5P3IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 171
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3iA01
1D4HA 4YA8A 1QBRA 5P2JA 5P6GA 3HDKA 5PEPA 5P01A 2B7ZA 3NU9A 1G6LA 2ER0E 2QI7A 4BFDA 1XN3A 3UTLA 4GJ8A 2OF0A 1DPJA 1FKNA 3OHFA 5JFPA 3O9DA 3VF7A 5P0AA 4J0YA 4PZXA 4JECA 4DJOA 1IVPA 5P52A 4ZSMA 2QAKA 5P1JA 3VYDA 1K1TA 4YOBA 5P8GA 5P40A 3EL4A 5P4YA 1EC2A 5T4SA 4Y4AA 1TCWA 4JP9A 2NXDA 1HBVA 5DR3A 2VA7A 3HD8A 5HVPA 2B8VA 3KN0A 4B0QA 1EC1A 2I4QA 3NYGA 5OZ2A 1LYWB 4Y3SA 3BGBA 2EWYA 1ZLFA 5P8IA 5OZXA 1ZPKA 2O40A 4EJKA 2I4DA 5P7EA 1FQ8A 2I0DA 3BGCA 2OHQA 5P1EA 4LC7A 4QJAA 4B1EA 2G26A 5P1TA 4J0PA 4QJ6A 3D20A 5P4EA 1K6VA 3PCWA 4FS4A 5P4BA 1BBSA 1E81E 4Y3PA 2AIDA 4GMIA 5P6ZA 4D83A 5P2YA 4EJDA 1FQ4A 4FLGA 1PPKE 5P78A 2AZCA 5P20A 2G1RA 1GVXA 3BUGA 4RVJA 5AH9A 3VYEA 1AJXA 5P2VA 4R95A 4J54A 2J9JB 3T7XA 3CYXA 3OOZA 4Y38A 5OZIA 1Q9PA 4GB2A 5SY2A 3EL9A 5P79A 5OZDA 5P38A 1MESA 1EPPE 3RVIA 4EHCA 2B8LA 5P07A 5ISJA 2VJ7A 2FXEA 3OU3A 4I10A 5KQZA 3VV8A 2I4UA 4ZEAA 5P2AA 5P86A 5IE1A 3S2OA 1BV9A 3IN4A 2G1OA 3SPKA 1SBGA 5UPJA 1GNNA 2G27A 4PZWA 3R2FA 4Q5MA 1FB7A 3IVHA 3PMUA 4EJLA 1EC0A 3UDMA 3VFBA 3CYWA 4Y51A 4B72A 3MXEA 1TZSA 4Q1XA 3Q4BA 2WF4A 1CZIE 2ZHVA 4OBJA 5P4WA 3HBOA 5OZQA 5P76A 4RVIA 4I0IA 5JODA 4Y4TA 5DQCA 1CMSA 5OZNA 5AH7A 3JW2A 1YTHA 4KUPA 4WY6A 1LZQA 5OZ8A 4Y39A 5HE5A 5J25A 3O9AA 5P3EA 2VJ6A 4F73A 1D4YA 4Y5AA 5DQ2A 2F3FA 2ER9E 2Q64A 1FFFC 5AHBA 5P4ZA 2CEMA 1BWAA 5P8FA 4J1IA 2G24A 2QNQA 5P82A 4I12A 2P83A 4OBDA 3LPJA 1HTFA 2IEOA 3LITA 4K4QA 5P27A 5P1HA 4TRYA 1LYBA 5P43A 3HZCA 3KT5A 3URJA 1B6JA 5P1OA 4K9HA 4PEPA 1MPPA 1SH9A 1W6HA 1MT7A 1NSOA 1TSQA 4DQBA 3NXNA 5OZVA 5IVQA 3EM3A 4MC9A 5P2TA 1EBWA 4HDFA 3PB5A 3DJKA 4KE1A 2IENA 