5KRSA

Hiv-1 integrase catalytic core domain in complex with an allosteric inhibitor, 3-(1h-pyrrol-1-yl)-2-thiophenecarboxylic acid
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
146
Chain Sequence
DSSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPYNPGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase, transferase/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title A New Class of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors Identified by Crystallographic Fragment Screening of the Catalytic Core Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 146
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5krsA00
4E19A 1TGOA 1B9FA 3QEPA 3VQ6A 4FZYA 3AA5X 5T7BA 1GOBA 4CJVA 3SUOA 1ZBUA 3KLFA 3AV9A 4DU1A 1VSKA 3KTQA 2OPRA 4DLEA 1KSPA 4OGEA 3ASMA 1HYVA 1IKWA 3K57A 4CF2A 2QXFA 4CGFA 4KHNA 2YKNA 4FM2A 4DF4A 3VQ7A 4MFBA 3SPZA 4M3WA 4CEQA 3LALA 4FJ8A 3OVNA 1NKEA 1S6PA 2DFEA 4FLUA 3M8RA 1HNVA 1LAVA 4O4GA 4CFCA 1B92A 4FCYA 3AO5A 4NYFA 2D5RA 5J2NA 4M3YA 1IKYA 3ALYA 4ICLA 3EYZA 2VWJA 4CJWA 2O4GA 4C8NA 5D3GA 1RTHA 3CYMA 4DTNA 3VQPA 2E6LA 4CHYA 1QS4A 3NGIA 1VSIA 2ZE2A 3HPGA 4AHRA 4CJSA 3OY9A 3QO9A 3EY1A 5HROA 4DTXA 4WE1A 1LW0A 4DQSA 4FJXA 1NK8A 3OYJA 1IO2A 3RMDA 4CJUA 3AA2A 1T7PA 4FJHA 2FBYA 3AVFA 3AVAA 1NOZA 5KI6A 4AILC 2FBTA 4XIUA 1FKPA 3VQCA 1S5JA 3EZ5A 2HHSA 1L3UA 1S1XA 4O0IA 3K5OA 4JS5A 4DSKA 3ZT4A 3AVKA 3L2RA 1JLEA 4B9NA 4IG0A 3JSMA 3AA3A 5J1EA 3DOKA 2XY7A 4E1MA 1RILA 4CECA 4J2AA 3VQ8A 4CEAA 1VSLA 4LY7A 3HL8A 4KHSA 5KTQA 3QESA 4Y1DA 1RDCA 3F73A 3VQQA 4HUGA 1CZ9A 4ELVA 3SUQA 1MU2A 4FJ5A 4Q0BA 4AHSA 3MEGA 2PYJA 1KCFA 3QEXA 1I3AA 5KGXA 3QLHA 1FXXA 3LAKA 4PUOA 1TKXA 4CK2A 4PY5A 4H4OA 4Z4FA 3HSTB 3AO2A 1JLFA 4RW6A 4DLGA 1JL1A 2VG5A 4FJMA 