5KZTA

Listeria monocytogenes oppa bound to peptide
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
518
structure length
509
Chain Sequence
SGEQVLNLTESALIPSADSTKADDQVGLNVVNQTNEGLYALDKDGIPAIAGAAEEPKISDDKTVYTIKLREDAKWSNGDPVTANDYVYSWRRAVDPNTAATYSYLFDAIKNGGDIVAGKKKPEELGIKAVDDYTLEVTLSKPTAYINSLFAFPTFFPLNEKFVTEKGEKYAQNSDNMLFNGPFELKDWTGTNKKWTYVKNDKYWDKDKVKLKQINVQVVQDSGTGLNLYNTDKVDRTVLSADYAAQNKNNKDYVTVNNSSTFYIKFNQKRAGKDTVFANKNIRKAIALAIDKQSYTDTVLKNGSKPANNLVPEGFTFDPGNKEDYTKESGKHLEYDVKEAQKAWKAGLKELGVNEITVEFTSDDTENARKSSEFIQDQLQKNLDGLTVKLKNVPFKVRLQNDQNQDYDFSMSGWGPDYQDPSTFLDLFVTDGAQNRMSYSNKDYDKILNDQKRWDEMVKAEKILLTDDVAIQPLYQRSTAYLQKDYIKNLQKNPFGPDYTYKETYLTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords Peptide/nickel transport system substrate-binding protein
publication title Listeria monocytogenes OppA bound to peptide
rcsb
source organism Listeria monocytogenes serotype 1/2a (strain 10403s)
total genus 180
structure length 509
sequence length 518
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5kztA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5kztA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5kztA02
2DWJA 4HCWA 4OFLA 5JEIA 5LOMA 2I48A 4FE8A 3FTOA 5DTBA 2YPNA 4H0WA 3IR1A 5CRYA 3HPIA 2ANJA 3DRFA 3FJGA 3OSQA 3G3FA 4NE4A 2Z8DA 1A8EA 4F3PA 3GLBA 4GL8A 2XXTA 4NF8B 2UYFA 4IY5A 4DXBA 3IL1B 3IB1A 2KLFA 5H8NA 5B7DA 4BDLA 4NF6B 2F35A 1CE2A 3K6WA 2UXAA 4F1YA 3A3CA 3KOSA 2XXWA 1P1OA 2OJTA 5I57B 2QJEA 3UP9A 4RPNA 3FV1A 3P7IA 1MY4A 3S9NC 2HAUA 4G8NA 1FTKA 3E4RA 1B40A 2LAOA 2AYSA 3MC2A 3CFLA 3RT8A 3U1OA 4R2FA 3H03A 2X7QA 5H8FB 4WEDA 3RYBA 2I58A 4OMBA 1B05A 1TWYA 1MPCA 1AL3A 1A8FA 1RYOA 2ZYKA 2OBGA 5IKBA 1B5IA 2DS9A 4NF5A 4QFKA 1B7UA 2NOOA 1SI0A 