5ISKA

Endothiapepsin in complex with fluorinated primary amine fragment
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5iskA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5iskA01
3GI0A 5P1OA 4YCTA 4B70A 4LAPA 5P61A 4FRKA 5OZ3A 4RLDA 3LPIA 2ZJKA 4TRZA 4XXSA 3I8WA 5P66A 2JJIA 3NU5A 1WKRA 1T6GA 3Q3TA 2OHMA 4Y3RA 5OZZA 1A8GA 5P5BA 5KOQA 4TRYA 3UDPA 3KT2A 4CPWA 4F75A 5I3WA 4MC1A 1YM4A 2G20A 5P36A 6APRE 4RGHA 4OBZA 5P2TA 1HTFA 5AH9A 1BIMA 4I0IA 5P74A 5P1AA 5OYXA 3URJA 3KFPA 3GI6A 4J5JA 3LIVA 2V11C 2QD8A 2J9JA 3R2FA 1T7KA 3D20A 4OD9B 3CYXA 4YD5A 3LIQA 2O4LA 5P3UA 1AIDA 4LHHA 1FGCC 5P0LA 4M8YA 5P1YA 4RYCA 4YD4A 4DQGA 1HVSA 3PGIA 5C9DA 4RROA 5P6RA 4CPTA 5P19A 1ER8E 5OYUA 3O9IA 2QI0A 4OBDA 3R1GB 4Y3QA 1VIKA 4MC6A 3VYDA 5P1PA 4HLAA 3L5DA 1BVEA 5OZSA 3PBDA 5EZZA 5P7OA 4ER1E 5DR3A 1ZAPA 2HAHA 4U8WA 3MSJA 5P0JA 4B78A 3GGUA 2WKZA 4OBHA 2AVSA 4NPUA 3TH9A 4RZ1A 5P2RA 4CPQA 1A9MA 1D4LA 5P45A 1GVVA 2NMYA 5P2MA 3NDUA 3IVIA 1EBZA 4I0EA 3RVIA 3VG1A 1HXWA 4OD9A 3HD8A 2PSVA 5P7QA 4DH6A 4FM6A 2BKSA 5P55A 1ZSFA 4Y3JA 3EL4A 4LC7A 1PPLE 4DQEA 1MT9A 4IVTA 4Y3MA 4JOOA 5KAOA 1G35A 3K5FA 1ENTE 5P2AA 3PWWA 4COEA 5UPJA 1HPSA 4HDFA 2OHPA 3VF5A 3WB5A 1YTGA 1FG8C 5P11A 5OYSA 5OYYA 5P5OA 5P6PA 3EXOA 1T7IA 2I4UA 3VUCA 4GYEA 2AOFA 5P10A 3HAWA 3KFSA 5P63A 2QHYA 4DQFA 2G1SA 5COKA 2I4QA 5P41A 5P4AA 3NXEA 5OZRA 5P27A 5OZNA 3DJKA 4YCKA 5E5JA 5P18A 4K4RA 5P6YA 4Y3AA 1AJVA 5P53A 4Q1WA 2PH8A 5P56A 6FIVA 3QRMA 4L7JA 5P8OA 2CEJA 3QVIA 4H1EA 1W6IA 3MXEA 4Z2ZA 1FMBA 3PSUA 2OF0A 5F01A 1AJXA 3LITA 5P26A 4Y4ZA 5P59A 1FG6C 2QZKA 3DV5A 5P5LA 3UFNA 4I0ZA 5P4IA 1FMXA 3PCZA 4EP3A 5P0VA 2FMBA 5P0KA 5KQZA 1SDVA 1PFZA 5P3QA 3OUAA 1IDAA 5P0PA 6UPJA 4LBTA 3D1XA 5P3LA 5P5DA 3KFRA 1BXOA 