5P8JA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 352
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8jA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8jA01
5P39A 4QGIA 1ZSRA 1T7JA 2XFJA 3S54A 3LIVA 4GJ5A 2QZXA 2QMFA 1APWE 3D1YA 2QI3A 3EKXA 2ZJJA 2VNMA 3NWXA 3ZKQA 4APEA 5P2VA 1GNOA 4FSEA 4QJ2A 1HTFA 5P4LA 2B42A 5P2QA 2Q15A 2ZYEA 4Y6MA 1HVJA 5CONA 5P8SA 4H3GA 5P1GA 2IEOA 4M8XA 5HDUA 1IIQA 1HIVA 5P16A 3I2LA 1FEJC 1D4LA 5APRE 4FM8A 3UFNA 1FQXA 5P35A 2F3EA 5P2OA 1APVE 2J9KA 4FM7A 3WB4A 3LIYA 5P45A 1LYWB 1LF4A 2AZ9A 1B6LA 5P28A 3K5FA 5P5TA 5P72A 2G1RA 4D8CA 2Q55A 2PMAA 2NMZA 3TKWA 3VFBA 1QRPE 4YCYA 3DJKA 5P7AA 4GJDA 1IDBA 1W50A 3IXJA 5P0EA 5P38A 5E5JA 3NUOA 5I3YA 5ISKA 5P76A 2AVSA 5P4HA 3PHVA 5P1ZA 2QD7A 2QI6A 1HXBA 1BIMA 3EL0A 3PSYA 5P7TA 3TPRA 3D91A 4OD9B 5OZFA 3ER5E 5P7MA 3VEUA 1K6VA 3O99A 5P5SA 5P1LA 5P6FA 1XE6A 3URJA 3AIDA 5OYTA 4PPHA 5OZ9A 2OHRA 3D20A 4ER2E 5HDZA 3SO9A 5I3XA 4YBIA 1APTE 5F00A 5P61A 3SA6A 2FS4A 1JLDA 1DAZC 3O9GA 3EBZA 5P8RA 1ZP8A 4CP7A 1T7KA 1YX9A 4CPSA 2BKSA 4CPXA 1FQ6A 4D88A 4R92A 4FGXA 4Y4ZA 2FDPA 5P8GA 3UDQA 3WB5A 3DK1A 4OD9A 3BVBA 5P86A 4Y4XA 5P0JA 5P8HA 5P8CA 3KFNA 2BPWA 5DR7A 2IS0A 2RSPA 3DM6A 4GJAA 5P69A 4EJDA 5OZTA 2P83A 2J9JA 5P6KA 1D4JA 2V10C 2ZE1A 3KDDA 3NXEA 1PPKE 5P10A 5P4WA 1EPNE 4Y39A 4BELA 2IL2A 3HAWA 1HVHA 2WF4A 2R3TA 3HBOA 3S8IA 5P75A 4Q1WA 5P23A 3URIA 3IN3A 3KT2A 4Y5PA 2OHQA 4AA8A 2QK5A 3IGBA 3URLA 5P6NA 2B7FA 3UDJA 2QHYA 2QMGA 3BHEA 3EXOA 2QMDA 5P5DA 2G69A 3OHFA 3LZVA 1HSIA 3LPKA 5OYZA 1A30A 2A1EA 5P4AA 5P6OA 2AVMA 1HSGA 2AOHA 5P34A 2I4UA 2I4WA 5P5VA 5P53A 5P5FA 3TL9A 3M9FA 2QAKA 3CKPA 1F34A 5P01A 5P57A 1KZKA 3PVKA 2HM1A 5P6BA 5P6XA 3O9CA 1ENTE 1IZDA 3L38A 2FGUA 2R3WA 4J1EA 2VA5A 3VCMA 1BBSA 3QRSA 1YM4A 2VJ9A 1FMBA 1SIPA 3PWWA 2NXDA 4LC7A 5IE1A 4GIDA 1Q9PA 1MSMA 3EM3A 2P8HA 5P3NA 4AA9A 3CKTA 2IKOA 3KF0A 1BVEA 5P2KA 5DQ5A 1A94A 5P2NA 2HB4A 5SZ9A 4FAEA 3QIHA 4MC6A 4J1HA 5P7NA 