5LA5A

Room temperature x-ray diffraction of tetragonal hewl. second data set (0.62 mgy)
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Uridine as a new scavenger for synchrotron-based structural biology techniques.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5la5A00
3EBAB 3GXRA 1D0LA 1GE0A 1QDTA 3WPKA 2H5ZA 4DD1A 4MR1A 4NHSA 5KJ9A 5F81A 1YKYX 4YEOA 5LYTA 3ZVQA 2ZIJA 1CKDA 1BVXA 1HENA 3WMKA 2W1XA 4H90A 5LA5A 3J4GA 3B0OA 1J1PY 1HMLA 1WVVA 2BQNA 2F4GA 2GV0A 1B7LA 3M18B 1B0DA 4G4CA 4MSTA 3TXIA 4H94A 5HQ1A 1GBXA 1JTPL 4QDNA 5KKIA 5L3HA 3WVYA 3TXGA 4QGZA 5HMJA 4PHIA 5KXYA 4Z41A 2VB1A 4R6CA 2BQCA 2YBIA 1LJKA 4KL7A 1VDTA 1GFVA 2BQAA 4TWSA 3CQLA 5LAGA 1KIRC 1LMOA 1AZFA 2ZILA 1DI5A 1OUCA 134LA 1IOTA 1HEQA 1UIAA 1JUGA 4H9AA 1KXWA 5APEA 1IC4Y 4H92A 4LGKA 1IY3A 1CKGA 3TXKA 3FI7A 1B7PA 3ZEKA 1QDRA 1NDMC 1B7QA 2F4AA 1GF3A 4GN4A 2FBDA 1IWWA 4NGYA 1LHLA 1BWHA 1NWGA 3AW6A 3W6BA 1NKHA 4ET8A 1D6QA 3A6CY 1IWTA 1IEEA 1QSWA 1GFKA 1LJIA 2BQKA 4KXIA 3TMWA 5LYMA 4LT2A 5LA8A 1VAUA 3HFMY 3TMUA 2MEHA 1AT6A 2DQDY 2HU3A 1HEWA 2YBJA 1GB3A 2Q0MX 4TTDA 1JPOA 4N0JA 3W6EA 1JJ1A 1BWJA 1LJEA 3VWOA 4WM5A 3W6FA 4ZIXA 5I4XA 2IHLA 5FHWA 1JKDA 1B5YA 4WM2A 1DPWA 1LZ8A 5APCA 5C6JA 1LJ4A 1UIFA 5L9JA 2BQOA 3LN2A 1IX0A 3N9EA 1C46A 4PRQA 1T6VL 1GBSA 2DQJY 4IASA 3RZ4A 4XYYA 4UWUA 2W1MA 4NGOA 4OWHA 1JKCA 4DD2A 1YAMA 1GWDA 4NG8A 3T36A 5I5QA 2RSCA 2EQLA 1DKJA 2MECA 5F9XA 1PZYA 1CJ6A 5IHGA 2MEDA 5FCPA 3TXDA 2C8OA 4DWXA 1CJ9A 1G7LC 4OW1A 4R0FA 5DN4A 3AZ7A 1GFAA 1LZCA 1LKSA 1V7SA 4PGJB 1QUSA 1J1XY 1LSBA 1YL1X 1PS5A 2CDSA 1B5ZA 1I56A 1ZVYB 1B5WA 2XJWA 2BQGA 3RW8A 1HF4A 1HFZA 3HBEX 1GAYA 3TXJA 1LHIA 1UUZC 1IVMA 1GB0A 1HSWA 3AGIA 5F14A 1ZMYL 1HERA 1IP7A 4RDSA 1DI3A 4NHIA 2FBBA 5K7OA 1HNLA 2YVBA 4GLAA 4XJDA 5M1YA 3FE0A 2D4IA 3A94A 4HV2A 1LPIA 3M3UA 1BVKC 4WO6A 4WM3A 4LFXA 1OUEA 1MLCE 5T3FA 2MEFA 3D9AC 1BB4A 3GXKA 3LZTA 1LSGA 2CWIA 5KXZA 1A2YC 2PC2A 1UA6Y 4XJFA 1WVUA 3P64A 4H91A 4II8A 6LYZA 3RU5A 4BAFA 1FLUA 4C3WA 4NGIA 4CJ2A 2BQBA 1JWRA 3A93A 1RE2A 4XJBA 5LVHA 4FDYA 4CFPA 