6LYTA

Comparison of radiation-induced decay and structure refinement from x-ray data collected from lysozyme crystals at low and ambient temperatures
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of Radiation-Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures
pubmed rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 6lytA00
2MECA 4ZFPA 3IJUA 4MR1A 4NGWA 5I4WA 4C3WA 1LMTA 2BLXA 3A91A 1CJ8A 1IC4Y 1RFPA 1UC0A 1VDPA 1KIRC 4GCCA 4TWSA 5D5CA 4Z46A 2IFFY 1IP6A 1LHKA 1LZTA 2DQGY 1LYSA 1JTTL 1VFBC 2BQCA 4LFPA 2BQIA 3AGHA 1WQMA 3N9EA 1DI3A 3P68A 4BS7A 1B7RA 3ATOA 2A7FA 5KXMA 3LYTA 4NGIA 4LYTA 2CJLA 4P2EA 3ZEKA 1C46A 1HEQA 3A92A 1ZMYL 1WTMA 2HTXA 1NHEA 1REMA 2I26L 3ATNA 5I54A 4CFOA 1IR8A 4IASA 1IP2A 1LSCA 208LA 3CSZA 1B5WA 1GDWA 1GF0A 1GFKA 4NGOA 1OP9B 5LINA 4DT3A 4CFPA 2BQFA 1LMCA 1WTNA 1NDMC 1LHMA 1MELL 207LA 4XJIA 3WUAA 1IP5A 2AUBA 3A6CY 4XN6A 1HSXA 1B2KA 4QDNA 5T3FA 3TXEA 1VAUA 1BWHA 1B7NA 1GE0A 4PRQA 3QE8A 1YKYX 4EOFA 1P2CC 4HV2A 2MEIA 1LZ6A 2BQOA 1QDTA 5I53A 2Z12A 4LT2A 5AMYA 1D0LA 4NWEA 2D4KA 3BKVA 2H5ZA 3D9AC 1ALCA 1REZA 1B5XA 1IOCA 5APEA 1A2YC 4GCFA 4XJGA 6LYZA 1EQ5A 1LKSA 2MEEA 4HTNA 4J1BA 4NY5A 4H91A 1IVMA 2Z2FA 4YF2A 1DI4A 4XJFA 2LYOA 3AZ4A 4H8ZA 1GE4A 4H9HA 4NGVA 3RNXA 1LZ1A 1IWWA 1WVUA 4GLAA 2YVBA 4HSFA 4IJ4A 3P66A 1HMKA 1F0WA 1JITA 4IATA 2YBLA 4AXTA 5KXLA 4XENA 1IY3A 1NMMA 2Z39A 4H93A 4U3XB 3B72A 5K7OA 4ZEEA 4H94A 4DDAA 4KL7A 4QY9A 4W96A 1J1PY 3W6DA 3MGWA 3LHMA 3GXKA 3WVXA 1LYZA 1LSDA 4NSIA 1LHJA 1YROA 5LYTA 3ZVQA 1AKIA 4NEBA 5L9JA 4J7VA 1SQ2L 4ML7A 5F9XA 1UIHA 1GB6A 3LZ2A 2BQLA 2G4QA 1UUZC 3CSRA 4DD7A 1NWGA 3GXRA 3TMXA 3WXTA 1O23A 1C10A 1CJ6A 6LYTA 4G4HA 1GHLA 1GAZA 1J1OY 1H87A 4CHXA 2BQBA 5APFA 5B59A 4J1AA 1F6RA 5HNCA 4YEMA 3FI7A 4XJBA 2BQMA 4QGZA 5B1FA 1IIZA 1CJ7A 2PC2A 5HNLA 1LZYA 2BLYA 1GB8A 1T3PA 1PS5A 3RT5X 5LYMA 2H9KA 3A95A 1V7SA 2I25L 4BAPA 1JJ3A 1IP4A 1LZ5A 4XADA 1XGQC 2EQLA 1HFZA 2ZYCA 5LA8A 2MEGA 4LYMA 1N4FA 3A34A 3WU8A 1BGIA 3CT5A 4PJ2C 4UWNA 2DQIY 5FCPA 3AYQA 5C6LA 5E9RA 2XTHA 4B4EA 4RW2A 1GBXA 3LYMA 4NSGA 1JSFA 1LZSA 1KXXA 1LYYA 2ZYPA 1JWRA 3WH1A 2FBBA 1V7TA 