5L9OA

Crystal structure of agrobacterium tumefaciens c58 strain pbp soca in complex with glucopine
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
DNPLGLIDPTTISVGTMGDAKPYAFTTADGNFTGFDIELFLNVAGRLGFKKEQVVFTGQEFSALMPSVANGRFDVAAAAIGTTAKRKETVDFSDGYLAGFLSVLTSEAGITDAAGLKGKRLGVVQGTLQEIYAEKNFAGTDLVKFPDNNSAVSALNNGTVDAHFLDFEAAKDYSARYPALKIAVNIPSFDAPAGFVIRKGNDALRNALDKGLKEAMQDGTWKKLHEKWFPGTPMPAAYLPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Deoxyfructosyl-amino Acid Transporter Periplasmic Binding Pr
publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
total genus 73
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9oA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9oA02
4F3SA 1MG1A 3G3IA 2W7YA 4G68B 1GVCA 3SDFA 3V83A 4BLAA 1SYIA 3EF7A 2IEEA 2GH9A 2F36A 3IORA 4F19A 5AA2D 1B40A 1MXVA 3QXMA 1TFDA 3U93A 5I59B 2H5YA 1P1UA 1IXHA 1MH3A 3MW0A 2UXAA 1LB9A 1HSLA 4KFQA 3KN8A 3BFTA 3U1OA 2NUVA 4AQ4A 5A5XB 1A55A 2YLNA 4I1DA 5AA2B 4NF4B 4IO3A 1D9VA 1JW1A 2WKYA 1MDP1 3Q28A 1WODA 2ALUA 4LQ5A 3N26A 3TEPA 5CBRA 3H3GA 4F3GA 3OD7A 2RC7A 1O64A 3IX1A 3FVOA 3K1MA 4BDLA 4Z7EA 3UA8A 1A8FA 2XXUA 3GBBA 4POWA 2REGA 1OVBA 5ISUA 2GRVA 3I3VA 4GQOA 4H65A 1DPEA 1TT1A 1S50A 4H0WA 2Z8FA 3PPQA 1SVXB 3K01A 2QSXA 3PU5A 4OVJA 4DCXA 3TUSA 4YAHX 4PP0A 2BJJX 4FORA 4ECFA 1VE4A 4RK9A 5TP9A 3HO7A 1XHYA 1NL5A 1J1NA 4GL0A 3Q25A 1NMUA 1MY0A 5HBCA 1OVTA 1USYE 1B3GA 2F5XA 4DIGA 1B3EA 4DE8A 1EZPA 2E1SA 4F22A 3FATA 3VXCA 4DLDA 3IO6A 4ELRA 3VV5A 2QPQA 1AOVA 5DTBA 4GVOA 1P99A 3K02A 3SETA 3MZBA 3FXQA 3D4CA 5FHMA 3I6VA 1PB9A 3S4UA 3HSTA 2O84X 1O63A 3C9HA 1LAXA 3O28A 4RNSA 3HCQA 1VFDA 3N94A 3PMXA 2Z8EA 1Y1MA 1OMPA 4OFJA 5I58A 3TCGA 3IB0A 1M5CA 1Q1KA 1EU8A 2Y7RA 3UK4A 3C33A 2I0BA 3IR1A 4ESWA 4Q30B 1Y4CA 5CC2A 1POTA 1VR5A 2QJEA 3LC8A 1MXXA 3G3HA 2DE3A 1UQWA 5H8QA 4YKKA 4C1TA 3N6UA 5H8NB 1JNFA 3CG1A 2QL3A 2OLBA 1PBQA 2XXVA 3EPEA 1SI1A 3TPAA 3OEKA 4FAJA 3KN3A 1EH3A 3I5OA 3K6UA 3RTWB 4LZ5A 4R2BA 3ODBA 2NXOA 3TELA 4TOZA 