5K5XA

Crystal structure of human pdgfra
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
348
structure length
345
Chain Sequence
RYEIRWRVIESISPDGHEYIYVDPMQLPYDSRWEFPRDGLVLGRVLGSGAFGKVVEGTAYGLSRSQPVMKVAVKMLKPTARSSEKQALMSELKIMTHLGPHLNIVNLLGACTKSGPIYIITEYCFYGDLVNYLHKNRDSFLSHSMLDSEVKNLLSDDNSEGLTLLDLLSFTYQVARGMEFLASKNCVHRDLAARNVLLAQGKIVKICDFGLARDIMHDSNYVSKGSTFLPVKWMAPESIFDNLYTTLSDVWSYGILLWEIFSLGGTPYPGMMVDSTFYNKIKSGYRMAKPDHATSEVYEIMVKCWNSEPEKRPSFYHLSEIVENLLPGQYKKSYEKIHLDFLKSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and biochemical studies of the PDGFRA kinase domain
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Platelet-derived growth factor receptor alpha
total genus 107
structure length 345
sequence length 348
ec nomenclature ec 2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2016-05-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5k5xA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5k5xA01
1OUYA 2RF9A 2CGWA 5JRSA 4BYIA 2XIZA 2YAKA 2ZM3A 3I79A 3P9JA 4HGEA 4JS8A 5FBNC 4CFVA 4FV1A 3PJ2A 5M57A 4RLKA 4RZVA 3VULA 5EW3A 3EQFA 1F5QA 3QD3A 3F2NA 4X3FC 2PULA 3ORIA 4YHJA 3SKCA 5CVFA 3U4UA 4E4NA 3LFAA 4ZP5A 3PWDA 3VQUA 3UVRA 1XO2B 4L43A 4EI4A 5LMBA 1ZYLA 1GJOA 2XK3A 5HEZA 3ZZEA 2Y8OA 3OXTA 1Q41A 1H4LA 4ENYA 4BIBA 3KK8A 4YZDA 3CC6A 4X2KA 2ERZE 3VBYA 3ORNA 1J3HA 4A07A 3NYNA 4U3YA 3PRIA 4C4HA 3VS0A 4E3CA 4PY1A 4NIFA 3CP9A 5JGBA 2B0QA 3GI3A 2OLCA 3LLTA 2VAGA 4IMYA 3JS2A 3LMIA 1I44A 1LEZA 1OL5A 2GPHA 4QYEA 2SRCA 1GNGA 3QUEA 2PVKA 3CXWA 3EFJA 4G3CA 3E63A 2WMXA 2P2IA 3P7BA 3BHVA 4MXCA 3POZA 5GJFA 4YZCA 3E8DA 4KB8A 5C8NA 3I0QA 3ATSA 3FDNA 5KHXA 2RSVA 4TY1A 4GSBA 1WBPA 1YW2A 4LI5A 3BEGA 4ITJA 3E93A 3GCUA 4FGBA 4R8QA 3KCKA 3R8PA 4DFUA 2OXDA 4OTWA 4ZY5A 5EM8A 4TT7A 5L6WL 3LFDA 3MESA 2PZ5A 2IW6A 2OFUA 2QR8A 4PL3A 3W32A 4FF8A 4ZIMA 4K18A 3SDJA 4CG9A 5M56A 3FQSA 2R3QA 3HVCA 4G3GA 5AR7A 3A7JA 3QLGA 3V5TA 