4KHWA 4B9UA 4E1NA 3QEIA 1UWBA 3SCXA 4KPYA 3AO1A 2QKBA 4OPJA 3OYDA 1XWLA 3V1RA 4CJQA 4DFJA 3C6UA 4LSLA 3KK3A 4RW8A 2YNHA 4OKEA 3NHGA 3TAPA 4DTUA 1XI1A 3OYLA 2HW3A 4CK3A 3LWLA 3V1OA 3KLGA 4YNQA 2G8HA 4KO0A 2P5GA 2OPPA 3AVIA 3L8BA 4NCAA 2LSNA 4DTPA 2O4IA 3M8SA 3OYCA 2F96A 4R5PA 1ASUA 1NJXA 1TL1A 2D0AA 1WSEA 1BCMA 3AVHA 4RW9A 3KKSA 2OPSA 4CHQA 3ZSOA 3OYGA 1S9GA 4FLVA 2G8VA 3HJFA 4CGHA 2IC3A 4AHVA 1G15A 1CXQA 3V6DA 2B5JA 1XHXA 4BE2A 3CFOA 4IFYA 1WSFA 3DYAA 1Q9XA 1NK7A 3S3MA 1TKTA 4DSJA 1IKVA 1SUQA 4HUFA 4KRFA 2KZZA 3AVBA 4W5TA 3HPHA 2WOMA 4BE0A 1EX4A 3KK2A 3LP3A 3MAQA 3QEVA 1ZYQA 1NOYA 4EZ6A 4I9QA 3DM2A 1N6QA 5SWMA 4C8LA 5J2MA 2X6SA 4HCCA 3OYEA 3VA0A 1NK0A 3WNFA 5K14A 4CGDA 1D9DA 4CESA 2RPIA 4KTQA 1IH7A 3VN5A 3NDKA 4BWMA 1K6YA 3V9WA 3HYFA 4CEFA 4KAZA 2DFHA 2ITGA 4LH4A 1QE1A 1UOCA 3VQDA 5CZ2A 3M8QA 4H4MA 1B9DA 2Z1HA 4CERA 2HHXA 4E0DA 1BGXT 1VK0A 4C8KA 3TANA 4CIFA 3HK2A 1L3TA 3ZT3A 1EKEA 1S1TA 3HPOA 4M3UA 3O3FA 4FLYA 4PWDA 3LZJA 3SV4A 1NJZA 1QSLA 1VSEA 2OZMA 3NF6A 4GMJB 3SUPA 4EZ9A 4E7KA 3UIQA 1NK5A 3O4NA 3M8PA 4CFDA 2BDPA 3LPTA 4C8MA 3KLHA 3SPYA 3VQEA 4FJ7A 4FK0A 4GVMA 4O0JA 3QNOA 1RBVA 1HNIA 2DFFA 2KTQA 3L2VA 4FM1A 2Z1JA 4FW1A 2A1SA 4DFKA 3MEDA 3VQBA 1RT4A 4CJKA 3OS1A 1L5UA 3G10A 1ZBHA 5HBMA 1SV5A 2VWKA 4Y1CA 3JYTA 3PV8A 1YTUA 3MXJA 2HVIA 4JRPA 3LWMA 1I39A 3NF9A 2DTUA 1BIZA 4Z4IA 3QERA 1RBUA 5FDLA 1TK5A 2GV9A 4F3TA 2ZD1A 4UQGA 2HMIA 1UAXA 4N47A 3HM9A 3KD1E 2JLEA 1EETA 1KFDA 4NCGA 1FK9A 2BANA 2P51A 4Q5VA 4F8RA 1RBTA 1TAQA 2KQ2A 3RTVA 1BCOA 1W9HA 2YNFA 4DFPA 3L3VA 1QSSA 3NGZA 3AVCA 4JLHA 4CHPA 3TAMA 2IDOA 3WNEA 3BDPA 1HJRA 3I0RA 4DQRA 4MQ3A 4H8KA 3PX0A 1JLCA 2YKMA 1LAWA 1Z25A 1VSFA 2RF2A 4FK2A 3AVMA 3T1AA 2FC0A 2X74A 3QETA 3OYMA 3THVA 3LANA 1N5YA 4CEBA 1HYSA 3U3YA 