6FIVA

Structural studies of hiv and fiv proteases complexed with an efficient inhibitor of fiv pr
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIVPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords RETROPEPSIN
publication title Structural studies of FIV and HIV-1 proteases complexed with an efficient inhibitor of FIV protease
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 29
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 6fivA00
5I3XA 5P65A 4GMIA 1U8GA 5BS4A 2QI3A 3TL9A 5OZJA 3WSJA 3UDKA 3SM1A 3NXEA 5P3IA 4J55A 5P04A 3NU5A 5P4MA 3UQPA 4Y4JA 4Y3AA 3QS1A 5P52A 4HVPA 4KB9A 2VNMA 3OHFA 5P0KA 5DPZA 3BRAA 2G1NA 3Q6YA 3BUGA 2ER6E 5P2MA 5P5UA 5OZXA 5P7RA 3QVIA 2VS2A 5P1PA 1GVTA 5AH6A 4DJRA 3IN3A 5AH8A 2BPZA 5P4FA 3OADA 1YT9A 3Q5HA 5P7PA 4ER1E 4YCTA 4Y36A 5P0WA 2AOEA 4I12A 5P87A 2J9JA 3O9DA 3PMYA 4B0QA 5P58A 5P0JA 3TKGA 4FM7A 3IVHA 1HRNA 1HIVA 2NXDA 3LNKA 4ZSPA 5P1OA 2B8VA 4JECA 3KYRA 4DH6A 1KZKA 3NDWA 4Y50A 3TOFA 4QJ2A 1B6JA 4LHHA 1G2KA 5P4LA 5P5IA 5P0UA 4BEKA 3NU9A 5P0LA 5P8OA 5P4PA 3A2OA 1LYBB 3ZKIA 3VSXA 5P5WA 1BVGA 4OBKA 1HVLA 1ZPAA 5JFUA 5P7AA 5P7LA 3RSVA 6UPJA 5P7QA 4B78A 3BHEA 4R93A 2QD8A 1PPLE 5P10A 2G1OA 4EP2A 1LV1A 3INEA 2VNNA 4EYRA 1EPNE 5P39A 1D4IA 3SKGA 1HVHA 4A6CA 4B70A 1FG8C 4NJVA 1T6EX 4GB2A 5P3HA 4IVSA 3SACA 3R0WA 5P6GA 3HVGA 2BPWA 3PWWA 5P6QA 4RRSA 1D4YA 5P51A 1XL5A 5OZFA 3QPJA 3S7MA 3EC0A 4R95A 3SKFA 1W5XA 5KOSA 3KDBA 3NU3A 4FSEA 5DQ2A 5P7OA 2PYMA 5HDZA 3UDYA 4F76A 2QI5A 2HPEA 1APTE 2AVOA 5P7FA 1HEFE 4Y3EA 5P8IA 1HVSA 1MRXA 2QAKA 4AA8A 3HZCA 2IS0A 5EZXA 3TNEA 5P13A 1BBSA 5P69A 5P1GA 2AOGA 4YBFA 4J1KA 5OYYA 3BGCA 3KFNA 2F81A 5OZEA 4Q1WA 5APRE 2NR6A 1PSAA 5P3BA 1ZLFA 3NDTA 5DR8A 1E81E 1M43A 2WF2A 3HW1A 2RENA 4FAEA 3VV8A 2G20A 4B1DA 1ZBGA 2I4WA 3RTNA 4CPQA 5P6CA 3OQDA 5P8UA 4ZEAA 1GKTA 4GJAA 2JXRA 1T3RA 3DV1A 5TOLA 3PGIA 4FM8A 5OZZA 2CENA 4Y3DA 1NH0A 2AOJA 5P36A 4GJBA 3AUPA 2NXMA 4Y4BA 1FMXA 3ZKMA 3BXRA 5P5JA 2PQZA 2WEBA 3CIBA 4F74A 3JVYA 3L38A 4D88A 