5JFPA

Hiv-1 wild type protease with grl-097-13a (a adamantane p1-ligand with bis-thf in p2 and isobutylamine in p1')
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Probing Lipophilic Adamantyl Group as the P1-Ligand for HIV-1 Protease Inhibitors: Design, Synthesis, Protein X-ray Structural Studies, and Biological Evaluation.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5jfpA00
4N00A 4YBFA 4ZPFA 3KYRA 4EHCA 3PVKA 1A30A 3S8IA 4CPTA 1GVTA 4M8YA 4Y54A 3T11A 3D1YA 1OEWA 5P4MA 3NYGA 4APEA 5COPA 5P1GA 5P2IA 3UF3A 5P7KA 2QU3A 5P6QA 2AVQA 2Q63A 3SA5A 4R8YA 4NJTA 5P3MA 2VA7A 1K6PA 3OK9A 4Y3EA 5P0HA 3O9LB 1W5XA 3LZYA 3AIDA 4FL8A 3C9XA 6APRE 1IZIA 3LIVA 1CPIA 5HE7A 4H3IA 4EP2A 3VLAA 4CPQA 2WF2A 5P6RA 5P2RA 4Y3QA 3NU6A 5P89A 4DQHA 5P1MA 5OZDA 4Y3JA 5HU1A 1UH9A 5P0MA 5P2LA 5AHBA 5P5VA 5P0YA 3DOXA 1HTFA 5P05A 5ISKA 3DM6A 4I0GA 2R8NA 3L5FA 4JPEA 5OZOA 2R9BA 3VSXA 2OHMA 2O40A 4NJVA 3OU4A 3UFLA 4FAEA 3D91A 3SA8A 3Q4BA 1FQ7A 3ECGA 5ENMA 1OHRA 5P4AA 4QJ2A 4RCEA 2ZHTA 2BBBA 2AVMA 5P60A 5P4LA 1G0VA 5P04A 5OZMA 2QMFA 3T7PA 4F73A 2PWRA 5P7FA 1W5YA 5P8DA 3JVYA 5P3WA 5P2UA 3DV1A 3K5DA 1FFIC 2PK5A 4LL3A 4EJ8A 2VJ7A 4DUSA 1RL8A 3KM4A 1HXBA 5OZUA 1QS8A 1LYWB 4Y5BA 1ZPAA 4Z22A 2A4FA 3OXXA 1BAIA 2P8HA 2HC0A 4AA8A 4Y5PA 4FRJA 1EPRE 1MSNA 2ZYEA 5OZ2A 3K4VC 5P7GA 4J1FA 2I4DA 4YA8A 4YD5A 5P19A 5P7JA 2P3DA 1DAZC 2AZCA 5P43A 4APRE 4HLAA 1B5FB 4Y3LA 2CEMA 4FRIA 4DPFA 5P81A 1HVSA 2QD8A 4YE3A 5P22A 4HZTA 4Y3RA 3ZLQA 5P63A 3B80A 4Y5EA 5P6NA 3UQXA 3RVIA 3L5EA 5P3PA 1OD1A 5P39A 5P1NA 1PFZA 3D3TA 3CKRA 4OBKA 3TH9A 5P80A 2ZHUA 4B05A 5P51A 4DH6A 4OBZB 2QZKA 2WEBA 3HVGA 1YTIA 3VF7A 3FX5A 2Z4OA 2QNQA 4NJUA 4Z50A 5P1LA 4Y6MA 5E5KA 5P4GA 5JFPA 5P3JA 5P20A 5P3SA 4PZXA 4Z2ZA 1SGZA 5P4BA 2R38A 5P27A 3VSWA 3UDMA 2PK6A 2ZHRA 5P4XA 5P7WA 5P6LA 4YD3A 5DR1A 3QRSA 4IVTA 5P37A 1LF2A 4L6BA 5P6YA 1HVCA 4U7VA 3UDYA 1CZIE 5P1OA 4Y3PA 1QRPE 2R3TA 5P13A 3VYEA 1GVVA 1MSMA 4J0YA 2J9JB 5P5OA 5OYQA 2OHQA 3UQPA 1GNNA 3ZOVA 5P7XA 5P0AA 1D4HA 