5I3WA

Crystal structure of bace1 in complex with 2-aminooxazoline-3-azaxanthene inhibitor 2
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-Linking Approach Using (19)F NMR Spectroscopy To Obtain Highly Potent and Selective Inhibitors of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 92
structure length 377
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3wA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3wA02
4D83A 3OWNA 3OQFA 1YM2A 4D88A 5OZHA 5HD0A 3SFCA 5P0HA 2NXLA 4Z22A 5P0JA 3WB4A 2OHTA 1LYWB 2AZCA 4Y4TA 5P12A 4Y45A 2QNQA 4RYCA 4TRWA 5P3AA 1NPVA 2AOJA 5P8CA 1A8KA 1APUE 2NMYA 2QI7A 5P4JA 3UFNA 3VSWA 2BKTA 2ER0E 3TLHA 5P5FA 2JE4A 5KOQA 2FGUA 4Y58A 2QK5A 5P6FA 3NU5A 1BVEA 5P6NA 5P4DA 5P0SA 2Q54A 1WBMA 1B6JA 5P1YA 4CKUA 4JPCA 5P1HA 1EC1A 5OZEA 5P0DA 5P36A 1G35A 3K5GA 2R5QA 5P1PA 3ZOVA 1D4IA 1D4YA 5P1ZA 3LIQA 2Q15A 4FIVA 1IZEA 4BFBA 4TVHA 1TCWA 2PQZA 4R5NA 1MERA 1HVJA 3OGPA 3OU1A 5F01A 5P7VA 3ZKSA 5P7SA 5P4MA 1RQ9A 5P57A 3GGUA 5P4PA 5HE4A 3WZ6A 1TCXA 5E5KA 1W51A 4JPEA 5OYQA 1MTBA 3LIYA 3CKPA 1EAGA 4GJCA 4NJTA 2VA6A 5KAOA 4DUSA 2WF1A 1Z8CA 1AIDA 4HDBA 3MXEA 1FG6C 1FGCC 4J17A 4J1HA 3SA9A 4QJ2A 3OU1B 5I3WA 1G0VA 2NTRA 1EPQE 5P6KA 2WEAA 5P54A 3VF5A 5P2TA 2QI0A 2HPFA 5P3EA 1MSNA 4FAEA 3INHA 2VA5A 1AZ5A 3UDKA 4Y3SA 3QRMA 3HLOA 4NPUA 3GGAA 2IL2A 3O9FA 5P3WA 2FXEA 1SMRA 3KM4A 4DI2A 2P83A 5P5WA 1NPWA 1YM4A 5P47A 5P6WA 3FNUA 4Y3TA 4EHCA 3O9CA 3LHGA 2AOGA 5P7WA 3EM6A 3UDMA 4RVIA 4Y4AA 3QRSA 1LYBA 5P2GA 5JFPA 3UDHA 1Z1RA 2QNPA 5OYZA 4B1CA 5P3JA 4YHQA 3BUFA 1APTE 2NMZA 1HPSA 5P05A 5AGZA 1EC3A 1A94A 5DR7A 5KR0A 4Y4EA 5P1JA 4FM6A 3KT2A 1DPJA 3C9XA 3IVIA 4Y3XA 4DQCA 2OHQA 4EXGA 1LYBB 4Y5KA 5P41A 2WEZA 2AIDA 5P2NA 3ZMGA 2Q3KA 1MSMA 4RLDA 3KFRA 3O9LA 2I4DA 1XS7D 4Y4XA 2QHYA 3EKWA 