5IVRA

Crystal structure of hiv protease complexed with methyl n-[(1s)-1-[[2-[(3s)-3-[(4-aminophenyl)methylamino]-4-hydroxy-butyl]phenyl]carbamoyl]-2,2-diphenyl-ethyl]carbamate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ivrA00
5KQFA 4Y3XA 4Y44A 3T6IA 3S53A 5P6CA 4YHQA 2PWRA 5P6HA 3HD8A 3D91A 4Z50A 4EYRA 3BXRA 5OZQA 4B1DA 1HIIA 4ER2E 3D1ZA 2PSUA 2AZCA 1HOSA 4DH6A 3QBFA 1BIMA 5P65A 1AZ5A 4FSEA 2BPYA 5P0BA 1FQ6A 1Z8CA 3G6ZA 2R38A 4FLGA 4B1CA 5P50A 1LYAB 2G20A 5P52A 1CPIA 4I0JA 4Y4JA 5P1IA 5P25A 5P7CA 1FB7A 1LF3A 4DQBA 3U7SA 5P7IA 3QVIA 5HCTA 3R1GB 4A4QA 5HCOA 3IAWA 1IBQA 3M9FA 4APRE 2ER7E 5P61A 2WEZA 2IDWA 1DP5A 4LL3A 5P3RA 2P8HA 5P4YA 5P59A 2XYFA 4CPSA 2R3TA 3O9CA 3Q3TA 3GI5A 3PBDA 5OZBA 1VIKA 2HB2A 2ASIA 4ER1E 3O9LA 1YX9A 5P5PA 5P6BA 3GW5A 2G94A 5P4ZA 1SBGA 5P24A 4EJDA 5OZDA 1XDHA 5DQ2A 4F75A 5P78A 3O9GA 2FLEA 5P8GA 1C70A 4L7HA 5DQ5A 4AZYA 5P1ZA 3LPIA 3OGPA 2I1AA 4OD9B 1HPOA 2PMAA 4PHVA 1SIPA 2FS4A 2O4SA 4Y3SA 2QI5A 1KJ4A 1YT9A 5P2HA 4U7QA 4OBGA 3LHGA 4J55A 4DUSA 3Q5HA 5P4OA 4QLHA 4YD6A 5SY2A 2NR6A 1APUE 4F76A 4Y3WA 4M8YA 4R91A 4B70A 5P3CA 2P3BA 1UH7A 1HVHA 5P0QA 5P7QA 1HTGA 4RCFA 1E80E 5HU0A 3G70A 1EPRE 2FGUA 4LXMA 2IQGA 1HVSA 4HLAA 2PWCA 2CEJA 3GGXA 3LPJA 5DR1A 5P8RA 3FSMA 4OBZB 5DQ4A 5P0PA 5P4QA 2AZ8A 2BPWA 5P38A 1HVJA 5P31A 4TRYA 1HTEA 5P5WA 1K1TA 2G22A 4Q5MA 4J0YA 5OZJA 5P71A 1OEXA 3ER5E 3APPA 4BELA 3BXSA 4JOOA 1LYWA 5DR0A 1IZHA 5P8UA 3A2OA 1APVE 2FIVA 2VNNA 1IDAA 2ZJNA 2WL0A 3PB5A 4AMTA 5P5YA 3B80A 1QRPE 3OK9A 5JFPA 1FMBA 2RKFA 5HE4A 1K6PA 3ZPUA 4Y4GA 2PQZA 2O40A 3OXVA 5P1AA 1KZKA 3RVIA 5OYSA 2R9BA 5P5AA 5P6YA 1IZEA 5P7DA 5P8NA 1GVWA 3DUYA 7UPJA 5P34A 2B60A 4U7VA 3N4LA 5P8FA 3OTSA 5P6IA 4EQJA 5P6AA 4Y3HA 2R5QA 2VJ7A 4I8ZA 1BVEA 3HAWA 