4C0RA 2HAVA 2V3QA 2B4MA 1P1UA 3KG2A 3PUYE 4F29A 3N94A 4FATA 2Y7RA 2VP1A 1OIBA 1P1WA 3CIJA 2V3UA 2O7IA 3PU5A 4KPTA 4R2BA 1B51A 1I69A 2UVIA 2DVZA 4BDQA 1N0TA 1MQJA 3IB2A 5KDTA 4AB5A 2FA7A 4GOTA 3FD3A 1TFAA 4G68C 4GL0A 2PBWA 3K1MA 5H8HA 4QSCA 2QPQA 1MM6A 2UVHA 1LCFA 1SW2A 2XXRA 1M5CA 1LGBC 4U4SA 4LP2B 5KZTA 2WKYA 5CMMA 2IEEA 4ZEFA 2R9JA 3OO8A 4YAHX 2G29A 2YLNA 3CSBA 3PAMA 2ONSA 2RF1A 3PMXA 2HXWA 4EQ7A 1M5EA 3MVZA 5FTHA 1XHYA 3V83A 5A5XA 2RC7A 1EZOA 1LFGA 3B6WA 3SKPA 2F6GA 4XTCQ 3RTWB 3LR1A 4XIGQ 4ND9A 5EHSA 2QS1A 1POY1 4YZZA 5I2NA 3Q26A 2WOLA 4EF2A 3N5LA 3FJMA 4IGRA 2PT2A 2UVGA 1NNTA 4N6PA 3U72A 4X48A 2VHAA 3BBRA 1Z7NE 4OENA 3MQ9A 3JV9A 3E3KA 3Q27A 4GIZA 3QK6A 3UIFA 2QL3A 5FHNA 3W15C 4ZEKA 3QXMA 3UN6A 5TU0A 5TPAB 5DEXB 3JYRA 5ITOA 3PV0E 2RC8A 1D4NA 3MZBA 1IXGA 3VLWA 1EZ9A 1P1QA 4Q5TA 2DOJA 4ELPA 2OZZA 3W9VA 2WOKA 4WEPA 3N6UA 4OESA 5ICQA 1FW0A 3EHTA 3S4UA 3ILTB 4P0IA 4YKKA 1SW4A 1Y4TA 3B6TA 2Y84A 2CZLA 5TP9A 1XVXA 4ZZEA 1BLFA 1JVYA 4EXLA 2FYIA 3OO6A 1O63A 3MP6A 2F7CA 1FCKA 3T93B 3ECRA 3G3JA 3O6HA 5L9OA 3FVNA 4U23A 4ZEDA 1SYHA 4H8IA 4NF8A 1MXWA 2ZYMA 4OEUA 3IX1A 3T66A 4YMAA 1PDAA 1R1NA 3VFJA 1N3XA 1VR5A 4NF6A 2DWIA 2HCAA 4YKIA 3FZVA 2P2AA 3IK6B 5DT6A 1MH3A 2RCAA 3LBSA 2XXUA 4NF5B 2DVCA 1VE4A 4OFOA 3VXBA 5I57A 3FVKA 1TFDA 1A54A 3T22A 3PD9A 4YKPA 3MWBA 4OEVA 3KJTA 1GGGA 3VXCA 4H5FA 4IO2A 2OLBA 3IJOB 4G8MA 3OELA 1Y4CA 1IXIA 2I4CA 2RCBA 3T9UA 3SETA 2GHBA 2D3IA 3FV2A 5JK4A 2RKMA 1O7TA 4GQOA 3E13X 4QF9A 5JTYB 3TQLA 3DRIA 5H8HB 1S9TA 3FATA 1RKMA 4UACA 1MY2A 3C9HA 4LQ2A 3TCGA 1ELJA 3BFTA 4DE8A 2GH9A 2DWAA 1WVJA 3JZJA 1XVYA 5CMCA 3R7XA 4KHZE 1PC3A 5AE4A 4DZ1A 5DVFA 1USYH 2Y7PA 1Y1MA 4EUOA 4BDNA 1H44A 1F9BA 3LSWA 3TZAA 1KWHA 3S9LC 3ZKLA 1SD3A 3TFLA 4ZECA 1BIYA 4RPOA 4R6HA 