2EX3A 4FJNA 4K8ZA 2PY5A 2P5OA 4B9LA 5CY4A 1S6QA 4AHTA 3V9UA 4E7IA 5DK5A 3RMAA 2I5JA 1QSYA 1TL3A 3IAYA 5HRPA 3T19A 4OKJA 1HYZA 1L3VA 4FJJA 5HP1A 1CZBA 5DMRA 3S9HA 3PY8A 1ASWA 2XRIA 3FFIA 1HQEA 4CGIA 2EHGA 5HRNA 4DTOA 3NE6A 3QIOA 3TAQA 1RDDA 4ID5A 3U6FA 1NJYA 1C0TA 2Z1GA 2Z1IA 3IG1A 4LH5A 4CF0A 3DLEA 3CFRA 4O55A 3CFPA 4OLBA 3NFAA 4IFVA 1S9EA 1C1CA 1NK6A 2HHUA 3P1GA 3AO3A 4CEEA 1ZBIA 1TAUA 4E89A 3QEWA 3SNNA 3MXMA 2VG7A 2RKIA 3HT3A 1SL0A 4DS4A 1U49A 4JRQA 1F21A 2E4LA 2P1JA 1C0UA 4B8AB 3PUFA 3OYHA 3TABA 4OVLA 3S3OA 1A5XA 4CHNA 4DFMA 4CGJA 1Q9YA 4B9SA 4M3ZA 1S1UA 4M42A 2E6MA 3RR8A 3ZSVA 3DLKA 5KRSA 4FVMA 4CJFA 1JXBA 4KTZA 4F2SA 4KFBA 4Z0UA 1T05A 4J2DA 1ZBFA 4J2EA 1BI4B 2A1RA 1C1AA 4E7HA 3HP6A 4CJEA 4CJ5A 4AHCA 3KD5E 2F8SA 2IOCA 2OA8A 3IS9A 1SL2A 4B9TA 1WN7A 2X6NA 3KIOA 3PX6A 4CJ4A 4DF8A 2AJQA 3LPUA 5FRNA 3HVRA 3ZSWA 1C6VA 1Y97A 3CM6A 2X78A 3IRXA 1BISA 4FJGA 3S3NA 3VQ9A 4W5RA 2G8WA 3AVJA 1QHTA 3DRRA 4Z4CA 4I2PA 3NF7A 1KTQA 1W0HA 5FROA 3PO4A 3U3GA 1ZBLA 1LWFA 3OYKA 1JL2A 1RT5A 5I42A 5C24A 3LDSA 3C95A 3LP2A 2YNGA 4PA1A 4ZHRA 4DU4A 1RT6A 4HHTA 4FM0A 1IKXA 1ITGA 3QNNA 2VG6A 3B6OA 3MXIA 4ELUA 3RR7A 3SZ2A 2HNDA 4BDZA 4KB1A 4FXDA 2Y1JA 3OYIA 3T3FA 3RMBA 3TARA 4DTJA 3TR8A 4L8RB 1LV5A 2HHWA 3K58A 3SJJA 1QTMA 3L2WA 4RW4A 3B6PA 2QK9A 4CJRA 2HNYA 5KRTA 4CEZA 3O4QA 1RT7A 3K5NA 3SUNA 1KVBA 4KREA 3DRPA 3O3HA 1WSIA 3OYFA 2Y1IA 3H08A 3ZCMA 1RBRA 4FLWA 1TVRA 4KKOA 3DRSA 4I9LA 5HRSA 3TAEA 1NKCA 4ZTJA 4FZZA 3P83D 2FBVA 2XY5A 3SQ2A 1YVUA 3ZSRA 4CJTA 4Z4EA 1JLAA 4CIEA 1U47A 3MEEA 5CYQA 1JLQA 1REVA 4CEOA 3DLGA 1QQCA 1XC9A 3RRHA 1SL1A 3QIPA 5C25A 3VA3A 2PZSA 3DLRA 3NCIA 4HCBA 3TWHA 1FKOA 4CFAA 4HVJA 3TAFA 1CXUA 2HVHA 3KJVA 3F9KA 3ZSQA 1U04A 3ZT2A 4DG1A 2HNZA 4DQQA 2G8UA 4B08A 4N5SA 2BE2A 