5P40A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 189
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p40A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p40A01
2UPJA 2NPHA 3WSJA 1HVRA 4Y5NA 3ZKQA 5P3IA 3L38A 1YG9A 2QMFA 2H6TA 5AH8A 5P1ZA 4MC9A 3TOHA 5I3WA 4J1FA 2AZBA 1PSNA 5P2WA 2QHZA 2ZHVA 3LIXA 1SDVA 3RVIA 4Y3YA 2VA6A 2VIYA 4J0TA 2SAMA 2FDEA 1ER8E 2FIVA 4K8SA 4YCTA 4R92A 3LPIA 5P0PA 5T4SA 5P2IA 5P29A 3EL0A 2FDPA 4HDFA 3NU5A 5P7OA 3DV5A 1EC2A 5P83A 3O9DA 1ODYA 5DR0A 2I4UA 4ZE6A 1FG6C 5OZTA 3NDWA 2AVOA 5P8CA 3OUDB 2JJJA 3KFSA 1FB7A 5P3AA 4RLDA 1GKTA 3KFNA 4Y5LA 4GMIA 4YD5A 5P0DA 1T7IA 4EJ8A 6FIVA 3OOZA 4D85A 1ZSRA 1IZIA 4I0IA 3O9BA 5P1KA 5P6TA 1GVVA 4DI2A 5P4PA 5P4NA 5OZSA 5P3WA 5P8RA 4NJTA 5P0TA 1TW7A 1SIPA 3PVKA 1G6LA 1NPAA 1EC0A 5P3QA 3MSJA 1FKNA 2FXDA 4EJKA 4Y4DA 3EL1A 5P34A 2I4VA 3VF3A 5BWYA 1APTE 5P0RA 1FMXA 4NPTA 2Z4OA 3QIHA 5P41A 5P7BA 2QI6A 3BHEA 1J71A 1HTGA 2ANLA 4WTUA 1GVTA 2WF4A 3NU4A 5OZGA 2VIZA 4QJAA 5P4VA 1AAQA 1KJHA 4Y50A 4Y5AA 5P7AA 5P1WA 4JPEA 5P02A 1LYBB 5P5ZA 2R8NA 3UFLA 5OZAA 4MC2A 4H3IA 3O9IA 2QI5A 4QJ8A 5P6OA 4B72A 1QDMA 4PYVA 1K1UA 5P6NA 5P49A 3TTPA 3GGUA 2PC0A 4Z4XA 3OHFA 5P5TA 2V00A 3OADA 3QBFA 5P46A 3QP0A 4ZPFA 4AA8A 2OHMA 1PSOE 1Z1RA 4QLHA 1DP5A 4BFBA 2QD6A 4BELA 1ODWA 4I8WA 4L7HA 4I10A 2F80A 2V12C 5OZ6A 5P5CA 5HDVA 5P0XA 4RZ1A 4F76A 5COPA 4DQCA 4EP3A 1EAGA 4YD3A 5P03A 2O4NA 3PI5A 4Y5CA 4FRJA 4GJ9A 3R0YA 5P1MA 3ZKIA 3S53A 1HTRB 2ZDZA 3H0BA 3C9XA 5P7VA 4LXAA 5P1IA 3VF5A 4L1AA 1RPIA 4RGHA 5P7FA 4DJWA 1TQFA 4GJDA 3APPA 5P18A 2VNMA 5P3OA 4Y5EA 2G69A 2QMDA 2R43A 3OK9A 2H6SA 3LZYA 1W50A 4FIVA 5P7IA 5SXNA 5P2SA 4R93A 3D3TA 3IAWA 4YD6A 1NPWA 5P24A 1QBTA 5P4EA 4TRWA 3UPJA 1APWE 2VA7A 2P3AA 1BIMA 4XXSA 2G22A 4OD9B 3OAGB 4H3FA 3IXKA 5P3LA 3KN0A 3HVPA 2R9BA 5AH6A 1ZBGA 3VV8A 7UPJA 1ENTE 4OBZB 5P7KA 1HIVA 5P10A 2IGYA 5OZYA 5AH7A 2AOEA 4EQJA 3DOXA 5P14A 3ZPSA 5OYSA 4OC6B 5P8UA 3O9CA 3MSLA 5P0EA 1A8GA 5P4FA 