5TIM | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Refined 1.83 A structure of trypanosomal triosephosphate isomerase crystallized in the presence of 2.4 M-ammonium sulphate. A comparison with the structure of the trypanosomal triosephosphate isomerase-glycerol-3-phosphate complex. pubmed doi rcsb
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	92
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1991-04-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5timA00

3T7VA 1OYAA 5F4WA 3TDFA 3GB6A 1LORA 3NZRA 2FIQA 4NNBA 3B06A 1TTQA 4AF0A 3QJAA 1S5WA 3STEA 2QDHA 1QPNA 2NX9A 2XFWA 1WA3A 3CC1A 4H4IA 3DKJA 3EWWA 1OX4B 4HPXA 1TPB1 3NQDA 4POCA 1TSIA 3W9ZA 3QSTA 1IXOA 3HPSA 5KINA 3NPWA 3NQEA 2C0AA 3MHUA 1ICPA 4IMEA 1A53A 3TQKA 1TPUA 2QCMA 3W1XA 4R34A 4WJEA 5D2VA 1DHPA 1LROA 1DVJA 1KFKA 1K7EA 4CQAA 1IGSA 1ICSA 5L6UA 4Y6GA 4LUIA 3MYPA 4RV8A 3S1XA 4Z1DA 3GZ3A 3FYOA 1PV8A 3M41A 4JEQA 1DJQA 4MY1A 2X1TA 4J9JA 3M44A 4ZVJA 3G3DA 5EPDA 3G18A 4UTLA 3DFSA 3QC3A 4ADTA 1RPXA 2Q8LA 3NOEA 1I8JA 3G1YA 2ZZ4A 3PWAA 2VFGA 4I7UA 1B4KA 2J24A 1PL9A 3M5YA 4N9DA 3TXZA 4DQWA 1W1ZA 2NXIA 2FB2A 2ATMA 5D38A 2VFFA 3Q94A 3MO7A 4Z0JA 3W7RA 2CZDA 2YFOA 3HIJA 3PBYA 4IMFA 4QM1A 3GLCA 3LOTA 3MP3A 3ABOA 4UC5A 1W37A 1NAL1 3PULA 3I7RA 4HNVA 4A21A 2YW3A 4UTWC 4JX5A 3N34A 3S5NA 3TSDA 3WJWA 1H1ZA 4AHOA 3G1SA 3P61A 4AXKA 4AWSA 3HG4A 4OV9A 2QUVA 1NF7A 3LCXA 2ISSA 3FJLA 1KFCA 3BG5A 3M5VA 3NVTA 3NM1A 1WOBA 4GUIA 4UTIA 1YDNA 1KM3A 2CLLA 2GQ9A 4N6EA 4JX6A 3KAOA 4UNLA 5CZSA 4O8RA 4AF0B 4L4LA 4IGHA 4LV9A 4R53A 3SFKA 1H61A 1VJIA 3GDKA 2RHGA 4IMDA 2YYTA 1SW3A 3MBDA 7TIMA 3CU2A 5F4XA 5LNRA 1DL3A 4DXVA 2QJGA 4CCCA 3N14A 5TIMA 8TIMA 2O7SA 2JGQA 2YSWA 5D30A 1L2UA 3IVUA 4UTTC 1FX6A 2YXGA 4FNPA 3C2FA 3VNDA 4ORIA 3W1TA 4LS0A 3JRKA 3INPA 5D37A 4FNSA 4A2SA 2B7PA 3O63A 3BLIA 3MP5A 4MY9A 4GUFA 1KM2A 4M6VA 5D2WA 4TIMA 4E2BA 3ABQA 3LTYA 4GJ1A 1JCNA 4N6FA 5D03A 5K4XA 4OHQA 1FWWA 2IQTA 4YL2A 5KSWA 3EKZA 3ATYA 2B4GA 