5P0EA 3BXRA 5KR2A 2BPWA 3NU6A 1JLDA 1B6KA 5P1MA 3UPJA 2AOGA 4EJLA 2OHTA 2FXEA 5ER1E 4GJ6A 3DCRA 4NJTA 1GNOA 2FNTA 5P6HA 2IRZA 2OHKA 1GNNA 5P4ZA 5P1RA 1HVCA 1EPPE 1HOSA 4J55A 2RMPA 3PLDA 5P57A 3VLAA 4LP9A 5P0TA 3H5BA 3UDNA 3SKGA 2HS1A 4YBIA 1HIHA 5P4WA 3OAGA 3MWSA 4Y44A 5P76A 3NUJA 3M9FA 4XX4A 5AHBA 2FDEA 3QIHA 3NLSA 4Y4TA 2BPVA 1DP5A 4K4PA 3SAAA 3LIZA 1MRXA 4PZWA 3INEA 1SDTA 4Q1YA 4K4QA 4Y3GA 5P29A 5P0YA 2F3EA 2ER0E 2I4WA 1C6YA 4D8CA 4F73A 5SXNA 4YDFA 2G1RA 2QU3A 3INFA 3ZKGA 1K6TA 4Y56A 4OBJA 1HEFE 3NU3A 2R38A 3IXKA 1HSGA 3Q4BA 3HLOA 5P01A 2ZYEA 4DJQA 1ZPAA 5P3WA 4DQCA 3NYGA 2XYFA 2WEBA 5I3YA 1APVE 4BFBA 1Z1HA 2BPXA 5P05A 3O9DA 1UPJA 1YM2A 4GJ9A 1SH9A 4Y36A 4Y3ZA 4Z22A 3OQDA 5P3OA 2P3CA 3OXWA 1HVHA 2AOCA 5P4PA 5P47A 2G1YA 4YCYA 3QROA 5P0AA 5OYVA 3VCMA 3RSXA 1BV9A 4QJ7A 4D88A 4MC2A 4I0GA 4ACUA 4OC6B 1GNMA 2WF1A 2OHUA 5P2NA 1RV7A 1E80E 5P0WA 1DPJA 1BWAA 4Y4AA 1E81E 1FFIC 5P2EA 1NPWA 3APPA 2IL2A 2VIZA 3KN0A 3L5EA 2PQZA 2ZJIA 5P4XA 1K1UA 5OZTA 4DI2A 2FDDA 4F74A 3OK9A 2QMDA 5P39A 4I11A 3MSLA 3WZ7A 3GGAA 2VJ9A 3CIDA 3OU3A 4DVFA 5P51A 3PVKA 3OU1B 4YE3A 4GJBA 5P2DA 1W5WA 3UFLA 5P32A 2NNKA 2FDPA 3R0YA 2XFJA 4Y38A 1BXQA 4M8XA 4NJSA 3UDHA 2AODA 2AZ9A 2OHQA 3OWNA 3CKTA 1W5VA 3NU9A 5CONA 5P0OA 3A2OA 4QJ8A 1D4HA 4AUCA 4D85A 3PBZA 1AM5A 5P5GA 4KE1A 3U6AA 3PMUA 2ZJJA 5P3PA 3OQFA 5P85A 3QRSA 1EBYA 1NPVA 5DQ4A 3S7MA 5OZFA 3SA4A 2QHCA 4X7IA 3K4VC 5P33A 2NMZA 5P2SA 4EHCA 1IZEA 1BDQA 4J1EA 1G0VA 2ZJLA 3APRE 3OUDB 3DM6A 5P3CA 2IGYA 2F3KA 5P17A 1FQXA 5P6JA 5P0XA 2BKTA 1NSOA 2V12C 1RL8A 3BVAA 4WTUA 2B7FA 4GZFA 3OU1A 1KJGA 3EMYA 3PI0A 2ZHUA 3INDA 3B7VA 3BRAA 4JPCA 4OBKA 5BRYA 4Z50A 3U71A 1UH8A 5P3VA 4ZIPA 4APEA 3PM4A 5P23A 4HZTA 5OZ8A 3H0BA 1RNEA 2HS2A 2VNNA 2ZHTA 