2NUBA 1WNSA 3LP1A 1TK8A 4KHYA 1LW2A 1SKWA 4CFBA 1VSJA 2WONA 4F2RA 3HXMA 1WSHA 4M3RA 4CF9A 5E41A 1JLGA 1X9MA 1BIUA 3WNHA 1EP4A 2FBXA 5SZTA 1S1WA 3NH0A 2OZSA 1NKBA 1RDAA 1SKRA 4B9VA 4ELTA 2QKKA 1RCHA 1KVCA 4CF1A 4BWJA 3G0ZA 3D0PA 4HUEA 1TKZA 1A5WA 3RRGA 3ZSZA 3NF8A 4FW2A 4EP5A 3OS2A 2XO7A 3LZIA 5I3UA 1DLOA 2KZMA 3ULDA 4DWIA 1HMVA 4RW7A 3VQAA 3OYNA 3I8DA 3SQ0A 2ETJA 5HLFA 3RMCA 1ASVA 3RWUA 5C42A 3VQ5A 1DTTA 3L3UA 3L2UA 1R0AA 1RDBA 1S1VA 4QOZB 4PQUA 3PX4A 3OS0A 1EXQA 4DU3A 1JLBA 4I2QA 1LWCA 4CJ3A 1HQUA 4BE1A 4DQIA 1J53A 3CG7A 2OPQA 1X9WA 3AA4A 4KHUA 1VSHA 2HB5A 4IBNA 4EP4A 4CJPA 1T8EA 4CHZA 3HP9A 1J54A 2YHAA 2XHBA 5JS2A 1HPZA 3LAMA 4I7FA 1NK9A 2YHBA 4NCBA 1VRTA 5CYMA 4HTUA 4BDYA 4W5QA 5J2QA 3SV3A 4QAGA 1IG9A 4J2BA 2D0CA 1BQNA 4YFUA 1NK4A 1UA0A 1X1PA 4DSIA 4M3XA 1O1WA 1WLJA 1KVAA 4OGCA 1U45A 2BGGA 4KHQA 3C6TA 3LP0A 1BHLA 2DY4A 4E3SA 3HO1A 3DI6A 3K59A 4FJKA 4ID1A 2G8IA 2HHTA 3K5LA 4BACA 2XY6A 4RG8A 2ATQA 1Q8IA 2R7YA 1TKDA 2GUIA 4B9MA 1J9AA 3SI6A 4N76A 2D0BA 1RTIA 4AHUA 1GOCA 5HRRA 1KRPA 2HHQA 4K8XA 5CZ1A 4TSXA 2W42A 4CE9A 3ZSYA 3O3GA 3P5JA 1VSDA 5KGWA 2RN2A 3V9SA 4CJLA 4O44A 3AO4A 3PO5A 2IGIA 4CEDA 1DTQA 3KLEA 4N56A 1BQMA 3K5MA 1T03A 4CF8A 1HRHA 3TI0A 4JS4A 3V81A 2OYQA 1WAJA 2KFNA 3ISNC 1JXEA 3VQ4A 3KK1A 1WSGA 3QINA 4O5BA 1D9FA 1KFSA 1U48A 3OJSA 1L3SA 4M41A 4IKFA 2IS3A 1SKSA 2ZQBA 1RT1A 3K2PA 1GOAA 1X9SA 3C94A 3SQ4A 4CGGA 4DS5A 4FLTA 4M45A 4C8OA 3ITHA 1RTJA 1RTDA 4KB0A 3A2FA 4OKKA 3OYAA 4DTMA 3SQ1A 1TK0A 1UA1A 4DQPA 4FJIA 1BI4A 1D5AA 3KLIA 2PYLA 4IG3A 2XY8A 3AVLA 1NJWA 1WSJA 4DSFA 4CK1A 1RT3A 3BGRA 2IAJA 3V9ZA 1XHZA 1KLMA 1TV6A 3KKRA 1U4BA 4W5NA 2KFZA 1JKHA 1Z26A 4QCLA 1J5OA 4KI6A 2JGUA 3L2QA 5JS1A 4CIGA 3HVTA 4CHOA 2GBZA 2KW4A 3CM5A 1C1BA 4F3OA 4GW6A 3NGYA 4FZXC 