4BI2A 4J53A 3UZRA 5F95A 2R3LA 2WMAA 2PHKA 5JGAA 4CEGA 4F08A 3R30A 4BL1A 3QTQA 4DEGA 3DB8A 5BVOA 4FTTA 4D4YA 3DV3A 2WIHA 5I9WA 2XNBA 3KMUA 4TNDA 1FVRA 4FOCA 4RLLA 1OL7A 4LL5A 4G31A 3EKNA 5J8IA 4WG4A 1STCE 2QOIA 5IH4A 1ZY4A 2JKOA 3OXIA 2PVLA 3PSBA 2J0LA 2JDSA 3AT2A 3EHAA 1H1PA 1U46A 2VX3A 2GNIA 3MA6A 1BL6A 3A7FA 3QWJA 1NT2A 2QD9A 3SXRA 5IQAA 3ITZA 3MA3A 4QYYA 5AV1A 3VAPA 3MFSA 4L53A 1OIQA 4GJ3A 1WMKA 1ZZ2A 2XIKA 3G0EA 3C9WA 4FX3A 3PSCA 5IA0A 2XF0A 4ZMEA 3FMNA 4QMPA 3RHKA 5M4UA 5EHOA 1UV5A 1URCA 3FE3A 4XG8A 2QLUA 2WQEA 5TOZA 1ZYDA 3MJ1A 4EOKA 1DI9A 5C27A 2VX1A 2GHGA 3FC1X 2FB8A 5LMAA 5J5SA 3EQRA 4M13A 2ZVAA 4CZUA 1UWJA 3VW6A 5IMEA 5FXQA 3AGMA 3V6RA 4D1XA 3KRJA 4EZ5A 4C4EA 1M52A 2BRHA 2UZWE 2W96B 4L52A 4APPA 4PUZA 2YCSA 3RM7A 3RWPA 5CLPA 1FGKA 2VTQA 4A9TA 2BALA 4OAVB 3UNJA 4KINA 3Q9XA 3DT1A 4EQCA 3LM5A 2EXEA 3FI3A 4NWMA 3R7UA 1XH9A 1WZYA 3DJ5A 3RALA 1Y6AA 3GOPA 1Q3DA 2JLDA 5IA5A 4K8AA 5IDPA 3ZUUA 2G9XA 4YSMA 2JEDA 4FL3A 2XKDA 3UJGA 4DBXA 3R7VA 3BEAA 2Z7SA 5ETAA 5K5NA 3TJCA 2YDIA 3R8ZA 4K2RA 4FV8A 3NYOA 4FNWA 1SVHA 3UTOA 1OBGA 3GP0A 4NM3A 5KO1A 2E9PA 4QMLA 1HCKA 4DEEA 2QKRA 2VTAA 4KIKA 3RTPA 3S0OA 2W1HA 3OT3A 3O17A 2FH9A 5FG8A 3W2PA 4BKYA 4AA0A 4AP7A 4JLCA 4FTOA 4FMQA 1U5QA 1V1KA 4Y5HA 5TKDA 4HPTE 1AD5A 4YMJA 3FMDA 4XS2A 3WYYA 4YU2A 2BMCA 2GTNA 2YM4A 4IAIA 4XOYA 2VWXA 1B38A 4AZFA 1YHVA 1SMHA 3R9RA 3T8OA 3R6XA 4O6EA 2Y4IB 3IO7A 2VO3A 1G3NA 2O8YA 3UOKA 3PDTA 3W33A 3R9NA 3QD4A 4CVAA 5CEKA 2W99B 5BVKA 2XUUA 2WFYA 5HG8A 2GQSA 3DU8A 3L9MA 4F0IA 4RMZA 2UW5A 2C0IA 4J7BA 2HWOA 2XYNA 2CNQA 3HRBA 2BCJA 4QMMA 3P79A 2B9JA 5AUVA 4FKPA 1Q8TA 5GJGA 3Q2MA 3U8WA 4ASEA 4M14A 2PTKA 3QTUA 2HZIA 3ZTXA 4GT3A 4G6OA 4RIXB 4BDGA 3TZMA 2ZYBA 3QUDA 3HV6A 2WMVA 2PY3A 2W4JA 1JSTA 3COIA 2F7EE 3HNGA 4I0SA 1P14A 2ITUA 2JC6A 4O7NA 1Q61A 3UE4A 3WF8A 5M07A 3CBLA 2X2MA 3WOWA 4G9RA 1WVYA 4IQ6A 2R3KA 5JQ8A 3VWAA 3NUSA 5L2TA 3VJOA 1Q8YA 5L8JA 3WE8A 4E5BA 