5P7NA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 320
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7nA01
1G2KA 2R8NA 5OYWA 5OZEA 1K2CA 4HDPA 3MSLA 5OZHA 3EM4A 3O9GA 5P2KA 5P6TA 3OU1B 1QBRA 4YD6A 1B5FB 5P3HA 5I3XA 3ZKXA 3ZOVA 1TW7A 3LZUA 2CENA 3GW5A 3G70A 3BXRA 3HVGA 4BEKA 2V12C 5P32A 4ZSMA 4YDGA 2NXMA 4HA5A 3UQPA 3EKPA 1HOSA 1B6JA 1A30A 1QDMA 4E43A 1LZQA 5P17A 2QI4A 3MWSA 4D8CA 1ZPKA 2Q5KA 4Y3HA 1HSIA 5HE5A 2AOGA 1M0BA 3KT2A 5P0FA 5P1RA 2G1OA 4FLGA 2FXDA 4KUPA 2V0ZC 5P1VA 2G1SA 8HVPA 4MC2A 3ER3E 3PSGA 3SAAA 3DOXA 4Y3GA 4Y4ZA 1GVWA 4KE0A 5P0DA 1A8KA 3PLDA 4FRKA 2VNNA 3EMYA 4RCFA 5JFUA 3T7XA 5P81A 4U8WA 4GJ7A 5P27A 4F75A 2I4UA 3ST5A 1IVPA 4FCOA 2PWCA 3TOHA 3K5GA 5P2RA 3APPA 5SY3A 1GNNA 5DR1A 4EJKA 1HBVA 2XFIA 5P4YA 3GGXA 5P3QA 5P8VA 3DM6A 4KE1A 5P2YA 1SP5A 2WF4A 5DGUA 5P5WA 4Y3WA 4B00A 2HC0A 3LPKA 5P7BA 2AOCA 4I0HA 2Q3KA 2IRZA 2QAKA 4TRWA 1IDBA 1F34A 4Z22A 3OUDB 3UDPA 4I0DA 1LEEA 5P0EA 2H6TA 4DJYA 4B1EA 5KQYA 4U7QA 4H3JA 4HZTA 3LHGA 1HPSA 3KFSA 5AH6A 2O4PA 1FQ4A 3NYGA 3R4BA 3MSJA 3TOGA 5HCOA 3OUCA 5P37A 3GI6A 1G0VA 5P3DA 2AOEA 5P2VA 3S7LA 2V13A 5P7VA 3BGCA 5OYXA 1BAIA 5P53A 3HAUA 1MRWA 4A6CA 3LPJA 3QAAA 3MXEA 1APUE 3O9LA 3Q70A 4PHVA 5P6LA 4COEA 2AVMA 5P8DA 4DQCA 2HB2A 4Y5CA 5OZKA 2I4DA 2QHCA 5UPJA 2NNKA 3VF3A 4Y44A 4XX4A 2BJUA 3OU4A 2J9KA 4Y4XA 5P62A 4DPIA 3M9FA 1UH8A 4BFBA 1SGZA 2O4SA 1FFIC 3LNKA 5P6QA 3N3IA 5P8OA 5JG1A 3GI0A 1SIVA 4PZWA 3TTPA 3RSXA 4LP9A 4OD9B 3EKWA 2Z54A 2AQUA 4OBJA 3ZPTA 4FM8A 5P2IA 1DMPA 5P5YA 3UDQA 5P8EA 3BRAA 2G27A 5P2DA 3NLSA 4Y43A 5P6DA 3URLA 2Q11A 3SKFA 1PROA 3PRSA 2RENA 4Z2ZA 1HTFA 4YBFA 3PI5A 3FKTA 5P1FA 5P4HA 1QBTA 1MT9A 4Y39A 3ZMGA 5SZ9A 4DJOA 1TCXA 6FIVA 1ODWA 3S56A 1PPLE 3TPJA 