5L9SA

Structure of agrobacterium tumefaciens c58 strain pbp attc in open unliganded conformation
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
MEQRVVIATTGGTYEKALREAWFEPFTKATGIKVVTVSGTDAEKRAKVTAMVQTGNVTWDLYLDGEIQAGSDAHFAITEDLSDFCMQFINSTDLLADSCTRGGAKLQSTSTLLAYKLNENGSNPQTWADMWDLAKFPGARSFPNFDDPWRVLAAALLADGVPREKLFPLDVDRAFRKLDELRDSVQVWWRTGDQSVQAFRNDEYRVGQIWLTRAKALKAEGYKIGWSYDGAFLVGDRIALVRGAPNRENALKLIEFWLRNPAAQAKACETLSCTPPSQKAISQMSSEARATLPSAADVENRIIVPDAQWINANMGMLVQRWNSWIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Mannopine)
publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
total genus 111
structure length 326
sequence length 326
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9sA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9sA01
2RCBA 4GL0A 2UXAA 4LZ8A 1MY4A 5ITPA 4RY1A 1MM6A 3E3KA 1UIVA 2I58A 3FVNA 1XT8A 3FUZA 3M8UA 3OO8A 4ELPA 2Y7PA 1RKMA 1BTJA 2X7PA 3HHGA 3N5LA 5BUUA 3PUXE 2RCAA 4H5GA 3ZSFA 5H8FB 2NWJA 3TYHA 4FEBA 4OZ9A 2G93A 2VP1A 3TKDA 1TFDA 3IAZA 1I6AA 4R6KA 1TFAA 4IO4A 3MUQA 2CZLA 1WDNA 3RQTA 3C33A 5JTYB 4IO7A 1M5EA 1UTHB 2O7IA 2ONRA 4JBZA 2HAUA 3FIRA 4U1ZA 3LC8A 4R6YA 2OWSA 5M2VA 3PUYE 3RLFE 5H8FA 3RTWB 4NF8A 2AIXA 1MDP1 2O84X 1OMPA 5H8NA 3L6GA 4GRKA 3RUMA 4DDDA 4POXA 3CR9A 4XXUA 3RN8A 1HSEA 2XXQA 3IOVA 3I3VA 1MQJA 3U8QA 3SERA 4OERA 3V83A 2THIA 2F36A 1B0HA 1YCJA 5EHMA 2UVIA 4OHNA 4RPNA 4YU0A 2O51A 2V3QA 1FQAA 4FE8A 1DPPA 4DE8A 1B52A 4PP0A 4WEPA 3BKIB 3RTFB 3O28A 4OFLA 1JW5A 2I0BA 3K1PA 4RK2A 3W9VA 1A8FA 4X9TA 4GQOA 4FIMA 2I6EA 3R6UA 4U4XA 4BDMA 1LFIA 5KCJB 4EXKA 2UVHA 1B05A 5I59A 3FXRA 3WAFA 1FCKA 3MQ9A 4QRZA 2H99A 3TODA 1SI1A 3UGWA 3IL1B 4F1UA 1USYH 3FATA 1SDXA 2NXOA 4BDLA 2F8DA 4YKJA 3S9NC 4YICA 2DVZA 5KCJA 2Y7RA 1OLCA 2A5SA 2XX8A 2BJJX 4OFOA 1ATGA 4F3BA 3KJTA 5AA2D 2FYIA 3T93B 4EXLA 1II5A 4ZEIA 5FHOA 1EH3A 5F1QA 1R9LA 1A55A 3CSGA 4G8NA 1EZPA 4I8CA 3U72A 4KYSA 1LCTA 4H65A 1B3HA 1MXUA 4X48A 4E0XA 3CG1A 3ZKLA 3MZ9A 4NF4B 4THIA 5ISUA 4GL8A 4G8HA 1T0KA 