5P8HA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 350
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8hA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8hA01
5P7SA 3UDYA 5KOQA 2CEJA 5P2DA 4ZIPA 5P80A 4I12A 5P03A 3S45A 1TW7A 3OQFA 3HAWA 1C6XA 1AAQA 3LITA 3HBOA 5P8EA 3UQXA 3EKXA 4NJUA 4DJQA 1HPVA 5OZOA 5KQFA 5P42A 3JVWA 4I8WA 5P0BA 5P2LA 5DR7A 5P4TA 3R0YA 4Y5MA 5OZ7A 5P66A 3A2OA 4NPTA 1K6PA 4DJPA 3BUHA 3H0BA 1B6PA 5AH7A 2O4KA 5P6FA 5E5JA 5HDVA 4NPUA 3VG1A 3F9QA 1HVHA 1XDHA 2G1RA 5P2ZA 1NSOA 5P48A 3RTMA 2NR6A 2Q54A 1LF4A 3GI0A 5P0OA 5UPJA 4OBZB 3BXSA 4Z22A 1SIVA 5P4WA 1K1TA 1XN2A 4FM6A 3CICA 4XXSA 5P4UA 4RZ1A 2F81A 4TRZA 5COPA 3UDQA 4H3IA 3R2FA 3SA3A 3NYGA 2B7FA 4DPIA 3PSUA 3LHGA 5P8GA 1EPLE 1SBGA 3D1XA 1FQ8A 5OZBA 1TCXA 2QU2A 4RYGA 5FIVA 5OYSA 1SDUA 1EC3A 1EPPE 3UDKA 1BILA 1MVPA 4OBGA 2VJ7A 4OBJA 1WBMA 3GGAA 2QD8A 5P2OA 3ZKIA 2WHHA 3SFCA 5OYVA 5P08A 5OZZA 5P57A 1GNNA 2PK5A 2FNTA 5OYWA 4I10A 5OZMA 4J55A 4Y4UA 1PSAA 5DQCA 2FMBA 3DCRA 4YBIA 5IVTA 5J25A 1HPOA 4J1EA 2AVSA 1HIIA 4Z50A 5P3CA 3N4LA 4Y37A 1SMRA 1HVRA 5KR8A 4Q1WA 2WEBA 5P8KA 1FGCC 5HE5A 2QI3A 2R38A 1BXOA 3Q70A 2R43A 1F7AA 2G69A 4H3FA 3ZKSA 3S56A 4LC7A 3TPPA 3LPJA 3K5CA 1HVLA 1IZIA 1MPPA 4MC9A 2FXDA 1PSNA 3UQWA 2AQUA 5P24A 5P3YA 1BDLA 4WY1A 5P1ZA 4OD9B 3MWSA 4GJ8A 4DJXA 2WECA 3TH9A 4PEPA 3EKPA 4L1AA 3OGPA 3SA8A 4XX4A 3OOTA 4B1EA 5P58A 4R5NA 3TOGA 4Q1XA 1T7IA 2O4SA 4H3JA 1UPJA 4CPWA 1B5FA 3NDXA 4Y54A 5OYXA 1EBYA 1Z1HA 4FL8A 4J0TA 5P6CA 2ZHTA 2Q5KA 3TOFA 2G20A 2QMFA 5OZLA 3BUFA 4AA9A 5P1DA 3HW1A 5OYZA 4LXMA 5P1JA 2AZ8A 1A94A 3HVPA 4I8ZA 4GJDA 1HEFE 4EPJA 5P7AA 4GJ7A 3NWXA 3UDJA 3NU4A 5P4NA 5DGUA 1MIQA 3ZKMA 4JP9A 5P5CA 3VYDA 4Y3PA 5P1XA 2QI6A 1OHRA 2ZJMA 4Y3YA 