3B7DA 4E0XA 3KBRA 5A5XB 5DYHA 2DSFA 1SYIA 4NEDA 4RNSA 4R73A 2UYEA 3U92A 1XT8A 4OERA 1T0KA 4OQOA 5AA4B 2H5YA 3IOUA 3HHFA 4HW8A 1WODA 4MF3A 2I0BA 4ONYA 4KD5A 5CMBA 3SEVA 4ESXA 5I2NB 1DTZA 3SDFA 4N07A 3U8QA 1CB6A 3T9XB 4GF8A 2F36A 4DLDA 1D9VA 1H43A 2E1SA 4LQ5A 2DQVA 1NKXA 2HQ0A 3G3KA 4U22A 1FQFA 2QS3A 4IGTA 2F5XA 3O28A 2UVJA 3DLNA 2ZYOA 4JBZA 3UORA 1UQWA 1YPNA 1POTA 4BDMA 4EDPA 3M3FA 4DDDA 1B0HA 5I59A 4JWXA 3MVXA 4QRZA 4PFWA 3R26A 4PETA 2XHDA 1IITA 4I1DA 3MP1A 3RN8A 4GWOA 1YAEA 4LATA 3CR9A 4IO5A 4WXJA 2V84A 1OQHA 1ZIUA 2PT1A 5TPAA 5DEXA 1IXCA 4MLVA 1IUDA 5CBSA 5TP9B 4MBPA 4DCYA 2F78A 4THIA 1HSJA 2I0CA 4ELOA 1IEJA 3O6GA 3PPRA 4QFNA 4LA9A 3N6TA 2O84X 2QSXA 1YTVA 2R71A 3EHUA 4POWA 3EF7A 3E9XA 3K0VA 4BDRA 1NNPA 2ONKE 1J1NA 4ZE8A 3QUJA 3RTFB 3OEKA 3CI8A 2QS2A 1PB9A 3RY3A 3M8UA 2Z8FA 3TAJA 2AL5A 2NWJA 2REGA 4JWOA 3U94A 1HSLA 3PPPA 3PUVE 4OXVA 2DXRA 3CG1A 4MH5A 4FORA 3OO7A 2FNCA 2ZMBA 1NL5A 1N04A 5DVJA 1VFDA 3TTNA 3H3GA 3EHSA 4LUBA 5F7VA 1ANFA 2XXYA 4F3BA 3OMBA 2NVUB 2E0SA 2F97A 4Z0IA 1ZJLA 4G68A 3TMGA 3IOTA 4DXUA 1OLAA 4OETA 3GBAA 3MVYA 1ZKBA 3SEWA 1B32A 3K00A 3O9PA 5AA1A 4GRKA 1USYE 1QVSA 4FEDA 1MDQA 4QHQA 1OVBA 4AQ4A 4AB6A 1Y3QA 1URGA 4LZ7A 1FQBA 1JEVA 2XXHA 4F18A 3D4CA 2I3VA 3K1NA 4XXUA 3M3KA 5CM6A 4H1XA 3SEYA 3RLFE 1OLCA 3TQWA 2HEUA 1B5HA 3G3GA 5JTYA 4WKMA 3KJ7A 3VVEA 2XX9A 3CFZA 1LAHE 1B52A 2H9BA 3VV5A 4H8JA 3FXQA 1SDXA 4ECFA 3MVWA 3H6TA 3MW0A 5KCJA 4ZZAA 4XKQA 3KZGA 4PQJA 1IIWA 3TPAA 4RJZA 1B6HA 3VDFA 1BP5A 4RK2A 4TQUQ 4RY1A 4LZ8A 3K4UA 2VOZA 1BKAA 2H98A 1MDP1 4KYEA 4R72A 4I9DA 4G4PA 5ITPA 1MXVA 3OOAA 3HN0A 1URDA 4KFQA 4X1BA 1I6QA 3O29A 1P99A 3VVDA 3VLUA 5AA4A 3KOTA 4GVOA 3H4ZA 1B4HA 4G77A 1MH4A 1LAFE 1DPEA 3LSFB 4RYAA 1XC1A 3TYHA 3HO7A 1NMUA 3CG3A 5J1DA 