5P37A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 160
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p37A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p37A01
5JFUA 1LEEA 5I3WA 4I0EA 3O9LA 3EKQA 1FQXA 5SZ9A 2Q64A 4FM7A 2ZGAA 3LZYA 5P1LA 3S54A 5P01A 3H0BA 3KMXA 5P3XA 2BQVA 3T7PA 2OHLA 3SM2A 5P6SA 4YDGA 3PBZA 5OZ7A 2Q15A 3LIYA 5COPA 3EL4A 4DFGA 3C9XA 3KFNA 1W5XA 3K5FA 3NLSA 2AOCA 3SA4A 2G26A 1HOSA 1NSOA 2FGVA 5P10A 4Y50A 4D88A 4H3IA 2QNPA 4LBTA 4LXAA 1SGUA 1B6JA 5P2SA 5P8VA 3OUDB 2V11C 5KQYA 4Y3RA 4I12A 2RMPA 5P2OA 3DCRA 4D8CA 2QU3A 2JYSA 5P4EA 3FKTA 5P8GA 5P40A 5KR8A 4GJ6A 5P6CA 2PYMA 4I8WA 2VIYA 3SA5A 4DH6A 4Y5NA 3GI4A 4Y54A 5P3VA 3T6IA 4OBZA 1K1UA 5P8JA 3OU1A 5AGZA 4DQCA 1BXOA 2B7ZA 3UF3A 5P1MA 5P4JA 5P3TA 5P5BA 5P7GA 5HDZA 4APEA 5P67A 3UQRA 3PVKA 4B0QA 1B6MA 1A30A 2ZDZA 4H3GA 5P5QA 1YM4A 1QDMA 3QRVA 2BPYA 4Y4GA 5P49A 5P5NA 5KR1A 4GMIA 1APWE 5P23A 3TLHA 4L1AB 5P27A 3PSUA 4Y3PA 4KE1A 2G1RA 4Y56A 2UPJA 5P1EA 3JW2A 1D4YA 2O4KA 2WF1A 3INHA 4QJ9A 5KOQA 2PYNA 5P4DA 4B00A 1A9MA 5P1NA 1IVPA 1IVQA 4ZIPA 1GVVA 2WEDA 3BHEA 3OAGB 5P1AA 5P7SA 4YD4A 1GVXA 2G1OA 5P63A 1EAGA 5P6BA 2PWCA 3LZSA 2VJ9A 1K6PA 3K4VA 3O9DA 1W5YA 4EP3A 5P3RA 3KT5A 5P5XA 4RRSA 3HBOA 5P0DA 1SH9A 5P6UA 4J0TA 2G1YA 1KJ4A 1GNMA 4Y41A 4Y5AA 4FM6A 4R8YA 1YT9A 2J9JA 4J1HA 2WF2A 5P8QA 3EKYA 3F9QA 3ZKSA 1BBSA 4WTUA 3PB5A 3CKPA 2NR6A 3LHGA 1HWRA 8HVPA 3UDRA 4I11A 4IVSA 5P2GA 5P1ZA 1FKNA 4L7GA 1PFZA 4FRIA 5P84A 2WEAA 4A6BA 3IXOA 4FRKA 4YDFA 3TPRA 1IDBA 4L7HA 4H3JA 1SP5A 5OZLA 5P62A 3UCBA 3S43B 5P0PA 4YHQA 3SA6A 4U7VA 4WY6A 2VNNA 4J5JA 4Q1NA 5P29A 2IGYA 1N49A 4Y47A 3EL1A 1B5FB 3L38A 3OUBA 4A6CA 3PCWA 5P7HA 1DAZC 4OD9B 1CZIE 1HVLA 5OZKA 4FRSA 4J17A 5IS4A 4YOAA 1LF4A 2P3BB 2WEZA 3O9AA 5DGWA 5AHCA 3WZ6A 4J1IA 4X7IA 2QD7A 1FEJC 2HPFA 1KJFA 5OYTA 1XL5A 2O40A 5DGUA 2ANLA 4OBGA 3CIBA 1FMBA 5P3YA 5P1GA 2OHTA 4R93A 4FS4A 2QMPA 1AXAA 2G1SA 4I10A 3O9BA 3BGCA 3D91A 4HDFA 3ZKQA 4ZE6A 