3FSMA 1T6EX 5P5EA 4Q1XA 4AA8A 1K2BA 1HPOA 5P3XA 4Z50A 2FS4A 4Y43A 5OZBA 5P5MA 2PMAA 2OHPA 4BELA 4EQJA 3QI1A 3SA6A 4CPUA 2ER6E 3DV5A 4YCTA 4EP2A 1AJXA 2PSUA 2QU3A 4YDFA 3DK1A 3MSKA 5P1SA 3O9LB 4OBKA 5OYSA 5P1NA 1FKNA 1BXOA 5P46A 1LF2A 4Y3YA 5P4GA 4Y4ZA 2ER9E 4RGHA 4Y3MA 4J5JA 5P0XA 3UPJA 1FMUA 1G6LA 1M4HA 1YTJA 5DR4A 2QD8A 3BUGA 5I70A 4GJ8A 5DGWA 1C70A 3F9QA 4DJOA 3BGBA 5P1MA 3G6ZA 5P6IA 3URLA 4B00A 3UQUA 4I1CA 3CYWA 1DMPA 5KQZA 2ER7E 2HPEA 3VG1A 1QBTA 2BPYA 2I0AA 2QI3A 5HDXA 5OZVA 2XFKA 3QBHA 4DJRA 3IAWA 3PVKA 1QS8A 4PHVA 5P51A 4DVFA 4ER1E 3I2LA 4QLHA 3T7XA 1TSUA 3S85A 5P8PA 1C6YA 3OQDA 2HM1A 5JG1A 3O9HA 5P7QA 4ZPFA 5P70A 2AVOA 3UCBA 3I25A 3BXSA 5P5ZA 4H3GA 4R95A 5P6GA 3UHLA 5P5JA 1XL5A 1B6KA 5P55A 5I3YA 3EKVA 2ZHTA 3EXOA 1GVTA 3Q70A 2VJ7A 2ZGAA 4YA8A 3VYFA 2BB9A 5P1TA 4EJDA 3INDA 3BC4A 3OY4A 3OTSA 2WF2A 1PSAA 4F76A 5P2KA 4FRKA 1DIFA 5BWYA 4CPRA 5HTZA 4PZWA 5P1EA 1SIPA 5P7YA 3S54A 5P26A 5DPZA 4DH6A 1F34A 1W50A 1ZP8A 2P3BA 4XXSA 5P09A 3S7LA 2P8HA 4I0IA 2HAHA 1D4SA 5P4BA 5P65A 2ZHSA 1XL2A 4YOAA 3O9IA 2QHCA 2QD7A 1EC0A 1HTEA 5P4VA 5P5TA 5HU0A 1EBZA 5AH6A 3PCZA 1D4HA 4Y5CA 4IVTA 3GI0A 4CPQA 3EL0A 1TZSA 4MC1A 3SO9A 4B72A 2P3BB 4HDFA 3VFBA 4GJBA 1OD1A 2ZHRA 3EL5A 5P16A 5P52A 3OAGA 5P40A 2H6SA 1HVRA 1LV1A 2HS2A 3OU4A 1W5YA 2A1EA 4Y4UA 5P3UA 2AOEA 5P8BA 5OZQA 1BV7A 1NSOA 4B1DA 7UPJA 1D4LA 2UXZA 1HPXA 1DP5A 4HZTA 3T3CA 3PMYA 3Q4BA 5P5RA 5P8GA 3K5FA 3QPJA 4CP7A 3OAGB 1IVQA 4J0TA 3OU4B 1ME6A 3DCRA 1M43A 1BILA 4Y3ZA 5P5NA 4PEPA 2QMPA 3IXJA 3RVIA 5P2OA 1HPVA 3LNKA 5P15A 3NDWA 1ENTE 1GVWA 2HC0A 5OZYA 3ZLQA 5P1OA 5P6XA 2G26A 1OEXA 4OBHA 3VSXA 4FM7A 3VYEA 4FAFA 5P7PA 2ZJKA 5OYXA 5P71A 1HWRA 3GI6A 4EWOA 3PLLA 3OQKA 5P2DA 3UDYA 3BVBA 1TW7A 4Q1YA 2NNKA 4N00A 4ACUA 4J1CA 4QGIA 4YD7A 3FNTA 1WBKA 1BWBA 4GJ6A 