1K1UA 5P2DA 5OYQA 2Q5KA 1PPKE 3S8IA 5OYYA 2QHYA 4XX3A 4YOBA 3AUPA 5P22A 2V13A 2NMYA 4GJ7A 3SFCA 4CKUA 3SA4A 5DGUA 3APRE 1FFIC 5DQCA 2QZKA 3OOTA 4DI2A 3ZOVA 2VA5A 1APTE 5OZ0A 1SMRA 3BGBA 4YCKA 4X2LA 1G2KA 5P0DA 1SH9A 4B05A 4D83A 4DQHA 4D8CA 4DQGA 4GJ5A 2QI6A 4GIDA 4Y4UA 5P3BA 3NU9A 1G35A 3NDTA 4RRNA 1ENTE 5P70A 3PWRA 2SAMA 2NXLA 4HA5A 5P5FA 5J25A 3NU3A 5P5BA 4Q1NA 4Y3TA 3LIXA 1SDTA 3DV5A 3WSJA 3OXCA 2BPXA 3ST5A 5HTZA 3SA7A 1XL2A 3WZ7A 5AH9A 2FXEA 2MIPA 3OADA 5P6VA 1XE5A 5P5OA 3UF3A 5COOA 3LIQA 5P32A 3WB4A 4Y56A 5OZTA 5OZEA 3SPKA 1FQ8A 1SDVA 2QMFA 2VIZA 5P02A 3OU3A 5OZ8A 3U6AA 3DV1A 5P1HA 4HDFA 2PH8A 5COKA 2HPFA 4BFDA 5P88A 3R0YA 3FKTA 3PSUA 2HS1A 4Y37A 3BGCA 1GNNA 2O4KA 4FRIA 4Y4EA 2VKMA 5P08A 3EMYA 1D4HA 5OYUA 5P23A 2QI3A 4H3FA 4D89A 5P19A 3CYXA 1AM5A 1A94A 1T7IA 1LYAA 4Y3PA 5DR3A 5I3VA 3VF7A 4DJVA 5P3NA 3C9XA 4K4PA 4RZ1A 3TTPA 3UQPA 3VSXA 1OHRA 3UQWA 1LF2A 4FM7A 2P3AA 3QAAA 2RKGA 5P5KA 3EM4A 3RTHA 3EKYA 3EKWA 2R43A 1HXWA 1B5FB 5P2LA 4S1GA 5P1PA 3HW1A 3EL0A 4AA9A 2PYNA 5P5TA 1MERA 3CKRA 2G26A 1AXAA 5P4KA 5P54A 4R5NA 4HEGA 1W50A 5P3MA 3PI5A 5P1SA 3TOFA 1B6MA 2QD8A 2QMPA 5P0FA 3SA6A 5P73A 2PK5A 2IL2A 5P26A 2UXZA 5P8CA 5P0IA 3DCRA 4NPTA 1NSOA 3O9HA 5P1WA 5P0RA 5OZ1A 2A4FA 1BXOA 4GJ6A 2OHNA 4RYGA 3LZSA 5P6DA 4ACUA 5P5XA 5P11A 1BV7A 2F80A 3TL9A 3KFPA 2B8LA 1RQ9A 3VLAA 1RPIA 3CICA 2I0DA 4R8YA 4Y43A 2I0AA 3UQRA 1QBTA 3L38A 4YD5A 4ZSQA 3BVBA 1W51A 1K6VA 5OZVA 3EL4A 5P0ZA 5P8PA 2IKOA 1GNOA 3URLA 4Z4XA 1FEJC 5KR0A 3WB5A 4GJCA 2WKZA 4OBZA 5P4MA 1HVIA 2V10C 2ER6E 2QNPA 1F7AA 3PRSA 2AOIA 5C9FA 1HHPA 1D4IA 2FDDA 1MEUA 3K5CA 2PK6A 3HDKA 4Y35A 3EL1A 3NU6A 5P28A 3VYEA 5P7LA 2QD7A 5KR1A 5P4EA 4Y3GA 3S43B 2BBBA 5P12A 1ZPAA 1HEFE 2JXRA 5P4NA 4Y41A 5P5LA 1EPOE 