5P8OA 5OZ2A 5OYVA 3KDCA 4Y5BA 3NWXA 5DPZA 3RU1A 3G72A 1CPIA 4HE9A 4ZEAA 5DR3A 5P7CA 5P72A 3HAUA 1ODXA 3R4BA 5COOA 3WB4A 3NWQA 2AVOA 5P65A 3OADA 2AVQA 5P87A 5FIVA 5P00A 5P3PA 4YA8A 5APRE 3PWMA 2FLEA 4KE0A 1HVIA 5P71A 4OBJA 2ER0E 5P31A 1TCWA 3ZKXA 5P0SA 3VFBA 1AAQA 5P2EA 5P5KA 2BBBA 5P4KA 4YD7A 1LYBB 3U71A 3VF5A 3EM4A 5P0QA 1XE5A 4BELA 5DQ1A 5P3OA 5P5HA 5P4TA 2FMBA 5P6FA 1BDLA 1QBUA 4DJYA 4FE6A 5P82A 3CMSA 5P6RA 3UDNA 4RVIA 4UPJA 1C70A 4Y45A 3BUGA 5P5JA 1CMSA 2OHQA 4Y3FA 4JPEA 5P44A 5P2DA 1AJVA 3PWWA 1YTJA 5P8HA 5P5CA 1LYAB 3KT2A 4DJVA 5P56A 5P70A 3OWNA 3OUAA 5ISJA 3FX5A 1FG6C 5P6IA 5I3YA 2NMYA 5P0UA 3TPPA 4YBIA 2ZJMA 2G69A 2OHMA 3WZ7A 5P7TA 2AOFA 3IVHA 3K5DA 3URJA 1GVWA 1FQ6A 5COKA 5C9FA 4DPIA 5P2FA 4ER1E 3WZ8A 5P7RA 1IZDA 3B7VA 3PBDA 1HIIA 1FMUA 1M43A 4ZPGA 3UDQA 3PJ6A 1ODYA 4XKXA 1RV7A 2HC0A 2QMDA 5P2VA 4F76A 1EBKC 4Y3YA 3LIQA 3NXEA 2R3TA 2VA7A 4R5NA 2ZJNA 4D85A 1FF0C 1Z1HA 3OGPA 5P7DA 3D1ZA 3OU4A 5P2TA 4XX4A 5P50A 2IKOA 3LITA 5P24A 1BV7A 5P6YA 2QZXA 4YE3A 3OHHA 3KFRA 5EZZA 3I7EA 4GJ8A 3I25A 3IGBA 4NPUA 4XXSA 2Q54A 3SA8A 4AA9A 5EZXA 3QI1A 4BFBA 2I4XA 2VJ6A 1EBYA 3L5EA 4EQ0A 2UY0A 4K9HA 5P4IA 3VCMA 1SMEA 5P1PA 4Y4BA 1LF2A 2QK5A 3CKRA 3INEA 1PSOE 1VIKA 2P83A 1HPSA 3ZPTA 3OTSA 2BB9A 3KFPA 4Y48A 1YTGA 3KA2A 3INFA 5OZHA 5P7VA 5P46A 5P7WA 3LZVA 4I8ZA 5P16A 5P6XA 4LC7A 3UDHA 6UPJA 1HXBA 5P6ZA 4ZSRA 3O9GA 3WB5A 1F34A 5I70A 1HXWA 3NYGA 4Y5MA 1FMXA 2NNPA 4L7JA 3EMYA 3S56A 3L59A 3UDKA 5BRYA 2G21A 3RVIA 3CKTA 5HU0A 4F74A 3DV1A 2HB2A 2JE4A 1QBRA 3OQ7A 2A4FA 2BPXA 5HE5A 1WBKA 5P61A 3NU6A 3IXJA 2V10C 3FSMA 5P3FA 4FCOA 5P4HA 3EKWA 5P36A 1GVUA 4EJKA 3PI5A 1LV1A 4B1DA 5P08A 5P13A 2IGXA 5P39A 1TSQA 3KFSA 3ZOVA 5P28A 5KQZA 4DJPA 5ISKA 1FQ4A 2G94A 4S1GA 5P42A 3NXNA 3RTHA 5KOSA 4B1EA 1KJ7A 4X2LA 5DQ2A 5OYWA 1MIQA 5P8EA 2R5QA 3Q4BA 2SAMA 5P12A 1EPOE 5P1DA 1B6PA 2XFIA 5P11A 9HVPA 3PHVA 4K4QA 4PPHA 4PZXA 3SFCA 5P3GA 3CIDA 3HVGA 2O4LA 3O9IA 4I0DA 2NXDA 5P6LA 2QZKA 4DUSA 