5P71A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 298
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p71A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p71A01
1DAZC 2VNNA 5P8BA 2OHRA 2FDEA 1MESA 5OZRA 1G0VA 5P5VA 1MUIA 4LBTA 1PSAA 1SMEA 1EC3A 3BXSA 3OUCA 4J1EA 4TRWA 4RVXA 2FGVA 4PZXA 4GJ6A 5IVSA 5P02A 5P3JA 5P80A 5P12A 4FS4A 5DPZA 1FG6C 1MT7A 5KQXA 2F3KA 4COEA 1RPIA 1BWAA 4OBZB 1RV7A 5P1SA 1OHRA 3TPJA 4OBFA 1HVHA 1PSNA 5DQ1A 4DVFA 3UFLA 2P8HA 4I0DA 4YE3A 4I0GA 3INHA 1RL8A 4ER2E 3NU6A 5P29A 5P2TA 3PCZA 1HXBA 5P6BA 2I4UA 4Z50A 5P5IA 5IE1A 5P2JA 5P7MA 5OYWA 5APRE 4Y3WA 1EC0A 3PCWA 1EPOE 3EKXA 2V13A 3IXOA 2PSUA 4YBFA 3EKVA 3UDQA 4Y47A 5P70A 3DUYA 1LYWA 3L38A 3VV7A 2AOHA 4Y4ZA 2NPHA 3EL1A 5OZGA 4Y57A 5P42A 5P5SA 5P31A 5P4PA 2JE4A 5P4EA 5F01A 4Y51A 2I4WA 1PPKE 1YX9A 1ZPAA 2AZBA 2A4FA 4XX3A 5P4IA 1BDQA 1ZAPA 3ZKXA 4CPTA 3UTLA 5HE5A 3CYWA 3L5DA 4NJTA 1HVRA 5P57A 5P6MA 5P0NA 5P2FA 2IEOA 4ZSPA 5OZ0A 3ZPSA 2JJJA 1TCWA 3PSYA 2J9JA 3N3IA 1K6TA 5ER1E 5P5WA 3OUDA 5P6PA 5P66A 2O4PA 5P48A 3SA7A 5P84A 3EBZA 5P26A 2AVSA 1SIPA 5ENMA 1FQ4A 4H3FA 2ZDZA 4Y5PA 2PMAA 2BJUA 5P46A 3GGVA 5P18A 3VV8A 3LPIA 1W5XA 2RKFA 2AOJA 4JECA 3BVBA 5OZ2A 4Y53A 4Y35A 4Y5NA 3UDMA 5P20A 2PH6A 5P06A 1K2CA 5P6HA 1IVPA 1ER8E 2MIPA 1XDHA 1E5OE 1EBKC 5P63A 3TPRA 2R38A 5DR3A 2WL0A 3CYXA 5HVPA 3NU9A 1HVLA 3L58A 5P6YA 1BBSA 3OQ7A 3MXEA 1B6KA 3Q5HA 2Q3KA 3B80A 5P3WA 5P3VA 3DCRA 2AOIA 3EM4A 4Z2ZA 3CIBA 3UF3A 4GYEA 5P22A 1D4KA 2R43A 5AHCA 5P7RA 4YD7A 2P3BB 2AZ9A 3EMYA 4J0PA 4Y3SA 2NR6A 4B70A 2QU2A 4GJ8A 1MVPA 2FXEA 1SGZA 4HDPA 4RCFA 4YCKA 4RCEA 5P56A 1GNMA 1BWBA 1BAIA 4CPQA 4Y41A 2H6TA 5P0GA 3QRSA 4I12A 4K9HA 1FGCC 1HIIA 1F7AA 3QIHA 5P3UA 4YOAA 4QJ2A 3SPKA 4Y3XA 4EYRA 1A9MA 1AZ5A 4HDBA 4Y3QA 5P1WA 5P3FA 2AOEA 4K4PA 4AZYA 3Q3TA 5P79A 1RQ9A 2G1YA 4Y6MA 2IL2A 5P0UA 3KFRA 4JOOA 6UPJA 3QBHA 2HB4A 4GJCA 1FB7A 1UPJA 3HBOA 5P8VA 4EXHA 1T3RA 1OEXA 3GGAA 3RVIA 4J0YA 3H0BA 1A94A 4EQJA 