3S56A 3T7PA 4RYGA 3BUHA 5P2NA 5P6WA 5OZ7A 5DQ2A 5P6KA 5P3PA 2NXLA 2PWRA 5P8NA 3EC0A 5P2YA 1HHPA 1MUIA 4Y44A 1YTHA 3S7LA 4APEA 2QU2A 2QNPA 3SA6A 4U7QA 5OZ4A 4OBGA 2IENA 1MTBA 2O4SA 3WB4A 1WKRA 3S45A 5J25A 5P07A 1D4JA 2ZHSA 4XKXA 3NUOA 5OZJA 4Y47A 1OD1A 4FAEA 4FCOA 4ZSQA 3PMYA 5OZIA 5P7UA 3UQUA 1DMPA 2IKUA 5DQ4A 5OYZA 4I8ZA 2QMGA 4EQ0A 5P4CA 3K5GA 5OYYA 5P55A 3MXDA 3QN8A 1XS7D 3IXOA 1DPJA 3UDJA 5DR3A 2NMYA 3O9FA 5P6XA 4Y3EA 3NUJA 2HB3A 1HTFA 3BRAA 4DJXA 1W5XA 5P0QA 5P4IA 2ZJNA 1W6HA 5P8GA 4CPQA 5P3CA 3ZOVA 5OZMA 4JP9A 4FRSA 3OHHA 1OHRA 2AOCA 3VCMA 2NMZA 4U8WA 2ZJLA 1M4HA 5F00A 4TRYA 3TKWA 5TOLA 3HAUA 5P30A 1RV7A 2OHTA 5P8OA 4MC6A 5SY2A 5P00A 2ZHTA 5OYQA 3S43B 3UQXA 5P39A 5P7PA 2VKMA 2UY0A 1TCXA 3VLAA 4S1GA 5P5FA 2QCIA 1BVGA 1EC1A 4DJVA 4B70A 4L6BA 5P26A 4Y57A 4IVSA 1DIFA 5P5RA 4QJ6A 3PRSA 5HU0A 5DR4A 4GJ8A 5P31A 1XL5A 3IXJA 4EJLA 3EKTA 4GJ6A 5P7TA 1EBKC 4J0ZA 3UHLA 2VNNA 1CPIA 4J1HA 4K4RA 3AUPA 3CYXA 4HLAA 1K6PA 2IQGA 4DVFA 2QI1A 4GYEA 1ODXA 3ZMGA 2WF0A 4GZFA 5P1DA 3JVYA 5P5WA 3D91A 3CIDA 5P4UA 5P36A 3BUGA 5EZXA 1SMEA 2AQUA 5P5IA 5P8PA 5P7YA 1LYWA 5KQFA 4YBFA 5P7EA 5P6JA 2WEZA 3SA9A 2QD8A 1SP5A 4APRE 1XDHA 1MVPA 5P17A 5P19A 2NNKA 4Z50A 2B8LA 1C6YA 4RCEA 4Q1WA 2I4WA 2O4KA 1SH9A 1HSIA 3INFA 2P3BB 4LBTA 5P1EA 4Y3RA 3RTNA 1HPSA 3G6ZA 1FQ5A 3DV1A 4HE9A 1D4KA 5P8VA 5OZRA 4B77A 4J0VA 5P4LA 5BS4A 4NJSA 1LYAA 4DFGA 2V13A 2BPZA 2BQVA 2AOIA 4NJVA 5P72A 5P2ZA 2BPXA 3OXWA 5P1VA 1U8GA 5HDXA 5P4WA 3URLA 1BILA 3Q4BA 2QI3A 3BC4A 5HE4A 1NPVA 3FSMA 2HAHA 2XFJA 3UDQA 4H3GA 3TKGA 1E80E 1YX9A 2IDWA 3LINA 3HZCA 4OBJA 4Q1YA 5UPJA 5ISJA 3KMYA 1B11A 2VJ7A 5P3XA 4JECA 5P5DA 1K2CA 2B60A 3KA2A 5P12A 3UDYA 5I3VA 1HTEA 1PSAA 5P35A 3SA5A 3PWRA 2PSUA 1T7JA 2I0DA 5P4OA 2B42A 3H5BA 4BEKA 1ME6A 3VF7A 5OYUA 1META 1VIKA 1LF3A 5P40A 3PEPA 5P8LA 4OBFA 2QZLA 5OZOA 4J1KA 3KT5A 4FL8A 1BV9A 4HDBA 4YBIA 3NU3A 5P7ZA 4B1DA 3KDDA 5AHAA 3LZSA 1B6MA 4AMTA 4FE6A 3UQWA 3PMUA 2OHKA 4FM8A 2PSVA 1RL8A 