5P83A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 336
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p83A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p83A01
1HIVA 1MRWA 2PSVA 3BUFA 3ZL7A 4J5JA 2ZHVA 2O4KA 5P6JA 5P2AA 5P8PA 5P3LA 2IEOA 3SA3A 2HAHA 3NWXA 3OAGA 3NU9A 4APEA 5OZ9A 4YOAA 5P4NA 1EPQE 5P58A 2Z4OA 7UPJA 1RV7A 1LYWA 5P3BA 5P6FA 1PPME 1Z8CA 1HVKA 4FM8A 4I8ZA 5P1BA 5P2XA 5P4PA 3EL1A 1T3RA 2O40A 1BWAA 2Q55A 2HIZA 5P0BA 3HZCA 4ZSMA 5P11A 5P35A 1E82E 1IVQA 1CMSA 5P14A 4Y5AA 4YD4A 2CEJA 1OEWA 2F3EA 5P8VA 4FLGA 5P1QA 3PCWA 3SKGA 4D89A 1TW7A 3QPJA 5OZZA 4A6BA 5P7XA 5P0AA 4YE3A 4J0YA 4QLHA 2ZJIA 1ZSFA 4ZPFA 5P0IA 3L58A 5OZNA 5P7TA 2PWRA 1ODYA 4TVGA 1LYBB 3NU6A 4X7IA 3IVIA 2PYMA 5KAOA 3PI0A 4I11A 2ZYEA 1B6MA 1IVPA 5SY2A 5P2VA 4D83A 3OUBA 5P5EA 5P1RA 3L5EA 3OUDA 2OHKA 3DJKA 3OU4A 4WY6A 3PSGA 3K5FA 3NXNA 4J1FA 5P4HA 5P6LA 1IZDA 3OQKA 4J54A 4DPIA 1GVXA 5P2SA 3C9XA 5P03A 5P4DA 5P5KA 4NJUA 5DQ5A 1E5OE 3EKYA 3HBOA 2HPFA 5OZ8A 1FG8C 3TPPA 5P01A 5SZ9A 2PYNA 2NMYA 2R38A 5P3YA 3TPJA 1EC2A 4JPCA 2V16C 1M4HA 3T7PA 3D1XA 3OXWA 5P4VA 4TRWA 2PH8A 3BHEA 1HTFA 3PB5A 3SKFA 5P19A 5KQZA 3N4LA 4CPWA 5P0RA 5P6WA 3OWNA 3VG1A 2BB9A 3SA5A 3CMSA 4Q1XA 2NNPA 2OHLA 3PBZA 5P1XA 2NXLA 2RSPA 1WKRA 5P8AA 2J9KA 4EYRA 3K4VA 1QRPE 3WZ8A 5AH8A 4HE9A 4IVSA 3GI6A 2ER7E 2ZHTA 5AHBA 5AH9A 4Y6MA 4R5NA 5DR4A 4WY1A 2G1NA 4ACUA 5P84A 5IVSA 3TKGA 5P40A 3UDMA 1FLHA 5JG1A 1T6GA 1FFFC 4FSLA 2WJOA 5DR3A 4RLDA 4QJ7A 3T6IA 5P4YA 5P61A 4FAFA 5P7HA 1FF0C 4YBFA 4L1AB 3L3AA 5P64A 1HTRB 5P4IA 3ZKGA 3LIZA 4IVTA 1HHPA 3INHA 5OZ2A 3QN8A 5J25A 2QI4A 4I0ZA 2QI7A 5P7KA 2VKMA 5P41A 2RKGA 4J55A 5P09A 2O4NA 2VS2A 4CPQA 5IS4A 5P1YA 3N3IA 5P8JA 2G69A 3ZKQA 5I70A 2NXDA 4GJCA 5P60A 3GI0A 3UFNA 5P2YA 3OK9A 3QVIA 3A2OA 4N00A 1TSQA 4Y3MA 1VIKA 3GGVA 5HTZA 1KJFA 5OZ4A 5DR0A 1SMEA 1IIQA 5P85A 3UDNA 4NJSA 1HSIA 1W6HA 2WKZA 2ZJLA 1Z1RA 5P7UA 5P4OA 4J1CA 5P32A 4GZFA 2P3BA 2AOGA 5OZOA 1MIQA 2HS2A 