The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
113
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sequence length |
335
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structure length |
334
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Chain Sequence |
AVKVAINGFGRIGRLAFRRIQEVEGLEVVAVNDLTDDDMLAHLLKYDTMQGRFTGEVEVVDGGFRVNGKEVKSFSEPDASKLPWKDLNIDVVLECTGFYTDKDKAQAHIEAGAKKVLISAPATGDLKTIVFNTNHQELDGSETVVSGASTTNSLAPVAKVLNDDFGLVEGLMTTIHAYTGDQNTQDAPHRKGDKRRARAAAENIIPNSTGAAKAIGKVIPEIDGKLDGGAQRVPVATGSLTELTVVLEKQDVTVEQVNEAMKNASNESFGYTEDEIVSSDVVGMTYGSLFDATQTRVMSVGDRQLVKVAAWYDNEMSYTAQLVRTLAYLAELSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| molecule keywords |
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1
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| publication title |
Protein S-Bacillithiolation Functions in Thiol Protection and Redox Regulation of the Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase Gap in Staphylococcus aureus Under Hypochlorite Stress.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Staphylococcus aureus (strain mrsa252)
|
| total genus |
113
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| structure length |
334
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| sequence length |
335
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
1.2.1.12: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating). |
| pdb deposition date | 2016-09-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00044 | Gp_dh_N | Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain |
| A | PF02800 | Gp_dh_C | Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 | Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4R41 A; 3QW2 A; 3K2B A; 3WGY A; 3WGZ A; 3IDS A; 1C3V A; 1P1K A; 1EBU A; 1VKO A; 2GZ1 A; 4R5M A; 2CZC A; 3WBB A; 3BTU A; 3NTQ A; 4O63 O; 3QVW A; 4FB5 A; 1E7Y A; 1TLT A; 1NWH A; 2D2I A; 3IJP A; 2IXA A; 3PZR A; 4KOA A; 3L6O O; 5KVS A; 1HDG O; 5BNT A; 1LC3 A; 3DAP A; 1K3T A; 3E18 A; 4DPM A; 5KVQ A; 3STH A; 5EES A; 4MIO A; 1DRW A; 3B1J A; 3EC7 A; 1VM6 A; 4PG7 A; 3KSD O; 4GPD 1; 4PG8 A; 3DMT C; 2YV3 A; 4K9D A; 1E5Q A; 2O48 X; 3ABI A; 4R51 A; 3K9Q O; 3TZ6 A; 4IQ8 A; 2GZ3 