1UH9A 5JG1A 5KQXA 2IEOA 3EL9A 4Y3DA 5P60A 4WY6A 4PZWA 4XX4A 5B18A 5P6QA 3ZKNA 1ZAPA 5CONA 5P6SA 3OY4A 5KQZA 1W6IA 4GJDA 1FGCC 5P0UA 2G24A 3NUJA 5OZAA 3O99A 5P2EA 2HAHA 5P6JA 4I1CA 3TNEA 2AVVA 5P4CA 3OQDA 1MT9A 5IS4A 3VF3A 3HBOA 2VNMA 3PWWA 5P79A 3ZPSA 2VS2A 4ZE6A 3GGAA 5P82A 5P2WA 3R4BA 5P09A 4EJLA 1A9MA 3NSHA 4NJUA 1LZQA 4RVIA 1ZJ7A 4COEA 1QBUA 5P5EA 2F3FA 5KR2A 4RYCA 4Y36A 2G21A 5P80A 3KMYA 5P3AA 5OYRA 5P3YA 3S54A 3L5BA 5P1UA 2WF0A 2OHQA 4GYEA 3NDWA 3OTYA 2ZHRA 2WF1A 3VUCA 5OYZA 3H5BA 2QCIA 5P3JA 5P20A 3QP0A 4FRJA 4Y3FA 4ZPEA 1PPLE 3FX5A 5P04A 4Q1WA 4FM6A 5DR7A 3VLBA 3RTNA 3OUBA 2O4NA 4L1AB 1GVUA 1ME6A 3HZCA 1A8GA 4QJAA 5P0SA 5DR4A 3UDMA 5P3GA 3MXDA 5P1RA 3TH9A 5P3TA 4YOAA 3INFA 3PI0A 3URIA 2WECA 3UHLA 4PYVA 5P3VA 5E5KA 3LNKA 3KT2A 5AHCA 2G1SA 2RENA 5P5HA 2FNSA 4RCDA 1QS8A 1J71A 4YD3A 3UDKA 1QDMA 3QN8A 5P2XA 1EC0A 4J1HA 5P3KA 4OBJA 5SZ9A 2JE4A 2AZBA 5P8IA 3IN3A 1EC3A 2WF4A 5P7NA 3JVYA 4AUCA 3ZKMA 1FQ4A 2B42A 5F01A 3PM4A 2JJIA 4EWOA 3I7EA 3QS1A 4I0FA 1ZSFA 1FIVA 3O9AA 4Y6MA 5P1YA 2B8VA 5AHBA 2A1EA 2AVOA 5HE5A 5P2UA 2OF0A 3OXXA 4CPTA 4DV9A 4OC6B 1BDRA 2XFKA 3NXEA 5ISKA 5IVTA 2Q54A 1B5FA 1HSIA 1APWE 3OWNA 3CKPA 4RRSA 2AQUA 5P2TA 5P7OA 5AH7A 5P33A 2ZHUA 2WF2A 4EPJA 5P6PA 1OEWA 3T7XA 5F00A 2OHSA 2WHHA 3Q6YA 4Y3MA 4R93A 2VIJA 5OZHA 5P4FA 5P2IA 5P7FA 2F81A 4D85A 5OZCA 2ZJJA 1W5WA 2V0ZC 4HDBA 5P18A 2QU3A 3D1XA 5ER2E 1ZPKA 3ZKGA 5P2KA 5P1JA 2AOGA 4J0TA 3KYRA 1VIJA 2IGYA 3PHVA 3G72A 2ZHSA 3Q70A 3HLOA 1D4LA 3K5FA 1ODYA 4J1KA 4Y5KA 2QZXA 4QGIA 3DM6A 3INEA 2Q15A 5P1QA 4RGHA 1LV1A 5P4LA 5P8SA 1LS5A 5P05A 5FIVA 5P1BA 1EPPE 3Q4BA 3FNTA 3FNSA 2V16C 2WF3A 2BKSA 4A6CA 1SP5A 5P49A 4BFBA 4RVJA 2HC0A 3IXOA 3SA3A 1BAIA 2P4JA 5P6WA 4K9HA 5P72A 1FFFC 2ZJLA 1ZP8A 4Y38A 