5KR0A

Protease e35d-apv
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVIEDMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease E35D-APV
publication title Effects of Hinge-region Natural Polymorphisms on Human Immunodeficiency Virus-Type 1 Protease Structure, Dynamics, and Drug Pressure Evolution.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kr0A00
2V0ZC 4Y3TA 4HZTA 2WF3A 5DR0A 3VYDA 2F3FA 4OC6A 4J1IA 5P89A 4FM7A 1IZIA 5P5FA 1HVRA 5P1OA 3NU4A 1K6PA 3LIVA 5P0BA 3ZKXA 5P2ZA 3OUAA 5KAOA 5P0HA 5KQFA 5P5AA 4OD9A 3K5DA 5P73A 3L38A 4Y4UA 1WKRA 5P7DA 5P0FA 3KFRA 3K4VA 1K2BA 5P84A 5OZEA 5P5YA 4H3FA 5P5JA 3ZPUA 2Z54A 1B11A 2VKMA 3OAGA 5HDUA 1G35A 1BVGA 1SDUA 5IVRA 4YOBA 3LIZA 3HVGA 3L5DA 2FXEA 4Y3JA 4Y37A 4Y5CA 1W6HA 5OYVA 5P3LA 2BJUA 4GJAA 4Y4WA 4RVIA 4I0EA 3O9EA 1EPRE 1AZ5A 1GVUA 4Q1XA 3WZ6A 1MT9A 5P2SA 1IZHA 1HPSA 3PEPA 2QMDA 3HZCA 5HCTA 5P1TA 3UDMA 1Z1RA 4FM8A 4XXSA 3KT5A 3OQ7A 5P4LA 3OWNA 2QD7A 4EJ8A 5P02A 5P1KA 5P0CA 3NLSA 3TLHA 4ZSMA 2XYEA 3LZYA 5OZ8A 2ZHUA 2O4KA 4QGIA 3SA3A 1ZP8A 5OZJA 3PSGA 4Y3YA 2QI4A 1MTRA 3DCKA 2EWYA 2FIVA 4I0HA 3L5CA 3SO9A 5P2NA 1FQ6A 3CICA 5P6UA 4J5JA 3KFNA 4D85A 3QRMA 4RRNA 1LYBA 5OZSA 5P6CA 1G2KA 1HIHA 5IE1A 3FKTA 3URLA 5P3OA 5P7MA 3K5FA 3TTPA 3HVPA 3VFBA 4LHHA 5P2GA 3NU3A 3Q70A 3LPIA 5P8QA 5P5IA 3EC0A 3VLAA 5P2EA 3VG1A 3PLDA 4YE3A 5P4EA 2R3TA 5C9FA 1MESA 5P2TA 1EPNE 1B6KA 5I3WA 1ZJ7A 5P46A 2AVSA 4Y3DA 4K8SA 1SDVA 5P4NA 1JLDA 5P6YA 1K6TA 3PSYA 5P11A 1YTIA 5P3BA 3DM6A 5JFPA 3QRVA 4GZFA 3S8IA 4Y5KA 4EJDA 5P3EA 5I70A 5P6AA 1B5FB 4CPQA 1D4SA 1TCXA 5KQXA 5P8KA 1AJVA 1RL8A 3OGQA 5P8AA 2FLEA 1C6XA 3D20A 2QI1A 1AJXA 5P0PA 3GI5A 3SKGA 5P88A 1ZAPA 1ZSFA 5P8CA 1LF4A 3LIXA 4RVJA 3PJ6A 1T7KA 5P4JA 5ENKA 3UDYA 3MWSA 5P1HA 1KJFA 1LF2A 2PSGA 2BBBA 