5P2GA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 134
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2gA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2gA01
5P3GA 4DQFA 5P0EA 1QBUA 5P07A 4AA8A 5COPA 1QRPE 1ZJ7A 1YX9A 4Y3QA 1YG9A 3HAUA 1BXOA 4D88A 5P4QA 5P88A 5P3QA 4CPSA 1HRNA 2JYSA 3NSHA 1FQ4A 1FFFC 3L3AA 2XYFA 4LP9A 3K4VC 3D1YA 5ER1E 3ZLQA 1XN3A 5P0CA 2VIJA 2OF0A 1EEDP 2ER0E 1F34A 5P3JA 1LYWB 4CPTA 4FAFA 3NUOA 4RCFA 3EKPA 4IVSA 4CPUA 1U8GA 2Q64A 3O9IA 3KA2A 1AM5A 4YD3A 2QI4A 2QI6A 5P56A 2CEJA 5P7YA 4H3FA 4HDFA 3PCZA 4Y3RA 5P5OA 3KFRA 4ZIPA 3UDRA 5ENKA 5I3XA 5IE1A 5P7AA 7UPJA 4L7HA 1MRXA 5P1BA 5P39A 2OAHA 5P75A 3NU3A 2VJ7A 1HVRA 4TVHA 4YOBA 3RSXA 3UHLA 2HC0A 3GI5A 3LHGA 4FRIA 4D85A 2VKMA 3KMYA 5P6YA 1KJGA 3LPKA 2ZDZA 2AOEA 3QI1A 3Q3TA 3KN0A 5P83A 3SA7A 4ZPGA 3H0BA 3OUBA 4Y43A 5P6NA 1FKNA 3LIVA 4DQBA 4I12A 4MC2A 1D4IA 1FQ5A 3APRE 5P7EA 1APUE 3S8IA 3K4VA 4FS4A 5P32A 5P17A 3OUAA 3BUGA 5OZUA 5P5GA 5P7BA 4BFBA 3S2OA 4LL3A 3SKGA 5AH8A 5P0ZA 2O4LA 3URLA 3BXSA 5P4XA 5SY3A 5KQFA 3TTPA 4PYVA 3OOZA 5DR0A 5KQXA 2BKTA 2AVSA 4MC6A 3WB5A 1AIDA 5P2FA 3KYRA 4RYGA 4HVPA 5C9FA 1W5YA 3IXJA 4D83A 1T7IA 4FRSA 5COOA 2ZYEA 2UXZA 1LYAA 2HM1A 1M0BA 2QHZA 3INFA 1HVIA 3QVIA 4Y35A 3EL9A 3RTMA 5P4YA 4A6BA 4PPHA 5P71A 2EWYA 2ZJKA 2QNQA 1A9MA 3QPJA 5P3FA 2NNPA 2NR6A 5P4OA 5P1LA 1SDUA 4I0IA 3ZOVA 1PROA 1VIKA 3VF3A 5KQZA 1FFIC 3PB5A 1G0VA 1SIVA 1HWRA 2PK5A 4Y3ZA 4F76A 1BAIA 3R1GB 2NXLA 4L6BA 5OZ5A 3NU9A 1PPME 4KE0A 4I10A 1AJVA 3LZSA 3BGBA 5IVRA 2BQVA 1SDTA 3SQFA 1BV7A 2R5PA 4N00A 5P2XA 3RTHA 8HVPA 4Y5EA 4B77A 4LXMA 5P5RA 2PK6A 5P1EA 1SGUA 5P6WA 4RVJA 2ZJJA 4RZ1A 5P2BA 5P6UA 2R9BA 5P0PA 4Y5MA 4RYCA 5P7NA 5P1HA 1A94A 1UPJA 1NSOA 5P4CA 1FQXA 5P4BA 