5KXMA

Hen egg white lysozyme at 100k, data set 3
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Isomerase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 55
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxmA00
1BB4A 1B7MA 1HFYA 4WM6A 1LJIA 1IO5A 3BKVA 3AZ6A 4AXTA 2Z19A 3M3UA 3RW8A 1IVMA 1WQOA 1GD6A 5LAFA 4XJGA 5A3ZA 4U3XB 1AT5A 1I1ZA 4R6CA 5C6IA 4G49A 1AM7A 2IHLA 1LJ4A 5B1FA 1QSAA 3AW7A 4WG1A 1LSPA 4WL7A 5LVKA 4I8SA 1BVKC 2BQLA 3CT5A 1IY4A 4WLDA 1LSDA 1OP9B 4TSBA 1HERA 4QY9A 1B5VA 1LZ6A 1BB6A 1JIYA 1J1OY 3T6UA 3B6LA 4DD2A 1DPWA 4OWHA 1B5UA 4H9EA 5HMJA 4DD7A 2ZYPA 4NGOA 1LJGA 1LZBA 1B7OA 4HJZA 1TDYA 1OUIA 2LHMA 1OUBA 2DBTA 4GLAA 1IP3A 1IP4A 2N5ZA 1CKCA 1YAOA 1DKJA 1G7MC 1WQMA 3N9CA 3W6FA 4DWXA 4NHPA 2BQMA 4XJHA 4YM8A 3WUMA 1LSYA 2MEHA 1LHKA 4N8ZA 4HV1A 1EQEA 2Z37A 1H6MA 4NWHA 4OOTA 1VAUA 2XTHA 3A96A 1REMA 2BQFA 1JUGA 2Z2EA 3B0KA 2EQLA 1SQ2L 1VDQA 2DQDY 2IFFY 3G3BB 1JSFA 5HNCA 3WPKA 1OUJA 4ETBA 2HUBA 2LYOA 1JJ0A 3TMUA 4NGWA 2HEAA 1BWHA 6LYZA 1B7PA 1GF3A 2CDSA 1LZGA 4H8YA 4RLNA 2PC2A 2XJWA 4WO9A 5KXZA 4KT3A 4XN6A 1UICA 2MEIA 3SP3A 1CNSA 3HBEX 4UWNA 2D4JA 4LT0A 4WOAA 1B7QA 1KIRC 1LZ1A 1AKIA 3A93A 4FDYA 4J1AA 4OWEA 3A8ZA 1UACY 2HTXA 1GFKA 3LN2A 5F14A 4H9BA 1LMNA 4J7VA 1IR9A 3RU5A 4GCDA 4G4CA 1FDLY 2A7DA 4EMNA 3W6EA 2W1LA 1AZFA 3D3DA 3MGWA 1HEPA 4OWBA 4NHIA 4PGJB 2H9KA 1NBZC 4OWCA 1UCOA 1GF8A 1QUTA 2ZILA 1MELL 4N0JA 4NY5A 5FELA 5KXYA 1D0MA 3RT5X 4CFPA 5LYMA 1LMAA 2YBIA 1DZBX 4TWSA 2YBMA 1GB7A 3WW5A 3T36A 4CGEA 1JTTL 1JITA 1UBZA 5JENB 1ZV5L 5B07A 2CGIA 1OUDA 4KPMA 5LA8A 3ATNA 4WL6A 3IJUA 1QQYA 2Z12A 4GCBA 1CKDA 5KXWA 1YKZX 3WVXA 5KXOA 5I4WA 1LMTA 2MECA 1HEMA 2MEBA 4WG7A 1DQJC 4NWEA 2YBHA 4C3WA 1IP5A 4OWAA 3WU8A 2H9JA 4H93A 5L3IA 3A67Y 1GBOA 4TUNA 4WLXA 1BWJA 4XJBA 1DPXA 1B7NA 4XJDA 4HTKA 1FKVA 4G4BA 3ULRA 2BQEA 4MCKA 5APEA 3LZ2A 1C45A 1ALCA 1LZDA 1FN5A 2ZWBA 1I20A 2BLXA 3QY4A 1QTKA 4G9SA 4LYCA 3TXHA 5DM9A 1GFEA 3AJNA 1LJNA 2Z39A 3TXEA 4GN5C 4HSFA 207LA 3FI7A 1GFJA 134LA 1LJKA 2X0AA 1GF0A 1GFRA 4LGKA 4XYYA 