5JODA

Structure of proplasmepsin iv from plasmodium falciparum
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KHTTIGFKIDRPHDKVLSSVLKNKLSTYVKESFKFFKSGYAQKGYLGSENDSIELDDVANLMFYGEGQIGTNKQPFMFIFDTGSANLWVPSVNCDSIGCSTKHLYDASASKSYEKDGTKVEISYGSGTVRGYFSKDVISLGDLSLPYKFIEVTDADDLEPIYSGSEFDGILGLGWKDLSIGSIDPVVVELKKQNKIDNALFTFYLPVHDKHVGYLTIGGIESDFYEGPLTYEKLNHDLYWQIDLDIHFGKYVMQKANAVVDSGTSTITAPTSFLNKFFRDMNVIKVPFLPLYVTTCDNDDLPTLEFHSRNNKYTLEPEFYMDPLSDIDPALCMLYILPVDIDDNTFILGDPFMRKYFTVFDYEKESVGFAVAKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Proplasmepsin IV
publication title Crystal structure of Plasmodium falciparum proplasmepsin IV: the plasticity of proplasmepsins.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 92
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5jodA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5jodA01
5P0UA 5P4OA 5C9BA 1E80E 3SPKA 3RTHA 3UPJA 4CPSA 5P0IA 3U6AA 1META 4J1HA 5P1HA 3RTMA 5P5MA 4Y3ZA 1FGCC 3S53A 3L5DA 4I0GA 4YOAA 4DI2A 3EL4A 5HDVA 3PLDA 3EKPA 2ZHRA 1YT9A 5OYVA 3LIXA 5P8KA 3ECGA 4GJ9A 3URJA 4J54A 3SKFA 1TCWA 3OXCA 1HPXA 1PPLE 1GNNA 3SA6A 2QZLA 5OZ5A 3QN8A 4Y38A 2PSUA 1NH0A 3IXJA 3DK1A 5P2XA 1AIDA 5P7VA 1ZBGA 5P1ZA 3UDMA 3NLSA 5B18A 3N4LA 5P3EA 3PCWA 1MVPA 2G94A 2ZJMA 1DMPA 1EAGA 2HS1A 1KJ7A 1FMBA 2JJIA 4TVHA 1IVQA 1D4HA 3BVBA 3DM6A 4NJTA 2VIYA 4YD6A 2RMPA 3VLBA 3ZKGA 1K2BA 1E81E 4KUPA 5P8JA 3Q5HA 1RV7A 2QHZA 3ZPUA 1IZHA 5P5CA 4LC7A 1HSIA 4GB2A 3JVYA 4APEA 4D88A 4Y3MA 3BUGA 2JXRA 5P6AA 3VCMA 5T4SA 2AOJA 5BS4A 5P3LA 5P3IA 5P4LA 5P5KA 4B72A 4ZSMA 4Y6MA 5P2EA 4R5NA 1UPJA 1FMXA 5OZLA 3T3CA 4EQJA 4YHQA 5P86A 2QZXA 1FLHA 5P27A 3RU1A 6APRE 4UPJA 3JW2A 1MRXA 5AH9A 2F3KA 5HD0A 4NPTA 5P83A 2CEJA 4NKKA 3DCRA 4B70A 4DJRA 4J0TA 2IS0A 3D1YA 4Q1YA 3I8WA 4DJVA 4Y54A 3QRMA 3BXSA 4QJ6A 5P11A 4DJWA 5P71A 3S54A 1D4KA 2IRZA 2QAKA 5P8GA 3VEUA 