5P5LA 5HDUA 5DPZA 5P16A 3LPJA 4J0YA 5HCOA 1ZSFA 2HAHA 2V13A 3TKWA 1GVTA 4EWOA 3OU3A 4L1AB 4Y5AA 4M8YA 4YD4A 1T6GA 3KFPA 3NXNA 5P6MA 5P1XA 4I1CA 1E82E 5P0HA 3MSJA 5P3DA 3ER3E 5P5MA 4Y3XA 2QMGA 5P1ZA 3OQ7A 5P4KA 3SO9A 2I0AA 5P5FA 3U7SA 5P2TA 3K1WA 1TCXA 3SAAA 2AOIA 3BRAA 4FM6A 5OYVA 3ZL7A 3NWXA 1ZPAA 3OXVA 3A2OA 2PQZA 5OZ3A 5KR8A 3OGPA 5P6TA 3CYWA 5P35A 3INDA 3HW1A 4I0HA 4OBHA 4Y4XA 3PBZA 3TL9A 3QP0A 3Q70A 3ZMGA 5DQ4A 1XE5A 5P4AA 1GNNA 3Q6YA 2R38A 3OXXA 3EL4A 2VNMA 4Y4JA 4Y4WA 3OADA 3KDBA 3SABA 3L5FA 4J0TA 1KJ4A 4Y4UA 5P28A 4I8WA 2G26A 1T3RA 4R5NA 4EQJA 2HB4A 2H6SA 1B5FA 2Q11A 1QBSA 5P1SA 5P5NA 5P4DA 1LYBA 5P05A 4L7JA 3L5DA 1FEJC 5DQCA 2Q5KA 4Y5GA 5AHBA 3MXDA 3NR6A 5DQ5A 4DJXA 1BWBA 4I0EA 1T6EX 3URIA 4LAPA 3D1XA 5P0IA 5P6QA 4A4QA 5P3EA 4AA9A 5P7GA 2H6TA 4R93A 3OGQA 5OYWA 4Q5MA 5P5WA 5OZ1A 4RGHA 2I1AA 1XL2A 4Y54A 2VA5A 4BFDA 3I8WA 2AOJA 5P3IA 5JG1A 4DJUA 2J9KA 3K5GA 1SP5A 3U6AA 4Y37A 2QZWA 4Y3MA 3LIZA 4RRNA 1XE6A 3MSLA 5P58A 5P3XA 4WY6A 3IN4A 4J55A 4NPTA 4Y3TA 3TPPA 3EBZA 4R91A 5P1GA 3TH9A 3LNKA 4QJ2A 5CLMA 2FDDA 3OUDB 3PSGA 5P2ZA 4Y4EA 2F81A 3WZ8A 4H3IA 4GZFA 1HSHA 1BWAA 4Y4DA 2QD6A 5P1OA 5P7DA 4I0FA 3S43A 3TLHA 4Y5CA 3TPRA 2XFIA 4Y4BA 4APRE 4GJ7A 4EPJA 3EM6A 2Z4OA 4NJVA 2QCIA 2B60A 3SM1A 2BJUA 5P8RA 5P4SA 3EKTA 1FF0C 1K1TA 2Q3KA 5DR8A 3ZKMA 4R92A 2ZHUA 4Y3AA 4ZSMA 2MIPA 1K6TA 5P0QA 3GGXA 3ECGA 1YM2A 1BVEA 4DH6A 2Z54A 3DJKA 1F7AA 1D4LA 1G2KA 2FGVA 4M8XA 3MSKA 5AH9A 5OZOA 2HB3A 5P7OA 5P3LA 1CPIA 1Z8CA 1YTHA 1HSGA 1ENTE 4Y3LA 4GJ6A 5P8MA 2QNNA 5OZ7A 5P33A 1FQ6A 4GJCA 3T6IA 5P8EA 4EJDA 1PFZA 3PMUA 3PWMA 5P5XA 5P5CA 1MSMA 3KM4A 5P57A 1SIPA 2V11C 5P43A 5P1CA 3FKTA 4Y39A 4FSEA 4FCOA 5KR2A 3OOTA 1SMEA 1HXBA 1ME6A 4ZE6A 1IVPA 1EPME 3SA5A 1TQFA 