5LOMA

Crystal structure of the pbp soca from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with dfg at 1.5 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
DNPLGLIDPTTISVGTMGDAKPYAFTTADGNFTGFDIELFLNVAGRLGFKKEQVVFTGQEFSALMPSVANGRFDVAAAAIGTTAKRKETVDFSDGYLAGFLSVLTSEAGITDAAGLKGKRLGVVQGTLQEIYAEKNFAGTDLVKFPDNNSAVSALNNGTVDAHFLDFEAAKDYSARYPALKIAVNIPSFDAPAGFVIRKGNDALRNALDKGLKEAMQDGTWKKLHEKWFPGTPMPAAYLPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Deoxyfructosyl-amino Acid Transporter Periplasmic Binding Pr
publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium fabrum str. c58
total genus 80
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5lomA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5lomA02
2YPNA 3G3JA 1ZBMA 5I57A 2QS4A 2Y7KA 2F34A 5BUUA 1NNTA 1O63A 3FZVA 4U4SA 1QW0A 2XXQA 2ESNA 3TFLA 1IITA 1XOCA 3UORA 2OJTA 4DXBA 4TQUQ 3I6VA 3HHGA 3TELA 1QKAA 1B3FA 2OWSA 4U21A 3CIJA 5FHMA 4C1TA 4F3SA 3MZBA 5A5XB 2Y7IA 1UTBA 1USYE 3CRBA 3VVDA 3S9NC 1PB9A 1M5DA 5TP9B 5ELVA 3TQLA 5CC2A 4XTCQ 1FQBA 4F2OA 1A7LA 4ZE9A 3OSQA 2ALUA 3KSXA 1B3GA 5L8DA 2F5XA 4NTLA 3KJ7A 3D4GA 1QUIA 2M8CA 4WKMA 3SEUA 3G3IA 2ANJA 2V25A 4PFWA 3LR1A 2G93A 4IY6A 5H8FA 2Q88A 2HQ0A 3U94A 4JWXA 4FIMA 3TTRA 3VLUA 5CBRA 3UN6A 5HBCA 2QRYA 3OO6A 3TTNA 5AA2D 3MC2A 1CE2A 2PBWA 1EH3A 1IXIA 1TFAA 1A8EA 5TPAA 2ONRA 3OELA 3DP8A 1VFDA 1LAGE 4NF6A 2RKMA 2VD2A 3IB1A 3CSBA 1MQJA 2UYEA 5EYFA 1N76A 3PUWE 3Q25A 3GLBA 4FEDA 2ZNSA 3O29A 2RCBA 3FUZA 2XHDA 3Q27A 2QJEA 1TFDA 2Y7RA 4IO4A 4GIZA 3U8QA 4I62A 5CBSA 3MZ9A 3S9EA 2H25A 4F3BA 3F11A 3GBBA 3BFTA 2NVUB 1OQHA 5LOMA 3SETA 1S9TA 2FYIA 2GHBA 2XXVA 2GHAA 1VFEA 4PQJA 2DWAA 2HZKA 4XKNA 4ND9A 3B7DA 2DXRA 3AXFA 3HV1A 3W15C 3VXCA 4GL0A 4R73A 4RNSA 5I84A 5BWJA 3MPKA 1R9LA 