4X2LA 5P77A 3BUFA 3OXVA 5P6SA 5P2AA 4H3FA 2UXZA 4M8YA 5P86A 4B05A 5P1VA 1FB7A 4DPFA 3SA3A 1LS5A 5P31A 1TCWA 2QZLA 4K4QA 1RPIA 4FLGA 1DMPA 3OU1A 5OYVA 5P1HA 3BXSA 5P7UA 2AVMA 4OC6A 4RCEA 4Y3NA 5P28A 2G26A 5P1MA 5P0FA 2QHCA 5P37A 4R92A 5P6MA 5P1AA 5UPJA 4DJUA 5P05A 1IVQA 1HHPA 3K5DA 5P3GA 1TSQA 3K5GA 4Z50A 2EWYA 5P3EA 5P1JA 3EKWA 2A1EA 2QNPA 5KAOA 1AVFA 1TCXA 3ZKSA 5P8LA 5P0DA 3KT2A 3GI0A 3KMXA 3QRVA 1MT9A 5HD0A 5OZVA 1SBGA 3ER3E 5OZPA 5P1UA 4EHCA 5I3VA 2NNPA 2G94A 3CKRA 5P3UA 3QROA 4J1IA 2B60A 3SFCA 3OXXA 3D3TA 4CMSA 5OYWA 4QJ7A 5P8BA 1B5FB 5OZLA 5P43A 3T7XA 5OZUA 3MWSA 1HPOA 1HVIA 1DPJA 3OWNA 3NLSA 3OQFA 4Y4TA 4ZE6A 5P4NA 2HB4A 2ZJNA 4Y53A 2HS1A 3IXKA 2BKSA 5KR1A 3EKXA 3NXNA 1EPME 5P1ZA 5P5KA 1BVEA 4HDBA 3EKQA 2QD6A 5P12A 1EC2A 5P35A 2ZJHA 3K5CA 5P80A 4Y3TA 4J1EA 1OEWA 3SA6A 3QN8A 4Y48A 4Y3QA 3UCBA 5P4QA 5OZIA 3HLOA 4RCFA 2RKGA 5P6ZA 3UPJA 3TPRA 1DAZC 2VJ6A 2QD7A 1LYBA 1LF3A 3K4VC 3Q4BA 4B72A 1AIDA 1FQ8A 3G72A 1META 2Z4OA 3VYDA 3H5BA 3OQKA 4AMTA 4FAFA 5P2SA 3EL4A 2B8LA 1B6PA 4YE3A 2FDDA 5OZWA 3H0BA 4NPTA 5P2XA 5P4GA 3PRSA 5SZ9A 4TVGA 4PHVA 2BBBA 2QI1A 5P3FA 1GNOA 3T11A 2ZE1A 4LXAA 5P66A 3O99A 5P6PA 5EZZA 5P4ZA 1HTRB 1IZEA 5P82A 1GNMA 5P46A 4Y54A 5OYUA 1HEGE 4WY6A 4Y3JA 3UF3A 1Z1RA 5OZNA 1TQFA 4FE6A 5P3OA 3S8IA 5FIVA 5AHCA 3CKTA 2I4DA 4LXKA 1YTGA 4QJ8A 4I0FA 3URLA 3G6ZA 1BIMA 4NPUA 1FG6C 3GGAA 5KQZA 5SY3A 3JVWA 4U8WA 5SY2A 3EM6A 3ZKQA 3VFBA 5P7WA 4FRIA 4ER2E 4OBZA 3OUDB 2OHQA 2WJOA 2HAHA 4PEPA 3FSMA 4CPRA 2FMBA 1ER8E 1LEEA 3LPIA 3TKWA 5P5CA 4QJAA 5P8MA 5HU1A 5P8KA 3UDNA 1EPOE 2QCIA 5P61A 1M4HA 4OD9B 1K6TA 2A4FA 3F9QA 5P16A 1FEJC 2P83A 4F73A 5OYSA 2G1SA 4J1HA 3PI0A 2F3EA 4FRKA 4XXSA 5IVTA 1FQ4A 3MSLA 4Y4EA 2OHTA 1RNEA 4YHQA 5P5NA 4L7JA 1KJ4A 5P0XA 3U71A 1SMRA 2IKOA 4J0PA 3VYEA 2FDEA 4DJOA 4EXGA 2PC0A 5P22A 5DR4A 1AZ5A 3U7SA 1MVPA 2PH6A 4Y4AA 4Q1YA 5P4KA 5HCTA 2PK5A 3N3IA 3VCMA 3OU4B 3S45A 2NTRA 1MERA 5C9BA 5I3WA 4I0GA 4FRJA 1EPRE 1HPSA 5P7IA 3IGBA 1QS8A 5P1BA 2Q54A 5HDXA 3TOGA 4YCYA 4Y3LA 