5I3XA

Crystal structure of bace1 in complex with aminoquinoline inhibitor 6
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
389
structure length
373
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-Linking Approach Using (19)F NMR Spectroscopy To Obtain Highly Potent and Selective Inhibitors of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 373
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3xA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3xA02
3VF7A 3SA8A 2AOFA 4FRJA 1HHPA 4J1KA 4Y5NA 3TKGA 3DUYA 5P3HA 3KA2A 1BDLA 5P68A 4PPHA 1UPJA 2VA5A 3NDUA 3UFNA 4I8WA 3OQDA 4FSEA 1FFFC 4RRNA 4X7IA 5OZQA 3UDJA 5P6NA 4J54A 9HVPA 5P4SA 5P84A 4JOOA 3Q4BA 2VKMA 4EJ8A 5P22A 5P5RA 4OBZB 4EQ0A 1YT9A 2OF0A 3WZ8A 3GGXA 5AH6A 4QJAA 4QJ7A 2WEAA 2WEBA 2G94A 5P5QA 4NPTA 4F76A 5P3FA 3UQWA 2HIZA 1YTJA 5P40A 2PSGA 4DQBA 1QBTA 4OBKA 4Y5EA 1FB7A 5HE5A 3VFAA 3D3TA 2G1SA 2QNQA 3QROA 4R95A 2QI6A 3T6IA 4Y3DA 2QU3A 1W5VA 5P74A 5P87A 1PFZA 5CONA 4CPXA 3OTYA 5DR4A 5P5SA 4YE3A 3N4LA 5P8IA 5P5IA 2B42A 2R43A 1FMBA 5P0KA 1CZIE 2WL0A 1AVFA 5APRE 2Q3KA 2QHYA 2ZJLA 3R1GB 1EPME 3GI4A 5P6BA 1FQXA 4YCYA 1BDQA 3QVCA 3SFCA 5P4BA 2A1EA 1HVSA 4AMTA 3S56A 5P0ZA 1APWE 1QBSA 5HDUA 2HPFA 4GZFA 3BUFA 5P3NA 3SKFA 2R5PA 1FEJC 5OYVA 2NNPA 5OYXA 5P5XA 4CPRA 3SA3A 2RKFA 2QAKA 5P8HA 5P5UA 1IVPA 4JP9A 2QI5A 5SZ9A 5P7XA 1DP5A 1LYBA 3A2OA 5F00A 4TRYA 4Y3SA 3PRSA 4LHHA 4KB9A 1MSNA 5OZHA 5P7BA 2I0AA 4GYEA 1LEEA 4QLHA 3N3IA 1HVLA 1W5WA 3NWXA 4RYCA 1DPJA 5P3ZA 3G6ZA 2P3AA 4Y4GA 5P25A 4I1CA 2VS2A 1VIJA 2FXDA 5P5NA 5P4PA 2NXDA 1ZAPA 2PK5A 3TPPA 2AIDA 2G21A 5P5EA 4PEPA 3G72A 3HBOA 3OTSA 2QK5A 5OZ3A 4CPQA 3HD8A 3GGUA 5P0QA 3SA5A 3BXSA 5P6OA 5P4XA 1META 3PBZA 4R8YA 3URJA 2F8GA 2PH6A 1K1TA 5OZKA 4GJAA 3INFA 5DR3A 3O9DA 1OHRA 5FIVA 3G70A 