5ICQA

Methanobactin periplasmic binding protein
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
575
structure length
568
Chain Sequence
SHGLAMHGAPQLPKDFDHFPYADPAAKKGGRLRVGLPGTFDSLNPFNVTAAQGLVGNVFQGLMARSQDEPFTLYPLIAQSIDIDPARTRVTFHLDPRAHFSDGKPITAEDVLFSFDLLKAKGRPQQRIAYGLVKSATAPDPHRVAYDLTGVGDRELPLILAIMPVLPKHALDVERFSDATLAKPLGSGPYVVADVQAGARLLLKRDPNYWGADIPSQRGFYNFDEIDLQYFRDGNSLFEAFKAGLIDYRDETSTTRWSTGYDFPALRDGRMARESLKNENPKGLNGFVFNTRRALFKDARLREAFGMMFDFEWVNANYYAGLYTRTKSFFDESELSSSGRGASEKERALLAPWPDAVRAEILEGEWRPPVSDDRDMARRALDLLAAAGCRVDGDRLMKDGEPFSFEIMVKDRDQERLALAYASSLARIGVEVRVRLVDEVQYQRRRQKFDFDMMIGQYVASASPGNEQRMRWSSATANQESSFNLAGAASPAIDGMISALLSARSQEDFVTAVRAYDRVLLSGFYVVPLFHASEQWIAHSTDIVRPERSPRYGSPIFGPTLESWWRKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Periplasmic binding protein
molecule keywords Methylocystis parvus OBBP MbnE
publication title Methanobactin transport machinery.
pubmed doi rcsb
source organism Methylocystis parvus obbp
total genus 186
structure length 568
sequence length 575
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5icqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5icqA01
4RXLA 4QFPA 4OHNA 4C1TA 2DVCA 1L5TA 4OMBA 4GD5A 1POTA 3PPRA 1URDA 3IO6A 5EHSA 1MS7A 1ZJLA 3ILUB 1D9YA 3K1MA 1MM7A 4ND9A 2HCAA 5DVFA 1IITA 3KJ7A 1DPPA 3L6GA 3OMBA 2QJEA 4QSDA 5AA1A 4GFRA 2FYIA 2Z22A 1ZTYA 4OWDA 2E1SA 3GXAA 3JV9A 1LCTA 2B4MA 2ONRA 1N04A 3THIA 3HN0A 4KQPA 3USDA 4LZ7A 4EXKA 1Y4TA 1ZU0A 2HEUA 3SEUA 1B7HA 1QUJA 3RTFB 3DRJA 2Y7KA 3CRBA 5H8HA 4PQJA 3M3KA 4G8NA 1P1QA 4H5GA 4F31B 4GF8A 1H44A 4EQBA 3MW0A 3LVUA 3FVGA 3HCQA 3O9PA 3CVGA 1VFEA 4GXAA 3A3UA 3R6UA 2UYEA 3IOUA 3QXMA 5JTYB 1SW2A 4NE4A 5ICQA 1AL3A 2A5TA 1QKAA 3IAZA 2RC8A 1OVTA 3FV1A 