1W5YA 3C9XA 5P2BA 8HVPA 5P09A 5P6BA 1W6HA 5P64A 1Z1RA 1APWE 3Q4BA 1ZLFA 1HXBA 5OZ8A 4HE9A 2QU2A 4FLGA 1HVIA 3D91A 5P1XA 5OZZA 2NMZA 3PWRA 5AHCA 5P8DA 5P0KA 1HTRB 2VJ9A 2CENA 1D4LA 5KQXA 4LBTA 1ODYA 4Y3XA 4HZTA 4GJ5A 2ZHUA 3OU3A 3HAUA 3H0BA 3ZKIA 2IGYA 5P3ZA 2FDDA 1HVRA 2AIDA 1MT9A 3NR6A 2HC0A 5P4QA 4LL3A 4Y5EA 4GJCA 1HPOA 2G1YA 4OC6B 2I4XA 3O9FA 4RCFA 3K5CA 3PLLA 5ENKA 1OHRA 2WF0A 3PJ6A 3I6OA 1K1TA 2Q55A 5OYYA 3QROA 4XKXA 3KA2A 5KR2A 1APTE 2Z54A 3EKTA 2NTRA 2V0ZC 1HSHA 5OYZA 4Z2ZA 5COOA 2XFKA 4AUCA 1BDRA 1J71A 2IDWA 3TKGA 1FQXA 5OZ0A 3CMSA 2JE4A 5P1AA 2OAHA 1EPPE 3PEPA 1W5WA 5DR4A 1PPME 5P12A 4L7GA 5P4SA 1LS5A 4ACUA 3MSJA 2QNPA 5P6WA 5P3UA 5P5TA 5P7YA 4Q1WA 3AIDA 1SIVA 3UDYA 3APRE 3TOHA 5P1GA 3QAAA 2OHRA 2BB9A 4I0FA 1WBMA 5P8PA 3WSJA 3SA7A 1BWBA 4H3GA 3CKRA 3O9CA 2UY0A 5P42A 1BDLA 5P3JA 4Z22A 5P59A 5P7KA 3RSVA 1T7JA 2QHCA 3NXEA 5C9FA 5P3FA 4NJVA 5OZSA 5P66A 3FSMA 4RYGA 1HXWA 4K9HA 4EWOA 2P8HA 3VUCA 5P8QA 5P4CA 3TTPA 3UTLA 1LV1A 5OZHA 1T7IA 5OZAA 5P6GA 2WF4A 5OZ7A 5P5SA 3KFSA 5P23A 1SMEA 5P30A 5P67A 3PGIA 3L5CA 5P69A 5P63A 4F74A 5P5IA 4YA8A 3GGVA 4L6BA 5P4PA 3NU9A 3O9LB 3SABA 3K5FA 4AA8A 5DGWA 4Y50A 5P8UA 3SA9A 5P7XA 2ZJIA 2PYNA 3UQUA 1QDMA 4J55A 1G2KA 3PRSA 3HW1A 3L5FA 3VV6A 5P2UA 5P2RA 3PM4A 5P4TA 2RKFA 3QS1A 1QBUA 4EJKA 2R43A 2HIZA 1YTHA 2PK6A 1XE5A 4EYRA 4RROA 3SACA 5IVTA 2H6SA 1CMSA 2PH6A 3UFNA 1ZSFA 4DJUA 5HCTA 2R3TA 2ZYEA 1FMUA 5OZ6A 2G21A 4HDBA 5P0XA 4TRZA 5P16A 3NWQA 4IVSA 3NUJA 2OF0A 4Y35A 4PZWA 1XN2A 2B8VA 3ZPTA 5P88A 4GYEA 3BUFA 3ZL7A 2V16C 2P3AA 2FGVA 5P44A 5P3RA 3TPPA 3DV1A 1MSNA 4Y3DA 3F9QA 3VYEA 5P1LA 2ZE1A 3B7VA 1HRNA 2FXDA 5P7RA 5COPA 4Y4TA 4F76A 4Q1NA 2ZHSA 4HVPA 1ZPAA 4Y3FA 3D20A 2OHMA 2QHYA 4JOOA 4Y3JA 3OHFA 5P0FA 1PSAA 4E43A 4YDGA 5P0DA 4OBHA 4ZSPA 3GI4A 5P02A 3FNSA 3MSLA 2XYEA 4EJLA 1RQ9A 3DCKA 3SA5A 2P3CA 4OD9A 4NPUA 4OBZA 3NDTA 4Y3NA 5IE1A 