4YDFA 5COKA 5P0TA 5HVPA 3NU5A 4HVPA 2WECA 3EKVA 3ZKNA 1T7IA 5P67A 3SKFA 4J0YA 1ZSFA 2B8LA 1RNEA 3FNSA 1UH9A 5P1WA 2V16C 5P6MA 5P6PA 3PBZA 3U6AA 1HWRA 3O9BA 5P6QA 5P6VA 3PLDA 1BWAA 5P0QA 2AODA 4YD3A 1OEWA 2F81A 3S43A 3A2OA 3VV8A 3GI4A 4XX3A 5P29A 2Q64A 4L7JA 5P3EA 4Y3YA 4HDPA 2AQUA 4GYEA 4Y3QA 4DPFA 5P3JA 4LXAA 1APUE 5OYUA 4OBKA 3OTYA 3D3TA 3L58A 3GGUA 3INDA 5P3SA 4ZSPA 1RPIA 3RTNA 5P2YA 5P3YA 3D1XA 5OZ4A 3EKYA 2QZLA 2QD6A 5P1JA 3VV6A 5P77A 3UDYA 2BQVA 2CEMA 4R91A 3SPKA 4D89A 3ER3E 2P3DA 4Y54A 4HEGA 1ZBGA 3NLSA 1W5XA 4I10A 3MXDA 2I0AA 1HVRA 1IBQA 2G94A 3OUBA 1BWBA 4YE3A 1FG8C 2JJJA 5P2FA 1GVXA 2VKMA 2OHLA 3QVIA 2H6SA 1KJGA 3ZPSA 4ZPEA 3O9DA 1QBSA 5DR4A 5SY2A 1K6TA 5AH8A 5P7SA 1LYBA 2B8VA 2R9BA 2PSUA 1HVLA 3D1ZA 1NSOA 4Y3PA 5P5WA 1J71A 4KE1A 3CIDA 2IRZA 4U7VA 1SH9A 2PWCA 5P6HA 3TKGA 3ZL7A 3ZKIA 5P3GA 1EPOE 1ER8E 3UF3A 4NJTA 3VLBA 3RTMA 5KR1A 3BUHA 1SDVA 3VG1A 5P5YA 2FNSA 3UDRA 2QU3A 4J55A 4Y37A 5P3OA 4DQCA 2HS2A 4OBZB 3UDPA 4OBFA 3OU1A 4Y4GA 5P5PA 4EXHA 4DJUA 2Z4OA 1PSNA 4L7HA 5P2DA 3RVIA 3WZ8A 4A4QA 4DJVA 5P07A 5P0IA 4J1FA 5P6IA 1FQ4A 2WF1A 3I25A 4J0TA 4Y5LA 5P42A 4F75A 3EKPA 1ZPAA 3VYEA 5P73A 1SMRA 2G20A 4ZEAA 3CYWA 5OYSA 3MSLA 2MIPA 3SA8A 1DIFA 3KFPA 5JFPA 3APRE 5P2WA 1SMEA 4YD7A 3KYRA 5DPZA 2VNNA 5OZAA 5P4NA 5P7XA 5AH7A 4J54A 5FIVA 4RZ1A 1GVTA 4ZPGA 4EQJA 5P79A 3GGXA 5P7WA 5P0DA 1NH0A 1LV1A 5IVSA 5P2GA 3QN8A 1A9MA 3OU3A 2EWYA 4Y57A 3OQDA 5P0OA 2BBBA 4RRSA 4RCEA 2F80A 4BEKA 4HLAA 3CYXA 4CKUA 3H0BA 4AMTA 5P8JA 4Y3RA 2HIZA 4H3FA 4Y51A 8HVPA 1HTGA 4F74A 5P8IA 2VIYA 4OC6A 5ISJA 2HC0A 5OZQA 5P3LA 3NXNA 3UFLA 4YD5A 5P4PA 4I0FA 1AAQA 1D4SA 2OHMA 3LIQA 5ENMA 1D4KA 5OZKA 3FSMA 1PPME 2VA6A 1PROA 5T4SA 1ZAPA 4KUPA 4EQ0A 1QS8A 4FRKA 1LZQA 4ZSQA 4R93A 2ZHRA 3ZKXA 5P4EA 4Y4UA 5P7IA 2ZJLA 2BPYA 4ZPFA 5KAOA 5HU0A 3T3CA 5OZ0A 4DJXA 5P20A 4Y36A 1OHRA 1YTJA 2QI0A 5P33A 5P6LA 4HE9A 4X2LA 1FQ5A 1HPSA 2G1SA 5SY3A 2V12C 3RU1A 3VF7A 1HPVA 4QJ8A 4J1KA 4B0QA 