A; 2QZ9 A; 3U3X A; 2PKR A; 4EW6 A; 5DDI P; 3KSZ O; 3GNQ A; 3M2T A; 5EIN A; 1DC4 A; 1RM3 A; 1H93 A; 4P8R A; 3HQ4 O; 3WGO A; 4MKX A; 3NT4 A; 1YL6 A; 4MVJ G; 1DIH A; 1GPD G; 2BHL A; 4MJL A; 1DC6 A; 1QKI A; 4R3N A; 5C7L O; 1P1H A; 1A7K A; 1H9A A; 3PWS A; 1CRW G; 3V5N A; 4RL6 A; 1PU2 A; 4HKT A; 1VKN A; 2VYV A; 1NX6 A; 1YS4 A; 2G17 A; 2DPG A; 4MVJ D; 2R00 A; 1BRM A; 5M6D A; 3FHL A; 3LVF O; 4MVJ I; 3WYB A; 5GZ6 A; 4R54 A; 2GYY A; 4MVJ M; 1RM5 A; 3E82 A; 3WYC A; 4R5H A; 2I3G A; 4L9R A; 4QX6 A; 3K73 O; 3RBV A; 1H94 A; 2NVW A; 1NBO A; 3QY9 A; 4DBV O; 1GYP A; 1LC0 A; 4WNC A; 3L0D A; 3RC1 A; 2B4T O; 3NT5 A; 3B20 A; 4IQ0 A; 5J9G A; 3Q0E A; 3WB9 A; 4PG5 A; 1GL3 A; 2PKQ O; 5C7I O; 2DAP A; 2Q22 A; 3VOS A; 5A04 A; 1I33 A; 1IHX A; 2I5P O; 1OFG A; 1H9B A; 1Q7G A; 1DRU A; 2GLX A; 3H9E O; 3E5R A; 4F3Y A; 1GR0 A; 3OHS X; 1U8F O; 3DO5 A; 1GAE O; 3Q2K A; 4R4J A; 3DR3 A; 1DSS G; 3RVD A; 4GMF A; 3JSA A; 4MVJ F; 1CF2 O; 1RYE A; 1SZJ G; 3E9M A; 3ZDF A; 1E5L A; 4WNI A; 5T73 A; 3CPS A; 1NVM B; 3RCB A; 1P9L A; 3LC7 O; 1T4D A; 3OQB A; 4ZHS A; 1F06 A; 4PG4 A; 3V2U A; 4MVJ A; 1H6B A; 3WGQ A; 4PG6 A; 3PYX A; 2VYN D; 3I23 A; 3E1K A; 1LA2 A; 3DOC A; 3QV1 A; 4MVJ H; 2Q49 A; 3HNP A; 3C1A A; 4DIB A; 5GZ1 A; 1XYG A; 4XB1 A; 1EBF A; 4N54 A; 1QXS A; 3PWK A; 1U1I A; 2PKQ P; 3RC9 A; 3CIF A; 1NQO A; 4MVJ E; 3DB2 A; 3MTJ A; 2DC1 A; 1I32 A; 3NTO A; 4INA A; 1DBV O; 3PYL A; 5JYF A; 2HO5 A; 1DC3 A; 4BOY A; 2H63 A; 3L4S O; 2HKI A; 3KV3 O; 4LGV A; 1PR3 A; 1J0X O; 2GZ2 A; 4MKZ A; 3Q1L A; 3OA0 A; 5AVO A; 3GFG A; 1RM4 A; 3MOI A; 1E77 A; 4Z0H O; 1YDW A; 1OZA A; 3F4L A; 1YL7 A; 1DRV A; 2X0N A; 1ML3 A; 1H2H A; 5A06 A; 1NQA O; 3PYM A; 3QVS A; 4MIY A; 2EJW A; 3EUW A; 2Q4E A; 3DMT A; 3PFW O; 3CMC O; 4GQA A; 1NPT O; 1YWG O; 2P2S A; 3ING A; 4MIE A; 3NT2 A; 1RYD A; 4XB2 A; 5JW6 A; 1VSU A; 4NHE A; 1H6A A; 1P1F A; 1YL5 A; 5JY6 A; 1GD1 O; 4LRT B; 1TVE A; 2AXQ A; 1B7G O; 2B4R O; 2VYV D; 3PZB A; 2OZP A; 3BTS A; 3DBV O; 1PS8 A; 2VYN A; 4YDR A; 3B1K A; 2I3A A; 1T4B A; 4H3V A; 1DAP A; 1H6C A; 2R00 C; 3DTY A; 2NQT A; 1NWC A; 1TA4 A; 4WOJ A; 5JYA A; 1GAD O; 3OA2 A; 3NTR A; 1Q2X A; 3UW3 A; 1VSV A; 3Q11 A; 1J5P A; 1DPG A; 2IXB A; 3EZY A; 5JYE A; 3QVX A; 4YWJ A; 3EVN A; 1VC2 A; 2EP5 A; 3ZCX A; 3HJA A; 3MZ0 A; 2GD1 