4F3BA 1FTJA 1WVJA 3FTOA 3IO4A 3QAXA 3PMVA 3TELA 1MDP1 4F2OA 2F7BA 1R9QA 4GOTA 2XX8A 1UIUA 4G2ZA 3MVZA 4EXLA 3U94A 4F1VA 3CFXA 5H8FA 4ZEFA 3W9WA 1PB7A 3JYRA 3DRGA 3TCGA 3E3KA 1B4HA 2ZMBA 2QL3A 1SI1A 3C31A 1LFGA 3ILTB 1P99A 1DSNA 4K3FA 3IX1A 4DXBA 3OEMA 5BWJA 1SI0A 4N07A 3TFLA 2D3IA 4IB2A 4IGRA 1IXIA 3DP6A 5KZTA 4N13A 2AL4A 1SYIA 4U4SA 4QF9A 2DVZA 2UYFA 3PUZE 4ONYA 3LSFB 5JK4A 1RKMA 2XD2A 3MPLA 1GR2A 2UVJA 2PX1A 5A5XB 2PMSA 3O6GA 3DRHA 2XXRA 5IAIA 1MQJA 4PETA 3O6IA 5I2KB 3KSXA 2WKYA 3N5LA 1N84A 4OEVA 4OEUA 4JSOA 5ISUA 3SDFA 4NMYA 4HW8A 4R9FA 2R6GE 1B40A 1N7XA 2PBWA 3PD9A 4MLQA 4C0RA 4QFLA 3RT6B 2OWSA 1LB9A 2OZZA 1HSJA 3T22A 1M5EA 1SDXA 2QMWA 1MQGA 4H0WA 5CI5A 5HPQA 3G3IA 1UTHB 2VP1A 4FIMA 4XKNA 2PT2A 5I58A 4OFOA 2ZNSA 4Q5TA 2QS2A 3HV1A 2ZNTA 5AA2D 3T9XB 1GGGA 4BDQA 2F78A 1FTMA 3U72A 1EZ9A 3OO9A 2E0SA 4WKMA 2X26A 2FNCA 4JXIA 4TQUQ 3H6VA 2Q9TA 4F22A 4JWOA 3EN3A 1FQCA 4O3BA 4FE8A 1MXXA 3B6TA 3CSBA 1EH3A 1Y1MA 3R7XA 4ELOA 1AIVA 5L9OA 1SQYA 3E9XA 3QUJA 3MJNA 2VD3A 4GIZA 4F3PA 2XXPA 4LVQA 4RY1A 3PGFA 1TFAA 3EHUA 4HS7A 4LP2B 3B6QA 3I3VA 3MP1A 4ELPA 4IO7A 2Y7PA 2H4IA 2XXHA 3TZAA 3K02A 3V83A 3FVKA 3S2VA 2I4BA 2Y84A 5L9MA 4PFYA 4YICA 4U23A 4YMAA 3T9UA 2XXXA 3K4UA 1FQDA 5DYHA 2V3QA 4POWA 1B7ZA 3O97A 4HCYA 3VVEA 1OMPA 2Y7IA 1Y3NA 1ZBMA 3UA8A 3R26A 1OLAA 1HSLA 4OFLA 4FAJA 2W7YA 3D4GA 3H6UA 2QMXA 1VE4A 3S9LC 2OK2A 4IY5A 2HQ0A 4PFTA 2IA4A 1XS5A 1QUIA 2I48A 3TYHA 4KYEA 1B2HA 4YMBA 4EQ7A 1SW4A 3T96B 3VLVA 2NWJA 5K2XA 3DRKA 4G68B 4KHZE 5B70A 4QSEA 1Y4CA 4R2FA 3CSGA 4C1UA 1QUKA 5ELVA 3FJ7A 3KJTA 1A54A 3U93A 5I57B 1Y3QA 3IR1A 3PUXE 1OQHA 5AE4A 3MWBA 2FA7A 4JSDA 4I8CA 3UIFA 2OBGA 1MDQA 4JDFA 1NNFA 4LUBA 2QS1A 1B3FA 4Z7EA 2DS9A 3V89B 2REJA 2G29A 5KCJB 2UVGA 1RYOA 1A55A 2RKMA 