3PJ6A 1AVFA 1B11A 2I4DA 4Y5LA 5OZPA 5P3IA 7HVPA 1MRWA 5P4YA 3IAWA 5P5YA 5P6MA 1UH9A 2VJ7A 1FEJC 4Y5NA 2F81A 2SAMA 5JODA 5P7BA 5P2HA 5P7RA 3DV1A 4DUSA 5IE1A 4ZLSA 5P2XA 3EKYA 3OUDA 4Z4XA 5P0GA 1T6EX 2JYSA 4Y3FA 5P6QA 2J9JB 5KR1A 1K2CA 5P8JA 4CPXA 2HB3A 5P87A 5SZ9A 4FRSA 3TLHA 1W5YA 5P8HA 4B1DA 1FLHA 5P77A 1XN3A 1PSNA 5P15A 2Q55A 1FKNA 3S7LA 2QHZA 3TOFA 5P83A 2VNMA 5HDXA 5JFUA 1OHRA 4J54A 2QD7A 3O9CA 4J1FA 3QI1A 1OEWA 3T7PA 5C9BA 4Y5EA 5P7YA 4ER2E 4ZSQA 5ISKA 1D4JA 5AHCA 3LZSA 3UDMA 4ZSMA 1MT7A 3I2LA 1BDRA 1GVTA 4CMSA 2OHSA 1BDLA 2AOIA 2UXZA 5OZ1A 4YD3A 2R5PA 1CPIA 1HTGA 5P7DA 5P22A 2VA6A 5FIVA 3TTPA 5P2IA 5IS4A 5P82A 3FNTA 2RENA 5P69A 3FIVA 3ZL7A 2HB2A 3O9AA 3OGPA 1F34A 2PYNA 5P4GA 5P68A 5HE5A 1Z8CA 1W50A 2G1OA 3SA6A 2P3BB 5P5JA 5P7JA 1GVUA 3AIDA 1TCWA 4FSEA 1LYWB 1EPRE 4DJWA 5OZQA 4Y3XA 4CP7A 3SKFA 5P7PA 4FAEA 1HEGE 4DJRA 5P1QA 5P7FA 5P3SA 1KJFA 4EP2A 4CPSA 1CZIE 2NNPA 2WECA 3K5GA 5PEPA 1IVQA 4JECA 5P4TA 3O9GA 4Y3YA 4Q1NA 5OZ0A 4K9HA 5ENMA 1SBGA 4YA8A 2AVOA 1B6JA 5P8EA 5DR4A 2IKUA 5P20A 5SY3A 4RVIA 4FRJA 3OQKA 1TW7A 5P2VA 1PROA 3SM1A 4XX3A 3SACA 2UPJA 5P0ZA 5OZ7A 5P25A 1IDBA 2NXLA 3HZCA 1APUE 2P3BA 4FS4A 5P8KA 5TOLA 2QD6A 1VIJA 1W6HA 5JG1A 3ER3E 5OZXA 1LYWA 4AA9A 3LINA 1ODWA 5P8PA 3QBFA 3CICA 4R93A 3OXXA 3R4BA 5P6AA 1TZSA 3SA5A 1TCXA 1M0BA 4B1CA 1NH0A 1XL2A 4Y39A 5P54A 1NPAA 5P4SA 1HRNA 4R95A 1XE6A 2P3DA 5ISJA 5I3VA 4CKUA 2ZGAA 3SA3A 5P7UA 5OZ5A 1KJ7A 4I0JA 1QBUA 5P7IA 3UDQA 5P8RA 5F00A 3S53A 3DK1A 5OZBA 5P40A 1DIFA 5P5IA 4DFGA 2FGUA 4J1IA 1ZP8A 5OZWA 3L59A 4OBGA 4H3IA 3EL0A 2WJOA 4Y4BA 2ZHRA 1MVPA 5P6KA 5IVTA 4HDPA 2BPYA 3OY4A 3ECGA 4Y3WA 2H6SA 5P3NA 2AZ8A 3GI5A 5P2QA 1HVJA 4L6BA 4Y6MA 4QGIA 3OAGB 4FLGA 5P4HA 4H3GA 1QBTA 5P3HA 4PEPA 