5P22A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 120
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p22A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p22A01
1HHPA 4TRWA 3SQFA 5P0MA 2ZHSA 5P71A 4B70A 4DVFA 4U7VA 3VUCA 2ER6E 1EC1A 3OQFA 1EPME 1AJXA 2WF1A 4CPRA 1MERA 2FIVA 1W5WA 2V12C 1HVIA 1ZPKA 3AIDA 4B0QA 1APTE 2B60A 1MUIA 2R5QA 5P1IA 3CIDA 5P8FA 3WSJA 4Y3TA 5P6VA 3HBOA 4Y56A 5P0RA 1GNMA 5P8AA 1YTJA 3PGIA 4R92A 3IXKA 4D8CA 4LAPA 1G35A 4ZEAA 3SACA 5P4RA 3EKYA 3INHA 4FM8A 1DAZC 4A6CA 2QI3A 3MSLA 4RVJA 4A4QA 2AOHA 5P2OA 3SLZA 3EC0A 2I4UA 4TVHA 5C9BA 4NJTA 4Y4ZA 3PWMA 4I0ZA 1DP5A 1DW6C 5P0JA 5BWYA 4I1CA 5ISJA 3OQDA 4I8ZA 1HVLA 4J1FA 3EM3A 3VCMA 1BDLA 5IVSA 4Y3RA 1HIVA 4ZIPA 4ER4E 5P0EA 2AODA 1LYWA 1LF3A 1SH9A 2OF0A 1EC3A 4OBKA 4EWOA 3OUDB 4PHVA 1YT9A 1C70A 2AOCA 1NPAA 3O9GA 3CMSA 5P8CA 3RTMA 3VLBA 3KYRA 1EPOE 1C6XA 5P46A 2OHKA 5OZ8A 5P81A 5OZXA 3TNEA 4QJAA 1ODYA 3GI0A 1SBGA 3JW2A 2QI0A 1W51A 2JXRA 3KDCA 5P7LA 5P1AA 4I8WA 5P1KA 3TKWA 2MIPA 1HXWA 3FX5A 1D4SA 4K8SA 4LC7A 2IENA 3U6AA 1QBUA 4ZPGA 4XX4A 4Y5PA 2V10C 4L1AA 5P3SA 5P3KA 4CMSA 3K4VC 2I0AA 5OZJA 1G6LA 1XE5A 4HA5A 1LF2A 2G94A 4M8YA 1FF0C 5P2RA 4L7HA 1K1UA 4YOAA 4Q1YA 5P7RA 5OYSA 3LZYA 3T3CA 3T11A 5DQ1A 1OHRA 2WHHA 4OBZA 5P3BA 1LZQA 3UPJA 1QRPE 3N4LA 2H6TA 1T7IA 4FL8A 1NSOA 3L59A 3JVYA 2PH6A 4J5JA 3WB5A 3UDJA 5P64A 1F34A 3KDDA 5TOLA 1TSQA 1F7AA 1EPNE 1YM2A 4CPXA 1K6TA 5P7DA 5P0OA 5P5TA 3RTNA 4YDGA 4Z22A 4ZPEA 1W50A 1HIIA 3OQAA 3NSHA 5P4BA 5P6TA 5P22A 4YD3A 5P2SA 5P3HA 5P6HA 2RKGA 1AM5A 2V00A 5IS4A 1MRXA 4OC6B 4S1GA 3APPA 5ER2E 2QAKA 5P5HA 4Y45A 5ISKA 1KJFA 1B6KA 2NNPA 4HDFA 2AOGA 4FM7A 4FRIA 3MSKA 5P28A 4ER1E 1BBSA 3VSWA 1E5OE 1OEXA 1FQ4A 3K5FA 3D1ZA 2AZ8A 4OD9B 