5P7MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 319
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7mA01
4GJ6A 2QHCA 3N4LA 5P6XA 5OZMA 4B05A 4CPWA 4APRE 3HDKA 3PI0A 5OZ7A 5J25A 1LEEA 2PK5A 4ZLSA 2G94A 5P5TA 2QI3A 2QI6A 3DV1A 4Y45A 5P25A 2B8VA 5OZ4A 4Y3AA 3TNEA 1G6LA 3G72A 3OUCA 3UQRA 1G35A 2XYEA 3MXEA 1T7IA 1AM5A 4FSEA 4Z4XA 4Z50A 1W5XA 4CPXA 3LNKA 2F3FA 4OC6B 1LF3A 3T6IA 4L7GA 4OBZA 5P1AA 2IKUA 2G21A 3UDNA 3SM1A 5P1UA 4B1DA 2NNKA 4J17A 4HA5A 3SACA 2HM1A 2I0DA 5P57A 3PEPA 1T3RA 5P0RA 4DJXA 5P48A 5P8UA 3O9HA 5P33A 5P1JA 5P3NA 5ENKA 5P46A 4YBFA 1SMRA 5OZUA 2Z4OA 1EBYA 4HDPA 4J0YA 1SGUA 2ZJIA 5P11A 4U7QA 3KFPA 1MSNA 5SY2A 2QMDA 2B7ZA 3D1XA 4OBKA 3SLZA 1K6CA 3INHA 5P2HA 3VUCA 4Q1XA 5KAOA 5P29A 5P8DA 3NU9A 1AXAA 4F76A 1HRNA 1PFZA 5P0PA 1YTIA 4GB2A 1GKTA 4CPQA 5IE1A 3OQFA 7UPJA 3EM4A 3IGBA 4Y3EA 2Q54A 5P7WA 3GW5A 2NR6A 4Y5MA 5P1SA 3VEUA 3QN8A 3S7MA 1BIMA 3U71A 4ER2E 4DJRA 1MTRA 1LS5A 2PWCA 3LITA 5P1BA 4FGXA 4FAEA 5P80A 3H5BA 4FS4A 5P2JA 4Y6MA 3UHLA 5P83A 1GNNA 3VYEA 3PI5A 1B11A 3MWSA 5P7RA 5P6LA 3QIHA 4Y44A 1KJ4A 5P4AA 4J5JA 4RYGA 2ZHUA 5COPA 1EEDP 5P0AA 2QMPA 1MSMA 5P5YA 4Y3MA 4BFBA 4EJLA 2P3AA 5P7OA 5P70A 5IVSA 1LYWA 5P4NA 1RPIA 1K6PA 3TPLA 4J55A 5P3MA 1ZSFA 5HDVA 5P4RA 1HTGA 3ECGA 3SA6A 5P8FA 4YCYA 3APRE 1HBVA 3NDXA 3IXOA 5P5AA 2ANLA 3VV7A 2AOJA 3O9CA 4OBZB 3RVIA 2ER6E 5P0JA 3KT5A 4WY6A 2AOEA 4FM7A 5HTZA 3UFNA 1GVVA 4QJ7A 3GI5A 1FMUA 1E80E 3UQUA 1CMSA 1XE5A 2I4XA 5DGUA 5AH7A 5P2FA 3INEA 5P53A 2JXRA 4PHVA 5P5BA 5P6TA 5P12A 2R5QA 5P6KA 5P3UA 3U6AA 3RTMA 5P5GA 4OBDA 3FIVA 3FV3A 4RVIA 1WKRA 5I3VA 4WTUA 4J0TA 4Y57A 2AOIA 5P8MA 3NUOA 2CENA 1HSIA 1EC3A 5P7EA 2BPYA 4B77A 2QHZA 2QMFA 2VIYA 5HCOA 1GVXA 1AAQA 5P0QA 4MC2A 4Y4XA 5P22A 1JLDA 2QD6A 4LHHA 1NPWA 5JFUA 5OZKA 1B6MA 4GJ7A 3DV5A 5HE7A 4TVHA 2NTRA 4GYEA 3R0YA 4R5NA 5P5WA 5P63A 4TVGA 1FGCC 4LL3A 5P08A 9HVPA 1SDTA 5P79A 5P0ZA 4Y3FA 4K9HA 4FL8A 3VCMA 2V12C 5P55A 