3IIZA 1EP2A 4RK8A 1NVMA 2E77A 4EF9A 3P8IA 1R2RA 2EKCA 3A21A 3DI0A 5HMSA 2Z6JA 4CQ8A 2A7NA 5AHIA 1JQVA 2WJZA 3OVPA 3W84A 1D3HA 4IMCA 5DCBA 2Y7FA 1I2QA 3P81A 3WJXA 1L9WA 4DF1A 1B4EA 1Q45A 3TW6A 3ZWSA 3G8EA 2NLIA 1G6CA 3S5ZA 2ZRWA 2R94A 3MP4A 1ZJIA 1X1OA 3NDOA 4Z1AA 1XL9A 4O52A 3NPUA 1LTDA 3W7DA 2E6AA 4NJJA 2FDSA 4LTSA 1C8VA 1G4SA 1ME9A 1H7WA 2ZA2A 4LUJA 1GVRA 1S3HA 1LRQA 3LHVA 5E0KA 4WXYA 3WK0A 3H54A 1FXQA 1Q6OA 2A7RA 3OG3A 5CPLA 1TJPA 3LI1A 3C0JA 5AYZA 2VEMA 3TMLA 1HUVA 2DP3A 5G2IA 1JCMP 3SSJA 2GJLA 3G1XA 1GT8A 1WBHA 1A5CA 2WNQA 2CW6A 2ZTJA 1QOPA 4BK9A 3E49A 2A6LA 2UV8G 3W7QA 1RVGA 3CEUA 4FF7A 1JUEA 1TMHA 1JVNA 1H7XA 2CLMA 1GTEA 3BW2A 1BTMA 1XXXA 3LHWA 3P82A 3BGJA 1PHQA 5LNWA 5LNVA 2B7OA 3R13A 2Z2UA 3WJYA 2C6QA 3NQFA 1XUUA 4NXSA 4CLMA 1ZHAA 1RQEA 5LHFA 3CQ0A 2H6RA 3RLUA 4TU1A 4FHAA 1AG1O 3NQGA 6ALDA 2YDAA 3O6YX 1HTIA 3U2OA 1KM6A 2ZRYA 3F4WA 5A5WA 1OF8A 3BLEA 1NEYA 3CB8A 2ZA1A 3N19B 1O95A 1GEQA 1YYAA 3LHZA 2X2GA 1LOSA 5TBOA 3W83A 4HN4A 3L5AA 2B7NA 4DO6A 4M19A 2DZSA 1S5TA 1OFOA 3UYCA 4X2RA 3DU0A 4TX9A 1K8ZA 2DZPA 5AHEA 2VEKA 3G1FA 3DXIA 1VR6A 2NUYA 3P60A 4CNNA 3EX3A 3B0VC 4NT0A 2V2CA 4BWLC 3MI3A 2J27A 4IXHA 3MMTA 1KBJA 3L65A 2Y7DA 1JCXA 4OU1A 2BXVA 1GYLA 3E0IA 1VCGA 2CWNA 5DY2A 1R47A 3QMRA 5IBXA 4AAJA 3OA3A 4MKNA 2DORA 4O54A 3C2EA 1LBMA 4N4PA 2DZWA 5FF7A 1IXPA 5DN1A 1YDOA 4ONVA 3W1PA 2CLHA 1KFBA 1TV7A 1H1YA 2ALDA 4M6PA 2NX1A 5MHBA 1BKSA 4NJGA 1VYRA 4DEFA 3THAA 2OT0A 1X6UA 3IV3A 1DQWA 3TSMA 3IGUA 3TSBA 2NZLA 2O7QA 4BI5A 1QOQA 3FKRA 2FLIA 5EY5A 4JD4A 1DJNA 5CZ0A 2V81A 1TRDA 2QDGA 3S1VA 2DJLA 2QJIA 4K8EA 4QJ1A 3LCGA 4FXSA 5H91A 2QCCA 3QEZA 3OVQA 4LS1A 2J9YA 1QPQA 3LERA 2RFGA 4XKYA 3PY2A 4PL1A 3PBVA 3DH7A 3O16A 3CLMA 4LU0A 3TXVA 2E6DA 1EUAA 1G69A 3PF3A 5DCEA 3B0UX 1UB3A 3LM7A 1FCBA 2JKPA 3A24A 2XN0A 2E6YA 2DJXA 2C13A 1A50A 1QO5A 1SO5A 4I7WA 2ZZ5A 4QQ3A 4Z08A 3W76A 5D2YA 1P4CA 4K6AA 2ZFAA 2WKJA 3IEBA 1F6KA 3QMTA 4QNEA 3S1WA 4UFKA 3KVJA 2X30A 3WJZA 2C18A 1TPEA 4X22A 3ABRA 