5KR8A

(4~{s},6~{s})-4-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-6-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-4-methyl-5,6-dihydro-1,3-thiazin-2-amine (compound 5) bound to bace1
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
359
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of S3-Truncated, C-6 Heteroaryl Substituted Aminothiazine beta-Site APP Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 359
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kr8A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kr8A02
3SAAA 1AJXA 3D20A 5P69A 1PSNA 4MC9A 4JPCA 2FIVA 5TOLA 3VLAA 3TH9A 5P6CA 3LIXA 5P3VA 4B0QA 3D91A 4QJ6A 2VA6A 5P6YA 4B05A 5P0PA 4WY1A 1BXOA 1W5WA 5P38A 1QS8A 2QHCA 4DH6A 5OZDA 1D4LA 3K5DA 4ZPEA 2WECA 5P0MA 5P3TA 1TZSA 4J1EA 2AVQA 1LYWB 1C70A 1SP5A 2VS2A 4Y38A 1WBMA 1ZAPA 4FIVA 1HVCA 4TVGA 2R43A 5P0YA 1HVJA 1SDVA 2B7FA 2A4FA 4CP7A 1KJ4A 5P2TA 1LYAB 1GNOA 2EWYA 2HB4A 4I1CA 5F01A 1BWBA 4YD4A 3OQKA 4ZPFA 5OZTA 3OUDA 2ER7E 2OHTA 5P2NA 3QROA 3R1GB 4FAFA 3KF0A 5P0XA 5P1KA 4F75A 2WEDA 3OUCA 4DJVA 1IIQA 2OHMA 4DV9A 1SIPA 5P82A 4GJ8A 4FM7A 2A1EA 1HSGA 2PC0A 2F3EA 3TTPA 4J1IA 2FMBA 3PVKA 1FQXA 4RCDA 3O9BA 4J1FA 5P8HA 1HPOA 3BXSA 5P59A 3OU4A 5P88A 3UFNA 4ZSQA 4Y37A 5P51A 5OYZA 3TPRA 5P87A 5OZVA 3CKPA 4Y4EA 5P3CA 4Y53A 5P86A 1K2CA 3K4VC 2Q55A 3IGBA 1RV7A 5OZLA 1FMBA 4GIDA 4YCTA 3UDRA 2IDWA 4DFGA 4NJTA 4J0YA 4Y5GA 1SGZA 2QI0A 1T6EX 5P74A 5P1DA 3L3AA 4LP9A 3KDDA 4J0TA 5P6JA 3OAGB 1QRPE 5P28A 4I0IA 1G6LA 3LIQA 1HIHA 3NDUA 2WHHA 5SY2A 3SQFA 3SA8A 2BB9A 5P04A 4PYVA 5P3AA 3UDYA 3VSXA 3T3CA 5P1JA 5P7BA 4DQCA 2BPVA 4Y57A 5P0UA 2UPJA 1Z1RA 3OXXA 5P3HA 5OZ0A 2QP8A 5P25A 1BDLA 3LIZA 4Y4GA 4GJ7A 3GI5A 2R5PA 4RRSA 1B6PA 4BFBA 2P83A 5P17A 2FDPA 5APRE 3CYWA 4L1AA 5P39A 1ODXA 3N3IA 3R0WA 