5KR1A 5OZOA 5P3PA 4HA5A 2AOIA 1AJVA 4J1EA 1BDRA 3LIVA 5I3YA 1GVTA 5P55A 4KB9A 3SKFA 3QPJA 3K4VA 1OEXA 4ZIPA 4FRJA 5KAOA 5P1PA 4DV9A 1BVGA 3OU1B 5P7LA 6FIVA 2OHNA 1TQFA 1J71A 1LYWA 5P1MA 1A94A 2WEBA 2A1EA 3CICA 2XYFA 2G69A 3LINA 4DVFA 4Y5EA 3ZKIA 4Q1YA 5P6YA 5KQYA 5P3QA 2IL2A 5P8LA 5P7MA 1EPRE 4GIDA 3OADB 1HEFE 1PPME 4DI2A 4Z4XA 5P5DA 2RKFA 3ER5E 2NNKA 5P0YA 2J9JA 4Y37A 5IVRA 3TPRA 5P61A 4Y4BA 4Y5CA 2HS2A 3INDA 5OZBA 5P1FA 5P2OA 5P2ZA 2IKUA 5P74A 2HIZA 5DQ1A 1MIQA 2WF2A 5P1KA 2NTRA 5P6DA 3O9GA 2G1NA 3O9FA 5P1LA 3UQPA 4J0VA 4A4QA 5P8UA 1IIQA 1FMXA 3MXDA 4Y43A 5I3WA 5OZZA 3OQAA 3UF3A 4Z2ZA 5P6OA 5P73A 1BVEA 2ZE1A 5ENKA 3QRSA 4I8WA 3NDXA 2FDEA 5P0CA 3K5GA 4CPWA 3URIA 3VSXA 4LHHA 5P70A 5P8KA 2AOEA 4Y54A 5DR1A 3IXKA 1LEEA 4XX3A 5P3KA 4AA9A 3NU3A 3PWWA 1FIVA 4I0DA 4LXMA 5P4LA 1FLHA 1T6GA 4GJCA 1B6LA 1HOSA 5P84A 5P57A 3PSYA 5P0EA 2FGUA 5P58A 5P0TA 2SAMA 1PFZA 2ZJMA 1HVCA 4Y5GA 5P4QA 2ZHRA 4ZE6A 5P5WA 1LV1A 5P3AA 5P71A 2WECA 3FKTA 3L5FA 5P44A 5ER2E 5P4NA 4AZYA 3CKTA 5P4OA 1T7KA 4AMTA 1HWRA 5P7QA 3DCKA 3UQXA 5P7YA 5P4TA 4LXKA 4R93A 4YDFA 3A2OA 1EBKC 3NXEA 5HDUA 4E43A 1FF0C 1LF4A 1XDHA 2F80A 2OHKA 3WB5A 5P6QA 3SO9A 5P3RA 1A8GA 1K6PA 4FGXA 3ZKGA 1FEJC 3ZPSA 3VF5A 3NLSA 3BXSA 3S85A 3SA8A 1IZDA 2ANLA 4YD3A 5P02A 5P19A 2ZJNA 4Y5BA 1HVSA 5P7RA 2Z4OA 2Q11A 5P31A 2AZ8A 4A6CA 4YOAA 5P0KA 4MC6A 2Q15A 3D1ZA 3UDRA 4YDGA 4NPTA 3DM6A 5P77A 3ZKSA 5P1UA 3GI6A 2WEAA 4Y3DA 3PHVA 3OK9A 3HW1A 4CKUA 5P3CA 2WF0A 1EEDP 2QD7A 3UDJA 3NR6A 1DW6C 4Q1WA 5P7UA 2VKMA 5I3VA 5OYVA 4BELA 2ASIA 5P8SA 4DH6A 3WZ8A 4MC2A 5P1VA 5P1AA 5F00A 3PJ6A 5P7BA 1GKTA 5OYSA 5P1GA 4PPHA 1QBSA 5P39A 1T6EX 5OZ1A 5P69A 5KOQA 4ER1E 4PHVA 4RCEA 4ZPFA 4Y56A 5P7GA 2P8HA 3S7MA 3PWMA 1FGCC 