5IM5 | Genus

Total Genus 72

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
sequence length	208
structure length	208
Chain Sequence	STINNQLKALKVIPVIAIDNAEDIIPLGKVLAENGLPAAEITFRSSAAVKAIMLLRSAQPEMLIGAGTILNGVQALAAKEAGATFVVSPGFNPNTVRACQIIGIDIVPGVNNPSTVEAALEMGLTTLKFFPAEASGGISMVKSLVGPYGDIRLMPTGGITPSNIDNYLAIPQVLACGGTWMVDKKLVTNGEWDEIARLTREIVEQVNP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Protein binding
molecule keywords	Designed Riboflavin synthase
publication title	Accurate design of megadalton-scale two-component icosahedral protein complexes. pubmed doi rcsb
source organism	Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
total genus	72
structure length	208
sequence length	208
chains with identical sequence	2, 3, 4, L, N, P, R, T, U, V, W, X, Y, Z
ec nomenclature
pdb deposition date	2016-03-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
1	PF01081	Aldolase	KDPG and KHG aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5im5100

3BVJA 4WOZA 5AHFA 4YWIA 4AXKA 2Y85A 4NJHA 3C61A 4OQVA 1LBFA 2XFWA 4EWND 3EB2A 3DI0A 4IGHA 3L2IA 1TTPA 4HHPA 1B57A 3B05A 1GVFA 4K39A 1HTIA 2C0AA 2V2DA 1I2NA 1XXXA 4IJBA 4TX9A 2A4AA 1PCWA 3BW3A 3EKLA 3HPSA 3LHYA 1LRNA 3PBVA 3R5EA 1RVGA 3MMTA 1PL9A 3PULA 4IWWA 4IXHA 1WQ5A 4BWLA 5CZ0A 1JCXA 1M7PA 2NX3A 4FF7A 3YPIA 1NVMA 4KWWA 3I65A 3FEMA 3W6YA 1TPWA 3SY5A 1EX5A 5HULA 2CLFA 4ADSA 3OVPA 3L21A 2Q8LA 3W1XA 4MPQA 2CLHA 2ZZ7A 4NUWA 4QNWA 1HO1A 3DU0A 3IRDA 4IX0A 4O1BA 3DENA 3KHJA 3CQ0A 1KM6A 3W7MA 4MJMA 1KBIA 2ZFAA 2PURA 3HMJG 3WK0A 1ALDA 2ZZ6A 5TQLA 1XM3A 3N19B 1L6YA 2QCNA 1A5CA 1XCFA 3QMSA 2CLLA 2ZA2A 1KTCA 3S1VA 4N6EA 2QKFA 5C54A 5HR6A 3P74A 4D2JA 1L6WA 3MW7A 3E9AA 1GJPA 2Q3OA 1EWDA 2QCMA 3R13A 1OX6A 2G5WA 1VH7A 5C2XA 1KFLA 3TH6A 5FEXA 3KVLA 3LBCA 2VFFA 1G4SA 4LS1A 1IF2A 3IVUA 1M6JA 4WY0B 3KVMA 2WSYA 3KRZA 3S9YA 1KFKA 4ALDA 4JR5A 2IQTA 1P0KA 4RR4A 4X3ZA 3W75A 1IXQA 2DZSA 1TYGA 2W79A 1O95A 5FI8A 1V7YA 3RMJA 1TPEA 4HSOA 1QPQA 3EX6A 3TXZA 5CPOA 2CLKA 4WXYA 1T0OA 3B0PA 3W7GA 4UFHA 1H50A 2WV8A 4N9BA 1KM3A 2QCCA 3TMLA 3EWXA 3G1DA 3QJAA 3MHUA 