5P6UA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 291
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6uA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6uA01
5P64A 4Y38A 2B8VA 2WHHA 1ZTZA 1LV1A 1E81E 4YBIA 4KUPA 2VJ9A 3JW2A 1KZKA 1EAGA 1XDHA 5P5RA 1GNMA 3S7MA 5P3SA 3VYFA 3UDNA 3Q6YA 5I3XA 4B77A 4TVGA 1FMUA 3OUDA 1YT9A 2ZYEA 1XE5A 4DJUA 5P2NA 1IDAA 4M8XA 2XYEA 2QI6A 5P8SA 3SAAA 1K6TA 2JJJA 4Y50A 4NPUA 5OYTA 4KE1A 2V16C 3SA7A 4AMTA 3LITA 2VJ6A 4GJ5A 4Y9WA 5P5DA 5P77A 4U7QA 5P1EA 5P6EA 4H3GA 3IAWA 1VIJA 3BXRA 4YE3A 5P6YA 3D91A 5AH7A 3NXEA 4I0HA 2R38A 2EWYA 4YD7A 1RPIA 4DQFA 1J71A 4XX4A 4GJAA 4A4QA 5OZQA 1BILA 5P34A 5P7CA 5P8GA 3WZ6A 2P3DA 3KF0A 4ZSQA 2O4LA 2H6SA 1MRWA 5AH8A 3U6AA 5P6QA 3VV6A 4B1DA 5P70A 3TL9A 5P5TA 3UDHA 2F81A 1MSNA 1F34A 1FMXA 4OD9A 4X2LA 4J54A 4XKXA 5P1MA 3GW5A 1D4HA 5P1TA 2ZE1A 2BPVA 2QP8A 4YD4A 1HSIA 5UPJA 3VV8A 1SIPA 3IXOA 4Y5KA 5P7HA 4I8WA 5P1QA 3NLSA 1OEXA 4PHVA 2O4NA 4Q1YA 5DQ4A 1E5OE 1Z1HA 1MT9A 4J0TA 1BXQA 1HVRA 1D4KA 4DJPA 1IVQA 4ZPFA 2HB2A 5P3XA 4FSLA 5P2JA 3ZKMA 3MXDA 3PRSA 1C6XA 1EBKC 2OHRA 3LINA 4QLHA 2QMGA 1B6PA 3DK1A 5OZVA 3K5DA 3R1GB 3UHLA 5P4AA 5P86A 5OZKA 1TSUA 3FNTA 5P41A 5OZUA 3O9CA 1HSGA 5P2TA 2QCIA 2G27A 5P7RA 3SFCA 4ZSRA 1AJVA 4DFGA 1OHRA 2QHYA 3VEUA 5P4UA 1PFZA 5P7AA 5P18A 4I0ZA 5COOA 5HCOA 2FDEA 4EWOA 2OHTA 5P56A 4U7VA 4EPJA 1IZIA 2ANLA 1DIFA 4LAPA 2WL0A 5P22A 5P1WA 1BVGA 4WTUA 3SA9A 5P08A 3PI5A 3K5FA 4ER1E 1B6LA 3T7XA 2AOJA 4Y3XA 3K1WA 5P51A 1N49A 5IVTA 1SP5A 4FL8A 4FAFA 2QI5A 3LIYA 1MERA 1BDLA 1A8GA 3O9BA 5DR7A 4CPRA 3MSJA 4XXSA 1YTHA 5P3MA 5P27A 3CICA 4Y3AA 3UDYA 4PPHA 4GJCA 4J0VA 5JFUA 2B60A 5P8OA 2CENA 1C6YA 1GVXA 4Y56A 1PSNA 4PYVA 5P0MA 5SY2A 3TPJA 1D4JA 1META 2ZJLA 3RTNA 5P8JA 5P2GA 2NNPA 2BKSA 3BXSA 5P8DA 4Y58A 3QIHA 4OBKA 5KQFA 9HVPA 3PCWA 3EMYA 4Y43A 5P7TA 3Q70A 4Y5GA 3I2LA 3L5DA 2I4XA 5HE5A 4APEA 1U8GA 4GJ7A 3OQFA 3OADA 2VNNA 1JLDA 2I4VA 4J17A 1Z1RA 1D4LA 3VF5A 