4CPTA 2V12C 1LYBB 4GJBA 4ZIPA 3QPJA 1MPPA 5P5HA 2QI4A 1FQ5A 2MIPA 5OZ9A 4KE0A 4Y3RA 5P8UA 3BUHA 5P1BA 4H3IA 5BRYA 1RNEA 1NH0A 2RMPA 5P57A 3LHGA 2FS4A 3O9EA 3ZPUA 4BEKA 2R5QA 5P72A 4DJXA 4Y3HA 1WKRA 4LL3A 5P0RA 4LAPA 1LYWA 5P4RA 5P7TA 2JJJA 3UQRA 4MC9A 1GNMA 1OEXA 2IL2A 5P30A 2QCIA 3D1ZA 1SIPA 2P3BA 4DJRA 1Z8CA 2AOGA 1MIQA 4ER1E 3EKYA 4Y4AA 4GJ6A 5P1UA 3IA9A 1ZPKA 4F74A 3VG1A 1HTEA 5P3OA 5P5WA 5P7VA 5DPZA 4Y53A 2FDPA 4DJYA 5P8GA 5P0FA 1KJ4A 5P33A 5P0GA 4Y3MA 2BB9A 2ZHTA 5P2IA 5KQZA 5P5ZA 1JLDA 5P49A 2QHZA 4L7HA 1YM4A 3NXEA 3ZKIA 4J0YA 1B5FA 1EC2A 2BPZA 1HTGA 4RGHA 4CPSA 2FDDA 4CMSA 4D88A 4R5NA 1HOSA 5P28A 2AOCA 4EPJA 4TRWA 1SMEA 2P8HA 1LYWB 4ACUA 5TOLA 2VIYA 4FIVA 5OYWA 3KT2A 2NXLA 3R4BA 2ZJKA 2P3BB 2Q63A 3PJ6A 5P5AA 5COPA 5OYUA 3L59A 5P4JA 3OU1A 4I0JA 3MXDA 5P7RA 1VIKA 5P03A 1ZSRA 1HPOA 5OZXA 3PI0A 5AHCA 3FIVA 3OOTA 1T7IA 3LIQA 1NPWA 2VIEA 2F81A 5P1MA 2VA7A 1B5FB 5P8MA 5P3CA 2FIVA 3O9HA 5P5TA 1D4HA 5OZDA 5ER1E 5P6RA 3PLLA 4Y3PA 5KR8A 1APUE 2QZKA 1ENTE 3L5CA 1RL8A 5P6UA 2G27A 5P5VA 5HTZA 5P20A 2O40A 5P0JA 5HD0A 4Y44A 5P8BA 5KQFA 5P1ZA 4I11A 3ZKGA 3OU1B 2NR6A 3S43A 3DCKA 3UDKA 2FDEA 1D4IA 5OZ0A 3I25A 2QZXA 2PC0A 5P05A 5P6TA 3LZVA 4MC6A 4XXSA 4H3GA 4DH6A 3TL9A 1BBSA 5P12A 4Y3EA 1E5OE 5P5LA 1ZBGA 5ENKA 3OXWA 5BWYA 3Q3TA 4QJ2A 5P8SA 5OZFA 3ST5A 2F3KA 5P5CA 3K5DA 5I70A 5P6XA 1TZSA 2V10C 3CYXA 2FGUA 2WF4A 4D89A 4Y3ZA 5P39A 1IZIA 2WECA 5P6EA 5P2BA 1HIIA 2Q55A 4Y5PA 4FLGA 1CMSA 1LS5A 5P7DA 4NPUA 1IIQA 3VF5A 4KE1A 5OZEA 3LNKA 5P86A 5OYZA 4U8WA 4Y5MA 5P0AA 2QI3A 1LV1A 3S43B 1B6MA 2P3CA 1E80E 4Y50A 5P71A 3MWSA 4OBHA 4DJVA 4B05A 2QZWA 3IXKA 5P5YA 3OU3A 3VFBA 2QI1A 1SBGA 1AIDA 1BXQA 3FNTA 3F9QA 5OZ5A 5P8LA 3EL1A 5P2CA 3U7SA 5P14A 3K4VA 2WF3A 4DQFA 4Y3GA 3S8IA 3QAAA 5P61A 5P8QA 5P3KA 5P5FA 2ZJMA 1KJHA 1T6EX 