3N4LA 5OYSA 5P5GA 4B05A 1FQ8A 5P4CA 4J1KA 3GW5A 5P5DA 1M0BA 4NJSA 3T7XA 4QGIA 4OC6A 5P8AA 2HPEA 2ZHUA 3NDTA 1FQ5A 2QI7A 4RROA 5P79A 3SKGA 4B70A 5OZSA 5DR8A 5P41A 5P1XA 3NR6A 5P2XA 5P0CA 5HTZA 3R1GB 2NPHA 3EC0A 3S2OA 3EKVA 5UPJA 2NNKA 5P52A 2QD6A 2FIVA 5P4XA 3H5BA 1PPKE 1E5OE 3NU9A 3UQXA 5P4RA 5P4WA 5OZ6A 1HRNA 5OZ1A 5P17A 4YD6A 1IZHA 1WKRA 1FIVA 5P1RA 2XYFA 5P6TA 4DJXA 1HTFA 4M8YA 4Q5MA 3EM3A 2AODA 4DPFA 5P5RA 4A4QA 5OZNA 5P8MA 2ASIA 5OZWA 2WF3A 5P6PA 4JPCA 5P6EA 5P7PA 5I3VA 2IEOA 1PPLE 5P4YA 5BS4A 5P53A 3OK9A 3JVWA 3O9LB 5P22A 3ECGA 5OZUA 3AUPA 4Y4UA 3MSLA 1MT7A 4CPRA 1T7KA 4Y5GA 3DV5A 2IKUA 3RSXA 3DCKA 5ENKA 1BV9A 3OXCA 3RSVA 5P5SA 4DQGA 5P5LA 3BVBA 4DJOA 4EP2A 4L6BA 2G22A 1DIFA 3ZKGA 3QP0A 7HVPA 2HM1A 4APRE 4GJBA 5P60A 5P7LA 1UH8A 1GNNA 2ER9E 2EWYA 2OHSA 2AZCA 1SMRA 1MESA 4I0JA 2QNNA 2Z54A 5P1KA 2H6TA 3R0WA 5P4OA 5HCTA 5P0FA 3BC4A 3FNSA 5P3QA 2NMZA 2V13A 4Y3XA 4CPWA 1YM2A 1SDUA 1YX9A 5P4BA 2RKGA 5P2IA 5KR0A 3PM4A 2RENA 4DI2A 2F3KA 3LPIA 1AZ5A 4Y3DA 2XFKA 5P7NA 5P33A 5P86A 5P1JA 2QP8A 4NJTA 4AMTA 3SAAA 3DUYA 2AOIA 3ER3E 5P4GA 4OBZB 2PH6A 1XN2A 2FXEA 3OU1B 1ZJ7A 3VV6A 5OZ9A 5P1CA 1BAIA 4QJ6A 1C6ZA 4J1EA 5P2YA 3SA7A 3VYFA 4Z22A 4Y3JA 2OHNA 3NUOA 1B11A 2AOJA 5P58A 5OZRA 3HZCA 5P06A 5P78A 4OD9A 1A94A 2PMAA 3FV3A 3S53A 1BIMA 5IVQA 4Y3LA 2UXZA 4FSLA 5E5KA 5P3DA 1W6IA 4HA5A 2Q5KA 2AZ8A 4Q1WA 4PZWA 5HDVA 4R91A 3DK1A 2BPWA 1QBSA 4TVGA 5P6DA 3IN3A 2R5PA 2FDDA 3EL5A 1ZSRA 2QAKA 3MSKA 5DQCA 1Q9PA 5HE7A 5P04A 3TNEA 3O9CA 2Q3KA 1ENTE 4I0FA 4M8XA 5HCOA 4GJCA 5P8RA 1LZQA 2I4UA 2CENA 5P8BA 2ZHVA 4D89A 5P3JA 4EHCA 4PEPA 2B42A 3Q70A 4GB2A 2I4DA 1RNEA 3KDBA 3UPJA 2J9KA 5P5PA 5P0WA 4DJWA 5HVPA 4EJLA 5P7UA 4GYEA 5P2BA 3NU5A 4EJDA 1BILA 3QVIA 5P3IA 3CYXA 1EPME 1IIQA 3OQAA 4Y9WA 5P5UA 3I8WA 1W5VA 3S85A 4DV9A 1T7JA 5P0VA 4FL8A 5P76A 1T6GA 5P1HA 5P51A 3TKWA 5SY3A 4CPTA 4B78A 5P8UA 2QI0A 4Y4EA 5P0BA 1KJGA 5P4NA 2CEJA 4AA8A 1D4KA 5P6JA 4MC1A 4Y5EA 3I2LA 1GKTA 4YD3A 