4Y6MA 4DJRA 3VG1A 3DV1A 3N4LA 4RCDA 5OYYA 5IS4A 2IEOA 4EJKA 1GNOA 4B1EA 5P4UA 1Q9PA 2J9JB 1META 2QI3A 4XXSA 5P1QA 5P1RA 3I25A 1NPVA 5OZMA 4YE3A 3BC4A 2ZE1A 5OZQA 5P6FA 4E43A 1DPJA 1NH0A 5P2YA 3Q5HA 1ZSRA 5COKA 1LS5A 3PJ6A 3UDKA 3TOHA 3SA9A 5P6RA 3LINA 2QI5A 3HVGA 4XKXA 5P1YA 4DJQA 5P0YA 2I4UA 5P38A 5OZIA 2QZLA 3OY4A 4QJ9A 5P7ZA 1B6LA 4DJWA 5P2SA 2VNNA 5P81A 5P4FA 3URJA 4DQHA 3PLLA 5OYTA 3ZPUA 1ER8E 2QP8A 1MTBA 4FIVA 4FLGA 5JODA 1BVGA 1FB7A 2SAMA 3FSMA 4HZTA 4Y47A 5P5IA 3F9QA 4OD9A 5BWYA 3VF7A 1YTGA 4APEA 4Y4ZA 3VYEA 2ANLA 5P7HA 4MC9A 2RKGA 5P80A 1RV7A 1APWE 5P1JA 3EKVA 5SZ9A 1W51A 3NDXA 3OQKA 4RROA 3OHFA 4TRZA 4GJBA 5P1MA 1HVHA 2QAKA 2V12C 4K4RA 3ST5A 5C9DA 5P2VA 3G72A 3N3IA 3U71A 4RVXA 5P7WA 1T7KA 4J54A 5OZPA 5P7CA 4CPRA 3O9EA 3R2FA 5P7VA 2OHPA 2F3FA 5KOQA 1NPWA 5P2IA 4HDBA 4DQGA 4KUPA 4Y3NA 2UY0A 1QS8A 2Q55A 5AHCA 1FQ8A 1PPKE 5P4GA 3KFSA 2ZJIA 4ACXA 3KDCA 5IVQA 3SPKA 4Z2ZA 1BV9A 1E81E 4Y5BA 4GJAA 3O9CA 4FM8A 3Q4BA 4ZSQA 1ZP8A 1HVCA 2QI1A 2BPZA 5P67A 1LZQA 4J1HA 3R0YA 5P8OA 1HIIA 3UTLA 1KJHA 2QD8A 1MIQA 3BHEA 2O40A 1HTGA 5P3YA 1HHPA 1PPLE 5P6EA 1SMRA 3KMXA 5P0BA 3EKWA 1MT9A 1D4KA 3CIBA 4H3JA 4Q1WA 5P6KA 3HDKA 3KDDA 5P11A 3PHVA 5DQ2A 4Y3SA 5P12A 5HDVA 1DP5A 5P68A 1B11A 5P44A 4KE1A 5P6BA 5P0NA 3PGIA 2WHHA 5P77A 1EPLE 3O9BA 5P7KA 5P72A 1LYAB 1EPPE 1EC3A 3FIVA 3R0WA 2NTRA 6APRE 4CP7A 2G1YA 5P34A 4Y3WA 4GMIA 3KFNA 3L5EA 1BDRA 5P0VA 5FIVA 1K1UA 3SLZA 3H5BA 5P0SA 4HDPA 3QS1A 5P7RA 2VIEA 1FG8C 3EL0A 2G1SA 3JVYA 1MESA 4Y57A 3INEA 4Z22A 5P6VA 1TZSA 1KJFA 3DV5A 4S1GA 2ZJMA 1E5OE 1W5XA 5P27A 3VLBA 5P7XA 2G21A 5OYUA 4L7GA 3L38A 2IS0A 4OBZA 1BIMA 3CYXA 3RTNA 3T7QA 5P4TA 1MT8A 3OQDA 1ZLFA 4I0DA 2BPWA 2PWRA 3NUJA 5P37A 4Y3JA 4J1IA 5P0TA 1EC2A 1XDHA 