4NF5A 1ZU0A 1B40A 4GL8A 3TTKA 4DXCA 5B70A 4GD5A 4JSDA 4MFIA 3JV9A 1ZTYA 3BFUA 1LAXA 5AA4A 3U72A 2XXPA 2AYSA 3DM0A 3PGFA 5JEIA 3K6XA 5HPQA 3FJMA 4QRZA 2X7PA 3O66A 3L6HA 3CG3A 3O97A 3RLFE 3IB0A 1XC1A 4OFOA 1B5HA 3EQ1A 3TPAA 3HO7A 4NF4B 4FE8A 1D4NA 4F31B 2D21A 3THIA 2DS9A 3H6WA 3VV5A 2ZNUA 3LSWA 1ELJA 1MPBA 2AL4A 4FATA 3EHUA 5JTYA 1O64A 5CM6A 4YB7A 2Q2CA 3SDFA 1Z7ME 1XVXA 1LBCA 2I58A 2DYXA 3RY3A 1B6HA 3MP6A 3MPLA 2VOZA 3LSLA 3JZJA 1B4HA 3E3KA 5FHNA 1EZOA 4H8JA 3HPIA 1ZKBA 2F97A 4OXVA 2PX1A 3BKIB 2OWTA 3FXUA 4F3PA 3P7IA 3FXQA 3QUFA 3VVEA 2DWJA 2REJA 4U1ZA 1VSOA 3C33A 3K1NA 1WVJA 4O3CA 5DVFA 2CZLA 2IEEA 2ZYMA 3FVGA 4ECFA 4FJPA 4I8CA 4F29A 2VHAA 3S2VA 3I3VA 2B3BA 1AH5A 2UVGA 4AB6A 1B3EA 1B1XA 3OO9A 2NOOA 2OZZA 5K2YA 4AQ4A 4O3BA 3K00A 3SESA 3G7WA 1LCFA 1DPEA 4OHNA 3WAEA 4XIGQ 3H6TA 3H4ZA 4MBPA 4OETA 3PV0E 3FV1A 3V89B 3KN7A 4BDQA 4FAJA 2RINA 1MQDA 3CFXA 2XX7A 3BBRA 5CMCA 3PMXA 3HN0A 4EDPA 3W9VA 1AL3A 1M5FA 1Z7NE 1B1HA 2RF1A 3ZSFA 5TU0A 4TLMB 4PETA 4ISUA 5EHSA 4AB5A 4BLAA 3A09A 2O68A 1A40A 4U22A 1N7XA 1SVXB 2Z8EA 3IO6A 4YB6A 1L5TA 4LATA 5IAIA 2VP1A 4E0XA 1Y4CA 3JYRA 1XHYA 4Q0CA 5FTHA 4G8HA 1D9YA 4K3FA 3MVZA 4KQPA 4IO5A 4GXAA 1MXWA 2I3WA 4ZEIA 5FTIA 3ILTB 4JSOA 3I5OA 4YKJA 1YPNA 3FVNA 2PMSA 1DTZA 3MJNA 4PFTA 4YMAA 2PVUA 3MAMA 1N04A 3QK6A 4NF8B 3FGSA 3IORA 2BJJX 1BP5A 1FTKA 3K1MA 5EHMA 1ZIUA 5JTYB 1LB8A 3K6WA 3PU5A 1BKAA 2V93A 3UK4A 2ABHA 1JVXA 4KCCA 2Q8JA 1OQGA 4THIA 3D4CA 1PDAA 1MY3A 1SDXA 1RYOA 3M3LA 3OEMA 4L17A 2D3IA 3GZGA 1OLAA 4ZEFA 4H5FA 2QL3A 3IK6B 1SW1A 3B6TA 4YICA 1TT1A 3RNNA 1O7TA 1PEBA 5KZTA 1R6ZA 3KN3A 1MM7A 5ITOA 3N6TA 1VR5A 2P0SA 4ZEBA 2OBGA 4C0RA 1YAEA 1CB6A 3LBSA 4OEVA 3PD9A 4BDRA 3RPWA 2ONSA 2XXXA 4GRKA 1LAHE 2B65A 3H7MA 4N6PA 4EF2A 3H6UA 1F9BA 2ZNTA 1LSTA 3TAJA 2O84X 