5P6LA 5P7CA 4XKXA 5KR2A 2NPHA 3OK9A 5DGUA 4I11A 3KN0A 4OBHA 2HS2A 3LZUA 1RL8A 1PFZA 3EKYA 4Y39A 3BC4A 5P1RA 1GVUA 5P49A 2QNNA 2P3DA 2O4SA 2PK6A 1QBRA 5B18A 1FQ5A 2ZHTA 3EM4A 3KFPA 5P2TA 5P7YA 1A30A 1HSGA 5P3YA 5ISKA 3R2FA 4ZIPA 4Y9WA 5AHAA 2NXLA 1ZSRA 2AODA 5P8JA 3APRE 2OHPA 3NDUA 3OOZA 5P4BA 3OGPA 5P5TA 5P0MA 4OBFA 3OTSA 4RGHA 5P6JA 3FNTA 5P1EA 5E5KA 5OZRA 1MUIA 1CZIE 2R3TA 5HE5A 3GGUA 2XYEA 2V16C 1FMUA 3IN4A 3TTPA 2B42A 2XFKA 5P89A 2AVSA 2ZHSA 5P79A 1DP5A 3RSXA 5P67A 3DK1A 4L7GA 4DQCA 3R1GB 3VYFA 1B5FA 1BDLA 4Y47A 5OYTA 5P64A 5P5HA 3C9XA 3GW5A 5P0ZA 4RLDA 4YDFA 3UDMA 2G27A 3UTLA 3NUJA 2J9KA 1BWAA 1YM4A 2QI4A 4Y3RA 2AZ8A 3K1WA 4L1AB 5P0SA 4AUCA 3NR6A 5P6DA 5P7BA 3VG1A 3LZVA 4CKUA 4H3GA 1XL2A 4XX4A 4GZFA 2OHUA 4Y56A 4COEA 2IEOA 4DQFA 4WTUA 1SGUA 2V0ZC 4H3IA 3VF5A 1XN2A 5P2HA 1IZDA 1IDAA 3L5CA 5P57A 2AOHA 4YD7A 5OYRA 2P3BB 2I0AA 2O4LA 4HA5A 3CIDA 4BFDA 1QBUA 3KT5A 5P2WA 3UDRA 4I1CA 3O9IA 2IDWA 1A8GA 1TSUA 5P4YA 3SQFA 2QMGA 5P3MA 3BUHA 3FX5A 1OD1A 5P7SA 5P5AA 5COOA 3INHA 2OHNA 4DJPA 5CONA 3IXJA 2PWCA 5P8SA 4Y3YA 4B1CA 5P70A 3G70A 3S43B 3BVAA 3I6OA 2O4NA 4RVXA 3TLHA 4J0ZA 1IDBA 5OZ1A 3VF3A 2I4QA 2CEJA 3EM3A 5IVRA 3VEUA 3EL5A 5P1TA 4A4QA 4EQJA 2BJUA 3QRSA 5P3PA 1MESA 2ASIA 5P3NA 1KJHA 3O9LB 1AJVA 4HZTA 4Y45A 3SA5A 5P3QA 1HPXA 1LF2A 3L3AA 4EPJA 4ACUA 1HIIA 4Y5AA 4LXMA 5OZKA 3OUDA 4I0ZA 4J5JA 1RV7A 2QMPA 5P5DA 2O4KA 1QBSA 3I7EA 3LIZA 5HTZA 4YD6A 1Z1HA 3EL9A 5CLMA 5P6HA 4Y51A 4YOAA 2AIDA 3S2OA 5OZGA 3PWRA 4HE9A 5P0YA 3ZKNA 2ANLA 1Q9PA 5P06A 1IVPA 5P4OA 2VIYA 1LYAA 1YX9A 4R5NA 1E80E 3VLAA 4Y44A 4Y4XA 6FIVA 5SXNA 4DJVA 1W50A 5P0OA 5P2CA 4EWOA 2QU2A 2ZYEA 4CPWA 2PSVA 4MC9A 4Y3GA 4ZSQA 4B77A 4F75A 4I0DA 1C6ZA 2WF0A 3OUAA 3LIVA 1QDMA 3CICA 2IQGA 4Y3ZA 2R8NA 3ZMGA 4Y5EA 4Y3MA 4DJQA 3B80A 2I1AA 4Y3SA 1B6MA 5P5RA 1D4KA 4TRYA 5P7HA 5OYXA 3INDA 5P75A 5KOQA 1FMBA 4TVHA 5P8FA 4J1FA 5ER2E 2G21A 3OQAA 5P1LA 5JFPA 3QIHA 5P5OA 5IE1A 4R8YA 7UPJA 3PHVA 1OHRA 2I4XA 2WF4A 4Y5NA 2R5PA 2NMZA 4FGXA 3TPLA 5T4SA 2V13A 