4LONB 4DDDA 5JTYA 3A3CA 3CG3A 4ESWA 4AB6A 1H76A 3S4UA 5HBCA 5L9SA 5BUUA 4BDLA 1PC3A 4RPOA 3HSTA 4OVJA 3LR1A 3MZ1A 1D9VA 2IEEA 1OIBA 1MPCA 2R71A 4P11A 3EHSA 4KI0E 3SETA 3SEYA 4UACA 4RPNA 4TLLB 1Z7NE 3D4CA 3PAMA 3MAMA 2YJPA 1JQFA 5DEXB 4M1VA 3T93B 3C33A 5KDTB 1S50A 4P0IA 3BFUA 4KCDA 1JVXA 3FATA 2GHBA 1N0TA 4F1UA 4O3AA 3H4ZA 4PP0A 1US5A 3HHFA 4MF3A 5CBSA 3FVNA 5TPAB 2DWIA 4FEDA 1JEUA 4P0GA 4DLDA 1B3GA 2XHDA 1ELJA 3PPOA 4JWYA 3OOAA 1B46A 3OD7A 1O63A 1P1WA 5TP9B 4FECA 2P0SA 2Q8JA 1FCKA 4R2BA 3LBSA 1N7WA 2XD3A 1R9LA 2ZYNA 3GBAA 3SEXA 3C4MA 3I5OA 4ECFA 1US4A 1MM6A 3MZBA 4MH5A 3K0VA 4N6PA 2PVUA 2V84A 1B05A 5AA4A 1TFDA 1GVCA 5A5XA 2XXIA 3VLUA 2AIXA 3GLBA 3O28A 5CBRA 4QFKA 3CI8A 4WXJA 4RJZA 1FQBA 2XXWA 1YAEA 2B3BA 5I2KA 1Y3PA 2V93A 2REGA 3QSLA 3S9NC 1Q1KA 2RINA 3T9HB 1J1NA 2VD2A 4LZ8A 4R75A 1SBPA 5H8SA 4F1YA 1B3LA 4EF2A 1II5A 4DXCA 4YB5A 3EQ1A 5I59B 5F1QA 3W15C 1LGBC 1UTHA 3MVWA 3LSLA 3P7IA 1MXWA 4KFQA 3UN6A 3ECRA 3FXUA 4MFIA 3MZ9A 1O7TA 3WAFA 3TUSA 1JVYA 1Q35A 1M5CA 4TLMB 1B5HA 4BLAA 1RYXA 4I1DA 3WAEA 4M4GA 4ZDMA 5FHMA 1M5BA 3RUMA 2I49A 1FQEA 3N94A 2Y7WA 1JEVA 3VDFA 1TWYA 2F8DA 2XXYA 2VOZA 4X9TA 3QUFA 4NF8B 2OWTA 3CFLA 4YB7A 2QPQA 3H6TA 1IQ7A 3ZKKA 5FTIA 4F18A 3RYAA 1EU8A 4G8MA 4NF4B 4QRZA 4E0XA 3AXFA 1BLFA 2UVHA 1AMFA 4LQ5A 3SEWA 4UA8A 1LFHA 3BBRA 1NH8A 1XT8A 2WOLA 4XXUA 4RK2A 3OO7A 2GRVA 5EYFA 4Q0CA 2B4LA 5AA4B 3QYTA 1B5IA 3FJMA 3M3LA 2O51A 5LOMA 3CR9A 3Q28A 2B3FA 1LBCA 1UQWA 2Y7RA 3KOTA 4ZE8A 1NFTA 1P1NA 4NWDA 4LZ5A 4Q8RA 2P1SA 1MXZA 4YAHX 1PB9A 4XKQA 3LUYA 2LAOA 1TT1A 4PE5B 2O1MA 5AA2A 4ZE9A 1LCFA 1B32A 2DWJA 1GV8A 1MH3A 2DSFA 4GLIA 3RGYA 3V8XB 3S9MC 2Z8FA 1XC1A 3E13X 4F3GA 5TU0A 3DRIA 4I62A 4MLVA 4X1BA 2AYSA 1B9JA 1QJMA 3U1OA 3W9VA 3O29A 4XKRA 3CHGA 4OETA 