5KQZA

Protease e35d-cap2
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVIEDMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Effects of Hinge-region Natural Polymorphisms on Human Immunodeficiency Virus-Type 1 Protease Structure, Dynamics, and Drug Pressure Evolution.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kqzA00
2OHPA 2VIEA 2PYNA 4Y43A 1DW6C 3ZPTA 3VV7A 3TPRA 3HD8A 3QVCA 2QI3A 1LYWA 5DGWA 5P7KA 3VFAA 2IQGA 4Y3ZA 4NKKA 1FQ5A 2A4FA 3LIYA 4GJ5A 1XE6A 4RRNA 3Q4BA 1G0VA 3G6ZA 2PSUA 5HU1A 4YA8A 4Z4XA 5P68A 5P2LA 4YD3A 2MIPA 2P3DA 5P2KA 3SFCA 5P3MA 5OZHA 4OBKA 3EKXA 5P0MA 1GNNA 1D4IA 2HC0A 5P7MA 3PMUA 2FDPA 1CMSA 4YD4A 3NXNA 1ZAPA 4Y3FA 4OBJA 1A9MA 5P7QA 4L1AB 5IVSA 4B77A 4Z2ZA 3NYGA 4KE1A 4RCEA 5P7IA 3QRMA 4Y39A 5P6CA 1IVPA 5IVTA 2RKGA 3Q5HA 2FGUA 1D4YA 3ZL7A 5P5UA 4COEA 5AHBA 1BIMA 1K2BA 2WKZA 2AZBA 4R95A 3RU1A 4FAEA 3GGXA 2OHKA 2P3CA 1PPKE 3QI1A 2IEOA 5OZ1A 1DP5A 3KFPA 1G6LA 2O4NA 1HXBA 3DJKA 4GIDA 5P5YA 3O9IA 4EHCA 1NPVA 3A2OA 3ZKGA 1PPLE 5P5QA 5P7EA 1YG9A 3O9DA 1HWRA 1HTGA 2FMBA 2P3AA 3O9HA 1BXOA 4JPCA 5P7LA 3D20A 5P1NA 3TPLA 1GVXA 4B0QA 2UPJA 3L5DA 1CPIA 4OC6A 5P4SA 3BVBA 1XDHA 3EL4A 5P4UA 1HTEA 1MEUA 3KDCA 4A6CA 4TVGA 2P4JA 5P2NA 3S56A 5KR0A 5AH6A 5P4NA 3FX5A 4GJCA 3EL5A 5OYYA 5OZAA 5P3NA 4D85A 4J0PA 4B05A 2AODA 2PC0A 4Y4UA 5P4KA 2AOIA 1MTBA 1WKRA 3APRE 4CPTA 3PI0A 2P3BB 5P3AA 5P34A 5P1IA 2ER0E 2ER7E 3HZCA 3RVIA 2IENA 1HBVA 3INFA 5P53A 5P8CA 3LPIA 5P36A 2NMZA 1MSNA 3UQWA 4DUSA 5OZGA 2QMDA 2ZDZA 3OY4A 2WF3A 4YCYA 3DOXA 3PWMA 5OZIA 5P6GA 5P60A 3ST5A 5P3VA 5P7WA 3UDMA 1AIDA 4I0GA 3SACA 2Q15A 3ZPSA 4X2LA 1K6CA 3NU4A 3BVAA 4GJ9A 5P7OA 5OYVA 3GI5A 4Y4BA 3L59A 1BDLA 3CYWA 4FRJA 3OXXA 5P1FA 5P7UA 5P3JA 4OBGA 5P2HA 1QBUA 2OHNA 4YCTA 3B80A 5KAOA 2IKUA 