5P5YA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 259
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5yA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5yA01
1T6GA 4DJYA 5B18A 1BDLA 5P2XA 4HVPA 5P8IA 3OAGB 4Y5AA 2BBBA 5DR3A 5P42A 5P5GA 4EJKA 5AHCA 5P7NA 1MPPA 2VIZA 5P5HA 1EC3A 3OGPA 3PGIA 2WL0A 4B78A 5P6FA 4EJLA 3ZMGA 3R4BA 4I1CA 6FIVA 5OZSA 3NLSA 2AOCA 3URIA 1LS5A 4YCKA 4I12A 3NU4A 3UDPA 4KB9A 5P1NA 3SLZA 1HVRA 5P3CA 5P8BA 4FCOA 2AOGA 1APWE 5P2VA 5P4SA 4S1GA 4TVGA 2PYNA 4A6BA 5OZ6A 4YBIA 2O4LA 4BFBA 1WKRA 3SA9A 4OC6A 3S56A 3PI5A 4YD4A 1HTEA 3F9QA 2PH8A 2I0AA 5P0TA 4FM6A 3R2FA 3T11A 5OZKA 4YA8A 4X7IA 1DW6C 2PYMA 2ER7E 1M0BA 3PCZA 2QAKA 5P18A 1ZPKA 5P58A 1PFZA 4EHCA 5OZLA 5P50A 4CPXA 3Q70A 3D1ZA 3UDYA 3QBFA 5P31A 1HXBA 1BXOA 5P38A 4I8WA 5OYXA 2NTRA 4DV9A 2HB2A 4Y3FA 5OZXA 5P0LA 2QHCA 5P4NA 1B5FA 3KDBA 1G6LA 5P47A 5P8VA 1XE6A 1TCXA 1UH7A 3LITA 5I3XA 1HVKA 4Q5MA 3S85A 4M8XA 4HA5A 1MERA 3BVBA 4QJ6A 3ECGA 2QCIA 2BKSA 4TRZA 3KFPA 5P2TA 1QBUA 2JJIA 3OXVA 3NU6A 1TSUA 5P2NA 3BHEA 5P8JA 5AH6A 4RZ1A 4CPSA 1NPWA 1KJ7A 2HS2A 1ZBGA 2AZ9A 1EC2A 5P5FA 4Y9WA 4GIDA 5JFPA 3K1WA 4WY1A 3ZOVA 2QMFA 5P3YA 5P6KA 2FMBA 3SPKA 1K6PA 1UH8A 4R91A 4Y58A 1ZJ7A 2UY0A 2ZJIA 5P7TA 3K4VA 5OZUA 1AVFA 2AOJA 4Y4WA 5P79A 5P3KA 5P4PA 4QLHA 1GNOA 3ER5E 3N4LA 5P87A 5P68A 4B0QA 1SP5A 4YD3A 1EPLE 4JPEA 5P3FA 4B72A 4EWOA 2I4UA 2QHZA 2R38A 2R9BA 2AOHA 5P1QA 1PPLE 5P4IA 1NSOA 3TLHA 3TPJA 2QMPA 1ER8E 3OUBA 5OZTA 1HIVA 3EL1A 4Y5KA 4J0ZA 2HS1A 3LZSA 4NPTA 2OHLA 3OAGA 3B80A 4K8SA 5DR7A 1HVHA 4Y3QA 3N3IA 1SMRA 4R8YA 5P07A 5P7OA 3PI0A 5ISKA 4Y45A 4HDFA 3VLBA 2BPVA 4KE0A 3L5BA 4DJPA 4L7GA 2G20A 3SA5A 1YTIA 5P0KA 5P48A 3CYWA 2WEAA 1AXAA 5P4LA 4J54A 5P60A 5AHAA 5P1FA 