3S2OA 4Y5CA 3FSMA 3URJA 3EC0A 3ZKSA 2OHQA 3PB5A 4WTUA 2QZXA 2FGVA 3WZ6A 4R8YA 3OXCA 1B6MA 2I4VA 5P7TA 5P8OA 5KR1A 4Y3SA 3L5DA 4YCKA 2QU3A 4NPUA 3UQRA 5P1AA 3UDJA 5OZ8A 1DPJA 4A6CA 3I25A 2G20A 5P6UA 2NXMA 4FM8A 2F3FA 2G1OA 4XX3A 3DOXA 1UH9A 1PSOE 1W5XA 5P4YA 3CYXA 1HEGE 4JECA 3BC4A 2WF1A 1HSHA 4FRKA 3EKXA 3HBOA 1BDQA 3VV7A 3MSKA 5DR1A 1KJFA 1QBSA 4KE1A 4AUCA 3EKPA 1APWE 5P3XA 3LZYA 1FG6C 2I4UA 5AHAA 2HS1A 4EP2A 1OD1A 1SH9A 3M9FA 5P0OA 5IVQA 2V11C 1ZP8A 5DQ4A 4HDPA 2QI6A 3ZKXA 5P15A 2R8NA 4Y4TA 5P24A 1T7JA 5OZQA 2NNPA 3PEPA 5COPA 4OBHA 3FKTA 5P8KA 4DJYA 4J0PA 2QI1A 2AIDA 4OBZB 2ZHTA 3QS1A 4Y3AA 2Q63A 3QIHA 5P8DA 2ZJMA 5KAOA 1ZPAA 1W6HA 4B00A 2AVMA 3O9LB 1PROA 3VF5A 5OZ1A 5P6SA 3UDMA 4PPHA 3NUOA 5P0QA 1CMSA 5DR8A 2AZ9A 3AUPA 3KM4A 3SPKA 1K6CA 4Y51A 2QI3A 3BHEA 3SA7A 3L38A 1WKRA 3QN8A 5HDXA 5HE4A 3TKGA 3S85A 2B8LA 3FX5A 3NU6A 4B1EA 4APEA 5P1IA 1YT9A 3OU1A 3B7VA 2Z54A 5P1BA 3UQPA 1F7AA 3OK9A 1AVFA 5OYXA 3TLHA 5JG1A 5E5JA 2G94A 2ZJHA 4ZSPA 5P13A 1TSUA 2CENA 2FXEA 2UXZA 1APVE 1GKTA 2IEOA 1GNMA 1G35A 5P7LA 4LL3A 2R5QA 2QHYA 1HPVA 4DUSA 4L1AB 4Y3FA 1MESA 5P05A 4J0VA 1AJVA 4RVJA 5P6MA 3SKGA 5P4SA 3O9HA 4FGXA 5P45A 5P4FA 1MSNA 2P3DA 3SA5A 1AZ5A 2F80A 4BFDA 5KQXA 2PWRA 3LZUA 5P33A 5C9DA 3DV5A 5P3KA 5CLMA 3DCKA 5OZSA 3SA4A 5OZEA 4U7QA 5P6KA 4Y3PA 5P1TA 2AOHA 3ZPTA 4Y4WA 1TQFA 3K1WA 3RSVA 3K5GA 5HDZA 3MXDA 3O9FA 4GJCA 2AVSA 2PYMA 5DQ1A 5P0HA 2G21A 5P4HA 4GJAA 2APRA 2VJ9A 2OAHA 1HTRB 5P2HA 5P2BA 3PI5A 4QLHA 2ER9E 2BPZA 3S8IA 3U71A 4AMTA 3LPIA 1MPPA 5PEPA 2MIPA 4HLAA 4DJXA 5OZOA 2OHUA 4I0HA 3QRMA 1ER8E 1XS7D 3S54A 2NXLA 3OXVA 5OZHA 4Z22A 3PGIA 5P0LA 3K5CA 1EEDP 3TNEA 3UPJA 2IL2A 5OYQA 4L7JA 5J25A 4YDFA 4DJWA 4OBKA 3IXKA 3DCRA 4Y4BA 5P63A 4Y5AA 3ZPUA 4TRWA 4JPEA 4OD9A 5P7PA 4L7GA 5P0IA 1DAZC 2CEJA 5AGZA 2WEBA 2P3CA 3OY4A 2BKTA 