4ZSPA 4DJPA 1SGUA 5OZCA 5P0MA 1B5FB 2Q54A 2AZBA 3SABA 2WF3A 2FGVA 3ER5E 3NWQA 5P7WA 2V0ZC 5P0SA 4Y3HA 1XDHA 3O9FA 2I0DA 2PK6A 2VA5A 1K6CA 2B8LA 2AVQA 2VIEA 5HTZA 3IN3A 5P81A 3I6OA 4FCOA 1E82E 5P6IA 5P1KA 5P7MA 2QI5A 3URLA 5P42A 1EC0A 5P49A 3QPJA 2CEMA 4EWOA 5P7GA 1ODXA 4RVXA 3IVHA 1IVPA 5P4MA 3EL5A 5P7AA 5OYTA 2ZE1A 1MEUA 4QLHA 4I0FA 3PCWA 3HBOA 4H3JA 4GIDA 5P0QA 5P0BA 2I4VA 4A4QA 5OZ6A 1ZTZA 4RCDA 5HE4A 3OU4A 4EXGA 1F7AA 3K5CA 1B5FA 5P04A 3BUHA 3TKWA 3WZ8A 2WL0A 1ZJ7A 3T11A 4I0DA 3S54A 1WBMA 1PSAA 1FB7A 3QP0A 5P6ZA 1SP5A 2FXDA 1IZHA 3OTYA 2QI1A 4Y5KA 5P5EA 3SA8A 3FKTA 3F9QA 4YOAA 4FIVA 3ZKIA 1D4SA 3QN8A 2HPFA 1SIVA 4BELA 5P8QA 5P28A 1IBQA 1U8GA 3VF7A 5COOA 4Y35A 4Y3DA 1MIQA 4GJ8A 2O4SA 3NWXA 5P6NA 4APRE 3I7EA 3FX5A 4I8WA 4QJ9A 2G26A 2WEDA 3GGVA 5DGWA 5OZYA 4DQHA 3S8IA 2XFIA 5P2UA 3PLLA 3RTMA 2RKFA 4J17A 5HVPA 5OZGA 3HVGA 5P3MA 4I12A 3TOGA 3WB4A 3LZYA 4DJVA 7UPJA 4ZEAA 2NXMA 4Y54A 1EBWA 4ZPEA 5HD0A 3ZKXA 4Y48A 5P5VA 3T6IA 5P3KA 3OXVA 4RVJA 3TPLA 5P5MA 4EQ0A 5P8IA 1A94A 3D1YA 1EC3A 5P58A 5P88A 5P14A 5P4KA 4L7GA 5IVRA 4J0ZA 4J0YA 4NJUA 5P5ZA 2IQGA 2AVVA 5P3ZA 5P6EA 2QAKA 2QI7A 3UQXA 3L5BA 5P89A 4EYRA 3CKPA 3NDTA 5P7HA 5P37A 3D3TA 5P3RA 5P5AA 3JVYA 1LS5A 4Y4EA 2BBBA 4DPIA 3PEPA 5P8NA 1HHPA 3EKXA 1C6ZA 5P08A 1IZIA 3INHA 5P4QA 5P12A 4EJKA 4K8SA 3FNUA 5P1DA 1XE5A 4Y5CA 1HTRB 5P6GA 5P31A 4OBFA 2V16C 2AIDA 1QBSA 5P4EA 2NTRA 2ZHSA 5P6WA 1HTEA 2QI6A 4LL3A 3C9XA 5P1LA 3NDXA 4EXHA 1PSOE 4FM7A 5P5NA 4Y50A 5P70A 3QBHA 3S45A 2B7ZA 3SA7A 2QMGA 5P7NA 5P0RA 1M4HA 3K5DA 1MUIA 5P7TA 3EKWA 5P62A 5P3GA 3OQAA 4GJ7A 3L38A 3CYWA 2G21A 4LXMA 4YD7A 3TKGA 5P8AA 5P0HA 2Q11A 5OZVA 5P34A 5P79A 1MESA 1MSNA 1HWRA 3N3IA 3HAUA 3OADB 2A1EA 2JE4A 5DQCA 3ZPUA 4PHVA 3IGBA 1LEEA 