5P1ZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 118
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1zA01
5P23A 1AVFA 5P7OA 3GGVA 5EZXA 5P8OA 2APRA 4Y9WA 2WF3A 3OTSA 3VLBA 3UQRA 4Y4WA 4HEGA 1NSOA 1SGZA 5P3YA 3GI4A 1FGCC 4Y36A 5P1EA 2AZ9A 5P7RA 8HVPA 2RKGA 2Z4OA 5P6HA 4YBIA 3G72A 1BV9A 1ZSFA 2CEJA 4B1EA 4X7IA 4Y3LA 5P4VA 5KQFA 5P0DA 2VIZA 3OXXA 5DR3A 2VIYA 4HLAA 5P75A 4YCYA 3LNKA 3NDUA 1EC3A 5P40A 4FCOA 5OZ9A 5OZWA 5P89A 5FIVA 4JPEA 3GGUA 2QD7A 3NU9A 5DQ5A 1RL8A 5HDUA 4R95A 2UY0A 4H3GA 5P02A 3NXEA 5P5EA 3TOGA 4NPTA 1SDTA 5P54A 2WF0A 3VF5A 5P14A 5P4GA 5P7XA 4LC7A 5P03A 5P1BA 3O99A 5P39A 1K2CA 2P83A 4XXSA 1BAIA 3QRMA 3UDJA 1XL2A 1MEUA 4HDFA 2RKFA 1OD1A 3U71A 4YDFA 4UPJA 2Q54A 3RTMA 1VIJA 5P5GA 5P0TA 2VS2A 3OGPA 4R8YA 2XYEA 5OZDA 5P0VA 2QNNA 4U7QA 3L5EA 1FMBA 5P10A 4QJ2A 5AHAA 1HTRB 5P18A 3ZKMA 5P8AA 5P64A 2ZHRA 1HVSA 3CKTA 3URLA 5KQXA 4DJQA 4EHCA 1KJ4A 3HLOA 2AQUA 2I4DA 1PSNA 4JECA 5E5JA 1IDBA 3KT5A 1XE6A 5P0OA 4ZSPA 4KB9A 5P2UA 1D4JA 5I3WA 1IDAA 3ZKGA 2P8HA 4NJUA 3SKFA 4FLGA 2CENA 2VNNA 4LL3A 3NU4A 3EKTA 1DIFA 1HSGA 1SH9A 4B77A 2V10C 1HVJA 4OBJA 4OBGA 3G6ZA 2QI7A 4J1EA 1W5WA 3HW1A 3LIVA 2BPWA 5DGUA 4R93A 2O4KA 1DPJA 4ACUA 3L3AA 4YCKA 5P8JA 4L7JA 1B5FA 4QJ6A 1PSOE 4PEPA 1G35A 4DPFA 2ZJLA 3GGAA 5P6PA 3HVPA 3OOTA 4I10A 3QP0A 4Y3GA 5AH7A 5DR0A 1ZTZA 3VYDA 4Y5MA 3OK9A 3OUBA 1AJXA 5P7PA 4EJDA 4FSEA 5P3BA 1GVXA 4Y3QA 3DOXA 5P86A 3LIQA 3OUCA 2PMAA 5OZRA 5P01A 4D88A 2EWYA 3FV3A 5P1AA 5OZJA 5OZAA 3KMYA 5P1JA 5P27A 4I0GA 5P57A 3OQKA 4WTUA 4ZPFA 1PPLE 1FFIC 1HBVA 1ZPAA 5P7VA 3UQWA 3OQDA 4LHHA 5P49A 1D4KA 4KE1A 5ISKA 5ISJA 3KDDA 4L7GA 2QCIA 3I25A 5P2ZA 5P5BA 2P3AA 3UFNA 4ZPGA 2I1AA 3ZKSA 5P7BA 3DK1A 1FG6C 5P1NA 4I0DA 2I4UA 5P8CA 1FF0C 4K4QA 4J5JA 1KZKA 5B18A 3LPJA 4Y3JA 1GNOA 4Z4XA 2O4LA 4NPUA 2R3WA 1NPWA 5DQ1A 5P3JA 5P4YA 3TOFA 5P7QA 5P8TA 3O9EA 3L5FA 2NTRA 5P29A 4RVXA 5P6VA 5P6WA 3OQ7A 4RVJA 3SLZA 5P5WA 1MIQA 3SA4A 