1AAQA 2PSVA 1EPLE 5P60A 5P5YA 3LZSA 1PSOE 4YD6A 5P62A 1QRPE 5P6JA 3PI5A 1B5FB 1RV7A 2O4SA 5P5QA 1M0BA 3FIVA 4DJUA 5P1BA 3O9LA 5FIVA 1EBYA 3OOTA 5P47A 2O4LA 5KQFA 3UPJA 1SIVA 1GVVA 5P8MA 3SA3A 1E80E 2NR6A 2QI1A 4CPRA 3Q6YA 3OADA 4GJBA 5P2QA 4Y41A 4L7JA 4U7QA 5P0FA 5P2FA 3R1GB 1W51A 3F9QA 2HC0A 3R4BA 5P3BA 2IRZA 1UH8A 1FMBA 4HDBA 1IZHA 1BIMA 4GJ9A 5P41A 3TH9A 3VCMA 4QLHA 5DQ5A 3D1YA 4FRSA 5P28A 5OZRA 4FSLA 5P7XA 4Y4JA 2IGXA 1HTEA 1RPIA 3QAAA 5OZAA 1RNEA 2H6TA 3L58A 5OZ7A 1MRXA 2BPVA 4NPUA 1FMUA 1IBQA 3CKRA 5C9BA 4Y6MA 4Y3YA 3KMYA 5P7JA 4Y3WA 1W5YA 4LBTA 2XFKA 4FM6A 5KR2A 1A9MA 2WHHA 3FSMA 3OTYA 4HZTA 3CIBA 3NUJA 2BB9A 5HDZA 5OZFA 3KFSA 2NXLA 3AUPA 2PSGA 1HPVA 1DIFA 5BRYA 5P3FA 5P34A 1N49A 3SA6A 1W5XA 3OQ7A 2QD6A 5OZ5A 3BUHA 5P2IA 4RZ1A 3U6AA 2VNNA 5P1ZA 5P4UA 5P37A 4S1GA 4XKXA 3WSJA 3T6IA 5P45A 3D91A 1WBKA 2PK6A 5P3VA 5AH6A 3L5CA 5P2UA 4RYCA 5P7TA 4B1CA 4J1FA 1MRWA 2QD8A 4NJSA 1HIIA 1IVQA 2IDWA 5P5ZA 3EMYA 4ZPGA 3EKQA 5P0OA 4FIVA 2AVSA 4OC6B 5P7CA 3EXOA 3OXVA 3INEA 5P3OA 1Z8CA 1TW7A 3B7VA 5OYRA 5P0PA 4YCYA 1U8GA 3IA9A 4Y4WA 2I1AA 5OZUA 1W5WA 2ZJHA 5P2LA 5P7SA 1ZTZA 5P8OA 1MEUA 3LHGA 4GZFA 5E5JA 1K1UA 2R5QA 3L5BA 5HU0A 4Y5LA 4Y3LA 5P49A 1XL5A 4ZSPA 4Y44A 4NJVA 5P8AA 5P2KA 2BPYA 2QZXA 4Y48A 3UFNA 3ZPTA 3H5BA 3IGBA 7HVPA 5P88A 5P3WA 5P4PA 1APVE 4ZSRA 4TVHA 2QI0A 1D4LA 4D8CA 1EPOE 4Y4EA 4DJRA 1HRNA 1ZSFA 1TSUA 3EC0A 4Y3MA 4APRE 2JJIA 1KJ4A 3TOFA 4FRIA 5OZ6A 1B6KA 2ZHUA 3SA9A 1W6IA 4Y3GA 4EP2A 5P2SA 4R92A 4Y53A 4GJAA 1HIHA 1EC3A 2BKTA 1EPQE 5P8RA 1CPIA 5P1SA 2JXRA 1XE6A 3ZKMA 2AOCA 3I2LA 2NMYA 4I0JA 2O4NA 4JPEA 4GJ7A 3MSKA 5P29A 3TNEA 3OQFA 1B5FA 3BVBA 3INFA 4U8WA 4Y3RA 2VIJA 1W50A 1HEGE 2Q55A 3OGPA 1EAGA 2B42A 4HVPA 5KR0A 3EKVA 