5IE1A

Crystal structure of bace1 in complex with 3-(2-amino-6-(o-tolyl)quinolin-3-yl)-n-(3,3-dimethylbutyl)propanamide
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
361
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-Linking Approach Using (19)F NMR Spectroscopy To Obtain Highly Potent and Selective Inhibitors of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 361
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ie1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ie1A02
4K4QA 5P7HA 5P2QA 4U7QA 3O9HA 1IZEA 4B1EA 3OQ7A 3HBOA 3UQWA 3L59A 1B11A 4Y3PA 1E5OE 4ZLSA 3CIBA 5P3ZA 3R0WA 1HSGA 3UQXA 1HTEA 4H3FA 1EPPE 5P30A 2QZKA 2WF4A 4NJSA 3I25A 3LPJA 2R3TA 4Y4JA 2QI4A 5P7TA 5EZXA 5P57A 4LC7A 1FLHA 1GVWA 2BKTA 2F81A 5P6UA 5P1YA 3NWQA 3NXEA 1KJHA 1HTRB 1LF2A 2OHQA 1HIHA 5P48A 3OOZA 3R2FA 2AVSA 4DPFA 1HPSA 4NJUA 3OU1A 3LIQA 1J71A 5KQYA 3EKYA 4JOOA 2QHZA 3EM4A 5P10A 2NPHA 1NPWA 4Y3HA 4YBIA 5OZIA 2VA7A 2FDEA 3PI0A 4X7IA 5OZXA 2CENA 2AZ9A 3RTMA 4X2LA 3K4VC 4R92A 2PYNA 5P3TA 4OBHA 5P5NA 3FKTA 3KDBA 3PVKA 5P26A 3ZMGA 1F7AA 5P1FA 5OZWA 2UY0A 2UXZA 1HVHA 2VJ7A 1PPME 2AOCA 4PZXA 3VLAA 1K6PA 5P83A 4FRKA 2JJJA 1YTGA 3RSXA 5P8MA 5KAOA 1MIQA 1Z8CA 3MSKA 5KQZA 2FNSA 1K2CA 4RLDA 1EBWA 1AAQA 4Y4BA 1BVGA 3QBFA 1ZTZA 5P1UA 3KFNA 4Y4TA 1VIJA 5KR2A 5P49A 3K5CA 3PMYA 5P12A 5P1SA 2WECA 4YCKA 4PYVA 4L1AA 5P47A 2PK5A 4ACXA 5P8BA 4Y5KA 4Y3XA 5P2RA 5P29A 5T4SA 3PCZA 5P84A 4DJRA 5P6GA 2R5QA 4Y56A 3SPKA 5P5EA 4EQ0A 1HVIA 3OU4B 3I8WA 5P6RA 1ENTE 4Z2ZA 4FE6A 2OHNA 5KQFA 3EMYA 3NWXA 5P7XA 1QBTA 1KJ4A 3HLOA 5P46A 3PBZA 2FMBA 1BXOA 4AA8A 3PB5A 4OBZB 1B5FA 3OADB 3UTLA 3CICA 3G70A 4RCEA 4J0ZA 2PSVA 5BS4A 5P59A 2BPWA 5SXNA 5OYXA 4FCOA 4I11A 1NPAA 4KE0A 3OUDB 5KOSA 6UPJA 3LIVA 1BV9A 4R5NA 3EBZA 2QMFA 1APTE 4TRYA 1GNNA 