5B7VA 4TYIA 2IVVA 3GNIB 1ZZLA 3QWKA 3BYMA 3ULIA 3D2KA 4EBVA 2ZJWA 4WG3A 4LOOA 4QP9A 3QL8A 1M14A 1MUOA 2HIWA 3WYXA 5D10A 3R7IA 4Q9ZA 4E6DA 4D55A 4YTCA 4DH7A 1YQJA 3A7GA 4AOTA 4YTFA 2YDKA 5J5TA 3W8LA 3A4PA 5LCJA 5E8SA 1X8BA 2AC5A 4KKGA 3DLZA 1GAGA 1IAHA 3E8NA 2GNHA 4F9AA 3FKNA 2HZNA 2OW3A 1XBBA 2P55A 1JSUA 4IWDA 2G01A 3ODYX 3FXWA 1YDSE 4AU8A 3ZRLA 4IX3A 5LVLA 3KN5A 3HP5A 4YTHA 5E7RA 5AR2A 4F7SA 1W0XC 3DZOA 5A6NA 5EFQA 1R0EA 2W05A 3TUBA 3R7GA 4L00A 3PJ3A 4UMPA 2X9EA 3U6IA 5IA3A 4NEUA 3JY0A 1FPUA 5AAFA 3VBVA 3F6XA 3V51A 4AT5A 2JITA 2BKZA 3QX2A 3Q4CA 4HCVA 4YJOA 2YZAA 3FQHA 4CFFA 3RKBA 3F61A 3RMFA 4NM5A 3AG9A 2ZDTA 2R3PA 3A2CA 4FTAA 4AOIA 5ICPA 3R02A 4LGHA 3KU2A 3GXLA 4Z9LA 5EKOA 3ZUTA 4C4JA 4C57A 4RG0A 3PSDA 2CLXA 4DLJA 3RK7A 5ANKA 2PVYA 2UZDA 3MY1A 3BYSA 3POOA 3R71A 3R7YA 1O6LA 4MF0A 4Y73A 1JAMA 1H07A 4C36A 4D2WA 3O0GA 1YWNA 3D5UA 5BYLA 3EFKA 4GUEA 4IFCA 3GU4A 4D9TA 2FGIA 3BHHA 3F82A 2C5VA 2ETRA 3H10A 3QBNA 2VNYA 5IH5A 3IPHA 4S31A 1OPJA 5HU9A 3ZZWA 1GZKA 4BN1A 3UPZA 4H58A 4QP4A 3MFRA 2NO3A 4XRLA 3ORZA 3BE2A 3PRFA 4NJ3A 4R3RA 2VWBA 3Q52A 3ZYAA 4UBAA 4YZ9A 4EQMA 4DFYA 5H8BA 4AFJA 3OP5A 3SC1A 2UZVA 4FZDB 4CMOA 4TTHB 2AUHA 1M7NA 4KS8A 2V0DA 3QHRA 4CKRA 5CNOA 4KIOA 2X1NA 5CSPA 3HECA 3MH2A 1O6KA 3LFBA 3C7QA 3QD0A 1PMUA 4ASDA 3F2AA 4DGNA 4F1TA 3QUPA 5L2SA 5FTGA 4PPCA 3WZUA 5E1EA 2YERA 2BKKA 5CX9A 4GT4A 3UIUA 5A4TA 3RPOA 3NUYA 4AAAA 3PE1A 4BR3A 1OM1A 2YM8A 1JLUE 3DBCA 3H30A 4JQ7A 2W5HA 4PTGA 2WOUA 3FMJA 1Y8GA 4H1JA 3TG1A 2VN9A 4DH5A 2GU8A 4FL2A 3TZ9A 4FG9A 2R3OA 3ZU7A 3PWYA 4RIXA 3EQIA 1CDKA 3BX5A 4C62A 4U43A 4WD5A 1IG1A 4B99A 3FZRA 3A4OX 4MXZA 3RZFA 2PSQA 1J1CA 3L8SA 1J1BA 4X0MA 5KHWA 4ARKA 3RZBA 5A9UA 2NNWB 3NEWA 3OTUA 3MTLA 5CEMA 1KE5A 2H8HA 3AD4A 5HTIA 2UZOA 3VBTA 4QYHA 3PVUA 4MNEB 2B54A 5JFSA 3TM0A 4LOQA 4F9WA 4IVDA 2O3PA 1M7QA 2DS1A 5FXSA 5E90A 3AC4A 3OY3A 1REKA 4CFNA 2CDZA 4IAKA 4ZLOA 5HKMA 5IQEA 2UV2A 3AOXA 3CGOA 4RPVA 