5LYMA

Studies of monoclinic hen egg white lysozyme. iv. x-ray refinement at 1.8 angstrom resolution and a comparison of the variable regions in the polymorphic forms
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Studies of monoclinic hen egg-white lysozyme. IV. X-ray refinement at 1.8 A resolution and a comparison of the variable regions in the polymorphic forms.
pubmed doi rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lymA00
194LA 1B2KA 1GFAA 1W08A 2PC2A 4PRQA 2G4PA 3TXBA 4NY5A 4XJIA 2XBRA 4NGVA 1LJKA 2HEEA 4Z98A 4TUNA 1LOZA 5EBHA 3WPKA 1OUJA 1EQ5A 1LTMA 1DPWA 1GEZA 1QIOA 2ZNWY 5LVGA 5A3EA 2BQMA 1C43A 1LHLA 2BQDA 2W1YA 5KXPA 1GBWA 2X0AA 135LA 1NBYC 4H9IA 1IOCA 2DQHY 4LT3A 5DM9A 4HJYA 5F9UA 4BAPA 4ETAA 3J4GA 5KXKA 1YL1X 5LIOA 1NHEA 1B5VA 4BADA 5APFA 4DWXA 2DQEY 5LA5A 1F0WA 2Z38A 4RLNA 4NGZA 4HV2A 1GB5A 1HEOA 2ZQ3A 3CQLA 3F6ZA 4WLXA 3TMWA 4QEQA 2D4KA 2YBJA 3RW8A 2YBLA 4B4EA 1NDMC 4DD7A 5KXYA 5KXRA 1XGPC 1LYOA 5DL9A 3HBHA 1REZA 4X3BA 1GFVA 4PHIA 153LA 1IY3A 1GF9A 1BB6A 4WM6A 3WW6A 3A3QA 4YF2A 1LSGA 1B9OA 2Z39A 3AB6A 1J1PY 3CT1A 3ZVQA 1LSAA 1DI5A 2BQLA 1D9UA 4HPEA 4NGIA 4PGJB 1LJGA 3VWOA 4WG1A 1B7OA 4R0FA 3WL2A 2MEIA 3RZ4A 1LJIA 1B5ZA 1LMCA 1HC0A 3LZTA 4N0JA 3WUAA 2LZTA 5KJ9A 4IATA 5A3ZA 4WLYA 1IVMA 1LHJA 3B72A 1LSEA 1HMLA 4YM8A 1ZVHL 1JKDA 1OUDA 1QUTA 4KT3A 2LYMA 1GB9A 3GXRA 3T6UA 1IO5A 2N5ZA 2NWDX 1AKIA 1NF5A 1VFBC 1WQMA 3P65A 3WMKA 2YBIA 2I25L 4Z41A 2CDSA 3W6FA 2CGIA 1C45A 1VATA 2CWIA 4GN5C 5E9RA 3W6BA 2Z12A 1XSFA 1GB7A 4XJBA 1HEPA 1GE2A 4WMGA 2HU1A 1BB3A 1DI3A 1G7MC 4H93A 1BB4A 1HEWA 6LYZA 1G7JC 1Z55A 3IJVA 2VB1A 3ZVQB 1ALCA 1YILA 5I54A 4OWAA 1LJNA 4NEBA 1A2YC 1WVUA 4OWBA 5B1GA 1BVKC 4II8A 2H9KA 1GPQC 1HEQA 1G7HC 4NG8A 1JTTL 4CFOA 2XBSA 5ILCA 4NWEA 1QUSA 4C3WA 1UIBA 1HFXA 1GB3A 1JITA 4NGOA 5T3FA 3TXGA 1XFPL 1IC7Y 3IJUA 4GCEA 2BQCA 5II3A 1JKCA 1GF8A 2LYZA 4ZEEA 1IR7A 3A91A 5LVJA 1HFYA 1BB5A 2D4JA 4H9EA 2Z19A 1OUFA 5B07A 5K7OA 3G3BB 1AT6A 1VDSA 1B7LA 1FLUA 1IWZA 1UIHA 1LSCA 1CNSA 3WW5A 4QGZA 1IP5A 9LYZA 1GBYA 1OP9B 1WQNA 4N1EI 2FBBA 3BKHA 4OWHA 