2ER9E 5OZCA 3ZKMA 2QI7A 1D4YA 1XN3A 3S56A 4L7HA 1PSOE 5P7ZA 5SY3A 1ZSFA 5DQCA 3OOTA 5P3YA 3VSXA 4DI2A 5OZPA 4QJ7A 3UQUA 3GI6A 4I0IA 1META 3SM2A 5ISKA 2HB2A 3EKPA 2G69A 4LXAA 1APVE 4QJ9A 3L5EA 5DQ5A 5P8AA 5OZ5A 3T3CA 3MSLA 5P20A 2P3AA 2ZYEA 2ZJHA 3NDXA 5P1BA 4GJ7A 1DMPA 4Y3DA 2IRZA 2R38A 5P2JA 3UDMA 1ZPAA 5P2AA 5P65A 3DCRA 5P80A 7UPJA 5HE7A 1M0BA 2AOEA 5P1RA 2J9JB 1LYAB 1ZBGA 4YD6A 4YD7A 5P0IA 5P23A 3IN3A 5P4FA 3K5FA 5P4AA 1RL8A 1LV1A 2NMYA 4Y3LA 4Y6MA 4RRNA 3D3TA 2OHUA 2HB3A 4BFDA 2IGXA 5P0SA 5P1JA 5AH7A 4APRE 2WF2A 3R0YA 3KMYA 4PEPA 1HRNA 1HSHA 3DUYA 3PEPA 5P27A 5P19A 5C9DA 5P2HA 1FFFC 4J0VA 2VJ6A 2AVMA 4YCTA 3BXSA 5OZFA 1FFIC 4EHCA 5DR3A 3NUJA 4EXHA 1YG9A 3QAAA 3BUFA 4R95A 3NSHA 1IIQA 3HVGA 4Y54A 4ACUA 4QLHA 3BUHA 5OYQA 5SY2A 3TOGA 3APPA 2OHRA 4CPQA 1EBKC 1K6TA 5OYWA 5P1VA 2ANLA 2PSUA 3NU3A 2QK5A 5P33A 5BRYA 5P16A 1BDRA 1TW7A 2WF0A 4Q1WA 3NLSA 2I0AA 4A6BA 3L5CA 5P6IA 5P2MA 1YTHA 3TPPA 1DPJA 1MUIA 5P1WA 4ER4E 5P55A 5P6FA 5P7JA 1PSAA 2R9BA 1W6IA 1HPXA 1IZDA 5P05A 3ZKGA 2I4UA 2Z4OA 3NUOA 3KM4A 3LZVA 5P3OA 3LPKA 4HDFA 4FIVA 2HM1A 1FQ6A 4D8CA 3SKFA 5P52A 3L58A 3OQDA 5P5OA 4OC6B 2SAMA 3K1WA 5P53A 5P86A 5P67A 4FM7A 2BPXA 2O4SA 2G24A 1C6YA 1ER8E 1HVRA 3IAWA 1W5WA 2PH6A 3FV3A 4FSLA 2AOHA 5P7UA 5SZ9A 2VIZA 4KE1A 5AHAA 3D20A 5HCTA 5P54A 5P5XA 3CYXA 5P82A 5P8TA 1FMXA 1K6CA 2H6TA 3OXCA 5P3EA 2QD6A 1EBYA 3PWRA 4ZPGA 2AODA 1XE6A 1SGZA 1HSIA 5P1KA 4OBFA 5P6BA 1FG8C 1XN2A 2OHPA 1OEWA 5P4BA 5P6HA 3TL9A 2A4FA 2BPVA 5P8OA 2G22A 3HAUA 5P1HA 5HD0A 3DCKA 5P0QA 1MSNA 5DR0A 5P4OA 4Y4AA 2WEZA 3PLLA 5KR8A 2PWRA 5OZMA 2XFKA 4R93A 4PPHA 5P3BA 5P7CA 4YDGA 2JYSA 3IXKA 4J55A 2G20A 4DVFA 4CP7A 4B72A 1LYBA 3OU1B 4NJVA 5OZHA 5P4IA 3S53A 5P0LA 2NXLA 5P6KA 1PPLE 5P4YA 5P3KA 3INFA 3EXOA 3KFPA 4YD4A 4Y3RA 4GIDA 4OBJA 3KN0A 4B0QA 1MEUA 