5KGXA

Hiv1 catalytic core domain in complex with an inhibitor (2~{s})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{h}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
153
structure length
134
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Indole-based allosteric inhibitors of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 45
structure length 134
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5kgxA00
4E0DA 1GOCA 3K57A 1VSHA 4L8RB 3VQ9A 4FJ9A 2ATQA 4DFJA 1XWLA 3AVJA 3DRPA 1VSLA 4O4GA 1JL2A 4FW1A 3RMCA 2PY5A 1I39A 3VQ7A 4HTUA 3SUNA 4DWIA 1RT3A 4ZTJA 3ITHA 1NK5A 4EZ9A 1UA0A 1KTQA 3OYAA 2HHSA 3DLKA 5SWMA 1RBTA 3E01A 3HVRA 4OPJA 2OYQA 4J2DA 1X9MA 3FFIA 4MFBA 4DLGA 4KHQA 2OA8A 3QETA 4FYDA 4CJ4A 3DLRA 4MQ3A 1W0HA 2YKNA 4J2BA 1JL1A 2X74A 3AA2A 2IGIA 1FKPA 3TARA 1VSEA 1UAXA 4DMNA 2Y1IA 1KCFA 3KLFA 4I7FA 4CIEA 1JLGA 4RW4A 3AV9A 5EU7A 4LSNA 4C8MA 3ZSXA 3K58A 4DTNA 3RRHA 3QNOA 1C1BA 1RT5A 4DU4A 3WNHA 3NH1A 3ZSOA 3KTQA 1REVA 1GOBA 4CEZA 4E1NA 4UQGA 4FJNA 3AVHA 3AVGA 2G8IA 3VN5A 2VG6A 4FLYA 3NBPA 4OGCA 4N76A 4CJFA 3SPYA 1T03A 1VSDA 1IKVA 4CJPA 3DLEA 1HYZA 2IOCA 3CFPA 1QTMA 2O4GA 1WSHA 2KW4A 1J54A 4PA1A 5I3UA 3T19A 3ZSRA 4M3TA 5D3GA 4M3RA 3TAGA 1SKSA 3T3FA 4DSEA 3TI0A 4ELUA 4BWMA 1TKZA 4IG0A 4F2RA 4FJKA 5FRMA 5C24A 1NK0A 3MEEA 1XI1A 1HNVA 1S5JA 3RWUA 4KB1A 1IO2A 1RDAA 3V9XA 5FDLA 2FBTA 4Y1DA 3NF7A 4CEAA 1ASWA 4CF8A 4CJ3A 2JGUA 2Z1GA 4ICLA 4M41A 1LWCA 4E3SA 3PO4A 1WAFA 4Q0BA 1D5AA 4CJUA 1TKXA 2FBVA 1SKWA 4E7LA 2Z1IA 1A5WA 4OVLA 1XC9A 1TKDA 3L3UA 3OYDA 3OS0A 5FROA 1D9DA 4FM0A 3EZ5A 4HCBA 1X1PA 2QK9A 3JYTA 4M42A 4QAGA 3BDPA 1B92A 4KHSA 1JLFA 1RT7A 3AO4A 1RDBA 3TAQA 2G8UA 3HM9A 3AO1A 3SNNA 4DFMA 3TAMA 