1UB3A 4ORMA 1ZAJA 1LBMA 2ZBTA 4XZ9A 4IMEA 5TIMA 1HL2A 5KTLA 3M5ZA 1NSJA 1G4TA 1CW2A 1SU5A 1RZMA 1THFD 3TE9A 3KVJA 4OWGA 1LOLA 3QMRA 5LNVA 1QPRA 5HINA 3G0UA 2VOMA 3QZEA 1FXQA 2YYUA 3I7QA 2ZZ4A 1OF8A 4TR9A 1KM0A 3TMQA 4Z0SA 1TCDA 5FF3A 3AJXA 1GG0A 3L5LA 2E6AA 3LHUA 3CIXA 3EX3A 3PB0A 4UXDA 1R46A 4K38A 3FJ6A 3TK7A 3LXAA 4UTHA 4O4VA 1SR9A 4ZQCA 2BTMA 3B04A 2VEIA 3MI2A 3I68A 5DCDA 3P62A 1DL3A 3QW3A 3TUUA 4OU1A 1F2JA 1A5BA 3CB8A 4XWUA 3E02A 3JR2A 1RQEA 2WNNA 1FWTA 2C1HA 1RQHA 2GQ8A 2Y88A 3QFEA 3GAKA 1JUEA 1Q6QA 2V30A 3G3MA 4YCOA 2YFNA 1M7OA 1O94A 1JCMP 3GX9A 3KVKA 1GOXA 2I1OA 2FTPA 4ZQNA 1T8XA 4A2SA 1ZCOA 3GNDA 1YYAA 1TPFA 3HPZA 1GVOA 5D05A 1G7UA 3ANYA 2Y89A 3HQ1A 2ZCGA 3OHIA 3GYEA 1U5JA 4ADUA 5F4SA 2VC6A 3NQEA 5E1QA 3E0IA 1W56A 3ABOA 3H55A 2OMAA 1P5BA 3UD6A 1W3NA 3R89A 3W2NA 2HS6A 1GTHA 3WK1A 3FA5A 4O17A 1I8JA 4QSHA 3MP3A 3T78A 1VGAA 1QR7A 2WNZA 3GVGA 1ICSA 1QCWA 3R2GA 1S5TA 2NX9A 3KX6A 1S5VA 3NZRA 3VE7A 3GXPA 3HB9A 5H91A 2HS8A 3WJYA 1GEQA 5MHBA 3PVFA 5HWNA 3EXSA 1X1OA 2Y6ZA 4XUGA 2DP3A 5K2ZA 4E0CA 3TQKA 2DZPA 1TTIA 2B7OA 1GQNA 4EF9A 3TXVA 4HSNA 3GNNA 2X1TA 2D73A 5BMWA 3FFSA 1GWJA 3LHVA 5FEWA 1QNVA 2JK2A 3FOKA 2E5DA 3EX4A 4QNEA 1AK5A 1F7BA 2A5HA 2Z2UA 1KW1A 4O19A 3B0VC 4U28A 3A21A 5C6MA 1XDMA 4AWUA 4O12A 3INPA 4S2CA 5DBUA 3TU9A 1H7XA 1W5QA 3MO7A 3PUEA 4LUJA 2B0MA 4NJGA 2QCHA 4RLIA 5H2ZA 1AW2A 2X30A 2YCEA 1YXDA 1A5AA 3NQGA 4RZ5A 1K03A 4JIQA 3QEZA 1F05A 3LCWA 5J5RA 2H90A 3W1PA 1YDOA 3M5YA 2GQAA 5A5WA 4ZZ9A 3NZ1A 3JRKA 3HJZA 4AH7A 1TMHA 1IXNA 1GG1A 3F1QA 3GDTA 1WBHA 3S5OA 1D3HA 3HBLA 1AG1O 1D3GA 3B06A 4GWEA 4N9CA 1NF0A 3P8IA 2CZDA 1KM4A 4JTFA 1MEHA 2LLEA 1R2SA 1Z48A 2TMDA 2W6RA 1VYPX 1OYBA 2BZNA 2FIQA 3A23A 3STEA 1KM5A 3NL2A 1EPXA 3CEPA 4KFPA 3M44A 4AF0B 2JGQA 2QCLA 1AW5A 3G8EA 2OZ0A 3M0ZA 2Z6JA 5EY5A 3ATYA 4JD4A 2E5BA 1YLVA 1YTDA 1AW1A 1ADOA 5I3HA 3G24A 4Q32A 1MZHA 5F2GA 4PA8A 2Y7GA 4A3UA 1H7OA 5LSMA 3ABQA 3HO8A 4NXKA 4K8HA 1J2WA 2J88A 3S5ZA 3EX1A 5TBOA 4XBSA 3S0CA 2QUUA 3TCEA 1MXSA 1ML1A 3KXQA 1DJNA 2TPSA 3W1AA 2WJZA 2YSWA 1O60A 1JCJA 4JYDA 1ZNNA 1E51A 3C3NA 3EWZA 1TJPA 2JKEA 2QAFA 