4AQ4A 4G68A 1B5JA 4NF6B 3KN3A 4BDMA 3RYBA 3UORA 3UGWA 3TPAA 2A5SA 1JNFA 4RK9A 4ELRA 2Z8EA 1CB6A 5I57A 1SYHA 4KYSA 5AA3A 5CMBA 1LAHE 4PFUA 1MXYA 4F3SA 4KD5A 3T9VA 3KG2A 3JZJA 4GXSB 1HSEA 2GH9A 3PUWE 4ZZAA 5FTHA 1OLCA 4ZEDA 4NWCA 4KCCA 4G4PA 2BJJX 1JW4A 3MPKA 5KCJA 4QFNA 1ZIUA 1MY0A 1MH4A 4GL8A 5IKBA 2CMOA 4OXVA 1Z7ME 1B6HA 3CG1A 1H43A 2ALUA 5I56B 3IOTA 5ITPA 4BDRA 1H3DA 1P1OA 4OYVA 3KZGA 4OESA 1FQAA 2R9JA 4ZEIA 4ESXA 1JW5A 1MXUA 5AA2B 2XXUA 3C9HA 3IJOB 2I58A 2X7QA 4YKJA 2QS3A 3TAJA 2V3UA 1NMUA 1MPBA 2P2AA 3DLNA 2O84X 3DELB 3IL1B 4ZZEA 4U4XA 4ELQA 1S7YA 5DEXA 4EUOA 2DE4A 5KDTA 1LFIA 2O6AA 1A8EA 1KWHA 3C32A 1B1HA 5CMMA 2Q2CA 3ZS6A 3FV2A 3TMGA 1H45A 5TPAA 3M3FA 5K2YA 2Z8DA 3E4RA 3K00A 1BIYA 2D5WA 3SESA 3H7MA 1TXFA 4DXUA 3TCFA 5TP9A 2V25A 2X7PA 3OEKA 3MVXA 4NEDA 3HPIA 4TOZA 2XX7A 1XVXA 3G3KA 3IJXB 4ZEKA 2I0BA 1XVYA 3ZKLA 1JW1A 3TTRA 1FTOA 1LAXA 4PFWA 4FJPA 4ISUA 5EHMA 3SKPA 3N26A 2HFBA 2I0CA 1VFDA 1BTJA 4U2RA 3G3FA 3FASA 3IK6B 2HXWA 4GQOA 4QSCA 3RLFE 3GZGA 4YKKA 2RC9A 4R6YA 3PPPA 4MBPA 3Q25A 4F29A 3FZVA 3TCHA 5I59A 3FD3A 5H8QB 2WOPA 3OSQA 1YPNA 4XTCQ 1MRPA 1IXGA 1B51A 2F34A 4WEDA 2HZKA 3U92A 1AOVA 4DCYA 2WOKA 4G77A 3HHGA 4H67A 1B52A 1DMBA 3IOWA 3KOSA 3O66A 1WODA 1SW5A 4U1OA 3K6UA 2QRYA 2O68A 3VVDA 5H8NB 3VXCA 2H99A 3LSXA 4FATA 4F39A 1NNPA 4HTGA 3RT8A 3VXBA 5CC2A 1D3KA 3FVOA 2DWAA 3FIRA 4F2QA 3PPQA 2PT1A 5I2NA 3KN7A 2F7CA 4R73A 3MBPA 2B65A 4KYDA 4NF8A 1LBBA 3K6VA 3Q27A 3IB2A 3QK6A 3DRFA 3MP6A 1B58A 5JEIA 1EZPA 1MQDA 2Z23A 4NF4A 1A99A 4YKIA 1AH5A 4NTLA 5FHOA 1IZ1A 4OTEA 2HAUA 2HZLA 1BP5A 1M5FA 3DP4A 3QIMA 1MQIA 2Q2AA 2KLFA 1XOCA 2NUVA 3TTLA 3SERA 3OSRA 2O1LA 3C36A 1I6BA 3IB0A 1N3WA 3PUYE 3MUQA 2RC7A 1DPEA 2O7UA 4F19A 1QKBA 1EZOA 1OQGA 2DOJA 4IO4A 2RCAA 1SVXB 