4WM5A 1GBOA 1LAAA 1B7MA 2W1MA 1LZ6A 2Y8PA 3KAMA 5LVIA 4ANRA 207LA 4MCKA 1GFHA 1LYYA 4XADA 1YAMA 1YANA 4B4JA 1EQEA 1LSMA 1VDTA 1JJ3A 2DQGY 1KIQC 2MEFA 2YBMA 1HNLA 1DXJA 1GB6A 3B0KA 4KL7A 4NGWA 1XEKA 1GFRA 3ZEKA 3TMUA 1NBZC 3AZ6A 1F10A 2YSSC 4W96A 1IC4Y 1BWIA 5F14A 1BVXA 2HU3A 1UICA 4OOOA 5HLLA 2BLYA 4WM1A 3EBAB 3W3EA 1GF0A 1WTMA 5KXSA 4B49A 1LZAA 4DDBA 3WXUA 1YQVY 3TXJA 1KXXA 4EMNA 2YBNA 3M18B 4G49A 5KKJA 3P68A 4NFVA 1CKHA 4XJHA 4LT2A 1GF6A 1UIGA 2MEAA 5HNLA 1OUEA 5APCA 1GAZA 4CGEA 4HP0A 1VAUA 4IJ4A 3WPLA 5KXTA 2BQHA 1TCYA 4WLTA 5KXMA 1CKGA 1I20A 2A7DA 4QDNA 1C46A 4U3XB 1MELL 1TBYA 5B1FA 1IC5Y 1IP1A 1GFJA 4OWCA 4QY9A 4WOAA 4AXTA 1GFUA 1OUIA 2HEFA 2HECA 4NGLA 3WU7A 1IWYA 1H87A 2BQFA 1FKVA 1CJ7A 3LN2A 1XGQC 3AW7A 4OOTA 4LYZA 2BQBA 1FDLY 1HFZA 193LA 4H94A 1LMTA 5L3IA 1B5WA 1JHLA 2F4AA 4MSTA 4WG7A 5KKIA 2MEHA 5HNCA 5KXWA 1LZDA 4N5RA 1FBIX 1JSEA 3WVYA 2EPEA 4DD9A 3J6KA 1BWHA 1F6RA 3W6CA 1GXXA 4NSIA 1YIKA 3A6BY 1OUBA 1OUGA 1IY4A 1XGTC 1CJ9A 4XYYA 1QTEA 3ULRA 5C6LA 5FSTA 1RFPA 4DD1A 1REXA 1HELA 1RCMA 3AJNA 3N9EA 1KIRC 1IOSA 2G4QA 1H6MA 4W94A 4A7DA 1V7TA 2ZIKA 3E3DA 1LHHA 1HEMA 1D0KA 1T6VL 3HFMY 1FLYA 5I5QA 1LMPA 1RI8B 1LZCA 1DZBX 3TXKA 2HEDA 2ZWBA 2LHMA 1BWJA 4NSHA 1UBZA 1CKFA 3LYTA 4H9FA 1AZFA 2BQAA 1LYZA 1UIAA 1ZVYB 2LYOA 4H91A 3WXTA 4DD3A 1JKAA 3W6EA 5IHGA 1LJJA 5DN5A 2DQJY 4ETCA 3G3AB 1LZRA 1XEJA 1JEFA 1HSWA 2DQAA 1GF3A 3A96A 1BB7A 4DDAA 1GF4A 1TAYA 4NHPA 4TSBA 2ZIJA 1LMQA 4NG1A 1I56A 3SP3A 2BQOA 2IFFY 2MEGA 3A92A 2MEEA 3LZ2A 1LSFA 2RSCA 1YKXX 1JKBA 1QSWA 4G9SA 5B05A 1LZ9A 1NWGA 1ZV5L 1NMMA 1GHLA 4RW2A 4YENA 1LMNA 1GWDA 1DKJA 2MEBA 4ML7A 1YAOA 4OW1A 3A93A 4UWNA 1GB8A 4H9HA 4ETDA 5B59A 3HBEX 5DLAA 4G4HA 1YAPA 3BKVA 1INUA 1IP6A 2B5ZA 4G4CA 4O34A 1LZTA 2Z18A 4RLMA 3MGWA 5C6IA 4CJ2A 3FI7A 2DKVA 2Q0MX 1XEIA 1SQ2L 2BQJA 5D5FA 5F16A 3CSZA 1GDWA 1IWVA 4FJRA 1OQMA 3EXDA 1JTOL 4YEOA 3D3DA 4HTNA 3K3TA 1GE0A 1GAYA 1EQ4A 1MLCE 1UIFA 2FBDA 3WUNA 4EOFA 3OK0A 1OUCA 1UUZC 4RDSA 1FLWA 1I1ZA 4WO6A 5JENB 3LYZA 3EMSA 4NHSA 4CFPA 4I0CA 7LYZA 1YKZX 1IP4A 5I4WA 4NHTA 5I4YA 1HSXA 3TMXA 3ATOA 