5OZEA 3R1GB 3PRSA 1W5VA 4CPRA 5P8KA 2WEDA 4Y58A 3EL4A 3ER5E 4Y3AA 2FXDA 4Y4EA 3NWQA 5P5ZA 2QP8A 1FFIC 2G94A 3VF5A 4APRE 1K6VA 2RMPA 3U71A 2O4LA 2ANLA 2VA5A 3IN4A 1T6EX 3QIHA 2QZXA 5P2UA 2APRA 2QNPA 5P18A 5P5GA 1QBUA 3UCBA 5P22A 5P2EA 4JECA 5P5RA 1K2BA 3MWSA 5P4ZA 3I7EA 5P1WA 5OYYA 1JLDA 4B78A 4OBGA 3OQDA 3CKPA 3SO9A 3I8WA 4OBZA 5HU0A 3SA9A 5P07A 5KQFA 1GVUA 5P25A 2IS0A 3O99A 3B7VA 4ER4E 1FQ8A 1KZKA 4EJDA 3R0WA 1EPNE 3Q3TA 5KOQA 3VF3A 5P70A 1QBSA 2ZE1A 1MT8A 2FNTA 2MIPA 1OEXA 3NUOA 5OZWA 2FIVA 3CICA 1E81E 3WB4A 1MT9A 3T11A 2HB4A 4AZYA 2JE4A 2V10C 1W50A 5P2GA 3NDUA 4EP3A 1J71A 3APRE 5P4LA 2PC0A 3UQUA 1W51A 4DJWA 4OD9B 3KFPA 3EKWA 4L7GA 2J9JA 3GGXA 5P5QA 4Y3XA 2NPHA 1HEGE 4DQCA 5P1OA 4NKKA 4DJVA 1HVRA 5OZSA 2PWCA 3OU1B 3GGAA 3BXRA 5HE5A 5P0TA 4H3GA 2P3CA 6APRE 2HC0A 4QJ2A 3FSMA 3ZKNA 5P8NA 5HU1A 1SBGA 4Y5MA 4MC6A 5DQ4A 4JP9A 5P6EA 4U7QA 3URJA 4Z2ZA 2JJIA 3INDA 3KMYA 5P3MA 1ZTZA 3TH9A 4R95A 4D8CA 4EJ8A 1IDBA 3QBFA 5P69A 5DGWA 4I1CA 2ER6E 5P8BA 5P4QA 1PPKE 4R91A 1PSAA 4Y3QA 2QI5A 3AIDA 4XKXA 4Y3EA 3QVCA 2AOEA 4AA8A 1QS8A 4J1EA 2VIZA 4CPUA 2P3DA 5OZYA 3S53A 4KUPA 5P43A 1LV1A 2FMBA 4LBTA 1UH9A 3FKTA 4H3IA 3O9HA 1D4SA 5COPA 2I4DA 3ST5A 3QRSA 2VA7A 1AJXA 3HD8A 4Y35A 1EC0A 2FXEA 3VCMA 1NH0A 1ZAPA 5P6AA 1A9MA 3OADB 2ZGAA 5P74A 1MEUA 1XE6A 3OQAA 5P1MA 3MSJA 5P7DA 2OHUA 4FRIA 5P2BA 5P1PA 5ISKA 3PWMA 5P59A 4Y51A 3K5DA 1MVPA 2ZJHA 3JW2A 2B42A 5FIVA 3RTHA 1DPJA 1B6JA 5P3VA 2XFKA 3KDBA 3S56A 4RVJA 1APWE 5OZBA 5P2IA 2OHQA 2QI1A 3EKPA 1LYBA 2F80A 3EMYA 4OC6B 4BFBA 3KN0A 5IE1A 5C9FA 1E80E 3VUCA 2NXMA 5P7EA 3IN3A 2I4VA 5P47A 3BRAA 1F7AA 5P6YA 5P76A 5P8QA 1NSOA 1ZLFA 4CKUA 4DJYA 4Y5KA 4CPSA 3KA2A 4FL8A 4H3FA 5P3HA 1GVTA 5P6PA 2WECA 4BEKA 3B80A 2BPVA 2WF1A 3PLDA 4L7JA 4MC1A 3G6ZA 4LC7A 3OGPA 1BVEA 1K6TA 3L5FA 3TOHA 1WBKA 1HVHA 3UF3A 2G1YA 3QI1A 3O9AA 4Y50A 2O4PA 4QJ8A 4Y38A 6FIVA 2Q5KA 3LIVA 3ECGA 4DJOA 1OD1A 5ER1E 5P3GA 5OYQA 2P4JA 1AZ5A 4AMTA 5P06A 3ZMGA 2AOIA 