5ER2E 5P6TA 4YOAA 5ENKA 5OZ4A 1ZSRA 5OZNA 5P36A 5P3SA 3ZL7A 2SAMA 3SFCA 2WF0A 4MC6A 5OZ9A 3IVHA 4EJKA 5P3LA 1IVPA 4YBIA 4FSLA 4ZLSA 3PBZA 2WEZA 1K1UA 4D8CA 5P5DA 2G27A 1EPQE 2QD8A 4RVIA 2I0AA 3OU1B 4JP9A 5P07A 2QAKA 3LITA 5P0TA 3NWXA 2IGXA 2V16C 4WY6A 4Y50A 5P5KA 2QNNA 3ZLQA 1D4KA 3VYEA 5HU1A 1A8GA 5B18A 2PSUA 5P3MA 1PPKE 3NR6A 2QZLA 3S43B 2QZKA 2PWCA 4Y39A 5P1WA 4RYGA 4FLGA 2B60A 2ZDZA 3PSYA 5T4SA 3G70A 3GGUA 5DR7A 4RROA 5P1NA 5P6HA 3OXWA 3KFSA 5P54A 4HZTA 1RL8A 5ISKA 1AM5A 5P7UA 5OYUA 2OHPA 5P89A 3QVIA 3NU9A 1XE6A 1IZEA 3U7SA 1HVHA 4EJLA 3KDCA 4Y4UA 2ZJIA 5P8RA 2I0DA 4EPJA 5P3OA 5IVRA 2OHSA 4ER4E 1HTEA 4LAPA 1LYBB 4OC6B 3UF3A 5P8EA 5P35A 1GVUA 5P7JA 1JLDA 3BVBA 4RCFA 2BPXA 2AOFA 5P52A 3TOFA 5OZ6A 2ANLA 3TOGA 5P2UA 3HAWA 5C9BA 5P8VA 3LNKA 2QMDA 5FIVA 5P34A 2QZWA 1UPJA 2AODA 4OD9B 5HU0A 4Y3LA 5P0AA 1ZTZA 2WF4A 2BBBA 2R9BA 5P6AA 2WEAA 3UDPA 1HPXA 3HD8A 2ZHVA 3CMSA 3BXRA 4Q1WA 3QP0A 4Y3RA 2P3BB 5P5GA 3TPLA 3KFPA 3NDXA 3EL4A 1YG9A 3CICA 1FIVA 5P03A 3LINA 4J5JA 1A30A 1LF2A 1G2KA 3OADB 5DQ5A 1MSMA 3S53A 1SMEA 3PWWA 3APRE 1YTGA 1MT8A 5P7KA 4DQEA 1A9MA 3GGAA 3PCZA 5AH8A 1HTFA 4CPUA 1EC0A 5P1QA 5OYYA 4U8WA 5P5HA 3NXEA 5P4JA 1ZSFA 4ZEAA 5P6OA 2PYNA 1IDBA 1HVLA 2B8VA 3WB4A 4A6BA 1RQ9A 4EXGA 4YOBA 3B80A 3S7LA 5P83A 4Y3EA 5P8MA 2FDEA 1MTBA 2G69A 2O4PA 1YM4A 1IZDA 1LS5A 3IN4A 3PMYA 4EJ8A 3IVIA 1PFZA 1K6VA 3RTMA 5P5RA 2VA7A 4I10A 1B5FA 4NPTA 3PI0A 1F34A 3EKQA 2H6SA 4B70A 2VA5A 2IENA 4HVPA 4K4PA 5HTZA 1A94A 1SMRA 3OUBA 5I3YA 1BVEA 3HDKA 4YD5A 1HRNA 2RMPA 2VIZA 5P79A 3OOZA 5P4VA 3R0YA 5OZWA 3IXOA 3D3TA 3Q5HA 4Y36A 1K1TA 1EPOE 3OGQA 2J9KA 3L5EA 5P5MA 5P8JA 2NPHA 1QBUA 2IRZA 3NXNA 2PK5A 5P4BA 1EC3A 4Y3NA 2Q5KA 1W5YA 4H3GA 1FLHA 5P2SA 3FNTA 3I8WA 5P6RA 5OZUA 3SKFA 1EPRE 8HVPA 3EM4A 3EKVA 5P2IA 5IE1A 5KOSA 4DJPA 3LIVA 5P68A 4YBFA 