4HPEA 1GE2A 1GAYA 3A3RX 2ZNXY 3RZ4A 3TXKA 4H8XA 2FYDA 1LZTA 2MEEA 2YDGA 3CB7A 4OOOA 5F9UA 3HBHA 5B1GA 5FEKA 1NF5A 1GB0A 2ZIKA 1B7RA 2YVBA 2CJLA 4H91A 3TXIA 2HEDA 1LJEA 1XGQC 4BS7A 1LSMA 1XGPC 3ZVQB 4X3BA 1GF9A 2BQCA 4WMGA 2LYMA 4PPOA 4WM4A 4B4IA 5I54A 1YILA 4EOFA 2W1MA 1BB7A 2W1YA 1A2YC 4N5RA 4TX7A 1OUFA 3A94A 1IC7Y 1GBYA 1GFGA 1HEOA 3FE0A 2BQHA 3CQLA 3VWOA 3WMKA 5KXMA 1IOQA 1DI3A 4J0LA 5L9JA 4KL7A 1KIQC 2BQJA 4J1BA 4IASA 4H9FA 1IC5Y 1WTMA 1CKHA 194LA 5HNLA 5KY1A 1GDWA 4NEBA 1OUHA 3WVYA 3AGIA 4ETCA 4HTQA 4DD0A 1VDTA 4XJFA 1LMOA 5EBHA 1B5YA 4NGYA 4H94A 4M4OA 1BHZA 1ZVHL 1I56A 1Z55A 1C46A 3J4GA 3LYZA 3W6AA 2MEGA 5DN5A 5C6LA 1HMLA 1GXV2 3IWRA 4DDCA 1GFAA 1YIKA 4XADA 3WH1A 4I0CA 2LZ2A 1IR7A 2HU3A 1GWDA 1OUGA 5LAGA 4NSJA 3F6ZA 4YF2A 1XGRC 4LFXA 1LPIA 1FKQA 5LXWA 1HNLA 1LOZA 3A92A 3LYTA 2YSSC 2A7FA 1V7TA 1LJJA 3CSQA 4Z98A 153LA 1JSEA 1LJ3A 3WU9A 5IELA 2BQBA 2C8PA 1HEQA 5LVGA 4LYMA 2G4QA 4GN3A 2NWDX 2XBSA 1IY3A 1HC0A 1HFXA 1H87A 1YKYX 4H1PA 5B05A 3P65A 1LZNA 4N1CC 1WVUA 2CWIA 1G7IC 1G7HC 1LSNA 1J1XY 5E9RA 3WXTA 1IP1A 1BB5A 1LHMA 1QDRA 1GBWA 5B59A 4NG8A 1QIOA 4DD9A 3WL2A 3BKHA 1J1PY 3K3TA 1RFPA 3TMWA 1JKCA 1QSWA 1UIEA 2DQJY 4NHQA 4A7DA 5D5CA 1D9UA 4NIJA 1LYOA 1UIGA 1D0KA 1T3PA 4BADA 1BVXA 5ILFA 4GN4A 1UIHA 1JEFA 3CT0A 1IX0A 4XJIA 2FBBA 1IP2A 5KXLA 4N1EI 1LKRA 1NDMC 1C10A 1C08C 1WQRA 5II3A 1TAYA 3WU7A 1QDTA 1GF4A 7LYZA 1WQNA 3CT1A 1WQPA 5APFA 1XEJA 1IC4Y 1REXA 3P64A 1XSFA 4O34A 1JWRA 5KJ9A 2DQFC 1HELA 2EIZC 3HBDA 5LYZA 5LYTA 4H92A 1LHIA 1BB3A 2BQIA 1OUAA 3AGHA 1CKGA 5ILCA 1B7SA 6LYTA 4HP0A 1GE4A 1GB8A 1LSGA 5F9XA 1IOSA 1LTMA 5KXKA 4BAFA 1GE1A 4Z46A 1LSEA 1P2CC 1C43A 3E3DA 4RW1A 4ETDA 2YBJA 1LMCA 4H90A 4HJYA 1LSBA 2B5ZA 1IORA 1KIPC 2W1XA 5T3FA 1IIZA 1YL1X 4WLYA 4KXIA 3W6BA 3AW6A 4ZIXA 1IWTA 1VATA 1G7LC 4WM1A 1NHEA 4PRQA 4ET8A 154LA 3OK0A 4MSTA 1CKFA 2EPEA 3WW6A 1GAZA 3A34A 3EO5A 1F6RA 4B4JA 1RCMA 1LSFA 1EQ5A 1GE3A 4DDBA 1CJ6A 1TBYA 1F0WA 3M18B 5LIOA 1BGIA 1UA6Y 5DL9A 1ZMYL 4CHXA 3A90A 5KKJA 4PRUA 1LZ4A 5APDA 4M6DA 1YKXX 1LJHA 