1EPOE 1HTRB 5P8VA 1T7KA 4DQFA 4M8XA 5P35A 2FNSA 5P8KA 3NU6A 1ODWA 4Y3AA 1VIJA 2F3FA 5IVTA 3BHEA 4Y3GA 5P5HA 5HVPA 3S56A 3CIBA 3INFA 5P4CA 5P8LA 5P4FA 1CPIA 4RRSA 5OZJA 3S43A 1SGUA 5OZLA 5P3PA 5P2YA 5KQXA 2VIZA 3IXKA 5P6HA 1FLHA 6UPJA 1XDHA 5P1RA 5P10A 3B7VA 4Y5EA 4H3JA 2NR6A 3TPRA 1SMEA 2ZHUA 2VKMA 2PYMA 4FM8A 1AXAA 3BGCA 3S43B 4OBJA 1W5VA 2ASIA 1GNOA 4FLGA 5P81A 5P5UA 3VF3A 5OZTA 1FQ6A 3RTNA 5P1IA 1XE5A 3FNSA 2R43A 5IVQA 3UQRA 5P4SA 1CZIE 3EKPA 1T3RA 1B6LA 4JP9A 1IDAA 1HTGA 4LC7A 5F00A 5P7MA 2O40A 5P2JA 3TTPA 5P6PA 3FV3A 4GJDA 2IQGA 5P3YA 4NJSA 2ZJLA 4NJUA 2IKUA 1GNMA 4WY1A 3M9FA 3D1ZA 5P8RA 5P4RA 1K6TA 5P1BA 4GJ5A 5P0NA 4F75A 4LXMA 2B8VA 4DQHA 3OHFA 3QVIA 5JFUA 4FSLA 1F7AA 4FSEA 5P7DA 1EPNE 2NPHA 1XN3A 2VIJA 5P0YA 1SH9A 5P11A 4QJAA 1FMXA 4K8SA 3R1GB 1IDBA 4B0QA 5P14A 2Q11A 4J1KA 2P3DA 5C9FA 4Y36A 5OZNA 2Q55A 4J1EA 3ER3E 3VV8A 3SABA 3OHHA 4Y3EA 4DQEA 4YBFA 4J0PA 4OC6A 3SA5A 3EM3A 2A4FA 4L7HA 1PPKE 2QNNA 4J54A 5P72A 2AOFA 3OGQA 1ZSRA 4APEA 2I4QA 1MVPA 5P43A 3APPA 4KB9A 3SM2A 4ER2E 1META 4XX4A 3K5CA 5OZAA 1LYAA 2G22A 2O4KA 4ER4E 4OC6B 4TRYA 4YD5A 5P0RA 3PSGA 1HIHA 3UDJA 4Y4JA 3KDDA 4Y4DA 4Y9WA 3NUOA 4A4QA 4RVXA 3I6OA 3I8WA 3KA2A 4ZSMA 2I0DA 5AH7A 5OZ0A 2AZ9A 4Y48A 5P04A 5B18A 3JVYA 3NU3A 1LYAB 3EL1A 5P3BA 4Y3JA 4DPFA 5HDZA 3UFLA 3TNEA 4EYRA 2O4PA 3G72A 2PK5A 5P6OA 5OZXA 5P7EA 3D20A 3OQAA 4GJAA 5ER1E 5P00A 5P6DA 3MXDA 1B11A 1BDRA 4RCEA 2WF4A 4Y5BA 2O4SA 2UPJA 4Y5AA 3A2OA 3GI4A 5P8DA 4X7IA 5P84A 5P86A 3EMYA 3PSUA 4RROA 4ZE6A 1GVXA 3QROA 5P2UA 3URJA 3GI5A 5CLMA 5P6ZA 4FE6A 4DV9A 2QI4A 5P83A 5APRE 2IGYA 5P30A 1QBSA 1ZTZA 2WEDA 5P3DA 2OHRA 1BIMA 2FGVA 3OUCA 2XFIA 3SA3A 5T4SA 2AVVA 4Q1WA 2V13A 4ZSQA 3S8IA 5HE7A 4HEGA 5P3ZA 4HA5A 5KQYA 3WSJA 4Y38A 5P0UA 1BXQA 5P8QA 3S45A 1C6XA 5KOSA 5OZUA 