5OZ7A 5P5AA 5P8DA 3VYFA 2ER7E 5P61A 5P5JA 1APTE 3ZLQA 3N4LA 4RRNA 4I12A 4H3JA 3QIHA 4Y37A 1HPXA 3EKVA 3OHFA 5P63A 3ZPUA 2IEOA 2HB3A 4Y3SA 5F00A 5IS4A 1FFFC 3IXJA 2A1EA 1EPRE 4K4PA 3UFLA 1LF2A 4CPXA 2QMDA 2G27A 4DJVA 5P50A 1FEJC 1K2BA 5P7WA 4TRZA 4GJ8A 4F76A 3F9QA 3B7VA 1HSIA 4Y3HA 3PB5A 1HTFA 1HVRA 2B7FA 5P7JA 5OZ8A 5OYVA 2I4WA 1AIDA 3CYWA 3S45A 3DCKA 1G2KA 3KFPA 1AZ5A 1D4HA 1OEXA 5UPJA 1SDVA 4MC9A 2FXEA 1WBMA 3EKPA 5P2JA 3UDMA 2F80A 1ZP8A 2IKOA 2NR6A 5P2YA 5P4IA 3INEA 3SA6A 1WKRA 3PBZA 1EPME 3VG1A 3UQUA 4CMSA 5P2XA 3Q5HA 2QNPA 2QHZA 3NWXA 3OADB 3WSJA 2G22A 4I8WA 4NJSA 4EJ8A 4GIDA 3FX5A 2Q15A 5OZVA 5P0XA 1BBSA 1APVE 4AMTA 1GVVA 3QN8A 5P8HA 4LBTA 4R92A 3CMSA 3PSGA 5P2SA 2IS0A 5P5DA 1C6XA 3KF0A 3MSKA 2QMFA 4Z22A 4Y4ZA 5P8KA 1PFZA 3VV8A 1FQ7A 4U8WA 3OQAA 4ER2E 5IVTA 1HVHA 3IXKA 3L5BA 5KAOA 1FQ5A 4RZ1A 2AOIA 3PWWA 3NU6A 3ECGA 4YD4A 1HSHA 2ASIA 4Y39A 3CICA 4CKUA 5P43A 2NPHA 2MIPA 2P3CA 5P6SA 5P71A 5P0EA 5P76A 3CYXA 5CLMA 4B78A 2R38A 1G0VA 1K6CA 4Y3EA 4YBFA 4M8XA 5P11A 3NYGA 5P6UA 1SDUA 2AVVA 2PYNA 5P0AA 3UDQA 2OHLA 5P1XA 1SBGA 5P6ZA 1Z1HA 1T3RA 2QNQA 5P1MA 2AIDA 5P1KA 5KR8A 4J0VA 3L59A 5BS4A 5P12A 3VUCA 3BC4A 3PI0A 1SMEA 1IBQA 3SM1A 5P06A 5P0NA 5P6FA 5P80A 3TH9A 5P0YA 3WB5A 4EP2A 4FL8A 3QI1A 3NWQA 1LF4A 5P0ZA 4YD3A 1META 4Y3NA 5P36A 3MWSA 5P84A 3OTYA 3JW2A 4Y5GA 5OYYA 5P17A 4GZFA 2WF1A 4FIVA 5P7EA 3FNTA 4JP9A 5P62A 3QVIA 1PSAA 4B00A 3T11A 4LP9A 3EL4A 4QGIA 3Q4BA 5DR4A 5OZKA 3EXOA 2PK5A 5P2QA 1QBUA 4Y54A 3SQFA 3PBDA 3FNUA 1LF3A 4I0HA 3GI5A 1UH9A 4J0TA 1M43A 2AVQA 3Q6YA 1LEEA 1FQXA 3EL0A 2HB4A 3OADA 2WEDA 2G24A 1ZLFA 5P59A 2QI6A 4IVTA 3SA8A 3HAUA 3LZVA 4Y44A 4RGHA 1FKNA 5P3UA 4WY1A 4PPHA 4FRJA 7HVPA 4DVFA 5T4SA 3UF3A 3DUYA 3ST5A 5P1IA 2ZE1A 5P2WA 4Y48A 1FMUA 5P1LA 3QRVA 2Z54A 5P4DA 5P7NA 4Y3FA 3PGIA 2VJ7A 1RPIA 1WBKA 5OZ5A 5P4OA 3RU1A 3ZKQA 3NUOA 4DQGA 1EEDP 3BUHA 4D8CA 4U7VA 4Y4TA 4DQBA 4F73A 5P0GA 3KYRA 3PEPA 4YD6A 5P2TA 1BDLA 