5P5PA 2NPHA 4OD9B 2QI3A 2WECA 3UDJA 3EKWA 4Y4UA 5P1BA 3S43A 1XL5A 3A2OA 5AHBA 4Y58A 3PWMA 3L58A 1ZAPA 5P18A 3SA4A 1LYBB 5DQ2A 5P1UA 1EPQE 2ZJHA 3BXRA 4B78A 1ENTE 3NU3A 3FX5A 4H3FA 3CIBA 2J9JB 3OTSA 1HWRA 5OZ3A 2P3BA 4RZ1A 4DQCA 5P4WA 5P8BA 5P2HA 5P56A 4R93A 2OHPA 3SQFA 3LPIA 1M4HA 2G24A 5P3NA 3TKWA 4Y4EA 2PYMA 1W51A 2PQZA 1B6MA 5SXNA 2P4JA 5P2DA 1BILA 5P6CA 4CMSA 4I8ZA 3U71A 2AOHA 5P8AA 5CLMA 3OAGA 5P5ZA 3LPJA 4Y47A 3SM1A 2WEAA 3O9IA 4JP9A 1FG6C 2FIVA 3KDCA 5P4ZA 4J17A 2NXMA 5P1VA 5P4BA 3KDDA 3OAGB 3WZ7A 4PPHA 3R4BA 5P68A 3TPJA 2QMGA 5P8TA 5P6QA 5P3TA 1BVEA 1K6CA 3SA8A 4QGIA 2QK5A 1APVE 3N3IA 1W5XA 5P2ZA 3MWSA 1D4JA 2G69A 2QMDA 2RKGA 5P0HA 5P34A 3Q6YA 5IVRA 5P58A 4QJ2A 2I1AA 3EL9A 4Y36A 3LZSA 2PWRA 4YBIA 5P65A 5IVQA 5P4RA 5P0BA 3GI0A 2ZJLA 2QCIA 3HVPA 1LF4A 3G6ZA 5DPZA 1NPVA 3L38A 3TH9A 1K6PA 1HOSA 3L59A 2AVVA 5JG1A 1N49A 5P3DA 1EPNE 2A1EA 3KMYA 3R1GB 2FNSA 4GIDA 4Y5MA 1G6LA 5P1YA 3OWNA 3TOGA 4IVTA 5EZXA 1CZIE 4MC2A 4H1EA 5P1PA 3T7PA 4Y4ZA 1ER8E 4YBFA 5P1MA 4J1FA 5OZDA 5P7IA 5COKA 5P01A 3HZCA 2QI7A 3IGBA 1C6XA 3I2LA 2ER9E 5P2KA 5P25A 3LIZA 3VF3A 4Y9WA 1HTEA 2VJ6A 3NYGA 1AJXA 4K4RA 5P6OA 3VSWA 2BQVA 3QBHA 3LZYA 3PBZA 5P52A 3CICA 4A6CA 3SLZA 4Y5AA 1ZJ7A 4Y48A 3VYFA 2FS4A 5P2OA 5AH8A 1RPIA 1XL2A 2F3FA 2QU3A 2Q54A 4Y5GA 3KN0A 2O4KA 5P17A 5P6LA 5DQ4A 4GJBA 5P6EA 4DJXA 3URIA 3KF0A 5P3OA 4J5JA 3KM4A 5P5XA 2I4DA 2F3EA 2NXDA 3HAWA 3KT5A 1KJHA 5P0GA 3ZKQA 2HPEA 3TL9A 1EC2A 5P80A 2G1SA 3OK9A 5P3XA 3NDWA 4Y37A 1B6JA 4JPEA 1C70A 3OQFA 2V11C 4YOBA 3L5BA 5P50A 5HE4A 2IKUA 4FAEA 4HLAA 4ZIPA 3OADA 2PMAA 5P8RA 2AZ8A 5P0VA 3OADB 5OZ4A 5P3YA 1GVUA 1GVXA 3OUBA 4I11A 5P1KA 2OHQA 4EP2A 5P39A 5JODA 5OYUA 3VFBA 3VSXA 1YX9A 1BWAA 4I0DA 1C6ZA 5P2GA 5P31A 1HVCA 1SDTA 1RNEA 2PK5A 4GJAA 3G70A 5P73A 3WZ8A 2HB3A 4FGXA 5P1WA 5P2TA 5KOQA 5P78A 1B11A 3OUDA 2PH8A 5P6UA 2I4VA 5P32A 3OUAA 2WEBA 3OUDB 