1FBIX 1IIZA 1HEOA 1IP4A 4DD7A 1LSDA 5KXTA 2BQJA 1VFBC 1LZ6A 1LSNA 3AYQA 3P65A 5B1GA 4H93A 1XGPC 3N9CA 2LZTA 3A92A 5LINA 5DL9A 4TSCA 4D9ZA 4GCFA 4DDBA 1YKZX 1LYSA 1QSAA 5F16A 4DDAA 1KXXA 1WQOA 1OQMA 4RW2A 3TMVA 4EOFA 1LMPA 3LYTA 1IC7Y 4OWBA 1IP3A 1IP2A 2H9JA 1DXJA 3SP3A 2DQGY 1GFJA 3WUNA 4Z98A 1OUIA 1FKQA 1LZAA 4LYOA 1MELL 2YBMA 1GBYA 3WUAA 1WQNA 4DYGA 2C8PA 5I54A 1XEIA 3A6BY 1REMA 3WXTA 1LZ5A 1RFPA 3BKVA 5KXMA 4X3BA 5LYZA 2FYCA 1LZGA 2ZQ4A 1IWUA 4W94A 2MEIA 4NHPA 4H9IA 3WUMA 2DKVA 3B6LA 5DLAA 4TSBA 2Z18A 5LAFA 5KXPA 1LSMA 2HEAA 2MEEA 2Z39A 1VDPA 5KXOA 4XN6A 7LYZA 1GF5A 3QE8A 1HEMA 2IFFY 1B5VA 3CT0A 3CT1A 4G4BA 3WL2A 4B49A 3WU8A 2NWDX 1RCMA 2BQDA 1GE3A 1C10A 4OWCA 1NF5A 1LJJA 5C6LA 4NY5A 1HHLA 3ZVQB 4PPOA 1YROA 5IDDA 2N5ZA 1GBWA 3LHMA 4NGZA 4BADA 4YEMA 3B0IA 1FLYA 2DBTA 1E8LA 3WPJA 1LHHA 153LA 1P2CC 3KAMA 2BLXA 3A95A 4WL7A 5D5FA 4DT3A 1FDLY 1JSEA 5ILCA 3N9AA 3A96A 5F9UA 1WTMA 4YENA 5J7CA 4NSJA 4XJIA 4WLDA 2AUBA 4WLYA 2EKSC 4O34A 5C6IA 1GFHA 4NWEA 4I8SA 1F6SA 2EPEA 4B4JA 4M4OA 3LYMA 1YANA 4NHQA 4LYCA 1YKXX 4OWAA 4UWNA 1JJ3A 3A67Y 2YBLA 1UIEA 3RNXA 3WXUA 1XGQC 1IORA 1GF4A 1D6PA 1OUBA 3WU9A 3TXHA 1GB6A 1B7MA 2DQHY 5HNLA 3AGGG 1CKFA 4N9RA 1D9UA 1LZSA 1NBYC 1GEZA 1HFYA 1ZVHL 2G4NA 1LCNA 4WOAA 5B59A 3A34A 4LT0A 2HTXA 4H9BA 4RW1A 2HEBA 2HEFA 3QNGA 2LZ2A 2DQFC 1GXXA 5L3IA 1IOQA 2DQAA 1TAYA 1GB8A 4KPMA 1IWYA 2Z19A 1GF7A 3EO5A 1HC0A 1A4VA 1I1ZA 2I26L 5B1FA 4DC4A 1IC5Y 1HEPA 3A91A 1XGUC 1V7TA 4U3XB 1GF8A 1B7RA 3TMXA 1BB6A 1YAOA 1LJHA 3AJNA 1LJGA 2DQEY 4H9EA 3TXEA 1GB7A 1OUHA 1LJFA 2HUBA 4ETEA 2G4PA 4DDCA 3TXFA 5LVIA 2ZNXY 1G7HC 4CFOA 3CB7A 1GFTA 2MEAA 1LYOA 2D6BA 5E9RA 1EL1A 5II3A 5LXWA 2YBNA 5LVKA 1IO5A 1D0KA 2XTHA 4N1EI 4NGWA 3ATOA 2YBHA 2CGIA 2LYZA 5D5CA 3IJVA 4TX7A 1QQYA 2D4KA 2YSSC 4NEBA 1JKAA 1GEVA 5APDA 1LMTA 4OWEA 4HJZA 1VDSA 3AW7A 1TEWA 4WG7A 4H9CA 2BQLA 4HJVA 3E3DA 4H9FA 4HSFA 3A8ZA 4PJ2C 3WH1A 5FELA 4IATA 1B7SA 3WU7A 4WMGA 3BKHA 4H1PA 2LYOA 1CJ8A 1IR7A 1G7IC 5KXSA 4GCEA 1YIKA 1JKBA 2MEGA 4TUNA 2Z2EA 1BWIA 4WO9A 5LVGA 1IWVA 1QUTA 