5LVGA

Hen egg white lysozyme soaked with cis-ru(dmso)4cl2
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Ligand-dependent interaction of anticancer ruthenium complexes with hen egg white lysozyme and human lysozyme
rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lvgA00
2Z19A 1NF5A 1V7SA 1JHLA 1LJKA 1WVVA 4CGEA 3WW6A 4H8ZA 1GE1A 1XGPC 2BQMA 1FN5A 4XADA 5D5CA 3WU7A 1RJCB 3G3BB 194LA 3WW5A 3W6BA 1LPIA 3A3RX 3AB6A 4GLAA 1GF8A 5EBHA 1HFXA 4PRQA 5LA5A 1LMQA 1BHZA 132LA 3RW8A 1CJ8A 4BAFA 1GHLA 3W6DA 2G4NA 2XBRA 5KXKA 1LSDA 3E3DA 1BVXA 1LZNA 2ZIJA 1GFVA 1YAPA 1KIRC 2W1XA 4PGJB 5KXMA 4N1CC 1RI8B 1IWUA 1FLWA 2BQNA 4FJRA 5KXOA 4NFVA 1BWHA 1RE2A 1E8LA 4DDAA 3QNGA 1TEWA 1IWWA 1VAUA 5F81A 5LAFA 5HNCA 1LMOA 4M4OA 1VFBC 3QE8A 4HTQA 1OUHA 2YBJA 3WVXA 5KY1A 1LMCA 3LYTA 2ZNWY 5LVJA 3RT5X 5LYTA 4XJDA 1LZTA 1GE2A 1BB4A 1OUDA 4R6CA 1G7IC 1CKDA 2D91A 5FEKA 3TMXA 4UWUA 1OUAA 1YKXX 1CKHA 1CKCA 1GF5A 1NHEA 4YENA 3WULA 1UIEA 4NSJA 5L9JA 3HBHA 1LZ1A 3GXKA 1BB7A 2F4AA 4WM1A 3LZ2A 4J7VA 1GF9A 5IHGA 4GCDA 5FELA 4NGKA 1XGUC 4B0DA 3IWRA 4II8A 5FHWA 1IY4A 3CT0A 4H1PA 1B7PA 2BAAA 2DQCY 4ET8A 1OUIA 4WM3A 1V7TA 1IOCA 1F0WA 1IC4Y 1KXYA 1B5YA 1QUSA 1IWZA 1YIKA 1YL0X 1N4FA 2YVBA 2A7FA 1QSAA 1GFGA 4YEMA 2YDGA 4OWBA 3QY4A 4ETDA 1UA6Y 4ZEEA 5APEA 4NEBA 1GB5A 4YEOA 1JIYA 4TUNA 5DM9A 3T36A 4GN3A 1IP6A 1UICA 4RLNA 3W3EA 1VEDA 1GF4A 3A92A 5E4PA 3WYHA 4HTNA 4WL6A 3SP3A 4BAPA 1REYA 1LZ8A 4CFOA 4HTKA 5LVHA 4HJYA 4HV1A 1B7SA 4XYYA 1LSAA 5KXPA 3WPJA 1YAQA 1GB6A 4ZIXA 1LZRA 4Z98A 4HV2A 4ETCA 2C8PA 1JKDA 1LYYA 5KJ9A 5KXXA 5A3EA 4LZTA 3AZ7A 1LHJA 3IJUA 1IWVA 1LJHA 4WLDA 1KXXA 4RLMA 1HERA 1VATA 2CDSA 4G4HA 4DWXA 4ETEA 1UCOA 1ZV5L 4XJHA 2Z18A 1LSGA 2MEGA 5HMVA 2YSSC 2D4JA 1B5VA 1XFPL 1B9OA 1UC0A 1AT5A 4J1BA 3VWOA 5D5FA 2I6ZA 4H90A 3P66A 1LJIA 4LYMA 4HJVA 3TMUA 4WLTA 5AMYA 4YF2A 1F10A 1FDLY 1ZMYL 1IC7Y 5DN5A 1DI3A 1WQNA 1OUFA 4NGYA 4GLVA 4N9RA 1HENA 3B0OA 1IP7A 2BQEA 4PPOA 1GBSA 1KIQC 1C10A 4B4IA 2MECA 9LYZA 1JITA 1NBYC 1JJ1A 208LA 1REXA 1LOZA 1LZBA 4IATA 3G3AB 4MSTA 1GEZA 1QSWA 1BVKC 1LMNA 5E9RA 3WUMA 1LHMA 5HLLA 4WLYA 1B7MA 1LTMA 1B5XA 