3U92A 3MZ9A 2G29A 1DTGA 3GBAA 1FTOA 2I4BA 2V84A 4E0WA 1EZOA 2I0CA 4UA8A 2XXQA 1ZTYA 2REJA 1NH8A 3UGWA 2YJPA 1LBCA 3LSXA 3O9PA 3HHFA 2OJTA 1B51A 4HS7A 4EXLA 2H25A 1MY3A 1B52A 3S9EA 2VOZA 3MVYA 3VVFA 4U4SA 1QULA 3WAEA 2VD3A 2ZYNA 2F7AA 3B7DA 4OZ9A 4WKMA 3H6TA 2PX1A 2DWJA 4X1DA 3ZKKA 5AE4A 4UACA 1B7HA 5ITPA 1IXGA 1RKMA 2PT2A 1A7LA 5ELVA 4MLQA 1A8EA 1JEVA 3FVNA 3M8UA 1LAHE 3PMVA 4DCYA 4U4XA 1RYOA 3IO4A 4QFPA 3V5AA 4ISUA 1N04A 4BDMA 3TTNA 3LR1A 3BBRA 1D3KA 3EN3A 4H1XA 5L9OA 1II5A 1Y4TA 3DP6A 3RN8A 2A5SA 3DLNA 4R6KA 2DYXA 1VFEA 4WXJA 3PGFA 1B0HA 1SW2A 3K6WA 4H5GA 5ITOA 3C35A 4LONB 1D9YA 1ZIUA 3KJTA 2DVCA 4U2RA 3CFLA 5TP9B 3H6UA 1PBPA 1Y3PA 4QFKA 1B58A 1B0LA 4NWCA 1SYHA 1Z7ME 2ESNA 4EUOA 4N13A 4F31B 2F97A 1B6HA 5JEIA 4I62A 3IOVA 3SEWA 1MDQA 4NF8A 4MBPA 3FJGA 3O6IA 1YAEA 2ONKE 3FIRA 1Z7NE 5J1DA 1H45A 5B7DA 1QVSA 3Q26A 2Y7PA 3ONMA 3CFXA 2I3VA 4EXKA 1B1HA 3CRBA 1P1OA 2CMOA 2XXIA 3CR9A 1FCKA 5H8SA 4I8CA 1N7WA 1M5BA 2Q2AA 4THIA 1LB8A 1LBBA 4JSDA 4BDQA 2KLFA 4QFNA 3T66A 4JWOA 2UVJA 1JW4A 3FJ7A 1B32A 5I58B 3TTMA 1JQFA 5KCJA 2B3BA 3OO9A 1H76A 4QF9A 3FXRA 3EHUA 3PMWA 2F6PA 2D21A 3A09A 2V3UA 4ZZAA 2ONSA 3U8QA 4TQUQ 1AL3A 4Q0CA 1PEBA 2HZLA 1FQAA 4H8JA 4PFUA 5H8QB 2PYYA 4GXSB 4E0XA 4BDNA 3OO6A 2F35A 4U23A 1PC3A 2YPNA 3IB1A 5FTIA 1T0KA 4KHZE 1US4A 3M3KA 4YU0A 3C34A 3C4MA 2AYSA 4O3CA 1SI0A 2RINA 5CM6A 3F11A 2UYEA 2DOJA 2P2AA 5EHMA 3RTFB 3OELA 1H3DA 5AA4A 2Z22A 3KSJA 4PE5B 3H4ZA 1CB6A 2IA4A 4R9FA 1Y1ZA 3B6TA 4Z0IA 4YKPA 2XHDA 1NKXA 4O3BA 4EF1A 2DWIA 2DVZA 3KJ7A 3FD3A 2QS2A 3Q27A 1MQGA 3C36A 4N07A 2D5WA 2O68A 2G93A 3IL1B 4KYSA 2ZMBA 2RC8A 4XXUA 3FJMA 1QW0A 2DSFA 3OO7A 2OWSA 4F1UA 3SESA 3FXUA 1BKAA 4G77A 4R75A 4PQJA 1FQBA 2H99A 3MPLA 3A3UA 5I2KA 5L8DA 3SERA 2P1SA 4KI0E 4R74A 1JVXA 1Y9UA 1MS7A 2UVHA 1UTBA 4BDRA 3THIA 2OCUA 3RNNA 4YB6A 2DWHA 2R9JA 1FTLA 4FATA 5FTHA 1MXYA 1P1QA 4RPOA 1RYXA 2X7PA 4XKNA 3LBSA 3KZGA 3KGCA 3K2DA 1BIYA 3JV9A 2Y84A 3H6VA 1B5JA 3L6HA 5CMCA 1B05A 1OLAA 4C1UA 1ATGA 2P0SA 1FTMA 