5P1VA 5P7YA 1MTRA 3PMUA 5OZKA 3EMYA 3WB5A 5P5EA 4ZPGA 2ER0E 1HIVA 5OZFA 1BV7A 3FNSA 5P7EA 5OZ2A 3GGXA 5P5VA 1EPNE 1D4JA 2JE4A 1KJHA 5EZXA 3LPKA 3A2OA 4MC2A 5UPJA 3O9IA 4EXHA 1KJ7A 1YX9A 2HM1A 5P31A 2ZHSA 3URIA 2BKSA 5P3EA 3O9DA 5P12A 4Y3DA 3H0BA 5P4GA 5P0ZA 5C9FA 3L5CA 5P8CA 5P4LA 2XFKA 4CPRA 3IXJA 3BUGA 4ZIPA 3GI4A 3OTYA 5P7MA 5P3BA 5P76A 5HD0A 5P20A 1M43A 1YTJA 5P4XA 5P4QA 4Y41A 5P2RA 3AIDA 1T7IA 4RYCA 3ZKNA 2FS4A 4YE3A 5P3PA 3SACA 4Y48A 4CPQA 3OUDB 2QNPA 5P2XA 2FLEA 2FDDA 1EC1A 2I1AA 5P84A 1EBYA 4KUPA 1AAQA 4L6BA 4BEKA 1CPIA 1XE5A 2IGYA 3O99A 3PM4A 1GVXA 5P8PA 1HOSA 2WF3A 3NDTA 4Y58A 3QPJA 5P4MA 3FNUA 2I4DA 2VNMA 2OHNA 2B7ZA 1OEXA 4PZXA 3OQDA 1ME6A 3INHA 4M8XA 1YM2A 5KR8A 3OU4B 5KQFA 4Y56A 1B6JA 1HEFE 4ER1E 5P77A 1W50A 3I7EA 2PH6A 5P5TA 1QBTA 1Z1HA 1DP5A 2BJUA 5P4NA 2PMAA 2AOIA 4Y43A 3HLOA 3SA3A 4B1DA 4YDGA 2QMFA 2V12C 3FV3A 5P6XA 5P6VA 1U8GA 3APPA 3IAWA 4GMIA 1FEJC 4D89A 4EYRA 5KQYA 1FG8C 2PQZA 3KFRA 5P1UA 3ZPSA 4Z2ZA 5P1RA 1FQ5A 5DPZA 3PHVA 1EBKC 3U6AA 1B6KA 3ER3E 5P8UA 1G0VA 1LF4A 4RVXA 4APRE 2JJIA 5HE5A 4RCEA 1M0BA 3DUYA 2JYSA 2BQVA 3ZKMA 5AH6A 5P18A 5JFPA 3UDNA 5AHBA 2HS2A 5HCTA 3SABA 1E5OE 1YTHA 3O9CA 5AH7A 5P0KA 1NPVA 1T7KA 3HAUA 3IA9A 2G1YA 5P29A 3NU3A 4DI2A 2ZHRA 3RVIA 4Y45A 4JOOA 1FGCC 3F9QA 4DJQA 4K4RA 5P16A 3RSXA 2R3WA 1MERA 1HVSA 4J1CA 5KR0A 4RGHA 1K6TA 2IKUA 4DQFA 1EPME 4RRNA 2QCIA 4H3IA 3Q3TA 2HB3A 3QVCA 3VFBA 1QDMA 5P3QA 5P0WA 5P01A 4I0ZA 3CKRA 4Y3TA 4Q1YA 4R91A 5P6QA 5P00A 3BUFA 2AOCA 3BVAA 5HDUA 5P85A 3QRVA 5P0BA 5OZMA 2OHLA 4FRIA 4H3JA 5P2MA 3VYDA 5P60A 5OYTA 1MT7A 4FL8A 2Q15A 5IS4A 5P7FA 4OBFA 4Y4ZA 1XDHA 5P6NA 3SA9A 3G6ZA 3FIVA 1SGUA 2FGUA 4GJ6A 1VIKA 3PSUA 1M4HA 4I0EA 5P5PA 5OZPA 4AZYA 5P81A 4MC1A 4CPTA 1WBKA 3PWRA 3KFNA 1APUE 4CPWA 3VCMA 3UDHA 3SLZA 4HA5A 1D4SA 2NNKA 3GW5A 5P1GA 