1TQFA 5P0LA 1YTGA 1UH8A 5ISJA 1HOSA 3VUCA 2F8GA 1FQ7A 2OHUA 5P7AA 4Y3DA 3N4LA 5P42A 5DQ1A 1SDTA 2ZHVA 2R38A 2HB2A 3N3IA 2PH8A 5AHBA 3RSVA 5P8MA 3LZUA 2V11C 3ECGA 2APRA 3PBZA 5OZ6A 1HVCA 3PBDA 3SKFA 5P77A 1B6MA 3KYRA 5DR1A 3OK9A 1GNNA 3U7SA 1EBWA 2G1RA 2BJUA 5P85A 4DJXA 4FRIA 4Y54A 4R91A 1FQXA 4YCYA 5OZKA 1HXBA 3EM4A 3OQ7A 1HHPA 1BWAA 3U6AA 2QAKA 4ZPGA 4B05A 2F3KA 4PPHA 2QZXA 3MSJA 3L5DA 5OYRA 2NNPA 1YT9A 5P0OA 4FRJA 2G1YA 2JXRA 4DFGA 5P7TA 3KFSA 5P4ZA 4Z4XA 3CMSA 5P2QA 3SA4A 1HBVA 1FFIC 4Y35A 1QBUA 2G94A 5P7RA 5P5SA 5DQ5A 5P27A 1HVKA 3O99A 5DGUA 4OBFA 3TOHA 4Y44A 4Y5PA 2B42A 4LBTA 5P7UA 2ZDZA 3UDNA 1LF4A 4EQ0A 5P6UA 5P8UA 3PM4A 2XYEA 1AJVA 5BRYA 5P2RA 4DJPA 3HD8A 4R8YA 4QJ9A 3PJ6A 2XFJA 3BUHA 2RENA 4Y51A 5P3KA 4YCKA 5P7XA 2WHHA 2G1SA 5P5CA 1YG9A 5P64A 5P8TA 3EBZA 1FFFC 5E5JA 5P78A 5P1CA 5P8HA 1T7JA 5P2ZA 5IE1A 5P22A 4GB2A 4J1FA 5CONA 5I3XA 3S2OA 5P62A 4CPWA 5DR0A 5OZ5A 4I0ZA 2PWRA 3PI5A 2BPWA 5P67A 3IN3A 4EXHA 3ZKMA 2F80A 4OD9A 5P7GA 3INEA 3PCWA 3OOZA 3LIXA 1E82E 1ER8E 4RRNA 4B70A 4LAPA 1QRPE 5P0TA 4WY6A 4Y3LA 3HZCA 1PPME 1W6IA 5OZMA 5P3SA 3O9EA 3DUYA 3OOTA 5P07A 3I7EA 5P2BA 1EBKC 4H3FA 5COOA 4OD9B 1HVSA 3HAWA 5P2VA 4I0EA 4F74A 4Y3PA 2EWYA 2IRZA 3MWSA 3PWMA 3EL4A 4EJKA 5P7LA 1BVGA 4EP3A 1EPLE 5DR3A 2PWCA 3BRAA 5P3VA 3PB5A 4PZXA 3S7MA 1WKRA 5P1AA 2OHSA 4X2LA 2V10C 4Y3QA 5P7HA 5OZRA 3VLAA 4AUCA 3K4VA 3NXNA 5P06A 2FDEA 1U8GA 2JYSA 4ZPEA 2BPVA 3KT5A 5HCTA 5OZIA 3UDPA 1MEUA 5P5VA 3FIVA 4DJYA 2Q64A 2HS1A 3UDRA 2VNMA 5AHCA 2OAHA 5P4OA 5P0GA 2FDDA 1KJGA 2FLEA 1NH0A 2P3CA 1APVE 3QIHA 2Q63A 4YDGA 5I3VA 2ZYEA 3K5DA 5P0FA 5P8NA 2QMFA 1XE6A 3GGVA 3R2FA 1HEGE 1KZKA 2RMPA 5P5QA 4Y57A 4AA9A 2PK6A 2B7ZA 5P02A 1ZPKA 4RCDA 3L58A 4H1EA 5P73A 5P82A 5P5OA 4YD4A 2BPXA 2G27A 4B1EA 5P3MA 2QI6A 5P4AA 4KUPA 1W6HA 