1C6ZA 4I11A 4TRZA 2RSPA 1FLHA 4OC6A 5P6AA 4R8YA 2WEDA 4B78A 4FM7A 5OZVA 5COKA 1SMRA 1KJHA 2F3FA 2PQZA 3O9LB 5DQ5A 5P5UA 5E5JA 5P03A 5P2NA 4DFGA 2FGUA 2FDPA 5OZNA 4HA5A 4Y5MA 4LP9A 4AUCA 5P5GA 1DPJA 5P2EA 1PSOE 4EPJA 2XFJA 2I0AA 2BPWA 4ACXA 4DJYA 1K6PA 4YCTA 3SA5A 1HTFA 5P1UA 1FIVA 1FQ8A 5P71A 3O9BA 5P2VA 4LHHA 3ZPTA 4F75A 3QRMA 4FGXA 4CKUA 2AVMA 3LZYA 3LPKA 4Y3NA 5TOLA 1QS8A 5P1HA 2VIZA 2IGYA 3INFA 1PPME 5P2XA 3HAUA 3VLBA 5P0MA 4J55A 1KJ7A 2VA6A 2WKZA 1HTRB 4HDFA 4HE9A 5P0OA 5SXNA 2ZJHA 1W5VA 5P44A 2IKOA 1M0BA 2VNMA 4GB2A 5AH8A 4LXKA 4NJVA 1BV9A 5OZZA 2ZHSA 5P58A 2R5QA 5P8OA 1ZSRA 5I3XA 2G1NA 1ME6A 1SGUA 3IXJA 3EM6A 4GJDA 5P4XA 2AZ8A 5P5ZA 2XFIA 1GVVA 3CKRA 2IS0A 3LZSA 4Y36A 1HVJA 4ZSQA 1YM4A 4X2LA 4Q1NA 5P8FA 1G35A 2HC0A 3R2FA 5COOA 5IVQA 4DJQA 3K5DA 1CZIE 1SDUA 3NU5A 3EC0A 5P3QA 5KQZA 3GGXA 1KJFA 4Y45A 3M9FA 1Z1HA 5AHBA 3S2OA 3TPLA 5P2YA 3SA4A 1OD1A 3OGQA 3LITA 4Y3RA 2PSVA 1HIHA 5SY3A 4RVIA 2NMZA 3IAWA 3UDHA 2XYFA 2F8GA 4Y4BA 5P6UA 5P2WA 2JXRA 5P0PA 5P5QA 5P5LA 1FF0C 3WB4A 5P6IA 4L7JA 3NLSA 5P43A 1MSMA 2ER9E 5P0XA 5P1IA 5OZKA 5OYYA 4BELA 2B60A 3RSXA 3EL9A 3MWSA 5P8RA 2AODA 4Y3TA 3SACA 3I25A 4A4QA 2G94A 1K6CA 3S43B 2BKTA 5P19A 5P8KA 1ZP8A 5OZEA 4I0HA 1BXQA 2EWYA 5P3CA 4PEPA 1B6MA 1MPPA 4J1IA 4GJ9A 1M43A 2WEZA 2QP8A 4Y44A 5P2KA 3NR6A 2XFKA 2QMFA 4LXAA 1B6LA 5AH7A 4ZEAA 2VKMA 5P4JA 5P32A 1EC2A 2B7ZA 3NXEA 5P30A 1D4IA 2AIDA 2B7FA 2PK6A 1W51A 5HE7A 2ZHRA 4TVHA 5OZIA 2HS2A 4CPXA 4FRKA 2QMPA 1BDRA 3RSVA 3PWMA 5P8EA 1APVE 5HCOA 3VSWA 4Y5GA 5P0FA 3BGCA 5P2MA 1HPSA 3HZCA 3UDPA 1T7KA 2CENA 2FXDA 4QJ6A 5P77A 4Y3AA 3UQXA 1AJXA 4R5NA 5DR1A 3PB5A 4DJWA 5OZSA 1YTHA 3S7LA 5P1QA 4Y4AA 3NYGA 5HU1A 2QNQA 3IXKA 2FNTA 2OHNA 5P2AA 2FLEA 5OZHA 4Y5BA 5P4OA 3EL4A 5P05A 5P1JA 2Q15A 1W5YA 4CPRA 4IVSA 5P6XA 1HHPA 2O4NA 3DV1A 3LZVA 2P3DA 5P7VA 3OUAA 2XYEA 5P49A 5P5AA 5P53A 4WY6A 2IGXA 3KFPA 5P4HA 5P39A 3OU1A 5P5OA 1MRWA 5P0WA 3VCMA 1ZSFA 1EC1A 3QRVA 1LV1A 3Q6YA 4ZPGA 5P2OA 