3EXOA 3RTHA 5I70A 3RU1A 3LIQA 5KQFA 3OXCA 5HU0A 5P6BA 2OAHA 4OBGA 3LPKA 4J0YA 2HM1A 5P7GA 1ZTZA 5P0RA 3CMSA 4D8CA 1OEXA 3GI6A 2VIJA 2WL0A 2HB2A 5P78A 1WBKA 4J17A 5DR0A 4MC1A 2UPJA 3UFLA 1IZHA 2ZJLA 4Y38A 5P56A 2WEAA 5P0TA 1KJ7A 5P5LA 3VUCA 3NWXA 1T7IA 4CPSA 4HDPA 1W5VA 4Y4UA 3LZSA 5P8AA 4D85A 3GGXA 1EBWA 1HSIA 4U7VA 4N00A 5P5SA 5P5XA 5P2RA 2XFIA 3GI5A 1ZSFA 1JLDA 4NJTA 3UDJA 1K6VA 2FS4A 1FLHA 3UQRA 5P0EA 2NMYA 3CYXA 5P8VA 3O9GA 5IVSA 4KE0A 4L1AA 5P1QA 2AQUA 5P4CA 5P03A 1SGZA 3L58A 4Y4WA 5P5ZA 2G1YA 1K2CA 3T7QA 2V11C 3SPKA 2AVVA 1ODWA 3Q70A 4QJ9A 5P1IA 4J0TA 5P8NA 3EKVA 3EMYA 3NUOA 2HB3A 4YBIA 4EJLA 3ECGA 4RYCA 5P8GA 3S53A 4S1GA 1M0BA 3PLLA 2BKTA 1FKNA 1EBZA 3I8WA 6APRE 1YG9A 5P4WA 2P3BA 1BAIA 5P84A 1D4JA 1HBVA 5ENMA 2FGVA 4NJSA 4RYGA 2FLEA 5P4UA 5OZ3A 5DQ5A 1APWE 4JOOA 2I4UA 1GVVA 3Q3TA 4LBTA 5P6KA 2ZGAA 1ENTE 4Y3WA 5P34A 2WECA 5OZDA 5OZSA 3CYWA 2VKMA 1TZSA 5P2GA 3S43A 3WB5A 3PB5A 3S7LA 4K4RA 2ER7E 1HXBA 4QLHA 4JP9A 5P45A 3MSKA 2VJ9A 4I0EA 3DCKA 1GVWA 3ZPTA 4Y41A 4IVTA 2ZHRA 3VFAA 5P19A 4ACXA 5OZOA 1HVRA 3O9LA 1HPVA 4B00A 1C6YA 5P3JA 1A9MA 8HVPA 3UQUA 1LF4A 2H6TA 2QZWA 3PVKA 4TRWA 4Y35A 5P2UA 2HC0A 3OUBA 1FF0C 2V10C 7HVPA 2IGXA 5P5GA 5P1YA 2AZ9A 4CP7A 4DQBA 1NPVA 1LYWB 2F8GA 4Y37A 3S56A 1T7KA 3O9EA 5P4TA 4XX3A 4YCKA 3S54A 2O40A 4RRNA 5F00A 4LL3A 3ZKGA 4Y5MA 4Y5GA 3ZL7A 5KQXA 4YD3A 4BELA 4DJWA 5P8TA 4EJ8A 5P02A 1MIQA 5P6EA 5P0QA 3KM4A 2ZJKA 3NYGA 3ZLQA 4Y4DA 3O9BA 4YA8A 2FIVA 5HDVA 3MXEA 5COKA 1UH9A 5P1NA 4J0VA 5P4EA 5P5EA 3LPJA 5P00A 4PPHA 5HDUA 5DR7A 3LHGA 1EC0A 2R9BA 4L7HA 5P1CA 5P3ZA 1W6HA 1E82E 5P47A 5P4RA 2WF1A 3PEPA 5P20A 4YD5A 5P41A 4DPIA 1PSNA 4RROA 4Y5PA 4OBDA 3RTMA 1AXAA 2AVQA 3QI1A 2SAMA 2RSPA 4J54A 1BILA 5OZ9A 3D1ZA 3SAAA 3QBHA 2PMAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5I3X A;  5P65 A;  4GMI A;  1U8G A;  5BS4 A;  2QI3 A;  3TL9 A;  5OZJ A;  3WSJ A;  3UDK A;  3SM1 A;  3NXE A;  5P3I A;  4J55 A;  5P04 A;  3NU5 A;  5P4M A;  3UQP A;  4Y4J A;  4Y3A A;  3QS1 A;  5P52 A;  