1RJCB 1LMPA 4WM5A 1VEDA 1XFPL 1KXXA 3A91A 2HU1A 4LYTA 4HJVA 1GF7A 2HEEA 5I5QA 1O23A 5HMVA 1TEWA 1D6PA 1YROA 4GCEA 1DKKA 4N9RA 1FLUA 2YBNA 1IEEA 4NG1A 193LA 3RNXA 4ZEEA 5I4XA 5DN4A 1HSWA 3QE8A 1GDXA 1QTEA 3GXRA 2ZNWY 3LYOA 4H9CA 4YENA 2RSCA 1LAAA 1NBYC 1VDSA 2EKSC 1JISA 1IP6A 4NHSA 4GLVA 4UWVA 5AMYA 1NDGC 1YAPA 2GV0A 3N9EA 2HEFA 4NGVA 5KXNA 4NSGA 2DQGY 3TXBA 1OUCA 1DI4A 1JJ3A 1FBIX 5IDDA 5LA5A 1LZ5A 1VFBC 5FDJA 2YBLA 1QUSA 1UIBA 2XBRA 4FJRA 1LYYA 4P2EA 5KXRA 4B49A 2ZQ4A 1PS5A 2BQAA 1GEVA 3AYQA 4NGKA 2D91A 1C7PA 1F10A 1WTNA 2MEDA 3TXDA 3AB6A 3G3AB 1UC0A 1YANA 1LZSA 2BQDA 2BQKA 1GFTA 1JTOL 1LHHA 1NKHA 4H9HA 5LVIA 4ETAA 2DQEY 1XEKA 1GF5A 1JJ1A 4NGZA 5C6JA 2HEBA 4NGIA 2Z2FA 1IOCA 1G7JC 1FLWA 1W6ZA 1ZVYB 5KXSA 1JTPL 4HPIA 2VB1A 3KAMA 4LYZA 2Y8PA 4IJ4A 1IR8A 3EBAB 1IP7A 4CJ2A 1IWWA 4LT1A 1JPOA 1LKSA 1W08A 3A3QA 2BAAA 3CSRA 4H8ZA 3WPLA 4BAPA 1GB6A 1YAMA 208LA 2F4GA 1UIAA 4WLTA 1WVVA 5K7OA 1WQQA 1LHLA 1BWIA 4DDAA 3A6BY 1GBXA 4DD3A 3P68A 1XGUC 3WXUA 1CJ9A 1JKDA 5IHGA 4HTNA 1GBZA 1JKAA 2F30A 4LYOA 1REYA 1LZCA 2DQCY 1HENA 1INUA 2G4PA 4WO6A 3WUAA 1DI5A 1LZAA 3EMSA 1B9OA 1B5WA 1B5XA 1BQLY 4H9AA 4DYGA 2ZQ3A 4RW2A 2BQNA 4QGZA 2I26L 4LFPA 1GHLA 1JHLA 1LYZA 4XENA 2DKVA 2MEAA 4LT3A 1REZA 5E4PA 5APCA 2LYZA 3LYMA 1FLYA 3WULA 133LA 2FYCA 4IATA 3B72A 1GFUA 2Z38A 8LYZA 4NGLA 2BLYA 3WUNA 1GB3A 1NQIA 3CSZA 5HQ1A 4G4HA 2WARA 4HV2A 3B0IA 4DT3A 1CJ7A 1GB2A 2AUBA 4ML7A 4GCFA 4QEQA 4PJ2C 1LZYA 4YEOA 1FLQA 4H9IA 2BPUA 3N9AA 3TXJA 4MR1A 2DQAA 1PZYA 5F16A 3ZEKA 4CFOA 4L41A 135LA 5A3EA 1VDPA 3TMXA 1GFHA 1HSXA 1HEWA 4W94A 4NHTA 1LSCA 1LZ8A 1HFZA 3AZ5A 3TXGA 2C8OA 4YOPA 5KXXA 2HECA 5DLAA 9LYZA 1AT6A 4RLMA 5KXTA 1F6SA 4WM3A 5J7CA 1B0DA 1N4FA 1HF4A 3W6CA 4II8A 3TMVA 132LA 3WYHA 4ANRA 1HHLA 1MLCE 5D5FA 3QNGA 3A6CY 4TTDA 5I4YA 1IWZA 2MEFA 1YL0X 4TSCA 4UWUA 1KXYA 1LHJA 5KXPA 2ZIJA 1OUEA 2DQIY 1UUZC 1T6VL 1D0LA 4RDSA 2G4NA 5I53A 1LSAA 1LZEA 1B2KA 4B4EA 2D4IA 4NSHA 5L3HA 5FSTA 3TXFA 2Z18A 1YQVY 4LZTA 1GB5A 3AZ7A 2FBDA 1B7LA 1LJFA 2Q0MX 1UIDA 3A95A 3ZVQA 5LINA 1TCYA 