5P2DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 131
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2dA01
5P5ZA 4HLAA 4FS4A 3SFCA 4LC7A 5P4WA 4XKXA 3R1GB 3OY4A 4ZSRA 5OZIA 3ZKNA 4OBZA 3PMUA 4J0TA 5OZVA 5P6VA 4RRSA 3IVHA 2PH8A 2WJOA 3VSXA 3D1ZA 3T7XA 1SIPA 3CIDA 1PFZA 1KJFA 3DUYA 3UDQA 3OK9A 1DAZC 3FKTA 5BWYA 2F3EA 5C9DA 2I4WA 3SABA 3GI5A 2AVOA 5P2HA 2V13A 5P2YA 4B78A 1LYAB 5OYRA 3Q4BA 3WSJA 4RCEA 4OC6A 4JPCA 5P7OA 1SMRA 3CYXA 4YHQA 5P89A 5P16A 2ZJIA 4Y5LA 3ZKMA 2IGYA 5P3SA 3FSMA 1ENTE 2V16C 4Y4ZA 5ISJA 5DGWA 3CICA 2PWRA 3UFLA 5P1GA 4Y3ZA 5P71A 1XL2A 5P3LA 5P2DA 3FNUA 4TRWA 3GI0A 5P8BA 4DJWA 3NR6A 4CPQA 5OYZA 5P7SA 2AVVA 4PPHA 4DJUA 1PPKE 5P8MA 3OXWA 2B42A 1K1UA 5P7YA 2Q15A 5OYVA 2ER6E 5P25A 5P2FA 5P45A 3OTSA 3M9FA 4LXKA 2FS4A 3NXNA 1SGZA 1AIDA 5OZQA 3R2FA 4QJ9A 2R3TA 4Y3HA 4JOOA 5T4SA 5P4VA 4D8CA 3SPKA 3I2LA 5IVRA 4FCOA 1IVQA 3D3TA 1K6TA 4Y57A 4QJ2A 4EP2A 2AQUA 2FMBA 1HVJA 1NH0A 3L5BA 2WEDA 2B8LA 3VEUA 4LHHA 1EPOE 5DQ2A 4J0VA 5OZSA 1TZSA 2AOJA 1HSGA 1IDBA 1B5FA 2G21A 2QP8A 3B7VA 5P0IA 5P6HA 2O4NA 5P4YA 5P60A 5P26A 1C6YA 1MEUA 3PLDA 5C9BA 4J0PA 1KJHA 3BUGA 5OZJA 4OBJA 5P6WA 5P1YA 4DUSA 3NDTA 4FSEA 5P7DA 2MIPA 3S43B 4AZYA 3S56A 1ODXA 3KDBA 2FLEA 5P6TA 2NXMA 2PK5A 2QHZA 3L3AA 5OYWA 4DQBA 3NU6A 4DVFA 5P09A 1EPQE 2P3BA 4Y45A 2F3FA 5P0AA 4Z22A 2QD6A 1ZJ7A 3CIBA 4HZTA 1BWBA 1MUIA 5P5FA 3PB5A 4GJ7A 1HRNA 5P7TA 4EJLA 2Q54A 1FMBA 2WF3A 1NPWA 4X2LA 1LV1A 4R91A 1NPVA 3CKRA 5OZ2A 5P56A 5P0HA 3HAWA 1IIQA 5P2ZA 5P43A 3K5GA 5P6XA 5P7KA 1CZIE 3LIVA 1HVHA 1UH7A 3QI1A 1Q9PA 2I4VA 1FFIC 1BVGA 3OHFA 2ZE1A 1HOSA 2QHYA 5E5KA 1W5VA 1DW6C 3RVIA 4J17A 5P1XA 2NXDA 1E5OE 3HAUA 1G6LA 4J1CA 2CENA 4M8YA 3ZLQA 5P5SA 1EAGA 2I4XA 5OYQA 1TW7A 3TKGA 3EC0A 3EM3A 4J54A 4GJ5A 3TPLA 3UPJA 5AH6A 3KDDA 5P2IA 2QMFA 4DH6A 1KJ7A 3PRSA 4OD9A 2JJJA 1K2CA 4MC6A 1ZBGA 4L1AB 1BAIA 2OHUA 5COKA 5P59A 3D1XA 3OOTA 1HSIA 2RKGA 3S2OA 3UQWA 1BV9A 2AOEA 3ZMGA 5P2NA 3ZKSA 