1XN2A 1YX9A 4D89A 2F3FA 3HDKA 5P8VA 2G69A 3MSKA 5P2BA 4Y37A 5P1ZA 3ZPSA 3NDWA 5P3FA 1LYAB 5JFPA 1EC2A 1K1TA 4EQJA 4ZSRA 5P38A 5P5KA 3OTSA 4J0VA 2AQUA 1BILA 2ZHVA 3BUGA 4FE6A 2HPEA 2PWRA 2R3WA 5P67A 5P0UA 5P6DA 2OHNA 1ZBGA 4R91A 3EM6A 2ZJHA 1K6VA 5HDUA 1PPME 4HDBA 4J1KA 1ODYA 5OYWA 1ZPKA 1LZQA 3OOZA 4CPUA 3LZVA 5OZ2A 4QJAA 5P60A 2QZWA 3S56A 4E43A 3ZKSA 3BXSA 4DJXA 4Y58A 5I70A 1SMRA 2PWCA 3TPRA 3EM4A 5P1FA 2PMAA 5KOSA 2R43A 1T3RA 1SDUA 2IENA 2O4NA 2R9BA 5HCOA 2VIYA 1MTBA 3NXNA 3OADA 2BB9A 1OD1A 1Q9PA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GI0 A;  5P1O A;  4YCT A;  4B70 A;  4LAP A;  5P61 A;  4FRK A;  5OZ3 A;  4RLD A;  3LPI A;  2ZJK A;  4TRZ A;  4XXS A;  3I8W A;  5P66 A;  2JJI A;  3NU5 A;  1WKR A;  1T6G A;  3Q3T A;  2OHM A;  4Y3R A;  5OZZ A;  1A8G A;  5P5B A;  5KOQ A;  4TRY A;  3UDP A;  3KT2 A;  4CPW A;  4F75 A;  5I3W A;  4MC1 A;  1YM4 A;  2G20 A;  5P36 A;  6APR E;  4RGH A;  4OBZ A;  5P2T A;  1HTF A;  5AH9 A;  1BIM A;  4I0I A;  5P74 A;  5P1A A;  5OYX A;  3URJ A;  3KFP A;  3GI6 A;  4J5J A;  3LIV A;  2V11 C;  2QD8 A;  2J9J A;  3R2F A;  1T7K A;  3D20 A;  4OD9 B;  3CYX A;  4YD5 A;  3LIQ A;  2O4L A;  5P3U A;  1AID A;  4LHH A;  1FGC C;  5P0L A;  4M8Y A;  5P1Y A;  4RYC A;  4YD4 A;  4DQG A;  1HVS A;  3PGI A;  5C9D A;  4RRO A;  5P6R A;  4CPT A;  5P19 A;  1ER8 E;  5OYU A;  3O9I A;  2QI0 A;  4OBD A;  3R1G B;  4Y3Q A;  1VIK A;  4MC6 A;  3VYD A;  5P1P A;  4HLA A;  3L5D A;  1BVE A;  5OZS A;  3PBD A;  5EZZ A;  5P7O A;  4ER1 E;  5DR3 A;  1ZAP A;  2HAH A;  4U8W A;  3MSJ A;  5P0J A;  4B78 A;  3GGU A;  2WKZ A;  4OBH A;  2AVS A;  4NPU A;  3TH9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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