1K6PA 5P3BA 5OZCA 2OHNA 3PI0A 3OGQA 1LYAA 5P0HA 5P6CA 1DMPA 3OXWA 3EC0A 2G1OA 4JPEA 1RV7A 5P6JA 3S7MA 2ZHSA 5P3MA 2B60A 4RRNA 4LBTA 3BGBA 1LF2A 3O9IA 5OZXA 5IS4A 2V00A 4Y50A 3LHGA 1E82E 3CMSA 2UPJA 5P4RA 3APPA 5OZRA 2R38A 3HVPA 5OZMA 5P68A 5AHBA 2V13A 2FIVA 2QZWA 1LEEA 4JECA 5P41A 4J1CA 2VIZA 5KQXA 5P4KA 4I8ZA 3TPJA 5P8BA 2P3BA 5P3TA 5P2SA 1AJXA 3Q70A 3OHHA 5TOLA 1PFZA 1DPJA 5P2JA 1FB7A 4NJUA 3VYDA 2NNPA 5HDVA 2VJ6A 5P2IA 2VS2A 1B11A 5P08A 1QBRA 3RTHA 5P40A 1XN3A 5CLMA 1GNNA 2AOFA 5P4DA 4Q5MA 4Y3FA 3LNKA 1B6KA 3UDNA 5P6DA 3BRAA 4ZSMA 3SM2A 4J0ZA 2BPVA 5P7RA 3O9AA 1AJVA 4Y3WA 5P2BA 3PJ6A 2FXEA 1MIQA 5P27A 5P6WA 5P6GA 5OZ1A 3IA9A 3KT5A 5OZNA 1EC1A 5DR1A 2OAHA 2ZHUA 3O9EA 3PMUA 3UPJA 4FCOA 4Y3XA 3L5BA 2WL0A 5P7HA 2ER9E 3DCRA 5P1NA 2J9JB 5P2HA 4TRYA 2G21A 5OZWA 1U8GA 1EPRE 1BV7A 4Y3JA 5P4GA 2WJOA 1HTEA 3L5CA 5DQ1A 5P1BA 1PPLE 5P52A 1B6MA 1RQ9A 5P3VA 4Y38A 4Q1XA 5KR0A 1BXOA 5P1QA 5P5AA 2IGYA 3EM6A 4HZTA 1ODYA 3TNEA 3IAWA 5P62A 2P3CA 3O9LA 5P81A 1E5OE 3DV5A 4J5JA 4WTUA 4Y48A 2PWRA 2PYNA 1EPME 1E81E 3LZUA 1ME6A 5P0NA 2Q11A 2BPZA 4TRZA 5I3VA 2R5QA 5HE7A 5P36A 2HPEA 5P5LA 7HVPA 3HW1A 1MVPA 3R4BA 3EL4A 3OQAA 3R0WA 2WKZA 4NJVA 5OZZA 3TOHA 4JOOA 3OWNA 1ODWA 2RKGA 1HIHA 5P1OA 5P58A 4EYRA 5P3FA 3PWRA 3NSHA 2O4NA 5OYVA 1BXQA 5P5BA 2PSGA 2VJ7A 1PSAA 5P80A 5P18A 3IXOA 1K1UA 1TZSA 1XN2A 2G27A 4LL3A 1B5FA 5EZXA 2AVOA 5P17A 1K2BA 5P48A 1FKNA 5P78A 3BXRA 1ODXA 4J0PA 1C6YA 3LZYA 5P2ZA 3G72A 1MEUA 3F9QA 5BWYA 5P31A 4NPUA 4YBFA 4GB2A 3VYFA 4Y3HA 3DV1A 3N4LA 1EBWA 3UQXA 1PSOE 5P5MA 4H1EA 1AM5A 2ZJHA 3PBDA 2WF3A 3LITA 5P54A 3S43B 3KM4A 4ZSRA 5P43A 1EBYA 3S53A 2QP8A 4EHCA 5P25A 1Z1HA 3UTLA 5P8VA 3SFCA 5J25A 5OZ6A 4ACUA 3LPIA 1DP5A 2FNTA 4N00A 5P8FA 3KN0A 1MTRA 1A8GA 4DJYA 2NR6A 5P7BA 2PH6A 3LPJA 5P1DA 4Q1YA 4Y5CA 4Z50A 5OYYA 5P0PA 5P19A 4RCDA 5P4SA 2QI4A 5F01A 4FS4A 5OZEA 5P83A 3L3AA 4U8WA 1YTGA 4IVTA 5OZGA 2JYSA 1EBKC 5P6RA 3R2FA 3KMXA 5OZJA 3B80A 3O9FA 