3UWZA 2ZQ0A 5I3JA 3TJLA 3W88A 5EYWA 2G95A 4GC4A 1VC4A 3MHGA 1ADOA 3GAKA 4K39A 3PB0A 2AAMA 1FDZA 1MEIA 3GDTA 1VHNA 2LLEA 4DO5A 2I1OA 4O57A 2ZTKA 2BSLA 2BX7A 2QCNA 4MIMA 1TCDA 5KZMA 3LXAA 2D73A 2QAPA 1GVFA 1H7OA 4H3DA 5I3IA 1K8XA 1EWEA 4N9CA 4AHQA 1N7KA 3W23A 3W86A 1F7BA 5C55A 1TB3A 4IUOA 3IIVA 5D02A 3CWOX 4FB7A 3GVGA 1UASA 4Y8FA 2PRLA 1SQ7A 3V75A 3MBFA 3HO8A 4JIQA 3BO9A 3TC6A 5HUPA 4BWLA 4RKAA 3DENA 1YTKA 4JICA 4Z1CA 1O94A 4XBKA 1M7PA 3EXSA 1JUBA 3FS2A 3GXNA 4JTHA 4QSHA 1V7YA 4ML9A 2ZZ6A 5DXYA 3W1NA 2V5BA 3UWYA 2ZZ3A 1QDSA 4LRSA 5GVJA 4UFHA 1H7PA 3PSVA 4A2RA 3KVMA 4YXGA 3W72A 1FDJA 4K7VA 1KV5A 4XKYB 1QPRA 3LCLA 3LCIA 1KTCA 1GG0A 3PG8A 1G7VA 3EXRA 3LRMA 5CPNA 3NM3A 1P1XA 3G22A 2GQ8A 4PA8A 1VYSX 3CTLA 2VKZG 4R33A 1W8SA 5AC7A 1A5BA 3VFLA 3OHIA 4AMAA 3B03A 2A21A 3DZ1A 3C56A 1TPC1 3SZ8A 4GWEA 4IXXA 2H8ZA 3W2KA 3BK0A 3Q2DA 5LGXA 4O1BA 3CM4A 3W87A 2A2IA 2G96A 1ZALA 3NA8A 3D0CA 4GUGA 1C29A 1OK6A 3T55A 3KVLA 4OGZA 5TQLA 4AVFA 3UY8A 3A22A 5BMXA 3RF9A 2G5WA 2Z1BA 4WX2A 1M7OA 3DI1A 1QCWA 4JTEA 3SY5A 1K7XA 4BF9A 2WSYA 3W74A 2OMAA 3R12A 5G1TA 2ZCGA 4JR5A 3TFXA 1OFQA 3T4CA 2E68A 3MYOA 1SO3A 2A7PA 2DZXA 3LBCA 4JGDA 4B5NA 1TPWA 5FEPA 3UZJA 4C1LA 3LRLA 4M6QA 1GPWA 5I3FA 3F1QA 2C1HA 3NXFA 1OFRA 5LGZA 4AWTA 3M0ZA 3QW3A 4DBDA 5FEXA 3UWWA 5T26A 3GX9A 3QF0A 1ZAHA 5LHEA 4JXCA 1YLVA 2F84A 1YXYA 1ML1A 4O50A 1EB3A 2NXGA 1SFJA 1O5KA 1DV7A 1ZAJA 2EGZA 4HNTA 4FNQA 2E5CA 3GNDA 4DPPA 2V5LA 2Y63A 4P2VA 1TV5A 4YMZA 4O0ZA 4IWWA 1UBSA 2FPYA 4FNTA 1HO1A 2GJNA 1ZFJA 5K9DA 3P8JA 5CPOA 3KX6A 3O1NA 4EIVA 1QAPA 2QJHA 3NQVA 4OWGA 3UNDA 1VZWA 3LRKA 4MZ8A 4KFNA 4ORMA 1W3IA 2ZZ7A 1KLZA 4JTTA 5C54A 4MVAA 3S6DA 4HSNA 3TUUA 1XUZA 1IF2A 4MFEA 3O6CA 3A23A 1VPXA 1SO4A 1YDVA 3BV4A 5D05A 1XDMA 1OFDA 2QCFA 4KWWA 3W7EA 1EX5A 3E96A 4MYAA 3NL3A 3S5OA 3MI6A 2CLKA 3NR0A 3PBUA 3P84A 4NJKA 4UFLA 1TIMA 2Q3OA 3EKLA 1U83A 2NUXA 2W6RA 1X8FA 2Q8ZA 1VH7A 1FCUA 3G1VA 3GAYA 4IX0A 1MO0A 1H60A 3P62A 4A22A 1TTJA 1UCWA 4BI6A 1HO4A 