1E80E 5P6LA 2WF2A 2O4SA 2O4KA 1KJGA 2AOGA 5P5XA 2VIJA 4XXSA 4NJSA 3KMXA 3MSLA 5P5QA 5P2YA 5P50A 4Y5KA 5P64A 3EXOA 5P3IA 5P7SA 2OF0A 2HPEA 3EL5A 3O9GA 1Q9PA 5P5OA 2NR6A 1BV9A 4I0FA 3SM1A 5P5YA 4Y5BA 4RLDA 3O9AA 5P1PA 3TPJA 1FKNA 4ZSRA 1TCWA 3VFAA 3OQFA 3EKYA 2VJ7A 1MUIA 5P4EA 1BDRA 2Q3KA 5P42A 5P0RA 1D4YA 3VF3A 5P8AA 1W5VA 4LHHA 5P55A 5P30A 3OHFA 5P7ZA 5P4WA 4CPXA 4YD7A 5OYRA 3VUCA 3UTLA 4AA9A 5P7WA 5E5KA 5P2DA 4I0JA 2VKMA 7HVPA 4B77A 3R4BA 4GJBA 4GYEA 4L7HA 1A8KA 3KDBA 1LYWA 4F74A 1ZLFA 1HWRA 3URLA 5I3VA 4LXAA 1GVTA 1T3RA 4LXKA 4CPSA 5HDVA 5P5IA 5P0SA 5P2FA 3TOHA 5P1SA 2V13A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAA A;  1AJX A;  3D20 A;  5P69 A;  1PSN A;  4MC9 A;  4JPC A;  2FIV A;  5TOL A;  3VLA A;  3TH9 A;  5P6C A;  3LIX A;  5P3V A;  4B0Q A;  3D91 A;  4QJ6 A;  2VA6 A;  5P6Y A;  4B05 A;  5P0P A;  4WY1 A;  1BXO A;  1W5W A;  5P38 A;  1QS8 A;  2QHC A;  4DH6 A;  5OZD A;  1D4L A;  3K5D A;  4ZPE A;  2WEC A;  5P0M A;  5P3T A;  1TZS A;  4J1E A;  2AVQ A;  1LYW B;  1C70 A;  1SP5 A;  2VS2 A;  4Y38 A;  1WBM A;  1ZAP A;  4FIV A;  1HVC A;  4TVG A;  2R43 A;  5P0Y A;  1HVJ A;  1SDV A;  2B7F A;  2A4F A;  4CP7 A;  1KJ4 A;  5P2T A;  1LYA B;  1GNO A;  2EWY A;  2HB4 A;  4I1C A;  5F01 A;  1BWB A;  4YD4 A;  3OQK A;  4ZPF A;  5OZT A;  3OUD A;  2ER7 E;  2OHT A;  5P2N A;  3QRO A;  3R1G B;  4FAF A;  3KF0 A;  5P0X A;  5P1K A;  4F75 A;  2WED A;  3OUC A;  4DJV A;  1IIQ A;  2OHM A;  4DV9 A;  1SIP A;  5P82 A;  4GJ8 A;  4FM7 A;  2A1E A;  1HSG A;  2PC0 A;  2F3E A;  3TTP A;  4J1I A;  2FMB A;  3PVK A;  1FQX A;  4RCD A;  3O9B A;  4J1F A;  5P8H A;  1HPO A;  3BXS A;  5P59 A;  3OU4 A;  5P88 A;  3UFN A;  4ZSQ A;  4Y37 A;  5P51 A;  5OYZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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