4GJ5A 1XE6A 3PMUA 1FMUA 1HBVA 2BB9A 4BEKA 5P3VA 1EBZA 5P7AA 1E5OE 2G69A 4I0FA 3NXNA 2B8VA 3RTHA 1AJVA 1ZSRA 5P4FA 3K5FA 2V0ZC 5P5KA 1Z1HA 5P0IA 3ZPUA 1CMSA 3ZKNA 3SLZA 3NDUA 5P5QA 5JFUA 5KR0A 2PSUA 3DJKA 3LPKA 3ZKQA 1PPME 3UDKA 2WF4A 5P28A 3R1GB 3QI1A 5P8CA 5KAOA 3SO9A 3NXEA 3ER5E 2VNMA 5OZXA 3OOZA 2FMBA 5OYWA 5P5BA 1PPLE 1ODXA 2I0DA 5P65A 5SZ9A 1EC3A 1MESA 3O9BA 3IVHA 5OZJA 5C9DA 5P7BA 1NH0A 2R43A 4FIVA 3WZ6A 3FNSA 5DR3A 1M4HA 4GJ7A 4LC7A 2IS0A 5P82A 5P4QA 6UPJA 5P1YA 1FQ6A 3ZKXA 3OADA 4QLHA 3H0BA 4DQBA 2WEZA 1U8GA 5P30A 5JODA 4YCKA 3TPRA 5P53A 3QN8A 2P3AA 4E43A 5P3EA 2P83A 2VNNA 4HDFA 1FIVA 1QBSA 3PI5A 4OD9A 1MTBA 4DJYA 5B18A 3A2OA 2JJJA 5P36A 1GVUA 4BFDA 2AOFA 1ZAPA 1SMRA 1YM4A 1ZSFA 5DGWA 5P6CA 1EPPE 2NXMA 4B78A 4J54A 4GJ9A 2RKFA 4CPRA 4Q1NA 1HVRA 3UDNA 1D4YA 4Y5GA 3PM4A 5P54A 2NNKA 3O9EA 2OF0A 4ER1E 5ISJA 5P7SA 4Y44A 3OQ7A 3HLOA 1AJXA 2G24A 1IDAA 4F76A 5P0QA 3QIHA 3QROA 3HD8A 5P0NA 5AH6A 5KQFA 1BIMA 3SA7A 4KE0A 3OWNA 3DK1A 5SXNA 4ZLSA 3LHGA 3VF3A 3OUBA 4Y58A 2FGVA 3UDJA 4I1CA 5P0EA 5P0WA 5P2GA 3HVPA 4EPJA 2AZ9A 3LZSA 2G1SA 3UDPA 1MUIA 2APRA 5DR4A 4XKXA 3K1WA 5P1IA 3VV8A 2I4QA 3BXSA 3QRVA 5P3OA 2AOJA 1EC1A 3N4LA 1T7JA 1FG8C 2VA6A 3S54A 2HS1A 1BDLA 5P79A 5P2VA 4Y4XA 5P34A 1FKNA 5OZ5A 1HVKA 2WF3A 5P35A 5P8BA 5OZVA 3O9FA 2RKGA 5OZ3A 4EXGA 3LINA 2FDDA 5P8TA 2UPJA 3IGBA 4U7QA 4Q5MA 3R4BA 2NNPA 9HVPA 2IL2A 5AGZA 5P4ZA 1PSNA 5P7MA 5OZFA 4YCTA 3VCMA 5P4UA 2NMYA 4I0ZA 3PCWA 3PSUA 5P5XA 4PPHA 5OZHA 1SP5A 2H6SA 5P2HA 1BXQA 5P4CA 1SDUA 5DGUA 4LXAA 5P15A 2OHPA 5P6KA 5CONA 4ZSRA 4CKUA 4RCDA 5BS4A 2AOIA 4Y5NA 5P29A 3INFA 4RVXA 3TL9A 1HEFE 3PHVA 1HXWA 2HM1A 5P7CA 5P4IA 3ST5A 3U7SA 3JW2A 1BDRA 5T4SA 3CKTA 2ZHSA 5P5SA 3OOTA 5F00A 3HAUA 3ER3E 4J5JA 5P01A 5P8IA 2VIYA 1F34A 2AODA 2HB3A 3TOGA 5P7YA 3S43A 5EZZA 5HDZA 4QJ9A 2I4WA 3L5BA 3O9AA 5P3IA 4WY6A 5E5JA 3QPJA 4FM6A 4K4PA 2ZJNA 4J0VA 4PZWA 1XE5A 4Y5CA 4Y3FA 1KJ7A 5PEPA 2PYNA 2G26A 4J17A 3OHHA 2Z54A 3INDA 5P59A 5P0VA 3QBFA 4PHVA 4J55A 4ER2E 3I25A 