2QU3A 1ZTZA 4E43A 3MSJA 4YOBA 5P8VA 4GYEA 4GJ6A 1DIFA 5P6PA 1LEEA 4H3JA 1RQ9A 5P11A 4YDFA 5P8QA 3OADB 5CONA 2V00A 4TRZA 5P5MA 1M0BA 5P4ZA 3QIHA 1G2KA 5P4KA 3LPIA 3UCBA 2ZYEA 5P22A 2BPYA 2IENA 3ZL7A 5P8PA 3UHLA 5P77A 4Y36A 4WY6A 3TH9A 5P3YA 6FIVA 5IVQA 5P6NA 4RVJA 2BQVA 5P00A 3VYFA 5P2XA 2I4UA 5P29A 1NSOA 4EWOA 1FB7A 4MC9A 5KR2A 3S7MA 3SQFA 2OHKA 4WY1A 3U7SA 4I8ZA 2HM1A 3HDKA 2IS0A 3LZYA 3UDJA 1LYWA 4FRIA 5P6CA 3C9XA 2G94A 4CKUA 1EPPE 4TVGA 2VIYA 5P3KA 1HSHA 3LIYA 4B1CA 4GJ8A 5P6JA 4LXAA 1W6IA 4XX4A 1HTRB 5P8FA 4Y4AA 5P3IA 3OU4B 5TOLA 5JODA 5P70A 5P1RA 1C6ZA 2PSVA 3WB5A 4APRE 1YTIA 5P31A 5P4AA 4RVXA 4B70A 5P7ZA 5P7NA 5P4QA 5P6RA 3TKWA 5P3HA 2HS2A 3O9CA 1GVXA 1RL8A 1AM5A 5P02A 5P66A 5P4EA 2UPJA 5SZ9A 4QJAA 5KQYA 5P6LA 1A94A 4NPUA 1B6PA 1FQ5A 1HTFA 2AOIA 5OZ4A 2JXRA 5P0GA 4R92A 3VG1A 1HXBA 3D91A 1BXQA 2V10C 2IEOA 5DGUA 1MRXA 4I11A 5P4GA 4RYCA 4NJSA 3SM2A 4CPTA 5P4JA 3ZKGA 3PSUA 3ZOVA 3OU1B 4YBIA 1MSMA 3SA9A 1A8KA 2CEJA 3PEPA 3UDMA 4DPIA 1LZQA 7UPJA 2ZGAA 4Y3WA 2ZHVA 2R9BA 3QVCA 5P8AA 4J55A 1Z1RA 1HPSA 2F81A 2FDPA 5P7FA 3L5EA 2I4QA 4Y5NA 3EKVA 5HU1A 3SA7A 3QVIA 3R0WA 1RNEA 3MXEA 4ER1E 5P0XA 1IZIA 7HVPA 1ODWA 1ZPKA 5P2LA 1PSOE 5P50A 4EYRA 2PWCA 3PHVA 5P1AA 3Q6YA 4YD3A 5P8NA 5DQ5A 5OZTA 5HDVA 4Y3JA 4YD5A 5HU0A 2PK6A 4Y5EA 3KDCA 3VFBA 5P5XA 5F01A 1BIMA 5P67A 3S8IA 2QI6A 1M4HA 3O9LA 2VIEA 2ZDZA 3VV6A 5P4XA 5P3UA 1EBZA 1OD1A 5P8HA 1GNMA 3O9IA 2HPEA 3BGCA 5P46A 3EBZA 3O9HA 4Y4XA 3G6ZA 5P5EA 4DJQA 4RZ1A 1GVTA 1IVPA 4Y5BA 5P3DA 4IVTA 3SM1A 3INFA 3KN0A 3S7LA 5P7RA 1B6MA 4GJCA 5P84A 2H6TA 5P1BA 1EBWA 5P01A 4QJ8A 1VIJA 1T7JA 2ZJLA 5P0WA 1YTGA 3OAGA 4Y9WA 4EJ8A 4BEKA 5P6BA 4OBZB 4I0HA 2ANLA 3F9QA 5P0FA 1YT9A 2Z4OA 2QI7A 4ACUA 5P19A 3H0BA 4L7GA 5P2QA 3RSXA 4GB2A 3GW5A 5P4RA 1D4HA 5P0MA 2AZ8A 5P7AA 5HDXA 5P0JA 3OQFA 2ZHSA 5P36A 3WB4A 3Q70A 3QP0A 5DR0A 3BUFA 4I8WA 2P83A 5P78A 1QRPE 5P3GA 1A30A 4DJPA 5ENKA 5P6FA 4Q1WA 2OHPA 2B8VA 5HE5A 5P6OA 4OC6B 