1EPLE 3OADB 1B5FA 5P35A 1NPWA 4H1EA 1NH0A 4D89A 2AOGA 3MSJA 5OZQA 3KFSA 5C9FA 1NSOA 3GI5A 4OBDA 4Y38A 3LIZA 5DR4A 5P5TA 4M8YA 4Y9WA 3BVAA 5T4SA 3WB5A 5P7QA 4LXMA 3QP0A 5P10A 1T7JA 5P3EA 3ZKGA 3RTMA 2IKUA 5P7UA 3BUFA 5P0QA 1LF3A 5OZJA 9HVPA 3D3TA 3PSGA 1KJ4A 2SAMA 4FIVA 1EPNE 1UH9A 5BRYA 1K1UA 3EKQA 2ZYEA 2O4LA 2RENA 5P8TA 3R0WA 1HPVA 5P5CA 1ODXA 1W6HA 2O4KA 4EJLA 1QBTA 2V0ZC 3JVWA 5AH6A 3SKFA 2NNKA 2FMBA 4FAFA 1F34A 4Y4UA 3S56A 3UDKA 3WZ8A 1MT8A 3OAGA 5IVTA 5KR1A 5OYUA 5P3XA 5P37A 4B1EA 5P5HA 1D4LA 4OBGA 3TH9A 3PEPA 1BV7A 3HDKA 5P5PA 4B00A 1SDTA 2QI0A 3IGBA 2G24A 3O9AA 1TQFA 1D4JA 3OU3A 5P15A 1CPIA 4YA8A 3PMYA 5P82A 1E81E 8HVPA 1TSUA 1YM2A 3SM2A 3ZL7A 4DJXA 5P8SA 5P7JA 2OHTA 5P5MA 3UQPA 5P7YA 5OZFA 4RZ1A 3G72A 4Q1YA 5P08A 5P7KA 3UDYA 4CP7A 2Q11A 5P86A 3IN4A 4U7VA 5P2GA 5P3NA 2PK5A 3LPJA 5OZYA 2V00A 3KF0A 1AIDA 5P85A 4Y48A 3VYDA 5P4RA 3LINA 4HLAA 2R9BA 1GVUA 2OHSA 2G20A 3OU4A 5P4GA 5P11A 5P4YA 4ZSRA 5P40A 3UPJA 3APRE 3OQKA 2BKSA 4I0FA 3D91A 3KDBA 5P87A 3BRAA 1OEWA 5P1TA 1E80E 3S45A 2QI6A 4CPSA 3IVIA 1T6GA 3HLOA 2P3BA 3S53A 2BPVA 1GKTA 3D1ZA 4YOBA 4DQGA 2ZJNA 5P0BA 2FDDA 4CPUA 1GNNA 2HB2A 3FNSA 1MERA 2WEBA 2HB3A 4J1HA 2RKGA 5P0EA 4FM6A 3OWNA 1HSHA 3QVCA 3GGUA 2JYSA 3L5FA 4I0JA 3TL9A 5P3LA 3OTSA 5OYXA 5OZUA 3ZLQA 1LYWB 4LL3A 5P1LA 4J0ZA 5P51A 3HD8A 1WBKA 1HVIA 5OYRA 1UH8A 4DV9A 3TKWA 1HIVA 4H3IA 5OZAA 4JPCA 3FX5A 5OZTA 5P8LA 5I3WA 2G1RA 3K4VA 2QI4A 5P6GA 4OBHA 5P45A 4I8ZA 1XN2A 2P3AA 1LYAB 3UDNA 3PBDA 2FIVA 4GJAA 4PHVA 1HVKA 2P3CA 1HRNA 1FQXA 4DJPA 3NU4A 5DQ4A 1YTGA 3LIQA 5JG1A 2CEMA 3I6OA 1LF4A 4I10A 4YD5A 2ER7E 5P4WA 1TCXA 2J9JB 2ER6E 5P8MA 3SA3A 5OZMA 3EKTA 1HVCA 1ZJ7A 2O4SA 5P0DA 5P4DA 2QZLA 5P7EA 2OHMA 2ZJIA 3OUDB 4EXGA 4ACUA 4Y4TA 1HVSA 2G1OA 4Y5CA 3R4BA 4HEGA 4F74A 4Y3GA 5OZ6A 5KR2A 2UXZA 1IZHA 4ZPEA 1C6XA 2AVVA 5P6JA 2ER0E 4JPEA 4Y3MA 4RLDA 1RNEA 3B7VA 4QLHA 4OBJA 5P1AA 2PC0A 4K4RA 2WF0A 1DIFA 3D1XA 4KE1A 5P6TA 3WZ6A 1G2KA 5P6NA 5P60A 