1WBKA 3CIDA 3CKPA 5P4TA 5P6NA 5P7DA 4Y3WA 4D89A 4OBDA 3R1GB 1GVVA 1LZQA 1DAZC 5P64A 4GJAA 3PWWA 3QBHA 3OTSA 5P1PA 4JP9A 3NDTA 1C70A 4D85A 4RVXA 6FIVA 3KF0A 3S85A 1NH0A 3KA2A 5P5TA 5P7OA 3BXRA 3SACA 1OHRA 2RSPA 5P5CA 4OBKA 5P31A 5P7AA 4CPRA 3PHVA 3SO9A 5HVPA 2G94A 5P5QA 3NR6A 2VNNA 5P15A 2WEAA 5AHCA 3QRVA 4LAPA 1FGCC 3OXVA 5P41A 2B8VA 2I4QA 3OY4A 5P7MA 5E5KA 4DJVA 3PBDA 3WZ8A 3UF3A 3N3IA 3URLA 3VEUA 1IDBA 5P7WA 5OYZA 2ZGAA 5P35A 2BB9A 5J25A 3DV1A 4L1AB 4Y3GA 1M4HA 5P0AA 5COKA 2R8NA 4Q1YA 3PGIA 5P5KA 4DPIA 3UQRA 4DH6A 3ZKNA 3LPIA 5OZDA 3TOFA 5HU0A 3LZYA 5P04A 3URJA 5P0VA 3KDDA 5P3IA 1AM5A 2OHMA 1QBRA 4FAFA 2ER0E 5P0EA 3JVYA 3GGAA 1FQ7A 1LYWA 5P2GA 3IXJA 2AOGA 1ZLFA 2ZHTA 4Y38A 1B5FB 1Z1RA 2IQGA 3B80A 2Q11A 3WB5A 5P01A 3JW2A 3OUCA 5IE1A 2AZ8A 3HAWA 2F8GA 2V12C 2VJ9A 3AUPA 2HB4A 3FNTA 4RYGA 3OTYA 2ER6E 3FNUA 1XDHA 3LIYA 5P03A 5P6SA 1T3RA 8HVPA 2Q15A 3F9QA 3QROA 5HU1A 4U8WA 4KUPA 5P32A 1XL2A 5P7NA 3D1XA 4QJAA 1HPVA 4NJTA 5P6XA 3OQKA 3O9LA 5P0PA 5OZTA 5P50A 3I6OA 1A8GA 4NPUA 2WL0A 3BGBA 5P3NA 4YOBA 5P56A 5KOQA 1EC2A 3BGCA 4AA9A 5P0YA 2ZJNA 2WF1A 5ER1E 5P2ZA 3TH9A 1ODXA 1EAGA 5P0XA 5AH6A 1EPME 3S8IA 3TKGA 2B8LA 1MRXA 3D1ZA 4WTUA 5I3YA 3VV8A 9HVPA 3UFNA 1K2BA 5P1EA 5P3PA 5UPJA 4ZE6A 4Y3SA 1SIPA 4EJKA 3NU6A 3TKWA 1LEEA 1YTJA 3O9GA 2FGUA 4RVJA 1IZIA 4Y44A 5P88A 2G1SA 3VCMA 4PZWA 4GJCA 2B42A 3IA9A 3EKVA 2VKMA 4BELA 1GNOA 2Q3KA 5HDZA 5OZEA 2ASIA 4YDFA 1N49A 2XFJA 1APUE 3S7LA 2PC0A 3KYRA 3PSUA 3EKQA 3GGVA 4Y3YA 3IGBA 4RVIA 4CKUA 3SM1A 3C9XA 5P2TA 2Q54A 2QD8A 4Y4EA 5P8PA 4Y41A 2IGYA 2F3FA 1HPOA 3VF3A 5P02A 2R43A 3QIHA 5P0DA 5P7RA 1QRPE 1EPOE 4FSEA 4LXMA 3SA4A 5P8LA 3T7QA 4EXGA 2HS1A 3IVIA 1MTBA 5P2NA 5P3UA 3PRSA 4GZFA 4COEA 4Y4ZA 4J1EA 3ECGA 4DQFA 3SA6A 4Y3AA 4J1CA 4Y43A 1PFZA 3GI5A 3T7XA 5P14A 5P3LA 1FIVA 5P8GA 