1MSNA 3SM2A 4X2LA 2QI3A 3NWXA 3QRSA 5DR7A 1IZDA 3QVCA 1QBSA 4WY6A 2HS1A 1AJXA 3QRVA 1XDHA 1EPOE 4RYCA 4CPRA 3K5CA 1FMBA 2OHSA 3KFRA 3PWMA 5P7JA 2QMFA 4LHHA 3O9DA 3I25A 3CMSA 5OZGA 5KR1A 4AZYA 3INDA 4DJWA 1IZIA 3H0BA 5P4KA 1AZ5A 1AM5A 3OU1A 1MT7A 1B5FA 1SMRA 5APRE 5P59A 3L5BA 4CPUA 2ZYEA 3MXDA 2F80A 4TVHA 5P3OA 3NU9A 1MVPA 5P39A 2R5QA 5P4NA 3NWQA 5P4GA 4H3GA 4RLDA 3ZKGA 4GJ9A 2XFKA 4Y56A 5BWYA 3KA2A 5P89A 5OZSA 2F3FA 4I12A 5P3JA 2BPWA 5JFPA 2OHMA 5P0IA 4RVJA 1EBWA 2MIPA 1BDRA 5P3TA 2QI5A 1HTGA 4UPJA 4Y3NA 3QI1A 4EXGA 5J25A 1ZAPA 2VA5A 3ZKMA 2IEOA 1SMEA 1YTHA 3N4LA 4Y5GA 5P3CA 3GI4A 5P7DA 3UFLA 1FG8C 4Y3YA 5P8QA 3EKVA 1FLHA 3OAGB 4YOAA 4AA9A 2PH8A 4DJPA 3UFNA 1EBZA 5P4TA 4EJ8A 5OYVA 2AZBA 5KR2A 3IA9A 1BDQA 3L58A 4RCEA 2QI6A 2G94A 3SA4A 3OQFA 2Z4OA 1DPJA 2ANLA 2ZJLA 3SQFA 2G1RA 4AUCA 1ZTZA 4RRNA 1LYAA 2FXEA 5P49A 3EM6A 5P48A 4MC6A 4EJDA 3HW1A 1FMUA 1LF3A 2PSGA 3QBHA 5AH9A 5P2EA 5HE4A 1XN3A 2AIDA 2BPVA 2P3AA 1VIKA 2IKOA 2OHRA 1GVUA 2G21A 3O9IA 3OXXA 5P31A 1HXWA 5P80A 3R0YA 2JE4A 3H5BA 5P3YA 1MPPA 5P3SA 5P7SA 1LYBB 4OBFA 5P6CA 5P22A 1XE6A 2HB3A 2ER6E 1KJGA 5E5KA 5KQZA 1GKTA 5P3FA 4YCKA 1GVVA 3BHEA 5ISJA 2F3KA 2R43A 2RKFA 1IZEA 5P2QA 4Y5AA 4Y45A 3SACA 5P4BA 1B6PA 1TSUA 1WBKA 5DR4A 4RZ1A 5HD0A 1SH9A 4AA8A 3EKXA 1SIPA 3B7VA 4I1CA 2AZ8A 4Y4JA 2ZHRA 4B77A 4FM7A 4PEPA 4ZEAA 5P84A 3VF5A 5P4EA 5P6ZA 5P2HA 3L5FA 2XFJA 4R92A 4ZPEA 3S8IA 4I0ZA 2APRA 2BPZA 2I0DA 4ZSQA 2AZ9A 3CYXA 3PJ6A 3VV8A 3OHHA 3L5EA 5OZMA 5P7PA 1D4YA 1EC3A 4B05A 4Y5MA 2J9JB 3SM1A 1NPWA 5P1HA 3SLZA 3FX5A 1W5VA 4B1DA 3PB5A 5P1SA 3RU1A 3VV7A 3UHLA 1T3RA 5C9FA 2I4WA 5P4UA 3CICA 2VIJA 3O9BA 3PEPA 5P0SA 3D1YA 3VFAA 4R95A 2A4FA 5I3YA 2AVSA 4EJLA 3OHFA 5OZUA 2BPYA 1OEXA 3PWRA 