1LSZA 2D6BA 1DXJA 1IWUA 1LZ9A 1GXXA 4W96A 4B1AA 1IWYA 1V7SA 4DC4A 2H5ZA 3W6DA 5M1YA 3ATOA 1GF6A 1UIFA 1LCNA 1YAQA 3P66A 4NGJA 5B06A 4DD1A 5KKIA 4GCCA 4D9ZA 3HFMY 5LVJA 1EQ4A 5FHWA 2I25L 1SLYA 2F2NA 1LMQA 4LYBA 4AGAA 4E3UA 4ETEA 4B0DA 1E8LA 1EL1A 1NWGA 4LT2A 2D4KA 3AGGG 4C5FA 4ZFPA 1GE0A 2BQGA 1XEIA 3LZTA 4QDNA 3IJVA 4Z41A 3EXDA 3J6KA 1LZRA 2DQHY 1XGTC 1JKBA 4PHIA 5FCPA 1D6QA 1GBSA 4YEMA 2BQOA 4ET9A 1GEZA 3WPJA 3P4ZA 3AZ4A 3OJPA 1GFVA 1OQMA 4OW1A 3LHMA 5LVHA 1CJ8A 1HMKA 1IOTA 1RE2A 1LYSA 5F81A 4R0FA 2I6ZA 3W3EA 4Z3MA 1GB9A 1KXWA 1B5ZA 2LZTA 3B0OA 3D9AC 4WM2A 1RI8B 3GXKA 2ZYCA 1IWXA 4NSIA 1GPQC 4NFVA 1NMMA 2F4AA 1A4VA 5HLLA 1IWVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AXTA 249LA 1IVMA 3RW8A 1L19A 1GD6A 4U3XB 1L58A 4R6CA 2B6TA 1QUHA 2IHLA 1LSPA 4I8SA 1LSDA 4TSBA 1L23A 2IGCA 1BB6A 231LA 1J1OY 1DPWA 4OWHA 4NGOA 3RUNA 1TDYA 1CKCA 4I7NA 1EQEA 2Z37A 2XTHA 1JUGA 5I14A 1LYJA 2IFFY 1L45A 1JSFA 3WPKA 1OUJA 4ETBA 2LYOA 4RLNA 3DN1A 1UICA 4XN6A 3HBEX 4LT0A 4WOAA 1B7QA 1L96A 1LZ1A 162LA 3A8ZA 229LA 110LA 1CU5A 4H9BA 1IR9A 205LA 1NHBA 4PGJB 1C6IA 1HEPA 2H9KA 3DN3A 1NBZC 1GF8A 1QUTA 4NY5A 1MELL 5KXYA 3RT5X 1L60A 1C67A 2B6ZA 1GB7A 2YBMA 3WW5A 3T36A 1L52A 1JITA 1ZV5L 1OUDA 4WL6A 1LGWA 151LA 3WVXA 5I4WA 1LMTA 131LA 2H9JA 4XJDA 4EKQA 2BQEA 4MCKA 1OWZA 1ALCA 4EPFA 2ZWBA 4G9SA 3HUQA 1CU6A 5DM9A 1LJNA 4W56A 4I7QA 211LA 1LJKA 1G07A 1T8AA 2QB0B 4HPEA 169LA 167LA 1L56A 2RBRA 3TXKA 2FYDA 1LZTA 4OOOA 5F9UA 258LA 1B7RA 1LI2A 4H91A 1L16A 3TXIA 1C6NA 4X3BA 3ZVQB 4B4IA 1YILA 1L10A 1KS3A 1GBYA 3FE0A 3DN0A 248LA 159LA 5KXMA 1IOQA 2BQJA 234LA 175LA 2F2QA 4W53A 1L43A 5HNLA 4NEBA 3WVYA 3AGIA 1L66A 4H94A 1I56A 1C46A 1P7SA 4IAPA 1HMLA 3IWRA 1IR7A 6LZMA 1GWDA 3F6ZA 4YF2A 3CDRA 4DQJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BB4 A;  1B7M A;  1HFY A;  4WM6 A;  1LJI A;  1IO5 A;  3BKV A;  3AZ6 A;  4AXT A;  2Z19 A;  3M3U A;  3RW8 A;  1IVM A;  1WQO A;  1GD6 A;  5LAF A;  4XJG A;  5A3Z A;  4U3X B;  1AT5 A;  1I1Z A;  4R6C A;  5C6I A;  4G49 A;  