4R95A 1MSNA 1EPRE 2B7ZA 1IDBA 2XYEA 3VEUA 1BILA 5OZ0A 5P8LA 5P29A 1HTFA 3OHHA 1Q9PA 2FXDA 5P36A 5P1XA 4HVPA 4RVIA 3MSJA 4Y3YA 3ZKXA 3GI6A 4FGXA 3OHFA 4Y44A 5P1EA 5HDXA 4YCYA 5T4SA 5P1LA 2O4PA 1D4IA 2VNMA 3URIA 3HDKA 5P59A 3LZVA 3UDKA 5P6OA 3TPJA 5P13A 2WEDA 2G27A 3INFA 1K6CA 1KJGA 1UPJA 1MIQA 5P19A 1HVKA 5KR2A 2BPVA 1D4JA 5P5SA 1B6PA 5P3XA 4FS4A 4GB2A 4L7JA 3I6OA 3GGAA 3HVGA 3OTYA 5P6FA 4CPSA 3TPRA 1APUE 2J9JB 5BRYA 2OHTA 3LIVA 3UDHA 1YM4A 5JFUA 3EM4A 5P5RA 2F81A 4ZPFA 5P7AA 4RYCA 5E5JA 3TPPA 1WBMA 4PZXA 5P3UA 5OZAA 1YTGA 5P2EA 3OUBA 5P5GA 1HVCA 5COKA 5P65A 1BAIA 4I0JA 3I2LA 3S43B 4AZYA 5DR3A 3INEA 4Y5AA 3TOFA 4K4QA 5P88A 3TOHA 4YE3A 5P66A 1MESA 4MC9A 5P2NA 5P0HA 1EPPE 5P87A 5DQ5A 3BUGA 1MT7A 5P70A 1Z8CA 2PSUA 3LIZA 2Q55A 3SKGA 2QMDA 5P34A 1LYBB 2BBBA 3LPJA 2HPEA 3OU4B 1PSOE 1TQFA 3U7SA 2AOJA 3SA6A 3RTHA 4Y3QA 4IVSA 2HB2A 3UCBA 5P08A 5P7HA 3C9XA 1OD1A 4Y3FA 2FGVA 4Y51A 3FNSA 5P4ZA 4YD4A 4J1HA 3PVKA 4FRSA 5P7NA 4EJKA 3BXSA 2EWYA 1SDVA 2P83A 2P3BB 4Y3LA 4CP7A 4M8XA 4Y3JA 1VIKA 5OYUA 1FB7A 3PMUA 4J0VA 2PYNA 4J0TA 2NXLA 5OZYA 4ACXA 4K4RA 2O4LA 3EBZA 5P53A 4EQ0A 2RSPA 3R4BA 4IVTA 4Y3HA 5DR4A 4B1DA 4K4PA 4I0IA 1W5YA 1ZSFA 3DM6A 3TH9A 1AZ5A 5P79A 1HTGA 2B8VA 3EL1A 5OZWA 3ZPTA 4FLGA 1GVVA 5P09A 5P7IA 2Q63A 5P3QA 4DJOA 5P82A 1PFZA 3I7EA 3KT5A 4Y3NA 5P0LA 4FRKA 1HVRA 5P2JA 2VA7A 5P6IA 2QZXA 3KFRA 3LZUA 3LITA 5P67A 2IGXA 3B7VA 2QD6A 1TCWA 4B00A 2QD8A 4RYGA 4I10A 5OZTA 4YOBA 5HTZA 4Y4GA 5OZKA 5P4AA 1K6PA 5P57A 5P6UA 3QN8A 5DR0A 2F8GA 5P2MA 2R3WA 2Z4OA 4LXAA 2QZKA 5P4IA 3FKTA 3IVIA 2AVMA 4Y50A 1ZLFA 2A1EA 2OAHA 3SPKA 3UDMA 1IZEA 5P37A 1KZKA 5P3FA 4H3FA 1PPKE 3OGPA 5P5EA 2I4WA 5P0TA 4JPEA 5P32A 4Y4BA 2VS2A 1ODWA 5OZGA 5OZVA 3UTLA 4EHCA 2H6SA 1XS7D 