3SA6A 3EKWA 5P3VA 2QMFA 2B7FA 1MT8A 3WZ7A 4XX3A 4EYRA 2BKSA 5E5JA 5P2LA 5DR0A 4Y51A 3GI6A 3TNEA 5JG1A 3SA9A 2QNPA 4CP7A 4RRSA 1Z1HA 2PWCA 4B72A 7UPJA 5KR2A 4WTUA 4YCKA 1IZEA 2AOIA 3K1WA 4AA8A 5P1LA 3Q70A 4MC2A 4DJPA 3UDHA 4FAFA 5P0PA 5P3IA 5P32A 3BC4A 4S1GA 5P67A 5P34A 2PQZA 4D85A 4JPEA 3CMSA 5P5MA 5P7GA 3WB5A 2PYNA 5P1TA 4Y4XA 5KOQA 1ER8E 4YD5A 1HXBA 3UDPA 3ZKNA 2F80A 1K2CA 2OHQA 4YOAA 2OHLA 5P1GA 5KQYA 2NNKA 4FRIA 3QP0A 4DI2A 1GNOA 4N00A 5P82A 3O9BA 2QD7A 4H3FA 2V16C 5P54A 3WZ6A 5JFPA 4Y43A 2NPHA 2Q54A 1HVHA 3MSKA 5P1RA 3ZPSA 1LF4A 5P2DA 5P1QA 1D4SA 2Q5KA 4FM6A 3RU1A 3VYDA 3GGVA 5OZ2A 2JXRA 4M8YA 4Y5LA 5P2FA 1RV7A 2NMYA 3UTLA 2ER9E 2PWRA 4PYVA 1KJFA 3ZOVA 4DQGA 5OZNA 3I7EA 3KMYA 5SXNA 3OQAA 5P2RA 3S7MA 3OUAA 5OZ7A 1K6TA 3ZL7A 5P7LA 5P7AA 1HIHA 5OZJA 1E81E 4Y3NA 1MSMA 1F34A 5P56A 1NPVA 5P23A 3VYEA 5P42A 3CKRA 4Y3LA 2HB4A 5P6AA 3URLA 4D83A 1G0VA 3ER3E 1HWRA 4GIDA 3MXEA 3Q5HA 5P7MA 3GI5A 5P1YA 3EKXA 3I8WA 3PB5A 4K8SA 5P6YA 1XN3A 3RTMA 3HW1A 4AZYA 1PPLE 2G1OA 3JW2A 3UFLA 5P48A 5P6ZA 5P07A 2VJ9A 5KR0A 3PVKA 4J17A 1E82E 4R92A 3DCRA 5P7NA 3RSVA 2I1AA 4L7JA 5I3WA 2ZHUA 4I0IA 4BFBA 3TLHA 3ZLQA 4APEA 1OEWA 3DV1A 2R3WA 4Y3JA 3OXXA 2PYMA 4TVGA 3QRVA 4J1HA 5HDXA 5P4DA 5P88A 4F75A 4ZPFA 3O9LA 5P1VA 5P3TA 5C9DA 4I0FA 1FQ4A 3VV8A 4XKXA 5P8RA 5P4NA 5P2OA 3LPIA 4Y5CA 5HCTA 5P7SA 1ODWA 5P35A 1HTFA 1W6HA 3L5DA 5OZ6A 3T7QA 1M0BA 5P3MA 3O9GA 4ZEAA 5P45A 5P08A 1OD1A 1AJVA 2I4QA 2BJUA 1FLHA 5P70A 2XYFA 4DJUA 1M43A 5P0XA 1EAGA 4RVJA 5P81A 2QMDA 4IVSA 3OADA 4EXGA 5P7UA 2ASIA 2VNNA 5P27A 1W50A 4Y9WA 5I3YA 5P2NA 2JJIA 1UH7A 5P8DA 4FM7A 4I0ZA 5J25A 3KFNA 3QRSA 2BPWA 5P4HA 4LXKA 3OHFA 5P1IA 1MERA 1MRXA 3OUCA 2V11C 4RCEA 3CIDA 5P0TA 3RTHA 1NPAA 1ME6A 1EEDP 1PSAA 3O9LB 5OZTA 1SDUA 1ZJ7A 4B70A 5P69A 1HVKA 5PEPA 4K4QA 5DQ1A 