4Y56A 4GB2A 5P69A 3AUPA 2QZLA 3WZ8A 1TSQA 5DQ1A 3G70A 1HVIA 4B1DA 5P1HA 2FXEA 5P0DA 4EWOA 4Y3AA 4Y3ZA 1B6KA 1FQXA 4Y4GA 4H3JA 3TPJA 4GMIA 3BC4A 3LITA 3MSLA 3SKFA 1ZP8A 1GVWA 4X2LA 1D4SA 4R91A 5P1ZA 1KJHA 4FAFA 3IN3A 4QJ6A 2VKMA 3KDBA 3MSJA 3OY4A 5P5IA 3R0WA 4ACXA 3I6OA 4DJQA 3KMYA 5P4WA 5P8EA 2NXLA 5HDUA 4BELA 3EM3A 2XFKA 1MERA 3KT5A 3SFCA 5P86A 4MC2A 3PBDA 4F75A 1BWBA 5OYRA 5P4OA 5C9FA 5P8GA 3DCRA 4K8SA 5P61A 4HVPA 5P5YA 5P7EA 1NPAA 4I8ZA 1KJGA 4OC6B 4Y4UA 5P6DA 1LEEA 3QRMA 3S7LA 3IAWA 3L5DA 4HDPA 5P12A 5P8LA 4B70A 3URIA 1SIVA 4R5NA 2I4VA 1XL2A 1IVQA 4D83A 5P40A 3NWQA 3Q6YA 3S7MA 4AA9A 5P85A 2QP8A 4RZ1A 1XN3A 1LYAA 5P0KA 3TOHA 2OHNA 5P87A 3QS1A 5OZAA 1G35A 5P02A 4H1EA 3OQAA 4DQGA 5P8SA 3L38A 1APUE 1FEJC 5AH7A 4L1AA 2Q11A 3EM6A 3NDTA 1RV7A 3EKQA 4B77A 1UH7A 3Q5HA 3APPA 4YOBA 3QVIA 3KMXA 4RRSA 3M9FA 3EC0A 2H6TA 5P00A 1AIDA 5OZ1A 1GVXA 5P5LA 3T3CA 1ENTE 5P23A 1HOSA 1UPJA 3K4VA 4OBGA 5HVPA 4QJ7A 3S2OA 5DQ5A 3CYXA 3SABA 5P7QA 5P8NA 5COOA 1FGCC 1IZEA 2BQVA 1T6GA 5P3DA 5P7IA 2QD6A 5IVSA 4I12A 4WTUA 2QHYA 5I3YA 1HWRA 3OU4B 4B00A 3SA3A 1EPOE 1EBYA 2VIZA 4JECA 4Y3DA 5P8JA 2HAHA 5AHAA 1A8GA 4Y3YA 4Q1YA 2ZJMA 4DQFA 2WKZA 2HB4A 5P73A 4FS4A 5P4VA 3I7EA 2OAHA 3VV7A 2Q3KA 4RCFA 3BHEA 2CEJA 2AOGA 2QI0A 1IZHA 1FFFC 1B5FA 4Q1XA 2Q5KA 5P3TA 4Y48A 2QAKA 1BVGA 4L7HA 1DP5A 4EJDA 5P47A 4EQJA 5P24A 2QHZA 5P1DA 1IZDA 5OZPA 4K4RA 2ZJJA 1Z8CA 5OZ8A 3VV6A 5P6WA 3OU1A 3PSYA 4Y50A 5P8MA 5P32A 5P11A 5P49A 4OBHA 5P4HA 7HVPA 1AZ5A 4Y37A 1HIVA 2VS2A 4QJ8A 2O4NA 1SIPA 2WF0A 5P8HA 4Y9WA 3T6IA 5P6EA 1HSIA 5P42A 1HSHA 1TCWA 4CMSA 2Q64A 5P8OA 3OUDA 5OYVA 4H3FA 1BWAA 3WZ7A 1EAGA 5P0RA 3GGXA 4J1IA 3GW5A 2WEDA 1PROA 5P1QA 3NSHA 2VIJA 5P5JA 1SDTA 3MXEA 5P5EA 3TOFA 2IQGA 2BKTA 4DQCA 5P1KA 5P5HA 5P62A 4Y41A 3EKWA 4Y4EA 5OYYA 5P83A 5P8KA 5P8QA 2OHKA 5ER1E 3O9CA 1SH9A 2B60A 2QU2A 1K1TA 5P31A 4DQEA 3FNUA 5P5ZA 1A9MA 1LS5A 2PSGA 4OBJA 1MT7A 4X7IA 4Y43A 4Y5KA 3O99A 5DR7A 5OZGA 5P78A 3EXOA 3GI4A 1KJFA 2O4KA 5P07A 1TSUA 3KFRA 1XN2A 1BDQA 