3SM1A 3CKRA 4Y36A 4KB9A 1SIVA 5P65A 1PPLE 1EPME 4DH6A 3TPRA 5P0WA 5AGZA 5OZHA 2QNNA 5OZDA 2HPEA 3NDXA 5P6DA 2QHCA 2OHNA 2G22A 3LPJA 3CKTA 4Y43A 4ZSPA 5P1JA 3SABA 1XDHA 4FRKA 1EC3A 1YM2A 5I3VA 3KDDA 1M43A 3DCRA 4RVXA 3TOFA 5P5XA 4RRSA 2IKUA 4F76A 2QI3A 5P6IA 1LEEA 2R3TA 4B05A 4GJ6A 3RSXA 5P5FA 5P0OA 5P7IA 2AQUA 1W6IA 3S85A 5P0EA 1NPAA 1ZP8A 4L1AA 4NPUA 4XX4A 3VLBA 2Q15A 2QK5A 3BC4A 5KR8A 5HCTA 3BUGA 2P8HA 4Y57A 3TTPA 3VYFA 3L5BA 3PSUA 1U8GA 5P6UA 4NPTA 2AVOA 1HVCA 5P0JA 5P42A 1DIFA 2IQGA 1AM5A 4Q1WA 1PFZA 5P5UA 5P16A 2EWYA 4Y3HA 1FMBA 2QI6A 3O9FA 3WSJA 2WF4A 3EBZA 2IKOA 1B5FA 4HEGA 5P67A 2HB3A 4L7HA 4K4QA 2XYFA 1HVIA 3OHFA 2BPXA 3PM4A 1FGCC 4LAPA 3NYGA 5P1FA 5KOSA 3L59A 2XFJA 5DGUA 3UDRA 5ENMA 3NSHA 2R8NA 3VSWA 3IVHA 5P54A 3QRVA 5P2CA 1HBVA 2F8GA 3IA9A 1PROA 4DUSA 4H1EA 4FSEA 4I0GA 5P6MA 3S45A 3KFRA 5P6OA 5P33A 4GMIA 3R0YA 2NMZA 5DR1A 4DQGA 1XL5A 4Y3YA 5P5YA 3EL0A 1ER8E 3NU3A 4ER2E 5OZQA 2I0DA 5P5TA 5P20A 3G70A 1FMXA 1LZQA 1HXWA 2QZWA 3BUHA 3PWRA 5P8CA 3JVWA 4H3JA 3QP0A 4K8SA 4YD3A 1UH7A 5HVPA 5P1KA 4DJXA 5P7QA 1EBWA 1MSNA 2HB2A 4I0FA 5P57A 2IDWA 5JFUA 5P27A 3MSLA 5P31A 1SGUA 5C9DA 1MRXA 1YM4A 4DFGA 3ER3E 1YTJA 1CPIA 2VNNA 2I4WA 3KFSA 1G2KA 3HDKA 5HDXA 5HE7A 5OZGA 1KJHA 2O4SA 3K5GA 5P04A 3PHVA 2VJ6A 5AHAA 5OZ6A 2I0AA 5P3ZA 2OF0A 5P2KA 4OD9A 2R3WA 2B8LA 5P8UA 4F75A 4Y3WA 4CP7A 3Q6YA 4J0TA 1EPOE 5P7SA 4AA9A 5P0DA 3EM6A 4YDGA 5P0LA 2FS4A 2IGYA 5P1LA 4B1DA 1RNEA 4J1HA 5P29A 5P87A 5F00A 4HA5A 4LXAA 2AODA 4I0JA 5P7CA 5P71A 1FEJC 4Y56A 4QJAA 3LPKA 2OHSA 5P5SA 1W5YA 1HRNA 1YG9A 1ZPKA 3OAGB 1Z1HA 4Y3NA 2ER0E 5P2TA 5ENKA 3INEA 4B70A 3R4BA 4FAEA 2JYSA 2HS1A 2WF2A 1AIDA 1FQ6A 2PSUA 1GVWA 1BBSA 3UHLA 5P08A 3HAUA 5P5DA 3ZLQA 3PLLA 5AH6A 4GJDA 3O9LB 5OZIA 4Y3JA 4A6CA 4R93A 1BAIA 5P6NA 1D4IA 5P1GA 3LIYA 5P8LA 4A4QA 3S43B 5P0FA 5P5OA 4BFDA 3OADA 5IVRA 1PSOE 5P4AA 5OZPA 4YD7A 2VIEA 1QBTA 4Y5LA 4Y3SA 3NUJA 4OBKA 5P6KA 3R2FA 3RTNA 5P2MA 5P36A 1RL8A 5P7MA 5P4MA 4ZPEA 