4Y4GA 2ZJJA 5OZPA 4Y50A 4M8YA 3SACA 5P1FA 2NNPA 1XDHA 5P4AA 5DQ4A 3S53A 5P0VA 5P04A 1LF3A 5P5MA 4ER4E 3L58A 2QAKA 4CPTA 4B1DA 3O9GA 3TOFA 5P7TA 2QI3A 2QCIA 5OYRA 1PSAA 1AVFA 1T7JA 3T7QA 4B78A 1HBVA 5P13A 5P2BA 1NH0A 4L1AB 3NU9A 2OHPA 4FAEA 3IXKA 4K4QA 2PH6A 2BPYA 3B7VA 1SP5A 4APEA 5OZZA 4B72A 5OZ3A 1LYBB 1XN2A 5P2RA 4CPUA 1C6ZA 3Q6YA 5P5UA 3H5BA 5P3JA 1SGUA 2NPHA 5I3VA 4JOOA 4UPJA 5P1ZA 3DCRA 5P8EA 4DVFA 5P0TA 5P5LA 5P7UA 1BV7A 3VCMA 2QP8A 5HDVA 1DP5A 2RKFA 2O4NA 5EZZA 4EYRA 3NSHA 3NDXA 4DJUA 2BPVA 2Q11A 5P8LA 5P27A 5P5KA 2V00A 5CLMA 5P3SA 5P53A 5P72A 2VJ7A 5P4ZA 5P3ZA 2ZJHA 3QIHA 2J9JB 2JJJA 2UY0A 1OHRA 4DJOA 4X2LA 2ASIA 2O40A 4ZPEA 5P2OA 4LXKA 2B8LA 5P7ZA 2XFIA 5OYWA 5P7KA 1BWAA 4QJAA 3QROA 3TPJA 1XS7D 5JFUA 4QJ8A 3QN8A 3OHFA 5P74A 4QJ2A 5P8IA 5COOA 1BXOA 2AVMA 1E80E 6UPJA 2ER9E 4HA5A 5C9BA 2PWCA 3CMSA 3VYEA 4J1EA 2FXDA 4GJ6A 3LZSA 1QBTA 3VV7A 5P0IA 5P7GA 3NR6A 1MT8A 5P1QA 5P1WA 2IKUA 2I4VA 1SH9A 5P3AA 5P8JA 4WY6A 3VSWA 3O9LA 4Y45A 3EM6A 1EEDP 5P2CA 4EXHA 2QD8A 4A6BA 5P1VA 5P6PA 3EL0A 4XKXA 4YD4A 5P0JA 3PLLA 4OBFA 4AUCA 3INEA 4FSLA 3KMYA 5P41A 1BXQA 5P4VA 3OQKA 3OUCA 3S7LA 3IVHA 1IDAA 2OHUA 5P50A 3WB5A 5P8MA 5P71A 3L5FA 4J1HA 4OBGA 4AA8A 2O4LA 5BRYA 1IBQA 1HSGA 5P86A 2WKZA 3OOTA 1BVEA 2VA5A 4D88A 2G22A 5P8TA 4YDFA 2VIZA 4EHCA 3LHGA 4RVXA 4XX3A 3UDNA 3KYRA 3O9IA 5P39A 2IEOA 1KJGA 4J0VA 2HB4A 5P5QA 1GVXA 5OZHA 3GGAA 4TRWA 3OQFA 5P4KA 5P64A 1HIVA 1BV9A 1META 2NXMA 2ER0E 4ER2E 4MC1A 4I0ZA 3LINA 1SMEA 3NUOA 5P1PA 1MIQA 5P3TA 3WZ8A 2APRA 5P14A 3SA6A 3NXNA 5BS4A 5P3QA 3OU4A 3ZPSA 1ODWA 5P6QA 4MC2A 3D3TA 5P6WA 5P7NA 5P40A 5DR8A 4DJYA 4ER1E 4Y5EA 1W5WA 2XFKA 3JVYA 4Y35A 2AVVA 3VEUA 4NJTA 5P1DA 3ZLQA 2AZ8A 3IAWA 2AOHA 2V11C 4Y3ZA 4Y36A 3UDPA 1SIVA 4Z4XA 5P7JA 4Y6MA 2CEMA 3APPA 