3OUDA 5P37A 2VJ9A 5P3LA 3MSLA 4EXGA 5P65A 5P6UA 4I0DA 4AZYA 3NU9A 4I8WA 1LS5A 3LNKA 5P1SA 4J1KA 5OZ5A 1EPME 4D8CA 3WSJA 1WBMA 3OAGB 5P47A 3TNEA 1HVIA 1AZ5A 3OHFA 2J9KA 1N49A 2QD6A 4DH6A 2V10C 2FDEA 3EKPA 2WL0A 1MUIA 2Q54A 4DQFA 1XL5A 3KYRA 2PH6A 3PCZA 4Y47A 3KFNA 5IE1A 1Z1HA 5SY2A 1HPOA 5OZFA 1EC0A 2F3EA 1ODYA 2CEMA 3VYEA 5DQ2A 3NU6A 3OADB 4Y54A 2QP8A 4RLDA 3IN3A 3QBHA 2QI0A 3T6IA 5P6DA 1BBSA 1HXWA 4RVXA 4CP7A 4DQGA 3UTLA 5OZXA 3VF5A 5SXNA 5P74A 2BPYA 3IGBA 5P6NA 2O4SA 2Q11A 1NPWA 2I4VA 3HLOA 4FRIA 3VLAA 5HD0A 3HVGA 4F75A 2AIDA 1BV7A 1Z1RA 3QIHA 5KOQA 5P5SA 2Q3KA 3RSXA 3LZSA 3KM4A 3QS1A 4RRSA 1EPRE 5P23A 5P8NA 3LIVA 5DPZA 1ZPKA 3EKWA 1W5YA 4Y4AA 3G70A 3KF0A 5BWYA 3ZKXA 2V13A 3SA7A 5P18A 4B1DA 3VSXA 2JJJA 3RSVA 5DQ1A 5P4VA 3LZYA 1FFIC 5P2FA 5P4IA 2O4KA 4DFGA 4J1CA 3G72A 3CKRA 2AVQA 4QJ8A 4Y3EA 1B6LA 3ZKIA 2ZJKA 4CPUA 4EQJA 5P0BA 1K6TA 4QJ9A 5OZJA 4I0ZA 5CONA 3ECGA 2HS1A 5OZPA 4R93A 5P29A 3EKQA 5P7CA 3PJ6A 4B1EA 1FG8C 2R3WA 4FAFA 5DR7A 5OYQA 2NTRA 9HVPA 4B72A 2ZHTA 4J1HA 1EBWA 4ZPFA 1K6PA 3O99A 1IIQA 5COKA 1LYAB 5P14A 4YOAA 4B00A 1D4LA 1RQ9A 4NJSA 4Q1YA 4Y5LA 3LIZA 1HHPA 5OYWA 2BKTA 4H3JA 5HVPA 2Q5KA 4K4QA 5P4TA 1OHRA 5P8DA 2PQZA 5P1PA 1E82E 2QI6A 1U8GA 1AXAA 1SIVA 1EPLE 5P3FA 1LYBB 3KFRA 4DQEA 2V11C 1FMBA 2P8HA 2QHZA 3PSUA 3OGQA 2XYEA 4I0FA 1VIJA 1LF3A 5P3WA 4XKXA 4KE0A 5P0NA 5P4LA 5P8RA 2G20A 2Z4OA 5P5RA 5I3XA 1T7KA 3SA6A 2B42A 5P0QA 1B5FA 5DQ5A 4CKUA 3IA9A 1ZBGA 2AZ9A 3OOZA 3SM1A 2PWCA 4Z22A 5P51A 1BVGA 3KDBA 1FF0C 5P77A 1MT7A 3EBZA 5P6TA 4Y37A 5P4WA 3NDTA 1PSAA 1ZSRA 5P31A 4Y3MA 4K9HA 1YT9A 2BPXA 5P2JA 5P8KA 3TPPA 5P6XA 1UH9A 1PFZA 2VIYA 5KQZA 1SDVA 5P5GA 4YD6A 2PYMA 3O9EA 1W50A 1AM5A 2IL2A 4H3FA 4CPSA 1KJ7A 4J1EA 2AVVA 4NJVA 5P2ZA 4L6BA 5P1XA 3NDXA 3FSMA 3VF3A 