1EPQE 2R3WA 4Y6MA 3MXDA 3EKQA 5OYWA 2VIEA 1HEGE 2G1YA 3BC4A 4NPUA 2AOEA 4FM7A 1MEUA 5JG1A 4ZPGA 5HE4A 3LIXA 5OYSA 2AVMA 2WJOA 5P2KA 5P4DA 3TKWA 4Y41A 5P83A 4ZSQA 5IS4A 2QD8A 4L1AB 1PPME 2JXRA 5P8CA 5P7ZA 3TOHA 1ZAPA 1W50A 3D20A 2R8NA 4DUSA 2WEZA 3BGCA 5P3XA 3ZLQA 3QBHA 2QMDA 2WF0A 3RSVA 5P0EA 5OYZA 3VF7A 5P3OA 3H0BA 5OZFA 5J25A 3UDHA 1LYWB 1GVWA 2O40A 5P8MA 5P28A 1IZEA 4ZPFA 1FLHA 1E5OE 5P8EA 3R0WA 5P7PA 5P5MA 2PK6A 2Q11A 1BDRA 3UQPA 2ZE1A 3SAAA 1RQ9A 2PH6A 4NKKA 5P7AA 5P2WA 5P4EA 2P8HA 5P5SA 3OTSA 5OYUA 4JPCA 5P4HA 3CYXA 5TOLA 1N49A 2OAHA 4Y51A 1A9MA 5P7WA 3S7LA 4XX3A 2G1SA 4Y3WA 5P1MA 5P5LA 1K6CA 4H3GA 3LPIA 4EP2A 2ZYEA 5P2IA 1BXQA 3SA8A 3EM6A 3FSMA 5P8KA 1FQ8A 3U71A 4K9HA 5P3VA 5P2DA 4DPIA 3UDJA 5P34A 3TPPA 4I0JA 1AJXA 5P0DA 4H1EA 1T6EX 4Z50A 1NPVA 2JYSA 5OZWA 1FFFC 2AVQA 4U7VA 5P5TA 3LINA 3PSGA 5P0WA 1W5WA 5P7QA 3PCWA 4XKXA 4GB2A 5DQ5A 5P30A 5P76A 3VV8A 4FLGA 5P3MA 4J5JA 1BBSA 1RPIA 4F74A 5DPZA 1SDVA 4PZXA 2QI3A 3D1YA 5P3BA 4AA9A 2CEMA 3GGUA 2QP8A 2HAHA 3NYGA 3RTHA 5P7GA 3PWMA 5P3RA 3OHFA 3S43B 1SGUA 3PVKA 1QBRA 3HBOA 2BPWA 2ZHSA 5P6OA 3ZL7A 3FNTA 1CZIE 3JVYA 1AAQA 5P08A 3OUDB 3IVIA 1FQ5A 1B6KA 5P37A 3S7MA 3VUCA 1HVCA 1FMBA 2FGVA 4Y3SA 5IVRA 5P0IA 2V10C 5CLMA 3L38A 1IBQA 3Q3TA 1IZDA 5P27A 3SA7A 1YT9A 2XFIA 2ZHRA 3OQDA 4QJ7A 1A94A 3K5DA 3PB5A 3O9EA 5P0MA 3QP0A 5P4UA 4HEGA 2P3BB 1OD1A 1DAZC 1GVTA 5P4BA 2QI7A 5APRE 5P6NA 4NJTA 1KJHA 1D4YA 2R43A 5I3WA 2APRA 2AZCA 2B8LA 5DQ4A 4RLDA 5P88A 1SMEA 4I10A 5P3EA 3PEPA 3LHGA 1TQFA 5P24A 3UFNA 5P6PA 5ER1E 3SFCA 4OC6B 5P5ZA 5P56A 5P0YA 4Y5PA 3WB4A 5P01A 3QAAA 4DQFA 5P29A 2OHQA 5P59A 5P6DA 2JE4A 4TVHA 3TNEA 1PSNA 5HD0A 1GKTA 3G6ZA 4Y5BA 4EJ8A 1Z1HA 4Y4BA 1W6HA 2P3DA 3I6OA 1CMSA 1GNNA 1MTRA 1EPPE 