5P2JA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 137
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2jA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2jA01
3TOGA 4EQJA 3IN3A 5P3IA 1PPME 5P4AA 5P7LA 5P0WA 5JODA 5OZRA 2ZJMA 4I0IA 3VF3A 5P6AA 5P8SA 5P1PA 5OZNA 2VIYA 3OWNA 5P02A 2O4NA 4A6CA 5P4FA 2IGXA 3IVIA 2RKFA 4KB9A 3UDKA 5P2UA 3KDDA 2Q5KA 1ZP8A 5IVTA 2R9BA 3IN4A 3OQ7A 3S2OA 3MSKA 4MC6A 3ZKQA 1W51A 2CENA 2MIPA 2O4LA 4H3JA 3DUYA 4J0YA 3OGPA 4Y4ZA 3OGQA 5P40A 4CKUA 4KE1A 1FLHA 3GGUA 2FNSA 2AOHA 1BV7A 1AAQA 4Y5GA 4Y4XA 4Y43A 5P4JA 4TVHA 1YM4A 3KMXA 4YD4A 3S54A 1HBVA 2F80A 2ZJLA 3QI1A 3ER3E 1EPRE 2BPYA 3NU4A 4K8SA 4NJVA 1HIIA 1HPOA 4DJWA 3OQFA 3G70A 2AVMA 3HLOA 5P65A 1LYAB 5COKA 3SACA 3ZKIA 3Q4BA 5P0IA 3KFPA 4OC6B 5F00A 4Z50A 5P14A 3KFRA 3DOXA 5P5OA 5P6VA 5P6MA 5P3FA 4Q1XA 1T3RA 2WEZA 4YCTA 5P1LA 5P5DA 2UY0A 3RTMA 1LZQA 3BRAA 5P0AA 4JECA 1FF0C 1T6EX 5P5LA 3HW1A 1IVPA 4RYGA 3EKPA 3GI4A 4D8CA 2VNMA 4YE3A 3INHA 4F76A 5E5KA 1QBTA 4XKXA 2XYFA 5P29A 4Y3SA 5P0VA 5P01A 5P61A 5P6RA 5P27A 4Y3RA 3EM4A 1KJ7A 1LF3A 4EJLA 3HD8A 5ISKA 5P8NA 5P3LA 4I0HA 4AUCA 2ANLA 4ZSMA 3INDA 5OZVA 5P5SA 5IVQA 1K6CA 5F01A 4JP9A 4QGIA 4ACXA 3GI0A 5P7CA 4NPUA 5P12A 1MSNA 2R5QA 2HB2A 4N00A 5P89A 1D4IA 2ZJIA 1EBKC 5OZZA 5OYTA 2O40A 2VA5A 5P8EA 5KQXA 5I3XA 1HVJA 5BS4A 4YCYA 1ZPAA 1YT9A 3EMYA 2AIDA 4ZLSA 1B6LA 4K9HA 3O9EA 1FFFC 4HZTA 1OEXA 5P56A 3BGBA 2Q15A 1EPOE 5P48A 1Z8CA 1CZIE 5OZ8A 4CPSA 3HVGA 2ZJNA 5OZGA 5P53A 3OU1B 5OZAA 4EPJA 5OZ4A 5OYXA 5KQYA 5P1UA 1HIHA 2G1YA 3QIHA 1XE6A 5SY3A 1ZTZA 2VIZA 4B0QA 6FIVA 5FIVA 5P60A 4B1CA 1EC1A 4GJ6A 5P39A 4B78A 4Y38A 1GNMA 5AH6A 2ZHSA 3LZSA 1M4HA 4GJ9A 1LYAA 4J0ZA 4Y5BA 1SMRA 4GJAA 3OU4B 1PSOE 4ZIPA 4OC6A 2HB4A 