2R5PA 5P04A 2PYMA 1IZEA 2ZHUA 3FNTA 5P2SA 4K8SA 2I1AA 5PEPA 2ANLA 5P3AA 3OXXA 5ER2E 4PPHA 1QRPE 2WF3A 5J25A 5P75A 5P7WA 2NXMA 5P7AA 4FE6A 5P2ZA 5SZ9A 5OZ9A 3NDXA 3JW2A 4AA8A 4Y4JA 5DR7A 5P3OA 1C70A 5P5XA 1DP5A 5P78A 1IIQA 3U6AA 4Y3PA 4GJ7A 4ER1E 5P5FA 4Y3YA 3SA8A 1N49A 5DQCA 4GJBA 3KDDA 2AOCA 3QVIA 1BXOA 4RRSA 4EJDA 3ECGA 3G6ZA 5SY2A 3A2OA 5P8JA 4Q5MA 4H3JA 3QAAA 4YDGA 5P52A 4OD9A 1PPLE 4ZSMA 6APRE 5P4LA 3INDA 5COPA 5KOSA 3DJKA 2VIEA 5P38A 1D4YA 4J1FA 1TW7A 3NDUA 3K4VC 4FLGA 3FV3A 4D83A 3G70A 1MEUA 5P5EA 2Q63A 5OYSA 1NPAA 5P8UA 5HDUA 4WY1A 4LC7A 4APEA 3PMUA 1Q9PA 5P27A 5P5RA 3LIYA 5P3HA 3SABA 3PWRA 2QHYA 4Y37A 5OZLA 1LYBA 2BPXA 5P5YA 4E43A 1LZQA 3QN8A 4OC6B 3DM6A 4ZIPA 5P8NA 3RTHA 4NPTA 5P13A 2WF4A 1EBWA 3NWQA 5P4TA 1NPVA 5P6VA 3OUBA 2IDWA 4FCOA 3VLAA 5DGUA 5OYTA 3KFNA 3QBFA 3GW5A 5HCTA 3ZMGA 5P5BA 5OYZA 4L1AB 4Y4WA 5P6FA 5P54A 3KA2A 2IENA 2Q55A 5P0JA 3OY4A 5P2DA 4EP3A 5P1GA 3PGIA 3PJ6A 3K1WA 3K5GA 3EKYA 2VJ6A 4KE0A 5P7TA 5P2CA 1QBSA 1HWRA 5P0AA 5P1ZA 4M8XA 5OZPA 5JFPA 2VJ7A 5P5JA 1PROA 3S7MA 1A30A 1HTEA 4B1DA 4U7QA 3UQUA 5P4AA 2QZXA 3OOZA 2FNSA 3EM3A 3VYFA 2ZJKA 5FIVA 1MTRA 3CICA 5P00A 3SA9A 4FSLA 2P4JA 1EEDP 3K5FA 4APRE 4Y56A 5P36A 1HEGE 2F81A 2G1SA 3NDTA 1YTIA 1IVQA 4Z22A 2H6SA 2B42A 5OZ4A 5P4KA 5P6OA 4XXSA 4AA9A 2AQUA 4YD4A 5P0TA 2QI7A 2OAHA 5P4MA 2QMGA 6FIVA 2HPFA 2QD6A 2VJ9A 5P8CA 3S85A 5P6WA 2V11C 5P62A 4TRYA 3TNEA 1SP5A 5OZ1A 4FSEA 2AOFA 3S54A 3CMSA 3HVPA 3OHHA 3AIDA 1WKRA 5P4VA 5P81A 2ZGAA 5HU0A 4HVPA 3NDWA 5P2UA 5P6DA 2ZHTA 4L6BA 5P3SA 5P2IA 4GJ5A 5HD0A 3CKTA 4Y5LA 1DMPA 4F73A 4Y3DA 3ST5A 1ENTE 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DAZ C;  2VNN A;  5P8B A;  2OHR A;  2FDE A;  1MES A;  5OZR A;  1G0V A;  5P5V A;  1MUI A;  4LBT A;  1PSA A;  1SME A;  1EC3 A;  3BXS A;  3OUC A;  4J1E A;  4TRW A;  4RVX A;  2FGV A;  4PZX A;  4GJ6 A;  5IVS A;  5P02 A;  5P3J A;  5P80 A;  5P12 A;  4FS4 A;  5DPZ A;  1FG6 C;  1MT7 A;  5KQX A;  