4Y4UA 3EM4A 1GNNA 4OBFA 5OZUA 3U7SA 5P6YA 5P1PA 5P4KA 3UPJA 1BDRA 3PWMA 5P6AA 5P88A 5P8GA 3VFAA 4Y57A 3IA9A 3OXCA 5P3OA 4BEKA 1A94A 2PWRA 3EBZA 3ZOVA 5P5SA 4PZWA 4Y3ZA 2QHYA 3EL9A 4Z2ZA 1GVWA 3IVHA 5P6BA 4YD5A 1W6IA 4DQCA 3BVBA 5P4MA 5P7LA 5P3DA 4ZSQA 5P05A 1EPOE 1A8KA 4D83A 3S56A 1K6VA 2NXMA 1XDHA 1ZSRA 5P0MA 4OC6B 5P3KA 3RVIA 4HDBA 5OZMA 2I0AA 5P4SA 4Q1NA 1ODYA 4HE9A 3NDXA 1G6LA 4EQJA 5P4HA 5P2HA 2J9JB 3T6IA 3NDWA 2JJJA 3PWRA 4QJ8A 1J71A 5P1FA 2BKSA 4RRSA 4FRSA 5P6LA 4BFBA 1IVQA 3R2FA 3OU4B 5HD0A 3N3IA 4RVIA 2NMYA 3D3TA 1MESA 5P3MA 4Q5MA 5ER1E 3VFBA 4ZSMA 2O4NA 2F8GA 5SY2A 1HRNA 1EPNE 3ER3E 4Y3PA 3CKPA 1E80E 5P3TA 5I3XA 2HIZA 1BV7A 3M9FA 5P2KA 1EC2A 5P3RA 2B42A 1SP5A 3PJ6A 3UDHA 3SABA 4PYVA 5P33A 4Y5EA 5DR7A 5P3HA 5P1ZA 5P68A 1EC1A 1BIMA 1AJVA 3UDNA 3VLAA 4DJUA 3SAAA 1OHRA 4I0ZA 3MSJA 5P7YA 1AM5A 1HVKA 5P5FA 1IIQA 2NXLA 5P8VA 2FNTA 4YD7A 4DUSA 1YG9A 5P6IA 4A6BA 5P8BA 4Y4XA 2WF4A 3QAAA 5OZ3A 1SIPA 4YOAA 4DJWA 4X2LA 5COPA 5OYZA 5P8MA 5C9BA 1Z8CA 3TPRA 3CIDA 3PCWA 4A6CA 5P3FA 4QJ9A 5P0PA 4FGXA 1AAQA 1HPOA 3SA7A 1KJFA 5P8QA 5P5PA 3VSXA 4OBHA 4B1DA 3CIBA 5P4AA 4Y6MA 4YDGA 5P7GA 5P81A 5OZ0A 5P7CA 4ZIPA 3I2LA 4MC1A 2A4FA 4GJ6A 4NJVA 3VV6A 3LHGA 5P07A 3K4VC 5OZPA 3EC0A 5P5HA 5P7TA 2QD6A 2OF0A 4Y41A 4J0YA 5P34A 2WL0A 5P5OA 3NU3A 5P3ZA 3S8IA 3OUAA 2IDWA 1ODWA 3L38A 3VV7A 4DJRA 4N00A 5P1YA 1B6LA 3EMYA 3DV5A 2WF2A 5SZ9A 1HIHA 3LIXA 5OZSA 1MT8A 2ZDZA 4GJBA 2V11C 2NNKA 5P7MA 5OZ1A 5P2CA 5P77A 5P78A 1LYWB 5P2MA 1XS7D 3RSXA 1HPSA 1E82E 3Q70A 5P52A 5OZOA 5ER2E 5HDVA 5J25A 4RCEA 1MPPA 4L7HA 4CPRA 4EXGA 1E5OE 2RSPA 4OC6A 5P58A 5P1WA 4YE3A 3D91A 2AOCA 1B6PA 5P8RA 1TSUA 4ACXA 4L6BA 1QS8A 5P55A 2J9JA 2AVSA 2FGVA 5P1DA 2AOJA 4GJ7A 4FE6A 1UH8A 5P4JA 4ZSRA 4Y3DA 3FIVA 3LZUA 3OUDB 3NR6A 3OU4A 5P8UA 5HE7A 3VF7A 5OZNA 5OYTA 1LYBB 1HEGE 4J0ZA 3T7QA 2BB9A 5P5CA 1NH0A 4DH6A 1LV1A 5OZXA 5OYXA 1IZIA 4OBKA 1FQ6A 2H6SA 5P6GA 1T7IA 3K5CA 4YA8A 1YT9A 5TOLA 