4ZPGA 9HVPA 5P7GA 1YTHA 1GKTA 5P12A 2PSGA 5P05A 3D91A 3IXKA 5P4EA 4Y5EA 5P3KA 2FDEA 2ZJJA 5HD0A 3URLA 2VIJA 3KT2A 2IENA 5P86A 1SDUA 5HDVA 4J0ZA 2WEZA 3DCKA 4DJRA 3SA4A 5DQCA 4OC6A 1T7IA 4QJ6A 1EBKC 5P4WA 5P6GA 5C9BA 2ASIA 1FB7A 7HVPA 3CIDA 1TSUA 3LINA 4FRJA 4K9HA 4RCEA 1IZHA 4GJAA 4EQ0A 5P3QA 1ENTE 1BVGA 4B1EA 5P6CA 2OAHA 5P79A 5P6HA 3H0BA 1YTGA 5P7FA 3NLSA 4CPXA 1XE5A 1FQ7A 1B6LA 5P6ZA 3OQFA 5P3IA 4FGXA 3L5DA 1T7JA 3D3TA 2G20A 5P5WA 5P5BA 5HDZA 3FV3A 1META 4FRSA 4Q1NA 3PJ6A 4J1IA 4Y5GA 2B7ZA 3SFCA 3EM4A 5P4JA 2I1AA 3PMUA 2WEBA 4ZEAA 5P3JA 5P44A 4EP2A 3KT5A 1MPPA 4E43A 1EBZA 5P3XA 5OYVA 5P30A 5P3EA 1MUIA 1OHRA 5P3CA 5ISJA 3GW5A 3VFAA 2AOFA 5P3WA 4Y5BA 3NDTA 3NU4A 5B18A 5P7AA 2VJ7A 5AH7A 1A8KA 1HPXA 3PSYA 4Y41A 5P24A 5P1UA 1XL2A 2ER9E 4NJTA 3RSVA 2AVVA 2VA6A 4I0EA 2G1RA 2AZCA 2XFIA 5P72A 3SA8A 2G26A 1YT9A 1ODXA 3IXJA 4PZXA 5P3NA 4ZE6A 4LHHA 2SAMA 3ZKIA 3DV5A 1EC1A 3TNEA 5IVQA 2BPZA 4B77A 4Y3GA 5P2QA 2V00A 5P7ZA 5P0CA 2QZKA 5P6SA 3QROA 5DPZA 2A4FA 5P8MA 3M9FA 1RPIA 2Q63A 3LPIA 2NTRA 3EC0A 5P2LA 4DJUA 3MXDA 1K1TA 5P66A 3DUYA 5F01A 2BQVA 5OZ1A 4YCTA 1DAZC 1DP5A 2I4XA 4HLAA 4LP9A 4YCKA 2AOCA 5DR8A 4EJLA 3U7SA 1W5WA 1UPJA 3EKTA 1QBRA 2QI0A 4COEA 1AJVA 2AZBA 4LXKA 3RVIA 4Z50A 5P5VA 2R9BA 5OYXA 3S7LA 3HW1A 2ZHRA 3UQWA 2XYEA 1EAGA 1BXQA 4GB2A 3QRMA 3SM2A 1HVSA 2BBBA 2B7FA 3O9GA 2R43A 5HCOA 3K1WA 4JPEA 5P1ZA 1C6ZA 2H6TA 3OQ7A 3CYWA 1TZSA 3PGIA 2QHYA 3K4VC 3VV8A 1AVFA 2NR6A 4RZ1A 2A1EA 1IZEA 5JODA 2FLEA 5TOLA 1HTEA 2I4UA 5UPJA 4AUCA 1C70A 1B6PA 5P10A 1Q9PA 2JJJA 5P39A 3ZKSA 3O9BA 1XS7D 1SGZA 1MT7A 5P5NA 1GNNA 5P0ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HIV A;  1MRW A;  2PSV A;  3BUF A;  3ZL7 A;  4J5J A;  2ZHV A;  2O4K A;  5P6J A;  5P2A A;  5P8P A;  5P3L A;  2IEO A;  3SA3 A;  2HAH A;  3NWX A;  3OAG A;  3NU9 A;  4APE A;  5OZ9 A;  4YOA A;  5P4N A;  1EPQ E;  5P58 A;  2Z4O A;  7UPJ A;  1RV7 A;  1LYW A;  5P3B A;  5P6F A;  1PPM E;  1Z8C A;  1HVK