3R0WA 5P32A 6APRE 2FNTA 3TKGA 3D1ZA 5DQ4A 4Y4EA 1HHPA 4GJ9A 5P07A 1BV7A 2PSUA 5AH6A 2G27A 4YCKA 5ENMA 5OZ5A 1A94A 1RV7A 2QI0A 2WECA 5OYYA 5P6UA 3NLSA 3QRVA 2G1OA 4KUPA 3EC0A 5KR2A 3SPKA 5DR3A 1LYWB 4ZPGA 5P2DA 2QCIA 5KQFA 5P3BA 3GI0A 1UPJA 2G22A 2QI7A 3CKRA 1UH8A 1ODYA 3EKYA 4I0ZA 5P28A 3ZKQA 4YD5A 3ZPUA 5P67A 5P75A 5P76A 4CPRA 3VV8A 1MT7A 4Y4GA 3SFCA 2B7FA 4DPIA 5AH9A 4FM6A 5OYVA 5P4XA 4M8XA 5P0WA 2I1AA 5P2YA 4B78A 5P7YA 1SBGA 3EKPA 5P4FA 2I4DA 4FAFA 2WEBA 1Z1HA 1ZBGA 5DR7A 3WB5A 1SDUA 1LYBA 4DJVA 5DGWA 1BVEA 3WSJA 5P5XA 5KOSA 4Y5NA 2O40A 3S8IA 3NDUA 5P2WA 5P5FA 3OAGA 4Y5GA 5DR4A 3T7PA 1HPSA 5P38A 3ER5E 2V10C 1OHRA 3PHVA 4DJOA 5P1HA 2WEDA 5JG1A 2HS2A 1MT8A 5P3CA 2ZJKA 3VSXA 1MEUA 5P7KA 5P4PA 1K1TA 5P74A 4I12A 3LIVA 5P4QA 5P7BA 5P3WA 4B1EA 3PBDA 5P5SA 6UPJA 3OXXA 2BKSA 2OHRA 5P1OA 5HDUA 4LAPA 5P7ZA 5OZ9A 1ZPKA 3PSYA 5P5PA 1C6YA 3VF7A 4Y5EA 1M4HA 5P8HA 2P3DA 2ZJJA 3PMUA 5P6RA 1IZEA 4DQCA 1FMBA 2WHHA 3CYXA 1Z1RA 4J1CA 2ZHSA 3S2OA 4Y4ZA 1HSHA 4YD3A 3OGPA 5P81A 4QJ2A 4YD6A 2ER0E 4D85A 2A1EA 5OZNA 5OZPA 3QS1A 4Y48A 4B00A 4H3IA 3FSMA 5P45A 5P6WA 3OXWA 5P03A 5OZSA 3LIZA 5APRE 3SKGA 4RCDA 4HDBA 1UH7A 3SA5A 4Y3PA 5T4SA 3IVIA 1QBTA 2V11C 1IDBA 2FLEA 5P4OA 1HVIA 4FE6A 3S43A 1WBMA 5OZYA 3QP0A 2AOFA 3UCBA 1A9MA 3IXJA 1VIJA 3MSJA 5P06A 4I0IA 2QD8A 1EC0A 5P3SA 5HU0A 3T7XA 4HDFA 4JP9A 4Y54A 5P4CA 3LIYA 5P6QA 3RSVA 1LYBB 4R8YA 5E5JA 5P47A 1BAIA 3Q70A 5P1VA 3ZKGA 1HTEA 4Y5BA 5KQZA 5P54A 3G70A 3OAGB 3OY4A 3O9EA 2SAMA 1HTFA 4QJ8A 3VF3A 5P1RA 1D4JA 2QZWA 3TLHA 1LF2A 4YOBA 4RROA 3OTYA 1TZSA 5SZ9A 1G0VA 1N49A 3L5BA 4TRYA 5OZ3A 4CPSA 2ZJHA 5P2CA 3IN4A 1EPOE 4Y4BA 5P8TA 4XX4A 4EJKA 3EKTA 1A30A 5P8EA 5P4EA 1FB7A 1PSAA 5OZXA 1DPJA 3CKTA 1E5OE 1PPME 1W6HA 3EBZA 1T6EX 1TSQA 3URLA 5P3KA 3O9FA 3M9FA 1HEFE 2O4PA 5P3XA 1FLHA 3B80A 4PZWA 1FF0C 4I0HA 5P4WA 3ZKNA 3BRAA 1YTGA 5P0MA 4XKXA 5P2IA 2QD7A 2P8HA 3TPPA 4B0QA 4DJPA 1W5YA 3S85A 1ZP8A 2FDPA 3TOFA 1AZ5A 