4YD6A 4LL3A 5P3WA 3OXVA 2I1AA 1MEUA 2OF0A 4DQGA 3TPPA 5P37A 1A9MA 5P6XA 5P5WA 5J25A 3OXWA 1EBYA 5P8VA 2ZJMA 5P8SA 1WBKA 5P1BA 3OUDA 3BUHA 5HE7A 4YD3A 4GJBA 1YTJA 5P0XA 3OTSA 5P1AA 5P7HA 3LPJA 1FG8C 2I4UA 3TKWA 3TPRA 2HS2A 5P05A 3GGXA 1HVLA 4Y54A 2G20A 1YM2A 5P3UA 3VF7A 3PI5A 2AZBA 2AOFA 1NPVA 2XYFA 4F75A 5IVQA 5P5SA 4K4PA 2QZKA 2FGVA 3OQAA 5OZMA 1U8GA 5P66A 3DOXA 4I8WA 5P29A 5P8PA 1W50A 2QHYA 5P6RA 3QS1A 5P5OA 1GNMA 5P5CA 4DJVA 4RCDA 4CPSA 3FNUA 4J0PA 3ZL7A 4YBFA 5I3YA 4B1EA 5P7VA 5P2YA 4BFDA 3DV5A 1ZSRA 1PROA 2FNTA 3PSUA 2Q3KA 5P54A 4ACUA 1F7AA 3O9AA 1GVTA 3OU4B 4DQEA 2HIZA 5P1SA 2HAHA 3GI6A 1FQ4A 3BGBA 3M9FA 1LYAB 1AXAA 2QI6A 5OZ7A 3MSKA 5P6SA 5P6NA 3OK9A 5EZXA 3U6AA 4I10A 3G72A 5OZCA 5P3IA 5P8GA 4AA9A 4Y3MA 5P5VA 5FIVA 2AODA 3UQPA 5P2FA 2PSVA 4OBKA 3JVWA 1B6MA 2P3BA 4ZPGA 5P0OA 1ZBGA 1ZPKA 5P87A 3WB4A 5OZ4A 2BKTA 5ISKA 3QVIA 3WSJA 2VJ6A 5HU1A 3RU1A 2IL2A 3BXRA 2FGUA 3URIA 4QJ6A 2F8GA 5OYXA 2IQGA 2R9BA 5P0UA 4DQFA 1K1TA 3D1XA 2AOGA 1B6JA 2ZHRA 5P24A 1MRWA 2BB9A 1FKNA 4JP9A 4NPUA 5P6KA 3VF3A 4Y57A 3NU5A 5E5JA 3IN4A 3TKGA 5P7YA 3EKTA 2JYSA 4K4RA 1ZPAA 1UH7A 2RENA 5P8HA 5BWYA 3UDRA 5OZBA 1SIPA 5P4YA 1YG9A 5P15A 2WEZA 4LAPA 5OYYA 3VYFA 5P58A 5P0QA 4CPWA 2OHMA 3LZUA 3BUGA 3EBZA 3KMXA 5P5TA 4DPIA 3OUBA 3UF3A 1HPXA 5P6JA 2BPWA 3BVAA 3UHLA 3IGBA 3VLBA 3AIDA 3VV6A 5P23A 4OC6B 3MSJA 1IIQA 4DQHA 4WY1A 4AZYA 5P68A 2Q64A 5OZ1A 2SAMA 5P6VA 4Y4XA 4RYCA 2RMPA 2WJOA 3PMUA 1OEWA 2P3DA 2AVQA 5P7LA 5P4GA 1T6EX 4B77A 3KM4A 4Y5GA 1K1UA 1HVIA 5HCOA 3BHEA 3Q4BA 5F00A 5OZWA 5P44A 2V16C 5P2JA 4EQ0A 4QJ9A 3T7XA 3QP0A 5KQYA 1EBWA 4Y4BA 4OD9B 3U7SA 3GW5A 1ENTE 5P60A 4YCKA 4EP3A 2H6SA 2O4PA 4U7VA 5OZRA 3OU3A 7UPJA 4Q1WA 4TVHA 5P6TA 4OBJA 5AGZA 2QMFA 5P7QA 3OAGB 5P35A 4R95A 5P00A 2RKGA 4DV9A 2Q55A 5P5ZA 