1FQXA 2QU3A 4I0ZA 3S43A 2QNPA 2FDPA 5P13A 2XYFA 5IVRA 5P7KA 4J1KA 2AQUA 5P5ZA 1TQFA 3LINA 2O4NA 3PLDA 4DJYA 5P6AA 5P3XA 3M9FA 3H5BA 3DM6A 1UH9A 5IS4A 1APWE 5TOLA 1HEFE 5HDUA 1T6GA 3S7MA 3KFSA 5OYRA 4F74A 3OAGA 4RYCA 4KB9A 2B7ZA 3VF5A 5P2FA 5P6DA 3O9CA 4K8SA 3QP0A 3CYWA 5OZVA 4Y4GA 1B6JA 5P6LA 4Y3ZA 1SH9A 5P0KA 2HPFA 3S45A 3S54A 1HWRA 4Y53A 4EWOA 4K4PA 3VYEA 5DR8A 5P38A 5P4JA 5OYVA 1ZPKA 1FB7A 2WKZA 5P68A 3EM6A 1HOSA 5P71A 5KQXA 3OQFA 4DFGA 5P1CA 4U7VA 4QJ8A 5E5JA 5OYYA 4Y3FA 5P07A 5P1XA 1QS8A 4Y5EA 4TRZA 5P51A 4MC2A 1BAIA 2P4JA 1XL5A 1BWBA 3N4LA 3LZUA 2XYEA 5P8QA 4B78A 3NU5A 4ZSPA 1AXAA 1YM4A 4M8XA 3LNKA 1W51A 4WY1A 2P3BB 1SBGA 5ER2E 5P5IA 3RU1A 4M8YA 4I8WA 4J0PA 5P0GA 5P3GA 3Q4BA 5F01A 3QRMA 5P0MA 4QGIA 3PSYA 3UFLA 5P85A 2B60A 3VFBA 2G27A 1GVXA 5P7IA 5P08A 2O4PA 2G26A 4HDBA 4RRSA 4DJWA 2P8HA 5KR1A 4EQJA 4TVGA 2PH8A 1KJFA 5P4NA 3EC0A 1SGUA 1Z1HA 1QBUA 4IVTA 3TOHA 3EL9A 1SDVA 3UHLA 5P1AA 5P69A 5P0UA 3MWSA 4Y47A 4J54A 4Y39A 1FKNA 1BILA 3TPLA 1D4JA 2V13A 1MT9A 3EKTA 1FQ4A 4H3GA 4J5JA 5AH9A 5P4ZA 4DUSA 4HE9A 4HLAA 3Q3TA 5OZQA 5P3FA 5P73A 1WKRA 4APEA 4MC6A 2O40A 4H3IA 3OQAA 4F75A 1YT9A 5OZBA 1QBSA 2QMDA 1HEGE 2PQZA 5F00A 3UDHA 4CPWA 5P5DA 2RKFA 2QZWA 3CMSA 5P7GA 5P8VA 1IVQA 5ENMA 3HZCA 5DR4A 1TCWA 1TZSA 4B00A 2FLEA 5DPZA 3NYGA 1W5VA 1BDLA 1A94A 1E82E 3D1YA 2G1OA 2NXDA 3SLZA 5I3VA 3FX5A 3RTHA 1BBSA 4A6CA 5P8FA 3UDRA 1M43A 1MRWA 4GJ5A 4J1IA 5ENKA 5P8IA 5P22A 6APRE 4MC9A 5P1GA 4Q1XA 3L3AA 2Z54A 5P2BA 2ZJIA 5DR7A 3A2OA 4JPCA 3K4VA 1SP5A 5AH8A 2QD7A 5OZJA 2QP8A 2HIZA 3UDQA 4RROA 3WZ7A 1EC0A 4QJ2A 4HA5A 3BUGA 2ZJKA 5P4RA 4B77A 3O99A 5HDVA 2FGVA 5P6EA 4EP3A 5JFUA 3FNSA 3BVAA 4I0FA 5COOA 3OUAA 3LIXA 5OZSA 5P6YA 4BEKA 2NR6A 4YOAA 5AGZA 4OBZA 2QI6A 4XXSA 3DJKA 3PCWA 4Y5GA 3ER5E 1BV7A 3LZSA 1GNMA 5JG1A 5DQ2A 