4PZXA 3SA4A 4Y3DA 3OQ7A 5P6KA 2PK6A 4HVPA 2WF4A 4JP9A 1HSHA 1BILA 5HDUA 4OBZA 4Y58A 5JFUA 5P4DA 5P81A 2ZJNA 3VV6A 5P6QA 3UDJA 4R5NA 4DQCA 3T7PA 4IVTA 4GB2A 1G2KA 2JXRA 3TOGA 4RVJA 5ENKA 3UFLA 3DM6A 2FDDA 1HTRB 1NPAA 2BPVA 5P0VA 3INDA 5HTZA 2G1OA 4Y4WA 5T4SA 7HVPA 1DIFA 4L1AA 2ZJHA 3ZOVA 1RL8A 3T3CA 5P0RA 4CMSA 4I12A 4FS4A 4Y3JA 5DR3A 1BAIA 3KMYA 3IN4A 3MXEA 4Y48A 5P0XA 5P5OA 5C9BA 4IVSA 1LF2A 2HAHA 1BDQA 5P52A 5JG1A 5OZBA 3UF3A 2PSGA 3VSWA 5P3ZA 2P83A 2WEZA 3NUOA 5P4GA 3WZ7A 5P05A 1W5WA 5P6JA 1QS8A 5P2CA 4J17A 5JODA 2Q63A 3U71A 5P2RA 5P5LA 1AAQA 2A1EA 2VJ7A 3NXEA 3KDDA 3VG1A 3CYXA 4U8WA 3EMYA 4JOOA 1D4JA 3Q3TA 4J54A 5AGZA 2AZCA 5P01A 1HSGA 3S43B 3OXVA 5P7NA 3ZKMA 2BB9A 5P6WA 3B7VA 1ZP8A 4Y3SA 3TOFA 5P56A 1HVJA 3H5BA 2QCIA 4JPEA 3IVHA 4HDBA 4OBFA 2HB4A 3SM2A 2OHUA 5P8MA 1D4SA 5P6ZA 2P3BA 3MSJA 3SA8A 5P27A 3QAAA 3DV5A 5P78A 5P5NA 4K4PA 4EJLA 3GI4A 2VIJA 1ODWA 1C6ZA 2XFKA 5P7FA 4K8SA 1IDAA 3OU4B 4NPUA 1FQ8A 4DJWA 4QJ2A 4OBDA 5AH8A 3GI0A 3PBZA 5P19A 1HIIA 4AUCA 1GKTA 3UDKA 3EM3A 3OUAA 4Y3XA 3EC0A 1TSQA 5P17A 2B7FA 4L7GA 1MRXA 4Y3HA 5P75A 1JLDA 3ZKQA 4DJXA 1SIPA 2AOGA 4Y5AA 5P5CA 1EBKC 2PK5A 2NXMA 3VUCA 4LC7A 1YTJA 4FLGA 5P8EA 1YX9A 2UXZA 1A8GA 2ZHRA 3I8WA 5P1MA 1HOSA 3QN8A 3GGVA 4Y4JA 4NJUA 4LXAA 1BV9A 1EBYA 1T7IA 5P1YA 3L5EA 4RVIA 1J71A 4BEKA 3PWWA 3Q6YA 2IGXA 4GJAA 1FFFC 3PGIA 5P3HA 5J25A 5P4RA 4LL3A 1SBGA 2PWRA 5OZSA 1SDTA 5P6VA 4GJ6A 5OZWA 3T7XA 5OZ6A 5P8IA 3I25A 4KB9A 2F3KA 4J0VA 1OEXA 4EP3A 5P59A 4I1CA 1QBRA 3S85A 5UPJA 5E5JA 5P06A 5P61A 4J0TA 1MPPA 2G21A 3NDWA 1FMUA 4Y3NA 5COOA 2AOHA 2ZJLA 4DQHA 2QMPA 3KFSA 5P2DA 1XE5A 2ASIA 3OADA 1UPJA 1XN2A 2B7ZA 5OZVA 3OXCA 5P0KA 5P16A 3D1YA 3PHVA 5ISKA 4TRWA 4EXHA 3VV8A 2HB2A 5P8FA 2FXDA 1HVLA 2G69A 2AVOA 5P6PA 2WF2A 3GW5A 