3NZ0A 2C6EA 2E9NA 3T9TA 4CLIA 4FSUA 1PXPA 4YBJA 3RJCA 4ZK5A 3BBTB 1Q8ZA 1PMVA 4PDSA 5I9YA 5ANJA 2WTWA 2Z7QA 3FSKA 2UW8A 3G5DA 4IM3A 2XMYA 4FKOA 4L3JA 5DGZA 4ZSJA 4HYUA 4NW5A 4C37A 1IRKA 1EH4A 4C2VA 5EG3A 2C6TA 2IVUA 4MBIA 4J71A 3DKFA 3ORPA 4LMUA 1KE9A 3AGLA 4AGCA 4ENXA 3ROCA 3ROYA 1KUTA 1XBCA 4WA9A 4XRJA 5AWMA 3W55A 3IG7A 4C34A 3U54A 3BU6A 1GIJA 4JL9A 5IMXA 5BQ0A 1TQMA 4BCIA 4F1OA 5HO7A 5I4NA 3NGAA 4LRKA 4LQMA 3TNWA 4AGWA 3JY9A 3RGFA 3TV4A 2F4JA 3PJCA 5AV3A 3ZH8A 4AZWA 4DCEA 4LFIA 3ZO2A 4C58A 5AV4A 1KSWA 1TKIA 1AGWA 4U45A 5DEYA 3A62A 1OI9A 1QL6A 4KS7A 3CEKA 3NIEA 5HNGA 4TWNA 2OZOA 1KE8A 2HK5A 4UWBA 4HNIA 1Q3WA 3OS3A 4PDYA 3GU8A 2C47A 2XIXA 3EYGA 4PQNA 4FEQA 5L2IA 2V22A 2JKMA 2XJ2A 3OFMA 5DHJA 4BGGA 4GKIA 2E9OA 5IG1A 2B9FA 4PL4A 2B1PA 4N4SA 5EDQA 2JDTA 3R8LA 5AX3A 4NM0A 4GW8A 1G8AA 2RFSA 4P4CA 4CQGA 1YWRA 3U4WA 3CJGA 4JR7A 3O2MA 4UEUA 4QQTA 3Q3BA 3AD6A 4O91A 4YLJA 5CSHA 5CEPA 4ASZA 2CCIA 4FSZA 1ZMUA 4M15A 3QCYA 2OG8A 2P4IA 3OMVA 1NY3A 1WBOA 3OCSA 5HORA 4N57A 1CM8A 5ANOA 4RQKA 2QR7A 4EK5A 3DNDA 3QGYA 4GL9A 1LPUA 2Y4IC 5EI6A 2OXYA 4Z55A 4NM7A 3GB2A 4FUXA 4YPDA 1MQBA 4CFUA 3G6HA 5I5ZA 3ORTA 1LUFA 4L68A 4DFXE 5C1QB 1UNHA 2R3GA 4FK6A 4EOSA 4ZS4A 1L8TA 3BQRA 3FLSA 4YJTA 2YIRA 2ZM1A 3CCNA 4QMYA 4HVHA 1M2PA 3DBDA 5CANA 4FI1A 4F9YA 5E8UA 2CPKE 3KMWA 3GUBA 2O0UA 1KOAA 1R3CA 2V55A 4FV6A 2EWAA 4JQ8A 3IW4A 3ORMA 5HVJA 4ZTSA 3K5UA 1ZOGA 4IVCA 2HCKA 2BFYA 4MK0A 2YFXA 4EOQA 2BDJA 4L3LA 2WXVA 4LV8A 4YGAA 5HX6A 1BI7A 2ITZA 2VWIA 4ACCA 3O7LB 4I5PA 3V5JA 4F09A 3NMUF 3O96A 5J1WA 3Q53A 4NSTA 4DEBA 5C8KA 2PE0A 1G5SA 3ANQA 4FOBA 1UU3A 4N6YA 4IJPA 3NR9A 2BRGA 4GG7A 5E8YA 5H8GA 4ZXTA 4F4PA 5EKNA 1Y57A 3CTHA 3OY1A 3PIZA 3UPXA 4AQCA 2IG7A 3ZO3A 5JMSA 4BDFA 3W2QA 2R3HA 2Q0NA 2OXXA 2W1DA 4FR4A 5CU2A 3LCOA 3H3CA 5DEWA 3DXQA 3NCZA 3TNPC 2QU6A 1FMOE 2IN6A 3ENMA 4QYFA 5M44A 4DTBA 4L6QA 3PPZA 1H25A 4X3FA 2YN8A 4J8NA 3Q4UA 4HVSA 2Y4PA 4WSYA 5DLSA 