1HVJA 4Y3NA 4X2LA 3FV3A 1NPVA 4NJTA 2NXMA 5P33A 2P3AA 1C6XA 2IQGA 5P16A 1IZEA 5P3ZA 2ZGAA 4Y45A 5P3LA 4XXSA 4DQEA 1ODXA 5AH8A 5C9DA 3HVGA 5P8PA 3GI4A 1PPLE 3VSWA 2QNPA 2OHTA 3SLZA 4LP9A 2IS0A 2RKGA 4CPXA 3BXRA 5P1CA 3NU6A 3GI5A 5HDVA 4I0EA 4HEGA 3QVIA 5P8JA 3VYFA 1OHRA 1M43A 1YM4A 4Y3AA 4H1EA 3T7PA 4Z22A 1G0VA 4DJWA 5P11A 2G22A 4FAFA 3KDCA 2V00A 1ZP8A 5OZMA 1MVPA 2QP8A 5OZKA 5P53A 5P09A 5P12A 1FQXA 2HB4A 3SA4A 4Y5KA 5P13A 1HXWA 4RRSA 2AZBA 4B77A 4YBIA 2HPEA 2Z54A 1APUE 1XS7D 3KF0A 5DR0A 5P5KA 1HSHA 1EPNE 3PBDA 4COEA 2IGYA 2P3CA 3KMXA 3GI0A 4D85A 1MSMA 1SDVA 1D4JA 3T7QA 3O9BA 3UDHA 5OZ9A 5OYTA 5P3UA 2XFIA 5EZZA 3LZVA 2PH8A 1BAIA 2QK5A 3PEPA 5OZHA 3VUCA 5DR8A 4OC6A 3DK1A 5P22A 2I4XA 5SY3A 2PQZA 3OGQA 3R0WA 1FFIC 2QHYA 3HLOA 4OBKA 5P7WA 5P6BA 1SGZA 2P4JA 2RSPA 2Q63A 1UH9A 1IZIA 5AHCA 3IVIA 4EWOA 3OU4B 2BJUA 5P8CA 2JJJA 5C9FA 4RLDA 2PSUA 1BXQA 5P6HA 5P5EA 2FLEA 5P5SA 5OZGA 3PRSA 1GNMA 1T7JA 1FQ6A 2FDPA 2QZLA 3O9LB 4JOOA 5P7NA 2BPZA 3GW5A 4I0GA 5DPZA 1ZJ7A 1T7IA 4BEKA 3H0BA 5P2CA 4Y36A 5TOLA 3LZUA 2QU2A 3KFRA 3APRE 4R5NA 5OYYA 2FGVA 1AXAA 1HVKA 3RTMA 1AVFA 3M9FA 5HD0A 1XL2A 2WL0A 2G1SA 5HCOA 3SM1A 1B6MA 1KJHA 2V11C 1HXBA 3SABA 5P0XA 3TTPA 3O9IA 4YHQA 5AHAA 1SMRA 4FM7A 5P1WA 1WKRA 2G1YA 3FNUA 3D3TA 2H6SA 2PK5A 3LIYA 2VIEA 2PMAA 5P17A 5P5AA 4YD4A 3B80A 3DV5A 2OHMA 3QN8A 5P3IA 3S8IA 3ZPUA 2QHCA 5DR7A 5P85A 4H3GA 1SDUA 5AGZA 2I0AA 5P4RA 5COOA 5P8DA 4RGHA 1QBUA 5P4MA 1PSNA 3O9HA 4J0ZA 5P0RA 3S7LA 3ZMGA 5P0NA 2O4KA 3D1XA 1ODWA 3MSLA 3PSGA 4CPSA 3LIXA 5P5GA 5P1QA 2VNMA 1YTGA 1D4SA 3U71A 4ZLSA 5P6XA 3GGVA 4DQHA 2AVVA 4LL3A 5P3XA 5OZSA 5P8EA 5P05A 2ZHSA 4QJ2A 5P4AA 3KM4A 1MERA 3K4VC 1Z1RA 2P3BB 4OBZA 3EKWA 4YCTA 3SA7A 5P00A 4IVTA 5DQ4A 