1W6ZA 3W6CA 1UUZC 2ZIKA 1AT6A 2D4KA 3GXRA 5DN4A 3TMVA 4G4BA 2B5ZA 1HEMA 1UBZA 2XBSA 4P2EA 4PJ2C 2BQCA 5DL9A 1JTPL 153LA 5FSTA 4H91A 1IORA 4WOAA 1LKRA 2W1LA 1GF6A 2Z38A 1GFHA 2Z39A 1UIDA 3BKVA 4LGKA 2LYMA 2ZILA 4XN6A 4IJ4A 4I8SA 3A34A 1CJ6A 1GF3A 2HU1A 1BGIA 4WG7A 1LSCA 4LFPA 5APFA 4ANRA 1FBIX 1GPQC 4GN5C 5LA8A 3B6LA 3OJPA 4XJIA 1MELL 3LYMA 4N5RA 4H9HA 1YAMA 5LXWA 1GE0A 1FLYA 7LYZA 4H9FA 3WPLA 2Z37A 1EQ4A 1LMTA 3KAMA 1T6VL 2BQKA 2HUBA 4GCEA 4DD7A 4DDCA 2LYOA 4OWAA 4HP0A 4L41A 4N0JA 4TWSA 1QUTA 3W6AA 3RZ4A 1IP3A 5KXZA 2MEBA 4J0LA 3TXIA 4WM6A 4WG1A 1NBZC 2IHLA 3CB7A 4GCCA 154LA 5F14A 4NSGA 1AZFA 4TTDA 3A3QA 4LYOA 1D6QA 3N9CA 2C8OA 4HJZA 1PZYA 1UACY 3EBAB 4N8ZA 4PHIA 1I20A 4CJ2A 4Z41A 2MEEA 4FDYA 2Y8PA 1B0DA 1QIOA 2DQIY 2GV0A 3WH1A 1IP2A 1GB2A 5L3HA 2Z2FA 1J1OY 1BWJA 5LVGA 3ULRA 3ZVQB 2F4GA 1GAZA 4LYTA 3TXEA 3WUAA 1HC0A 2YBIA 1BQLY 5T3FA 5HMJA 1OUGA 3ZEKA 1WVUA 1LZ9A 4DD2A 4NGZA 207LA 2CWIA 2RSCA 3WXTA 1LHHA 3BKHA 5I53A 1XGRC 5LYZA 4DD3A 3A94A 5KXTA 2HECA 4NWHA 1JISA 3CSQA 4DC4A 1IWXA 3TXBA 4DT3A 4NY5A 1KIPC 2BQHA 1CKFA 4I0CA 3A8ZA 1LYSA 2BQBA 3P68A 4XJFA 2N5ZA 4YOPA 4NHTA 1GF7A 3B0KA 5KXSA 4ZFPA 1QTEA 3TXFA 1GB0A 3AYQA 3J6KA 2YBLA 1LSMA 4O34A 2ZQ4A 5DLAA 1TAYA 2D4IA 5L3IA 2MEDA 1VDSA 3AZ5A 3A90A 1GDXA 1ZVYB 2BQLA 133LA 1WQRA 2F2NA 2EKSC 1HEWA 1OUBA 3A91A 2BQDA 1WQPA 1IP5A 1LZGA 1IR9A 1CJ9A 2ZQ3A 1IX0A 3ZVQA 2AUBA 4LFXA 4OWCA 4W96A 5B07A 1UIGA 1QDTA 4ETAA 1HNLA 2Z2EA 2MEIA 3F6ZA 1T3PA 1YANA 2LHMA 3EXDA 4PRUA 3W6FA 1LAAA 4QY9A 1B7RA 1HMLA 2DQAA 4DD1A 1TCYA 1UIFA 1HF4A 2D6BA 1GB9A 4LT3A 4NSIA 1LZYA 1WQQA 3RU5A 1LJFA 1D0LA 1UIAA 1WQOA 4IASA 4W94A 4X3BA 8LYZA 3LYZA 4Z46A 1GBXA 4LT1A 2BQOA 1GBWA 2LZ2A 4OW1A 4J1AA 3WU9A 2Q0MX 4DD9A 4YM8A 1LZ4A 3W6EA 1IOSA 1B7QA 1O23A 4RDSA 4C5FA 4LYZA 4NGWA 1GBYA 1J1XY 3AGHA 3TXKA 2EIZC 2LZTA 4H93A 1IOTA 1EL1A 3LZTA 1IO5A 4H94A 3RNXA 4Z3MA 1GF0A 4DDBA 2VB1A 1D9UA 1PS5A 3A96A 2BQIA 2Z12A 3A6CY 4LT2A 1I1ZA 5LVIA 1HEPA 5I54A 1G7HC 4QDNA 2XJWA 4GCBA 1JJ0A 1BB3A 1JKCA 1GFEA 3ATOA 4NHPA 1LHLA 3WMKA 1TBYA 1GFRA 4TX7A 2G4PA 3CQLA 1HEQA 2FBDA 2X0AA 1DKKA 1G7LC 1GBZA 1IY3A 1GE3A 