3LIXA 1K6VA 3EL9A 3ZKGA 1E81E 5AHCA 5KQZA 4LP9A 3PMYA 3PEPA 1K6TA 3UHLA 1MRWA 2V12C 1QBTA 3OGPA 2O4SA 5HCTA 4TVGA 5P75A 1LYBB 2ZGAA 1FG6C 5P68A 3PWWA 2ZJLA 1RPIA 1LZQA 1MT9A 4Q1WA 1Q9PA 2SAMA 2VA5A 1VIKA 2G21A 2R3WA 4HE9A 2IGYA 4FSLA 5OYSA 5P64A 1EPME 5P5DA 1YX9A 3G6ZA 5P48A 4EJKA 1F7AA 5I3VA 1EEDP 3NUOA 3NDXA 3OADB 2P3BA 3S56A 3KFPA 4A4QA 2J9KA 3VLBA 1J71A 1MRXA 4J1CA 2G1YA 5P3KA 5P3NA 1HTGA 1EPLE 4JP9A 4DJWA 2BPZA 3RU1A 3SPKA 5P1RA 3MSKA 3RSVA 4HA5A 4OD9B 1HPOA 3GI0A 4ZPGA 3KN0A 7UPJA 4J1EA 3GGAA 5P3XA 5P0BA 3NU9A 5P0TA 2WECA 1HVLA 3T7XA 1K2CA 2PWCA 2BKSA 2XYFA 1HVJA 4Y4WA 5P26A 2V11C 5P6GA 1HTRB 1NPWA 1ODYA 1ZJ7A 5IE1A 3ZL7A 3LNKA 5P16A 5P6MA 5P0PA 1XL5A 2OHTA 5P4PA 2PSVA 5EZXA 1W51A 1N49A 4ZE6A 3MWSA 5P4NA 2F80A 3OXWA 4RVJA 1B6LA 2ZJKA 3O9DA 3IXJA 4EYRA 3KFNA 4FSEA 5P2AA 1EC2A 1BV7A 3GI5A 1FMBA 1BBSA 5P4YA 4FM7A 1SMEA 2FGUA 3PCZA 4EXHA 3R0YA 5IS4A 5P0CA 2MIPA 2AOCA 2F3KA 2IKOA 2PH6A 4GJBA 4CPUA 2B7FA 5P4SA 5IVRA 5F01A 5P0OA 3VYDA 5HDXA 1K6CA 5P6OA 4EP3A 5P06A 5P52A 1SBGA 3HZCA 5P1JA 2OHLA 3KDCA 4R93A 4DJPA 2PMAA 5P2DA 3D20A 4B1EA 4BFBA 3BVBA 1Z1RA 1PPKE 3EKVA 2AOEA 1NPVA 5DR0A 1D4IA 1HHPA 5KQYA 1T7KA 3Q70A 5OZZA 1C6XA 5OZEA 5P5GA 3PBZA 3RSXA 4AUCA 2CENA 1M0BA 5ER2E 5OYZA 2ANLA 2NTRA 5P2TA 1D4LA 3PGIA 2I4UA 5P5PA 4EQ0A 1EBWA 3EKTA 2HPEA 1ZLFA 1W50A 2I4XA 4RRNA 2IGXA 2WF1A 5KOQA 2QZXA 5P7UA 2O4PA 4YDGA 3VFBA 4RGHA 3GGVA 4XXSA 2HIZA 5P08A 5P2EA 5P46A 4K4QA 5P1FA 1FB7A 5P2FA 2BPWA 5HD0A 3PWMA 6FIVA 4YOAA 4RLDA 5P8FA 5P0UA 2QI5A 4DJXA 2A1EA 3PJ6A 5OYXA 3NUJA 3S43B 1A8KA 1T6EX 2ER0E 4GJAA 1HTEA 4U8WA 2OHRA 4FCOA 5P5CA 4MC9A 5OZ4A 1YM2A 1C6YA 2BPVA 5P2OA 5P2XA 1ZTZA 2G20A 4QGIA 1WKRA 5HE5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4N00 A;  4YBF A;  4ZPF A;  3KYR A;  4EHC A;  3PVK A;  1A30 A;  3S8I A;  4CPT A;  1GVT A;  4M8Y A;  4Y54 A;  3T11 A;  3D1Y A;  1OEW A;  5P4M A;  3NYG A;  4APE A;  5COP A;  5P1G A;  5P2I A;  3UF3 A;  5P7K A;  2QU3 A;  5P6Q A;  2AVQ A;  2Q63 A;  3SA5 