4FAEA 5BRYA 2R38A 5DR7A 4CP7A 3EC0A 3PWWA 1EPNE 1AXAA 1CPIA 2BPXA 1IDAA 3SABA 1WBMA 3D20A 4ZPEA 5DPZA 3OADB 5P8LA 4HA5A 2NXDA 5P4BA 3SPKA 2WF2A 3VV8A 1YM2A 1A8GA 1BILA 4BFDA 3WZ7A 5OZLA 1FMUA 2G1OA 4Y4BA 5P6BA 3SA4A 1K2BA 5KOQA 3EKXA 4XX3A 4J1EA 5P4EA 5P7BA 2APRA 4K4RA 2QI4A 5P4KA 2AVVA 3WB4A 1SH9A 4DFGA 4ZSRA 3BUFA 4RCEA 4Y39A 5P8QA 4DJPA 5DR1A 1Z1RA 3FX5A 1MVPA 1NPWA 1XE5A 4YDFA 3K4VC 2OHNA 1B6JA 5HE4A 2AVSA 3G6ZA 3I8WA 5P8TA 4Y4EA 3LIVA 1T6GA 5P2EA 3MSJA 5P0YA 4DQHA 4HVPA 3L5DA 2ZJHA 3QAAA 3K5FA 2QI0A 4YD7A 4KUPA 1W6IA 4PHVA 5P7SA 3VEUA 3CYWA 5AH8A 1EC0A 1HSGA 5P69A 3BUGA 2I4UA 4DJVA 4DQEA 5P5UA 3NYGA 3INFA 5P2NA 5P73A 5P7NA 5ISJA 5P1XA 3UQUA 5ER2E 1LYWB 3MSLA 2I0AA 5OZDA 4Y5LA 5OZTA 1HVLA 3QRSA 1U8GA 4HDBA 5E5JA 3U71A 2V10C 1YTGA 3OU1A 3KT5A 5P5KA 4FSLA 3UFLA 3SO9A 4U7VA 2IS0A 5P67A 3O9HA 2FNTA 2ER9E 5OYZA 4B70A 2G1SA 5P4MA 5KQFA 3UDNA 2NNKA 5P2AA 5P7YA 1KZKA 2VJ7A 4Y3EA 2ZDZA 5P30A 5P8KA 5P8PA 1XN2A 3OQAA 1GVUA 1A30A 1DP5A 3VV7A 2OHPA 3LPJA 5P7DA 5P05A 1EC2A 4BEKA 2PSUA 5P8MA 4DJXA 5P0UA 1TSQA 2CEMA 3OXWA 5P10A 5IVSA 5P3CA 5P0ZA 3KN0A 1BWBA 3OADA 1ODWA 2H6TA 1TW7A 1IZHA 3SLZA 2QHCA 2B42A 2IQGA 2A4FA 1RQ9A 3KFNA 4RZ1A 5P0MA 4Y3HA 4QJ9A 1W5YA 4EWOA 3UQRA 3U6AA 1ENTE 3DJKA 1LS5A 2AOIA 2BJUA 4I11A 4EP2A 1EAGA 3BHEA 4A6BA 1HRNA 5P1YA 3QRVA 4GMIA 5P70A 3CKRA 1WBKA 3EM3A 4Y3AA 5HDUA 1HVCA 1OHRA 4Y5MA 5P5EA 3KYRA 3URJA 2AODA 4TRWA 3OOZA 1W50A 2QNQA 3EKWA 3UCBA 3SAAA 3K5DA 1K1UA 5P3VA 5OYYA 2JXRA 5P04A 1IIQA 5OYSA 5P0EA 1WKRA 3TLHA 4K4QA 3HAWA 5P47A 4GJ8A 2G24A 3S7MA 3QRMA 4Y35A 3L5BA 1LYBB 1M43A 3N3IA 5CLMA 3PBZA 1PPKE 4Y4WA 1LYWA 4Q1YA 2ZJKA 1IVQA 4Y6MA 1GVVA 3PEPA 3IXKA 3NWQA 1ER8E 2QNPA 5KR1A 5P1EA 4I0JA 4Y3FA 3ZL7A 2R8NA 5P7JA 4FRKA 