2X26A 4JWYA 4R74A 2I0CA 3LUYA 5F7VA 4MH5A 4EXKA 4LONB 1HSJA 1NL5A 3GBAA 4OWDA 2Z23A 5H8SA 4KHZE 2XXRA 3KZGA 3KOSA 1ATGA 1FTMA 4OERA 1N3WA 3C9HA 4KPTA 3FD3A 2AIXA 2F7BA 4M1VA 1ZMGA 2QPQA 4QFOA 3QUJA 1A54A 1LB9A 1B46A 4G8NA 3LSXA 1JEVA 3MZ1A 3TKDA 1I6BA 1JVYA 1NH7A 1Y3QA 1TXFA 4NF4A 4Q30B 1Q1KA 2LAOA 3KG2A 2QSXA 4NMYA 3U92A 3IJOB 5J1DA 2Z8FA 2HFBA 3PPQA 4QF9A 3PMVA 1B7UA 3RUMA 3Q26A 2RCAA 4GLIA 3KBRA 3PPNA 4G77A 2XXHA 3R26A 2ZMBA 5F1QA 1MXYA 3G3KA 4LZ5A 1Y4TA 1MY0A 5DYHA 4YB5A 2H99A 4KFQA 4YZZA 3T93B 4IGRA 2O6AA 3ECRA 2I4CA 3VLWA 3TODA 3OEKA 1P99A 2XXTA 2HXWA 4QSEA 4N07A 1LCTA 2RC8A 1KWHA 2I6EA 3T9UA 4GQOA 4JWOA 4POXA 1MXZA 1PB8A 1BLFA 3RTFB 3K6VA 2Y7PA 3V5AA 2THIA 1LBBA 3PUZE 3PD8A 4GF8A 2O1MA 2H4IA 5I56B 4FORA 3O6HA 4P0GA 3T96B 4KR5A 2F36A 3TTLA 4G68B 1NH8A 3PUXE 1YTVA 1DTGA 3MP8A 1SW5A 1ZJLA 3FJGA 2FNCA 3ZKKA 1N7WA 4PFUA 3TCGA 3T9VA 2F78A 4EQ9A 3L6GA 4DCYA 4IB2A 1QUJA 3SEVA 4RY1A 1URSA 2O1LA 3TCFA 1US5A 4UACA 1P1UA 3SERA 3PPPA 4XKRA 4HS7A 3A3UA 3LC8A 1B58A 3VVFA 3M3KA 1ANFA 1MG1A 1JW4A 5DEXB 1D3KA 4KYSA 4BDOA 1AIVA 4DLDA 3TYHA 1IZ1A 3B6QA 4R72A 2REGA 3S4UA 1FQEA 5I59A 3FJ7A 2I4BA 5I2NB 2DQVA 3HSTA 4R9FA 4KYDA 1ZLQA 4OENA 2QS2A 5AA2B 1B05A 3TTMA 3TUSA 5DVJA 1GVCA 3T22A 1MXXA 3KGCA 1QKBA 4ESXA 1T0KA 2VD3A 2DE4A 4M4GA 4NWCA 4NF8A 1MXUA 4U4XA 5ISUA 4ZE8A 3TEPA 4YMBA 4H5GA 2DVCA 2HAVA 2Z8DA 1POY1 4XKPA 4G4PA 2O7IA 3C4MA 4QHQA 2F7CA 2R6GE 2VGQA 5DTBA 1IXGA 4FECA 4GVOA 3C32A 2OLBA 3VDFA 1II5A 1SI0A 4LVQA 2DE3A 2HEUA 2NWJA 3IJXB 2DXYA 1B5JA 3ZS6A 4X48A 2XX8A 4H65A 2XXUA 4GFRA 2ZYKA 4BDMA 2E1SA 4RK9A 4YKKA 5IKBA 3G3FA 1AMFA 4KI0E 1Y3PA 1MQIA 4P11A 3KJTA 1DMBA 2PT1A 4OESA 1N84A 1B51A 5KDTA 4IO3A 4G68C 3K4UA 3C36A 4U1OA 2Q89A 3C31A 3G3HA 1M5BA 1PB7A 3MW0A 4H67A 3O6GA 3S9MC 4ELOA 3CI8A 1QVSA 