3PSGA 5P5TA 3TTPA 3BVAA 4NJVA 4Y3NA 2NXLA 4RZ1A 5P1SA 1HEGE 5IVTA 3PLDA 5P8NA 5P3LA 3O9EA 3OY4A 1ZPKA 5P0MA 5P74A 2Q63A 2VIEA 4FAEA 5P7MA 4Y3TA 5P4QA 3EL9A 2QD8A 3VSWA 1MVPA 5P2MA 3IAWA 2VNMA 5P02A 3BRAA 2G20A 3EKPA 4Y3MA 3PWRA 5F00A 3OHFA 1PSNA 3UDPA 3EKXA 5AH8A 1W6HA 4ZSMA 4WY1A 4Y51A 2Q55A 5P5FA 1FLHA 5P4LA 4FIVA 5P0EA 2VJ7A 3BXRA 4GIDA 5P4FA 5P47A 2P3CA 1EC1A 1NPVA 3D1XA 3I6OA 5OZGA 5P2RA 4Y6MA 5P68A 4YOBA 3OADB 3LZUA 1M4HA 1LYWA 2ZJJA 2PSVA 3U6AA 3VV8A 3TOGA 2VIJA 1HVKA 3D1YA 2WJOA 4DJQA 3CYWA 1DP5A 5AHAA 2WKZA 5P3CA 5OYXA 2BPZA 1DMPA 5DQ4A 3S45A 3BUHA 1T3RA 3IA9A 2WF0A 2FDPA 3L5FA 1MERA 3VF7A 5DQ5A 4CPUA 5OZ8A 3PMUA 1PPME 3MXDA 5P5VA 5T4SA 5OZAA 3LNKA 3UFLA 3PMYA 3HD8A 5P80A 4KUPA 2JXRA 1IZEA 5P37A 1WBMA 4I0ZA 2B8LA 3T11A 1XS7D 1D4HA 4Y4JA 5P5YA 3AIDA 3UDYA 2HS1A 1MPPA 5P5OA 3HAWA 4QJ2A 5P6OA 4OBFA 1IDAA 5I3XA 2PC0A 2R9BA 3G6ZA 4Z4XA 5OZIA 5OZJA 3ZPUA 5P38A 4Y3HA 3OUCA 1G2KA 1QS8A 5P75A 5P8FA 2PK6A 1FFIC 1ZLFA 3PEPA 3RTMA 4Y3AA 1IBQA 5P34A 3QRMA 4R92A 5AHBA 2ZYEA 4NPTA 1KJHA 4YBFA 3SACA 2AVMA 3HLOA 3ZKNA 1HPVA 5BWYA 3TOFA 2WECA 3NDUA 3OTYA 4Y5CA 2IS0A 3B80A 1PSAA 3IN4A 5OZVA 1C6XA 4H3FA 1OEWA 4JP9A 1K2BA 3VUCA 3OGQA 1A8KA 3U7SA 3L58A 3ZPSA 4BFDA 5F01A 3OU4B 4TVHA 3ZKIA 4Y4ZA 4LP9A 5P7XA 2QNQA 5P4VA 5P30A 4HZTA 3UFNA 2R38A 5P0IA 1HTGA 4LXMA 1SGZA 3VV7A 5P2QA 4GJAA 2FGUA 5P1YA 4Y5LA 5P20A 5P15A 1EPQE 4F75A 4J55A 5P5EA 3KMYA 5CLMA 2IQGA 3URIA 4PYVA 3ER5E 4AZYA 2B60A 3KF0A 4Y35A 1EC3A 4GJDA 3ZMGA 6APRE 3KN0A 3TL9A 4ACXA 2A1EA 5P64A 4Y4AA 2F3EA 3NSHA 2FNTA 4EXHA 1BVEA 5P0XA 4HVPA 5P0HA 2AQUA 4Y58A 3QN8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5JFU A;  1LEE A;  5I3W A;  4I0E A;  3O9L A;  3EKQ A;  1FQX A;  5SZ9 A;  2Q64 A;  4FM7 A;  2ZGA A;  3LZY A;  5P1L A;  3S54 A;  5P01 A;  3H0B A;  3KMX A;  5P3X A;  2BQV A;  3T7P A;  2OHL A;  3SM2 A;  5P6S A;  4YDG A;  3PBZ A;  5OZ7 A;  2Q15 A;  3LIY A;  5COP A;  3EL4 A;  4DFG A;  3C9X A;  3KFN