1AJVA 4TRWA 5P3LA 5EZXA 3WB4A 5OZ9A 5OZWA 2QI5A 4KE0A 3VV8A 1FB7A 2QI0A 3AIDA 4R91A 1KJGA 5P07A 3PHVA 4CPUA 3LZUA 3ZOVA 3UDNA 5P2MA 3EKQA 3RVIA 2IDWA 4CPXA 4LAPA 1TZSA 3KMYA 5P3KA 1HVIA 1AM5A 4LP9A 1M0BA 2VA5A 5P1OA 1YM4A 3EXOA 2OHUA 3PLLA 2VIZA 2I0AA 4FSEA 2QD6A 4XKXA 4A6BA 1IZEA 3BVBA 2JE4A 3M9FA 5KQXA 3PSYA 5P4IA 2QNNA 5P1AA 1MUIA 4GJ6A 2HPEA 4WY6A 2NNKA 5P41A 1A8KA 1BWAA 5P4AA 3SKFA 5P0ZA 5P8LA 3TLHA 5DR8A 2ZJKA 4Y45A 5OZ1A 1DP5A 4Y3AA 2AVVA 3UDPA 3OQKA 4Y5NA 5E5KA 4DQFA 5HU0A 4J1HA 3BC4A 2BPWA 3KFNA 5P5UA 5P0HA 3UF3A 3BRAA 1LF2A 1YTGA 5P0DA 5P51A 4FRJA 3VV7A 5P4ZA 4IVTA 1HVSA 5P6KA 4A4QA 5P6JA 2F3EA 5P7YA 2ER0E 4Y44A 5P4KA 5KQYA 4I0HA 2VNMA 1FQ7A 2BPXA 2PSVA 4HEGA 4ZLSA 5OZRA 4J17A 3BVAA 3SM2A 2OHLA 5P11A 1HPXA 5P3FA 5P0MA 5KQZA 4Y3RA 3OU4B 1SMEA 3FNSA 3ER3E 3PCZA 2BKSA 3EL1A 1MSNA 3K1WA 1K6TA 2OF0A 3NSHA 1G2KA 1EC2A 4GJ5A 3BXRA 1ZTZA 2AZCA 5AH8A 5P0SA 5P44A 5HCOA 4Y3SA 1CPIA 5P8JA 3SACA 4Y43A 2AOJA 4Y4WA 4Y3GA 5P1TA 3HD8A 3L38A 3LZYA 1YTHA 2OHRA 3QPJA 3QIHA 3TKGA 4Y39A 5P60A 4Y3MA 4D83A 2OHMA 5P39A 3PI5A 3I8WA 3K5GA 5P32A 3CIDA 4DQCA 3NU3A 4EJLA 3DUYA 1VIKA 3DV5A 3PM4A 3VYEA 5P1EA 4RRNA 3WSJA 1MT8A 5P17A 1G6LA 4WTUA 4APEA 1ME6A 1UH9A 3R1GB 1GVTA 4Y4XA 4FGXA 3OXCA 4FIVA 5P4CA 5BS4A 5IS4A 2ZHUA 4Y36A 1WKRA 1SP5A 5P1PA 4Y6MA 4MC1A 1B11A 4RLDA 5P72A 4L6BA 4EQ0A 1GVWA 3QRSA 2H6TA 2Q3KA 5P0YA 4AMTA 4ER4E 5P5QA 3GGUA 1APWE 3OADB 2HC0A 2QZLA 2BB9A 2UXZA 4Y9WA 3OOZA 2F3FA 3TL9A 4Y5AA 4Z4XA 5P45A 1BV9A 4Y3NA 2OAHA 5HDXA 5OZ5A 4YOAA 5P8RA 1GKTA 5P69A 2PWCA 5P27A 2ZYEA 4RCFA 1HVCA 1B6KA 5I3VA 1LYAA 3PLDA 3HAUA 4U8WA 2AOGA 4LBTA 5P4BA 2BPZA 3BGBA 3FV3A 4OBHA 1LV1A 4Y58A 3D91A 3U6AA 5I3YA 5P3VA 1FMUA 5P4QA 2JJIA 5P7CA 1ZP8A 3I6OA 4APRE 3QRMA 