5KDTA 1VSOA 1PB8A 2AIXA 3V8XB 3B6QA 1NH7A 2DWAA 1URDA 1LLSA 4QSEA 1IEJA 2HAUA 1Y3QA 4FECA 3G3KA 3O29A 1S9TA 2NOOA 4KQPA 4NTLA 4OESA 1XC1A 2R6GE 4HCYA 1MXWA 4M1VA 1XVXA 2Y7IA 1SW5A 3O2AA 3RT6B 3U94A 1ZKBA 3USDA 1OLCA 4YMBA 4ZE8A 5I57A 1MH4A 1H43A 3RLFE 1NFTA 3LSFB 4ZECA 4U22A 1MY2A 2F7BA 3QIMA 4F3BA 4NF8B 3RT8A 2RCAA 2HCAA 1WVJA 2O69A 2I6EA 3LUYA 4IO6A 1A99A 1N3XA 1B46A 2F6GA 3HPIA 1OQHA 3TTLA 4R73A 3TAJA 4OETA 1QJMA 1UTHA 2X7QA 2NWJA 3ILUB 2Z8DA 1IIWA 2VD2A 1A54A 2DQVA 3FZVA 4O3AA 3VLUA 3PD9A 3W9VA 1SBPA 3R7XA 2I4CA 2F8DA 3ECRA 5CRYA 2DXYA 1PDAA 3G3GA 3JZJA 2HXWA 5KCJB 1SQYA 1IXCA 3UORA 2ZYOA 3KBRA 1MY1A 3PUVE 1MQDA 3MVXA 1NNTA 4GFRA 2DE4A 4FEBA 3FVKA 4IY5A 5DT6A 4X1BA 4F2QA 3R6UA 3IOUA 5JK4A 1I6AA 3ZKLA 3GXAA 1JEUA 2V25A 1AH5A 1LFGA 2AL5A 4LUBA 1M5EA 1SD3A 3H7MA 3IB2A 1P1WA 3CIJA 1FQEA 3QK6A 2QS1A 4F1YA 3HV1A 2Q88A 1MPDA 3PUYE 4GF8A 2XD2A 4KYEA 1B3LA 3OO8A 1NNKA 2M8CA 2PMSA 3MVWA 3O6GA 5AA4B 3TQLA 3UP9A 4H8IA 3VFJA 3IOTA 1B5HA 3HHGA 4JWYA 1PB7A 1LAGE 4HTGA 2O1LA 3Q29A 1GV8A 2ONRA 4RPNA 4K3FA 3R26A 4YKJA 3W9WA 4XKQA 4ND9A 2ZNSA 1FTKA 4NF5A 4EF2A 4FE8A 4KCDA 3WAFA 2Q89A 3IJOB 1LGBC 3MUQA 2Q9TA 1DMBA 2CZLA 2XXXA 4OQOA 1BLFA 5I2KB 3G3FA 3N5LA 4F1VA 1XOCA 2DS9A 3T9UA 4AB6A 4IB2A 1R9QA 4PFYA 3QUFA 1LFIA 4JSOA 3LSWA 5L9MA 3H06B 3TTRA 3K6XA 1EZ9A 1R6ZA 4IGRA 1UTBB 4LZ7A 5HPQA 5TPAA 3BKIB 3OXNA 3OEMA 3TDJA 1AIVA 1B7ZA 5BWJA 1Q35A 4DXUA 2GFEA 4ZDMA 3OSRA 4FJPA 3QUJA 1F9BA 3IK6B 4GOTA 4EQ7A 2XX7A 3T9HB 4RY1A 4G2ZA 3TCHA 1KWHA 2H4IA 5KDTB 2FNCA 2O7IA 3MC2A 3MZ1A 5IKBA 2HEUA 3FGSA 4IO7A 4ONYA 4ZEDA 4U21A 1DOTA 3PPOA 2OBGA 1ZLQA 4P0GA 2V3QA 1SDXA 1L5TA 1B3FA 4ELOA 2QMWA 1M5DA 1TFAA 4U1OA 3ILTB 3MP1A 4RA1A 5F1QA 2ZYKA 1MY4A 4PFWA 2D3IA 3K6VA 2I3WA 5EHSA 2RCBA 3PPRA 2AL4A 2I48A 5I57B 4H6DA 3MP6A 3FVGA 2I58A 1AMFA 2R71A 4F39A 5BUUA 1ZJLA 2XD3A 4IGTA 2ZYMA 5FHNA 3OOAA 4Q5TA 3C32A 2Y7KA 2I49A 4IY6A 4JWXA 4ELQA 4FIMA 3TFLA 3SEYA 2XX8A 5ICTA 4EDPA 4JDFA 2XX9A 3PUXE 1BP5A 4MF3A 2H98A 3L6GA 2ANJA 