5P0KA 4YD4A 1FEJC 3HVPA 2JYSA 3K5DA 5ENMA 3K1WA 1W51A 2FNTA 5P1DA 1SGUA 4ZPEA 3TPJA 5P1KA 2BKSA 4J1EA 4B00A 2Q63A 2Q64A 5P8TA 5P5TA 5P37A 1K1TA 1B11A 2WHHA 1WBKA 3EM4A 1HIVA 5OZYA 3O9DA 5OYUA 5EZZA 1FQ4A 4ZSPA 4WTUA 1EPLE 4YE3A 4N00A 2G1YA 5P8JA 1ZSRA 4AA9A 3ZKXA 5P69A 1EPNE 5P3CA 2BBBA 3D1YA 1B6LA 5P4SA 4RRNA 2FNSA 5KQXA 5P5LA 5P55A 4EJKA 5P0SA 3NSHA 4Y3DA 1D4IA 5ER1E 5P8LA 3URIA 1B5FB 3I6OA 3OXCA 3GGXA 4L7JA 2VNNA 5P30A 3I25A 5P6IA 2VNMA 3SKFA 5DR8A 5OZ3A 1GNNA 1A9MA 4YD7A 3MSKA 5JFUA 1WBMA 2QZXA 1AZ5A 1U8GA 3MSLA 1BBSA 1BDLA 4BFBA 3VLAA 3SA3A 3OWNA 2QD7A 2AOCA 4ZPFA 2A4FA 4Y43A 2P3BB 5P54A 3Q5HA 4Y3QA 3DCKA 2VIZA 5OZWA 3UDHA 2BKTA 4I12A 1G0VA 3KMXA 5I3WA 5OZHA 4DQEA 2A1EA 5OZ8A 3S45A 1GNOA 4HDFA 5OZ9A 2J9JA 3NU5A 4FRJA 5ISKA 4R5NA 2O4SA 3VUCA 1LF2A 2R5QA 1QBTA 5P2AA 4K8SA 2QAKA 4PYVA 1NPAA 4QJ6A 1RV7A 4NJTA 5P3FA 5P7XA 2ER9E 2VIJA 1SDVA 1SP5A 2R3WA 3PMYA 3DJKA 3NUOA 2R8NA 2V11C 2F3KA 4CP7A 5P12A 3L5FA 4I0FA 2R43A 1TQFA 1VIKA 2V12C 1QBSA 5P72A 3UDRA 4FM8A 5IS4A 5P2TA 2JJIA 3IN4A 2Z54A 1XE5A 4Y41A 3NWQA 4D88A 2WF4A 4B1DA 2WF2A 1IZHA 5OYTA 5P3WA 1F34A 3EMYA 5P8DA 3O9GA 1ZP8A 2QU2A 4I1CA 3I8WA 3IXJA 4OD9B 3DV5A 1IZDA 5OZ6A 5I70A 2HPFA 4L7HA 3SO9A 5B18A 5P3TA 3LIQA 4DJYA 4EXGA 5P34A 5P63A 1FQ7A 2P3CA 5P61A 5P4DA 5P6KA 5P3NA 3EM6A 3G70A 2G1SA 3UDYA 3ER5E 1APTE 4OBGA 4RLDA 3PSGA 5P2GA 3IVIA 1C70A 5P0TA 4ZEAA 4J1KA 3WZ7A 4Q1YA 1K6PA 2O4KA 5P7LA 4B77A 1LYBA 2NMZA 4Y58A 2VA5A 1HIHA 1SH9A 3UDNA 2PMAA 4GIDA 5P62A 4YCYA 4TRYA 3ER3E 1HXWA 1IDAA 3UQPA 2AOFA 4IVSA 4EPJA 3DCRA 1OEWA 5P3PA 4DJXA 1FQ8A 3OQDA 2I0AA 3RTHA 4LBTA 5P13A 2ER0E 5P7MA 1D4LA 2AOHA 1MT8A 2OHLA 4Y54A 2XYEA 3OGPA 1E82E 5P7GA 4XX3A 3NDXA 5P79A 4Q1NA 3RU1A 4Q1XA 3QPJA 1LYWB 2WECA 5OZGA 5P4MA 1MESA 4DQFA 1K2BA 1TSUA 4Y3NA 4DQGA 5P1EA 3MWSA 4ZSMA 5OYXA 2HAHA 5BS4A 2I0DA 3LPJA 4Z4XA 3VF3A 5OZ0A 5ER2E 3CKTA 5P28A 1UPJA 2NR6A 3UDPA 5P4BA 3DOXA 5P7UA 3FX5A 3OGQA 3HVGA 1EBYA 4H1EA 1HVKA 