5P4BA 4HEGA 2BPXA 3EL4A 1EPME 4U7VA 5ER1E 3RSXA 5P27A 3PLDA 5P8IA 5P5MA 5BS4A 5P3ZA 2G1NA 5COKA 3O9DA 3JVYA 4EQJA 3GI4A 1HVHA 3PWRA 3HBOA 1HVCA 4Y3DA 2ZYEA 4YD7A 2QHYA 3OQKA 1C6XA 3G6ZA 4RLDA 6FIVA 5P5VA 5P42A 1K1UA 1J71A 5OZRA 1K6TA 4OBFA 2VIEA 4Y4TA 3O9BA 4LXAA 3S43B 5P2MA 1F34A 5P7XA 3I7EA 2G20A 1NPVA 4J54A 3QRMA 3LHGA 5EZZA 5P6CA 3HAUA 5AHBA 1RQ9A 4Q1NA 1EPNE 5P3EA 3Q4BA 1LV1A 2AVMA 2AVVA 3INFA 4Y47A 2WL0A 1E81E 5P2RA 3KA2A 2IGXA 3K5GA 2P3CA 5CONA 2XFJA 4ZSMA 1Q9PA 3APPA 2Q15A 5P51A 4Y4AA 5P4IA 3LZVA 1OD1A 4Y56A 4Y58A 2JJJA 2QP8A 4PZXA 3OWNA 4EP3A 4APEA 5E5KA 5P40A 4D88A 5HCTA 2QZKA 5P1WA 1B6KA 3KMYA 1EAGA 1EBZA 4R91A 3LIXA 5OZLA 3QRSA 4WY1A 5P3QA 1TCWA 4RYCA 5P6ZA 5OYWA 5OYQA 2NMYA 2OHUA 3UF3A 5OZZA 5P65A 4A6CA 2EWYA 4DUSA 5P0CA 4EHCA 2F8GA 3OHHA 3UFLA 5P77A 1M0BA 3L3AA 5P8BA 5P35A 5P1NA 4Y5CA 3QBFA 2PYNA 5P2SA 5OYZA 4YCTA 5P37A 5OYRA 2PC0A 4GJAA 3S7LA 2FNSA 5EZXA 1ZAPA 3NWXA 1BILA 2AZBA 3QAAA 2G1SA 4MC9A 4NJUA 4RCFA 4YDFA 2PH8A 5P1FA 3KF0A 2G1YA 2VIJA 1YTHA 4AA9A 5P1GA 3EKVA 2VNMA 1SMEA 3LZUA 3UDKA 3SO9A 1ZTZA 5P8PA 5BRYA 3VYDA 1OEWA 2QI1A 3EL9A 3UQXA 4QGIA 2IENA 3OXCA 3UDQA 2AVQA 4Y43A 2R9BA 3MSLA 2I0AA 1F7AA 3HLOA 3SA3A 4DQBA 4RZ1A 3BXRA 4FRIA 1W51A 5AGZA 3NDWA 5P5UA 4Y3YA 2NXLA 2PMAA 5P4MA 2WEZA 5IVRA 1QBSA 1TCXA 5P0KA 1HTRB 2ZGAA 4QJ6A 2OHLA 3GGVA 3SM2A 4F75A 3O99A 5P5RA 4Y3TA 3ZKMA 4I11A 5P73A 5P04A 3SABA 3DJKA 5P09A 4OBHA 3TPRA 3R2FA 4AA8A 4JECA 5P3TA 2BPWA 3EL5A 2BBBA 5OYTA 4DJUA 5DQ1A 3SA8A 3UDPA 4DJWA 2PWRA 5P7VA 3URJA 1DP5A 5P7QA 1NH0A 5OYUA 3OUBA 4Y4DA 3AIDA 4TRZA 2AVOA 3PMYA 4OBGA 1PROA 3D91A 3VFAA 5P2LA 5P5QA 1HXWA 5P0UA 5TOLA 4Q1YA 3FNSA 2AOHA 4DQFA 3D1YA 5P30A 2IQGA 3LPKA 2PSVA 4ZIPA 4LP9A 1YM4A 5P4GA 2OHSA 4Y51A 2ER9E 4Y3SA 3OHFA 1YM2A 3NYGA 3K5DA 4L1AA 1NSOA 3IN3A 4J1KA 3S56A 5P84A 1AJVA 2QNPA 4QJ9A 1HVJA 3URIA 1D4SA 3ER3E 4N00A 5P02A 4TRWA 5DQCA 2H6TA 1KJ7A 3FNUA 4K4RA 5HU1A 1IZHA 1APUE 5P7CA 4GJDA 