A;  4R8Y A;  4NJT A;  5P3M A;  2VA7 A;  1K6P A;  3OK9 A;  4Y3E A;  5P0H A;  3O9L B;  1W5X A;  3LZY A;  3AID A;  4FL8 A;  3C9X A;  6APR E;  1IZI A;  3LIV A;  1CPI A;  5HE7 A;  4H3I A;  4EP2 A;  3VLA A;  4CPQ A;  2WF2 A;  5P6R A;  5P2R A;  4Y3Q A;  3NU6 A;  5P89 A;  4DQH A;  5P1M A;  5OZD A;  4Y3J A;  5HU1 A;  1UH9 A;  5P0M A;  5P2L A;  5AHB A;  5P5V A;  5P0Y A;  3DOX A;  1HTF A;  5P05 A;  5ISK A;  3DM6 A;  4I0G A;  2R8N A;  3L5F A;  4JPE A;  5OZO A;  2R9B A;  3VSX A;  2OHM A;  2O40 A;  4NJV A;  3OU4 A;  3UFL A;  4FAE A;  3D91 A;  3SA8 A;  3Q4B A;  1FQ7 A;  3ECG A;  5ENM A;  1OHR A;  5P4A A;  4QJ2 A;  4RCE A;  2ZHT A;  2BBB A;  2AVM A;  5P60 A;  5P4L A;  1G0V A;  5P04 A;  5OZM A;  2QMF A;  3T7P A;  4F73 A;  2PWR A;  5P7F A;  1W5Y A;  5P8D A;  3JVY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3INE A;  3HW1 A;  3PSG A;  5P3Y A;  5P6B A;  3DV5 A;  5IVT A;  3CMS A;  3GGU A;  4J0P A;  2PH8 A;  2AZB A;  1FMX A;  5OZ9 A;  3O9L A;  5P45 A;  2VJ9 A;  4DFG A;  5P1S A;  2NPH A;  2JE4 A;  5P3Z A;  5P77 A;  4Y4J A;  3WSJ A;  1FQ8 A;  2RMP A;  1W6I A;  3EKP A;  4Y5M A;  5P44 A;  4Y4A A;  5P3A A;  2BJU A;  3NDW A;  2R5Q A;  1SDV A;  5P33 A;  3EL1 A;  2Q15 A;  3FV3 A;  4FGX A;  1JLD A;  4HDB A;  4ZPE A;  1APW E;  1B6P A;  1LYA B;  5P2Q A;  2WL0 A;  4R95 A;  5P1A A;  1HIH A;  1W6H A;  3KDD A;  3UDQ A;  2IDW A;  5P72 A;  5P3Q A;  2QD7 A;  4D8C A;  5P2K A;  2FIV A;  5OZQ A;  4OBD A;  2I1A A;  4ZSM A;  1K2B A;  1W5V A;  3SQF A;  4L1A B;  5P2N A;  2QI4 A;  3D1X A;  3IN4 A;  1B11 A;  3O9I A;  5OZC A;  5OZY A;  2ZDZ A;  5P4R A;  1TQF A;  3R2F A;  4I0I A;  2AOH A;  4GJC A;  2FNS A;  5KQX A;  1QDM A;  5P0S A;  2QI3 A;  1K1U A;  2FDP A;  1MIQ A;  3IVI A;  5P1P A;  2F3E A;  1B6M A;  4Y35 A;  3T7Q A;  3INH A;  1DW6 C;  3H5B A;  1YTH A;  2WHH A;  4I0D A;  5DQC A;  1IBQ A;  1LYW A;  1RQ9 A;  5P7H A;  3I2L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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