3DLHA 3E01A 4DSLA 4DMNA 1YTAA 4NYNA 2B4JA 3ZT1A 1BL3A 3DMJA 4CCHA 4DSEA 4KTWA 4G1QA 1CLQA 1RT2A 4KI4A 4B3OA 4FJLA 3OYBA 3V9XA 1LWEA 1RBSA 1D8YA 1WAFA 2YNIA 3AVGA 3SYZA 3TAGA 2HHVA 2F8TA 3V4IA 4OJRA 4E7LA 5EU7A 5J2PA 3CQ8A 2Q3SA 3V1QA 4N41A 1C0MA 2G8KA 4OPKA 3NAEA 4B8CA 4LSNA 1VRUA 1KLNA 4LD0A 4FJ9A 3NH2A 4KV8A 4AH9A 3MECA 3NH1A 5FRMA 4OLAA 4Z4GA 3I0SA 4FK4A 3DOLA 3ZSXA 4M3TA 4BDPA 4E7JA 3DLBA 4FYDA 1VSMA 2B6AA 2G8FA 4W5OA 3WNGA 3NBPA 4Z4HA 3ZT0A 4FLXA 3OJUA 2YV0X 3D45A 4IDKA 4F4KA 3AVNA 4FLZA 4ZTFA 1YT3A 4DTSA 1RNHA 1A5VA 4DTRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NRHA 1B9FA 3QEPA 1T3VA 1IJJA 3AA5X 2VQFK 2BH1A 4MDBA 1GOBA 4IEEA 3SUOA 2OPRA 1KSPA 4OGEA 3SLCA 1BA1A 3K57A 4CF2A 3VPZA 2QWQA 3AAPA 4KHNA 2YKNA 4DF4A 2NLXA 4CEQA 1NKEA 2DFEA 4O4GA 4O5FA 4M3YA 1SQKA 1IKYA 3ALYA 5CE3A 2VWJA 4CJWA 3A5NC 3L4QA 2E6LA 3MCAB 4YOTA 2P9UA 1VSIA 4NB4A 4B9VA 3MX2A 3OY9A 4DQSA 1VQKN 4CZKA 1IO2A 4FJHA 1T7PA 3G4SN 2FBTA 2HBKA 2P9KA 3AVKA 3L2RA 4B9NA 4IG0A 3JSMA 3DOKA 3TTCA 5F2RA 4CECA 4JI2K 3WXIA 2YHYA 4CEAA 4KHSA 1RDCA 1CZ9A 3SUQA 3KWIA 4Q0BA 5KGXA 1LCUA 1TKXA 4NLBA 3OBYA 4H4OA 3HSTB 1JL1A 4FJMA 1UWBA 3SCXA 4KPYA 3WUHA 4BRAA 3V1RA 4LSLA 3BF1A 5AQMA 3NHGA 3TAPA 2HW3A 4CK3A 3V1OA 3KLGA 4YNQA 4KO0A 3AVIA 4CBWA 3FGUA 3P38A 5FPEA 3OYCA 1ASUA 3H6EA 4CHQA 3KKSA 2G8VA 4BRMA 3C7NA 2B5JA 1YXQA 3CFOA 4DSJA 4CZGA 1TKTA 2HSTA 3VEXA 3HPHA 1EX4A 1NOYA 3QEVA 1ZYQA 4I9QA 4C8LA 5SWMA 2X6SA 4JKFA 3OYEA 3EL2A 3VA0A 4H0VB 3HYFA 5C12A 1NGEA 2ITGA 4LH4A 4X65K 1UOCA 3VQDA 1KAXA 3M8QA 2Z1HA 2H3GX 4E0DA 1VK0A 3ZT3A 1XNRK 3WXKA 3FLCO 4FLYA 4PWDA 3LZJA 3SV4A 3G6EN 4GMJB 4EZ9A 4A5AA 2PAVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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