5FSTA 5A3EA 1FLQA 1JJ0A 1XSFA 3B0KA 3LZ2A 4LT1A 1GPQC 1GFGA 1C08C 2F2NA 2G4QA 1LZNA 3HBDA 3WW6A 3QY4A 4LYZA 3CSZA 2FYDA 4HV1A 1RI8B 5FEKA 4XJGA 4OOOA 1IR9A 4NGJA 207LA 4H8YA 1GFUA 4PRUA 4Z3MA 2I6ZA 1LSPA 3CSRA 4B4IA 5DN5A 4C5FA 1C45A 1YILA 3WW5A 4IJ4A 4N8ZA 1IY4A 2ZYPA 1LTMA 2MEBA 4B0DA 4ETBA 1DQJC 2BQMA 5DM9A 5B07A 4ML7A 2HECA 1T3PA 1OUFA 3P4ZA 3G3BB 1VEDA 1BB3A 1QIOA 4I0CA 4DD9A 4N1CC 1IWZA 2ZQ3A 1ALCA 3P66A 1UCOA 1B5UA 1D0MA 5B06A 1NQIA 1LMQA 2F30A 4FJRA 4P2EA 1FN5A 2Z38A 1LZTA 1JIYA 2D4JA 1INUA 1IOCA 1H87A 4W96A 4AGAA 1G7MC 4LYMA 1IP6A 3IWRA 4L41A 5KY1A 4BS7A 1B7NA 2EIZC 4ZEEA 208LA 2W1LA 1BHZA 1IR8A 1GFRA 2DQCY 3OJPA 3WVXA 1O23A 2ZIKA 1LMAA 1CJ7A 4WM1A 1XGTC 4NSGA 1KIQC 1TDYA 1IOSA 2Y8PA 4WM6A 5HMVA 1CKCA 1YQVY 1HFXA 1WQMA 5AMYA 2LYMA 4NGLA 5I4YA 4YOPA 2BPUA 5KKJA 1LZ1A 1G7JC 2BQEA 2Z12A 1TBYA 2A7DA 1W6ZA 4HPIA 1GB9A 1HSXA 3A90A 5KXXA 1LZ9A 4GLVA 5B05A 1EQ5A 4LFPA 1EQEA 4NFVA 4NIJA 4AXTA 4NGKA 135LA 4KT3A 1JEFA 1GDWA 4G49A 1UICA 4HPEA 4WL6A 1OP9B 2X0AA 3WPLA 1LSZA 1LKRA 2WARA 132LA 133LA 1VATA 3AZ6A 5I53A 4B1AA 193LA 4J0LA 154LA 2HU1A 4G9SA 4H8ZA 4HTKA 1LMNA 3WYHA 1YL0X 1GD6A 1GE2A 4NHTA 3W6CA 8LYZA 4BAPA 5HLLA 2B5ZA 1JISA 1LOZA 1LZBA 2I25L 1UBZA 3ATNA 3G3AB 4MCKA 4RLMA 4XADA 4A7DA 5KXNA 1C43A 1JTTL 1KIPC 2ZNWY 4WM4A 4M6DA 3W3EA 4H8XA 1BB5A 1OUDA 1J1OY 2CJLA 2HEDA 3OK0A 1IP1A 3W6AA 1BB7A 4ZFPA 2BQIA 4QEQA 6LYTA 4CHXA 1GB5A 1WTNA 5LIOA 1LHMA 4XJHA 3WULA 4EMNA 4ET9A 4Z46A 1B9OA 1B2KA 4NWHA 1NHEA 1GFEA 2LHMA 4QY9A 1DPXA 4HTNA 1B5XA 1IWXA 1TCYA 1LZ4A 3LYOA 4GCCA 4E3UA 2HEEA 1GAZA 1DI4A 2BQFA 4H9HA 1LJNA 4NSHA 5EBHA 4LZTA 2ZYCA 1GXV2 4LYTA 3A3QA 4RLNA 1LJ3A 1LMCA 3CSQA 1LSEA 4G4HA 1BGIA 5IELA 1HELA 1UIBA 1Z55A 1SLYA 3B72A 3IJUA 5JENB 1I20A 1F0WA 1H6MA 4ETDA 2D91A 2BAAA 9LYZA 1GF6A 3F6ZA 1BQLY 3AGHA 1OUJA 5KXRA 1UC0A 4LT3A 1LZRA 1LSFA 4NGVA 1XGRC 1LYYA 1XFPL 1WQQA 3A3RX 1F6RA 1XEKA 3LYZA 3RT5X 4WLTA 4GN5C 4UWVA 1FLWA 5KXLA 4YF2A 194LA 1LZDA 4HTQA 3W6DA 1NBZC 4YM8A 1F10A 1WQRA 2A7FA 3EMSA 1LZEA 1UIGA 4CGEA 5KXKA 2YDGA 5I4WA 1REZA 