5HDZA 2VNMA 4L6BA 1G35A 4R93A 1RNEA 4F76A 4J0YA 5P03A 4RVJA 3ZPTA 5KOQA 3OTYA 2APRA 2QHCA 5P3GA 4B70A 2VIZA 5HE4A 5HE7A 2AQUA 5P0IA 2P3BB 5P5JA 3INFA 1KJ4A 3CIBA 5P4EA 1K6VA 4WY1A 3BC4A 3EKVA 1G2KA 5OYYA 2HC0A 2HIZA 5P0YA 1HSHA 4GYEA 1W5XA 2QD8A 4Y4GA 3TKGA 2FDDA 4APRE 4S1GA 1M0BA 1MSMA 4YBFA 5P7PA 5P50A 2UPJA 5P05A 1RL8A 5KR8A 5P1GA 1LEEA 3S7LA 1W50A 1M4HA 2QZWA 4HDFA 3GI4A 3WB4A 1HVLA 5P5HA 1AXAA 2NTRA 2ER6E 3BRAA 3N4LA 1EPLE 1QS8A 3OU4B 5P0ZA 4Y3WA 4Y4BA 2Q3KA 5DR8A 5P0SA 3KT2A 5P4HA 4TVHA 3TNEA 3ZMGA 5P5BA 1KJFA 3EBZA 5P6UA 4DI2A 3UDKA 4B78A 5P4TA 1MIQA 1EBYA 4H3JA 1HRNA 1XN2A 5P3QA 3PHVA 4CP7A 4Q1WA 1MT7A 2IKOA 4Y3GA 5P4RA 4I8ZA 3ZPSA 5OZZA 2FLEA 1PSAA 1HHPA 3RTMA 5P7DA 1BDRA 1HVJA 3PSUA 5P1CA 5P0LA 4OBFA 1SGUA 4F73A 3UQUA 5P0CA 5OZEA 5P1FA 2AODA 5BRYA 4RLDA 1EPME 5P36A 3S43B 1ODYA 4HDBA 2NR6A 3EM4A 3OQDA 1HEGE 3PB5A 3JVWA 2NXDA 1EC2A 1XN3A 1W5VA 4Y4ZA 2WF2A 2V13A 2FGUA 4Y51A 2JE4A 3DUYA 1BV7A 3SLZA 1YG9A 5SZ9A 1T7KA 4Y3HA 3TPPA 1QDMA 4FGXA 1FIVA 4Y39A 3PM4A 5P30A 2R3WA 4ZE6A 3EL4A 5P4GA 3LNKA 3EKQA 1ZSFA 8HVPA 4LBTA 2ER9E 4DQEA 4NJTA 2BB9A 3PMUA 5P8BA 4Y3JA 5P0JA 4ACUA 3CKTA 1GVUA 5P2HA 1PROA 3ER3E 1SIVA 1SMRA 5PEPA 3L5CA 5E5JA 5P6DA 3OQ7A 5P0FA 4J1KA 5P4BA 5P8UA 1ZAPA 5IVQA 1SDUA 5P0VA 2NNKA 2AOGA 3UQPA 5P6ZA 5P45A 1MRXA 3CYXA 3CIDA 2QNPA 4EP3A 3ZKIA 3VF7A 4EHCA 5CONA 5I3WA 2BPWA 5P2BA 3I6OA 3LZSA 3OOZA 3OUAA 4CMSA 3O9AA 4DUSA 5HU0A 2IRZA 5ENMA 3NYGA 3OTSA 5P1LA 5OZLA 1LYBB 5AHBA 2P8HA 3R0WA 5OZ6A 2FMBA 4QJAA 2R9BA 1K2CA 1GVWA 1EPRE 5P4SA 2F8GA 4DJOA 3OQAA 5P5FA 2QMFA 1Q9PA 2I0AA 2OHMA 1UH7A 3HVPA 5P5PA 5OZIA 3QS1A 1AAQA 4JOOA 3TTPA 5P6BA 1IDBA 4AA9A 1QBUA 5P1DA 5P7GA 1LYAB 3DV1A 3T6IA 6APRE 3L38A 5OZNA 2I0DA 3VFAA 4I0GA 5P20A 5P2UA 3QRMA 3A2OA 4EQ0A 1K2BA 2QNNA 4D8CA 2P83A 4YD3A 3PVKA 4LC7A 4Y6MA 4EQJA 4Y4UA 2ZJJA 5P7YA 1G6LA 3H5BA 3G6ZA 1A30A 1BV9A 2QZLA 4Y35A 3U7SA 3NR6A 5P06A 4BELA 3SA8A 4D88A 5I3YA 3DJKA 4FSEA 4YDFA 