4R75A 4OFJA 3RN8A 3K6UA 3WAFA 1SW2A 1J1NA 2F35A 4X9TA 4MLQA 4BDNA 1MM6A 3RT6B 3CG1A 2V84A 4ZDMA 1P1OA 1NNFA 2QMXA 4QFLA 4ZECA 1QULA 2O7UA 1IXHA 2KLFA 1H76A 3KEIA 3TMGA 2O51A 1H43A 2QS3A 2AL5A 3VLVA 4QSDA 4ZEKA 3IB2A 3H06B 4YU0A 4LZ8A 5I59B 3EN3A 4F39A 2DWHA 1M5CA 3TCHA 4FEBA 1A8FA 4JB7A 3G3GA 4H0WA 3FV2A 3CSGA 4PFYA 1UTHA 3KOTA 5M2VA 3O2AA 1BIYA 1NKXA 1DOTA 2XD3A 4RPOA 3MBPA 1MPDA 2GFEA 1VE4A 4R9GA 2XXWA 1P1QA 4OYVA 3U1OA 4I9DA 3EF7A 4KCDA 3T9XB 4JBZA 1URGA 1RKMA 1A55A 1LFIA 1POTA 3Q28A 3IOUA 4P0IA 5L9SA 4Q8RA 1SYHA 1Y3NA 1MY1A 1N3XA 1IQ7A 4OEUA 3N94A 4F19A 1JQFA 3HHFA 4PE5B 4OTEA 3IX1A 4TOZA 4XXUA 4F3GA 1NMUA 3EPEA 5I56A 5CMMA 4MLVA 3PPOA 3FIRA 2H9BA 3QSLA 2ZXTA 4XKQA 4G68A 4R6HA 2R9JA 4R6YA 3IR1A 4ZEDA 1B7HA 1S50A 4DZ1A 3GXAA 3E13X 3UIFA 3T66A 1FTLA 5KDTB 1MDQA 2DVZA 4LQ5A 4C1UA 1B3LA 1PBQA 5CI5A 1SW4A 3TQWA 3B6WA 1JETA 2PYYA 4JXIA 5DEXA 4WEDA 3EHSA 3SEXA 4RXLA 3OO7A 3OMBA 2GH9A 3RT8A 4PP0A 1IUDA 1Q35A 3H6VA 5JK4A 4DCXA 3V8XB 3EHTA 2D5WA 4WXJA 1IXCA 2HZLA 3HCQA 5I2NA 1XVYA 5AA2A 4OQOA 5L9MA 1Y9UA 1NNKA 1OVTA 4LQ2A 2YJPA 1A99A 4G8MA 4KYEA 1MH4A 1B0LA 2ZYOA 5L9OA 1SI1A 5H8QB 3V83A 4R2BA 2UXAA 1LFHA 5H8NB 4RK2A 3IL1B 1GV8A 3MUQA 3PPRA 2X7QA 1R1NA 5I58A 1PBPA 4QFNA 1B5IA 3FXRA 4EQ7A 3OD7A 4U23A 4I1DA 2F6GA 1UTHB 4ONYA 1N0TA 2F7AA 3MQ9A 5H8HA 1QJMA 3RTWB 1IEJA 3MP1A 2HCAA 4OZ9A 4G2ZA 2CMOA 1NFTA 1RYXA 2P2AA 1MDP1 1NNPA 5AE4A 1H45A 4DXUA 1MS7A 5CRYA 2ONKE 2RC9A 2OK2A 1WDNA 3OO8A 2XX9A 4UA8A 5KCJB 2RC7A 2DE2A 2XD2A 1B2HA 4OFLA 4F2QA 3CVGA 3CR9A 1URDA 3KN8A 3DLNA 4YAHX 4X1DA 5CMBA 2F6PA 2A5TA 5I2KB 3PMWA 2W7YA 3M3FA 3TZAA 1UQWA 2R71A 3DP4A 4OMBA 4DIGA 2G29A 1MY4A 1I6QA 3QXMA 3SEWA 3C34A 1JNFA 4EF1A 1MQGA 1B3HA 1SQYA 3A3CA 1P1WA 1FTOA 4F18A 3M8UA 1EZ9A 1MPCA 4R6KA 1B32A 1QUKA 1LFGA 