2V0ZC 3DK1A 4RVXA 1ZSRA 2Q55A 5P1VA 5HDXA 1B5FB 3LZYA 5P4CA 1LV1A 3BRAA 5P7EA 5EZZA 3WSJA 2F3EA 3NDUA 4OBKA 4MC2A 1MESA 2QHYA 5P2MA 2PK5A 3S45A 2ANLA 3HAWA 2AVVA 2PC0A 3OOTA 5SZ9A 1SDUA 3QRSA 3CKTA 5OZAA 1W5VA 1MT8A 3HD8A 3FNSA 4Q1NA 1FGCC 3AIDA 5P5IA 5P1YA 1MSNA 5P8FA 1D4KA 3GGAA 1ODYA 4KUPA 2G24A 3VF5A 4GYEA 1HPXA 4XXSA 2V11C 1MUIA 4LBTA 2Q64A 3ZPTA 3ST5A 3NU5A 3JVWA 3NUOA 4COEA 3S8IA 4L6BA 1YX9A 5AHBA 5P62A 5P3TA 5P6EA 3VLAA 4Y57A 2RSPA 3L5CA 2XFJA 3UQRA 5HE7A 4CPRA 2QMGA 3OUDA 5P4KA 3EKPA 1T7IA 3OQKA 1FKNA 4RRNA 2ZGAA 5P80A 1HEFE 5OZ5A 3I25A 5P5VA 3IVHA 5OZ3A 1EPOE 1BIMA 2QI5A 2A4FA 3EBZA 5COKA 3PMYA 3SO9A 4Y4JA 5P3JA 1U8GA 4J1IA 1D4SA 3NXEA 3UDQA 5P74A 4K4QA 2P3BA 3EMYA 3QI1A 5P2JA 5P5RA 3KF0A 4DQHA 1W6IA 2FS4A 5P7HA 3LPKA 2IEOA 2O4NA 4Y4TA 5P73A 4ZSPA 5P3GA 3G70A 5I70A 3INFA 1RNEA 4FSEA 1ODXA 5P3IA 2IKUA 1SGZA 5P70A 1K6TA 4H3JA 4ZSMA 3K5FA 3IA9A 5P1HA 4F73A 5KOQA 2P3CA 5P2RA 5P00A 6APRE 4OBGA 3O9CA 3URJA 4OBFA 3K5CA 1G2KA 2QI4A 2BPYA 4L7JA 5DQ2A 4DJWA 3IAWA 5P4AA 4LP9A 5HDUA 3KFNA 1C70A 5P0AA 5OZOA 1MVPA 3L3AA 4EYRA 3OWNA 5P1XA 5P7VA 5OZ8A 1BVEA 3GGVA 2XYEA 5P8SA 1LF2A 3DM6A 5OZ7A 2IKOA 5P1GA 3QROA 1MSMA 3B7VA 4AMTA 1ZSFA 4J0TA 2IL2A 3OOZA 1MTBA 5P05A 2VIYA 5P0HA 4FRSA 4UPJA 5P45A 4GJAA 1EBYA 5HVPA 5OZ1A 4Y47A 1PSOE 4Y3NA 3ZKMA 5P6VA 4B1DA 3UQUA 3CIBA 4CPTA 4K4PA 4TRYA 1K2CA 4OBHA 1VIKA 5OZVA 3ZKQA 5P64A 5ENMA 3NUJA 3TTPA 2I4WA 1XL2A 2JJJA 1FG8C 5P85A 1YG9A 3IXKA 4RCDA 4GJ8A 4Y3MA 5P63A 4EPJA 1IDAA 5P1JA 5P0ZA 2ZJHA 3FIVA 5F00A 3O99A 1ENTE 1Z8CA 2ZHVA 4AZYA 3KYRA 2WF2A 2I4XA 5P2EA 4FGXA 3AUPA 5HE5A 2R3TA 1HWRA 3NU3A 5P4GA 3OU4B 4D8CA 5P6GA 1ME6A 3LNKA 2WEDA 3LIVA 1FIVA 3Q5HA 3DUYA 3BUFA 3GW5A 3INHA 4R92A 5OZDA 3TKGA 5KR2A 5P0NA 