1HYSA 4CJTA 1EP4A 1TV6A 1SV5A 3DM2A 1KFDA 2E4LA 1LAWA 2P1JA 2VWKA 3NF8A 1QSSA 5J2QA 1XHZA 3SQ0A 1C1AA 3U3YA 4KHUA 3K5OA 4HUFA 5HRSA 4HUEA 1Z25A 3KLIA 4CEDA 4DS5A 1RBVA 3SUOA 4J2EA 4FXDA 4AHVA 4AHCA 3VQQA 1NK8A 1RT1A 2HHTA 5DK5A 3PX6A 4KI4A 3ZCMA 4KHYA 1TK8A 3L2WA 2G8HA 1UWBA 4DSIA 4JRPA 4HVJA 1VRUA 1BIUA 1VRTA 1RTIA 4Z4FA 3TABA 1W9HA 3NE6A 3VQPA 3I0SA 3L2UA 5I42A 3AVAA 2PYLA 1QSYA 2RF2A 4O55A 1YVUA 5CY4A 1HNIA 4FLXA 4E7IA 2O4IA 3LWMA 3F9KA 4CJQA 3NCIA 3ZT1A 2F8TA 4CIGA 3ASMA 1S1TA 4BACA 4NCBA 3NAEA 1G15A 3HL8A 3SCXA 5JS1A 1U49A 2VG5A 3KD1E 1HYVA 4CEEA 3DLGA 4CJRA 1R0AA 3SI6A 1SL1A 4CECA 1KFSA 4CHQA 5KGXA 3HXMA 3RRGA 4Z4IA 2G8WA 4E7JA 4FJIA 3QNNA 4FJXA 4RW6A 1NKCA 4AILC 3TR8A 1BQMA 1RT4A 3B6OA 1UOCA 2HNYA 4B08A 4CJSA 3NH2A 3G0ZA 3LAKA 3P5JA 4DTOA 4F4KA 1C1CA 1JLBA 1EETA 2D0BA 1WN7A 1TK5A 4FM1A 3I8DA 3V9ZA 3O4NA 1RTDA 1VSMA 4HHTA 4M3XA 4DSLA 4I2QA 4CFDA 1RBSA 4DTJA 2X6NA 4TSXA 3HT3A 1XHXA 3RMDA 4CHPA 3M8QA 4BWJA 1BL3A 4B3OA 1YTAA 3OVNA 4FJGA 2KZZA 3AVIA 3U6FA 4FW2A 3VQ8A 3L2RA 4KV8A 2ZQBA 3AA5X 4DSKA 4Z4EA 3OYMA 4Y1CA 3RMAA 3EYZA 4DSJA 4W5NA 5C25A 4ELTA 4C8OA 1S6QA 4AHUA 3RR7A 4FK2A 3OJUA 4I9LA 3S9HA 1WSFA 4B9TA 4DFPA 3PUFA 3DI6A 4CF1A 1J9AA 2DFFA 4DQSA 3C6TA 3KLEA 2IS3A 4FLUA 2HHWA 4DQPA 3OYJA 4XIUA 2X6SA 3KKRA 3TAEA 1ITGA 4AHSA 3QEWA 2XO7A 2YKMA 1ZBUA 4ZHRA 2D5RA 2W42A 3O4QA 4PUOA 3AA3A 3ZSVA 4BDYA 4KAZA 1O1WA 5HBMA 4CGJA 2RKIA 3ZT4A 3PX0A 3OS2A 3WNFA 1NK7A 3ALYA 3IS9A 3P83D 1IH7A 1J5OA 1TAQA 4F2SA 4EZ6A 3T1AA 1LW0A 1JXEA 2YHBA 4K8XA 4KPYA 1HQUA 1BQNA 1TGOA 1KSPA 4DFKA 2KZMA 4E7HA 3OYBA 1HPZA 3KK3A 4CF0A 3O3GA 3PX4A 1QQCA 4KKOA 2LSNA 2OPSA 4NYFA 2PYJA 2HB5A 3G10A 3JSMA 1EX4A 3DYAA 3HVTA 4DTRA 5SZTA 3AO3A 3UIQA 3V1RA 