2O5KA 3F9NA 4OT5A 4V01A 4CD0A 3VBQA 2G2IA 1HCLA 2FYSA 3BI6A 4DG0E 4DA5A 4ANOA 4YNOA 2ITTA 2QVSE 2XEYA 5HNBA 2PZIA 5JZJA 1OL1A 2OH0E 3R2YA 1ZYCA 1DM2A 3FWQA 4KNBA 4ZJVA 1SNUA 3DY7A 4L8MA 5K4IA 2WTIA 5E8XA 4DF3A 4F1MA 4I6HA 4ALWA 4NK9A 2Z02A 4U9AA 4RWIA 5HG7A 4ZS0A 3ZSHA 3B2TA 2GHLA 2IW8A 4F7JA 2WTCA 3LJ1A 4EUUA 1YI3A 4DT9A 3U87A 3H0ZA 3PYYA 4QQ5A 1XQZA 4L7SA 4IAAA 5A6OA 4PPAA 4TL0A 5AUXA 4MD7E 1JVPP 3UG1A 1H26A 3HZTA 3OT8A 3VW8A 3VS1A 4EUTA 3R21A 2C3JA 2XJ0A 3QXPA 4U79A 5EM5A 4P5ZA 3SOAA 1DAWA 1F3MC 2PMLX 4EL9A 3H0YA 1OL6A 3OHTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3PTG A;  4I3Z A;  1OKW A;  4FTR A;  4IFG A;  4J95 A;  4TKS A;  4EKL A;  1NVR A;  4CTC A;  2CKQ A;  3MH1 A;  3R9O A;  5JKG A;  1SVE A;  3ZBX A;  3E8C A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OUY A;  2RF9 A;  2CGW A;  5JRS A;  4BYI A;  2XIZ A;  2YAK A;  2ZM3 A;  3I79 A;  3P9J A;  4HGE A;  4JS8 A;  5FBN C;  4CFV A;  4FV1 A;  3PJ2 A;  5M57 A;  4RLK A;  4RZV A;  3VUL A;  5EW3 A;  3EQF A;  1F5Q A;  3QD3 A;  3F2N A;  4X3F C;  2PUL A;  3ORI A;  4YHJ A;  3SKC A;  5CVF A;  3U4U A;  4E4N A;  3LFA A;  4ZP5 A;  3PWD A;  3VQU A;  3AKK A;  3UVR A;  1XO2 B;  4L43 A;  4EI4 A;  5LMB A;  1ZYL A;  1GJO A;  2XK3 A;  5HEZ A;  3ZZE A;  2Y8O A;  3OXT A;  1Q41 A;  1H4L A;  4ENY A;  4BIB A;  3KK8 A;  4YZD A;  3CC6 A;  4X2K A;  2ERZ E;  3VBY A;  3ORN A;  1J3H A;  4A07 A;  3NYN A;  4U3Y A;  3PRI A;  4C4H A;  3VS0 A;  4E3C A;  4PY1 A;  4NIF A;  3CP9 A;  5JGB A;  2B0Q A;  3GI3 A;  2OLC A;  3LLT A;  2VAG A;  4IMY A;  3JS2 A;  3LMI A;  1I44 A;  1LEZ A;  1OL5 A;  2GPH A;  4QYE A;  2SRC A;  1GNG A;  3QUE A;  2PVK A;  3CXW A;  3EFJ A;  4G3C A;  3E63 A;  2WMX A;  2P2I A;  3P7B A;  3BHV A;  4MXC A;  3POZ A;  5GJF A;  4YZC A;  3E8D A;  4KB8 A;  5C8N A;  3I0Q A;  3ATS A;  3FDN A;  5KHX A;  2RSV A;  4TY1 A;  4GSB A; 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