3L38A 1AXAA 5P3LA 1PROA 3UFNA 1XL5A 3SA4A 1ZBGA 5DQ4A 1MVPA 2R43A 5P0BA 4F75A 1C6YA 5HCTA 4L6BA 2AVOA 3VLAA 1WBKA 4H3IA 2IKOA 3ZPSA 4D89A 5HVPA 4J1IA 2F3FA 2BPWA 5P8MA 5B18A 1HRNA 1MTBA 2QZLA 5HDUA 3QPJA 5IVRA 4PEPA 2QI6A 2IKUA 5OYXA 2B8LA 3EKQA 2OHRA 1GNOA 3EL4A 4L7GA 3VG1A 1SIVA 2QI5A 2G24A 4HZTA 5OZIA 3K5DA 4YD7A 2Q5KA 5OZ3A 5P5KA 5OZ2A 4F74A 2AVSA 5P3CA 2VKMA 5P1DA 2O4KA 2IEOA 4Y38A 4Y4EA 4ER2E 5P78A 5OYZA 3EKVA 3VYFA 5P27A 5AHCA 4GJBA 1QDMA 4Y3ZA 3L5CA 4X7IA 2FMBA 5P3TA 1G0VA 3CKPA 3VYDA 5P3EA 4B1EA 2AOEA 2P3CA 2HS2A 3SA7A 5P8VA 5P1CA 1KJ4A 3UDNA 1HVJA 4DFGA 2PK5A 1GNNA 5P8BA 5P5ZA 5HE5A 4ZSRA 4Z2ZA 2QHYA 5ER1E 5EZZA 3Q4BA 5OZSA 3R0WA 4FSLA 4R5NA 4DQEA 3NU4A 4HLAA 3K4VA 1BDRA 4TRYA 3JVWA 1FFIC 3AUPA 3R1GB 4ACUA 4L1AB 2ZE1A 4ZSMA 3RU1A 3NUOA 2QNQA 4ZSPA 5P6BA 4TVGA 5P1NA 3UFLA 2VJ9A 5P1ZA 5F00A 1D4HA 1XDHA 3R0YA 3NYGA 7UPJA 1Z1HA 4OBZB 3BXRA 2ZJIA 1A8GA 3OUAA 3PCZA 3QS1A 3TKGA 1E80E 2OHUA 2AOFA 3LHGA 4BEKA 5P0QA 2JE4A 1RNEA 4D85A 4ZSQA 5AHBA 2G1SA 5P7SA 3UF3A 1TCXA 2XFJA 3OU1A 2ZJNA 5P5PA 5DPZA 2ZGAA 3PWWA 2QNNA 3ZKNA 3O9LA 2JYSA 4I0DA 5P16A 2AQUA 4B77A 4J0PA 3VF7A 2G22A 2JJJA 5COOA 3L58A 4R91A 5P03A 2AZ9A 5AHAA 4I0FA 5P2XA 5OZUA 4LXMA 1A9MA 3IAWA 5P1WA 5P5OA 1D4KA 4DJPA 5P4HA 2QNPA 4RCDA 4Y3GA 4Y58A 3OADA 3OY4A 3G70A 1DMPA 3VF5A 4Y35A 5P77A 3O9AA 2UPJA 5P00A 3T6IA 3TTPA 5OYYA 5OZ4A 4J1EA 4LXKA 5P30A 5P3JA 5P7YA 5P1UA 3ZMGA 2XYFA 5P12A 5OZQA 1A30A 4GJ6A 3GGVA 4QJ2A 5OZOA 2WJOA 2VNNA 3HVPA 1EPQE 5P17A 2QD7A 2ZYEA 1HWRA 4WY6A 2P3DA 4NPTA 4UPJA 4GYEA 5P5BA 5P0IA 5KR8A 5P1GA 1AAQA 5P5XA 1XL2A 2FNSA 2ER7E 5P6YA 5P3RA 3CYXA 4B05A 2G20A 5P7WA 1EBKC 3KMYA 2IDWA 4PZWA 2BKTA 5P7MA 2WL0A 2HM1A 3WZ7A 1DPJA 4R8YA 4LBTA 5P2VA 4GJCA 5P2ZA 3Q3TA 