYTA 3URLA 5P7KA 2AVOA 4PHVA 5DR0A 3EL9A 5P6AA 2AOEA 5P1RA 3OQ7A 5OZPA 2OHQA 1MSMA 4OC6A 3D1ZA 1PSOE 5P1ZA 1ZLFA 3NDTA 3CICA 4PZXA 5P0GA 3EMYA 4YBFA 5SY3A 5P6YA 1IBQA 5OZ9A 4YD7A 3WZ6A 2R3WA 1C6ZA 4LXKA 4FGXA 5COOA 1D4LA 5DQ4A 3FNTA 4OD9A 2QMGA 5P5UA 5P0TA 1B5FB 4B00A 5P3VA 4ZE6A 5DR4A 1HVSA 5P2CA 4F75A 4Y3NA 3VUCA 5OZWA 5P0KA 3TPLA 2NPHA 3EC0A 1UH8A 5KAOA 5P50A 2QAKA 5IVRA 2V13A 2WF0A 2QD6A 3BGBA 5P02A 4Y56A 5P8NA 3S56A 4Y3LA 5P7EA 5P58A 4Y4XA 3S43A 2QNNA 4EYRA 3FKTA 3LZYA 2J9KA 5P42A 3QROA 1WBKA 4D83A 3EKVA 2BPWA 3SAAA 3UCBA 5P26A 5P1UA 2PWRA 2ER7E 4GIDA 1G2KA 3CKTA 5KQXA 4PYVA 5P5KA 2BQVA 5P4FA 5P7DA 4Y4GA 4ACXA 1NPWA 5P45A 5COPA 4DQCA 4XX4A 4H3JA 3QBHA 2F8GA 4QJ6A 2PC0A 5HDZA 1HTGA 5P0LA 3O9CA 1AJXA 2JJJA 2NMYA 4RVXA 2I0DA 1MT9A 1AIDA 2G21A 3SM1A 4QJ9A 2G1NA 2FNSA 4QGIA 5P3PA 1BV9A 2BKSA 5P3BA 2G1YA 3WSJA 4K4QA 1EPOE 3QN8A 1A30A 3OU3A 4HEGA 5P6JA 1G35A 5P6MA 4FS4A 3APPA 5P27A 3O9LB 3CYWA 2FNTA 5AH8A 1OD1A 3PI0A 2ZJHA 4RVJA 5P31A 3LNKA 1HVRA 3MXDA 5P85A 1Q9PA 5ER1E 3EL0A 2H6SA 5P3WA 5P3KA 4Y58A 3I8WA 5TOLA 5P10A 1YTIA 5P5XA 2Q64A 2G94A 1BWBA 5P3HA 1ER8E 1TQFA 3OU4B 3DM6A 4J1FA 5P5BA 5P2SA 4EHCA 1ODWA 3EKYA 5P0DA 2OHMA 2PH6A 4Y4ZA 5P1AA 4EJ8A 4Y3WA 5P1LA 5OYXA 5P5TA 3A2OA 3OUDB 3PWWA 5P3SA 3PCZA 5P1WA 2P3CA 3HD8A 4Y45A 1MSNA 4Y3MA 5BWYA 5P25A 4U7VA 5P12A 5P2WA 3IA9A 1NPVA 5DR7A 2QU2A 1FG8C 1MERA 2ZDZA 2F80A 5P8BA 3JVWA 3O9DA 4TVHA 5P76A 4B70A 5KQFA 3D1XA 3NWQA 5OZ7A 5OYZA 1XN3A 1XE6A 2QMDA 3OOTA 1KJHA 2AOFA 2V0ZC 1W5XA 2RMPA 2AVMA 1RL8A 1MRWA 4UPJA 1LV1A 3OQKA 5AH7A 4ZEAA 5DGWA 5P70A 1KZKA 4Y47A 4GJ6A 1HHPA 1SBGA 5P0YA 3DV5A 1RNEA 1HTEA 1Z1RA 4J0PA 1HSGA 2VIZA 5P5HA 4L1AB 3OY4A 5P72A 1SDTA 3KDBA 4EXHA 1W5WA 5P30A 4HDPA 4GMIA 3OXWA 5P38A 4Y38A 3OQAA 5P2UA 1PPLE 3TNEA 5P6RA 3BXRA 1E80E 1APUE 6APRE 5P48A 4R95A 5P2OA 2FIVA 3JW2A 3UQPA 1PFZA 2NNPA 4BEKA 5P19A 