3RPWA 3KEIA 2H25A 3OXNA 4KR5A 5I59B 5L9SA 2I4BA 4BLAA 3RYAA 2XXQA 4MFIA 4IY6A 4M1VA 5BWJA 1B3GA 3RT6B 1D3KA 4FECA 3CHGA 3LC8A 3LSLA 1ZTYA 4G8HA 3K6UA 2O69A 1P1NA 3HSTA 3GBBA 3MAMA 4OZ9A 4TLLB 3LUYA 4LZ5A 3SEXA 1FQAA 4IO4A 1B7HA 1LB9A 1TT1A 4R75A 2DE2A 3PMVA 3K02A 2P1SA 1R9QA 3OEMA 3FVGA 1IXHA 1B46A 4XKPA 3PPQA 2F7AA 3EN3A 4R6KA 2G93A 3O2AA 2WOPA 2F8DA 4KCCA 2DE4A 5L9MA 4YU0A 1A40A 3O97A 2I3WA 3RGYA 3TTRA 3RNNA 3C36A 4RXLA 2X26A 2HZLA 1MG1A 4YMBA 1GVCA 2IA4A 3QUFA 3DRJA 1N3WA 3FASA 3ILUB 1IQ7A 3Q25A 2X7PA 2Y7IA 5CC2A 1PB8A 3UGWA 3FXRA 3QSLA 1ZLQA 3CFXA 1B5JA 4G68B 5B70A 1SBPA 1UIVA 2ONRA 4OHNA 3EPEA 3WAEA 1WDNA 3EQ1A 4Q0CA 1OMPA 1GTKA 1MXYA 1QUIA 1BTJA 1UTBB 1SQYA 3C32A 4ELQA 1JNFA 4JSOA 5H8QB 4QSEA 1AIVA 2XXPA 1AOVA 4PFTA 2B4LA 3GXAA 3MPKA 1DPPA 4GXSB 3O66A 1AH5A 4M4GA 3FJ7A 2REJA 3VVFA 4C1TA 1URSA 3DP8A 3K01A 1XOCA 1MY0A 1N84A 5KCJB 3PUZE 3H6VA 3H06B 3QAXA 3Q28A 4RK9A 2B65A 1B3FA 2V25A 2DP8A 2BJJX 3TKDA 1LBCA 4JWYA 4XKNA 2GFEA 4O3CA 5FHOA 4NF4B 3IORA 2A5SA 3F11A 4F2QA 1L5TA 3SERA 1A99A 1B7ZA 4G2ZA 4Q8RA 1JW5A 2H4IA 4F39A 2AL4A 2DYXA 4H5GA 1SVXB 1DSNA 1S50A 2DE3A 1JEUA 5IAIA 3N26A 1NH8A 4GLIA 1B2HA 4R74A 2P0SA 5I84A 4QSDA 3GZGA 1NH7A 2V93A 3L6HA 3KN3A 1US5A 1QJMA 1LSTA 3K1PA 2XX8A 4IO3A 5HM4B 1ZBMA 2F7BA 3OD7A 3CRBA 3C4MA 4KYSA 1H45A 2GRVA 1LLSA 2Z22A 3C33A 3U93A 1A7LA 4OWDA 3T9VA 4H6DA 4FEBA 2ZNSA 1Q1KA 4HS7A 3T9HB 5AA3A 3ZKKA 1LB8A 4PP0A 2O1MA 1MXUA 1O64A 2XXVA 3FXUA 4ELRA 1Y20A 3LSXA 4JB7A 2PX1A 2W7YA 2NUVA 2XD3A 1GR2A 3Q29A 5AA2A 1MY1A 1HSEA 1QKBA 1IZ1A 4C1UA 2VD2A 1UTHB 1OQGA 5CBRA 3LVUA 2F6PA 3THIA 3HV1A 4XKRA 1II5A 3PPOA 1MQGA 4YB6A 3R6UA 1JW1A 2GHAA 3I3VA 1M5DA 1MPDA 2Y7KA 3IJXB 1XS5A 4LONB 3CVGA 2OCUA 2Q2CA 3B6QA 2QMXA 3KFMA 2ZNUA 4YB7A 3RUMA 