2FDDA 3N3IA 3CKRA 3O9FA 3O9CA 1B6JA 5JG1A 3VFAA 5P4OA 3QBFA 2OHSA 5P4CA 5OZHA 2PQZA 1RQ9A 5P38A 3DJKA 1RV7A 5P4QA 2IS0A 5P5CA 3S45A 4DH6A 5BS4A 3I8WA 5P2CA 1NPWA 5P2WA 4DJUA 5CONA 3EMYA 2BPZA 5DQ2A 2I1AA 5P3MA 5P4UA 1B5FB 5P4EA 2AZCA 4K9HA 2Q54A 5P5QA 3FIVA 4LL3A 3GGUA 4YD6A 3NU9A 3OUCA 3ZKIA 4FRJA 2F3KA 1CZIE 3LIXA 5ENKA 5P01A 5P6AA 5P8NA 2QCIA 3BUFA 1ER8E 1HSIA 3SA9A 2HIZA 5P25A 5AH9A 3WZ6A 5P0PA 5DGWA 1FQXA 3QAAA 5P3GA 4DJXA 3ZKSA 3PEPA 4YD5A 5OZLA 3GI5A 3ER3E 4J54A 5P7QA 4DQCA 2BB9A 1K6VA 4H3JA 1EC0A 5OYRA 5P44A 4GZFA 5JFPA 1M4HA 1XN2A 3NDTA 4RCEA 4DJYA 3QVIA 4Y5EA 1IVPA 2AZBA 1XE6A 3IA9A 3PLDA 5P84A 2QHZA 1AJVA 5P72A 4EYRA 5P1RA 3SO9A 4DPIA 4Y3MA 3M9FA 2WECA 5P0VA 5P6MA 5OZDA 2V0ZC 3KM4A 4PPHA 4FAFA 5CLMA 4J1KA 1T6GA 1FKNA 3LPKA 3URJA 2BQVA 5P5MA 5P6NA 3U71A 3OQ7A 3PMYA 1RPIA 2HS1A 4RRNA 5P2QA 5P1FA 5P2DA 1BXQA 3FSMA 4RRSA 3INDA 5P31A 3SA8A 1FEJC 1NPVA 1C6ZA 3HW1A 2OHNA 5I3YA 2WF0A 1M43A 1FLHA 1EBYA 4Y5NA 2R9BA 3SM2A 5HD0A 5HU0A 5OZRA 4GMIA 4CPTA 5OYWA 1Z1RA 5P02A 3NDWA 5P4SA 4BFDA 3RVIA 2R5PA 3S7LA 3DCKA 3TOGA 5P1OA 1M0BA 5P6ZA 5DR7A 5SY2A 2B7FA 2QK5A 1W6IA 2FNTA 4GIDA 3ZKQA 8HVPA 4NPUA 4GJ9A 5P5YA 3APRE 1SP5A 5P1JA 4B78A 1FGCC 5P04A 2AOIA 4Y36A 3OK9A 3PHVA 4I12A 1LS5A 4OBJA 2FDEA 3MXDA 1QBRA 5P5LA 2QMGA 1N49A 1RL8A 5P39A 4DQFA 4LHHA 4Y5GA 5P2HA 3O9BA 2WEBA 1HTEA 1E81E 4YHQA 3NXEA 5DR1A 2ASIA 3O99A 5P75A 3BRAA 3OAGB 2APRA 1HEGE 4Y4TA 5P0YA 3QI1A 3PI5A 3UDYA 1B6LA 1EAGA 5P52A 3IVHA 4MC2A 1SDUA 4COEA 2FDPA 4JP9A 4J0ZA 5P48A 2RMPA 3IN4A 2J9JA 3VFBA 3VYEA 1MSMA 4EQJA 4NJSA 2QP8A 4LP9A 4FE6A 5P07A 4WY1A 3SM1A 4XXSA 5P1PA 2ZJKA 2VIEA 5P6QA 4Y53A 3UQPA 4NKKA 5P7EA 3O9EA 2HPFA 5P15A 4CPQA 2UXZA 2OHMA 5P61A 2JJIA 2Q3KA 5P56A 3S43A 3QVCA 5OYTA 2G1RA 5P0FA 2J9KA 3VV7A 5P50A 5JODA 1PSAA 4XKXA 5P6CA 3T7XA 5P0UA 5P3IA 1HPVA 1IZHA 2CENA 5P8QA 3D91A 5P3VA 5P6WA 3OQKA 3UQWA 5P4JA 2O4NA 1LYAB 4RROA 3G6ZA 3OXWA 3DOXA 4DQHA 3EL0A 1LYBA 5OZFA 1IDAA 5SY3A 2PMAA 3OU4A 5P0SA 4APRE 4U7QA 1IVQA 5P6KA 4AA8A 2OHQA 5OZ7A 5P4MA 3ZKMA 5P1MA 2CEMA 1BDQA 4Y3WA 5P89A 1MRWA 2G1OA 2BKSA 3KF0A 5P3DA 1SGZA 3L5BA 4QJ9A 2P3BA 1IZIA 1SMRA 1ZAPA 2NR6A 3QBHA 2WF3A 3TL9A 5P3NA 1GVTA 5P54A 1FMBA 5P4WA 5KR0A 5P7ZA 1K2CA 4FCOA 1UH9A 3BUHA 5P49A 5P40A 4RGHA 3KMXA 4YCTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HHP A;  4TRW A;  3SQF A;  5P0M A;  2ZHS A;  5P71 A;  4B70 A;  4DVF A;  4U7V A;  3VUC A;  2ER6 E;  1EC1 A;  3OQF A;  1EPM E;  1AJX A;  2WF1 A;  4CPR A;  1MER A;  2FIV A;  1W5W A;  2V12 C;  1HVI A;  1ZPK A;  3AID A;  4B0Q A;  1APT E;  2B60 A;  1MUI A;  2R5Q A;  5P1I A;  3CID A;  5P8F A;  3WSJ A;  4Y3T A;  5P6V A;  3HBO A;  4Y56 A;  5P0R A;  1GNM A;  5P8A A;  1YTJ A;  3PGI A;  4R92 A;  3IXK A;  4D8C A;  4LAP A;  1G35 A;  4ZEA A;  3SAC A;  5P4R A;  3EKY A;  3INH A;  4FM8 A;  1DAZ C;  4A6C A;  2QI3 A;  3MSL A;  4RVJ A;  4A4Q A;  2AOH A;  5P2O A;  3SLZ A;  3EC0 A;  2I4U A;  4TVH A;  5C9B A;  4NJT A;  4Y4Z A;  3PWM A;  4I0Z A;  1DP5 A;  1DW6 C;  5P0J A;  5BWY A;  4I1C A;  5ISJ A;  3OQD A;  4I8Z A;  1HVL A;  4J1F A;  3EM3 A;  3VCM A;  1BDL A;  5IVS A;  4Y3R A;  1HIV A;  4ZIP A;  4ER4 E;  5P0E A;  2AOD A;  1LYW A;  1LF3 A;  1SH9 A;  2OF0 A;  1EC3 A;  4OBK A;  4EWO A;  3OUD B;  4PHV A;  1YT9 A;  1C70 A;  2AOC A;  1NPA A;  3O9G A;  3CMS A;  5P8C A;  3RTM A;  3VLB A;  3KYR A;  1EPO E;  1C6X A;  5P46 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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