1AM7 A;  2IHL A;  1LJ4 A;  5B1F A;  1QSA A;  3AW7 A;  4WG1 A;  1LSP A;  4WL7 A;  5LVK A;  4I8S A;  1BVK C;  2BQL A;  3CT5 A;  1IY4 A;  4WLD A;  1LSD A;  1OP9 B;  4TSB A;  1HER A;  4QY9 A;  1B5V A;  1LZ6 A;  1BB6 A;  1JIY A;  1J1O Y;  3T6U A;  3B6L A;  4DD2 A;  1DPW A;  4OWH A;  1B5U A;  4H9E A;  5HMJ A;  4DD7 A;  2ZYP A;  4NGO A;  1LJG A;  1LZB A;  1B7O A;  4HJZ A;  1TDY A;  1OUI A;  2LHM A;  1OUB A;  2DBT A;  4GLA A;  1IP3 A;  1IP4 A;  2N5Z A;  1CKC A;  1YAO A;  1DKJ A;  1G7M C;  1WQM A;  3N9C A;  3W6F A;  4DWX A;  4NHP A;  2BQM A;  4XJH A;  4YM8 A;  3WUM A;  1LSY A;  2MEH A;  1LHK A;  4N8Z A;  4HV1 A;  1EQE A;  2Z37 A;  1H6M A;  4NWH A;  4OOT A;  1VAU A;  2XTH A;  3A96 A;  1REM A;  2BQF A;  1JUG A;  2Z2E A;  3B0K A;  2EQL A;  1SQ2 L;  1VDQ A;  2DQD Y;  2IFF Y;  3G3B B;  1JSF A; 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 4TTD A;  5I4Y A;  1IWZ A;  2MEF A;  1YL0 X;  4TSC A;  4UWU A;  1KXY A;  1LHJ A;  5KXP A;  2ZIJ A;  1OUE A;  2DQI Y;  1UUZ C;  1T6V L;  1D0L A;  4RDS A;  2G4N A;  5I53 A;  1LSA A;  1LZE A;  1B2K A;  4B4E A;  2D4I A;  4NSH A;  5L3H A;  5FST A;  3TXF A;  2Z18 A;  1YQV Y;  4LZT A;  1GB5 A;  3AZ7 A;  2FBD A;  1B7L A;  1LJF A;  2Q0M X;  1UID A;  3A95 A;  3ZVQ A;  5LIN A;  1TCY A;  1LSZ A;  2D6B A;  1DXJ A;  1IWU A;  1LZ9 A;  1GXX A;  4W96 A;  4B1A A;  1IWY A;  1V7S A;  4DC4 A;  2H5Z A;  3W6D A;  5M1Y A;  3ATO A;  1GF6 A;  1UIF A;  1LCN A;  1YAQ A;  3P66 A;  4NGJ A;  5B06 A;  4DD1 A;  5KKI A;  4GCC A;  4D9Z A;  3HFM Y;  5LVJ A;  1EQ4 A;  5FHW A;  2I25 L;  1SLY A;  2F2N A;  1LMQ A;  4LYB A;  4AGA A;  4E3U A;  4ETE A;  4B0D A;  1E8L A;  1EL1 A;  1NWG A;  4LT2 A;  2D4K A;  3AGG G;  4C5F A;  4ZFP A;  1GE0 A;  2BQG A;  1XEI A;  3LZT A;  4QDN A;  3IJV A;  4Z41 A;  3EXD A;  3J6K A;  1LZR A;  2DQH Y;  1XGT C;  1JKB A;  4PHI A;  5FCP A;  1D6Q A;  1GBS A;  4YEM A;  2BQO A;  4ET9 A;  1GEZ A;  3WPJ A;  3P4Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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