4A4QA 5P1ZA 1AJXA 5SXNA 2OHNA 4Y53A 4Y4WA 2PC0A 4GZFA 4J1FA 3ZPTA 5AHAA 3EL5A 5CLMA 4Y51A 3Q3TA 1GVWA 2Q3KA 4I0JA 3INEA 3BC4A 5AH9A 5P4TA 3NLSA 5P18A 1UH8A 4Y4BA 4NPTA 3OUDA 5P68A 5P4NA 5P1LA 2O4PA 1ODYA 3MXDA 3QAAA 1ZAPA 5OZ5A 4KE1A 2VJ7A 1XDHA 2ZJHA 3S53A 2QHCA 3BUHA 5P0RA 5P5BA 3QRMA 1E81E 1APUE 3U71A 1YTJA 5HCTA 5P5NA 1Z1HA 3UFNA 1Z8CA 2PH6A 1HPVA 5P2OA 3URJA 2G1RA 2JE4A 2QNPA 3PVKA 4FIVA 1XN3A 5P6AA 3O99A 3VYEA 3NU9A 2RKFA 2QMGA 5P3QA 4Y3LA 2QD8A 2QK5A 2QI5A 2ZHTA 4Y3FA 2F80A 3ZPSA 2IGXA 1ZLFA 5P1SA 4Y4TA 5HCOA 1EC0A 3T7PA 3INDA 5P3AA 5P7CA 5DR1A 4Y3GA 2FIVA 4HDBA 2NMYA 5P6ZA 5P7EA 3O9LB 3OADA 3A2OA 5P1OA 3NUJA 4U8WA 3R0YA 5P4LA 1LS5A 2OHTA 3UQXA 4X7IA 5P4IA 5P85A 3KA2A 4GJBA 5P6YA 2QCIA 2IDWA 3EKPA 5OZFA 1XL5A 4YCTA 5OZDA 3PJ6A 4I0ZA 2NNPA 2WF1A 1TCWA 1YG9A 1HEGE 4GJDA 4Y4GA 4DI2A 5P87A 3H5BA 2QI1A 5P0ZA 3RTNA 4YOAA 1FF0C 5KOQA 4Y44A 1MVPA 5IVTA 1FG8C 2OF0A 3K4VC 1C6XA 3O9AA 5P3EA 5P44A 5P58A 5P27A 3OAGB 4CPXA 3QBHA 3TLHA 2G69A 1DMPA 2NTRA 1SBGA 2VJ6A 2PSGA 3DM6A 4OBHA 4DJRA 5P1UA 1TCXA 4U7VA 3ST5A 4GMIA 3QBFA 3QN8A 4JP9A 1AVFA 5P5AA 4CPRA 4EJDA 4FAEA 2G24A 5P86A 3KT2A 3FNSA 4H3IA 5P1WA 5P5HA 1YM2A 2J9KA 5P24A 3KFSA 5P5WA 4CMSA 5P53A 1HIIA 5P4PA 5OZPA 4I0IA 2VKMA 2B60A 2P8HA 1EPRE 5DR3A 1PPME 5P2CA 3IXOA 3PSYA 2ZHRA 4Y4JA 1HTEA 5P5PA 5HD0A 2BJUA 3HBOA 5P38A 5P5KA 3K5CA 1PSAA 2OHSA 3AIDA 5P4HA 4OBDA 5SY3A 1CPIA 5P7IA 1HPOA 5P7BA 2QMPA 5P8CA 2NNKA 5FIVA 4A6BA 5P1NA 2FDDA 4H3GA 3LHGA 5OZOA 2QI4A 2BPXA 3OOZA 5HE4A 3EKTA 4YA8A 3APPA 4I10A 5P3ZA 1HVIA 5P5RA 3FV3A 3K4VA 3ZKQA 3N3IA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5Z A;  4HLA A;  4FS4 A;  3SFC A;  4LC7 A;  5P4W A;  4XKX A;  3R1G B;  3OY4 A;  4ZSR A;  5OZI A;  3ZKN A;  4OBZ A;  3PMU A;  4J0T A;  5OZV A;  5P6V A;  4RRS A;  3IVH A;  2PH8 A;  2WJO A;  3VSX A;  3D1Z A;  3T7X A;  1SIP A;  3CID A;  1PFZ A;  1KJF A;  3DUY A;  3UDQ A;  3OK9 A;  1DAZ C;  3FKT A;  5BWY A;  