2OK2A 1A40A 1OVBA 1IITA 2OCUA 4LZ5A 3LR1A 1FQFA 2A5TA 3PUVE 3K2DA 3OD7A 3B6TA 4RNSA 3G3FA 1ZIUA 2X7QA 1POTA 3DP8A 1SQYA 3K6WA 4MLVA 4R6HA 1UQWA 3FXQA 3IOTA 3H6WA 2DP8A 4JXIA 4C1TA 2I3VA 4ZDMA 4MBPA 4XKPA 3UA8A 2QS4A 4EF1A 1FQCA 1ZJLA 2DXRA 2XHDA 2F97A 4ESWA 1B1XA 3G3HA 3KFMA 2DXYA 4R9FA 5DT6A 3TTNA 4MH5A 5I56B 3HO7A 2OJTA 3IO6A 4PFYA 2PMSA 4UA8A 3OEKA 4ZZEA 3EHUA 4KYEA 1SVXB 2F35A 3M3KA 2GHAA 3N26A 1S7YA 2ZMBA 1FTKA 3MBPA 4IB2A 1N3XA 1IXIA 5I2NB 1M5CA 3G3JA 3QUFA 2PVUA 1OQHA 3A3UA 3TPAA 2GH9A 5JEIA 3LBSA 1BKAA 3FJ7A 4EQ9A 5DVIA 5J1DA 1MY1A 4OEUA 2VGQA 2Y7KA 4XKRA 1JVYA 3VXBA 4DCXA 3K1MA 1H43A 3D4CA 3TQLA 3KN8A 4JSOA 1LLSA 4ZEDA 5CM6A 3CIJA 2E1SA 2QSXA 4ELRA 4DXUA 2IEEA 5DVJA 2DE2A 3QK6A 2ESNA 3FV1A 4FATA 4F29A 1MM7A 4KR5A 3C36A 3LUYA 4PQJA 2XXYA 3RT8A 2QJEA 1QUKA 4L17A 1YPNA 1SD3A 1NL5A 1PB8A 2RC7A 1H45A 2QL3A 2UYFA 4YKKA 4ZZAA 1VSOA 5CBRA 2ANJA 3E9XA 3K02A 4TOZA 2B3BA 4LA9A 5DVFA 3S4UA 2Q88A 1F9BA 1RYXA 1FQDA 5TPAB 2PX1A 4LATA 4R73A 2NOOA 3H6TA 4ZECA 2DWHA 1Y9UA 1B4ZA 1B3LA 2ZNTA 1FQEA 4DIGA 1DMBA 4N6PA 2PT2A 1FTJA 4EF2A 1TWYA 4OESA 2IA4A 4OEVA 3OO9A 3IB2A 3T9UA 1N76A 2AYSA 2Y7IA 3L6HA 1MY0A 4HCYA 3PMXA 5TPAA 4H1XA 2O6AA 3JZJA 1Y1MA 3VLVA 3OO6A 2Q2CA 2ZXTA 4OETA 1D3KA 1DTGA 3PPOA 3EHSA 3T9HB 3UIFA 2E0SA 1B4HA 3ILTB 5TU0A 1CB6A 3EQ1A 5CI5A 3CG3A 2DVCA 5KDTB 1PB7A 1JW1A 1WVJA 5KZTA 4H67A 1MQIA 4UACA 2X26A 4NF5B 3MZ1A 4GWOA 3GLBA 3SETA 3UK4A 1AMFA 3K1NA 1JEUA 3MVXA 3VXCA 5EYFA 4G8MA 2F34A 3S9MC 1MY3A 1B5HA 1URDA 4P0GA 1NH8A 1P1OA 4YKIA 2D5WA 3A09A 2XX7A 4H6DA 4HCWA 2VOZA 2I48A 4C1UA 4IGTA 4XTCQ 1ZTYA 1B3FA 2O1MA 4QFKA 2D21A 1KWHA 2H5YA 3DP4A 3DP6A 5L9MA 4OXVA 3WAEA 1I6QA 1OLAA 3IJOB 5H8SA 1AH5A 5FTHA 3C34A 1IEJA 2QS2A 3QAXA 2H4IA 2VHAA 1H44A 2QMXA 2XXPA 4QF9A 5AA1A 4YMBA 3RPWA 1N84A 3C31A 4Q30B 4NF8B 3KN3A 2HQ0A 4N13A 5H8NB 4YB6A 2R71A 1POY1 3QYTA 1XHYA 5H8HA 5DYHA 4LQ2A 1O64A 4G68A 3T9VA 1DSNA 2XXUA 3HN0A 1I69A 5DEXB 5DTBA 3KSJA 4JDFA 2OWTA 1P1UA 4F1YA 2F7AA 2XXHA 1B9JA 3LSXA 4GLIA 3FJGA 