2Q55A 4RCDA 2IEOA 3TPPA 1FLHA 5HE4A 1TCWA 2G22A 1NPAA 2XFKA 4OBGA 4GJ7A 3VFAA 5P6GA 1QBUA 5OZ4A 3OHFA 3UFNA 4Y4TA 1WKRA 2A4FA 4HZTA 4Y43A 2V11C 4APEA 5P3EA 2PMAA 1HOSA 1F34A 2VJ6A 4I8WA 5KQYA 3O9IA 1TCXA 2G20A 3EKWA 4HE9A 2PSUA 2G1SA 1VIKA 5OZKA 1KJFA 5AHCA 4FIVA 3INFA 4FRSA 1OHRA 5P7WA 4EWOA 1APTE 5P44A 2OHTA 3R1GB 3K1WA 2ER6E 3O9BA 1BV7A 2HS2A 4FAFA 2IQGA 5P4JA 1B11A 2P3BB 3DV1A 3PSGA 1QBSA 1LEEA 4Z4XA 2V00A 2O4SA 5P4CA 3ECGA 3IVIA 5P33A 3UQWA 1DAZC 1HEFE 5OZYA 5P8SA 3UDJA 3BGCA 4I0EA 3S2OA 2WEDA 2HAHA 2I4QA 5P51A 3HW1A 1MESA 4D88A 4LAPA 4F76A 2NXMA 1HVKA 2OHNA 2VIEA 1N49A 3O9EA 5P68A 3ZL7A 4DJUA 3BC4A 1LYAA 4Y3RA 5P40A 2AZ9A 5P5EA 5P1KA 1HRNA 5BRYA 3LIVA 4Y44A 5P1PA 5OZLA 2AOHA 5P20A 1APWE 3VV6A 1W51A 1HVJA 5P1XA 2I4XA 4ER2E 3RSXA 3PBZA 5P0XA 2QI7A 3SLZA 4J0VA 3KM4A 1EC3A 3OUCA 1ZJ7A 4B77A 1QS8A 5P3YA 1BVEA 5P64A 5P1MA 5P41A 5P3UA 3KDCA 1XL5A 1HIIA 4YCTA 5ISJA 5P0NA 1Z8CA 4GB2A 5P2JA 5OZTA 3EM6A 3PSYA 3TOGA 2F3FA 5P0BA 3GGVA 2ZJIA 1MT7A 3PI5A 1FQ8A 1TSUA 5P7NA 2ER0E 3OWNA 3IGBA 2VS2A 2HB4A 1LYWA 5P0WA 4F74A 4YOAA 2R9BA 5P7LA 3B80A 5P65A 2SAMA 5P83A 1PSAA 4EJLA 1D4KA 4DJVA 2B60A 1KJ7A 4I0IA 4DJOA 5P3QA 1FF0C 5OZCA 4CPTA 2O4KA 2QD8A 2G27A 3R0YA 3OK9A 5P1CA 1KJ4A 1GVVA 5P0IA 5DQ5A 4Y4AA 5P5VA 3KFPA 1M0BA 5P1VA 3ZKGA 3OQFA 4Y48A 3K5CA 5KR2A 3OAGA 4EJKA 5P0VA 4B05A 4ZPGA 5C9DA 4Q1NA 4Y35A 3TKWA 5OZIA 3QRVA 1YM2A 5JG1A 2FXEA 3HBOA 3LPKA 3EKTA 2I4VA 2FDEA 4J17A 2AOCA 2I0AA 3T3CA 3KMXA 5E5JA 3BXSA 1BDQA 4CMSA 4Y5KA 2ER9E 5HCOA 3VEUA 4DJWA 5OZ2A 4Y5MA 1AM5A 4FM8A 5P6HA 3RTHA 3VSWA 2J9JA 5P3LA 2WF2A 5CLMA 3RTMA 4DVFA 4J0TA 1EPLE 4TRYA 1C6YA 4J1IA 4Y41A 3EL1A 2R8NA 5AHBA 1AXAA 4RLDA 5P8AA 5OZ6A 4J1HA 1D4HA 1K2CA 3SM2A 4ZLSA 4GJ5A 5P6CA 2B7FA 5P61A 3K5DA 1ZPKA 1IZDA 5P7TA 5P1QA 3VF3A 1MT8A 1GVUA 2UPJA 5P4HA 5P6QA 2XYEA 3MXEA 5P46A 5I3VA 2PH8A 5P4EA 2VA5A 5P17A 3GI6A 