1NJWA 1SL2A 3M8PA 4OGEA 3K5LA 5HRPA 4H4OA 1IKYA 2XY7A 3SQ1A 4CHNA 4OKKA 1C6VA 3SYZA 1RTJA 4NYNA 3NH0A 1S6PA 4FM2A 4N47A 3ZSZA 4BE1A 4RW9A 1VSIA 3OYEA 2XY6A 4CJEA 4FJ5A 3HO1A 1CXUA 3SUQA 4BE0A 1X9SA 2Z1HA 4Z4CA 3L3VA 3LALA 2B6AA 2ZE2A 4FCYA 3HJFA 3HSTB 4CEQA 2KQ2A 4AHTA 1IKXA 4CJKA 3K59A 2G8FA 5KI6A 1B9FA 2ZD1A 2AJQA 4CEOA 3QEIA 4B9NA 1TL1A 5KRTA 1KLMA 3C94A 4GW6A 1NJYA 3AVKA 1WSJA 2P5OA 3HPHA 1TKTA 4CESA 1NK9A 4PWDA 4IDKA 4DSFA 3TAPA 1GOAA 3L2QA 2G8VA 2KFZA 1J53A 4N41A 4FJLA 1FK9A 2GBZA 4AH9A 4H8KA 3QEXA 2HHVA 3CFOA 4E89A 4IFVA 3HYFA 4LSLA 4CJLA 3OYIA 1S1WA 3DMJA 3NHGA 4G1QA 3SV4A 2D0AA 4NCAA 3WNEA 2HNZA 2OPRA 2Y1JA 3AVFA 1KVCA 2IAJA 2RPIA 1U45A 4CFCA 1NK4A 1NJXA 4F3OA 5HRRA 1KLNA 5KTQA 5C42A 1MU2A 3TWHA 5HRNA 2JLEA 4FK4A 5JS2A 1L3UA 1QS4A 1BHLA 2XRIA 3MEDA 3MXMA 2QXFA 2FBXA 1Q9XA 5J1EA 2P5GA 3KK2A 4CFAA 4QCLA 2YNGA 4B8CA 5HP1A 5FRNA 3B6PA 3L2VA 1RDDA 1SUQA 3OYLA 1B9DA 2OZSA 1BIZA 2YNHA 4B8AB 3D45A 4IBNA 4WE1A 3O3HA 3ZSWA 4FJ8A 4CGFA 3VQ4A 4E19A 2IDOA 3QEPA 2VWJA 3SPZA 1Y97A 1U47A 4CK3A 1JLCA 4FVMA 4LH4A 4RW7A 3PV8A 1LWFA 1BI4A 3L8BA 5DMRA 3KLGA 3M8SA 3S3OA 4OKEA 3BGRA 4BE2A 3AVNA 4YFUA 3CQ8A 4M3YA 2DY4A 1U4BA 3NF6A 4DTMA 4M3WA 1N6QA 1KVBA 1JLQA 4KHNA 3MEGA 3ZT2A 4FLZA 3SQ2A 4CIFA 3K5NA 4M3ZA 4DU1A 1BGXT 1JLEA 3NFAA 3QERA 4O44A 4F3TA 1IKWA 4W5RA 2R7YA 2X78A 3TAFA 4FJ7A 1QE1A 1RILA 4C8LA 4KRFA 1EXQA 3H08A 4DLEA 1NKBA 3RR8A 4KHWA 3V1QA 4RW8A 1DTQA 2BGGA 4YNQA 3HP9A 4IFYA 4E7KA 2F8SA 4FLTA 1HQEA 2DFHA 5E41A 4FLWA 1BCOA 3CFRA 3MXIA 4ZTFA 1TK0A 1A5VA 2YNFA 3KIOA 3ULDA 2Q3SA 4DTSA 1T8EA 1QHTA 2HNDA 4FZYA 1A5XA 3LP3A 4IKFA 1ZBFA 3KJVA 5J2PA 4CK2A 1VSJA 1KVAA 1NK6A 4DQQA 4DS4A 4KO0A 4CJVA 3LP1A 3I0RA 2EHGA 3VQBA 3HPOA 4DF4A 