O; 2BH9 A; 3BIO A; 1XEA A; 3C8M A; 1H6D A; 3WBF A; 3V1Y A; 1GCU A; 2G82 A; 1E7M A; 3BTV A; 3E6A A; 5EIO A; 3UUW A; 1JKF A; 2X5K O; 4L8V A; 4DPK A; 1ARZ A; 5EER A; 1JKI A; 2DUU A; 2X5J O; 1MC4 A; 3Q2I A; 2CVO A; 4LRS B; 5C7O O; 3LC2 O; 3QVT A; 3CIN A; 2POQ X; 3HSK A; 1PQU A; 1GYQ A; 2XF8 A; 3RC7 A; 4MIN A; 2YYY A; 1EVJ A; 1P1I A; 1CER A; 1PQP A; 2DBV O; 5A02 A; 1DC5 A; 5A03 A; 3FD8 A; 1P1J A; 1JN0 A; 2EP7 A; 5CEF A; 3GPD G; 1FF9 A; 4JN6 B; 3KUX A; 2O4U X; 4R3W A; 1ZH8 A; 1OBF O; 4DPL A; 4HAD A; 5GZ3 A; 1NQ5 A; 5A05 A; 3O9Z A; 3GDO A; 4O59 O; 1ZNQ O; 5AQ1 A; 1IHY A; 3LC1 O; 4MVJ P; 2HJS A; 4LSM A; 3VAZ A; 4GMG A; 1S7C A; 1TB4 A; 3IP3 A; 3CEA A; 1RM0 A; 1MB4 A; 3RC2 A; 4ZIC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4R41 A; 3QW2 A; 3K2B A; 3WGY A; 3WGZ A; 3IDS A; 1C3V A; 1P1K A; 4XR4 A; 1EBU A; 1VKO A; 2GZ1 A; 4R5M A; 2CZC A; 3WBB A; 3BTU A; 1MHM B; 3NTQ A; 4O63 O; 3QVW A; 4FB5 A; 1E7Y A; 1TLT A; 1NWH A; 2D2I A; 3IJP A; 2IXA A; 3PZR A; 4KOA A; 3L6O O; 5KVS A; 1HDG O; 5BNT A; 1LC3 A; 3DAP A; 1K3T A; 3DZ7 B; 3E18 A; 4DPM A; 5KVQ A; 3TUT A; 3STH A; 5EES A; 4MIO A; 1DRW A; 3B1J A; 3EC7 A; 1VM6 A; 4PG7 A; 3KSD O; 4GPD 1; 4PG8 A; 3KGD A; 3DMT C; 2YV3 A; 4K9D A; 1E5Q A; 2O48 X; 3ABI A; 4R51 A; 3K9Q O; 3TZ6 A; 4IQ8 A; 2GZ3 A; 2QZ9 A; 3U3X A; 2PKR A; 4EW6 A; 5DDI P; 3KSZ O; 3GNQ A; 3M2T A; 5EIN A; 1DC4 A; 1RM3 A; 3TW3 A; 1H93 A; 4P8R A; 3HQ4 O; 3HXL A; 3WGO A; 4MKX A; 3NT4 A; 1YL6 A; 4MVJ G; 1DIH A; 1GPD G; 3DZ2 B; 2BHL A; 2PH5 A; 4MJL A; 1DC6 A; 1QKI A; 4R3N A; 5C7L O; 1P1H A; 1A7K A; 1H9A A; 3PWS A; 1CRW G; 3V5N A; 4RL6 A; 1PU2 A; 4HKT A; 1VKN A; 2VYV A; 1NX6 A; 1YS4 A; 2G17 A; 3EPB B; 3EP7 B; 2DPG A; 4MVJ D; 2R00 A; 1BRM A; 5M6D A; 3FHL A; 3LVF O; 4MVJ I; 3WYB A; 5GZ6 A; 3DZ5 B; 4R54 A; 2GYY A; 4MVJ M; 1RM5 A; 3E82 A; 3WYC A; 1UYJ A; 4R5H A; 3EP3 B; 1I7B B; 2I3G A; 4L9R A; 4QX6 A; 3K73 O; 3RBV A; 1H94 A; 2NVW A; 1NBO A; 3QY9 A; 4DBV O; 1GYP A; 1I7C B; 1LC0 A; 4WNC A; 3L0D A; 3RC1 A; 2B4T O; 3NT5 A; 3EP4 B; 3B20 A; 4IQ0 A; 5J9G A; 3Q0E A; 3WB9 A; 3EP5 B; 4PG5 A; 1GL3 A; 1I72 B; 3EP9 B; 2PKQ O; 5C7I O; 2DAP A; 2Q22 A; 3VOS A; 3DZ6 B; 5A04 A; 1I33 A; 1IHX A; 3EP6 B; 2I5P O; 3H0V B; 1OFG A; 1H9B A; 1Q7G A; 4II7 A; 1DRU A; 2GLX A; 3H9E O; 3E5R