1LHIA 3M3UA 4OWHA 4WO6A 1LZDA 4H8XA 5J7CA 3WUNA 5KKJA 5IDDA 1LJJA 1CJ7A 1LSPA 3HBDA 4NGOA 4NHQA 4B1AA 4G4CA 4XJGA 1IP1A 1GFTA 2HEEA 4NGLA 5APDA 193LA 1JTTL 1IEEA 4MR1A 1GD6A 1JTOL 3ATNA 1IC5Y 3EO5A 5KXNA 3CT1A 1IVMA 1WTMA 1UIHA 5A3ZA 4ETBA 1HSXA 2DQDY 2MEHA 1NDMC 4LYBA 1WTNA 4UWNA 1DZBX 1FLUA 1DI4A 4WM2A 5I4WA 5ILFA 1IWTA 4E3UA 2FBBA 3LHMA 1ALCA 1YL1X 2DQGY 2I26L 2ZYPA 4TSCA 3T6UA 1LZSA 2BLXA 4RW2A 4H9IA 4GN4A 5KXWA 1XGQC 1LJNA 4TSBA 3HFMY 1G7JC 1GXV2 2H5ZA 2NWDX 4XENA 1H87A 1LYOA 2BQFA 1VDPA 2HEFA 2XTHA 1YKZX 2A7DA 1OUJA 2ZNXY 4HPEA 1B2KA 3FI7A 1F6SA 5LVKA 4DYGA 1KXWA 2H9KA 3N9EA 4NGIA 5KXRA 1DXJA 1GB8A 4GCFA 1GEVA 3P65A 4EMNA 4NGJA 1XSFA 3TXGA 5LINA 5KXLA 2EQLA 3N9AA 3AGIA 1HHLA 1GB3A 1YKYX 4H9CA 1LZCA 1JKBA 1HEOA 5FDJA 1JKAA 3J4GA 4QGZA 2DQHY 1WQMA 3AW7A 3FE0A 6LYZA 1AM7A 4G9SA 1B5ZA 5LYMA 2I25L 3D3DA 5KXYA 3WXUA 4XJBA 5F9XA 4KT3A 1IOQA 1HELA 1LJGA 3HBEX 4OOTA 2G4QA 4R0FA 3P64A 1NQIA 4WO9A 3P4ZA 1YILA 1C46A 1HMKA 4OWEA 1LSFA 4NGVA 4AGAA 1LCNA 5B1GA 3A6BY 5LIOA 1DKJA 4MCKA 2BLYA 1YAOA 4WLXA 1VDTA 4B49A 4M6DA 1LKSA 1LJ4A 1Z55A 3D9AC 4ML7A 1EQEA 5C6LA 4BS7A 4WL7A 4B4JA 1B5UA 1BWIA 2BPUA 2MEAA 1NKHA 4B4EA 3A93A 2HEDA 1MLCE 4H92A 1A4VA 5F16A 1OUCA 3CSRA 5M1YA 2W1MA 1IP4A 2DBTA 1GFKA 1W08A 1C08C 3AJNA 3OK0A 1GFAA 1GBOA 4H8YA 3TXHA 2FYCA 4HSFA 1XEIA 3CSZA 1LMAA 2CJLA 4KL7A 2YBNA 5I5QA 4EOFA 4CFPA 4LT0A 4NG1A 4UWVA 2W1YA 5HQ1A 1LSYA 4QEQA 5B59A 5ILCA 1HFYA 2BQAA 1GAYA 2MEFA 1RCMA 4NSHA 5APCA 2HEBA 3WL2A 4ET9A 2DKVA 4N1EI 1F6RA 1REMA 1CKGA 3IJVA 1LZ5A 1B7NA 5B05A 1OQMA 1GB7A 2YBMA 2F30A 3A95A 4NWEA 4G49A 1FKQA 1FKVA 1IR8A 3B0IA 3B72A 1JWRA 1LJEA 1YROA 134LA 4NHSA 1LZ6A 5IELA 2PC2A 5II3A 3WVYA 1OP9B 1SLYA 1JPOA 1LMPA 1YQVY 1JSEA 1DI5A 1AKIA 2HEAA 3M18B 5B06A 5C6JA 1C7PA 1JSFA 1NMMA 1H6MA 3LYOA 3MGWA 3WPKA 1LSBA 4RW1A 4H9AA 4H9BA 1GFUA 2IFFY 5F9UA 4CHXA 3EMSA 4NHIA 1EQ5A 5B1FA 1NDGC 1JEFA 1GWDA 3A67Y 1UIBA 3LN2A 1GE4A 1HSWA 3AGGG 1DPXA 1QQYA 4HPIA 1C43A 4LYCA 5C6IA 4A7DA 1C45A 1XEKA 3AZ6A 3AW6A 1DQJC 1LJ3A 1JJ3A 1LSNA 3TXJA 4WM4A 4NIJA 4U3XB 1B5WA 1G7MC 1GDWA 3AZ4A 1GXXA 1REZA 2EPEA 4KPMA 1IIZA 1JUGA 