5DR1A 5P60A 1E82E 3BC4A 2ZE1A 2VA5A 3PSUA 5P52A 3S45A 5ER2E 3CKPA 2ASIA 4YD4A 5P85A 4RVJA 4J0VA 3PBZA 3K5CA 5P6GA 1RNEA 5DPZA 3DM6A 4F73A 1ENTE 3DUYA 4EWOA 5P2XA 3VG1A 4FCOA 1FFFC 5P7TA 1APTE 1FKNA 2AVSA 5I3XA 2HB4A 3KT2A 5OZHA 4FM8A 4ZSPA 1FQ7A 4NKKA 1MIQA 4J1IA 1IBQA 2HPFA 2B8LA 3UDJA 8HVPA 1D4YA 5OZCA 1D4LA 2VS2A 4XXSA 5P58A 1QS8A 5P0NA 4EXHA 1MUIA 3KMXA 5P3YA 2HPEA 4ZSRA 2ZHTA 4PYVA 3SA4A 4CKUA 1IVPA 3EKWA 5P6MA 4HVPA 1ZPAA 5ISJA 1GVTA 1Z8CA 4GJBA 3ZOVA 4Y3HA 1OEXA 4ACXA 2VJ7A 4CPTA 3TTPA 5P0SA 1MERA 1PPKE 5P6OA 5P4VA 2APRA 3CIBA 5P2ZA 5OZOA 4COEA 5P3OA 5I3WA 4JOOA 5P2NA 1HPVA 3ZPTA 3U7SA 3PVKA 1XE6A 5P72A 2RKGA 1WBKA 5P71A 2ZJNA 2V16C 5P2VA 4A4QA 2HB2A 1IDAA 4Y3LA 1BWBA 5P44A 2QZXA 4Y35A 5DR8A 5P5JA 1K2CA 4L1AB 5P6IA 2R3WA 3VLBA 5P68A 1UH9A 5CLMA 2PQZA 3GGUA 3IA9A 2BPVA 3NXEA 3ZLQA 3MXDA 5P4UA 5HDXA 5P7PA 4J1HA 2H6SA 4Y5LA 4Y4WA 4I0EA 4DQGA 4EJDA 5P50A 2IRZA 4MC6A 5P0GA 3L59A 3OQAA 3OUDA 1XDHA 1XN3A 4Z22A 1DMPA 2Q64A 3LINA 5P0BA 4CP7A 5P7GA 3UDRA 4X2LA 1PPLE 3C9XA 2FS4A 2VA6A 1BDRA 4ZE6A 4K4QA 3KFRA 4DVFA 1HXBA 5P0DA 5P8JA 4YA8A 2QAKA 3VFBA 5AH8A 2R38A 4Y5PA 3N3IA 5P0FA 3KN0A 2FDDA 2A4FA 5P7HA 4I0DA 4GJ8A 5OZ0A 5C9DA 4LBTA 1QBUA 3FKTA 2WJOA 5P6HA 1AJXA 4Y50A 3Q5HA 3OOTA 5P5OA 4RGHA 4EXGA 3HVGA 4Q1WA 2JJIA 5P0YA 4D83A 5P3PA 3QROA 4AMTA 4F74A 1HIVA 1SH9A 5P88A 3T3CA 3OU4A 1MT9A 2IDWA 3QBHA 1BDQA 4LXKA 5KOQA 3SA9A 1FEJC 5P20A 3UPJA 2F81A 5P39A 4RRNA 2O4SA 5P6PA 5IVTA 1LYAA 5P4TA 4Y3NA 2AOCA 1EPPE 1D4KA 3L5CA 4I0FA 1FQ5A 5HE4A 3AUPA 1C70A 5P8QA 1W5VA 5HDZA 4NPUA 5P4DA 2P3BA 5P2AA 5P0IA 5P1ZA 5KR0A 3DOXA 1FIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJ6 A;  2QHC A;  3N4L A;  5P6X A;  5OZM A;  4B05 A;  4CPW A;  4APR E;  3HDK A;  3PI0 A;  5OZ7 A;  5J25 A;  1LEE A;  2PK5 A;  4ZLS A;  2G94 A;  5P5T A;  2QI3 A;  2QI6 A;  3DV1 A;  4Y45 A;  5P25 A;  2B8V A;  5OZ4 A;  4Y3A A;  3TNE A;  1G6L A;  3G72 A;  3OUC A;  3UQR