4LA9A 5DVIA 1YTVA 3ZSFA 3V5AA 2I6EA 4ZECA 2F7AA 3PMXA 3TODA 1ZLQA 2H5YA 2Q88A 4GRKA 4LQ2A 1ZKBA 3CFZA 3HO7A 1B0LA 3GBBA 2RF1A 1CE2A 3U8QA 4GVOA 1T0KA 3RY3A 4NF5B 4LATA 2CZLA 2OLBA 4DE8A 3G7WA 3FXQA 1NNKA 3UK4A 1YCJA 3VVFA 2ZYMA 1O64A 4NF6A 3FGSA 3DP8A 4L17A 3BFTA 1FTKA 2D21A 1B0HA 2G93A 3H03A 3TQWA 5I2NB 4RNSA 3IB1A 3TQLA 2O69A 3H6WA 1MY1A 3DM0A 1URGA 2NOOA 4POXA 3G3GA 1LLSA 1USYE 1F9BA 5M2VA 1I6QA 3K2DA 1IIWA 5J1DA 1NNTA 1LSTA 1ANFA 3FUZA 5CMCA 3I6VA 1FTLA 5DVJA 3TEPA 4RYAA 2DP8A 1OVBA 1IXHA 5H8HB 4X48A 3RN8A 4R72A 4XKPA 2OCUA 3OENA 2NXOA 2DXYA 3TTKA 1R1NA 3Q26A 3KN8A 4U1ZA 4H1XA 5I56A 4Z0IA 1SW1A 2THIA 3BKIB 4IY6A 2DWHA 3RTWB 2ZYOA 1DTZA 1D4NA 4X1DA 2ESNA 4G68C 1Y20A 1URSA 2A5TB 4GWOA 4WEPA 2Q89A 1FW0A 1S9TA 3M8UA 2HAVA 4EQ9A 2F6GA 1A8FA 1SD3A 3O6HA 1DTGA 2V3TA 4H8JA 3FXRA 1QVSA 2DQVA 4DCXA 2XXQA 4H5FA 3A09A 3B6WA 3H3GA 1UTBA 1MY2A 1DOTA 5CMKA 4AB5A 3T66A 4I9DA 4IGTA 4R6HA 2QS4A 1UIVA 2H98A 5CRYA 1WDNA 4KPTA 2DXRA 3G3JA 3S9EA 4JBZA 3TDJA 5H8FB 2UVIA 5ITOA 4THIA 1PBPA 3N6UA 3G3HA 1USYH 3MQ9A 2DE3A 4H65A 1MY4A 2O7IA 4U21A 2I4CA 5HM4B 1MG1A 3Q29A 3PMWA 4BDNA 1Y1ZA 1QW0A 4YB6A 3ONMA 2I3WA 3KGCA 2F5XA 3B7DA 1IXCA 4OFJA 3VLWA 2I3VA 3O6PA 2ZYKA 3RQTA 2OJTA 3H06B 4R74A 1R6ZA 3VV5A 5B7DA 4OENA 3K6XA 2ZNUA 2F97A 3MC2A 1MY3A 5ICTA 3KEIA 3VE1B 1ZMGA 2AL5A 2XX9A 3EPEA 2ONSA 1B3EA 4U22A 1QULA 4OQOA 5FHNA 3FJGA 4FEBA 4QFOA 3K01A 1Y9UA 1N3XA 1ATGA 1B4ZA 5I84A 2GFEA 1I69A 4YZZA 2M8CA 1NKXA 3CIJA 5H8QA 4YKPA 4YU0A 1VSOA 3PU5A 5F7VA 4E0WA 3K1NA 4XIGQ 1NL5A 3N6TA 2H25A 3OXNA 5L8DA 1A40A 4DIGA 4IO5A 2VHAA 3LSWA 5DTBA 3EF7A 4JWXA 1N76A 4EDPA 3O2AA 1UTBB 2DYXA 4JB7A 5I58B 4ZEBA 5H8NA 1VR5A 4H8IA 1M5DA 2XXTA 4IO6A 3C34A 4IO3A 2ONKE 5CM6A 1GTKA 2ABHA 4OERA 4KR5A 2H9BA 2YPNA 