5P6AA 4Q5MA 4WTUA 4I11A 4Y50A 4ACXA 2WL0A 2PC0A 1ZBGA 3HAUA 1RNEA 2IEOA 5HDVA 4Y56A 5ER2E 5P6QA 3CIDA 3NDXA 3GGXA 1AAQA 4LL3A 2AOIA 4FS4A 4OBDA 5OZZA 3KN0A 3SKGA 1RL8A 5UPJA 1SIVA 4APRE 1KJFA 1GKTA 5SY2A 3VYDA 3PWRA 5P32A 4GZFA 3EKTA 5P1KA 1PROA 5C9DA 2IGXA 6APRE 1K6PA 4J0YA 3OADA 1UH7A 4NJVA 2I1AA 5DQCA 5P3TA 1T7IA 3IXOA 4KE1A 4K9HA 4Y3FA 1MT9A 4HE9A 3ZKIA 2AZ8A 5P6CA 5OZ2A 5P5DA 4FGXA 3ZL7A 2AZBA 3EKQA 4ZIPA 5P0KA 1CMSA 1ZPAA 5P6TA 1FF0C 5P6MA 2Q5KA 4MC9A 5P7ZA 2Z54A 3T6IA 2BBBA 5P01A 3WB5A 4ZLSA 1MRXA 1QBRA 5P68A 3BXRA 3OXCA 2F81A 5HDUA 9HVPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4D83 A;  3OWN A;  3OQF A;  1YM2 A;  4D88 A;  5OZH A;  5HD0 A;  3SFC A;  5P0H A;  2NXL A;  4Z22 A;  5P0J A;  3WB4 A;  2OHT A;  1LYW B;  2AZC A;  4Y4T A;  5P12 A;  4Y45 A;  2QNQ A;  4RYC A;  4TRW A;  5P3A A;  1NPV A;  2AOJ A;  5P8C A;  1A8K A;  1APU E;  2NMY A;  2QI7 A;  5P4J A;  3UFN A;  3VSW A;  2BKT A;  2ER0 E;  3TLH A;  5P5F A;  2JE4 A;  5KOQ A;  2FGU A;  4Y58 A;  2QK5 A;  5P6F A;  3NU5 A;  1BVE A;  5P6N A;  5P4D A;  5P0S A;  2Q54 A;  1WBM A;  1B6J A;  5P1Y A;  4CKU A;  4JPC A;  5P1H A;  1EC1 A;  5OZE A;  5P0D A;  5P36 A;  1G35 A;  3K5G A;  2R5Q A;  5P1P A;  3ZOV A;  1D4I A;  1D4Y A;  5P1Z A;  3LIQ A;  2Q15 A;  4FIV A;  1IZE A;  4BFB A;  4TVH A;  1TCW A;  2PQZ A;  4R5N A;  1MER A;  1HVJ A;  3OGP A;  3OU1 A;  5F01 A;  5P7V A;  3ZKS A;  5P7S A;  5P4M A;  1RQ9 A;  5P57 A;  3GGU A;  5P4P A;  5HE4 A;  3WZ6 A;  1TCX A;  5E5K A;  1W51 A;  4JPE A;  5OYQ A;  1MTB A;  3LIY A;  3CKP A;  1EAG A;  4GJC A;  4NJT A;  2VA6 A;  5KAO A;  4DUS A;  2WF1 A;  1Z8C A;  1AID A;  4HDB A;  3MXE A;  1FG6 C;  1FGC C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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