5P1TA 5DPZA 3GGXA 3RTNA 1APVE 1K6CA 2NMZA 2MIPA 5P1JA 5P35A 1IVPA 3WB5A 5KOSA 5EZZA 3FNSA 5P0CA 4APRE 3QAAA 5P0EA 4YHQA 4GYEA 4KE0A 5P0SA 1HSIA 3VLAA 2I4WA 1YTGA 5I70A 5P0QA 3EXOA 4RZ1A 5HU0A 2QMFA 1HVIA 4U8WA 4Y4JA 3D20A 5P6PA 3SO9A 4EQJA 4OC6B 3R0WA 5P3ZA 3MSKA 5P6WA 1BBSA 5OZQA 5HE5A 4AUCA 4QJAA 2IENA 5P4MA 5P8VA 3I2LA 4LXMA 4OBKA 3T7QA 1EEDP 1IZEA 3QVIA 2H6TA 3ZOVA 1M43A 2IKOA 4NPTA 2NXLA 2HB2A 5P3XA 5P86A 5HDXA 3OUAA 5HU1A 1GNNA 4OD9B 4QLHA 3LIZA 5OZMA 3UDMA 3L5CA 4DQHA 1W6IA 1B6JA 5P3TA 3O9FA 3OXXA 4CP7A 1HIVA 3FNUA 1FEJC 1HSHA 4RCFA 3TH9A 3OTYA 4X2LA 5P79A 3EL4A 2EWYA 5P2ZA 5P4YA 3OU1A 4IVTA 5P2MA 5OYWA 3NDWA 3SA7A 3OADB 1B6LA 3S43B 5P0AA 5P7GA 4EP3A 3I7EA 2AOJA 5P4GA 1E81E 5P6IA 5P8QA 1FB7A 4Q1YA 4GZFA 4Y4BA 1OEWA 3L5DA 4ER4E 3O99A 3IAWA 1EC2A 3ZLQA 3G72A 3RU1A 5P7SA 1NH0A 3Q5HA 4Y3FA 4MC6A 4FRJA 2VIYA 3MSLA 4OBJA 5FIVA 2BPYA 4E43A 2QHYA 4QJ7A 1FFFC 2WL0A 4Y4UA 3O9LA 5P7HA 2ANLA 5B18A 3SA5A 1ENTE 5JFUA 1SDUA 5P5DA 1B6MA 4J54A 1YTJA 4I11A 1HBVA 3NWXA 5P34A 4OBZA 3IXKA 5P2AA 4FL8A 4MC9A 1K6TA 4Z50A 5P2HA 3I25A 1EBWA 5DR8A 5P37A 5I3YA 1YT9A 2WHHA 5P5OA 2PSGA 1SIPA 3DK1A 1YTHA 1K1UA 4Y4EA 5P0JA 5P2DA 1WBMA 3S54A 1W50A 3KYRA 4JPEA 1EPQE 1T7IA 4KUPA 4YD6A 4AA9A 2VA7A 3RSVA 4CPQA 1HIHA 1DIFA 2VJ7A 4YOBA 3OUDA 1GNMA 3U6AA 3UDNA 1T7KA 4J1CA 4B78A 1A8KA 3GW5A 3IN4A 2R5PA 5P5NA 3TOFA 5P00A 5P2NA 5P1HA 5HE7A 3EKXA 1Z1HA 5IVSA 3NXEA 2AOGA 4TVGA 1EPNE 1YX9A 4Y3AA 2PYMA 5P8DA 3OGPA 1HTFA 4I0GA 4Y57A 6FIVA 4Z22A 4ACUA 3NUJA 1BILA 1FQXA 2BB9A 2VKMA 5P66A 3PHVA 1DW6C 4FSEA 1ZTZA 2OHRA 5P71A 4Y37A 1GNOA 4ZPFA 5P5GA 4RROA 4Q1XA 5P1SA 3QPJA 5P3CA 2FLEA 4GJDA 5P8GA 6UPJA 4XXSA 3QIHA 2FMBA 2PQZA 4EXGA 3EM3A 2IKUA 1NSOA 1PPME 4NKKA 2B8VA 2O4LA 2UY0A 2ZHRA 3T6IA 3R4BA 5P4BA 1LZQA 3CKPA 5OZFA 2NTRA 5P7IA 2ZE1A 2BPXA 5P4TA 1EBYA 3LPJA 5P75A 5P47A 1SDVA 1TZSA 5P2KA 5KR0A 1SGZA 