4Q8RA 2O68A 3USDA 1SW2A 4G2ZA 1VR5A 3GBBA 3T66A 2PBWA 1DTZA 2DQVA 2Z8EA 3MW0A 1QJMA 2UVGA 2WKYA 3N6TA 3TDJA 2XXVA 4QSDA 5DEXA 1XS5A 2XXXA 3VLWA 4QFOA 4FJPA 3CFLA 4JWXA 1US5A 3KEIA 5AA2A 3PPPA 4EQBA 2XXIA 4U21A 2V3TA 5B70A 1LFHA 2XD2A 1EU8A 3IOWA 5I59B 4RXLA 3OEMA 2Y7WA 4NE4A 1WODA 3W15C 4N07A 4NF6B 3CRBA 4H8JA 4O3BA 3LSFB 2QPQA 4YMAA 4EQ7A 1IUDA 1MPDA 1URGA 3IORA 3FVKA 2H9BA 1MXXA 2DYXA 4AQ4A 5EHSA 4I9DA 2ZNUA 3CFXA 4NMYA 2OLBA 2ZYKA 1NH7A 2RC9A 3U93A 3E13X 3FXUA 4ZE8A 4NF6A 3SEUA 4ELOA 3OELA 3KGCA 1LBCA 4G4PA 1A8EA 1Z7ME 2ONSA 1IIWA 3B6WA 3TEPA 4OMBA 3E4RA 3HPIA 1B7HA 3MZBA 2Q89A 3IK6B 1GGGA 4MF3A 2A5TB 1QUIA 1S50A 1BP5A 3RNNA 1B6HA 3SEVA 3CVGA 4LVQA 3U92A 2R6GE 4YKPA 3MWBA 1P1WA 2CMOA 1LCFA 3ZKKA 3S2VA 3ZS6A 3N6UA 4NTLA 4PFWA 4GFRA 1R6ZA 4HS7A 4ZEBA 3PUZE 2I0CA 1MQHA 2KLFA 3O6IA 4R2FA 3IOUA 3T9XB 4G68C 2ONKE 1MXYA 1QVSA 1Y20A 1PBQA 3C4MA 5I2KB 1YTVA 2HXWA 4WXJA 2QMWA 2Q9TA 2M8CA 4U2RA 4YAHX 3H7MA 3LSLA 1LB9A 2HEUA 1QKAA 1SW5A 1I6BA 4MFIA 3KG2A 3K00A 1A99A 4H8IA 4GOTA 5F7VA 2P0SA 1PEBA 5AA4B 2GHBA 3CI8A 4M1VA 3S9EA 3MVZA 2AL5A 4DCYA 3VLUA 4LP2B 3KOTA 2FA7A 1M5FA 5I2KA 1OVTA 2ZNSA 1B0LA 3KN7A 1VFDA 3THIA 3OO7A 1XC1A 5I57B 3C32A 3PD9A 5JK4A 2ZYNA 1Q1KA 1QW0A 3EF7A 2XXRA 4FECA 3LSWA 1FTMA 5FTIA 5AA4A 1P1NA 1R1NA 3H3GA 4KPTA 2OBGA 1D9YA 3KZGA 3Q28A 3TMGA 1B46A 3F11A 3TAJA 1JETA 4NWCA 2NUVA 1GVCA 5I57A 1B3EA 1SYHA 4R74A 3KSXA 3ODBA 3ONMA 3K0VA 3EN3A 2RKMA 2O69A 4GXAA 4QHQA 3Q27A 1IXGA 1PBPA 3O6HA 2XD3A 4U1OA 1MPCA 1A7LA 2B65A 4F2QA 1Y3NA 4OWDA 4Q0CA 3MP8A 5FHNA 4F3PA 3K4UA 4DZ1A 3FV2A 5H8QB 4YB5A 3VVFA 1Y4CA 3DM0A 4NWDA 2XX9A 3PPNA 1JNFA 4RA1A 1Y4TA 4R2BA 5ELVA 1R9QA 4XKNA 1MQGA 1TT1A 4IGRA 1JW4A 4HW8A 1SBPA 3QSLA 2V25A 1MDQA 4XKQA 5CRYA 4BDQA 3G3IA 1N04A 3PUWE 3TCGA 5ITOA 3QXMA 5H8QA 2D3IA 3K6XA 2YLNA 4Z7EA 1IQ7A 2V93A 1JQFA 4ONYA 1SYIA 1LAFE 5I58B 2ZYOA 4RPOA 4E0WA 5A5XB 2YPNA 2H98A 5CMKA 4ZEKA 1MXWA 4RK9A 4TQUQ 4F3SA 5I84A 4KQPA 2P2AA 5HM4B 1FTLA 3MAMA 3EHTA 1UTBB 2REJA 1N7WA 4EDPA 1DPEA 4IY5A 