5P3YA 1UH8A 2BPZA 1MPPA 2VNNA 5P3QA 3VCMA 5P2MA 3VSWA 5P4HA 3NUOA 2PWRA 3EKYA 1FG6C 2QI1A 5KAOA 1C6YA 4WTUA 3WB5A 4ZPGA 5I3VA 1SDVA 4DQBA 1D4HA 2FMBA 5OZBA 5P3OA 3GI5A 2Q54A 4I0GA 5P1HA 5KR8A 5P81A 2ER6E 2QZKA 2HPFA 2WF0A 4Y3JA 3QPJA 5OZ5A 5OZJA 2R5PA 3T7PA 1IZDA 2RMPA 6APRE 1BWAA 2P3BB 5P0HA 4D89A 3BUHA 5OZPA 3UDPA 5P4UA 4OBZB 5OYVA 3PM4A 3NXEA 2SAMA 5P16A 4RVJA 3NXNA 5P4IA 2JJJA 5UPJA 4Y5AA 3S85A 2V13A 1D4SA 5P54A 2RKGA 2PK5A 1GNOA 4Y56A 4Y50A 5P4SA 3NU3A 1T7KA 4AMTA 4OBKA 5P00A 4RCFA 4GZFA 4FRSA 5P6XA 5P3UA 5P2DA 4X7IA 2WEAA 5DR8A 4EP3A 5P09A 4APRE 1C70A 1E81E 4R92A 2ZHVA 3SKGA 5P4PA 4OBFA 3UFNA 3HAUA 1FMXA 4R8YA 4DPIA 5BWYA 2QZWA 5P2GA 3OQKA 5P6ZA 1QS8A 1NSOA 2QAKA 1MIQA 5P7IA 4Y3ZA 5P0BA 3SM1A 4TRYA 4YDGA 5HDXA 5P43A 5P64A 5P7AA 3L5FA 4Y57A 2JYSA 4LXMA 5P6CA 4EJ8A 4QJ6A 2FS4A 1AM5A 2PSVA 1SIPA 4S1GA 3PCWA 4FM7A 1LYBA 3Q5HA 3UDYA 3O9LB 3FSMA 3T3CA 3DV1A 5P1ZA 1FEJC 5P2XA 5P2BA 5P1MA 1LF2A 4RLDA 2G22A 5P5FA 1BAIA 2HIZA 1BXOA 2OHMA 4KE0A 4CPWA 1YTHA 7HVPA 1XN3A 4DJRA 3UDHA 1XS7D 1ODYA 5I3YA 4Y4GA 4H3IA 3EL0A 5P5TA 5OZ0A 1AJVA 3NDUA 1F7AA 1HVIA 5P31A 2V00A 3DK1A 3VLAA 2VIJA 2QD7A 4CPUA 4B77A 4Y3NA 3RTNA 3NLSA 5DQ1A 2P3BA 2PK6A 3ECGA 5OZWA 5P26A 5P6GA 1E80E 1YG9A 2FGUA 5P2QA 2O4KA 4OBZA 5P5GA 3L5EA 3PI0A 3VSXA 1HXBA 2OHQA 3OTYA 1TZSA 5HE7A 5P25A 5JG1A 5HDZA 1BVEA 3EL4A 3H0BA 1IDBA 3O9FA 3TNEA 5DQCA 1FB7A 1ZSRA 3L3AA 3BVAA 2F3KA 2XFIA 4OBDA 1BDRA 3PGIA 2QI5A 1EBWA 5OZ1A 3RTHA 1DPJA 3VFBA 4H3FA 5P5NA 5P6SA 1FFIC 3GGVA 3B7VA 5P2SA 4OD9B 1W6HA 4L1AB 3AIDA 5P2KA 5TOLA 5P6HA 4MC9A 5P8FA 2AZ9A 5P6JA 5P13A 3WSJA 4EXGA 3K5CA 1QDMA 5P0KA 5P0JA 2G20A 2F3FA 3LIXA 5HDVA 5APRE 5P83A 5P3MA 3VF5A 3TOFA 1DAZC 3PSGA 5P7UA 4YD3A 5P3HA 3O9LA 3PVKA 3PJ6A 