3D20A 2V13A 4K4RA 4EQ0A 3KN0A 4Q1YA 5OYSA 2P3DA 4K9HA 1HXWA 1MRXA 4M8YA 4GMIA 1JLDA 2ZYEA 3L5DA 4APRE 5P1GA 3BRAA 4BFDA 1APWE 1ER8E 5JFPA 4J17A 5P74A 5P87A 4Y5CA 2CEMA 3KFNA 2VJ6A 5P6TA 5P5XA 2Q3KA 4L1AB 1MVPA 1XN3A 3K4VA 1QBRA 2WEZA 3KM4A 5P3NA 3EM6A 2V0ZC 1BXOA 1Z1RA 3TL9A 4LAPA 3OWNA 2G1NA 2OHTA 1GNMA 5P2LA 5P42A 1CZIE 3HVGA 2B60A 1FMXA 5P7IA 3GW5A 4YOBA 5OZLA 4FM6A 1BVGA 4Y3AA 5DPZA 1ZJ7A 1FQ8A 5P6XA 3AUPA 3H0BA 5P3VA 2ZHTA 2WEAA 4OBZB 4Q1WA 3OQFA 1T6GA 5P0SA 1YM2A 1TW7A 5P7FA 2QZXA 2VA5A 5P4QA 4NKKA 2F3KA 2OHRA 2HS2A 3O9AA 5P5TA 5P66A 3TKGA 1ZPKA 2HC0A 4YCTA 4RYCA 3FKTA 5E5KA 3BGCA 3O9CA 1QDMA 2R5QA 3S43A 5P1VA 2Q5KA 3O9BA 4TVGA 5P22A 1B6JA 1KJ7A 2B7ZA 3B80A 2ZHSA 4ER4E 2PWCA 2ZGAA 5P51A 4APEA 5P45A 1D4YA 5P4BA 1LYWA 3TPPA 2ER0E 2QU3A 5OYQA 3OHHA 4CPSA 5P0BA 3IGBA 3EKWA 3O9IA 5P3QA 5P47A 5P4RA 2ZJKA 2JYSA 4DJYA 3MSLA 3QRSA 5P04A 4PHVA 2FS4A 2ZHUA 1TQFA 5DQ4A 1FG8C 2ZJMA 3DCRA 2R8NA 3BXRA 4R5NA 2OHPA 3FSMA 4I8ZA 1GKTA 1RV7A 2PH6A 5P5MA 1B11A 2Q64A 1XL5A 4QJ7A 2QZLA 5P30A 5P5IA 4COEA 3SA5A 5P5NA 1BVEA 3OUDA 2WHHA 4EXHA 1ZAPA 3Q3TA 3QBFA 5P79A 5P1SA 1LYBA 3S2OA 2ER6E 4RLDA 1FQ4A 1EC0A 2AODA 2O4SA 5P09A 3BVAA 1UPJA 4CPUA 2B8VA 3T7XA 1W5YA 3TPJA 5P25A 6FIVA 1TCXA 3OU3A 5OZIA 2R3TA 4OD9B 1MTRA 4GJ9A 2G1OA 1HHPA 5P2GA 4EWOA 5OZFA 1FLHA 2JXRA 1BXQA 3URIA 1XN2A 5P4LA 3GI6A 3VF3A 4Y51A 1HVCA 1IVPA 2WKZA 1MT9A 4Y5BA 3LITA 2ANLA 5OZEA 5KR0A 1YTIA 3O9LB 1QRPE 3PLLA 5OYWA 1ENTE 2VIJA 4CPWA 1QBTA 4JOOA 2OHNA 5P4NA 1A9MA 1APUE 2O4PA 4L1AA 2FDDA 2OHUA 3BUFA 3ZPSA 4RCDA 5P3XA 5COOA 1K6PA 5P70A 4EJKA 2FDPA 5P1QA 4Y3RA 3CKRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P23 A;  1AVF A;  5P7O A;  3GGV A;  5EZX A;  5P8O A;  2APR A;  4Y9W A;  2WF3 A;  3OTS A;  3VLB A;  3UQR A;  4Y4W A;  4HEG A;  1NSO A;  1SGZ A;  5P3Y A;  3GI4 A;  1FGC C;  4Y36 A;  5P1E A;  2AZ9 A;  5P7R A;  8HVP A;  2RKG A;  2Z4O A;  5P6H A;  4YBI A;  3G72 A;  1BV9 