A; 4F3Y A; 1GR0 A; 3OHS X; 1U8F O; 3DO5 A; 1GAE O; 3Q2K A; 4R4J A; 3DR3 A; 1DSS G; 3RVD A; 4GMF A; 3JSA A; 4MVJ F; 1CF2 O; 1RYE A; 1SZJ G; 3E9M A; 3ZDF A; 1E5L A; 4WNI A; 5T73 A; 3CPS A; 4XQC A; 1NVM B; 3RCB A; 1P9L A; 3LC7 O; 3ZJX A; 1T4D A; 3OQB A; 4ZHS A; 1F06 A; 4PG4 A; 3V2U A; 4MVJ A; 1H6B A; 3WGQ A; 4PG6 A; 3PYX A; 2VYN D; 3I23 A; 5TVO B; 3E1K A; 1LA2 A; 3DOC A; 3QV1 A; 4MVJ H; 2Q49 A; 3HNP A; 3C1A A; 4DIB A; 5GZ1 A; 1XYG A; 4XB1 A; 1EBF A; 4N54 A; 1QXS A; 3PWK A; 1U1I A; 2PKQ P; 3RC9 A; 3CIF A; 1NQO A; 4MVJ E; 3DB2 A; 3MTJ A; 3EP8 B; 2DC1 A; 1I32 A; 3NTO A; 4INA A; 1DBV O; 3PYL A; 5JYF A; 2HO5 A; 1DC3 A; 1QMI A; 4BOY A; 2H63 A; 3L4S O; 2HKI A; 3KV3 O; 4LGV A; 1PR3 A; 1J0X O; 3H0W B; 2GZ2 A; 4MKZ A; 3Q1L A; 3OA0 A; 5AVO A; 3GFG A; 1RM4 A; 3MOI A; 1E77 A; 4AK1 A; 4Z0H O; 1YDW A; 1OZA A; 3F4L A; 1YL7 A; 1I7M B; 1DRV A; 2X0N A; 1ML3 A; 1H2H A; 5A06 A; 1NQA O; 4PLP A; 3PYM A; 3QVS A; 4MIY A; 2EJW A; 3EUW A; 2Q4E A; 3IWC B; 3DMT A; 3DZ4 B; 3PFW O; 3CMC O; 4GQA A; 3DZ3 B; 1NPT O; 1YWG O; 2P2S A; 3ING A; 4MIE A; 3NT2 A; 1RYD A; 4XB2 A; 5JW6 A; 1VSU A; 4NHE A; 4TVB A; 1H6A A; 1P1F A; 1YL5 A; 5JY6 A; 1GD1 O; 4LRT B; 1TVE A; 2AXQ A; 1B7G O; 3TUX A; 4XQE A; 2B4R O; 2VYV D; 3PZB A; 2OZP A; 3BTS A; 3DBV O; 1PS8 A; 2VYN A; 4YDR A; 3B1K A; 2I3A A; 1T4B A; 2FPN A; 4H3V A; 1DAP A; 1H6C A; 2R00 C; 3DTY A; 4XQ9 A; 2NQT A; 1NWC A; 1TA4 A; 4WOJ A; 5JYA A; 3EPA B; 1GAD O; 3OA2 A; 3NTR A; 1QMH A; 1Q2X A; 1I79 B; 3UW3 A; 1VSV A; 3Q11 A; 1J5P A; 1DPG A; 2IXB A; 3EZY A; 5JYE A; 3QVX A; 4YWJ A; 3EVN A; 1VC2 A; 2EP5 A; 3ZCX A; 3HJA A; 3MZ0 A; 2GD1 O; 2BH9 A; 3BIO A; 1XEA A; 3C8M A; 1H6D A; 3WBF A; 3TV1 A; 3V1Y A; 1GCU A; 2G82 A; 1E7M A; 3PQV A; 3BTV A; 3E6A A; 5EIO A; 3UUW A; 1JKF A; 2X5K O; 4L8V A; 4DPK A; 1ARZ A; 5EER A; 1JKI A; 2DUU A; 2X5J O; 1MC4 A; 3Q2I A; 2CVO A; 4LRS B; 5C7O O; 3LC2 O; 3QVT A; 3CIN A; 2POQ X; 3HSK A; 1PQU A; 1GYQ A; 2XF8 A; 3RC7 A; 4O8J A; 4MIN A; 2YYY A; 1EVJ A; 1P1I A; 1CER A; 3IWB B; 1PQP A; 2DBV O; 5A02 A; 1DC5 A; 5A03 A; 3FD8 A; 1P1J A; 1JN0 A; 2EP7 A; 5CEF A; 3GPD G; 1FF9 A; 4JN6 B; 3KUX A; 2O4U X; 4R3W A; 1ZH8 A; 1OBF O; 4DPL A; 4HAD A; 5GZ3 A; 1NQ5 A; 5A05 A; 3O9Z A; 3GDO A; 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