4M4GA 1GTKA 1UTHB 4OMBA 2DXRA 1POY1 2QS4A 5K2YA 4QSCA 1LCTA 3VVDA 5CBSA 3UN6A 4GIZA 4F29A 2O1MA 2OZZA 5CMKA 2FA7A 4OHNA 3KOSA 3OENA 5TU0A 2ZNTA 2A5TA 4KPTA 1CE2A 4G8HA 3RY3A 4ZEFA 4Q8RA 4KD5A 4QFLA 1P1NA 1I69A 5I2NA 5DEXA 1O7TA 3T9XB 3T96B 2E0SA 1H44A 4OEVA 2HZKA 4DXCA 1QUIA 3SEVA 3S9LC 2B3FA 5HM4B 2XXTA 4PETA 4OFLA 1R9LA 3TODA 2HQ0A 3C31A 3G3JA 1IXIA 2Q2CA 4BDOA 4JXIA 4H67A 3EHSA 3MWBA 3QYTA 1N7XA 1M5FA 4YB5A 3KEIA 4OWDA 4DDDA 3TQWA 4HCWA 2XXPA 2LAOA 1FW0A 5JTYA 3DP8A 1B1XA 4YMAA 1GGGA 4EQBA 4OYVA 2DE2A 4R2FA 4RJZA 1A40A 3PPNA 3TZAA 4C0RA 3IAZA 3A3CA 4ZZEA 1IUDA 4X9TA 4R6YA 1XS5A 3TYHA 3B6WA 3CSGA 3P7IA 5H8FA 2XXRA 4OTEA 3TMGA 4KCCA 2PT1A 1FTJA 4RXLA 2UYFA 1Y3NA 3H6WA 4MLVA 1I6QA 1WDNA 4YB7A 1I6BA 4JB7A 2OWTA 4OFOA 4X48A 4ZS9A 4YKIA 4IO2A 4F18A 4NF5B 3FUZA 1SW4A 2O7UA 1FQFA 4GL8A 3FV1A 4LVQA 3S9MC 1FQCA 1N0TA 3CFZA 1HSEA 5IAIA 4POXA 2O6AA 3V89B 4ZE9A 4IO4A 4NF6A 3MAMA 1ELJA 2QRYA 2O51A 4XKPA 4GLIA 4LQ2A 3M3FA 4G68C 3SKPA 3UIFA 2H9BA 2VGQA 1FQDA 4F2OA 4MH5A 1MPBA 3PUZE 3EQ1A 5CMBA 1B2HA 5TPAB 3KSXA 1DPPA 4R72A 4HW8A 3G7WA 1DTZA 3K00A 5DVJA 1TWYA 2THIA 2RF1A 3O66A 4XTCQ 3SEUA 5I56A 3CG3A 5H8HA 1GR2A 3MPKA 4NWDA 3K4UA 3PV0E 3CI8A 2PBWA 2VHAA 3RPWA 3KG2A 4G68A 1USYH 4G8MA 5AA1A 2XXYA 4G4PA 3IOWA 5KZTA 4GD5A 3W15C 4RK2A 4LATA 1B5IA 1MXUA 3HN0A 3QSLA 1N76A 2ZNUA 1HSJA 2VP1A 3QAXA 4YICA 5I59A 3VE1B 4XIGQ 2FYIA 5K2XA 5B70A 4RYAA 4F3PA 1D4NA 4H5FA 1US5A 2PVUA 3DM0A 3OMBA 4GRKA 5LOMA 4OXVA 1MPCA 1ZBMA 3VLWA 5EYFA 5A5XA 4OEUA 4DZ1A 5AA2A 4NF4A 1YTVA 4N6PA 2F7CA 1XVYA 2DP8A 5AA3A 3TCFA 3H03A 1NNPA 3MBPA 5DVFA 2Q8JA 4AB5A 5DYHA 1LAFE 4QHQA 4KYDA 4ESXA 3U72A 1OIBA 3VVEA 4U1ZA 3VXBA 3EHTA 3LSLA 5DVIA 3CVGA 2ABHA 2Y7WA 5FHOA 3RQTA 1ZMGA 3N6TA 4EQ9A 4ZEKA 4NMYA 3K1PA 4R6HA 5ICQA 1LCFA 4P11A 3D4GA 3GZGA 4G8NA 3S2VA 2QS3A 3K0VA 4TLLB 3CSBA 2Z23A 3VDFA 2A5TB 2NVUB 1JW5A 4IO5A 3E3KA 1B4ZA 1MQIA 3S9NC 3MVZA 5I2NB 5DEXB 1MM6A 1URGA 1R1NA 4GWOA 4WEDA 1YCJA 4I9DA 1BTJA 4R9GA 5CMMA 1S7YA 3T9VA 3PPPA 