2Q5KA 3MWSA 5P4QA 3T7XA 5HCTA 2RKGA 5P7BA 3KMYA 1MUIA 1HVLA 4XKXA 1W5VA 4RVIA 3K5FA 2AODA 4Y3TA 4H3GA 5P0HA 4L6BA 3NR6A 3UDYA 1ZSFA 1FMXA 2APRA 5P2YA 2IS0A 1ZSRA 2HS1A 3NUOA 4HVPA 1A8GA 4B1CA 5IVQA 3TTPA 1A94A 3SPKA 8HVPA 1FMBA 4B1DA 3SKGA 4DI2A 1K2BA 2G1RA 3SA8A 3WZ7A 3BUGA 7HVPA 5HDVA 1LS5A 5P2TA 5OZOA 5P8KA 2QNQA 4L7GA 3R2FA 5OZHA 4IVSA 4DQEA 4U7QA 5JFPA 5P2IA 1HPXA 2BKTA 3LIXA 4LHHA 5ENMA 3NU4A 5P4DA 3NU3A 4LP9A 3ZMGA 5OZUA 3GI5A 4WY6A 3LZUA 1AAQA 4B1EA 1GVWA 2O40A 5P8EA 5OYQA 5P6LA 4KB9A 4LBTA 3NDXA 5HD0A 3QRMA 2R5QA 1FQ5A 2JYSA 3DOXA 1EAGA 2OHUA 2AZ8A 3FV3A 3LITA 1UH9A 2BBBA 3QP0A 3KN0A 5AGZA 4Y3ZA 5DR1A 4K4RA 1FQ6A 5P1YA 1FQ4A 5P6ZA 5P36A 4WY1A 4I0FA 5P6NA 2WEZA 5P7QA 5P55A 5P80A 3UPJA 5JODA 4QJ2A 2VNNA 1E5OE 2VA6A 5P4IA 1QBRA 5P6FA 4PPHA 5P7UA 3PLDA 5C9FA 3K5GA 4Y36A 5P5IA 2QI4A 3SQFA 1FG6C 2P3DA 5P7OA 2QZXA 1DP5A 1ODYA 3HAWA 4FRKA 1XL2A 1K1TA 5BS4A 5P7JA 3PVKA 5P3AA 3VV7A 3O9HA 5P5QA 4YCKA 5P53A 4NJUA 4Y3JA 3UQRA 4H3FA 2OHKA 1QBTA 1LYAB 1BXQA 2CENA 2P83A 2JJIA 4NJSA 4FM6A 5P5LA 5HTZA 3IVHA 5P07A 1META 3EM4A 1SH9A 3GGUA 3NYGA 2O4NA 2QCIA 5P77A 4FSLA 3SA6A 1K6PA 2P8HA 3CKRA 5P7ZA 1IVQA 5P01A 3LZVA 4Y9WA 5P6BA 5I3WA 4Y39A 2Z54A 5APRE 1BXOA 3LIQA 5P8HA 4CPUA 1XE5A 3CIBA 5P0PA 2ZHTA 4J0ZA 4RCEA 5P56A 3ZPSA 5P60A 1G0VA 3FX5A 1U8GA 2B8LA 4GJBA 1SGUA 2RENA 1F7AA 5P3OA 1HPOA 2HPFA 2V10C 4EP2A 5P1BA 2WF4A 5P7FA 2QI1A 5P5YA 1GKTA 3URIA 3GI4A 3PSUA 3DJKA 5P1GA 3IN3A 5P8TA 3VCMA 5SY2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PK5 A;  3H0B A;  3IXJ A;  2P3A A;  4L7J A;  5HDU A;  1T6E X;  3AID A;  3HLO A;  3BVA A;  5P2E A;  4CPS A;  3QBF A;  5P09 A;  5P7R A;  5P3G A;  5P63 A;  4KE1 A;  4I0H A;  2PYN A;  1UPJ A;  4Y4W A;  4Y3E A;  4GJ8 A;  3FIV A;  5P57 A;  5F01 A;  3PRS A;  2HM1 A;  5P4K A;  5P89 A;  5P3I A;  4ZSM A;  5P5C A;  5OYT A;  3URL A;  5P7K