A;  1G35 A;  2XYE A;  3MXE A;  1T7I A;  1AM5 A;  4FSE A;  4Z4X A;  4Z50 A;  1W5X A;  4CPX A;  3LNK A;  2F3F A;  4OC6 B;  1LF3 A;  3T6I A;  4L7G A;  4OBZ A;  5P1A A;  2IKU A;  2G21 A;  3UDN A;  3SM1 A;  5P1U A;  4B1D A;  2NNK A;  4J17 A;  4HA5 A;  3SAC A;  2HM1 A;  2I0D A;  5P57 A;  3PEP A;  1T3R A;  5P0R A;  4DJX A;  5P48 A;  5P8U A;  3O9H A;  5P33 A;  5P1J A;  5P3N A;  5ENK A;  5P46 A;  4YBF A;  1SMR A;  5OZU A;  2Z4O A;  1EBY A;  4HDP A;  4J0Y A;  1SGU A;  2ZJI A;  5P11 A;  4U7Q A;  3KFP A;  1MSN A;  5SY2 A;  2QMD A;  2B7Z A;  3D1X A;  4OBK A;  3SLZ A;  1K6C A;  3INH A;  5P2H A;  3VUC A;  4Q1X A;  5KAO A;  5P29 A;  5P8D A;  3NU9 A;  1AXA A;  4F76 A;  1HRN A;  1PFZ A;  5P0P A;  1YTI A;  4GB2 A;  1GKT A;  4CPQ A;  5IE1 A;  3OQF A;  7UPJ A;  3EM4 A;  3IGB A;  4Y3E A;  2Q54 A;  5P7W A;  3GW5 A;  2NR6 A;  4Y5M A;  5P1S A;  3VEU A;  3QN8 A;  3S7M A;  1BIM A;  3U71 A;  4ER2 E;  4DJR A;  1MTR A;  1LS5 A;  2PWC A;  3LIT A;  5P1B A;  4FGX A;  4FAE A;  5P80 A;  3H5B A;  4FS4 A;  5P2J A;  4Y6M A;  3UHL A;  5P83 A;  1GNN A;  3VYE A;  3PI5 A;  1B11 A;  3MWS A;  5P7R A;  5P6L A;  3QIH A;  4Y44 A;  1KJ4 A;  5P4A A;  4J5J A;  4RYG A;  2ZHU A;  5COP A;  1EED P;  5P0A A;  2QMP A;  1MSM A;  5P5Y A;  4Y3M A;  4BFB A;  4EJL A;  2P3A A;  5P7O A;  5P70 A;  5IVS A;  1LYW A;  5P4N A;  1RPI A;  1K6P A;  3TPL A;  4J55 A;  5P3M A;  1ZSF A;  5HDV A;  5P4R A;  1HTG A;  3ECG A;  3SA6 A;  5P8F A;  4YCY A;  3APR E;  1HBV A;  3NDX A;  3IXO A;  5P5A A;  2ANL A;  3VV7 A;  2AOJ A;  3O9C A;  4OBZ B;  3RVI A;  2ER6 E;  5P0J A;  3KT5 A;  4WY6 A;  2AOE A;  4FM7 A;  5HTZ A;  3UFN A;  1GVV A;  4QJ7 A;  3GI5 A;  1FMU A;  1E80 E;  3UQU A;  1CMS A;  1XE5 A;  2I4X A;  5DGU A;  5AH7 A;  5P2F A;  3INE A;  5P53 A;  2JXR A;  4PHV A;  5P5B A;  5P6T A;  5P12 A;  2R5Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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