5P5BA 3MWSA 4RCFA 5P1BA 3OXWA 4Y53A 5P6IA 1UH8A 5OYTA 5P4AA 1HRNA 3SKFA 1TSUA 5P4CA 4AA8A 1MVPA 2QI7A 2JJIA 1FLHA 2QMGA 5C9DA 4Y56A 3SA5A 5P04A 1BWBA 3LIQA 3INEA 2QI5A 2I4QA 3H0BA 3OWNA 2QZWA 1ME6A 3BXSA 1AJVA 2G1NA 1LZQA 2JE4A 1KJFA 4FCOA 5P6LA 5EZXA 2HS2A 5P57A 3NLSA 5P11A 1QDMA 4GJ7A 3SLZA 5DGUA 4APEA 5P58A 3OUCA 5KQYA 3QP0A 1W5VA 5P7HA 5P3RA 5P39A 3VFBA 1MTRA 3BUGA 5P63A 5P26A 4D83A 4QJAA 3IAWA 3AIDA 3I7EA 3O9CA 1LYAA 5P40A 5P80A 4I0JA 2NR6A 5C9FA 1C6XA 4DJYA 2IKOA 3OUBA 5P7VA 3APPA 5P09A 5P0PA 4ER2E 2WF1A 5HE7A 1IZIA 5P46A 3O9LB 5P3BA 4F73A 2NPHA 4NJTA 5P64A 3K4VC 5P44A 2G27A 1MERA 2F8GA 1META 1YTHA 3PLDA 1GVWA 4ZSRA 4TRYA 4TVHA 5P5TA 4Y5NA 1LYBA 5P1OA 2AQUA 5P4FA 2V12C 4ZSPA 4Y35A 2G26A 1XS7D 3NDUA 5OYZA 5P49A 1NH0A 4JECA 4DPFA 1HPVA 1B6MA 5P1WA 3OU1B 5P0WA 1LEEA 2QI1A 5P12A 3JVYA 5P84A 1K1UA 6UPJA 5OZZA 5P3OA 5P42A 3PSYA 5P1DA 2QU3A 3F9QA 4Y5GA 2RENA 3MXDA 4ZIPA 4Y4EA 4L7JA 4Y5BA 3QRVA 2R3TA 3DUYA 3NU5A 3SA9A 2WEAA 3ZPUA 2NMYA 2ZYEA 3KA2A 1APVE 4MC9A 5P5FA 5P20A 3Q70A 3BUHA 2I4DA 5P3PA 3K5DA 4HE9A 3ZLQA 1Q9PA 5DR4A 2F3FA 2WHHA 3IXOA 5P6AA 3HVPA 2I4XA 2G1RA 5KQFA 4ZSMA 2HIZA 2OHTA 5P5DA 4DJUA 2FGVA 4J1IA 2WEBA 3EKTA 2QD7A 4PHVA 4U7QA 1FB7A 5P15A 5P4YA 5I3WA 1SH9A 3OOTA 2BQVA 4HDFA 4YDGA 2J9JB 3FNSA 1HVRA 5P1EA 4OD9B 5P8VA 5P7JA 3PI5A 5P6FA 1SGZA 2BBBA 1DAZC 2RMPA 5OYUA 3D1ZA 1SDUA 4PPHA 2HB3A 4Y5EA 1W5XA 4Y57A 4Q1NA 2AOEA 5P2GA 4WY6A 5PEPA 3QPJA 5DR0A 1IVQA 1C6YA 5P25A 5P7GA 5P50A 3PMYA 1A94A 4S1GA 5P0GA 4Y6MA 1MIQA 2QHYA 2HPEA 2F80A 2B8VA 5P1HA 1BVEA 2ER9E 5P1ZA 2OHLA 4Y5MA 3OK9A 5OZUA 2QNPA 4Q1WA 5P0TA 4XX3A 5P7RA 4EPJA 3K5CA 2Q64A 2FXEA 4GYEA 4RGHA 4EJKA 3CIBA 3MSKA 3CMSA 4ZSQA 3ZMGA 4GJ8A 2RKFA 4I0HA 4N00A 2V0ZC 3PBDA 5P1LA 5P70A 1QRPE 4Y5PA 5HCOA 3FIVA 3R0WA 