4H8ZA 1DQJC 1HERA 2AUBA 1D6QA 4C5FA 1LKSA 1WQQA 1UCOA 1GBXA 1LSBA 1IP3A 1IORA 4N9RA 2BLXA 4DT3A 4LYBA 1IIZA 3T36A 2ZNXY 3P66A 1FKQA 5APEA 4PRUA 5LINA 2BPUA 4ETEA 1VDQA 2C8OA 4LYOA 4XN6A 1IWXA 4HTQA 3EO5A 4UWVA 4LFPA 3A6CY 1JPOA 4YOPA 1B7RA 4J1AA 4H8XA 5M1YA 1GF7A 4H9CA 4NGKA 4LYMA 6LYTA 3TXEA 3RT5X 5L9JA 1JTPL 2I26L 3AGIA 3OJPA 3WVXA 1JIYA 1VEDA 1EL1A 4LZTA 4WM2A 1LYSA 2BQKA 3D9AC 4NGJA 1JJ0A 2A7FA 2ZILA 5APDA 1GBSA 4NWHA 1T3PA 4J7VA 2CJLA 5IELA 1J1XY 1WVVA 4LYCA 4P2EA 5LAGA 3CT5A 4XJDA 4TTDA 1GBZA 1LMOA 2D91A 2DQIY 1JUGA 5LAFA 1LZEA 3TXHA 4GCBA 4WO9A 132LA 5F9XA 2IHLA 4NGYA 4BS7A 4N8ZA 4R6CA 1G7IC 1AM7A 1GB0A 2Z2FA 3A90A 4RW1A 1HMKA 1IWUA 3AW6A 1WQPA 3A95A 1KXWA 1UACY 1GE3A 5FHWA 3TXFA 4PPOA 1CKCA 1IWWA 3B0OA 2ZYPA 134LA 4H9AA 2W1LA 1LHMA 5C6JA 4ET8A 8LYZA 4WL7A 5L3HA 1ZMYL 1BQLY 3WU8A 2YDGA 4NIJA 3HBDA 1LJ4A 1REYA 1LJ3A 1B5YA 2C8PA 4HJVA 4WL6A 5KXNA 4Z3MA 5LVKA 5LA8A 1B7NA 3N9CA 5KXZA 1W6ZA 1LZ5A 5LYMA 5FCPA 1PS5A 1D0LA 2HTXA 2LZ2A 1QTKA 208LA 1B7PA 5ILFA 1HF4A 2MEDA 2ZYCA 1LSDA 1YL0X 3CSQA 4HTKA 5AMYA 5HQ1A 1FN5A 3N9AA 5KXXA 4FDYA 4WM3A 1UIEA 1LCNA 4ET9A 4J1BA 1IP7A 4HV1A 5J7CA 3W6DA 3FE0A 1LJHA 4M6DA 2HEBA 2BAAA 1LHKA 4NHIA 4B1AA 1LJFA 1D0MA 3AZ7A 1BHZA 1LZ8A 1IOQA 3A94A 1B5XA 3WUMA 1WQRA 1LZSA 3LYOA 3GXKA 1WTNA 1GFKA 1TDYA 2D6BA 3QY4A 3WPJA 4I8SA 5E4PA 3CB7A 1IR8A 3A67Y 1VDPA 4WM4A 1GEVA 4Z46A 2DQCY 2ZQ4A 4MR1A 1REMA 3AGHA 1CJ6A 1LJEA 1LZ1A 1LZNA 1N4FA 4UWUA 1OUAA 1XGUC 1DKKA 4BAFA 1IWTA 2BQNA 1GXV2 2GV0A 2BQEA 1IEEA 2DQFC 3IWRA 5IDDA 1KIPC 4GLAA 3B0IA 4ETBA 4YEMA 1NKHA 2Z37A 2EKSC 1HENA 1QDRA 2I6ZA 3RU5A 1DI4A 2FYDA 3B6LA 2EQLA 3P64A 5DN4A 3QNGA 1GFTA 5I4XA 1LMAA 1FLQA 1LZ4A 3CSRA 2HUBA 4GCCA 1UIDA 4LGKA 4D9ZA 1C10A 1KXYA 2FYCA 1HHLA 4HPIA 3TMVA 3RNXA 1QSAA 1YAQA 4WLDA 1JWRA 4GLVA 4ZIXA 1LZYA 3WU9A 3A34A 4M4OA 4LYTA 3TXIA 2WARA 5FEKA 5F81A 3LHMA 1B7QA 3LYMA 4GCFA 4GN3A 5D5CA 4H92A 1QQYA 1UC0A 4KXIA 2HEAA 5LYTA 4J0LA 1LSYA 4OWEA 1IOTA 3WULA 1PZYA 4H1PA 4HJZA 4IASA 4E3UA 1J1OY 1LPIA 1LZBA 3A3RX 4DC4A 1BGIA 4PJ2C 1OUHA 4KPMA 3QE8A 2DQDY 5HMVA 4TX7A 4AGAA 4ZFPA 