2F3E A;  5C9D A;  2I4W A;  3SAB A;  3GI5 A;  2AVO A;  5P2H A;  2V13 A;  5P2Y A;  4B78 A;  1LYA B;  5OYR A;  3Q4B A;  3WSJ A;  4RCE A;  4OC6 A;  4JPC A;  5P7O A;  1SMR A;  3CYX A;  4YHQ A;  5P89 A;  5P16 A;  2ZJI A;  4Y5L A;  3ZKM A;  2IGY A;  5P3S A;  3FSM A;  1ENT E;  2V16 C;  4Y4Z A;  5ISJ A;  5DGW A;  3CIC A;  2PWR A;  3UFL A;  5P1G A;  4Y3Z A;  5P71 A;  1XL2 A;  5P3L A;  5P2D A;  3FNU A;  4TRW A;  3GI0 A;  5P8B A;  4DJW A;  3NR6 A;  4CPQ A;  5OYZ A;  5P7S A;  2AVV A;  4PPH A;  4DJU A;  1PPK E;  5P8M A;  3OXW A;  2B42 A;  1K1U A;  5P7Y A;  2Q15 A;  5OYV A;  2ER6 E;  5P25 A;  5P2F A;  5P45 A;  3OTS A;  3M9F A;  4LXK A;  2FS4 A;  3NXN A;  1SGZ A;  1AID A;  5OZQ A;  3R2F A;  4QJ9 A;  2R3T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3UQR A;  1IBQ A;  5P80 A;  1EC2 A;  3PGI A;  1D4Y A;  3VYD A;  4JPE A;  3LIZ A;  4RRO A;  2P4J A;  2OHQ A;  2J9J B;  3QRO A;  5P0Q A;  5UPJ A;  3B80 A;  2PSU A;  3SA8 A;  5P4U A;  1G35 A;  4XXS A;  4B0Q A;  3IN3 A;  4Y48 A;  1SDU A;  5P3O A;  5HDU A;  5P3R A;  5P33 A;  3IGB A;  3L38 A;  3OU3 A;  5I3X A;  4EXH A;  3QRV A;  5P03 A;  3L5C A;  5PEP A;  3OQK A;  2ZJM A;  3TL9 A;  4F76 A;  4DJO A;  3PWR A;  8HVP A;  4RCF A;  4DFG A;  3GI4 A;  4LAP A;  4MC2 A;  1ZPA A;  1BV7 A;  5P7H A;  4FLG A;  4HEG A;  5OZL A;  3KFN A;  2AZB A;  4Y3Y A;  5P1Q A;  4Y4U A;  2PQZ A;  5P3M A;  3AUP A;  2AVQ A;  5P8G A;  3IAW A;  5OZU A;  5P17 A;  4A6C A;  4ACX A;  3O9F A;  5P88 A;  4EQ0 A;  1EPM E;  3EKQ A;  4FRK A;  4Y35 A;  5P3J A;  1AAQ A;  4AMT A;  5DPZ A;  1OHR A;  1T6E X;  5F00 A;  2WEA A;  3INH A;  2NPH A;  4ER2 E;  4YD6 A;  5P6U A;  4MC1 A;  4J5J A;  5JFP A;  4ZIP A;  4NJU A;  3SAC A;  3TOF A;  4FM7 A;  3T7Q A;  5P0L A;  3JVY A;  2O4L A;  3S54 A;  5P0O A;  1D4J A;  5P7P A;  3PI5 A;  3U6A A;  2R38 A;  4Y47 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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