5P1NA 3URJA 3S2OA 1TQFA 4HVPA 2HM1A 3NU9A 2BQVA 2O4NA 3FNUA 1Q9PA 5HDUA 1PPKE 5P68A 3IVHA 4Y5CA 3OADA 5OZEA 4I0EA 1B6JA 3DJKA 1MERA 5P22A 4RROA 2G1SA 4RCDA 2IENA 5P73A 5P19A 5P5LA 7UPJA 5OZCA 2OHTA 2NTRA 3TTPA 1FQ5A 3PWMA 3SM1A 1PSOE 3GGVA 1SH9A 4HDPA 4RYCA 5P75A 5P3XA 5P3TA 3U7SA 3LIYA 5P0JA 4ZPFA 5P2XA 2VS2A 3CYWA 2F80A 4HDFA 5F00A 4YDFA 4PPHA 3PJ6A 3LZSA 1LYBA 3IA9A 3ST5A 4X2LA 5SY3A 4Y3DA 5P5BA 2V00A 4B1DA 2I4DA 3KM4A 6APRE 4J54A 3PCWA 5OZ2A 4EQJA 2P3AA 3T7PA 1PPLE 5KR2A 5DQ1A 3NDTA 5OZIA 2VIYA 4COEA 3UQPA 2P3BB 5P5VA 5P2QA 5P0WA 2JJJA 4CMSA 1AXAA 5P0AA 3LIVA 5T4SA 1DPJA 1EC0A 4FRKA 1W6IA 4Y3HA 1RQ9A 2I0DA 3IXOA 4L7GA 1OEWA 3TNEA 5P55A 1XL2A 3OQDA 3WZ8A 4Y4AA 4Y3EA 1XE5A 5HE4A 2ER6E 3L5EA 1QDMA 4GYEA 1J71A 2WF2A 4XX3A 2QNPA 3WB5A 3VSWA 1IBQA 3ZKQA 5P63A 5P74A 3IXKA 5P8FA 2AOIA 1JLDA 3VLAA 4DJYA 3KFPA 1A9MA 5KR0A 5P5TA 3KF0A 5OZVA 3IGBA 1ER8E 4Y5KA 3WZ6A 3I2LA 5P3JA 3OXXA 5P5JA 4J1CA 3PMYA 2OHPA 3HLOA 3JVYA 3ER5E 3UPJA 1FFFC 5P8PA 5P4YA 4FRSA 5P49A 1IVPA 5P0VA 2VA7A 2WF3A 3GI6A 3KFSA 3EKYA 3OQ7A 5P37A 1D4IA 3LZVA 2NNPA 2AZBA 4FE6A 1D4JA 4J0VA 1DMPA 2BBBA 3RTHA 4Y4ZA 5P00A 4RCEA 4QJ7A 2VIEA 3MSLA 1D4LA 3O9LB 5P81A 4HDBA 1MT7A 5P5WA 4NKKA 2FS4A 5P85A 3VV6A 4DJOA 5APRE 4OBZA 5P2NA 3KDDA 3OU3A 4R95A 4CKUA 5P2WA 2IGXA 4Y3ZA 4AA8A 3KDBA 4MC6A 3T7QA 4D88A 1SGUA 1TSQA 1BWBA 2RKFA 3TKWA 2OHKA 2WF4A 2ZHVA 4U7QA 3ZPUA 2Z54A 4QJAA 5P38A 3OUAA 2PSGA 5P87A 5DQ2A 4DFGA 4B78A 2BPVA 5P36A 1IZHA 1ZJ7A 2HB4A 2BKTA 5P5MA 5P7OA 3O9FA 5P7FA 1BV7A 4AUCA 5P1LA 4YHQA 1MTRA 1XE6A 3OTYA 2WL0A 4J5JA 4EP2A 3QVCA 3TPLA 4BEKA 5P82A 2PMAA 3EL4A 3UQRA 5P5AA 4ZPGA 5P6MA 1ZAPA 2QP8A 3HDKA 5CLMA 2I4XA 1ODYA 5P8NA 3OHHA 2NMZA 3FSMA 5P7KA 3UFLA 1HSHA 2VNNA 1RV7A 5P6ZA 