A;  1ZSF A;  2CEJ A;  4B1E A;  4X7I A;  4Y3L A;  5P4V A;  5KQF A;  5P0D A;  2VIZ A;  3OXX A;  5DR3 A;  2VIY A;  4HLA A;  5P75 A;  4YCY A;  3LNK A;  3NDU A;  1EC3 A;  5P40 A;  4FCO A;  5OZ9 A;  5OZW A;  5P89 A;  5FIV A;  4JPE A;  3GGU A;  2QD7 A;  3NU9 A;  5DQ5 A;  1RL8 A;  5HDU A;  4R95 A;  2UY0 A;  4H3G A;  5P02 A;  3NXE A;  5P5E A;  3TOG A;  4NPT A;  1SDT A;  5P54 A;  2WF0 A;  3VF5 A;  5P14 A;  5P4G A;  5P7X A;  4LC7 A;  5P03 A;  5P1B A;  3O99 A;  5P39 A;  1K2C A;  2P83 A;  4XXS A;  1BAI A;  3QRM A;  3UDJ A;  1XL2 A;  1MEU A;  4HDF A;  2RKF A;  1OD1 A;  3U71 A;  4YDF A;  4UPJ A;  2Q54 A;  3RTM A;  1VIJ A;  5P5G A;  5P0T A;  2VS2 A;  3OGP A;  4R8Y A;  2XYE A;  5OZD A;  5P0V A;  2QNN A;  4U7Q A;  3L5E A;  1FMB A;  5P10 A;  4QJ2 A;  5AHA A;  1HTR B;  5P18 A;  3ZKM A;  5P8A A;  5P64 A;  2ZHR A;  1HVS A;  3CKT A;  3URL A;  5KQX A;  4DJQ A;  4EHC A;  1KJ4 A;  3HLO A;  2AQU A;  2I4D A;  1PSN A;  4JEC A;  5E5J A;  1IDB A;  3KT5 A;  1XE6 A;  5P0O A;  4ZSP A;  4KB9 A;  5P2U A;  1D4J A;  5I3W A;  1IDA A;  3ZKG A;  2P8H A;  4NJU A;  3SKF A;  4FLG A;  2CEN A;  2VNN A;  4LL3 A;  3NU4 A;  3EKT A;  1DIF A;  1HSG A;  1SH9 A;  4B77 A;  2V10 C;  1HVJ A;  4OBJ A;  4OBG A;  3G6Z A;  2QI7 A;  4J1E A;  1W5W A;  3HW1 A;  3LIV A;  2BPW A;  5DGU A;  4R93 A;  2O4K A;  1DPJ A;  4ACU A;  3L3A A;  4YCK A;  5P8J A;  4L7J A;  1B5F A;  4QJ6 A;  1PSO E;  4PEP A;  1G35 A;  4DPF A;  2ZJL A;  3GGA A;  5P6P A;  3HVP A;  3OOT A;  4I10 A;  3QP0 A;  4Y3G A;  5AH7 A;  5DR0 A;  1ZTZ A;  3VYD A;  4Y5M A;  3OK9 A;  3OUB A;  1AJX A;  5P7P A;  4EJD A;  4FSE A;  5P3B A;  1GVX A;  4Y3Q A;  3DOX A;  5P86 A;  3LIQ A;  3OUC A;  2PMA A;  5OZR A;  5P01 A;  4D88 A;  2EWY A;  3FV3 A;  5P1A A;  5OZJ A;  5OZA A;  3KMY A;  5P1J A;  5P27 A;  4I0G A;  5P57 A;  3OQK A;  4WTU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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