3CMSA 4FSLA 4OBDA 5P3DA 4YCYA 4Y5NA 5P1AA 3RTMA 5P4VA 3EKWA 5P69A 5P03A 3O9HA 5P57A 4CPWA 5I3YA 4I0DA 4YOBA 5P2YA 5P5BA 3HLOA 3VF3A 5P2HA 3O9GA 2VKMA 1FQXA 5OZJA 3ZKNA 5P7RA 5P1PA 5COOA 5P22A 2VS2A 4I0FA 5P78A 5P0GA 1QBTA 2NXLA 4ACUA 1UH9A 5P6ZA 3SA6A 1TZSA 4GJDA 5ER2E 2PQZA 2AQUA 1B6MA 3NU9A 3S53A 1HTFA 5P7SA 4IVSA 3TOFA 5P6YA 4WTUA 4YE3A 3WB5A 3NXNA 4OD9A 3EC0A 3SM1A 1JLDA 4DJOA 1EPNE 1SDTA 2ZHUA 5KR8A 5OZ2A 1IVPA 5P86A 3K4VC 3PBZA 4YCTA 4DJRA 5HTZA 4FRKA 5KAOA 2ZJLA 2NXDA 3IGBA 4ZPEA 4MC6A 4J0VA 5P6MA 2IDWA 2UXZA 4Y36A 1B11A 4DVFA 1YTJA 3UCBA 3RTNA 4Y3AA 5P6CA 3D1XA 3PWRA 2P3AA 1D4LA 3GI5A 5P6AA 4A4QA 3IN4A 4Y38A 1XN2A 5P1RA 2CENA 2AVSA 3SKFA 3DV1A 5ENKA 3L5EA 4RROA 2AZ8A 1HVSA 3QIHA 1ZPAA 3T7PA 3C9XA 4Z22A 2NMZA 3L58A 5P1LA 5P7DA 3UHLA 3NSHA 4E43A 2AODA 1GVUA 2Z4OA 1NPAA 3HW1A 5P2OA 4JOOA 2QZWA 5P66A 3VYDA 1ZTZA 3R0YA 3O9AA 3NWXA 7HVPA 4QJ2A 1XL5A 1IDBA 2IGXA 1GVVA 4QJ8A 4DI2A 1K1TA 3HZCA 4HE9A 1WBKA 5P8LA 1HTRB 1RV7A 3MSLA 1G35A 5P2AA 1K6VA 4ER1E 2IS0A 4R5NA 4B1CA 4YD6A 1META 2AOIA 5KQYA 1LF3A 1APVE 2ZDZA 4Y50A 1C6ZA 3VFAA 2OHKA 2QU2A 5P7UA 3OU4A 3SA4A 1C6YA 3EL4A 2WF3A 3EXOA 4U7QA 5P39A 3OTYA 5JFUA 5HDVA 2QNNA 5P2BA 4FS4A 1B6JA 1HIHA 2J9KA 4AUCA 3BXSA 3QN8A 3OUAA 4HLAA 2HPEA 5P6QA 2VIJA 2B60A 3NR6A 2QK5A 2V16C 2VNNA 3UDNA 2BB9A 3PMUA 2G21A 4FIVA 1PPKE 3OXWA 4WY6A 5P67A 2Q5KA 5P5EA 2FNSA 2QU3A 5CONA 2QNPA 3LIQA 5BWYA 2ER6E 2AOFA 5P0UA 3VG1A 1A8GA 5P5WA 2NMYA 5C9DA 1EEDP 4Y5MA 5HDZA 2ASIA 3T7QA 1BAIA 5P8NA 3KA2A 3EL5A 1K2BA 4YDGA 4Y3TA 5P8OA 2WECA 4I0IA 4Y3DA 5AH7A 5P3NA 1A8KA 3OADA 1VIJA 1Z1RA 4IVTA 5AGZA 3O9DA 2CEJA 1PROA 1K1UA 5BRYA 3EKVA 3BUGA 1EC0A 2QI1A 4F76A 5P4FA 3ER3E 5P4OA 3GI6A 4OBJA 5P8TA 2OHSA 5DQCA 4Y3JA 4Y3XA 1IVQA 