5L9OA 2HCAA 1JEVA 1UIUA 5CMMA 4X1DA 3FVGA 3MC2A 5I58A 3RT6B 1OIBA 5A5XA 4F3GA 2G29A 3SKPA 4KHZE 3RY3A 4R72A 4NEDA 1MRPA 4WEDA 3OENA 1M5BA 1MXZA 4FORA 1MH3A 2Z23A 1MS7A 1P99A 1NMUA 1AOVA 4JWOA 1UTBA 4EUOA 4FEDA 3CSBA 1O7TA 3H4ZA 4K3FA 1URSA 3M3LA 4IO2A 4JWYA 4KI0E 3TCHA 3DLNA 3SEWA 2DWIA 3S9LC 4TLMB 1B7ZA 4H0WA 1N3WA 3PMWA 1US4A 3PU5A 1MQDA 4P0IA 4M4GA 4RJZA 5BWJA 2DWJA 4KCCA 2DE3A 1O63A 2B3FA 4KFQA 4KYDA 2XXWA 5H8HB 4OENA 4IO5A 3VDFA 4G68B 2ALUA 2W7YA 4IO6A 1CE2A 4F1VA 2PT1A 1ZLQA 1ZBMA 4ZS9A 3K6VA 4PETA 2F7BA 3UORA 1NKXA 2YJPA 1MPBA 2GRVA 3IR1A 3TTLA 1FTOA 1BIYA 3OSQA 3OXNA 1H76A 1LBBA 5TP9B 3PMVA 1D4NA 4ISUA 4OFJA 3U94A 1ZU0A 3QIMA 1B58A 1B5IA 4PFTA 3D4GA 4YZZA 5AA2B 2HFBA 1JVXA 4DXBA 1FQBA 2AL4A 4TLLB 3H06B 3RGYA 1ANFA 1ZKBA 5IAIA 4DXCA 5TP9A 2NVUB 4YB7A 5CMBA 3VE1B 3HSTA 4QSCA 4LQ5A 3FD3A 4U22A 1LSTA 5CC2A 3FGSA 2H25A 2HZKA 3M3FA 5FHMA 1Y3PA 4R75A 4ZEFA 4HTGA 3C35A 5JTYA 1UTHA 1B3GA 1VFEA 2RC8A 2O7UA 1A54A 3MPKA 4PE5B 4QSEA 2XXTA 4OQOA 2Z8FA 3K01A 1DOTA 3PPQA 3V8XB 4OYVA 1AL3A 2UYEA 3O6GA 5IKBA 2QS3A 3G7WA 4O3CA 2F6PA 4F19A 1P1QA 2DE4A 3CFZA 4BDRA 4ECFA 4QFNA 1GV8A 3Q29A 3H6VA 3TFLA 1OQGA 3MVWA 1BLFA 1LFGA 4LONB 2PYYA 3AXFA 1B5JA 4C0RA 3Q26A 4LUBA 1PC3A 2Z8DA 5AE4A 1J1NA 4PFUA 4U4SA 3JV9A 2OZZA 3W9WA 3IX1A 1H3DA 3V5AA 3N94A 2P1SA 3IO4A 1NFTA 1VE4A 3C9HA 4BLAA 1TXFA 1LAGE 2I49A 2I4BA 4QFLA 2DOJA 3B6QA 3GBAA 1M5DA 2VD2A 2F78A 4MLQA 3ECRA 1GTKA 5HBCA 4XIGQ 3O29A 1SI0A 1NNKA 2HZLA 4GXSB 4F31B 4JSDA 1B1HA 1MXVA 1SW1A 1QUJA 4GIZA 1NNFA 2UVJA 3I6VA 5L8DA 3TTKA 1PDAA 3TUSA 3U1OA 2I4CA 3UP9A 1HSLA 3HCQA 5HPQA 3MJNA 4POWA 3EPEA 2RINA 3KOSA 5L9SA 3OOAA 2O1LA 3H03A 3UN6A 4GF8A 4R9GA 1B51A 3I5OA 2QS1A 4NF4A 1L5TA 3HHFA 3Q25A 4U23A 4ELQA 3IB1A 1B40A 3FASA 1PB9A 2REGA 1B2HA 3H6UA 3G3GA 3R7XA 3TZAA 1MY2A 1N0TA 3K6UA 2R9JA 1FW0A 4H5FA 3SEXA 4LZ7A 2DS9A 3R26A 3KJ7A 3MVYA 3V89B 2FNCA 3TTMA 4FAJA 3O2AA 3MP1A 3QUJA 3SEYA 3JYRA 4BDOA 5I56A 3PGFA 1Q35A 4P11A 1YAEA 3B7DA 4DLDA 2F5XA 1GR2A 3OMBA 4WKMA 2HAVA 