1D4HA 1KJ4A 2FIVA 5P7TA 1APTE 4FGXA 3EKVA 1XL2A 2VS2A 5P2TA 2IGYA 3K1WA 4DVFA 2BPZA 2AOJA 1DMPA 1EC2A 1HEFE 4ZE6A 1TQFA 3S7LA 5P2VA 3BHEA 4Y36A 4QJ6A 3ER5E 1ER8E 3GGAA 3RTNA 5P7DA 4EJDA 5DR1A 5P5HA 4Y9WA 3O9GA 3HDKA 3RTHA 4L7HA 5F01A 3S8IA 5P7YA 1M0BA 2FNTA 5P5PA 3HAUA 4DI2A 5F00A 3IXKA 3QBFA 1FMXA 1M43A 1MSMA 4Y3YA 1EPNE 1D4KA 2QHCA 2VNMA 5OZ7A 5I3VA 4ZLSA 3S43A 2ZHSA 4YOBA 2NNPA 3EM6A 4H1EA 4X7IA 4KUPA 5P41A 5OZOA 5OZYA 1WBKA 5KR2A 3BGBA 1GVVA 5P5XA 4Y3RA 3NSHA 4DJOA 5OYXA 5P2EA 4Q1XA 4YD5A 1G35A 5P79A 3TKWA 2I4UA 5P2OA 4GMIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHP A;  2VIE A;  2PYN A;  4Y43 A;  1DW6 C;  3ZPT A;  3VV7 A;  3TPR A;  3HD8 A;  3QVC A;  2QI3 A;  1LYW A;  5DGW A;  5P7K A;  3VFA A;  2IQG A;  4Y3Z A;  4NKK A;  1FQ5 A;  2A4F A;  3LIY A;  4GJ5 A;  1XE6 A;  4RRN A;  3Q4B A;  1G0V A;  3G6Z A;  2PSU A;  5HU1 A;  4YA8 A;  4Z4X A;  5P68 A;  5P2L A;  4YD3 A;  2MIP A;  2P3D A;  5P2K A;  3SFC A;  5P3M A;  5OZH A;  4OBK A;  3EKX A;  5P0M A;  1GNN A;  1D4I A;  2HC0 A;  5P7M A;  3PMU A;  2FDP A;  1CMS A;  4YD4 A;  3NXN A;  1ZAP A;  4Y3F A;  4OBJ A;  1A9M A;  5P7Q A;  4L1A B;  5IVS A;  4B77 A;  4Z2Z A;  3NYG A;  4KE1 A;  4RCE A;  5P7I A;  3QRM A;  4Y39 A;  5P6C A;  1IVP A;  5IVT A;  2RKG A;  3Q5H A;  2FGU A;  1D4Y A;  3ZL7 A;  5P5U A;  4COE A;  5AHB A;  1BIM A;  1K2B A;  2WKZ A;  2AZB A;  4R95 A;  3RU1 A;  4FAE A;  3GGX A;  2OHK A;  2P3C A;  1PPK E;  3QI1 A;  2IEO A;  5OZ1 A;  1DP5 A;  3KFP A;  1G6L A;  2O4N A;  1HXB A;  3DJK A;  4GID A;  5P5Y A;  3O9I A;  4EHC A;  1NPV A;  3A2O A;  3ZKG A;  1PPL E;  5P5Q A;  5P7E A;  1YG9 A;  3O9D A;  1HWR A;  1HTG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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