4GXSB 5I57B 3E9XA 4Z0IA 2O69A 1DSNA 1AOVA 4E0WA 4F1YA 3N5LA 4NWDA 5K2XA 1YCJA 2Q9TA 4LUBA 2UVJA 2IA4A 3O28A 3IAZA 4F1VA 4RPNA 2DP8A 4IO7A 1HSLA 2DOJA 1US4A 4H8IA 1P1NA 1FW0A 3MVWA 5ITPA 3CFLA 3DELB 1FQCA 4ELQA 3N6UA 1UTBB 4LZ7A 2Y84A 1S7YA 4LA9A 4DE8A 4ELRA 2I3VA 5B7DA 4NE4A 3K1PA 2V3TA 2HAUA 2FA7A 1MXVA 3N26A 5DT6A 2I48A 3KFMA 4IO2A 4YKPA 1JW5A 1Y1ZA 4YKIA 4RA1A 1FQFA 2UVIA 4EUOA 5ICQA 2H98A 5I58B 3U93A 2UYFA 4EXLA 1D9VA 1MH3A 5H8HB 3W9WA 4LP2B 4F22A 1UIUA 4DDDA 2WKYA 4QFKA 4IY5A 5DVIA 5H8FB 3MVXA 3ILUB 3E4RA 3C35A 3FVKA 4NEDA 3Q29A 4KD5A 3TDJA 3K2DA 4U2RA 1USYH 2PT2A 5TPAB 1MRPA 1WODA 4HCWA 1GTKA 4ZZEA 3USDA 1LGBC 3SEYA 3ODBA 3IOTA 4NF6B 2V3QA 3VFJA 1MQHA 3KSJA 3DP6A 3OXNA 4EQBA 4IGTA 2A5SA 1LLSA 2Z22A 4O3AA 5FHOA 3QIMA 3OENA 2A5TB 3IO4A 5HM4B 5ICTA 1OLCA 2P1SA 4R2FA 4HTGA 2V3UA 1SBPA 2Q2AA 3ZKLA 1UIVA 1GGGA 4RJZA 2XXIA 2NUVA 3T9HB 1GR2A 4QSCA 2B3FA 4X1BA 3IOVA 3FVOA 4H6DA 1B9JA 4QFPA 1EU8A 2YLNA 3RGYA 3IOWA 3SKPA 2UVHA 1M5EA 1BTJA 2ZYNA 5A5XA 1R9QA 4JDFA 2E0SA 4Z7EA 4N13A 1XS5A 2NXOA 3S9LC 5TP9A 3UGWA 4Q5TA 5H8QA 4BDLA 2OCUA 1Y1MA 4RYAA 1OIBA 5H8NA 4NF5B 4F1UA 3K0VA 1I69A 2QMWA 3MVYA 2F8DA 4IO6A 2H5YA 1SD3A 3O6IA 4HW8A 2DWIA 5AA4B 1TWYA 3FATA 2QS1A 1FQDA 1FQAA 2Y7WA 1JEUA 2DSFA 1B52A 1SYIA 3K02A 3UA8A 4GOTA 3ONMA 3R6UA 1H3DA 1LAFE 4HCYA 2I0BA 3MWBA 1JW1A 1H44A 3O9PA 5KCJA 1HSEA 1FTJA 3FASA 3CFZA 1B4ZA 3LSFB 4MF3A 1Y20A 1FCKA 3OOAA 3QYTA 2GRVA 4ZZAA 4H1XA 1XT8A 1OVBA 2I49A 1B7ZA 3QAXA 3OSRA 1I6AA 2XXYA 5AA3A 3H3GA 3VXBA 5I2KA 3PUYE 3UP9A 3R7XA 4POWA 4WEPA 1OMPA 5CMKA 1IIWA 3K01A 4ELPA 4GWOA 1B0HA 3H03A 3RQTA 5AA1A 4ZS9A 3PUVE 1DPPA 1PC3A 4TLLB 4ESWA 3VE1B 1MY2A 4OVJA 1EZPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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