1JCLA 2ZRXA 1SO3A 2GUUA 2FPVA 4H6KA 5LNWA 1TPH1 3STCA 3O63A 5I3GA 3SSJA 3NQMA 1VYSX 1F74A 3CIWA 3BG3A 3LRKA 3QPZA 2H8ZA 4R34A 4JY9A 1XL9A 3DH7A 2ISVA 4X22A 1J5TA 3P67A 4QAIA 2H6RA 2PRLA 2WKJA 3N9RA 1A5SA 3QF0A 4O50A 4UTJA 5IBXA 4JICA 4I9AA 4O53A 2GJLA 1D9EA 1QMLA 1WOAA 1XUUA 2BX7A 4MY8A 2V2HA 2AAMA 5IBXC 4UNKA 3LRLA 4Y96A 5AC7A 4XKYA 3LCIA 3L65A 1KFBA 5DY2A 1YDNA 1LLWA 3GR7A 3WJSA 4ZVJA 4DF2A 2NX1A 3UPWA 5D38A 1N7KA 3W22A 4E2BA 3LTYA 2DJLA 1PIIA 1B9BA 1KFEA 1O5XA 4M7TA 1SSGA 4OE7A 1QDSA 2GVGA 3NM3A 2XN2A 1EA0A 2HSAA 2J6XA 2QF7A 2B7NA 1G69A 3IGSA 1WXJA 1S3HA 2NLIA 2Y70A 2ZYFA 4WD0A 2I14A 1JULA 3CEUA 1ZAHA 1WOBA 1H63A 1W54A 3M6YA 3BPWA 4I7UA 3NXFA 4S1FA 3N2MA 1WYIA 3EWUA 1EP2A 3B03A 4JS3A 1KV8A 1FQ0A 1FCBA 1IGSA 1NFBA 3STFA 3SR7A 5I3FA 4FNPA 3W7QA 5CPNA 5HQEA 1DBTA 2WPBA 3NPVA 4O13A 5A8GA 3OVQA 3W1LA 3DFOA 3BV4A 3NAVA 2YXGA 4RCXA 4XBKA 4JX4A 1O4UA 2V0TA 1Y0EA 3BARA 3C2OA 4IX2A 3SIZA 3U6WA 4E38A 5FF4A 4O28A 3CHVA 3W2KA 3O6YX 3PUOA 4PC8A 3LDVA 4X9SA 2RDTA 5G5IA 3H54A 4IOTA 4DBEA 4IPJA 3E96A 1DHPA 2RKXA 1W5PA 4UTIA 3W73A 5CSRA 4DF0A 5GVJA 1QWGA 2H3DA 4JGDA 3RNDA 1JRCA 4HNUA 2ABBA 4Z0JA 2V9DA 3QW4B 2FJKA 1TPVA 3CWNA 5D33A 1XBVA 2C14A 4YLWA 3W2MA 5D02A 2DJXA 6TIMA 1IXPA 1SO5A 3HGRA 4GUGA 1TSIA 1NAL1 3W83A 3DAQA 3GKAA 3NL6A 3LI1A 3PBWA 3P60A 2A7NA 3CU2A 1VCFA 3ZWSA 1OK6A 3BO9A 1OX4B 1I2OA 3W7CA 4K36A 2QJGA 4M5PA 2V8ZA 3W1TA 4C1LA 2E6FA 3G0XA 3IGUA 4UIOA 1XBZA 3NQCA 1OX5A 2ZRYA 4UR7A 4AWTA 3NEVA 4PL1A 1VC4A 4OBTA 3DXIA 3DKJA 3QRHA 2ZA1A 1Q45A 4ONVA 1XFBA 2R14A 2VKZG 2BSLA 1KM2A 1LROA 1LRTA 3W7DA 3LHZA 3DI1A 3EWBX 1P1XA 4L4LA 3L0NA 3HG2A 5G2HA 3TNOA 1H1YA 3PS7A 4O54A 2QJHA 2OCZA 1FWRA 5F2MA 2GVLA 1J4EA 3KRUA 3G22A 4UTKA 4M6PA 3BLFA 3BLEA 5K9XA 2V5LA 5DCBA 1VJIA 4GUFA 2RHGA 2YPIA 4LRSA 4NNCA 4A21A 5L9FA 2DZUA 4Z1BA 2Y63A 4LVDA 1OABA 2DZWA 2B7QA 4MKNA 4I7VA 2ATMA 4UFLA 3MI3A 3CM4A 1DJQA 2PC4A 2ZRZA 4PTNA 1KV5A 3A5FA 4UTWA 3TR2A 3KFTA 5D30A 1LDCA 1XBYA 3TQ0A 2A7PA 1I2RA 3FS2A 2HMCA 1WBJA 4JTTA 3L0KA 5AOUA 1UUOA 5I3IA 4UTWC 1OFOA 5K4XA 1LBLA 5AC8A 4M7SA 3G1SA 3O06A 3TC6A 3LCLA 4NNAA 1GVRA 3TC7A 