1HOSA 4L7JA 5P7EA 5P3YA 2UY0A 3ER5E 3ZOVA 5P6LA 4M8YA 4EJ8A 1BAIA 4GMIA 2JJIA 5P5YA 3TOHA 4LP9A 5OZMA 1EBZA 5P4KA 3C9XA 4R5NA 5P88A 3INHA 2BKTA 2WEBA 1W51A 5APRE 3VYEA 3LPIA 4I11A 4DQBA 4NJSA 4QGIA 2QZXA 3QBHA 1DMPA 1HVIA 3GGXA 5P55A 4MC2A 5P6OA 3EL0A 5P6TA 5P2AA 4GB2A 2FIVA 4J5JA 2Q5KA 4YCKA 5C9FA 5P76A 2MIPA 2P3BA 4NJVA 2OHQA 2P4JA 3PWWA 5OYXA 3LHGA 4ACXA 2OHNA 3LIZA 3D3TA 3O9HA 1K1UA 4J0PA 3ZKXA 2V00A 1K6PA 4Y4AA 1W5YA 4EYRA 2I4UA 2FNTA 1HVHA 5P2SA 3UDQA 5P3UA 5P0DA 2WEAA 4QJ6A 2G24A 5P19A 5P4MA 2I1AA 1AVFA 1GVVA 2HPFA 2QI0A 3F9QA 5P5IA 2QU3A 5P6AA 2AZCA 3LPJA 1FQXA 4Y41A 3KN0A 3FSMA 5P83A 5P2YA 3SA4A 4ZSMA 4L1AB 1HVKA 4OBGA 3L3AA 1OD1A 1W6IA 3PBDA 5P5VA 3LIQA 3WZ8A 1A9MA 5P1AA 1FB7A 3O9LB 5HDUA 5KQXA 1EC1A 2ZGAA 3CKRA 3S2OA 4J1IA 3WZ7A 5P5EA 3FIVA 3OU4A 1KJ7A 2PH8A 3INDA 3NU9A 5BWYA 2QAKA 3KFSA 4Y48A 5P8VA 5C9BA 5P5UA 3BHEA 5P5QA 3UDRA 3ECGA 5P6FA 3VUCA 2HAHA 5P01A 2QNQA 5P5WA 5P2WA 5P4WA 5P3HA 4Y44A 4D83A 5OYZA 1K1TA 5P65A 3ZL7A 4LXMA 1FQ7A 5P63A 3IGBA 5P5SA 1HPOA 1XE6A 5P6MA 3QP0A 1NPVA 5P80A 4RYCA 4ZEAA 4PZXA 4R95A 3D1XA 3INEA 3HD8A 3UDMA 5P7SA 2ZJHA 3OGPA 5JG1A 2CEMA 3S43A 5P87A 3OU1A 1PSOE 4CPQA 1KJGA 4Y5AA 2BBBA 1APVE 5P04A 2B8LA 5P7OA 3VLBA 3IN3A 1FFFC 2G69A 2PYNA 3TOFA 3MWSA 3NSHA 4FRIA 3SO9A 2WEDA 2I4DA 4FM8A 5OZ2A 5P42A 1QRPE 5P10A 5P3TA 3LZVA 2F3EA 3URJA 1VIKA 3HDKA 3EKYA 3GI5A 4NPTA 1T3RA 3LPKA 3K5CA 4OC6B 2R43A 1ZBGA 2G1YA 2RENA 1HXWA 4RRSA 5OZ8A 5P33A 4DJWA 4R91A 3RVIA 5P1SA 2HS1A 4Y4DA 2VKMA 5P3IA 2G22A 5P38A 3EXOA 3K4VA 1A8KA 3PEPA 3NU6A 4LXAA 3CYWA 2AZ8A 2OHKA 4OBZB 2IL2A 5AHCA 3KDCA 2PWRA 3ZKGA 5F01A 2G1SA 3SPKA 4J0ZA 2ZHRA 3H0BA 4IVSA 4CPUA 2PK6A 2QU2A 5P71A 2OAHA 4H3FA 4J1HA 3EKPA 1GNNA 2V10C 1ODWA 3KFRA 4DPIA 5P7BA 4A6BA 2RKFA 2O40A 1FQ4A 3UF3A 1APTE 1B6JA 1BBSA 3QVCA 1B6MA 5KOSA 5IE1A 3R2FA 3FNUA 4I0IA 1FKNA 4YA8A 3ZKNA 2RMPA 5P84A 5P44A 1DW6C 5P3RA 5HVPA 3UFNA 1LYBA 4CPTA 3DV5A 4Y5BA 5P3JA 3O9FA 4DJQA 5KR1A 