A;  1W5X A;  3K5F A;  3NLS A;  2AOC A;  3SA4 A;  2G26 A;  1HOS A;  1NSO A;  2FGV A;  5P10 A;  4Y50 A;  4D88 A;  4H3I A;  2QNP A;  4LBT A;  4LXA A;  1SGU A;  1B6J A;  5P2S A;  5P8V A;  3OUD B;  2V11 C;  5KQY A;  4Y3R A;  4I12 A;  2RMP A;  5P2O A;  3DCR A;  4D8C A;  2QU3 A;  2JYS A;  5P4E A;  3FKT A;  5P8G A;  5P40 A;  5KR8 A;  4GJ6 A;  5P6C A;  2PYM A;  4I8W A;  2VIY A;  3SA5 A;  4DH6 A;  4Y5N A;  3GI4 A;  4Y54 A;  5P3V A;  3T6I A;  4OBZ A;  1K1U A;  5P8J A;  3OU1 A;  5AGZ A;  4DQC A;  1BXO A;  2B7Z A;  3UF3 A;  5P1M A;  5P4J A;  5P3T A;  5P5B A;  5P7G A;  5HDZ A;  4APE A;  5P67 A;  3UQR A;  3PVK A;  4B0Q A;  1B6M A;  1A30 A;  2ZDZ A;  4H3G A;  5P5Q A;  1YM4 A;  1QDM A;  3QRV A;  2BPY A;  4Y4G A;  5P49 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1MSN A;  2JJJ A;  5DR1 A;  5P4S A;  5P7A A;  2IL2 A;  5P43 A;  4Z2Z A;  3UQP A;  4Y57 A;  1MT9 A;  2IEN A;  5OZY A;  1HVR A;  4Y43 A;  3MSJ A;  1ER8 E;  4TRY A;  1D4S A;  1LF3 A;  4HEG A;  5P1T A;  5P5A A;  4GJ5 A;  3QBH A;  4R95 A;  5P83 A;  1GNO A;  1SIV A;  5TOL A;  5P2J A;  2Q11 A;  1K6T A;  2QMF A;  5HU1 A;  1MET A;  4ZLS A;  2MIP A;  1FGC C;  5P6W A;  2P3D A;  5OZ5 A;  1EPN E;  3O9H A;  2F81 A;  4CPS A;  5P7J A;  2AOH A;  5P7F A;  5P0O A;  4J0Y A;  5P6G A;  5P7Z A;  5P69 A;  5ENM A;  1MUI A;  3EL0 A;  2I4V A;  2V16 C;  3O99 A;  1HPX A;  4LAP A;  3R0Y A;  4ZPF A;  2QI5 A;  3A2O A;  2QI6 A;  3PCZ A;  1HIV A;  4YCY A;  1XN3 A;  5P6Q A;  4Y3G A;  2OAH A;  3OXX A;  2PWR A;  4RCD A;  2V0Z C;  1D4I A;  3L5C A;  2P8H A;  3APR E;  3UQW A;  1GVT A;  2OHP A;  3OOZ A;  5KAO A;  1HIH A;  5P3K A;  1AM5 A;  1K2C A;  2HIZ A;  4HLA A;  1UH9 A;  5P25 A;  5DR7 A;  2PSU A;  4Y44 A;  4Y36 A;  4N00 A;  3LIZ A;  5P0R A;  3DJK A;  4OBK A;  5KQX A;  1SDV A;  5OYQ A;  1LYW B;  1QBT A;  1K6V A;  4ER2 E;  1YG9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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