5HTZA 4FL8A 5P5YA 5DQ4A 4OD9A 2Q63A 3OUDA 5P8CA 2ER7E 3QN8A 5P4EA 1IZHA 4YA8A 3WSJA 5P58A 3Q5HA 3BC4A 5P2IA 5P5AA 4AMTA 4TRWA 1HIVA 5I3XA 5P2DA 3RVIA 5I70A 5P81A 5P4HA 3VV7A 4RCDA 2G21A 4ZPFA 2ZHVA 4Y9WA 1MVPA 5DR1A 2I1AA 4J1FA 1ODYA 1KZKA 2JJIA 4Y57A 2ZJJA 1ZJ7A 3QVIA 3DV5A 1LS5A 3WB4A 2IKUA 4J0YA 3ZLQA 4MC1A 4DJQA 2G1RA 1EC1A 1D4SA 2P83A 2G1NA 3FIVA 4B05A 3ZKSA 4DQBA 5P7BA 4Y45A 5DGWA 3GGXA 2VNMA 3L5FA 5OZKA 1UH7A 2QI0A 1C6XA 4Y3TA 1BXQA 2R5PA 2OHTA 5P7QA 1B6MA 2PWCA 4XKXA 1LYAA 5P3RA 4XX4A 1FMUA 3OXXA 1ZAPA 5P40A 3VLBA 3T11A 4CMSA 5P4PA 5KR0A 1G35A 5P89A 3VF7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4K4Q A;  5P7H A;  5P2Q A;  4U7Q A;  3O9H A;  1IZE A;  4B1E A;  3OQ7 A;  3HBO A;  3UQW A;  3L59 A;  1B11 A;  4Y3P A;  1E5O E;  4ZLS A;  3CIB A;  5P3Z A;  3R0W A;  1HSG A;  3UQX A;  1HTE A;  4H3F A;  1EPP E;  5P30 A;  2QZK A;  2WF4 A;  4NJS A;  3I25 A;  3LPJ A;  2R3T A;  4Y4J A;  2QI4 A;  5P7T A;  5EZX A;  5P57 A;  4LC7 A;  1FLH A;  1GVW A;  2BKT A;  2F81 A;  5P6U A;  5P1Y A;  3NWQ A;  3NXE A;  1KJH A;  1HTR B;  1LF2 A;  2OHQ A;  1HIH A;  5P48 A;  3OOZ A;  3R2F A;  2AVS A;  4DPF A;  1HPS A;  4NJU A;  3OU1 A;  3LIQ A;  1J71 A;  5KQY A;  3EKY A;  4JOO A;  2QHZ A;  3EM4 A;  5P10 A;  2NPH A;  1NPW A;  4Y3H A;  4YBI A;  5OZI A;  2VA7 A;  2FDE A;  3PI0 A;  4X7I A;  5OZX A;  2CEN A;  2AZ9 A;  3RTM A;  4X2L A;  3K4V C;  4R92 A;  2PYN A;  5P3T A;  4OBH A;  5P5N A;  3FKT A;  3KDB A;  3PVK A;  5P26 A;  3ZMG A;  1F7A A;  5P1F A;  5OZW A;  2UY0 A;  2UXZ A;  1HVH A;  2VJ7 A;  1PPM E;  2AOC A;  4PZX A;  3VLA A;  1K6P A;  5P83 A;  4FRK A;  2JJJ A;  1YTG A;  3RSX A;  5P8M A;  5KAO A;  1MIQ A;  1Z8C A;  3MSK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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