1MT8A 2QAKA 5OZ9A 2R8NA 3QI1A 5P0OA 1BBSA 3UDNA 1MRXA 1TCXA 2BJUA 4B77A 3FIVA 3QBHA 2ZE1A 2V12C 5EZXA 4DPFA 2AOEA 3RSXA 1YG9A 5P2CA 5P3DA 5SXNA 2J9JB 5OZKA 1ZBGA 3NU4A 4CPUA 4FL8A 1EBWA 1LF4A 4OBKA 5P7EA 4DJYA 5OZRA 1E5OE 4ZPGA 1AJXA 2APRA 2QHZA 1K6CA 1BVGA 1U8GA 1ODXA 3PGIA 2ZHVA 5P3OA 5P39A 5P7VA 4FAEA 5P27A 5KQYA 1IZDA 5P8LA 4EHCA 1XE6A 3B7VA 5P3IA 3TOGA 1BWBA 2ANLA 5P3UA 5P1LA 1FQ5A 3L5DA 4FSLA 5P8VA 2NMZA 4DJOA 5P8BA 2FNTA 2QU2A 5BS4A 2BKTA 3NLSA 5P0AA 1MT7A 5P5NA 4Q1XA 1ER8E 4OBDA 3OHHA 1EPQE 4Y4TA 3UDPA 1FMUA 2XFJA 2BQVA 4Y5MA 4Q1YA 1JLDA 5P8KA 2OHRA 4H1EA 5P3FA 5P7RA 3K5GA 1C6ZA 4J5JA 5P4AA 4JPCA 5SY3A 4ZSMA 3RSVA 4Y5BA 3SAAA 3F9QA 3T7PA 5P4RA 1DMPA 4E43A 1YM2A 1FQXA 2FDPA 1RL8A 1EPME 3CIDA 4Y58A 1IVPA 3GGUA 3TLHA 3VYFA 4DJPA 5DGWA 3EM6A 5ER1E 4YBIA 2AIDA 5P1CA 3TPPA 1EBKC 3OUAA 2QI4A 1FQ7A 4J1FA 5P46A 3IN4A 4FCOA 5I3WA 3H0BA 3PLDA 4GJ9A 2OHTA 1YM4A 2IGXA 5DR8A 1TZSA 5P2FA 1FF0C 3TOHA 5T4SA 5APRE 5P53A 4L1AA 5P1EA 1EPLE 3SO9A 5KR8A 3HVPA 1C6XA 2IKUA 1YTGA 5P6EA 3OUDB 1LYBB 5JODA 4Y5LA 4DQCA 4B78A 4DQFA 5P5SA 4I0HA 2NXDA 3VYDA 1NPWA 5P6ZA 1B6JA 5AH6A 5OZYA 3KF0A 4YA8A 6APRE 3L3AA 3NDXA 2ER0E 5UPJA 3K4VC 4B72A 2XYEA 5HDZA 3BC4A 3TPRA 3ZL7A 5P0LA 5P7SA 4YBFA 5P4IA 1PSNA 3NWQA 3OOZA 4CPXA 4Y50A 2CENA 4Z22A 4LBTA 4YDFA 1DW6C 1MSMA 5I70A 2I4XA 2AOHA 3L5FA 1M0BA 5P3ZA 5OZ7A 4Y5AA 1AIDA 5C9BA 2G27A 3TPJA 1A8KA 5P40A 2WJOA 4OC6A 2V11C 3LPKA 5OZUA 3GI0A 4ZPFA 1ZLFA 4MC6A 5P5RA 2Q63A 5P8QA 4JP9A 3O9LB 1SGUA 5P0WA 4OD9A 3UQUA 5P2AA 5P14A 1D4KA 1GNMA 4RCEA 2BPVA 1WBKA 5OZSA 5OZ4A 2AOCA 4FAFA 3NUOA 3PLLA 1IIQA 2RSPA 1BXQA 4YD7A 3KFRA 3T11A 4Y45A 1ZSRA 2ZYEA 1HVRA 5P7GA 2NPHA 4LC7A 5CLMA 5P6LA 5OYTA 5P0MA 1NPVA 2AVQA 2AOFA 3SACA 2O4PA 2Q11A 3OU4B 5OZ3A 