4EJDA 5P47A 5P5RA 5P4DA 4Y3SA 3GGXA 3VV7A 5P7AA 4DUSA 3SM2A 3OTYA 5AGZA 3OGQA 1FEJC 2WEZA 2WF1A 3EXOA 3BGCA 5P4FA 2OHSA 2R3WA 3UQXA 3WB5A 2EWYA 2VIZA 2B7ZA 3IN3A 4FRKA 1DPJA 3OOZA 5P37A 5OZMA 2Q3KA 5P85A 3BC4A 5P6XA 2QP8A 5P0OA 5F00A 4AZYA 5P8FA 1EC1A 1FQ6A 3EC0A 1EBKC 3SAAA 1HVHA 1IDBA 1ZP8A 1LF2A 5P0RA 2Q15A 2HB2A 2I4WA 5JFPA 1AM5A 4L1AA 4OBKA 2R5PA 4K4QA 2PSVA 4OBGA 2I4UA 5P43A 2AVQA 1EBWA 1QBRA 1IIQA 1FG8C 2OHLA 4L1AB 5DR3A 3LIVA 1XE6A 4QJ9A 2O4NA 4QLHA 5P6VA 3ZKXA 4KB9A 5P3WA 5P7QA 1UH9A 3CYXA 2OHTA 2HM1A 4Y39A 1T3RA 1GVVA 2VJ7A 2O4PA 2QI6A 2ZGAA 3WZ6A 5P1IA 3INDA 4Y44A 5P6JA 5P1QA 5HU0A 2QI0A 3NSHA 5P5UA 4Y3HA 2G27A 5P5FA 3URLA 1A30A 4JPCA 3PMUA 4BEKA 1LYWA 1EBYA 4J1KA 4EJ8A 2WF3A 2IENA 2WHHA 5P6KA 5P5OA 5P7JA 5HE7A 5P4JA 5P2VA 4YD7A 4YD4A 5P5AA 3S8IA 4LXAA 3OHHA 1W6IA 3OXVA 4Y3WA 5P0NA 1PPKE 3APPA 2ASIA 1KZKA 3DV5A 3K4VC 3IVHA 4B1DA 4B1CA 5I3VA 5P07A 2V13A 4EPJA 5P36A 2NNKA 3TLHA 2R9BA 5P29A 4Y5CA 3QP0A 2VA7A 5P74A 3ER3E 4DQEA 4Y57A 4ZSRA 1BXOA 1LF3A 2HS2A 4Y53A 1GVWA 1GVTA 3MXDA 4L7JA 5P3KA 3QIHA 5F01A 3D1ZA 3PSYA 5OYRA 5AH6A 5DQ1A 3L5EA 3PHVA 2BJUA 3CIDA 3LIQA 4R8YA 4B00A 5DR7A 3NXNA 5BRYA 2UXZA 4DPIA 2AZ9A 5OZFA 1HTGA 3PB5A 3EKVA 4Z50A 4OBDA 4DJQA 3S7LA 2Q11A 5P3GA 1ODXA 3HLOA 5PEPA 1IBQA 4R95A 3OXXA 4FM7A 4ZEAA 3IXOA 2R38A 3S56A 1TSUA 4YD5A 4Y3EA 1BVGA 3HVGA 4CPRA 4ER1E 5P8HA 5OZWA 3I25A 1KJGA 5P8EA 5P3VA 3T6IA 1ZSRA 5P0YA 4HDPA 3ST5A 1FQ8A 4I8WA 5P19A 2G1OA 1EPME 2R8NA 3GI5A 3VG1A 5P24A 5P2YA 4Z4XA 1QBTA 3KMXA 3LIYA 3TOFA 1DAZC 4RVJA 1SDUA 4QJ7A 3IA9A 1EC3A 4U7QA 1HVKA 2V00A 2NNPA 5OYQA 2RSPA 5KQFA 4TRYA 2QZKA 1HBVA 5OZOA 5OZBA 1YM4A 2FNTA 4Y5BA 2ZDZA 4I1CA 2SAMA 1IDAA 4ZPEA 4TVGA 4CPQA 3SFCA 1XN3A 5P40A 2ZHTA 1MIQA 3I7EA 3S85A 5HDUA 3UHLA 1FQ5A 4PEPA 1TZSA 5P3CA 5P5GA 4I0ZA 2NR6A 4J0PA 5SY3A 2QMFA 2OHKA 5OYXA 4YCYA 3VYDA 1JLDA 3WB4A 1AXAA 1LZQA 3KDBA 5HU1A 