5P4SA 5P4XA 5P1CA 3Q4BA 3OY4A 5AHCA 5P10A 5P15A 1RPIA 4ZPEA 5OZ3A 5P2RA 5P47A 4K4QA 1U8GA 5C9DA 1W51A 2PH8A 2QAKA 4QJ2A 5P7VA 5COKA 5P0NA 1FFIC 5KR1A 2NPHA 3EL9A 4OBKA 4JECA 1W5VA 1TSUA 3INFA 5P6YA 3N3IA 5P6HA 4E43A 5BRYA 5P7JA 3ZPTA 5P1QA 3NUJA 2G94A 4OD9A 3R0WA 3SQFA 5P5XA 5P2IA 5DQ5A 3KA2A 1GNMA 5P1FA 2WEDA 3INHA 1T6EX 1EEDP 2UY0A 2Q11A 3ECGA 3Q3TA 3SA9A 5P7ZA 1HWRA 5P2SA 5P7QA 1HRNA 5P1BA 3FKTA 2IKUA 1YM2A 3OUCA 3C9XA 3T11A 5P65A 1T6GA 4GJ9A 5P3MA 5P5NA 1FQ4A 5OZ0A 2PSUA 4Y5LA 3B7VA 4FCOA 3S43B 5HD0A 4J1FA 1FMBA 2AVQA 2Q64A 5P6VA 5P71A 3ZL7A 3PBZA 5P4PA 1HSGA 5P2YA 4TVHA 5P7EA 4PZXA 4Y3WA 4Y47A 2ZDZA 5AHAA 3PMUA 4NJVA 5P34A 1EPRE 2NMYA 1RL8A 5P1MA 4NJTA 3KMXA 5C9BA 5OYRA 2F3KA 1SIPA 3VYFA 2ZJLA 5OYQA 4Y4DA 1FG6C 1DIFA 5P5IA 3UDMA 1Z1RA 3UDRA 3ZMGA 4YBFA 1ZSFA 1IIQA 2APRA 2V12C 4DUSA 4JPCA 4HE9A 2G24A 1HVJA 2B42A 2QNQA 4Y3LA 1E81E 3D3TA 4Y3XA 1MESA 2V11C 5P33A 4UPJA 4FM8A 2QHCA 2R5QA 5P8CA 3S43A 3QRVA 5P7NA 2PK6A 3LPKA 5P4MA 1LYWB 3TPJA 2XYEA 3EL0A 3OUDB 5P3EA 2VJ6A 3I7EA 2ANLA 3MSKA 4RRSA 4YCYA 1ENTE 4ER2E 2OHNA 5P6NA 4DJRA 5P2UA 2AOEA 5OZSA 2Q63A 3NDUA 5P7WA 4Y57A 4MC2A 5P8QA 1XN3A 5P16A 5ISJA 5P1VA 5P4VA 3IVIA 1UH7A 1APTE 2JXRA 2QMGA 3RSXA 2XFJA 1W50A 1LYWA 3MXDA 4K9HA 3OUDA 5ENMA 2IQGA 5KOSA 3OHFA 3SPKA 3K5FA 2WEAA 3O9HA 4DI2A 4DQHA 5P3GA 3K4VC 3TPRA 5PEPA 1AJXA 4OBFA 1FIVA 1IDAA 1E82E 1D4SA 1LF3A 1N49A 2QZKA 5OZKA 3VUCA 5C9FA 5P3AA 5P7MA 5P3BA 5P5SA 2ZJJA 4ER1E 1A8GA 2ASIA 2O40A 4Y5PA 5P13A 1HXBA 3QBHA 5DR1A 3DV1A 2I4WA 4OBDA 1CZIE 5ER1E 4CPRA 3VF5A 1AZ5A 1EPNE 4R92A 5P4OA 1HTFA 2G26A 2VKMA 3QP0A 5P1KA 1BXQA 5SZ9A 3SKGA 2FLEA 3OU4A 3L58A 6FIVA 7HVPA 3OAGB 1W5YA 3ZKXA 6UPJA 1HIVA 1VIJA 3IAWA 8HVPA 1FKNA 2P3DA 5P20A 5P50A 5P64A 