1G0VA 5P5QA 5P4JA 3GW5A 4YOAA 4ZSPA 4B00A 5P50A 1GNNA 4DJRA 2AVVA 4NKKA 5P3YA 5KR1A 4Y35A 3R0WA 1HPOA 5P8HA 5P5NA 1W5WA 4K4QA 4Y3PA 3OQKA 2QK5A 4GIDA 2QMPA 4PZXA 5COOA 5P89A 3AIDA 4KE0A 4B05A 5DQ5A 5P23A 5P5JA 5I3XA 3LZVA 4Y53A 1HVJA 3WZ7A 3SA7A 5P1HA 3VYEA 3PWWA 3SKGA 4I0ZA 5P38A 2NXMA 4Y4ZA 2WF1A 4HA5A 2O40A 3PCWA 3EBZA 2ZHRA 1G2KA 3LIZA 3OU4B 2XFIA 4J1EA 2JE4A 5P1PA 2ER7E 5ENMA 5OZFA 5OZDA 2JYSA 2PMAA 5P0ZA 4PZWA 5OZ9A 3EL4A 4F75A 4Y3GA 3FKTA 3ZKNA 2RENA 3QROA 5P65A 3CKRA 1TCWA 5DGWA 5P4MA 5P1TA 2AZ8A 3KDCA 3SKFA 3LIYA 3Q5HA 1F34A 2FMBA 3T6IA 2V16C 4Y9WA 5P5LA 5DQ1A 4D83A 3L59A 2ER0E 3IGBA 5P20A 4CPWA 4NPUA 5FIVA 5P82A 1NH0A 2WJOA 5P0LA 5KR8A 3UCBA 1B6LA 3CIBA 1JLDA 4Y37A 2ER9E 3ST5A 1T6GA 4Y4WA 3PI0A 1FMUA 4J55A 4A6CA 4EXHA 3NDTA 1SMRA 3NXEA 1YTGA 4X7IA 5OZCA 5P3HA 1HOSA 5P86A 3O9AA 3TOGA 1UH7A 3PLLA 3PCZA 1ZJ7A 5P4HA 1MSMA 5KR0A 3EMYA 2ZJIA 3S85A 1FG8C 4ZPGA 1GVXA 1FFFC 1FMBA 4Y4AA 5HE5A 1F7AA 2BBBA 5P6PA 2WF3A 5BRYA 4H1EA 5P3GA 2OHQA 3CMSA 1W5VA 4COEA 3VUCA 2O4LA 4JOOA 2HIZA 4D89A 3ZPTA 4Y3SA 2AZCA 4QGIA 5ENKA 3TOFA 5P64A 1W5YA 5P2EA 4Y4GA 4YCKA 3TH9A 5OZ8A 5KAOA 1HXWA 2QZXA 5P7CA 3U71A 1YM4A 1BWAA 2Q3KA 3K4VA 4CPXA 3D1YA 1B5FA 5P7XA 1KZKA 3FNTA 3OTYA 4Y4EA 3EL5A 5IVSA 5P04A 2ZJHA 2CENA 2Z54A 5P4GA 3L5FA 4Y43A 2P83A 3PHVA 5P0VA 1Z8CA 1ZP8A 1FLHA 4FM7A 3PBZA 4HDPA 2Q64A 2VA5A 3TPLA 2IKOA 2PH8A 5P76A 4ER4E 3ER5E 5P09A 4Y38A 3QRSA 1HXBA 5P57A 5SY3A 5E5KA 1UPJA 1K6CA 4J1IA 1MT8A 3L5EA 3F9QA 1VIJA 2AVQA 5P8FA 4GJ5A 4Y39A 4Y4XA 1SGUA 5P4DA 3O9LA 1IDAA 1IIQA 1HSGA 1E5OE 5P2LA 2R3TA 3OU1B 4R91A 2QNQA 3UDMA 4R95A 3GI6A 2ZYEA 5P8JA 8HVPA 5P58A 5P6LA 5JFUA 4YDGA 3N3IA 5P2HA 5I70A 1XN3A 4Y5PA 5P47A 2OHPA 3OGPA 2WKZA 1BXOA 1QS8A 3R1GB 5P8SA 5OZZA 3SO9A 2QZKA 1E81E 5P28A 2I4XA 2PH6A 2ZJMA 5P87A 2VJ9A 2G27A 4Z22A 5P3UA 3Q70A 4UPJA 4I0DA 4DJQA 3SAAA 4A6BA 3FIVA 2R5QA 5P3KA 5ER1E 1E82E 2QHCA 2ZJJA 4LP9A 4PPHA 5P70A 5P6YA 5P7LA 4I1CA 4FRKA 1D4LA 4CP7A 