4OD9A 3L38A 4ZE6A 1APTE 3QRMA 4A4QA 1BWAA 2B7FA 1HSHA 5OYUA 5P18A 5P1KA 1HPVA 5P6MA 1RQ9A 1W6IA 1OD1A 3L3AA 5P4JA 1NSOA 5P01A 2ZJJA 5OZXA 5P63A 5P5BA 2ZJMA 3FNTA 2F8GA 5P1QA 1YX9A 3OWNA 1IZHA 5P1NA 1D4IA 5F01A 2P8HA 2JJIA 3FNSA 2ZHUA 5P3RA 1OEWA 5P0BA 4L1AB 2CEMA 5P87A 1B11A 5P15A 5P5ZA 5DQCA 2ZHVA 2ZJNA 5P6JA 1HIIA 1A9MA 2I0AA 1NH0A 5P2ZA 5P8MA 5P33A 3TKWA 1LYWA 4B0QA 1K1UA 1WBMA 5ENKA 2QMGA 3PLLA 3LIZA 1IIQA 4ACUA 4DQEA 4Y36A 5IVRA 4YBIA 4ZLSA 3UDYA 3PCWA 5P8IA 5OYYA 5P2MA 2PMAA 1HVRA 3G6ZA 2QZXA 4BFDA 4K9HA 2QD8A 4R91A 5P2AA 2HPFA 2PYMA 3VSXA 2RSPA 7HVPA 2IL2A 4Y5KA 4WTUA 3OGQA 1XL2A 2QK5A 3SA9A 2HPEA 4Y3DA 1AXAA 5P6GA 2QI1A 2PWRA 4Z50A 3I6OA 1KJHA 4YA8A 5P5FA 4MC9A 2WEAA 3KDCA 3AUPA 1GVTA 3UCBA 4IVTA 3EL5A 5P7NA 4ER1E 1Z1RA 5P5VA 5P8NA 5DGWA 1HVJA 3D20A 5HDVA 5P43A 5P2XA 1EBYA 5P58A 5P2LA 3TL9A 3I2LA 1META 2P3DA 2PYNA 4YOBA 4DJUA 5P8JA 3LIYA 5P5QA 1RV7A 1HEGE 5P05A 5P41A 3S54A 4JECA 5P0OA 5P6YA 4R93A 3URJA 4YDFA 2V00A 5P26A 3CIBA 5P4IA 1RL8A 4GJBA 3PVKA 2AOIA 4Q1XA 4Y4EA 2QD7A 3T7QA 2VKMA 4OBKA 3PI0A 3CKRA 5OZNA 3IXOA 3OADB 1VIJA 1UH9A 4OBHA 1MEUA 2WHHA 2AOHA 4RVXA 5OZ5A 2QP8A 5P45A 1PPME 5P6AA 5DR3A 5SXNA 1QBUA 4DQGA 3OQKA 4OC6B 4J1EA 1IBQA 2FMBA 2VS2A 5P28A 4GB2A 5P3AA 5P35A 3EL0A 1XL5A 1EC2A 1FFFC 5HCTA 1SDTA 2VNMA 5ER2E 5OZYA 3C9XA 5P0VA 5P5EA 5OZ3A 1EPPE 5P8RA 3BGBA 5B18A 3LPIA 3O9FA 1FF0C 2ASIA 5P7AA 3I7EA 4D85A 1FQ8A 5KQXA 3QS1A 4Y4WA 4FAFA 3VFBA 3S85A 4Y3RA 2PSUA 4LXKA 1FIVA 4DJXA 1MTBA 4KB9A 2Q55A 1XN2A 5CONA 5P8PA 2QD6A 5COOA 3NXEA 5AH8A 3SA3A 3EKYA 3ZKIA 2V10C 5P4DA 4K4PA 4FM6A 4HEGA 5P0QA 4Y4AA 4B78A 4BELA 4DQBA 1LF4A 2QZKA 4YHQA 1BBSA 1A8GA 2R3TA 1NPVA 4HLAA 1FQ7A 2FNSA 3SO9A 2UPJA 4FRIA 1W51A 4Y4DA 3LZSA 