3EKXA 3UFNA 4EQ0A 1HXWA 5P5TA 2G22A 5P64A 3LIQA 5EZXA 4B00A 5P3UA 1K6PA 3VV6A 3LIYA 1APVE 3OQFA 2P3DA 5KAOA 2FXDA 3T7XA 5P7TA 2V0ZC 4Y5PA 5P42A 5P3TA 4J1FA 3OU4A 1IDAA 4J17A 4LC7A 5TOLA 1C70A 4UPJA 2AQUA 4J0ZA 5P2MA 3TKGA 2OHRA 5OZYA 5P55A 4J5JA 3L58A 5P48A 1LF3A 4Y4AA 5P5DA 1WBKA 5P1VA 2FS4A 3HVPA 4D89A 2CENA 3SA6A 3K5CA 1UH7A 1EBWA 1K6VA 4Y5KA 1ODWA 3MWSA 4DFGA 3WZ6A 2G1RA 3SACA 5P6JA 3PI0A 2Q54A 5P2QA 3DUYA 3OHHA 1YTIA 3OUCA 3CKRA 5P10A 3L5CA 4A6CA 2WEAA 2FLEA 2AOFA 5OZ0A 3VYDA 2FGUA 4GIDA 2QU2A 3S56A 2WEDA 5T4SA 2IL2A 3UPJA 4K4QA 3C9XA 1HPVA 1QBTA 3ZKGA 4LXAA 5P50A 2IQGA 5AHAA 4CPXA 5P8CA 5P74A 2HPEA 3OADB 2ZHSA 3IA9A 1G35A 3VF5A 3ZKNA 3LPIA 4Y53A 5P5SA 4I0JA 4EYRA 5I3YA 1C6ZA 1MRWA 2R43A 3GW5A 4YA8A 1B5FB 3UDPA 2BKSA 2OHLA 3OAGA 3LZVA 4I0ZA 1DIFA 5OZZA 2QZXA 2V00A 1LYBB 3L59A 3VUCA 4D8CA 3IN3A 3L5BA 4TVGA 1A8GA 4EHCA 1GVVA 3UFLA 3QBFA 4H1EA 4NKKA 4YOAA 5P3HA 4HE9A 2Q15A 2UPJA 5P26A 1BDLA 2AZ8A 2APRA 5P8FA 1HVJA 4X2LA 5P4ZA 2AVOA 3ZPTA 3O9AA 1LEEA 1UH8A 3S45A 5P6PA 2IKUA 1EPNE 4Y3GA 3NDUA 3QVCA 5P08A 3INHA 2ZJLA 1W5VA 2JXRA 3HBOA 5P5VA 3VFBA 5P0XA 5OZHA 1T7JA 3SKFA 2WF0A 2ER6E 3VSWA 4GYEA 4ZSPA 2HS1A 2PSUA 9HVPA 4GB2A 2RMPA 5P7JA 3GI4A 4QJ8A 4PEPA 5P86A 4LXKA 3PMYA 2P83A 4B1CA 4U8WA 1EAGA 1EBYA 2F3KA 3VEUA 3S7MA 3KF0A 5P8PA 4PHVA 1HBVA 5DR4A 5P7LA 3SFCA 5P8BA 1DMPA 3G6ZA 2QHYA 3ZKQA 2ZGAA 5P1NA 1OEWA 3IXKA 3UDMA 1MT7A 5UPJA 2WJOA 5JFUA 3S43B 1K2BA 3PSUA 2B8VA 1IZEA 2XFKA 3S53A 4MC1A 5HTZA 4J0PA 4K4PA 5OZLA 2OHQA 2R3TA 4Q1XA 2NXMA 3TPJA 3EXOA 3BVAA 4B1DA 2OHSA 1BBSA 1SH9A 1LF4A 2WF3A 2B42A 5P6SA 5P1PA 3ZKIA 3PLDA 3IAWA 4FSLA 1GNMA 2OHUA 3NWQA 5P3SA 3IVHA 3DK1A 4DJPA 5OZAA 5HE5A 3KT2A 4BELA 3O9FA 4OC6A 3R4BA 2VJ9A 2F3EA 4EXHA 1A8KA 