5P4SA 4QJ7A 4I0FA 5OZCA 2AOHA 3UQUA 1BXOA 1SGUA 1BILA 4LAPA 5P4FA 5P7IA 1ER8E 3U7SA 4DJVA 4OBHA 4I0ZA 4OBGA 4MC1A 1HPOA 5P2WA 3GGUA 5P3HA 5DGWA 4JPCA 3JVYA 4R8YA 5P0MA 3PGIA 5P7ZA 4J1KA 3RSXA 5P8HA 5P0LA 3O99A 4Y3EA 2VA5A 2QMPA 3BRAA 3NU4A 4J1CA 5P7KA 3VLBA 4TRWA 1SDTA 4RVXA 1YX9A 2RMPA 4J5JA 1LF3A 5HCTA 5P5HA 4GYEA 4CPUA 3UDYA 5P6KA 2Q54A 3UDPA 1HVIA 4K4RA 4A6BA 3OU4A 5P10A 3S43B 2F3KA 2BQVA 5P7PA 5P5TA 2QI6A 6APRE 5OYUA 5P2HA 5KQXA 3RU1A 4PYVA 4Y3QA 5P08A 2R5PA 2WKZA 3L5EA 2HB2A 5P1XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D4H A;  4YA8 A;  1QBR A;  5P2J A;  5P6G A;  3HDK A;  5PEP A;  5P01 A;  2B7Z A;  3NU9 A;  1G6L A;  2ER0 E;  2QI7 A;  4BFD A;  1XN3 A;  3UTL A;  4GJ8 A;  2OF0 A;  1DPJ A;  1FKN A;  3OHF A;  5JFP A;  3O9D A;  3VF7 A;  5P0A A;  4J0Y A;  4PZX A;  4JEC A;  4DJO A;  1IVP A;  5P52 A;  4ZSM A;  2QAK A;  5P1J A;  3VYD A;  1K1T A;  4YOB A;  5P8G A;  5P40 A;  3EL4 A;  5P4Y A;  1EC2 A;  5T4S A;  4Y4A A;  1TCW A;  4JP9 A;  2NXD A;  1HBV A;  5DR3 A;  2VA7 A;  3HD8 A;  5HVP A;  2B8V A;  3KN0 A;  4B0Q A;  1EC1 A;  2I4Q A;  3NYG A;  5OZ2 A;  1LYW B;  4Y3S A;  3BGB A;  2EWY A;  1ZLF A;  5P8I A;  5OZX A;  1ZPK A;  2O40 A;  4EJK A;  2I4D A;  5P7E A;  1FQ8 A;  2I0D A;  3BGC A;  2OHQ A;  5P1E A;  4LC7 A;  4QJA A;  4B1E A;  2G26 A;  5P1T A;  4J0P A;  4QJ6 A;  3D20 A;  5P4E A;  1K6V A;  3PCW A;  4FS4 A;  5P4B A;  1BBS A;  1E81 E;  4Y3P A;  2AID A;  4GMI A;  5P6Z A;  4D83 A;  5P2Y A;  4EJD A;  1FQ4 A;  4FLG A;  1PPK E;  5P78 A;  2AZC A;  5P20 A;  2G1R A;  1GVX A;  3BUG A;  4RVJ A;  5AH9 A;  3VYE A;  1AJX A;  5P2V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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