4HVP A;  4KB9 A;  2VNM A;  3OHF A;  5P0K A;  5DPZ A;  3BRA A;  2G1N A;  3Q6Y A;  3BUG A;  2ER6 E;  5P2M A;  5P5U A;  5OZX A;  5P7R A;  3QVI A;  2VS2 A;  5P1P A;  1GVT A;  5AH6 A;  4DJR A;  3IN3 A;  5AH8 A;  2BPZ A;  5P4F A;  3OAD A;  1YT9 A;  3Q5H A;  5P7P A;  4ER1 E;  4YCT A;  4Y36 A;  5P0W A;  2AOE A;  4I12 A;  5P87 A;  2J9J A;  3O9D A;  3PMY A;  4B0Q A;  5P58 A;  5P0J A;  3TKG A;  4FM7 A;  3IVH A;  1HRN A;  1HIV A;  2NXD A;  3LNK A;  4ZSP A;  5P1O A;  2B8V A;  4JEC A;  3KYR A;  4DH6 A;  1KZK A;  3NDW A;  4Y50 A;  3TOF A;  4QJ2 A;  1B6J A;  4LHH A;  1G2K A;  5P4L A;  5P5I A;  5P0U A;  4BEK A;  3NU9 A;  5P0L A;  5P8O A;  5P4P A;  3A2O A;  1LYB B;  3ZKI A;  3VSX A;  5P5W A;  1BVG A;  4OBK A;  1HVL A;  1ZPA A;  5JFU A;  5P7A A;  5P7L A;  3RSV A;  6UPJ A;  5P7Q A;  4B78 A;  3BHE A;  4R93 A;  2QD8 A;  1PPL E;  5P10 A;  2G1O A;  4EP2 A;  1LV1 A;  3INE A;  2VNN A;  4EYR A;  1EPN E;  5P39 A;  1D4I A;  3SKG A;  1HVH A;  4A6C A;  4B70 A;  1FG8 C;  4NJV A;  1T6E X;  4GB2 A;  5P3H A;  4IVS A;  3SAC A;  3R0W A;  5P6G A;  3HVG A;  2BPW A;  3PWW A;  5P6Q A;  4RRS A;  1D4Y A;  5P51 A;  1XL5 A;  5OZF A;  3QPJ A;  3S7M A;  3EC0 A;  4R95 A;  3SKF A;  1W5X A;  5KOS A;  3KDB A;  3NU3 A;  4FSE A;  5DQ2 A;  5P7O A;  2PYM A;  5HDZ A;  3UDY A;  4F76 A;  2QI5 A;  2HPE A;  1APT E;  2AVO A;  5P7F A;  1HEF E;  4Y3E A;  5P8I A;  1HVS A;  1MRX A;  2QAK A;  4AA8 A;  3HZC A;  2IS0 A;  5EZX A;  3TNE A;  5P13 A;  1BBS A;  5P69 A;  5P1G A;  2AOG A;  4YBF A;  4J1K A;  5OYY A;  3BGC A;  3KFN A;  2F81 A;  5OZE A;  4Q1W A;  5APR E;  2NR6 A;  1PSA A;  5P3B A;  1ZLF A;  3NDT A;  5DR8 A;  1E81 E;  1M43 A;  2WF2 A;  3HW1 A;  2REN A;  4FAE A;  3VV8 A;  2G20 A;  4B1D A;  1ZBG A;  2I4W A;  3RTN A;  4CPQ A;  5P6C A;  3OQD A;  5P8U A;  4ZEA A;  1GKT A;  4GJA A;  2JXR A;  1T3R A;  3DV1 A;  5TOL A;  3PGI A;  4FM8 A;  5OZZ A;  2CEN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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