2PWCA 4B78A 5AHBA 2BPVA 1HIIA 4Y3JA 3NU9A 1EBWA 3EKXA 4TVGA 1BAIA 5P13A 3QVCA 2BKTA 2V0ZC 3UFNA 2OHRA 2G1YA 4YE3A 5KR2A 5P6AA 2Q11A 3NR6A 5P2UA 3BXRA 3HD8A 5P0UA 3CKTA 3EKPA 1APUE 5P1XA 1BV7A 4J54A 2B8VA 1PPME 5P71A 5P8TA 5OYWA 2AIDA 4OBKA 4Y36A 3BVBA 1MESA 6APRE 3UDRA 1KJ4A 3OADB 3B80A 2APRA 3UDHA 5P2BA 3VYDA 3KFRA 4I0EA 3INDA 5C9FA 3LITA 5KOSA 3O9GA 5P68A 3DJKA 4A4QA 4FRIA 5P0CA 3TPRA 4XX3A 4WY6A 3SABA 1A8KA 2EWYA 5P2AA 3RTHA 3A2OA 1AVFA 1QBRA 3Q6YA 2PYNA 5P6SA 4ZSMA 1DAZC 4M8YA 5CLMA 5P2DA 4DUSA 2NXDA 4EYRA 3RSVA 3CYWA 3VSXA 5P1GA 1QBUA 2OAHA 4I12A 3VSWA 1TSUA 5P67A 2WF2A 1Q9PA 2PK6A 4Y54A 5P0SA 4DQEA 5JODA 5ER2E 5P11A 2OF0A 4L1AB 1YM2A 2AZ9A 3HDKA 5OZEA 1ZPKA 4LAPA 4Q5MA 3LPJA 3NSHA 5AHCA 5P2MA 5OZNA 5P6DA 1T3RA 4TRZA 2VIEA 2J9JA 3KYRA 5P7JA 5F01A 3PGIA 4FM6A 4Y3XA 5P4RA 5P4ZA 5P1QA 3G70A 2RMPA 3M9FA 3HW1A 4EPJA 1WBMA 4IVTA 4RCDA 5P6HA 2QNNA 5P2TA 5P32A 2F81A 1MEUA 3IVHA 4J1CA 5OZ0A 2F3FA 5DPZA 4K4PA 2VS2A 3ECGA 3R2FA 4CPSA 5P8MA 1HRNA 5HD0A 1M43A 2MIPA 4QJ2A 5P7QA 3NDUA 1KJ7A 2PQZA 5P5XA 5P80A 5HU1A 4F73A 1IZHA 4Y3QA 4DJOA 3L58A 4RVIA 1AIDA 2PYMA 4DPIA 5P8DA 2WECA 1MRXA 4R5NA 3QS1A 1LZQA 5HTZA 2AOJA 1TZSA 4Y48A 3KF0A 3DCRA 5JG1A 3SACA 4YCYA 5P73A 2HS1A 1HWRA 2IS0A 2Q54A 1AJVA 1W51A 1XE5A 5OYVA 1A30A 4FS4A 4CKUA 4R8YA 1XL2A 5P2FA 2ZGAA 2NNPA 3KMXA 4Y51A 2I4DA 5OZ5A 5P5AA 5OZQA 4DJPA 5P4TA 4YOBA 5P2QA 3OGQA 3OUDA 2A1EA 5P4QA 3WZ6A 5P2XA 1AXAA 3VV6A 4Q1NA 2QP8A 5ISKA 3I25A 2FNSA 3LIVA 4YHQA 1DW6C 1SBGA 3QRMA 4Y3LA 4CPTA 3T7XA 2CEMA 3EM4A 3OU3A 1B6JA 3EL9A 5OZXA 3TPJA 2RKGA 3BVAA 3APRE 3QI1A 3VG1A 3SM1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2UPJ A;  2NPH A;  3WSJ A;  1HVR A;  4Y5N A;  3ZKQ A;  5P3I A;  3L38 A;  1YG9 A;  2QMF A;  2H6T A;  5AH8 A;  5P1Z A;  4MC9 A;  3TOH A;  5I3W A;  4J1F A;  2AZB A;  1PSN A;  5P2W A;  2QHZ A;  2ZHV A;  3LIX A;  1SDV A;  3RVI A;  4Y3Y A;  2VA6 A;  2VIY A;  4J0T A;  2SAM A;  2FDE A;  1ER8 E;  2FIV