1WBMA 2JE4A 4L7JA 4FS4A 2QMGA 2Z4OA 2QZXA 2G24A 2OHKA 5IS4A 2AOEA 4D8CA 3C9XA 3QVCA 3GGVA 4I0JA 4KUPA 5P26A 3IVIA 2HB3A 4GJ5A 5P0KA 5P1LA 4GMIA 2FS4A 1D4HA 3DK1A 3PI0A 4QLHA 3IXJA 5P4QA 3ZKSA 1PPKE 1FIVA 4H3IA 5P5XA 2AQUA 1BWBA 1HHPA 5P7EA 3QI1A 5P5PA 4YHQA 2G1OA 3GI4A 5P43A 4GJ8A 1KJ7A 3T7PA 4I8ZA 1DIFA 5P48A 5P0EA 1E5OE 5P56A 2ZHVA 3U71A 4CKUA 1D4JA 1M0BA 5HD0A 1HPVA 2I4XA 1HSHA 4HDBA 5P7FA 1A30A 3URJA 3PB5A 1ME6A 4ZLSA 3T6IA 2AVOA 4FGXA 3GGUA 2V13A 1NSOA 2UXZA 1BDQA 1MUIA 3EKPA 4HEGA 2PK6A 1RV7A 5AH8A 5UPJA 4AMTA 1HEGE 5P8UA 4DQBA 5F01A 3PBZA 5AH9A 1QS8A 4NJVA 3I25A 4Q1NA 4RCFA 1KJHA 3Q3TA 5P01A 1QRPE 5P4FA 2QU3A 4I0GA 4Y3RA 3VSXA 1DMPA 5P1IA 3PWRA 2G1NA 1SDTA 5P4CA 4RGHA 5P8NA 2MIPA 3B80A 5P2VA 5AH7A 1EAGA 3R4BA 3EM3A 1ER8E 4I0FA 2Q54A 3R2FA 5P70A 2ZJIA 2PMAA 5APRE 5P2MA 3SFCA 5P49A 3UPJA 3ZKMA 4PHVA 1HVCA 4FRIA 4MC9A 5OYTA 4S1GA 2P3CA 5P7CA 4B00A 1IZDA 1HSIA 5P7RA 1CPIA 1PSNA 2G69A 2QHZA 3BC4A 4H3GA 4FLGA 4GIDA 1HPOA 5T4SA 3ZKIA 5P32A 2OHSA 3KF0A 1E81E 2P8HA 1FLHA 5SXNA 3SA9A 1GNOA 1FF0C 3D1YA 5P47A 5P4UA 3LNKA 3UDQA 3CIDA 6APRE 3CYXA 4NPTA 1W5VA 3PMYA 8HVPA 5P75A 1MT7A 3KA2A 2FMBA 1FMXA 1MPPA 5P6IA 3EXOA 1HEFE 4ZPFA 4Y4DA 3RSVA 1FG6C 4Y5NA 5OZ0A 4Y43A 2G21A 5P52A 5P80A 2VA6A 4YD7A 5P69A 3T11A 5P6HA 2HB2A 3NXEA 5P38A 3UQUA 1GVWA 2R43A 5KOSA 3OGPA 3QAAA 2P3AA 3LIYA 4GYEA 4Y3FA 4YD5A 2I0AA 4B05A 1Z1HA 4DJRA 3FNSA 4J1KA 2ER6E 1Q9PA 2IGXA 3INHA 5P28A 2AOCA 2NNKA 1HTGA 2B8VA 5OZAA 1PFZA 5P1EA 5P7OA 5JG1A 4FM6A 1PSOE 5DR1A 5P0DA 4CP7A 1N49A 1HVJA 3KDDA 2Q15A 1HVHA 3BXSA 1D4YA 5KQZA 2JXRA 4LBTA 5P81A 1APWE 5AHBA 5OYQA 3SA5A 5P6DA 1B6PA 5AHAA 4J1CA 2BPXA 3L3AA 4Y5AA 4I12A 4LXAA 5HE5A 5B18A 1ODXA 4OBDA 5KOQA 4DH6A 1MSNA 2WF4A 4J0ZA 3DV1A 2WEDA 1FFFC 3N3IA 5DQCA 1SGZA 4DPFA 