4HVPA 5P5GA 3MSKA 5AH8A 3OU1B 5P7BA 3PSYA 1MPPA 4BEKA 3KMXA 3MSLA 2ZGAA 4FE6A 2QNQA 1GVVA 4L7GA 5P36A 1EAGA 5P1NA 5P0VA 3LZYA 2NTRA 5P4VA 3VFBA 3DCKA 1K2BA 2PH6A 3LZVA 4CP7A 1AVFA 2QI7A 5P7TA 2VA7A 2J9JA 3DJKA 5P17A 1PSAA 3I2LA 3IXJA 4QJ9A 4Z2ZA 1XN2A 1IDBA 5P4XA 5P83A 3K4VA 2AOJA 2OHMA 5P43A 2HB3A 4Y3QA 5P0YA 3AIDA 5OZGA 4YCYA 3L58A 4Y47A 3R0WA 3TKWA 2QD6A 4M8XA 5P55A 4YCTA 5P3PA 5P2RA 5EZZA 1HXBA 4H3IA 3VSWA 5P0KA 5P10A 5P03A 3O9EA 5P89A 3SKFA 5BRYA 1MSNA 3SQFA 3EM3A 2BB9A 2HS2A 1XN3A 4AA8A 4DQEA 4ER4E 3LIZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KQF A;  4Y3X A;  4Y44 A;  3T6I A;  3S53 A;  5P6C A;  4YHQ A;  2PWR A;  5P6H A;  3HD8 A;  3D91 A;  4Z50 A;  4EYR A;  3BXR A;  5OZQ A;  4B1D A;  1HII A;  4ER2 E;  3D1Z A;  2PSU A;  2AZC A;  1HOS A;  4DH6 A;  3QBF A;  1BIM A;  5P65 A;  1AZ5 A;  4FSE A;  2BPY A;  5P0B A;  1FQ6 A;  1Z8C A;  3G6Z A;  2R38 A;  4FLG A;  4B1C A;  5P50 A;  1LYA B;  2G20 A;  5P52 A;  1CPI A;  4I0J A;  4Y4J A;  5P1I A;  5P25 A;  5P7C A;  1FB7 A;  1LF3 A;  4DQB A;  3U7S A;  5P7I A;  3QVI A;  5HCT A;  3R1G B;  4A4Q A;  5HCO A;  3IAW A;  1IBQ A;  3M9F A;  4APR E;  2ER7 E;  5P61 A;  2WEZ A;  2IDW A;  1DP5 A;  4LL3 A;  5P3R A;  2P8H A;  5P4Y A;  5P59 A;  2XYF A;  4CPS A;  2R3T A;  3O9C A;  3Q3T A;  3GI5 A;  3PBD A;  5OZB A;  1VIK A;  2HB2 A;  2ASI A;  4ER1 E;  3O9L A;  1YX9 A;  5P5P A;  5P6B A;  3GW5 A;  2G94 A;  5P4Z A;  1SBG A;  5P24 A;  4EJD A;  5OZD A;  1XDH A;  5DQ2 A;  4F75 A;  5P78 A;  3O9G A;  2FLE A;  5P8G A;  1C70 A;  4L7H A;  5DQ5 A;  4AZY A;  5P1Z A;  3LPI A;  3OGP A;  2I1A A;  4OD9 B;  1HPO A;  2PMA A;  4PHV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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