1LHKA 3D3DA 1OUAA 5A3ZA 1HMKA 3AB6A 5E4PA 4HP0A 4OOTA 4DD3A 4HJYA 2BQHA 3CT5A 5LVJA 1LSCA 2XBRA 3AZ5A 2XBSA 1AKIA 4GCBA 5APFA 1JHLA 1W08A 1B7OA 3TXBA 1UACY 1REYA 4J7VA 1AM7A 1OUGA 4WG1A 1GDXA 2W1YA 1LYZA 4N5RA 1C7PA 1CKHA 1GBOA 4WLXA 1GF0A 1DZBX 4GN3A 3T6UA 1KXYA 3EXDA 1AT5A 4J1AA 1XEJA 4J1BA 1SQ2L 1NMMA 1UIDA 2BLYA 1ZV5L 1GHLA 4GCDA 1YAPA 5HNCA 1YAQA 3J6KA 1LSAA 3K3TA 4LYBA 1LAAA 1JITA 1N4FA 4ANRA 4ETAA 1IP5A 4DD0A 4ETCA 1LSYA 5ILFA 1GE4A 1JTOL 1DKKA 1REXA 3AZ4A 4NSIA 1FKVA 1UIHA 3ULRA 1EQ4A 1GE1A 4XENA 4B4EA 2DQIY 5FDJA 1CNSA 1LZYA 2Z37A 1RJCB 5KXWA 3MGWA 2Z2FA 1VDQA 1GBZA 3HBHA 1QTKA 2H9KA 1QTEA 3P68A 1NDGC 1GF9A 1LHJA 1GB2A 4NG1A 2ZWBA 1JSFA 1WQPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XJUA 3WPKA 1D0LA 1GE0A 2QARC 5LYTA 1L27A 102LA 3WMKA 1G07A 5LA5A 1OVHA 2BQNA 1WVVA 1B7LA 4G4CA 4H94A 1L92A 2Q9DA 3TXGA 4Z41A 1LJKA 1GFVA 3C7ZA 4H92A 4LGKA 3FI7A 215LA 1B7PA 3ZEKA 3PBLA 4GN4A 4NGYA 3AW6A 1L39A 3A6CY 1IWTA 4I7KA 4LT2A 2HU3A 2YBJA 206LA 2Q0MX 3W6EA 3VWOA 5I4XA 3DKEX 4WM5A 2IHLA 1B5YA 3HUAA 149LA 1C6NA 1SWYA 4PRQA 152LA 1GBSA 4UWUA 2W1MA 3F9LA 4NG8A 2EQLA 1DKJA 2MECA 3OE8A 4DWXA 1L67A 5DN4A 1GFAA 1PS5A 3G3VA 232LA 1C6AA 1L0KA 5F14A 5K7OA 4RDSA 2FBBA 1HNLA 4XJDA 1L37A 2D4IA 1LWGA 4HV2A 1L82A 244LA 3FI5A 4ARQA 144LA 5T3FA 1BB4A 3GXKA 2RB1X 4II8A 4BAFA 1FLUA 4NGIA 3EMLA 250LA 4XJBA 188LA 1IP4A 3SB9A 5KXTA 2BQJA 3P65A 1C6TA 1LW9A 2LZTA 1G0QA 1LYSA 1L71A 4RW2A 1JTMA 3LYTA 1C68A 4I7LA 1CV4A 4OWBA 1DYGA 3QAKA 1D2YA 1CX7A 1FKQA 1LZAA 1MELL 3WUAA 1WQNA 1REMA 1C6KA 1LZGA 2ZQ4A 2RB2X 1L20A 4H9IA 3B6LA 1ZYTA 1CX6A 2MEEA 5KXOA 7LYZA 3QE8A 160LA 1SSWA 3CT0A 3CDRA 3WL2A 2BQDA 1L75A 4NY5A 3ZVQB 5IDDA 2N5ZA 3B0IA 4I7SA 147LA 3WPJA 153LA 4WL7A 1WTMA 4NSJA 254LA 1GFHA 4I8SA 1F6SA 4M4OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EBA B;  3GXR A;  1D0L A;  1GE0 A;  1QDT A;  3WPK A;  2H5Z A;  4DD1 A;  4MR1 A;  4NHS A;  5KJ9 A;  5F81 A;  1YKY X;  4YEO A;  5LYT A;  3ZVQ A;  2ZIJ A;  1CKD A;  1BVX A;  1HEN A;  3WMK A;  2W1X A;  4H90 A;  