1AIVA 1IZ1A 2F7CA 4Z0IA 2DSFA 1QULA 1Y3QA 5I2NA 3KBRA 1ELJA 3MPLA 5ICQA 4RYAA 5ICTA 1LAHE 3TTRA 3IB0A 1QKBA 1LB8A 2ABHA 1Z7NE 3PV0E 4OVJA 2F6GA 4IY6A 1LGBC 1Y1ZA 3SDFA 3ILUB 1HSJA 2DWAA 4AB5A 1MG1A 3VVDA 5K2XA 3OSRA 5K2YA 3O66A 3P7IA 4F18A 3T22A 2V3UA 4F39A 4QFPA 4BDNA 3FZVA 3FJMA 4ND9A 2VD3A 2Y84A 3TQWA 2Z22A 3VFJA 1IXHA 5CBSA 4KD5A 5AA3A 4I62A 3HV1A 3TELA 1EZOA 4Q5TA 3TCFA 1XVYA 4O3AA 3FVOA 4F2OA 3T96B 3BFUA 3MP6A 3BBRA 1B32A 2V84A 5LOMA 1IXCA 1SW4A 2QRYA 4X1BA 3SESA 5CMCA 3A3CA 3DELB 4JB7A 4G77A 4OTEA 3G3KA 3PD8A 1B7UA 3PPRA 4ESXA 4ZE9A 2ZYMA 4GVOA 3GXAA 3BFTA 1MH4A 3O97A 3O9PA 4F22A 1EZ9A 1XOCA 4GD5A 2RF1A 1S9TA 3VVEA 1D9VA 5B7DA 1XVXA 3GZGA 1NNPA 1USYE 4KCDA 3VV5A 2GFEA 1LAXA 1RYOA 3IJXB 4IO3A 1N7XA 4I1DA 4AB6A 2Q2AA 2LAOA 5KDTA 1NNTA 2I3WA 1ZMGA 4NF5A 2Q8JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RCBA 4GL0A 2UXAA 4LZ8A 1FSAA 1MY4A 5ITPA 4RY1A 1MM6A 3E3KA 1FBEA 1UIVA 2I58A 3FVNA 1XT8A 3FUZA 1FPLA 4JVDA 3M8UA 4XFEA 3OO8A 4ELPA 2Y7PA 1RKMA 1BTJA 2X7PA 3HHGA 3N5LA 5BUUA 3PUXE 2RCAA 4H5GA 4MCOA 3ZSFA 4H45A 5H8FB 2NWJA 3TYHA 4FEBA 4OZ9A 2G93A 2VP1A 3TKDA 1TFDA 3IAZA 1I6AA 4HE0A 4R6KA 1TFAA 4IO4A 3MUQA 2CZLA 1WDNA 3RQTA 3C33A 5JTYB 4IO7A 1M5EA 1UTHB 2O7IA 2ONRA 4JBZA 2HAUA 3FIRA 4U1ZA 3LC8A 4R6YA 4PAIA 2OWSA 5M2VA 3PUYE 3RLFE 3KC0A 5H8FA 3RTWB 3RPLB 4NF8A 1LBWA 2AIXA 1EYKA 1MDP1 2O84X 3EKIA 1LBVA 1OMPA 5H8NA 3L6GA 4GRKA 3RUMA 4PGPA 4DDDA 4POXA 1FBCA 3CR9A 5LDZA 4XXUA 3RN8A 1HSEA 2XXQA 3IOVA 3I3VA 1MQJA 3U8QA 3SERA 4OERA 4NQ8A 2THIA 3V83A 1RDXA 1B0HA 1YCJA 2F36A 5EHMA 3BIGA 2UVIA 4MNCA 4OHNA 4RPNA 2OWZA 4YU0A 4PBQA 2O51A 2V3QA 3FXBA 1FQAA 4FE8A 1DPPA 4DE8A 1B52A 4PP0A 4WEPA 4P47A 3BKIB 3RTFB 3O28A 4OFLA 1JW5A 2WYPA 2I0BA 3K1PA 4RK2A 3W9VA 1A8FA 4X9TA 4GQOA 4FIMA 2WX9A 2I6EA 3R6UA 2KQZA 4U4XA 4BDMA 1LFIA 5KCJB 4EXKA 2UVHA 1B05A 5I59A 3FXRA 2XXKA 3WAFA 1FCKA 3MQ9A 4QRZA 2H99A 3TODA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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