2BJUA 5I3WA 2AOIA 4Y3ZA 2NXLA 3QI1A 4Y3LA 1AXAA 5HD0A 5P6TA 2F3FA 4QJ7A 3WZ7A 2G26A 3SM1A 4LXKA 1W5YA 3INFA 2I4QA 1LYBB 3PRSA 5P4ZA 4Y5MA 4KE0A 4RVIA 1IVQA 4X7IA 5P0GA 1FG6C 5AH9A 2ZJKA 4Y45A 4RCFA 1LF3A 5P6AA 5P0SA 3SLZA 4QJAA 2OHTA 3OU4B 3BXSA 1TQFA 3S2OA 4OBDA 2Z54A 3L5EA 5P0CA 3KFSA 1EPLE 3LZSA 1XE5A 1FQ8A 2ER7E 5C9FA 1G0VA 2Q54A 3Q4BA 3OGPA 3BC4A 4B1EA 5P8AA 4I1CA 3OU1B 4Y3AA 5P6EA 4R5NA 1IDAA 4ZIPA 3PB5A 3OY4A 5JODA 5P4MA 2OF0A 4Y3SA 5P1YA 4DVFA 5P84A 4DPIA 1EPPE 5B18A 1SBGA 4B00A 2AZCA 3OU4A 3NWQA 5P46A 1HEGE 2WEDA 3S45A 2G1YA 3NDXA 1WBKA 3ZKGA 1YG9A 3SQFA 4JPCA 1T3RA 1SGZA 1D4HA 4Y3EA 5DR0A 4RYCA 4Y3MA 5HU1A 3CKRA 5P00A 3TH9A 3B7VA 1A8KA 3IXKA 1IZHA 1MT8A 4AZYA 4DUSA 3ST5A 3QS1A 2QCIA 1C6XA 3INHA 5P66A 3FNTA 3INEA 4Y9WA 3T11A 3OUDA 4RYGA 4COEA 4DJRA 2WF0A 5P1FA 5P4VA 4DFGA 3EMYA 3MWSA 2PH8A 1EC0A 2JXRA 3S56A 1YTHA 2IGXA 3T6IA 5P6SA 1ZLFA 3EKQA 5P24A 4I0JA 4YHQA 1W6HA 5BS4A 5KQYA 2R43A 3QPJA 5P2LA 5OZVA 2G22A 5P1MA 3NR6A 2QMPA 5P37A 5P1TA 5OYXA 3FV3A 3EL9A 3SA5A 4OC6B 3MXEA 2OHSA 4QLHA 4XXSA 3QP0A 1FIVA 1FFFC 4APRE 4FM6A 5DR8A 5P26A 3UQRA 3SABA 3TTPA 5P3AA 2I4VA 4D85A 3MSJA 5P7GA 3BGCA 3QRVA 4BFDA 1EEDP 5OZLA 3QRMA 5P1EA 2F3KA 5PEPA 5HE4A 3T7PA 5P71A 1GVWA 1META 5P65A 6APRE 2A4FA 5OYWA 5COOA 1EPQE 3PCZA 5P8EA 1FFIC 5P3XA 1QBTA 3AUPA 5KQFA 5ENKA 4Y3DA 1SIVA 5P7OA 3BUGA 5P1KA 5OZPA 3OADA 5KR8A 3K5CA 2WEZA 2PYMA 5P85A 3T7XA 2QU2A 3NDTA 2O40A 3FNUA 5P5CA 5P82A 3TLHA 1W5VA 5P8PA 3WSJA 3OQFA 4DQFA 5P3PA 5P2TA 1RL8A 4Y5BA 4L1AA 1LYAB 2AZ8A 4Y43A 5P32A 2HB2A 5P63A 5OZ3A 4GJ7A 5OZSA 5P0FA 1OEXA 2UXZA 5P4IA 1LS5A 4WY6A 4GJ6A 2Q5KA 5P59A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P39 A;  4QGI A;  1ZSR A;  1T7J A;  2XFJ A;  3S54 A;  3LIV A;  4GJ5 A;  2QZX A;  2QMF A;  1APW E;  3D1Y A;  2QI3 A;  3EKX A;  2ZJJ A;  2VNM A;  3NWX A;  3ZKQ A;  4APE A;  5P2V A;  1GNO A;  4FSE A;  4QJ2 A;  1HTF A;  5P4L A;  2B42 A;  5P2Q A;  2Q15 A;  