5LA5 A;  3J4G A;  3B0O A;  1J1P Y;  1HML A;  1WVV A;  2BQN A;  2F4G A;  2GV0 A;  1B7L A;  3M18 B;  1B0D A;  4G4C A;  4MST A;  3TXI A;  4H94 A;  5HQ1 A;  1GBX A;  1JTP L;  4QDN A;  5KKI A;  5L3H A;  3WVY A;  3TXG A;  4QGZ A;  5HMJ A;  4PHI A;  5KXY A;  4Z41 A;  2VB1 A;  4R6C A;  2BQC A;  2YBI A;  1LJK A;  4KL7 A;  1VDT A;  1GFV A;  2BQA A;  4TWS A;  3CQL A;  5LAG A;  1KIR C;  1LMO A;  1AZF A;  2ZIL A;  1DI5 A;  1OUC A;  134L A;  1IOT A;  1HEQ A;  1UIA A;  1JUG A;  4H9A A;  1KXW A;  5APE A;  1IC4 Y;  4H92 A;  4LGK A;  1IY3 A;  1CKG A;  3TXK A;  3FI7 A;  1B7P A;  3ZEK A;  1QDR A;  1NDM C;  1B7Q A;  2F4A A;  1GF3 A;  4GN4 A;  2FBD A;  1IWW A;  4NGY A;  1LHL A;  1BWH A;  1NWG A;  3AW6 A;  3W6B A;  1NKH A;  4ET8 A;  1D6Q A;  3A6C Y;  1IWT A;  1IEE A;  1QSW A;  1GFK A;  1LJI A;  2BQK A;  4KXI A; 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 5KXR A;  1UC0 A;  4LT3 A;  1LZR A;  1LSF A;  4NGV A;  1XGR C;  1LYY A;  1XFP L;  1WQQ A;  3A3R X;  1F6R A;  1XEK A;  3LYZ A;  3RT5 X;  4WLT A;  4GN5 C;  4UWV A;  1FLW A;  5KXL A;  4YF2 A;  194L A;  1LZD A;  4HTQ A;  3W6D A;  1NBZ C;  4YM8 A;  1F10 A;  1WQR A;  2A7F A;  3EMS A;  1LZE A;  1UIG A;  4CGE A;  5KXK A;  2YDG A;  5I4W A;  1REZ A;  1LHK A;  3D3D A;  1OUA A;  5A3Z A;  1HMK A;  3AB6 A;  5E4P A;  4HP0 A;  4OOT A;  4DD3 A;  4HJY A;  2BQH A;  3CT5 A;  5LVJ A;  1LSC A;  2XBR A;  3AZ5 A;  2XBS A;  1AKI A;  4GCB A;  5APF A;  1JHL A;  1W08 A;  1B7O A;  3TXB A;  1UAC Y;  1REY A;  4J7V A;  1AM7 A;  1OUG A;  4WG1 A;  1GDX A;  2W1Y A;  1LYZ A;  4N5R A;  1C7P A;  1CKH A;  1GBO A;  4WLX A;  1GF0 A;  1DZB X;  4GN3 A;  3T6U A;  1KXY A;  3EXD A;  1AT5 A;  4J1A A;  1XEJ A;  4J1B A;  1SQ2 L;  1NMM A;  1UID A;  2BLY A;  1ZV5 L;  1GHL A;  4GCD A;  1YAP A;  5HNC A;  1YAQ A;  3J6K A;  1LSA A;  3K3T A;  4LYB A;  1LAA A;  1JIT A;  1N4F A;  4ANR A;  4ETA A;  1IP5 A;  4DD0 A;  4ETC A;  1LSY A;  5ILF A;  1GE4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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