3OYCA 2YNIA 3DOLA 1ASVA 3SJJA 1RCHA 4CERA 1WAJA 3F73A 4C8KA 4LH5A 5HLFA 4DQIA 3ZT0A 4IG3A 4ID1A 3NGYA 3QIOA 4B9MA 3LZJA 4Z4HA 4J2AA 3KD5E 3VQ6A 3ZSQA 2G8KA 3VA3A 3KKSA 1LW2A 1RT2A 4CGHA 1Z26A 4CGIA 1S1VA 2HHXA 4DTXA 3NGIA 2QKBA 4N5SA 1TVRA 4Q5VA 4Z4GA 1WLJA 1YT3A 2BANA 1VSKA 4M45A 4CHZA 2DFEA 4GVMA 4JS5A 1JLAA 5CYQA 3OYNA 4EP4A 4KTQA 1Q8IA 1N5YA 4I2PA 4FJHA 1L3VA 5CZ1A 3NF9A 3LPUA 2OPQA 5J2MA 3D0PA 1T7PA 4BDPA 4W5OA 3CG7A 1DLOA 1ZYQA 4B9SA 1SKRA 5J2NA 2HMIA 3AO5A 4KTWA 1JKHA 4DTPA 3V9SA 4DQRA 4B9UA 2I5JA 1WNSA 3OYKA 4PY5A 4E1MA 2XY5A 4DG1A 4OLAA 2HHQA 4FJMA 3C6UA 1L3SA 3QESA 1BISA 5KRSA 3V4IA 4OJRA 3V81A 3ZSYA 3QEVA 5HROA 3LAMA 1TAUA 1KRPA 2B5JA 4KFBA 1RT6A 5T7BA 1CZ9A 4C8NA 1WSIA 4OPKA 1BCMA 2GV9A 3VQCA 1CLQA 4OLBA 3VA0A 1ASUA 3LWLA 4F8RA 3U3GA 3AVLA 3QO9A 4CFBA 3OYGA 2IC3A 1F21A 4KTZA 1ZBHA 3IG1A 1RBRA 4I9QA 3K2PA 3SV3A 1TL3A 3P1GA 3A2FA 3C95A 3MXJA 3PO5A 3HPGA 4DTUA 4PQUA 3K5MA 3CYMA 3RMBA 3WNGA 3DLHA 3VQAA 2D0CA 3DRSA 4CEFA 4FLVA 4CEBA 2OZMA 1C0TA 1ZBIA 1Q9YA 3NGZA 4KI6A 2HVHA 4O0IA 3AO2A 4CGGA 4B9VA 3ISNC 3V9WA 1HRHA 3KLHA 3TANA 2OPPA 4KB0A 1S1UA 1NKEA 2DTUA 3OYFA 1JXBA 1L5UA 1NOZA 3VQEA 5CZ2A 3KK1A 2A1RA 3HK2A 2NUBA 1U04A 3SQ4A 4CJ5A 1U48A 2KTQA 4JS4A 1C0UA 3LDSA 3V1OA 3ZT3A 4AHRA 4CK1A 3LZIA 3S3MA 2QKKA 3SZ2A 4NCGA 4CF2A 2XHBA 3DLBA 4K8ZA 3QIPA 3OY9A 3IAYA 3CM6A 4KREA 4O0JA 3VQDA 2E6LA 2RN2A 3AVMA 3QLHA 1WSGA 1LAVA 1ZBLA 4W5TA 1RNHA 2E6MA 2FC0A 3S3NA 3DRRA 4JRQA 4FZZA 4HCCA 1CXQA 1FKOA 2Z1JA 4EP5A 4QOZB 1S9GA 4O5BA 3EY1A 4H4MA 1BI4B 1S1XA 3LANA 2EX3A 1SL0A 2XY8A 2B4JA 4GMJB 1HJRA 4CHYA 3O3FA 1NJZA 2WOMA 1RBUA 1S9EA 1NOYA 1C0MA 3LP2A 4B9LA 4BDZA 4HUGA 2A1SA 1DTTA 3LPTA 1IG9A 5KGWA 3HP6A 2VG7A 3QINA 4CGDA 