5FELA 2YDGA 4LYCA 1GF8A 4H9FA 4WLXA 1FBIX 5KY1A 1GDXA 1HMLA 1LOZA 3EMSA 1LZ4A 4YEOA 1H6MA 4Z41A 2XJWA 4ET9A 1JIYA 1AZFA 1QTKA 3IWRA 4GLVA 1CJ9A 5APCA 1UBZA 1LZ8A 4GCDA 1BWIA 4DWXA 153LA 2ZNXY 4G4BA 1GFRA 1G7MC 1YQVY 2GV0A 2DQAA 2EPEA 1IOQA 2G4PA 1GB2A 4H9IA 4LGKA 3W6AA 4DC4A 5HMVA 1HERA 4FJRA 2BQNA 2DBTA 1CNSA 1UIBA 1C7PA 4WL7A 1WQNA 2BQAA 1LZNA 1B7PA 1FLYA 1IY4A 1FLQA 1LZAA 1TBYA 2W1MA 1LTMA 5FDJA 1GD6A 2D6BA 1CKCA 3TXFA 3WU9A 1BWJA 3OJPA 4ZIXA 3TXHA 1JUGA 1LSFA 4X3BA 1AT6A 2HUBA 1CKDA 1LJNA 5F14A 5I4XA 4HJZA 1I20A 2HEEA 5IELA 5KXXA 5DL9A 1LMOA 5ILCA 1IC7Y 1LYOA 2CDSA 4WO9A 5B06A 3WULA 4KXIA 1BVXA 1IP1A 5FHWA 1B5UA 5KXRA 4ET8A 4DD1A 2W1XA 3HBHA 5EBHA 4B49A 1YKXX 5LYZA 1D6PA 1EL1A 2B5ZA 3G3AB 1KXYA 1XEKA 1GF7A 4R6CA 1LJJA 2HU1A 4NHQA 1IR7A 4KPMA 3T36A 4HJYA 4HTQA 1HFYA 3F6ZA 1BB4A 3A67Y 1UIDA 1LHLA 2YBMA 5HLLA 2LYZA 2HECA 3W6EA 3TXKA 4NGJA 4XJHA 4WLTA 4NFVA 1LZDA 4WMGA 2BQJA 3W3EA 2DKVA 4XJDA 4LT3A 3W6CA 2MEFA 4GN3A 1B5YA 1GFVA 5B1GA 1IWTA 1HEWA 4YENA 2CWIA 5ILFA 3W6BA 1DI5A 1GBYA 9LYZA 3LYOA 1B0DA 1LJEA 5LAGA 3ZVQB 5KXZA 4Z98A 1NBYC 5JENB 2DQDY 1JTPL 1GF4A 3OK0A 1JTOL 3WUMA 1GF9A 3AZ5A 1HEOA 3WW6A 1WQOA 2F4AA 1GFTA 1VDTA 3P4ZA 4WM6A 3WUNA 1B7LA 4WLYA 1IWUA 4ETDA 4PHIA 3EO5A 1GE2A 4WG7A 1GPQC 4WM4A 1W6ZA 1YL0X 3T6UA 2XBRA 2LZTA 3WVYA 1GB3A 1OUDA 2HEDA 5LVJA 1YIKA 3AW6A 1BB3A 1GEZA 2DQFC 2XBSA 4WOAA 4DD0A 5KKJA 1QUTA 3EXDA 4H92A 4MCKA 1B5ZA 1LZCA 2DQEY 4LYZA 4H90A 1GAYA 1BQLY 2W1LA 1B9OA 3A6BY 5LA5A 1BB7A 1IWYA 4NIJA 1KIQC 1HSWA 4OOOA 3RW8A 3P65A 4WL6A 3WMKA 1UACY 4HV1A 5LIOA 3WXUA 4J0LA 1FN5A 4OWBA 1IWVA 1OUGA 1XEJA 5DN4A 5FEKA 5J7CA 1HC0A 3ULRA 1QTEA 1F10A 2YBIA 4G9SA 1JEFA 3QY4A 1GF3A 4TTDA 5A3EA 4NHTA 4CJ2A 1IOTA 4NGZA 5B05A 4N5RA 5M1YA 3QNGA 5KKIA 4AGAA 2BQGA 4ETAA 3A3RX 4Z3MA 1EQ4A 1HEMA 1LJGA 2BQEA 4PRUA 2YBJA 1B5VA 1ZVHL 1XEIA 2C8PA 4H9AA 1GFHA 1LJKA 4G49A 1YANA 1REXA 3N9AA 4H1PA 4N9RA 4ETEA 4B0DA 1IORA 2ZILA 1C43A 3CT0A 4NG1A 2HEFA 1QSAA 5I4YA 1WQQA 1LSMA 3HFMY 4N1EI 1GB7A 1RJCB 1F6SA 4NG8A 2Z37A 7LYZA 3TMWA 4OWHA 2VB1A 5C6JA 1EQEA 4HPIA 4XYYA 5KXSA 3B0KA 1LMAA 3A3QA 1GE1A 4B4IA 4HTKA 