3DELB 4EF1A 2ZXTA 1NNKA 2O7UA 4JSDA 3L6GA 3ONMA 2PVUA 4NWCA 5L8DA 3DM0A 1PB7A 3SEUA 2B3BA 4DCXA 1PEBA 4F3GA 3TEPA 3I6VA 3FIRA 2ABHA 5I2KA 1N7XA 1H76A 4I8CA 3VLVA 2ESNA 3H6WA 1EU8A 1FTLA 1VSOA 1MQIA 4PE5B 2PYYA 3C34A 1MQDA 3KN8A 3IB0A 4LVQA 4YKJA 3G7WA 3KN7A 1US4A 1R6ZA 3IOVA 4OFJA 4H67A 1Y3NA 1QULA 4POXA 1UTBA 1N76A 4KCDA 2ZYNA 3D4GA 2XD2A 4U4XA 5H8QA 4KQPA 1Y3PA 4IO6A 1N7WA 3ZS6A 5ELVA 3ODBA 4ZEIA 1EZPA 3S9EA 3DP6A 3PMWA 5EHMA 3QIMA 4ZS9A 4U21A 1MPBA 3S9MC 2Q88A 2RC9A 2HZKA 1D9YA 1DOTA 3RQTA 2QRYA 4IO7A 1LBBA 2R6GE 4PFYA 1PBPA 3KSJA 2ALUA 2A5TA 1LCTA 3DP4A 3IOWA 3IO6A 2Z8EA 1B0LA 3HHGA 4Q30B 5FHMA 1QW0A 2HFBA 3K2DA 4NF4A 3TODA 2O1LA 4F19A 3A09A 4U1OA 5I58B 3MZ9A 3V89B 5I56A 3TELA 3FGSA 1ATGA 1MXZA 3MJNA 4OYVA 1MS7A 4R6YA 2I6EA 1FTJA 2XXIA 4O3AA 3TTKA 4L17A 2QS4A 2Z23A 2Y7WA 4JXIA 1B1XA 1SI1A 3A3UA 1H3DA 4F2OA 4PFUA 1MXXA 4FJPA 2F34A 2XX7A 1YCJA 3V5AA 4HCYA 2B3FA 3WAFA 2Q9TA 4KYDA 4ZEBA 2YJPA 2PMSA 4JDFA 4NMYA 4X9TA 4FAJA 5AA2B 4F1UA 4FIMA 4I62A 3TTLA 4BDOA 3K6XA 3MBPA 4DIGA 5HBCA 3MP8A 3KSXA 3I5OA 3T96B 1GV8A 4U2RA 4GFRA 4MLQA 3ZSFA 4YICA 3KGCA 1SW5A 1VFEA 3DRKA 4TOZA 4IB2A 3DRHA 1MQHA 3PD8A 1B3HA 3PUWE 2H99A 5H8SA 3DRGA 3TUSA 3BFUA 4F31B 1OVTA 2O68A 3TCFA 4NTLA 1B1HA 4O3BA 5CMKA 5H8NB 3TTMA 1UTHA 3OSRA 3IAZA 1JQFA 5ISUA 3OO9A 1Y9UA 4K3FA 2Q2AA 3MPLA 2VGQA 1FQDA 1AMFA 1SW1A 5I2KB 1ZU0A 3MZ1A 5EYFA 1B9JA 3UA8A 4N13A 4TLMB 4GD5A 1B3EA 1UIUA 2V3TA 1TXFA 2RINA 5ICTA 1I6BA 2OWSA 5K2XA 3VE1B 1QUJA 4X1DA 3PPNA 5AA2D 2Q8JA 1I6AA 3HCQA 4QFLA 2ZNTA 3USDA 4YB5A 2NXOA 1JVXA 4H65A 4F3SA 3FUZA 1EH3A 3G3IA 1LAGE 1Y1ZA 2O51A 2Q89A 4U1ZA 4RA1A 3PUXE 4EQBA 3MUQA 2DWHA 3O6PA 4ZDMA 5H8FA 1Q35A 5K2YA 4P11A 4KI0E 2I49A 5KDTB 1B58A 3TDJA 3FVOA 3BKIB 1DMBA 1QKAA 2CMOA 1LAXA 