4W5QA 1LV5A 1EKEA 5K14A 1D8YA 2ITGA 4FZXC 1L3TA 3V9UA 1I3AA 3NDKA 4M3UA 2F96A 1LWEA 4N56A 4DU3A 1CZBA 2BDPA 3SUPA 1VK0A 1RDCA 3IRXA 3RTVA 4FK0A 1RTHA 4DF8A 3AA4A 3AVBA 3DOKA 2HVIA 4OKJA 1VSFA 1FXXA 4R5PA 5CYMA 1UA1A 3MECA 4LY7A 4CHOA 2GUIA 3MAQA 4ELVA 2P51A 1YTUA 1D9FA 4CE9A 4Z0UA 3OJSA 3V6DA 2HW3A 4CF9A 1HMVA 1K6YA 1WSEA 2ETJA 2PZSA 4LD0A 4FJJA 3LP0A 2YV0X 1X9WA 1QSLA 4CJWA 3VQ5A 2FBYA 4RG8A 1T05A 3OS1A 4CCHA 2WONA 2BE2A 2HHUA 3CM5A 4JLHA 3M8RA 3OYHA 3THVA 4ID5A 2KFNA 2YHAA 3AVCA 3PY8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YJNN 1GOCA 3VQ9A 4IOCL 4A61A 3DRPA 4I6MA 4FW1A 3CC2N 4A2AA 5AZJB 5E26A 1RT3A 4EZ9A 2IVNA 3C6AA 1RBTA 3E01A 3J7AP 1YVNA 3FFIA 1HNWK 5LMUK 4KHQA 2OA8A 4MQ3A 2FXUA 3J81O 3ATVA 2IGIA 1FKPA 3MN7A 2HF3A 4CIEA 5EU7A 3K58A 2HMPA 1RT5A 3WNHA 2UXCK 2YHXA 3PSIA 3VN5A 4DV3K 4YDUC 3VEXA 4YOYA 3H6EA 1NM1A 3R9PA 1TYQA 3CFPA 4FOIA 1J54A 3T19A 3ZSRA 4M3RA 1E3MA 4BWMA 1TKZA 5BRDA 1HNVA 1IO2A 2QTDA 3V9XA 5FDLA 4Y1DA 4ISGA 4CEAA 4CF8A 4ICLA 4E3SA 1HR0K 1TKXA 2Z1IA 1A5WA 4OVLA 1XC9A 5FROA 4FM0A 3EZ5A 3C7NA 1X1PA 2HF4A 3TSQA 3BDPA 1HLUA 4H0PA 1RT7A 2NRWA 1YI2N 1RDBA 1E4GT 1YUWA 4NB4A 1EP4A 2NLXA 4JYAK 2P1JA 5J2QA 3U3YA 4WCEL 3K5OA 4WF9L 5HRSA 2NZTA 2AP1A 4HUEA 4DS5A 2VWBA 2GWJA 1KQSM 3WQUA 4BRHA 5DK5A 4H0VB 3L2WA 2G8HA 1VRTA 4Z4FA 2GTDA 1QQMA 4X66K 1W9HA 1NGEA 4JHDB 2O4IA 1DT9A 5CHIA 3NAEA 4K43A 1VQNN 4CJRA 4KI6A 4Z4IA 3RRGA 4CHQA 3HXMA 5ADXA 4E7JA 1SZ2A 4MDBA 3IUCA 2F7TA 2E2QA 3ULEA 3CF5L 3NH2A 3B6OA 4CJSA 3G0ZA 4YOWA 2P9LA 1EETA 4JI6K 4HHTA 5BPNA 4IJNA 5AQYA 2RHKA 4OPAA 4TSXA 4CBWA 4B9QA 4BWJA 3CETA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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