5P16A 1LZQA 3FSMA 1B6KA 5P6FA 5KOSA 5P3WA 5P1WA 5P7ZA 5P19A 2PSVA 1GVUA 1XE5A 1YTHA 5OZMA 5P4KA 5P78A 5DR7A 1U8GA 3ZKXA 5P2EA 5OZ8A 5P3RA 4L1AA 3TKWA 1HSHA 5P52A 4Y36A 5P7EA 2HB2A 5P6WA 4J0VA 4Y41A 3NLSA 1A8KA 3KFPA 3OADB 5P2KA 1W5XA 5P8CA 2NXMA 2FXEA 4RYGA 4OBFA 3KDDA 2Q11A 5P0EA 4HDFA 1MEUA 2CEMA 2WJOA 4Y4BA 5P3QA 1GVTA 2OHKA 2WF1A 2UXZA 5P1NA 3HZCA 5P7QA 1MUIA 3LZUA 1EPOE 2I4WA 4HA5A 1BDRA 5P1FA 5P3XA 3S54A 1RQ9A 1TCXA 4YD7A 3VCMA 5P4FA 3OU4A 3NR6A 2O4SA 4DQEA 4Q1XA 3SABA 3KYRA 3LIYA 5P3AA 5COKA 5P4UA 1XS7D 4YBFA 2V0ZC 2VIZA 5DQ5A 1B6JA 1XL2A 4I0GA 2B60A 3U6AA 1MESA 4L1AB 1T6GA 3UQUA 5OZCA 4IVTA 4E43A 1YG9A 4YA8A 1D4JA 5IE1A 5JODA 4Y58A 3ZPTA 4J55A 2BPVA 2V13A 2IQGA 3SM1A 1KZKA 7HVPA 3TPJA 1BIMA 3TOGA 5KAOA 2R3TA 4Y39A 3VV6A 4Y3WA 5P1SA 3BGBA 2FNSA 2P4JA 2G1NA 4OC6A 5DR1A 3KN0A 1LYAA 2IGXA 2IGYA 5KQXA 3OU4B 3K4VC 3HLOA 2HAHA 2VA6A 2QD8A 3TPLA 2G24A 5P5BA 4APRE 5P2HA 3PSYA 1UH9A 4DJWA 5P79A 2WEZA 5HDVA 5P5GA 3UQPA 5P73A 2G69A 5E5KA 4I8ZA 3HAUA 2QD6A 3EKTA 2AVOA 4RZ1A 2RKGA 4NJUA 3O9IA 4TRZA 3GGAA 3S85A 3T3CA 5P0HA 3L5BA 4Y4DA 4EJKA 5DQCA 5OZVA 2P3DA 5P2GA 4YD4A 4NJTA 1LF3A 2AVMA 5P7YA 2BQVA 3VSXA 4FL8A 4Z22A 5P06A 3BUGA 5AHAA 1QBUA 4OC6B 5DGUA 1LYAB 3NU6A 1EPQE 4LC7A 1DW6C 4Y3TA 3PI5A 1IZHA 5P01A 5P50A 3T11A 5P51A 2ZGAA 3NUOA 2NMZA 4EJDA 4Z2ZA 2F3FA 1SDVA 2VJ6A 4GJ7A 4BFDA 5P1AA 5P6LA 5P1JA 3OUDA 6APRE 5IVRA 1HSGA 2G1RA 5AHBA 3WB4A 2IS0A 3EM3A 3C9XA 2UY0A 5P0YA 5P38A 1ZPAA 2WHHA 1MRWA 2QU2A 3IXOA 1SMRA 4PZXA 2AVVA 3PCWA 5P3JA 5JFUA 5P8NA 1SDTA 3O9CA 3LIVA 1FFIC 4J0TA 1SP5A 5IVQA 2AODA 1ZSFA 5P2AA 2IRZA 4KUPA 1FG6C 4Q1YA 1DIFA 1C70A 2AVQA 3IN3A 3WSJA 2FLEA 3INDA 3PGIA 2CENA 3EKQA 4PHVA 4L6BA 2OHSA 1BV7A 3O9AA 1T3RA 5P3LA 3OXVA 4AA9A 1EPNE 1EC1A 1EBWA 5HU1A 2OHRA 4Y6MA 2G22A 3NYGA 3D91A 3NWQA 