2ZYE A;  4Y6M A;  1HVJ A;  5CON A;  5P8S A;  4H3G A;  5P1G A;  2IEO A;  4M8X A;  5HDU A;  1IIQ A;  1HIV A;  5P16 A;  3I2L A;  1FEJ C;  1D4L A;  5APR E;  4FM8 A;  3UFN A;  1FQX A;  5P35 A;  2F3E A;  5P2O A;  1APV E;  2J9K A;  4FM7 A;  3WB4 A;  3LIY A;  5P45 A;  1LYW B;  1LF4 A;  2AZ9 A;  1B6L A;  5P28 A;  3K5F A;  5P5T A;  5P72 A;  2G1R A;  4D8C A;  2Q55 A;  2PMA A;  2NMZ A;  3TKW A;  3VFB A;  1QRP E;  4YCY A;  3DJK A;  5P7A A;  4GJD A;  1IDB A;  1W50 A;  3IXJ A;  5P0E A;  5P38 A;  5E5J A;  3NUO A;  5I3Y A;  5ISK A;  5P76 A;  2AVS A;  5P4H A;  3PHV A;  5P1Z A;  2QD7 A;  2QI6 A;  1HXB A;  1BIM A;  3EL0 A;  3PSY A;  5P7T A;  3TPR A;  3D91 A;  4OD9 B;  5OZF A;  3ER5 E;  5P7M A;  3VEU A;  1K6V A;  3O99 A;  5P5S A;  5P1L A;  5P6F A;  1XE6 A;  3URJ A;  3AID A;  5OYT A;  4PPH A;  5OZ9 A;  2OHR A;  3D20 A;  4ER2 E;  5HDZ A;  3SO9 A;  5I3X A;  4YBI A;  1APT E;  5F00 A;  5P61 A;  3SA6 A;  2FS4 A;  1JLD A;  1DAZ C;  3O9G A;  3EBZ A;  5P8R A;  1ZP8 A;  4CP7 A;  1T7K A;  1YX9 A;  4CPS A;  2BKS A;  4CPX A;  1FQ6 A;  4D88 A;  4R92 A;  4FGX A;  4Y4Z A;  2FDP A;  5P8G A;  3UDQ A;  3WB5 A;  3DK1 A;  4OD9 A;  3BVB A;  5P86 A;  4Y4X A;  5P0J A;  5P8H A;  5P8C A;  3KFN A;  2BPW A;  5DR7 A;  2IS0 A;  2RSP A;  3DM6 A;  4GJA A;  5P69 A;  4EJD A;  5OZT A;  2P83 A;  2J9J A;  5P6K A;  1D4J A;  2V10 C;  2ZE1 A;  3KDD A;  3NXE A;  1PPK E;  5P10 A;  5P4W A;  1EPN E;  4Y39 A;  4BEL A;  2IL2 A;  3HAW A;  1HVH A;  2WF4 A;  2R3T A;  3HBO A;  3S8I A;  5P75 A;  4Q1W A;  5P23 A;  3URI A;  3IN3 A;  3KT2 A;  4Y5P A;  2OHQ A;  4AA8 A;  2QK5 A;  3IGB A;  3URL A;  5P6N A;  2B7F A;  3UDJ A;  2QHY A;  2QMG A;  3BHE A;  3EXO A;  2QMD A;  5P5D A;  2G69 A;  3OHF A;  3LZV A;  1HSI A;  3LPK A;  5OYZ A;  1A30 A;  2A1E A;  5P4A A;  5P6O A;  2AVM A;  1HSG A;  2AOH A;  5P34 A;  2I4U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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