3GGAA 2PC0A 3BVBA 2NPHA 4Q5MA 4DJXA 5KQZA 3PLLA 3I8WA 3TLHA 3PSGA 5OYUA 1MPPA 3R0YA 3SKFA 2F3KA 4Y3YA 1SDVA 1B11A 3S8IA 1TQFA 4WY6A 1C70A 2XYFA 2G94A 2RSPA 3NDWA 5P15A 4FE6A 4Y3TA 4J1EA 2G1NA 1LYAA 4DV9A 1WBKA 2ER0E 4QJ2A 2R5QA 5P3OA 3BGCA 5P3NA 5P8TA 1BWAA 4DJRA 3OQKA 4OBJA 3K5GA 3L58A 2P3AA 2ZJIA 5P8KA 1LF3A 5C9DA 1G0VA 5P28A 2QD6A 5P23A 2QMDA 5DR4A 2V11C 1FG6C 5P3BA 1EC0A 5P74A 2QHZA 2R8NA 2AVMA 3SACA 3S54A 3RU1A 1ZPKA 3DCRA 5OYQA 5P14A 5P2QA 5P43A 1YM2A 2XFJA 2ZHTA 5OZAA 2HS2A 3BUGA 5P0RA 3UFLA 4Y3FA 2BJUA 1F7AA 5P8PA 2AVOA 3OGQA 5OZ0A 2ZJNA 5P6IA 1HPVA 4Y5MA 2IQGA 4DVFA 4RZ1A 4EP2A 5P7XA 1MEUA 2Z54A 5AGZA 5P75A 5P8LA 5P4LA 5E5KA 4ZPEA 1ZLFA 5P67A 2PWCA 1HVCA 1TZSA 4HVPA 2AOIA 5P1HA 4DQGA 2WF3A 4EJLA 3BGBA 1ZJ7A 5P0KA 5P7KA 4I10A 1TW7A 1FEJC 5P6WA 1RQ9A 3OU1B 4YOAA 1LF2A 4FM7A 3QROA 3BVAA 5OYVA 5P57A 5P3DA 5HTZA 5P11A 5P2OA 4Q1XA 1MT8A 4EXGA 5P5OA 5OZ9A 3D1YA 3TH9A 3QVIA 3OK9A 2F80A 2I4QA 2VIYA 1EBWA 1TCXA 2R3TA 5P3ZA 4I0FA 1FFIC 1HPSA 3L5FA 4HDPA 5P8MA 4GJ6A 4Y3SA 3OHHA 3O9IA 5P3VA 1CZIE 5J25A 3B7VA 4JECA 3OXVA 5P5NA 3S56A 4TRWA 3I7EA 3JVYA 5P62A 4DPFA 3DCKA 5P0AA 3K4VC 4L1AA 4Y5PA 2VS2A 3NU5A 5P35A 3HAUA 4CPXA 3BUHA 2CEJA 5P60A 1HIHA 2O4SA 3O9LA 5IVSA 3EC0A 3OY4A 3PI0A 3TKWA 4Y4EA 5P8IA 1UH8A 5I3VA 3WSJA 3IXKA 7UPJA 3VSXA 2WJOA 4MC9A 1SH9A 4Y3ZA 3VCMA 1XL5A 3QN8A 5OYRA 5DQ2A 3FKTA 1QBSA 2OF0A 2G20A 3RSVA 4TRZA 3R4BA 1WKRA 5OZ4A 4HE9A 4YD5A 2ZJKA 3KYRA 3OUBA 3S53A 1PPLE 4J1FA 3LZYA 4K9HA 5P3CA 5P5GA 5OYWA 1LZQA 5P6KA 5DGUA 5P6CA 3SA3A 1FG8C 4Y5LA 1E80E 4GZFA 5P07A 1ODXA 5OZPA 4EJDA 2OHLA 2WF1A 3AUPA 2Q64A 1BVEA 2IKUA 5P3KA 5P5KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P64 A;  4Y38 A;  2B8V A;  2WHH A;  1ZTZ A;  1LV1 A;  1E81 E;  4YBI A;  4KUP A;  2VJ9 A;  3JW2 A;  1KZK A;  1EAG A;  1XDH A;  5P5R A;  1GNM A;  3S7M A;  5P3S A;  3VYF A;  3UDN A;  3Q6Y A;  5I3X A;  4B77 A;  4TVG A;  1FMU A;  3OUD A;  1YT9 A;  2ZYE A;  