1IDAA 5AGZA 4Y5LA 3HD8A 2QMPA 3F9QA 1W5WA 1LS5A 5IVTA 3PMUA 4MC1A 5P8FA 1EPQE 5P00A 4J0ZA 5OZ2A 4CPSA 5AHCA 3JW2A 3NU5A 5P4PA 3VF7A 4NPTA 2OHUA 2AOJA 3QN8A 5OZDA 5OZ4A 5KR8A 5P3KA 5P1GA 5P4MA 2XYEA 5P5IA 4RCDA 5P86A 4RRSA 4JOOA 3UQRA 1EPNE 1YTIA 3ECGA 4DJRA 2AVVA 3QIHA 5ISKA 1ZJ7A 4I8WA 3UDNA 3Q6YA 4Z4XA 4J1KA 2OHTA 1HVCA 1ZSRA 3NDXA 3TOFA 1AIDA 2B8LA 5P04A 5P1MA 2G69A 5P76A 3UDHA 4L7HA 4DFGA 4FRJA 1ZLFA 2NMZA 5P7CA 1FG6C 2BPXA 2R3WA 5P4CA 2G1YA 1BV9A 5HDXA 3JVYA 4LBTA 5DQ5A 5DQ1A 3S43B 1SDVA 3S45A 5P8SA 3OUAA 2PK6A 5P6FA 1PSOE 5P09A 3OOZA 5P3GA 5P6EA 5AHAA 5P1BA 5P8AA 3TKGA 1TSQA 1YTGA 5P4RA 4YCTA 4I11A 5P07A 2VJ7A 3PGIA 3RTHA 5P36A 4Y50A 2QZWA 2I1AA 4DV9A 3QPJA 5OYQA 1K6PA 1T6EX 3PBZA 2FDDA 3ZLQA 1D4SA 3U7SA 3EL4A 5P0PA 5KR0A 4EXHA 1FGCC 3NUOA 2VIEA 5P7WA 2ZDZA 2R38A 3I8WA 3NXNA 3PSUA 1GNMA 3SABA 5P1OA 1GNOA 4QJ2A 4R8YA 2UY0A 4Y5EA 5P34A 3PM4A 5SY2A 5P0RA 2AVQA 5CLMA 3TH9A 5P75A 2O4LA 2XYFA 5KOSA 1BVEA 3S53A 3OQDA 5HU1A 3LINA 3R2FA 4IVSA 5P12A 2B60A 2G22A 1C6YA 4J17A 3K5FA 2G20A 4NJTA 1K6TA 4D89A 3DV5A 1AAQA 9HVPA 4ACXA 4B70A 4F76A 5P40A 4ZSPA 1AJVA 5PEPA 2ER0E 3FSMA 4APEA 1XS7D 2ZJKA 3GGAA 4DJQA 2P3CA 4ER2E 3BUFA 4D83A 4HDBA 1MESA 3IXJA 1ODXA 3NU6A 1GVXA 4HDFA 2WF0A 5P79A 4Q1YA 3EKQA 1HVLA 5P8KA 5P0KA 4F73A 5OYSA 5P2TA 4Y3LA 5COPA 4CPQA 5OZOA 4Y4BA 5P08A 1KJ4A 2B7ZA 5ER1E 2EWYA 3GGVA 3HAWA 1FB7A 3KF0A 4Y5PA 5P55A 4ZSRA 4GYEA 3INEA 3R0WA 3OUDA 3QP0A 2B42A 1HPOA 4NJUA 5IVSA 5P3IA 1W6HA 5DR8A 4Y3MA 3KDDA 3GGUA 1FMXA 1DP5A 5P7UA 4HE9A 4RYGA 3K4VA 5P2BA 3ZKNA 4Y3TA 4Y48A 2A1EA 1E81E 1C6ZA 4PZXA 4CMSA 5P3VA 4Y5NA 4Y9WA 3DV1A 3UQWA 1MERA 5P0CA 4QJ9A 4J1CA 4H3IA 3O99A 3LZYA 4Y3QA 4DPFA 5P2CA 2WF2A 5I70A 3NDTA 5P2UA 3G72A 5P77A 