1BDQA 4QJ2A 3CICA 3GGXA 5P76A 4Y51A 4L7HA 3CKTA 4LHHA 3QP0A 2QI6A 1FQ8A 5OZIA 4Y5CA 3KFSA 5P0LA 4DQCA 3LIZA 1FMBA 1META 1SGZA 4APEA 5P3KA 5JFUA 4M8YA 4E43A 5AH7A 3T7QA 4DV9A 2OHUA 3LHGA 3EXOA 5P50A 1SP5A 5P2OA 5P1AA 2PQZA 3I7EA 4FIVA 3ZKNA 1ZAPA 4NJTA 2F8GA 4I0ZA 5P36A 5P37A 3H5BA 1B11A 3R1GB 5P8UA 4ER4E 5P6YA 5P3SA 1MTBA 4I12A 3SA3A 5OZCA 1ZLFA 2O4SA 2OHLA 5P3TA 3UDMA 5OZFA 5P1RA 4F74A 1MSMA 4Y4DA 5HVPA 2VJ9A 5OZHA 2ASIA 3D1XA 2WL0A 3EL5A 4QLHA 5P4XA 3T7XA 2FGVA 3TPLA 3NDXA 1EBZA 3OUAA 2BB9A 3MWSA 5P22A 5P34A 5P8BA 5I70A 3L59A 1MTRA 4J1FA 5I3WA 4FGXA 5OZUA 2XFJA 5DGUA 3OUDB 3OXXA 3BC4A 3I25A 1SGUA 5DR4A 4OD9A 5P3AA 3O9CA 4J55A 2WECA 4RCDA 3OXVA 4ZSPA 4L1AA 1PFZA 5DR0A 3OOTA 4OBGA 6UPJA 4Y3YA 4OBJA 5P35A 5P8JA 1HTFA 1SDUA 3QVIA 2AZCA 2AOFA 1T7IA 2WF4A 5P6EA 4BFBA 5P6UA 3PWRA 5P2WA 4Y5NA 5P8OA 4R95A 3F9QA 4RGHA 2NPHA 2ZHTA 3VLBA 5P66A 1K6TA 5P7PA 1B6PA 4MC2A 3S56A 4RVXA 5P7ZA 3OHFA 3S8IA 1K6VA 5P0SA 5P38A 3CIDA 3QS1A 4QJAA 5OYUA 5AGZA 4LP9A 1HTGA 5P8GA 2QD6A 5P0TA 2I1AA 4JPCA 1ZJ7A 3OU3A 3IXOA 3D91A 5P2ZA 4PZWA 4FLGA 1Q9PA 1BXQA 3OK9A 5P2HA 3FV3A 3D3TA 3ZPSA 2V0ZC 1FQ7A 1FQ4A 1GVTA 3PSUA 4R5NA 5P4VA 5P4OA 4PYVA 4X2LA 2XFKA 2AZBA 3OQDA 5P6IA 2QU3A 1LF4A 1FIVA 1GVWA 3A2OA 4Q1NA 2WF3A 2IRZA 2OF0A 1CMSA 5B18A 2RSPA 3CKPA 4J1KA 1IBQA 3FNTA 5ER1E 2QP8A 1SBGA 4J5JA 5P84A 4FAFA 4ER2E 4L7JA 1E82E 2B7FA 4I0EA 1QBSA 4Y3MA 2WEDA 5P5YA 3KT2A 4Y47A 5OYWA 2IEOA 3JVWA 5IVRA 1DIFA 5P1OA 5P86A 3NSHA 3O9AA 5P0CA 5P87A 5P8RA 2HS1A 5P28A 2B60A 4R91A 5P1SA 8HVPA 1HSIA 3R4BA 3NU5A 5P1QA 5P1WA 2AVOA 5P6FA 4HDPA 3RSXA 3C9XA 2QMFA 4DH6A 5OZSA 1JLDA 3ST5A 5SZ9A 1B6KA 3PI5A 5P1CA 1NPVA 5P4RA 5EZZA 3OUDA 5P8VA 1QBUA 4FM8A 2NNPA 5P8AA 1BBSA 2R3TA 1YTIA 5C9FA 3URIA 