1HFZA 2DQEY 4OOOA 6LYTA 5KKIA 5I4XA 4DD0A 5K7OA 1CNSA 4BADA 2FYDA 2DQFC 1BB6A 4WMGA 1TDYA 1FLQA 1B7LA 1LYZA 1LSEA 1SQ2L 4WM5A 1XGTC 1LZAA 1QTKA 4KXIA 135LA 5HNLA 1IR7A 2HTXA 2HU3A 1J1PY 2ZWBA 1VDQA 1LHKA 1INUA 1P2CC 1I56A 2LYZA 5LAGA 3WU8A 2WARA 5FCPA 1ZVHL 2BQGA 4NG8A 1DPWA 4AXTA 5I4YA 1QDRA 2ZYCA 3CT5A 1D0KA 1NWGA 1IWYA 1A2YC 1B7OA 1LZEA 2H9JA 3TXDA 4C3WA 1LSZA 2BQJA 2CGIA 1D0MA 5JENB 1XEJA 1RFPA 2YBHA 1GFJA 4H9EA 4D9ZA 2DQJY 3K3TA 3TMWA 1OUEA 1BB5A 1D6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NF5A 1C6IA 1V7SA 1LJKA 1GE1A 1XGPC 1QTVA 4I7QA 4GLAA 3AB6A 5EBHA 107LA 1CJ8A 1GHLA 3W6DA 4E97A 1GFVA 2W1XA 1D3MA 4N1CC 2BQNA 4EPIA 3CDRA 1LLHA 3QNGA 1QT7A 1IWWA 5F81A 3QE8A 195LA 4HTQA 3HTGA 5KY1A 1L84A 1L51A 1BB4A 2O7AA 5FEKA 3WULA 1GF5A 1NHEA 1L36A 1LZ1A 3GXKA 5IHGA 236LA 4NGKA 1C6NA 188LA 3IWRA 1B7PA 1V7TA 1YIKA 1KXYA 1QUSA 2YVBA 1CUQA 1QSAA 4ETDA 5APEA 1L85A 169LA 1L69A 5LZMA 4WL6A 3SP3A 4CFOA 4HV1A 1L90A 1B7SA 129LA 3HTDA 3UONA 4EPFA 1YAQA 242LA 4HV2A 2C8PA 5KXXA 1T97A 1LJHA 1G06A 1HERA 2RBRA 4DWXA 1ZV5L 2Z18A 1XJTA 3D4SA 1XFPL 1L99A 5D5FA 222LA 4LYMA 1C6FA 4YF2A 3TMUA 4WLTA 1L31A 1ZMYL 5DN5A 2F32A 1WQNA 1HENA 1CTWA 146LA 1IP7A 2BQEA 1C10A 1L66A 232LA 9LYZA 1JITA 1C67A 1G0GA 1LOZA 1LZBA 1REXA 2XQOA 3G3AB 4MSTA 4YX7C 1L11A 1LTMA 2B6XA 1UBZA 2XBSA 4P2EA 1OWZA 2BQCA 2OU9A 1PQKA 4WOAA 1GF6A 3ODUA 4LGKA 1L16A 4WG7A 2HU1A 1LSCA 1L97A 1G1WA 3OJPA 1MELL 4N5RA 4H9HA 1YAMA 1L76A 3WPLA 1QT6A 2Z37A 1EQ4A 247LA 3SB8A 1L61A 184LA 1LYDA 2OE4X 4J0LA 4WG1A 1L06A 183LA 4LDLA 4NSGA 178LA 3EBAB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Z19 A;  1NF5 A;  1V7S A;  1JHL A;  1LJK A;  1WVV A;  4CGE A;  3WW6 A;  4H8Z A;  1GE1 A;  1XGP C;  2BQM A;  1FN5 A;  4XAD A;  5D5C A;  3WU7 A;  1RJC B;  3G3B B;  194L A;  3WW5 A;  3W6B A;  1LPI A;  3A3R X;  3AB6 A;  4GLA A;  1GF8 A;  5EBH A;  1HFX A;  4PRQ A;  5LA5 A;  1LMQ A;  1BHZ A;  132L A;  3RW8 A;  1CJ8 A;  4BAF A;  1GHL A;  3W6D A;  2G4N A;  2XBR A;  5KXK A;  1LSD A;  3E3D A;  1BVX A;  1LZN A;  2ZIJ A;  1GFV A;  1YAP A;  1KIR C;  2W1X A;  4PGJ B;  5KXM A;  