2XXVA 1LB8A 2UXAA 3OO8A 1B7UA 3PPNA 1IUDA 3IORA 3KFMA 4Q30B 5DT6A 2NVUB 3TTNA 3MP8A 3TKDA 4ZS9A 2YLNA 4R9GA 2F36A 1PDAA 3L6HA 4GL0A 2F35A 3OELA 4OZ9A 3EHTA 1MQHA 4H6DA 3TTMA 4O3CA 1XHYA 2DE2A 3VFJA 3ODBA 4DZ1A 2QSXA 4BDOA 1P1UA 2ANJA 4RA1A 3K6WA 4EF1A 1I6AA 3PUVE 2VGQA 1NH7A 2GHAA 3KSJA 1MXVA 3MVYA 4R6KA 1B1XA 1MPDA 1BKAA 1FQFA 1LAGE 3PV0E 3LC8A 1A7LA 4HCWA 1B3HA 3RPWA 2F6PA 3F11A 3IOVA 3KBRA 1LAFE 2RCBA 3RNNA 1IEJA 4FORA 2ZXTA 3C35A 2PYYA 3PD8A 4QHQA 3K1PA 3UP9A 1PB8A 1PBQA 4NF5A 3SEVA 3OO6A 4G8HA 1POY1 1PEBA 4IO2A 1JETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RXLA 4QFPA 4OHNA 4C1TA 2DVCA 4HE2A 1L5TA 4OMBA 4GD5A 1POTA 3PPRA 1URDA 3IO6A 1LBVA 5EHSA 1MS7A 1ZJLA 4PAIA 3ILUB 1D9YA 3K1MA 1MM7A 4ND9A 2HCAA 5DVFA 1IITA 3KJ7A 1DPPA 3L6GA 3OMBA 2QJEA 4QSDA 5AA1A 4N81A 4GFRA 2FYIA 2Z22A 1ZTYA 3T0JA 4OWDA 2E1SA 3GXAA 5EQ7A 3JV9A 1LCTA 2B4MA 2ONRA 1N04A 3THIA 3HN0A 4KQPA 3USDA 4PE3A 4LZ7A 4EXKA 1Y4TA 1ZU0A 2HEUA 3SEUA 1B7HA 1QUJA 3RTFB 3DRJA 1CNQA 2Y7KA 1DCUA 3CRBA 5H8HA 4PQJA 3M3KA 4G8NA 4PAFA 1P1QA 4OVPA 4H5GA 4F31B 4GF8A 1H44A 1FBHA 4EQBA 3MW0A 3LVUA 3GYYA 1LBXA 3FVGA 2FBPA 3HCQA 4MNIA 3O9PA 3CVGA 1VFEA 4GXAA 3A3UA 3R6UA 2UYEA 3IOUA 3QXMA 2F3DA 5JTYB 2XWKA 1SW2A 4NE4A 5ICQA 1AL3A 1FBGA 2A5TA 1QKAA 3IAZA 2RC8A 1OVTA 3FV1A 4F3BA 1FTJA 1WVJA 3FTOA 3IO4A 3QAXA 3ISPA 3PMVA 4UABA 3TELA 1FBEA 1MDP1 4F2OA 2F7BA 4P3LA 1R9QA 4OVRA 3HFUA 4GOTA 2XX8A 1UIUA 2XA5A 2MKZA 4G2ZA 2QVVA 3MVZA 4EXLA 3U94A 4F1VA 3CFXA 5H8FA 1FBFA 4ZEFA 3W9WA 1PB7A 2HXRA 3JYRA 3DRGA 3TCGA 3E3KA 4P56A 5IZZA 1B4HA 2ZMBA 2QL3A 5ESYA 1SI1A 3C31A 1KA1A 1LFGA 3ILTB 1P99A 1DSNA 4K3FA 3IX1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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