4DVFA 2I4WA 1BDLA 4RRNA 1J71A 4D83A 1K6PA 4Y3TA 3SA9A 4EXHA 2HB3A 1HVRA 5P4GA 1APWE 5P82A 5OYQA 5DQ2A 5P5VA 1EBYA 2NMZA 5COPA 2XYEA 3UQWA 1HSHA 2R43A 5P7TA 2PYMA 5P0RA 3Q70A 1HVSA 3PB5A 2FLEA 3B80A 4LXKA 4HEGA 1FKNA 1FQXA 1AVFA 1W5WA 4LXAA 4Y3WA 5P85A 5OZEA 4JOOA 4I0FA 3UTLA 4I10A 5P0GA 4NJSA 2FDPA 2ER7E 3GW5A 3SM2A 4Y53A 3OY4A 4Y3LA 1E5OE 5EZXA 1C6ZA 2VIEA 5P4QA 2ZHUA 2IKOA 2QCIA 5P3XA 3DV5A 5P1DA 1BVGA 3URLA 3T6IA 2ZHRA 1PPLE 4I1CA 5P4YA 5P2IA 4Y4AA 1APVE 4A4QA 4CPQA 4Q5MA 3PCZA 1HOSA 4Y4TA 3UF3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TOG A;  4EQJ A;  3IN3 A;  5P3I A;  1PPM E;  5P4A A;  5P7L A;  5P0W A;  5JOD A;  5OZR A;  2ZJM A;  4I0I A;  3VF3 A;  5P6A A;  5P8S A;  5P1P A;  5OZN A;  2VIY A;  3OWN A;  5P02 A;  2O4N A;  4A6C A;  5P4F A;  2IGX A;  3IVI A;  2RKF A;  4KB9 A;  3UDK A;  5P2U A;  3KDD A;  2Q5K A;  1ZP8 A;  5IVT A;  2R9B A;  3IN4 A;  3OQ7 A;  3S2O A;  3MSK A;  4MC6 A;  3ZKQ A;  1W51 A;  2CEN A;  2MIP A;  2O4L A;  4H3J A;  3DUY A;  4J0Y A;  3OGP A;  4Y4Z A;  3OGQ A;  5P40 A;  4CKU A;  4KE1 A;  1FLH A;  3GGU A;  2FNS A;  2AOH A;  1BV7 A;  1AAQ A;  4Y5G A;  4Y4X A;  4Y43 A;  5P4J A;  4TVH A;  1YM4 A;  3KMX A;  4YD4 A;  3S54 A;  1HBV A;  2F80 A;  2ZJL A;  3QI1 A;  3ER3 E;  1EPR E;  2BPY A;  3NU4 A;  4K8S A;  4NJV A;  1HII A;  1HPO A;  4DJW A;  3OQF A;  3G70 A;  2AVM A;  3HLO A;  5P65 A;  1LYA B;  5COK A;  3SAC A;  3ZKI A;  3Q4B A;  5P0I A;  3KFP A;  4OC6 B;  5F00 A;  4Z50 A;  5P14 A;  3KFR A;  3DOX A;  5P5O A;  5P6V A;  5P6M A;  5P3F A;  4Q1X A;  1T3R A;  2WEZ A;  4YCT A;  5P1L A;  5P5D A;  2UY0 A;  3RTM A;  1LZQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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