4N1C C;  1RI8 B;  1IWU A;  1FLW A;  2BQN A;  4FJR A;  5KXO A;  4NFV A;  1BWH A;  1RE2 A;  1E8L A;  4DDA A;  3QNG A;  1TEW A;  1IWW A;  1VAU A;  5F81 A;  5LAF A;  5HNC A;  1LMO A;  4M4O A;  1VFB C;  3QE8 A;  4HTQ A;  1OUH A;  2YBJ A;  3WVX A;  5KY1 A;  1LMC A;  3LYT A;  2ZNW Y;  5LVJ A;  3RT5 X;  5LYT A;  4XJD A;  1LZT A;  1GE2 A;  1BB4 A;  1OUD A;  4R6C A;  1G7I C;  1CKD A;  2D91 A;  5FEK A;  3TMX A;  4UWU A;  1OUA A;  1YKX X;  1CKH A;  1CKC A;  1GF5 A;  1NHE A;  4YEN A;  3WUL A;  1UIE A;  4NSJ A;  5L9J A;  3HBH A;  1LZ1 A;  3GXK A; 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 5II3 A;  3WVY A;  1OP9 B;  1SLY A;  1JPO A;  1LMP A;  1YQV Y;  1JSE A;  1DI5 A;  1AKI A;  2HEA A;  3M18 B;  5B06 A;  5C6J A;  1C7P A;  1JSF A;  1NMM A;  1H6M A;  3LYO A;  3MGW A;  3WPK A;  1LSB A;  4RW1 A;  4H9A A;  4H9B A;  1GFU A;  2IFF Y;  5F9U A;  4CHX A;  3EMS A;  4NHI A;  1EQ5 A;  5B1F A;  1NDG C;  1JEF A;  1GWD A;  3A67 Y;  1UIB A;  3LN2 A;  1GE4 A;  1HSW A;  3AGG G;  1DPX A;  1QQY A;  4HPI A;  1C43 A;  4LYC A;  5C6I A;  4A7D A;  1C45 A;  1XEK A;  3AZ6 A;  3AW6 A;  1DQJ C;  1LJ3 A;  1JJ3 A;  1LSN A;  3TXJ A;  4WM4 A;  4NIJ A;  4U3X B;  1B5W A;  1G7M C;  1GDW A;  3AZ4 A;  1GXX A;  1REZ A;  2EPE A;  4KPM A;  1IIZ A;  1JUG A;  1HFZ A;  2DQE Y;  4OOO A;  6LYT A;  5KKI A;  5I4X A;  4DD0 A;  5K7O A;  1CNS A;  4BAD A;  2FYD A;  2DQF C;  1BB6 A;  4WMG A;  1TDY A;  1FLQ A;  1B7L A;  1LYZ A;  1LSE A;  1SQ2 L;  4WM5 A;  1XGT C;  1LZA A;  1QTK A;  4KXI A;  135L A;  5HNL A;  1IR7 A;  2HTX A;  2HU3 A;  1J1P Y;  2ZWB A;  1VDQ A;  1LHK A;  1INU A;  1P2C C;  1I56 A;  2LYZ A;  5LAG A;  3WU8 A;  2WAR A;  5FCP A;  1ZVH L;  2BQG A;  4NG8 A;  1DPW A;  4AXT A;  5I4Y A;  1QDR A;  2ZYC A;  3CT5 A;  1D0K A;  1NWG A;  1IWY A;  1A2Y C;  1B7O A;  1LZE A;  2H9J A;  3TXD A;  4C3W A;  1LSZ A;  2BQJ A;  2CGI A;  1D0M A;  5JEN B;  1XEJ A;  1RFP A;  2YBH A;  1GFJ A;  4H9E A;  4D9Z A;  2DQJ Y;  3K3T A;  3TMW A;  1OUE A;  1BB5 A;  1D6P A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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