3SACA 3OU3A 5E5KA 4HZTA 5UPJA 2IQGA 5P5CA 5P1BA 5P7KA 1YM4A 5P7IA 2O4PA 5P0RA 4CKUA 2BJUA 3UF3A 4ER4E 5P72A 3PLDA 1DIFA 3NWQA 4PHVA 1FQ7A 2MIPA 1M43A 4LXKA 2EWYA 1SH9A 4Y3EA 5DGUA 5OYQA 4J17A 4NJVA 4Y35A 5P7BA 3CKPA 3ZKXA 4Z4XA 4YBFA 2QD7A 5P55A 5P8PA 1BVGA 1OEXA 4B05A 2WKZA 1E80E 4DH6A 5P75A 3KDCA 2Q3KA 1APUE 2VA5A 2XFKA 2RENA 3ZKIA 5P1DA 4Y3RA 5P81A 1OEWA 2F3FA 5P54A 4KE1A 4GJCA 1QRPE 5P5DA 2G26A 4Y37A 2F8GA 1KZKA 5P1IA 5SY3A 3MWSA 5T4SA 4Y44A 4TRWA 2BQVA 2R5QA 3WZ6A 1EBKC 1KJ4A 1D4JA 1HPOA 4PYVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T6G A;  4DJY A;  5B18 A;  1BDL A;  5P2X A;  4HVP A;  5P8I A;  3OAG B;  4Y5A A;  2BBB A;  5DR3 A;  5P42 A;  5P5G A;  4EJK A;  5AHC A;  5P7N A;  1MPP A;  2VIZ A;  5P5H A;  1EC3 A;  3OGP A;  3PGI A;  2WL0 A;  4B78 A;  5P6F A;  4EJL A;  3ZMG A;  3R4B A;  4I1C A;  6FIV A;  5OZS A;  3NLS A;  2AOC A;  3URI A;  1LS5 A;  4YCK A;  4I12 A;  3NU4 A;  3UDP A;  4KB9 A;  5P1N A;  3SLZ A;  1HVR A;  5P3C A;  5P8B A;  4FCO A;  2AOG A;  1APW E;  5P2V A;  5P4S A;  4S1G A;  4TVG A;  2PYN A;  4A6B A;  5OZ6 A;  4YBI A;  2O4L A;  4BFB A;  1WKR A;  3SA9 A;  4OC6 A;  3S56 A;  3PI5 A;  4YD4 A;  1HTE A;  3F9Q A;  2PH8 A;  2I0A A;  5P0T A;  4FM6 A;  3R2F A;  3T11 A;  5OZK A;  4YA8 A;  4X7I A;  1DW6 C;  2PYM A;  2ER7 E;  1M0B A;  3PCZ A;  2QAK A;  5P18 A;  1ZPK A;  5P58 A;  1PFZ A;  4EHC A;  5OZL A;  5P50 A;  4CPX A;  3Q70 A;  3D1Z A;  3UDY A;  3QBF A;  5P31 A;  1HXB A;  1BXO A;  5P38 A;  4I8W A;  5OYX A;  2NTR A;  4DV9 A;  2HB2 A;  4Y3F A;  5OZX A;  5P0L A;  2QHC A;  5P4N A;  1B5F A;  3KDB A;  1G6L A;  5P47 A;  5P8V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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