2DBTA 4DD2A 4H9BA 3WYHA 1LHIA 4TSCA 3TXDA 154LA 1D6PA 5HMJA 1GFEA 4GCDA 1P2CC 1GD6A 3M3UA 1RJCB 5B06A 2Z2EA 5FDJA 3AYQA 2YBHA 2YVBA 5KXOA 1NDGC 4N1CC 1LSNA 4DD0A 1IX0A 4B0DA 5LXWA 1SLYA 5KXLA 1LSZA 1O23A 5I53A 4GN4A 1CKDA 1QDTA 1UA6Y 4DDCA 2W1XA 3AZ5A 4CHXA 3WH1A 1CJ8A 1JSFA 133LA 1AT5A 5FELA 1JISA 3AGGG 4NSGA 1IP2A 2BQGA 1LZGA 1WQOA 4H90A 4LT1A 3CT0A 1B0DA 4LFXA 1NQIA 2XJWA 1C08C 1GB2A 1GFGA 1V7SA 2F30A 2G4NA 1YKYX 4LT0A 1E8LA 4XJFA 2F2NA 1B5UA 3ATNA 4G4BA 1LKRA 1YROA 4HSFA 4NHQA 4XENA 4H8YA 5LYZA 5LVHA 1JJ1A 4NSJA 2D4IA 2XTHA 2MECA 1IR9A 1C7PA 1GDXA 1A4VA 1F6SA 3W6AA 3AZ4A 2H5ZA 4XJGA 4B4IA 1TEWA 1B7SA 3P4ZA 4TWSA 2F4GA 1XGRC 4L41A 1RE2A 1GF5A 4DYGA 1GE4A 1LSPA 2BQIA 2EIZC 3A8ZA 5KY1A 1GE1A 1DPXA 1G7LC 2H9JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W08A 1DYEA 4NGVA 4Z98A 1LOZA 1LTMA 1GEZA 244LA 5A3EA 3VW7A 1GBWA 2X0AA 1NBYC 1IOCA 5F9UA 4ETAA 4DQJA 4DWXA 239LA 1F0WA 4RLNA 3F6ZA 3CQLA 4WLXA 3RW8A 2B6ZA 1L34A 4K5YA 3GUKA 2HUKA 1L97A 4PHIA 1GF9A 1BB6A 1J1PY 3CT1A 3HH3A 3OE0A 1B5ZA 3PBLA 1HC0A 4OO9A 3NY8A 4YM8A 1OWYA 1ZVHL 1JKDA 1QUTA 4KT3A 3C7YA 3T6UA 108LA 2NWDX 3P65A 1L96A 2I25L 1G0JA 2CGIA 1L50A 4GN5C 1GE2A 115LA 5B1GA 1BVKC 4II8A 181LA 130LA 1G06A 2H9KA 4NWEA 1HFXA 1GB3A 4GCEA 2RBSA 1JKCA 1QTHA 2HULA 2D4JA 4H9EA 5B07A 1OUFA 5K7OA 1C6DA 1UIHA 1CNSA 3WW5A 4YX7C 1OP9B 1WTHA 3BKHA 4OWHA 1GBOA 1LAAA 1LZ6A 1YAMA 1YANA 2DQGY 3B0KA 1HNLA 1DXJA 1G0QA 1L12A 1XEKA 3TMUA 137LA 5F14A 1UICA 3W3EA 1L99A 1GF0A 1D3JA 3TXJA 3M18B 1L19A 3P68A 4NFVA 1C66A 4XJHA 1C6CA 4HP0A 4IJ4A 1CKGA 1C46A 1TBYA 1PQMA 2OE4X 4WOAA 2HEFA 1H87A 1FKVA 3AW7A 1TLAA 1HFZA 5L3IA 1JHLA 4MSTA 4WG7A 4I7KA 1QUOA 2EPEA 4DD9A 3HH6A 1OUGA 233LA 1XGTC 1QTEA 1L10A 3ULRA 1RFPA 1V7TA 1T6VL 2HEDA 2ZWBA 1L25A 1BWJA 1UBZA 1CKFA 4H9FA 1AZFA 1UIAA 2LYOA 148LE 1JEFA 1HSWA 1BB7A 2RAYX 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 194L A;  1B2K A;  1GFA A;  1W08 A;  2PC2 A;  4PRQ A;  2G4P A;  3TXB A;  4NY5 A;  4XJI A;  2XBR A;  4NGV A;  1LJK A;  2HEE A;  4Z98 A;  4TUN A;  1LOZ A;  5EBH A;  3WPK A;  1OUJ A;  1EQ5 A;  1LTM A;  1DPW A;  1GEZ A;  1QIO A;  2ZNW Y;  5LVG A;  5A3E A;  2BQM A;  1C43 A;  1LHL A;  2BQD A;  2W1Y A;  5KXP A;  1GBW A;  2X0A A;  135L A;  1NBY C;  4H9I A;  1IOC A;  2DQH Y;  4LT3 A;  5DM9 A;  4HJY A;  5F9U A;  4BAP A;  4ETA A;  3J4G A;  5KXK A;  1YL1 X;  5LIO A;  1NHE A;  1B5V A;  4BAD A;  5APF A;  4DWX A;  2DQE Y;  5LA5 A;  1F0W A;  2Z38 A;  4RLN A;  4NGZ A;  4HV2 A;  1GB5 A;  1HEO A;  2ZQ3 A;  3CQL A;  3F6Z A;  4WLX A;  3TMW A;  4QEQ A;  2D4K A;  2YBJ A;  3RW8 A;  2YBL A;  4B4E A;  1NDM C;  4DD7 A;  5KXY A;  5KXR A;  1XGP C;  1LYO A;  5DL9 A;  3HBH A;  1REZ A;  4X3B A;  1GFV A;  4PHI A;  153L A;  1IY3 A;  1GF9 A;  1BB6 A;  4WM6 A;  3WW6 A;  3A3Q A;  4YF2 A;  1LSG A;  1B9O A;  2Z39 A;  3AB6 A;  1J1P Y;  3CT1 A;  3ZVQ A;  1LSA A;  1DI5 A;  2BQL A;  1D9U A;  4HPE A;  4NGI A;  4PGJ B;  1LJG A;  3VWO A; 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 4KXI A;  2HEA A;  5LYT A;  4J0L A;  1LSY A;  4OWE A;  1IOT A;  3WUL A;  1PZY A;  4H1P A;  4HJZ A;  4IAS A;  4E3U A;  1J1O Y;  1LPI A;  1LZB A;  3A3R X;  4DC4 A;  1BGI A;  4PJ2 C;  1OUH A;  4KPM A;  3QE8 A;  2DQD Y;  5HMV A;  4TX7 A;  4AGA A;  4ZFP A;  2DBT A;  4DD2 A;  4H9B A;  3WYH A;  1LHI A;  4TSC A;  3TXD A;  154L A;  1D6P A;  5HMJ A;  1GFE A;  4GCD A;  1P2C C;  1GD6 A;  3M3U A;  1RJC B;  5B06 A;  2Z2E A;  5FDJ A;  3AYQ A;  2YBH A;  2YVB A;  5KXO A;  1NDG C;  4N1C C;  1LSN A;  4DD0 A;  1IX0 A;  4B0D A;  5LXW A;  1SLY A;  5KXL A;  1LSZ A;  1O23 A;  5I53 A;  4GN4 A;  1CKD A;  1QDT A;  1UA6 Y;  4DDC A;  2W1X A;  3AZ5 A;  4CHX A;  3WH1 A;  1CJ8 A;  1JSF A;  133L A;  1AT5 A;  5FEL A;  1JIS A;  3AGG G;  4NSG A;  1IP2 A;  2BQG A;  1LZG A;  1WQO A;  4H90 A;  4LT1 A;  3CT0 A;  1B0D A;  4LFX A;  1NQI A;  2XJW A;  1C08 C;  1GB2 A;  1GFG A;  1V7S A;  2F30 A;  2G4N A;  1YKY X;  4LT0 A;  1E8L A;  4XJF A;  2F2N A;  1B5U A;  3ATN A;  4G4B A;  1LKR A;  1YRO A;  4HSF A;  4NHQ A;  4XEN A;  4H8Y A;  5LYZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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