3GK0A 4Y90A 2ZTJA 3NQAA 4JTKA 3A5VA 3PM6A 4UMAA 5AHEA 3W07A 3SFKA 5LNSA 3W76A 1UUMA 3LXCA 4WY0F 1OFPA 4NJKA 1LYXA 5EYWA 1BWKA 3PF3A 3W2JA 4DPPA 3IEBA 1Q6OA 2QCEA 4O18A 1H1ZA 2R8WA 1OF6A 3O6DA 3W7PA 1OFEA 5EL1A 3Q58A 3GDKA 4J9JA 5AHIA 1L6SA 1LORA 3VFLA 1LRQA 2V5BA 1VR6A 1OHLA 1NEYA 4JTIA 5BMXA 3F4NA 4LVAA 1DVJA 4AVFA 1Q3NA 3BG5A 3UPBA 4YCPA 3MWAA 1SW0A 5G2WA 2O7SA 5LGXA 1QPNA 2QR6A 3G1HA 1MO0A 4XTDA 3LBMA 3W7KA 4ADTA 1ZALA 5DELA 3UWZA 3LERA 4BF9A 4IQLA 3AO0A 3LRMA 3RF9A 3VNDA 4IMFA 4GRSA 1SSDA 4X2RA 1QO5A 2KZHA 4MZYA 4PCFA 4WY0A 4OHQA 5FEPA 3PWAA 4DEFA 1LCOA 4AHOA 3I7RA 3A24A 1HUVA 1GZGA 1FCVA 1KLZA 3W74A 1FDZA 1OYAA 3GDRA 3LHWA 1EP3A 1SFJA 3FJLA 4LV9A 2WSRA 2VFHA 4FNUA 4LS0A 1PS9A 1ICPA 3HG3A 3QC3A 2RH9A 5AYYA 4BFAA 3I7SA 5KZMA 5DXXA 3IIOA 5EPDA 3NGJA 1R2RA 2CZFA 3TDFA 5AFDA 3LCHA 4P61A 5SWUA 1WDWA 1TPDA 3G3DA 1X6UA 3HG4A 4FIQA 1BEUA 2VEMA 4NQ1A 3T4CA 4NX0A 1FY6A 2NV2A 3MBFA 4ZMGA 2WQPA 1DOSA 3W1MA 3W1UA 2QDHA 4GC4A 2P1FA 2YDAA 3C6CA 3W7RA 2V82A 3MYOA 3OEXA 4E2DA 4M19A 1ME7A 1TQJA 5L6UA 5CPLA 4N2YA 4JTSA 5DLCA 4CNNA 3P82A 2QUTA 3T55A 3HOJA 3RK8A 1ZAIA 1W5NA 1JRBA 2JKAA 4RZ4A 1OFDA 2ALDA 3EWYA 4O1DA 4O4WA 3W7HA 3DFQA 1TV8A 1JUBA 4GJ1A 2E5CA 5D2XA 3W1NA 1YXCA 4NNBA 4JYFA 1XDLA 2BXVA 4IUOA 4UTMA 1LTDA 4UCGA 1G7VA 2C6QA 2AQWA 3F03K 4LVBA 3WJZA 5DBTA 4JTHA 3M43A 3P80A 4ZQMA 4W9TA 2R94A 2E1DA 4CQ9A 3CT7A 2A7RA 2E6DA 5D2WA 2C19A 2XN0A 3GXTA 4RJEA 2FB2A 3TV8A 4OV4A 4S2BA 3I6RA 3GDLA 3TAKA 1SZFA 4JTGA 2BWGA 4NZJA 2Y7FA 1OFRA 1WV2A 3W7EA 1F6PA 5I3JA 3MBDA 1KM1A 4CCEA 3N14A 1L2UA 4RV8A 3EWWA 5EMUA 2E09A 2EAWA 4BK9A 3NQ8A 3N2XA 4CNPA 3GIYA 1RQBA 1G6CA 4UFKA 2Y7EA 1ONRA 2VEPA 3THAA 4BI5A 3UXDA 4KFNA 4AHQA 4UC5A 4FX6M 1PHQA 2TRSA 4Z1CA 1OK4A 1KTNA 1TO3A 4UFMA 3T40A 2QDGA 2J24A 5CG7A 5D2VA 3EEGA 1S5WA 4IMGA 3KOFA 3ABRA 1C29A 5KINA 4O16A 1W31A 1FXPA 1TPC1 1PE1A 2UV8G 3O1NA 3W7NA 1TV5A 3CPRA 1RD5A 3S5YA 2QCDB 5HWMA 4Y9AA 1EIXA 2Y61A 4IMDA 2OJPA 4POCA 3BW2A 2ISWA 2ZA3A 4QITA 3VCRA 2DORA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5IM51

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