5P1DA 5J25A 2PH6A 4EP3A 3O99A 1TSUA 5P6CA 1HVKA 1YT9A 5P2AA 4JP9A 4JECA 3ZKSA 3CICA 5P1UA 4IVTA 1Z1RA 5P4IA 3CIDA 2P3BA 2QI0A 5P2KA 2PH8A 4DUSA 2PYMA 3GGAA 3SA4A 1DW6C 6UPJA 1FMXA 4TRWA 3JW2A 1AAQA 5P2HA 4NJTA 4DJYA 1TSQA 5P6IA 1M43A 4WTUA 1VIJA 2IGXA 5P7IA 4Y5LA 4DJOA 3ZPSA 4ER2E 3QAAA 5P6ZA 1G6LA 2P3CA 1W50A 2FDEA 5OZ9A 3SA8A 3NYGA 3PI5A 2QI7A 4YCKA 2G27A 5I3VA 4JOOA 5ENMA 4J1EA 2QD7A 3PWWA 4GJ9A 2PSGA 5P40A 4DV9A 5P8VA 5P24A 2QMPA 4Y3PA 2OHKA 3PRSA 1IZIA 1KZKA 4AUCA 2NPHA 4R95A 5P69A 5P4WA 5DR7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3G A;  4DQF A;  5P0E A;  1QBU A;  5P07 A;  4AA8 A;  5COP A;  1QRP E;  1ZJ7 A;  1YX9 A;  4Y3Q A;  1YG9 A;  3HAU A;  1BXO A;  4D88 A;  5P4Q A;  5P88 A;  5P3Q A;  4CPS A;  1HRN A;  2JYS A;  3NSH A;  1FQ4 A;  1FFF C;  3L3A A;  2XYF A;  4LP9 A;  3K4V C;  3D1Y A;  5ER1 E;  3ZLQ A;  1XN3 A;  5P0C A;  2VIJ A;  2OF0 A;  1EED P;  2ER0 E;  1F34 A;  5P3J A;  1LYW B;  4CPT A;  4FAF A;  3NUO A;  4RCF A;  3EKP A;  4IVS A;  4CPU A;  1U8G A;  2Q64 A;  3O9I A;  3KA2 A;  1AM5 A;  4YD3 A;  2QI4 A;  2QI6 A;  5P56 A;  2CEJ A;  5P7Y A;  4H3F A;  4HDF A;  3PCZ A;  4Y3R A;  5P5O A;  3KFR A;  4ZIP A;  3UDR A;  5ENK A;  5I3X A;  5IE1 A;  5P7A A;  7UPJ A;  4L7H A;  1MRX A;  5P1B A;  5P39 A;  2OAH A;  5P75 A;  3NU3 A;  2VJ7 A;  1HVR A;  4TVH A;  4YOB A;  3RSX A;  3UHL A;  2HC0 A;  3GI5 A;  3LHG A;  4FRI A;  4D85 A;  2VKM A;  3KMY A;  5P6Y A;  1KJG A;  3LPK A;  2ZDZ A;  2AOE A;  3QI1 A;  3Q3T A;  3KN0 A;  5P83 A;  3SA7 A;  4ZPG A;  3H0B A;  3OUB A;  4Y43 A;  5P6N A;  1FKN A;  3LIV A;  4DQB A;  4I12 A;  4MC2 A;  1D4I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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