1XE5 A;  4DJU A;  5P2N A;  1IDA A;  4M8X A;  2XYE A;  2QI6 A;  5P8S A;  3SAA A;  1K6T A;  2JJJ A;  4Y50 A;  4NPU A;  5OYT A;  4KE1 A;  2V16 C;  3SA7 A;  4AMT A;  3LIT A;  2VJ6 A;  4GJ5 A;  4Y9W A;  5P5D A;  5P77 A;  4U7Q A;  5P1E A;  5P6E A;  4H3G A;  3IAW A;  1VIJ A;  3BXR A;  4YE3 A;  5P6Y A;  3D91 A;  5AH7 A;  3NXE A;  4I0H A;  2R38 A;  2EWY A;  4YD7 A;  1RPI A;  4DQF A;  1J71 A;  4XX4 A;  4GJA A;  4A4Q A;  5OZQ A;  1BIL A;  5P34 A;  5P7C A;  5P8G A;  3WZ6 A;  2P3D A;  3KF0 A;  4ZSQ A;  2O4L A;  2H6S A;  1MRW A;  5AH8 A;  3U6A A;  5P6Q A;  3VV6 A;  4B1D A;  5P70 A;  3TL9 A;  5P5T A;  3UDH A;  2F81 A;  1MSN A;  1F34 A;  1FMX A;  4OD9 A;  4X2L A;  4J54 A;  4XKX A;  5P1M A;  3GW5 A;  1D4H A;  5P1T A;  2ZE1 A;  2BPV A;  2QP8 A;  4YD4 A;  1HSI A;  5UPJ A;  3VV8 A;  1SIP A;  3IXO A;  4Y5K A;  5P7H A;  4I8W A;  5P1Q A;  3NLS A;  1OEX A;  4PHV A;  2O4N A;  4Q1Y A;  5DQ4 A;  1E5O E;  1Z1H A;  1MT9 A;  4J0T A;  1BXQ A;  1HVR A;  1D4K A;  4DJP A;  1IVQ A;  4ZPF A;  2HB2 A;  5P3X A;  4FSL A;  5P2J A;  3ZKM A;  3MXD A;  3PRS A;  1C6X A;  1EBK C;  2OHR A;  3LIN A;  4QLH A;  2QMG A;  1B6P A;  3DK1 A;  5OZV A;  3K5D A;  3R1G B;  3UHL A;  5P4A A;  5P86 A;  5OZK A;  1TSU A;  3FNT A;  5P41 A;  5OZU A;  3O9C A;  1HSG A;  5P2T A;  2QCI A;  2G27 A;  5P7R A;  3SFC A;  4ZSR A;  1AJV A;  4DFG A;  1OHR A;  2QHY A;  3VEU A;  5P4U A;  1PFZ A;  5P7A A;  5P18 A;  4I0Z A;  5COO A;  5HCO A;  2FDE A;  4EWO A;  2OHT A;  5P56 A;  4U7V A;  4EPJ A;  1IZI A;  2ANL A;  1DIF A;  4LAP A;  2WL0 A;  5P22 A;  5P1W A;  1BVG A;  4WTU A;  3SA9 A;  5P08 A;  3PI5 A;  3K5F A;  4ER1 E;  1B6L A;  3T7X A;  2AOJ A;  4Y3X A;  3K1W A;  5P51 A;  1N49 A;  5IVT A;  1SP5 A;  4FL8 A;  4FAF A;  2QI5 A;  3LIY A;  1MER A;  1BDL A;  1A8G A;  3O9B A;  5DR7 A;  4CPR A;  3MSJ A;  4XXS A;  1YTH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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