A;  2AVO A;  4PHV A;  5DR0 A;  3EL9 A;  5P6A A;  2AOE A;  5P1R A;  3OQ7 A;  5OZP A;  2OHQ A;  1MSM A;  4OC6 A;  3D1Z A;  1PSO E;  5P1Z A;  1ZLF A;  3NDT A;  3CIC A;  4PZX A;  5P0G A;  3EMY A;  4YBF A;  5SY3 A;  5P6Y A;  1IBQ A;  5OZ9 A;  4YD7 A;  3WZ6 A;  2R3W A;  1C6Z A;  4LXK A;  4FGX A;  5COO A;  1D4L A;  5DQ4 A;  3FNT A;  4OD9 A;  2QMG A;  5P5U A;  5P0T A;  1B5F B;  4B00 A;  5P3V A;  4ZE6 A;  5DR4 A;  1HVS A;  5P2C A;  4F75 A;  4Y3N A;  3VUC A;  5OZW A;  5P0K A;  3TPL A;  2NPH A;  3EC0 A;  1UH8 A;  5KAO A;  5P50 A;  2QAK A;  5IVR A;  2V13 A;  2WF0 A;  2QD6 A;  3BGB A;  5P02 A;  4Y56 A;  5P8N A;  3S56 A;  4Y3L A;  5P7E A;  5P58 A;  4Y4X A;  3S43 A;  2QNN A;  4EYR A;  3FKT A;  3LZY A;  2J9K A;  5P42 A;  3QRO A;  1WBK A;  4D83 A;  3EKV A;  2BPW A;  3SAA A;  3UCB A;  5P26 A;  5P1U A;  2PWR A;  2ER7 E;  4GID A;  1G2K A;  3CKT A;  5KQX A;  4PYV A;  5P5K A;  2BQV A;  5P4F A;  5P7D A;  4Y4G A;  4ACX A;  1NPW A;  5P45 A;  5COP A;  4DQC A;  4XX4 A;  4H3J A;  3QBH A;  2F8G A;  4QJ6 A;  2PC0 A;  5HDZ A;  1HTG A;  5P0L A;  3O9C A;  1AJX A;  2JJJ A;  2NMY A;  4RVX A;  2I0D A;  1MT9 A;  1AID A;  2G21 A;  3SM1 A;  4QJ9 A;  2G1N A;  2FNS A;  4QGI A;  5P3P A;  1BV9 A;  2BKS A;  5P3B A;  2G1Y A;  3WSJ A;  4K4Q A;  1EPO E;  3QN8 A;  1A30 A;  3OU3 A;  4HEG A;  5P6J A;  1G35 A;  5P6M A;  4FS4 A;  3APP A;  5P27 A;  3O9L B;  3CYW A;  2FNT A;  5AH8 A;  1OD1 A;  3PI0 A;  2ZJH A;  4RVJ A;  5P31 A;  3LNK A;  1HVR A;  3MXD A;  5P85 A;  1Q9P A;  5ER1 E;  3EL0 A;  2H6S A;  5P3W A;  5P3K A;  4Y58 A;  3I8W A;  5TOL A;  5P10 A;  1YTI A;  5P5X A;  2Q64 A;  2G94 A;  1BWB A;  5P3H A;  1ER8 E;  1TQF A;  3OU4 B;  3DM6 A;  4J1F A;  5P5B A;  5P2S A;  4EHC A;  1ODW A;  3EKY A;  5P0D A;  2OHM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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