2F3K A;  4COE A;  1RPI A;  1BWA A;  4OBZ B;  1RV7 A;  5P1S A;  1OHR A;  3TPJ A;  4OBF A;  1HVH A;  1PSN A;  5DQ1 A;  4DVF A;  3UFL A;  2P8H A;  4I0D A;  4YE3 A;  4I0G A;  3INH A;  1RL8 A;  4ER2 E;  3NU6 A;  5P29 A;  5P2T A;  3PCZ A;  1HXB A;  5P6B A;  2I4U A;  4Z50 A;  5P5I A;  5IE1 A;  5P2J A;  5P7M A;  5OYW A;  5APR E;  4Y3W A;  1EC0 A;  3PCW A;  1EPO E;  3EKX A;  2V13 A;  3IXO A;  2PSU A;  4YBF A;  3EKV A;  3UDQ A;  4Y47 A;  5P70 A;  3DUY A;  1LYW A;  3L38 A;  3VV7 A;  2AOH A;  4Y4Z A;  2NPH A;  3EL1 A;  5OZG A;  4Y57 A;  5P42 A;  5P5S A;  5P31 A;  5P4P A;  2JE4 A;  5P4E A;  5F01 A;  4Y51 A;  2I4W A;  1PPK E;  1YX9 A;  1ZPA A;  2AZB A;  2A4F A;  4XX3 A;  5P4I A;  1BDQ A;  1ZAP A;  3ZKX A;  4CPT A;  3UTL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SKG A;  5P8G A;  4EJ8 A;  3DK1 A;  5P4U A;  2OHP A;  1ZLF A;  1XS7 D;  3O9D A;  5P6R A;  5P23 A;  3O9E A;  3APP A;  1ZTZ A;  3NSH A;  3WSJ A;  1HSI A;  3GI0 A;  4OD9 B;  4BEK A;  5C9D A;  3ZKS A;  2I4Q A;  5P2Q A;  1KJG A;  1EPM E;  2HPE A;  4Z4X A;  1GNO A;  4J0T A;  5P4N A;  3TPP A;  5P74 A;  2OHQ A;  3ZOV A;  1D4H A;  3ZPU A;  4YCY A;  3D20 A;  1HPO A;  3U7S A;  5F00 A;  3KDC A;  5OZW A;  1W50 A;  3T7P A;  5P1M A;  5P8D A;  1JLD A;  5EZZ A;  3C9X A;  1FMB A;  5P4C A;  5P3Z A;  4L7G A;  2R3W A;  2BB9 A;  1IBQ A;  2NXD A;  2VIY A;  4EQ0 A;  3IN3 A;  3T6I A;  1LYB B;  5P1D A;  2QK5 A;  5P0S A;  3VF3 A;  5ENK A;  4FM8 A;  5P3K A;  4KB9 A;  3URL A;  5P89 A;  4J1C A;  5DR8 A;  3OAD A;  3OXC A;  4MC9 A;  3R1G B;  4Y4D A;  1MSN A;  1ZBG A;  2HS1 A;  1BIM A;  1SDV A;  4D88 A;  5KOQ A;  3PVK A;  3KYR A;  5P1F A;  4Y58 A;  1EAG A;  5OZ7 A;  1B6J A;  5P7P A;  3VEU A;  1UH7 A;  1XE5 A;  1ODY A;  1YT9 A;  4Y4G A;  5P88 A;  2QI3 A;  3BUH A;  5P34 A;  5P8A A;  1A8G A;  1FQ6 A;  2G22 A;  4GMI A;  2ZJM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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