5BUUA 4NWDA 4E0WA 1FTMA 1MY3A 2A5TB 3G3HA 1MM7A 2XXXA 1S7YA 4UA8A 5FTIA 2O6AA 4DXCA 1PBQA 1JW4A 5CI5A 3TCHA 4GXAA 5I56B 1LFHA 1B3LA 1FTOA 3CSGA 2M8CA 3H7MA 5M2VA 3K6VA 3IO4A 3UK4A 3M3LA 1RYXA 1M5FA 4QFPA 1R9LA 5F1QA 3H6UA 3S2VA 3C31A 4F22A 4OVJA 4R9FA 1DTGA 1M5BA 5DVIA 2OWTA 1NFTA 5I58A 2DXYA 3W9WA 5HPQA 1NNFA 4ESWA 4F1VA 4R9GA 1JETA 2OK2A 2AIXA 3V8XB 2VD3A 4EXKA 3PGFA 3SESA 1LFIA 1Z7ME 3QYTA 1MRPA 3O6IA 4ZE9A 4P0GA 1ZMGA 4HTGA 3OENA 2QMWA 2THIA 1B4ZA 4ISUA 4Z7EA 4OTEA 4EQ9A 4QFOA 1A55A 2D21A 3AXFA 1FQCA 3C35A 2D5WA 1QUKA 1FQEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DWJA 4HCWA 4OFLA 5JEIA 3KC1A 5LOMA 2I48A 1NUZA 4FE8A 3FTOA 5DTBA 2YPNA 4H0WA 3IR1A 5CRYA 3HPIA 2ANJA 3DRFA 3FJGA 3OSQA 1LBZA 3G3FA 4NE4A 4HE0A 1VDWA 2Z8DA 1A8EA 4GWWA 2XWIA 4F3PA 4I3EA 3GLBA 4GL8A 2XXTA 4NF8B 2UYFA 4IY5A 4DXBA 3IL1B 4MX6A 1IMAA 3IB1A 4GX4A 2KLFA 4OVSA 5H8NA 5B7DA 4BDLA 4NF6B 2F35A 1CE2A 3K6WA 2UXAA 4F1YA 3A3CA 1NV7A 4N81A 2VPNA 3KOSA 2XXWA 4MNCA 1P1OA 2OJTA 5I57B 2QJEA 4PGPA 1G0IA 3UP9A 4RPNA 3FV1A 3P7IA 1MY4A 3S9NC 2HAUA 4G8NA 1FTKA 3E4RA 4PF8A 1B40A 2LAOA 2AYSA 3MC2A 3CFLA 3RT8A 3U1OA 1LBXA 4R2FA 3H03A 2X7QA 5H8FB 4WEDA 2KR0A 3RYBA 4MAGA 2I58A 2FIXA 4OMBA 1B05A 1TWYA 1MPCA 1AL3A 1A8FA 1RYOA 2ZYKA 2OBGA 5IZ1A 5IKBA 1B5IA 2DS9A 4NF5A 4QFKA 1B7UA 1RDZA 2NOOA 1SI0A 4C0RA 2HAVA 2V3QA 2B4MA 1P1UA 3KG2A 3HFUA 3PUYE 3N94A 4F29A 4FATA 2Y7RA 2VP1A 1OIBA 3IFCA 1P1WA 3CIJA 2V3UA 2O7IA 3PU5A 4KPTA 4R2BA 1B51A 1I69A 2UVIA 2DVZA 4BDQA 1N0TA 1NUWA 1MQJA 5EYHA 3IB2A 4O7IA 5KDTA 4AB5A 2FA7A 4GOTA 4GL0A 1AWBA 1TFAA 3FD3A 4G68C 2PBWA 3K1MA 1YYZA 3E78A 1YXIA 5H8HA 4QSCA 2QPQA 1MM6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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