5P8AA 2QZWA 4Y53A 3S53A 1MT9A 5P6UA 5P3DA 4BFDA 2AOHA 2VJ9A 5P7HA 3OGQA 2FIVA 3APPA 3EKWA 5ENKA 5P04A 4YD4A 4X7IA 2EWYA 3L5FA 3Q6YA 5P6IA 1XS7D 5P4JA 5OZDA 3UFNA 5HU1A 2B8VA 4BFBA 5P18A 3QS1A 2R3TA 3R4BA 1F34A 3URLA 3OAGA 3G70A 5P3UA 1HEGE 3D1YA 4Q1NA 5P0EA 5P56A 3U71A 3URIA 4Q5MA 2QK5A 1GVUA 5CONA 3PRSA 1D4YA 5P2AA 5P7BA 3OQAA 2AVMA 2FGUA 3O9GA 5P8IA 2SAMA 3KYRA 5P28A 4Y3FA 4R93A 5BWYA 4Y48A 3INEA 2PYMA 4Y5EA 3BUGA 5P35A 5P3ZA 2HPFA 3DOXA 4EP3A 2CENA 5P1IA 4I0JA 2A1EA 2WF1A 4ZEAA 2MIPA 5SXNA 2J9JB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7S A;  3UDY A;  5KOQ A;  2CEJ A;  5P2D A;  4ZIP A;  5P80 A;  4I12 A;  5P03 A;  3S45 A;  1TW7 A;  3OQF A;  3HAW A;  1C6X A;  1AAQ A;  3LIT A;  3HBO A;  5P8E A;  3UQX A;  3EKX A;  4NJU A;  4DJQ A;  1HPV A;  5OZO A;  5KQF A;  5P42 A;  3JVW A;  4I8W A;  5P0B A;  5P2L A;  5DR7 A;  5P4T A;  3R0Y A;  4Y5M A;  5OZ7 A;  5P66 A;  3A2O A;  4NPT A;  1K6P A;  4DJP A;  3BUH A;  3H0B A;  1B6P A;  5AH7 A;  2O4K A;  5P6F A;  5E5J A;  5HDV A;  4NPU A;  3VG1 A;  3F9Q A;  1HVH A;  1XDH A;  2G1R A;  5P2Z A;  1NSO A;  5P48 A;  3RTM A;  2NR6 A;  2Q54 A;  1LF4 A;  3GI0 A;  5P0O A;  5UPJ A;  4OBZ B;  3BXS A;  4Z22 A;  1SIV A;  5P4W A;  1K1T A;  1XN2 A;  4FM6 A;  3CIC A;  4XXS A;  5P4U A;  4RZ1 A;  2F81 A;  4TRZ A;  5COP A;  3UDQ A;  4H3I A;  3R2F A;  3SA3 A;  3NYG A;  2B7F A;  4DPI A;  3PSU A;  3LHG A;  5P8G A;  1EPL E;  1SBG A;  3D1X A;  1FQ8 A;  5OZB A;  1TCX A;  2QU2 A;  4RYG A;  5FIV A;  5OYS A;  1SDU A;  1EC3 A;  1EPP E;  3UDK A;  1BIL A;  1MVP A;  4OBG A;  2VJ7 A;  4OBJ A;  1WBM A;  3GGA A;  2QD8 A;  5P2O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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