A;  4K8S A;  4YCT A;  4R92 A;  3LPI A;  5P0P A;  5T4S A;  5P2I A;  5P29 A;  3EL0 A;  2FDP A;  4HDF A;  3NU5 A;  5P7O A;  3DV5 A;  1EC2 A;  5P83 A;  3O9D A;  1ODY A;  5DR0 A;  2I4U A;  4ZE6 A;  1FG6 C;  5OZT A;  3NDW A;  2AVO A;  5P8C A;  3OUD B;  2JJJ A;  3KFS A;  1FB7 A;  5P3A A;  4RLD A;  1GKT A;  3KFN A;  4Y5L A;  4GMI A;  4YD5 A;  5P0D A;  1T7I A;  4EJ8 A;  6FIV A;  3OOZ A;  4D85 A;  1ZSR A;  1IZI A;  4I0I A;  3O9B A;  5P1K A;  5P6T A;  1GVV A;  4DI2 A;  5P4P A;  5P4N A;  5OZS A;  5P3W A;  5P8R A;  4NJT A;  5P0T A;  1TW7 A;  1SIP A;  3PVK A;  1G6L A;  1NPA A;  1EC0 A;  5P3Q A;  3MSJ A;  1FKN A;  2FXD A;  4EJK A;  4Y4D A;  3EL1 A;  5P34 A;  2I4V A;  3VF3 A;  5BWY A;  1APT E;  5P0R A;  1FMX A;  4NPT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3OWN A;  5P1U A;  5P33 A;  1FGC C;  4D88 A;  3KT2 A;  3VV7 A;  2AOH A;  4PHV A;  1EPQ E;  1C6X A;  3HBO A;  2XYE A;  1AZ5 A;  5KQY A;  4GJ7 A;  3OXX A;  4RVJ A;  5OYR A;  3TL9 A;  1HIH A;  4Y5K A;  3OU4 A;  3ZL7 A;  2IL2 A;  5P2K A;  5P3N A;  5HCT A;  5EZZ A;  5DR1 A;  4Y5M A;  2NR6 A;  1C70 A;  1BDR A;  4ACU A;  2G26 A;  3URI A;  1ZPA A;  1EPP E;  4I0F A;  4I11 A;  1APV E;  5JFP A;  5P1F A;  2OHN A;  3ZKS A;  4GJA A;  1SDT A;  4RCF A;  3MXE A;  3EKY A;  1PFZ A;  4QJ9 A;  1HVS A;  5P0N A;  3NYG A;  3HAW A;  5P5V A;  1XE6 A;  5P54 A;  5P6G A;  3I2L A;  5P0G A;  5OZV A;  1MPP A;  5P2J A;  2I0A A;  4J0P A;  1LF2 A;  2B7Z A;  3Q3T A;  3I6O A;  5P3M A;  3ZKM A;  3SA4 A;  3SQF A;  3O9H A;  2G24 A;  5P1S A;  3GGA A;  3K1W A;  5P06 A;  2A4F A;  3T7Q A;  4BFD A;  3QRV A;  5P01 A;  5P4A A;  2WHH A;  2BPW A;  1QBS A;  1WBK A;  4Y41 A;  5P8Q A;  3K5C A;  5P4B A;  3K4V C;  5P3R A;  4Y5G A;  5P3B A;  5P3V A;  3NLS A;  2FNT A;  1A94 A;  2IEO A;  4Y45 A;  1OEX A;  3SPK A;  4EWO A;  2G20 A;  5P1C A;  1PPK E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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