A;  4FM8 A;  4I8Z A;  5P1B A;  5P2X A;  5P4P A;  3EL1 A;  1T3R A;  2O40 A;  1BWA A;  2Q55 A;  2HIZ A;  5P0B A;  3HZC A;  4ZSM A;  5P11 A;  5P35 A;  1E82 E;  1IVQ A;  1CMS A;  5P14 A;  4Y5A A;  4YD4 A;  2CEJ A;  1OEW A;  2F3E A;  5P8V A;  4FLG A;  5P1Q A;  3PCW A;  3SKG A;  4D89 A;  1TW7 A;  3QPJ A;  5OZZ A;  4A6B A;  5P7X A;  5P0A A;  4YE3 A;  4J0Y A;  4QLH A;  2ZJI A;  1ZSF A;  4ZPF A;  5P0I A;  3L58 A;  5OZN A;  5P7T A;  2PWR A;  1ODY A;  4TVG A;  1LYB B;  3NU6 A;  4X7I A;  3IVI A;  2PYM A;  5KAO A;  3PI0 A;  4I11 A;  2ZYE A;  1B6M A;  1IVP A;  5SY2 A;  5P2V A;  4D83 A;  3OUB A;  5P5E A;  5P1R A;  3L5E A;  3OUD A;  2OHK A;  3DJK A;  3OU4 A;  4WY6 A;  3PSG A;  3K5F A;  3NXN A;  4J1F A;  5P4H A;  5P6L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2AVS A;  2QU2 A;  5OZT A;  5OZX A;  4I12 A;  3OU3 A;  5OZ5 A;  5P3O A;  2UY0 A;  1HTG A;  2JXR A;  2QMG A;  5OZR A;  3ZKX A;  5OYT A;  3KMX A;  2CEN A;  5P2Z A;  3UQX A;  3EXO A;  2PMA A;  5KR1 A;  1FQ4 A;  2CEM A;  1KJG A;  1DMP A;  1K1U A;  2G21 A;  4J1K A;  3D20 A;  5P0G A;  5P2R A;  4TVH A;  3GI5 A;  4S1G A;  1SDV A;  3VV6 A;  2Z54 A;  5P5L A;  4Y5P A;  5P45 A;  5P7N A;  3ZPU A;  2UXZ A;  1A30 A;  3LZU A;  4KE1 A;  4RVI A;  4EPJ A;  4Y5N A;  5P48 A;  5P46 A;  5KR2 A;  3HVG A;  5OYU A;  5P3T A;  2NNK A;  1VIJ A;  3QBH A;  1D4K A;  3O9D A;  4YHQ A;  3Q70 A;  3BVB A;  1SDT A;  5P7O A;  1APU E;  5P2H A;  1EED P;  4Y4W A;  1D4Y A;  1EPP E;  4MC2 A;  3BGC A;  2AZ9 A;  5I3X A;  5IVT A;  5P56 A;  1APV E;  5P68 A;  2QMP A;  2OHM A;  4DVF A;  5OZ3 A;  2Q11 A;  5DQ2 A;  5SXN A;  3PWW A;  5APR E;  1IDA A;  2QMD A;  3OTS A;  3TLH A;  4B1C A;  3OXV A;  5P1E A;  1TQF A;  4K4P A;  3LNK A;  5P2W A;  1EBY A;  1LS5 A;  1MSM A;  4TRY A;  5OZA A;  3O9I A;  4Y9W A;  5P4G A;  3L5C A;  4Y4D A;  3SA7 A;  2B8V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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