4UXDA 1XI3A 2J88A 4JYDA 4UIOA 3U6WA 1KM0A 1Z44A 3O8AA 5J5DA 3FEMA 1K8YA 2H8XA 2NX3A 3W1QA 4LT9A 5C6MA 2CZFA 2CZ5A 4A3UA 2VEPA 1F74A 5AYYA 1VLWA 3KHJA 1EIXA 1EWDA 1ZENA 1CX9A 3OVRA 5EKYA 4DF2A 1TV8A 4DF0A 1QPOA 1U5JA 2GQAA 1VRDA 2H3BA 4WZHA 1LDCA 4MJMA 3FLUA 5FF0A 1A5AA 1N55A 1AW1A 3BARA 4FX6M 6TIMA 1Z41A 3C2OA 3G3MA 3MWAA 1EA0A 1E51A 1F5ZA 3PAJA 2V82A 3CWNA 3S5YA 1F2JA 1YTDA 4S1FA 2GVGA 3LCFA 3O6DA 3W07A 3W1UA 4R7JA 3IIXA 3W7CA 2QUUA 3LV5A 3W2NA 5BRBA 4PFMA 1G4TA 4JTFA 1W56A 5K2ZA 1LRTA 4GFSA 3HGOA 1TTIA 2QAFA 3PS7A 3VE9A 1Q3NA 4JDBA 2ISVA 3LCWA 1YADA 1OFAA 4IPIA 1OYBA 3NL2A 1FBAA 3NO5A 1TRIA 4O28A 1JQXA 3TX9A 3C8FA 4LOCA 2QF7A 2A6NA 1KA9F 2I9EA 1G4EA 2KZHA 4N02A 1BWKA 2Y7GA 2OCZA 3TROA 5C2XA 3KFTA 3L9CA 1K02A 3H55A 3N9SA 1T0OA 1HL2A 1JRCA 2AQWA 4ZQPA 1G7UA 3KRUA 4TO8A 4UR7A 4XUGA 5DBTA 5I3GA 1GYNA 3B4UA 3CPRA 4UFIA 3FIGA 4JTKA 1QNVA 1Q6QA 5HJLA 3RMJA 3W2MA 3BVJA 2Z6IA 4WQ6A 3TA6A 1AW5A 1J5TA 3NL6A 4LNYA 5K9XA 2P0OA 1H50A 4JIPA 1P0KA 3W1MA 2YR1A 2HSAA 4CQ9A 4PH6A 2E09A 5AFDA 3EWZA 5G5IA 4EWND 1SFLA 2YGYA 1N8FA 4RCXA 2OJPA 3SJ3A 2CLIA 4MYXA 3FJ6A 1W5OA 4UTWA 5FEZA 2H90A 1B57A 1WV2A 1ONRA 4FIQA 4RJEA 3UY7A 3LDVA 4WOZA 1CI1A 2WNZA 4K8HA 1WOAA 1W0MA 1WXJA 1PVNA 1PCWA 1W5PA 2W79A 3PR2A 1TJRA 2HTMA 1KV8A 3GDRA 2PRMA 3IGXA 1FWRA 4GE8A 3C4UA 3A5FA 4G1KA 5G1YA 1J4EA 4PODA 3W22A 1K7FA 2CLOA 4FXRA 3SI9A 4L4MA 4M5PA 1WX0A 4OQVA 4PTNA 2GPTA 2PCQA 1AL8A 1LBFA 3N9RA 3P80A 4GBUA 2ABBA 3WK3A 1XBYA 4GNJA 5DXXA 4MJZA 1A5SA 2V30A 3M5XA 5AYXA 4UTTA 3EX1A 3UWUA 1GJPA 2ZRZA 3PUOA 3G1HA 2ZYFA 2DU2A 5F1VA 2QCGA 3R89A 4QITA 1RQBA 4KWVA 5CG7A 3G0UA 4EVZA 4ZQCA 1I2NA 4O12A 1V5XA 2C19A 3N3MA 1KLYA 4LVAA 2CLFA 4RZ5A 3SIZA 5AOUA 2VXNA 2WNNA 3M43A 2HS6A 3L5LA 5HR6A 1LLZA 2XN2A 1QFEA 2ZZ1A 4JNMA 4PC8A 5F4SA 4ZQOA 3HG5A 3STCA 4AH7A 4N2YA 4MPQA 1KM5A 4NNAA 4ZQMA 4EF8A 3W1RA 4MLJA 4MLRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5TIMA

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