5P70A 4FAFA 2APRA 3NU5A 3K5GA 5P61A 1B5FA 5P14A 1YG9A 4OBZB 2AVOA 5P8MA 5TOLA 2QI1A 5P7ZA 1KJFA 3ZKMA 1B6KA 1MRWA 5P06A 1T6GA 4MC9A 3S43B 4B1EA 3HBOA 3KFRA 4Y4XA 4I0JA 2AVMA 5P5BA 4ER4E 3LZVA 4DQFA 1DIFA 2ER7E 1AAQA 5OZ1A 3KYRA 5JFUA 5P2IA 1TCXA 5DGUA 5P0SA 2UPJA 2G1NA 3EKYA 1SDVA 5P8NA 5EZZA 4GZFA 5P54A 7HVPA 1PFZA 5P7GA 4DQBA 5P8OA 3R0WA 9HVPA 2P3BB 5P10A 1HHPA 4EP3A 5J25A 2AZCA 1OEWA 3NUOA 5KR8A 5P76A 3HD8A 5OZVA 4RRNA 4DV9A 1PSNA 3UCBA 5P8IA 3GGAA 5P0JA 2QI4A 3EMYA 4J1IA 2NXLA 1XDHA 3O9HA 5P6YA 3UDRA 3UDNA 2WJOA 2BPYA 3UQWA 5P1DA 5P15A 1DW6C 4YDFA 1EBZA 3VF5A 1KJ4A 1U8GA 2QI5A 4U8WA 5P6FA 3NWXA 3DUYA 5P4AA 5I3YA 4H3JA 1SBGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0U A;  5P4O A;  5C9B A;  1E80 E;  3SPK A;  3RTH A;  3UPJ A;  4CPS A;  5P0I A;  3U6A A;  1MET A;  4J1H A;  5P1H A;  3RTM A;  5P5M A;  4Y3Z A;  1FGC C;  3S53 A;  3L5D A;  4I0G A;  4YOA A;  4DI2 A;  3EL4 A;  5HDV A;  3PLD A;  3EKP A;  2ZHR A;  1YT9 A;  5OYV A;  3LIX A;  5P8K A;  3ECG A;  4GJ9 A;  3URJ A;  4J54 A;  3SKF A;  1TCW A;  3OXC A;  1HPX A;  1PPL E;  1GNN A;  3SA6 A;  2QZL A;  5OZ5 A;  3QN8 A;  4Y38 A;  2PSU A;  1NH0 A;  3IXJ A;  3DK1 A;  5P2X A;  1AID A;  5P7V A;  1ZBG A;  5P1Z A;  3UDM A;  3NLS A;  5B18 A;  3N4L A;  5P3E A;  3PCW A;  1MVP A;  2G94 A;  2ZJM A;  1DMP A;  1EAG A;  2HS1 A;  1KJ7 A;  1FMB A;  2JJI A;  4TVH A;  1IVQ A;  1D4H A;  3BVB A;  3DM6 A;  4NJT A;  2VIY A;  4YD6 A;  2RMP A;  3VLB A;  3ZKG A;  1K2B A;  1E81 E;  4KUP A;  5P8J A;  3Q5H A;  1RV7 A;  2QHZ A;  3ZPU A;  1IZH A;  5P5C A;  4LC7 A;  1HSI A;  4GB2 A;  3JVY A;  4APE A;  4D88 A;  4Y3M A;  3BUG A;  2JXR A;  5P6A A;  3VCM A;  5T4S A;  2AOJ A;  5BS4 A;  5P3L A;  5P3I A;  5P4L A;  5P5K A;  4B72 A;  4ZSM A;  4Y6M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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