4WEPA 3VLVA 3DP4A 2B65A 3JYRA 4NE4A 1MM7A 1LFHA 1MRPA 3KOTA 2RC9A 2QMXA 1JVYA 4MFIA 5JTYB 3T93B 3ZSFA 3GLBA 5I84A 1UIUA 2RKMA 1QKAA 1ANFA 1QUJA 1MQJA 4NEDA 3MQ9A 2ZXTA 4QRZA 1MXZA 5L9SA 4ZEBA 1LSTA 3E4RA 5F7VA 4P0IA 3PUWE 5H8FB 1DSNA 4QFOA 1ZU0A 1B9JA 1JETA 3O6HA 3SEXA 1MQHA 4ELPA 3FASA 3ZS6A 2XXHA 4LZ8A 1OQGA 2UVIA 4QSDA 3KN7A 4LA9A 4L17A 3BFUA 4XKRA 3E13X 4KR5A 1N84A 1XT8A 2HAVA 1UIVA 3TKDA 3KFMA 3MP8A 2V93A 3OSQA 5H8NA 2GHAA 2X26A 1IQ7A 3E9XA 4ZEIA 1Y20A 2V3TA 4DXBA 1IITA 3TTKA 5CI5A 1QUKA 1QKBA 4OERA 4TLMB 1TXFA 2GHBA 3MJNA 4NF6B 2UVGA 4FEDA 1B7UA 3FV2A 3AXFA 4PFTA 3O97A 1IZ1A 3T22A 3PD8A 1NNFA 2F34A 3M3LA 3IJXB 1YPNA 4OENA 3K1NA 2HFBA 2F78A 4LP2B 3RGYA 5M2VA 3RUMA 2OK2A 1URSA 4YZZA 2XXWA 3DELB 1B4HA 5I56B 4JBZA 1SW1A 5H8HB 1N3WA 4GXAA 1B3HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F3SA 1MG1A 3G3IA 2W7YA 4G68B 1GVCA 3SDFA 3V83A 4BLAA 1SYIA 3EF7A 2IEEA 2GH9A 2F36A 3IORA 4F19A 5AA2D 1B40A 1MXVA 3QXMA 1TFDA 3U93A 5I59B 2H5YA 1NV1A 3T1BA 4PAFA 1P1UA 1IXHA 5I3SA 1MH3A 2KQZA 3MW0A 2UXAA 1LB9A 1HSLA 4KFQA 3KN8A 3BFTA 3U1OA 5F24A 2NUVA 4AQ4A 5A5XB 1A55A 2YLNA 3BIGA 4I1DA 5LDZA 5FBPA 5AA2B 4NF4B 4IO3A 1D9VA 1JW1A 2WKYA 4N91A 1MDP1 3Q28A 1WODA 2ALUA 1INPA 1NV6A 4LQ5A 3N26A 3TEPA 4N81A 1LBXA 5CBRA 3H3GA 4F3GA 3OD7A 2RC7A 4GWZA 4PGPA 1O64A 3IX1A 3FVOA 3K1MA 4BDLA 4Z7EA 3UA8A 1A8FA 5IZ3A 2XXUA 3GBBA 4POWA 2REGA 1OVBA 5ISUA 2GRVA 3I3VA 4GQOA 4H65A 2ZZWA 1YZ0A 1DPEA 1TT1A 1S50A 4H0WA 2Z8FA 2L5VA 5I5PA 3PPQA 1SVXB 3NOHA 3K01A 2QSXA 3PU5A 4OVJA 4DCXA 1XI6A 3TUSA 4YAHX 4PP0A 5T3JA 2BJJX 2WYPA 1NI9A 4FORA 4ECFA 1D9QA 1VE4A 4RK9A 5TP9A 2F3BA 4HXVA 3HO7A 1XHYA 1NL5A 4P56A 1J1NA 4GL0A 3Q25A 1NMUA 1MY0A 3BIHA 5HBCA 1OVTA 1USYE 5J16A 1B3GA 2F5XA 4DIGA 1B3EA 2CZKA 4DE8A 1EZPA 2E1SA 4GWXA 4F22A 3FATA 3VXCA 4DLDA 3IO6A 4ELRA 3VV5A 2QPQA 4MMPA 1AOVA 4HE2A 2Q74A 2QVRA 5DTBA 4GVOA 1P99A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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