5P85A 4GJ6A 1D4HA 5P4ZA 5P44A 2B8VA 1Q9PA 3S2OA 3K4VC 4J1HA 5HDUA 1MIQA 2PK5A 5P0LA 4GJ5A 3UDJA 5P0JA 1QS8A 1HVHA 3INHA 3IVIA 3VSWA 1ZSFA 5P1EA 4A6BA 3DUYA 5P0HA 2IQGA 4PYVA 5P0WA 3BVBA 5P1AA 3INFA 4K4RA 2QU3A 1K6CA 5OZFA 3B80A 1ZPAA 4J0TA 3WZ7A 3ZPUA 2IKUA 3OOTA 5P23A 1D4KA 5P51A 4FSEA 4JPEA 4Y4TA 2FIVA 3UDMA 1BILA 2SAMA 3EM3A 1B6MA 1Z1HA 3O9AA 5P8UA 1PSAA 3IGBA 2P4JA 3Q3TA 4D88A 5P7YA 4EPJA 3OU4B 5P7HA 5COKA 5P7XA 3U71A 3EXOA 4EYRA 2VIZA 2BKTA 2WF3A 5OZVA 4RROA 4EQ0A 3A2OA 3AIDA 3PMYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G2K A;  2R8N A;  5OYW A;  5OZE A;  1K2C A;  4HDP A;  3MSL A;  5OZH A;  3EM4 A;  3O9G A;  5P2K A;  5P6T A;  3OU1 B;  1QBR A;  4YD6 A;  1B5F B;  5P3H A;  5I3X A;  3ZKX A;  3ZOV A;  1TW7 A;  3LZU A;  2CEN A;  3GW5 A;  3G70 A;  3BXR A;  3HVG A;  4BEK A;  2V12 C;  5P32 A;  4ZSM A;  4YDG A;  2NXM A;  4HA5 A;  3UQP A;  3EKP A;  1HOS A;  1B6J A;  1A30 A;  1QDM A;  4E43 A;  1LZQ A;  5P17 A;  2QI4 A;  3MWS A;  4D8C A;  1ZPK A;  2Q5K A;  4Y3H A;  1HSI A;  5HE5 A;  2AOG A;  1M0B A;  3KT2 A;  5P0F A;  5P1R A;  2G1O A;  4FLG A;  2FXD A;  4KUP A;  2V0Z C;  5P1V A;  2G1S A;  8HVP A;  4MC2 A;  3ER3 E;  3PSG A;  3SAA A;  3DOX A;  4Y3G A;  4Y4Z A;  1GVW A;  4KE0 A;  5P0D A;  1A8K A;  3PLD A;  4FRK A;  2VNN A;  3EMY A;  4RCF A;  5JFU A;  3T7X A;  5P81 A;  4U8W A;  4GJ7 A;  5P27 A;  4F75 A;  2I4U A;  3ST5 A;  1IVP A;  4FCO A;  2PWC A;  3TOH A;  3K5G A;  5P2R A;  3APP A;  5SY3 A;  1GNN A;  5DR1 A;  4EJK A;  1HBV A;  2XFI A;  5P4Y A;  3GGX A;  5P3Q A;  5P8V A;  3DM6 A;  4KE1 A;  5P2Y A;  1SP5 A;  2WF4 A;  5DGU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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