2VIEA 2VIYA 2AIDA 3VF5A 5KR2A 1NPWA 5P2QA 2NXLA 2FDEA 2PC0A 5P0AA 3K5GA 1NPAA 5P0GA 4OBZA 3PRSA 1QBRA 5P4BA 2B42A 2WEAA 3S56A 3UFLA 5AHCA 5OZQA 3L5EA 3PHVA 2QK5A 3QBFA 1G0VA 4B0QA 5HE4A 3SAAA 1XN3A 3G6ZA 3UFNA 4NJUA 4FE6A 3D1ZA 4Y3XA 4ACXA 3H0BA 4TVGA 5P3FA 4RYGA 4I0DA 1MVPA 2G27A 4Y3NA 5OZLA 5P3NA 2OHNA 4PEPA 3DJKA 1ZTZA 4K9HA 1EPME 5P17A 2VA7A 3O9LB 3EL5A 5OYZA 1EPQE 3PGIA 1T3RA 1TCWA 1APVE 4U7QA 3O9CA 3HW1A 4Y3EA 4Y4AA 5P2XA 1PPME 4Y3GA 1UPJA 4XX4A 4HDPA 3BUFA 5C9DA 3L5BA 1HRNA 4M8XA 4ZSRA 3BVBA 5P20A 3UQXA 2QNNA 5P30A 5P0YA 2Q63A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2V0Z C;  4Y3T A;  4HZT A;  2WF3 A;  5DR0 A;  3VYD A;  2F3F A;  4OC6 A;  4J1I A;  5P89 A;  4FM7 A;  1IZI A;  5P5F A;  1HVR A;  5P1O A;  3NU4 A;  1K6P A;  3LIV A;  5P0B A;  3ZKX A;  5P2Z A;  3OUA A;  5KAO A;  5P0H A;  5KQF A;  5P5A A;  4OD9 A;  3K5D A;  5P73 A;  3L38 A;  4Y4U A;  1WKR A;  5P7D A;  5P0F A;  3KFR A;  3K4V A;  1K2B A;  5P84 A;  5OZE A;  5P5Y A;  4H3F A;  5P5J A;  3ZPU A;  2Z54 A;  1B11 A;  2VKM A;  3OAG A;  5HDU A;  1G35 A;  1BVG A;  1SDU A;  5IVR A;  4YOB A;  3LIZ A;  3HVG A;  3L5D A;  2FXE A;  4Y3J A;  4Y37 A;  4Y5C A;  1W6H A;  5OYV A;  5P3L A;  2BJU A;  4GJA A;  4Y4W A;  4RVI A;  4I0E A;  3O9E A;  1EPR E;  1AZ5 A;  1GVU A;  4Q1X A;  3WZ6 A;  1MT9 A;  5P2S A;  1IZH A;  1HPS A;  3PEP A;  2QMD A;  3HZC A;  5HCT A;  5P1T A;  3UDM A;  1Z1R A;  4FM8 A;  4XXS A;  3KT5 A;  3OQ7 A;  5P4L A;  3OWN A;  2QD7 A;  4EJ8 A;  5P02 A;  5P1K A;  5P0C A;  3NLS A;  3TLH A;  4ZSM A;  2XYE A;  3LZY A;  5OZ8 A;  2ZHU A;  2O4K A;  4QGI A;  3SA3 A;  1ZP8 A;  5OZJ A;  3PSG A;  4Y3Y A;  2QI4 A;  1MTR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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