5P8PA 3DJKA 5AH7A 3T7XA 3OUDB 5P7HA 3ZMGA 3UDQA 4U7QA 1FIVA 4Y4UA 2J9JA 5P7IA 3BRAA 5P13A 5P2YA 4A6BA 1WBMA 1IDBA 3OQFA 5P0OA 3NU9A 2ZYEA 3KDBA 1HVCA 4YHQA 5P6IA 2HC0A 3IAWA 2AZ9A 3KFSA 1FGCC 5OZRA 5P37A 4Y3XA 5P0WA 5P77A 3NU5A 1MT9A 3BVAA 1AM5A 3UCBA 2BPXA 1KJ7A 3DK1A 4B1CA 2QMGA 5OZ1A 4Y35A 4K4RA 3H0BA 5HVPA 1EC0A 3U71A 5P1PA 5P75A 3D1XA 3IVIA 3UDYA 4HLAA 3T7PA 4JPCA 1AZ5A 5P41A 4L7GA 1HVJA 3SA7A 4WY1A 4QJ8A 1FMXA 1HXWA 2R38A 5AH8A 2J9JB 5P76A 5P46A 5SY2A 3K5GA 3EM4A 2Z4OA 3APPA 5P3UA 3UHLA 3SACA 5P53A 3PHVA 1G35A 1PPKE 2ZHVA 5P6KA 4GJCA 3LITA 5P7PA 3SKGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VF7 A;  3SA8 A;  2AOF A;  4FRJ A;  1HHP A;  4J1K A;  4Y5N A;  3TKG A;  3DUY A;  5P3H A;  3KA2 A;  1BDL A;  5P68 A;  4PPH A;  1UPJ A;  2VA5 A;  3NDU A;  3UFN A;  4I8W A;  3OQD A;  4FSE A;  1FFF C;  4RRN A;  4X7I A;  5OZQ A;  3UDJ A;  5P6N A;  4J54 A;  9HVP A;  5P4S A;  5P84 A;  4JOO A;  3Q4B A;  2VKM A;  4EJ8 A;  5P22 A;  5P5R A;  4OBZ B;  4EQ0 A;  1YT9 A;  2OF0 A;  3WZ8 A;  3GGX A;  5AH6 A;  4QJA A;  4QJ7 A;  2WEA A;  2WEB A;  2G94 A;  5P5Q A;  4NPT A;  4F76 A;  5P3F A;  3UQW A;  2HIZ A;  1YTJ A;  5P40 A;  2PSG A;  4DQB A;  1QBT A;  4OBK A;  4Y5E A;  1FB7 A;  5HE5 A;  3VFA A;  3D3T A;  2G1S A;  2QNQ A;  3QRO A;  4R95 A;  2QI6 A;  3T6I A;  4Y3D A;  2QU3 A;  1W5V A;  5P74 A;  5P87 A;  1PFZ A;  5CON A;  4CPX A;  3OTY A;  5DR4 A;  5P5S A;  4YE3 A;  3N4L A;  5P8I A;  5P5I A;  2B42 A;  2R43 A;  1FMB A;  5P0K A;  1CZI E;  2WL0 A;  1AVF A;  5APR E;  2Q3K A;  2QHY A;  2ZJL A;  3R1G B;  1EPM E;  3GI4 A;  5P6B A;  1FQX A;  4YCY A;  1BDQ A;  3QVC A;  3SFC A;  5P4B A;  2A1E A;  1HVS A;  4AMT A;  3S56 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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