1JJ0A 2BQDA 3AW7A 1I56A 1D0MA 4LT1A 5KXPA 1B7OA 133LA 1HHLA 1JKCA 1YAMA 1QIOA 3VWOA 2Z38A 2ZNWY 4ETCA 1GFEA 2Z2EA 4NSJA 4RLMA 1NF5A 2ZIJA 5DM9A 1DPWA 1CKFA 3WPJA 5B07A 2LZ2A 3CQLA 1OUEA 1GFGA 4H9EA 4OOTA 1OUCA 4UWUA 2F30A 2D91A 4GN5C 1GFAA 1LMPA 1IX0A 1HF4A 5KXKA 4CGEA 2ZQ4A 3M18B 1LSBA 5F81A 3KAMA 5LVGA 1FKVA 3AZ6A 1CKHA 4L41A 2BPUA 1LMQA 1Z55A 4WLDA 5E4PA 5KXTA 2MEHA 2BQKA 4GCBA 1RCMA 1LHIA 1LZBA 1QDRA 4UWVA 1GB5A 5HQ1A 1LZ9A 3HBEX 3TXDA 3LZTA 1RI8B 1D9UA 1IC5Y 2C8OA 2DQJY 1ZVYB 1LSEA 4LYOA 4QEQA 1NQIA 1GBSA 1HFXA 2FBDA 3AJNA 1KXWA 4O34A 1DKJA 3B0OA 4TSBA 1QUSA 4EMNA 1G7IC 5IHGA 1HELA 1QQYA 134LA 1DQJC 2A7DA 1QSWA 1INUA 1DZBX 2FYCA 1YAQA 3LN2A 3WYHA 1KIPC 3TMUA 8LYZA 1G7LC 3A93A 1REYA 2MEAA 4H8YA 4R0FA 1G7HC 3D3DA 4NHPA 5F16A 1BB5A 4G4CA 3TXIA 1NBZC 3AZ7A 1BHZA 3FE0A 2CGIA 1LSYA 4OW1A 4H9BA 5II3A 2F2NA 1C45A 3J6KA 1UIAA 4WM3A 3WU7A 5FSTA 1IEEA 1NDGC 4RW1A 4TUNA 1LKRA 1DKKA 2RSCA 5DN5A 1DPXA 1XSFA 1I1ZA 1LJ4A 1JKAA 4HP0A 4M4OA 1JKDA 1UA6Y 1XGRC 3CT1A 4C5FA 5L3HA 4N0JA 4MSTA 1W08A 5APDA 3WPLA 2D4JA 1GBZA 1FLUA 4II8A 1E8LA 2Z18A 1IWXA 1WVVA 3AGIA 2ZWBA 1LJ3A 4NGKA 4OWEA 4ETBA 1VDSA 1IOSA 5KXWA 3RZ4A 3A90A 3AGGG 1G7JC 4DDCA 3WL2A 3TXBA 1LJFA 132LA 1D6QA 4BAFA 5LXWA 1LMNA 1JJ1A 3A94A 2F4GA 1GB9A 1OUHA 2D4IA 5D5FA 4B1AA 3EBAB 1JSEA 1BVKC 1WQPA 1B7SA 1SLYA 1LZGA 4WM1A 1GXXA 5LVHA 1GBWA 1LZRA 1LHHA 1T6VL 1YL1X 3K3TA 5L3IA 4N8ZA 1LSNA 1VEDA 2NWDX 5LVIA 4NGLA 4ANRA 1TDYA 1NKHA 1VDQA 1IR9A 1LCNA 1VATA 4DYGA 4NSHA 1IO5A 2DQCY 1BB6A 1AM7A 3TXGA 4N1CC 1GFUA 135LA 4GCEA 5A3ZA 1UIEA 1OUJA 1GBOA 1OUAA 1OUBA 4W94A 4I8SA 3CB7A 1DXJA 2EIZC 1FKQA 1JPOA 3HBDA 4RDSA 5KXNA 3G3BB 4HJVA 3A8ZA 4LYBA 1GFJA 1LJHA 1MLCE 1LSAA 1GE3A 2G4NA 4LFXA 1GWDA 4I0CA 3W6FA 5DLAA 1WQRA 1GEVA 2WARA 1LSGA 2H9JA 3WW5A 1TEWA 1GF6A 2N5ZA 1HEPA 3P64A 4WO6A 4RLNA 4PPOA 4A7DA 194LA 3WPKA 4FDYA 4DD9A 2HEAA 1FDLY 4NHIA 5KJ9A 1PZYA 2EKSC 2HEBA 3BKHA 3IJVA 4B4JA 2IHLA 3M3UA 1CKGA 4PGJB 2YBHA 4H8XA 1JKBA 3B6LA 1XFPL 1UIFA 3J4GA 1TCYA 1AT5A 2MEBA 4YM8A 3LYZA 4GN4A 4TX7A 1UICA 5KXYA 2MEDA 2W1YA 5C6IA 4LZTA 2YSSC 3SP3A 2Q0MX 2DQHY 3TMVA 1LSZA 2BAAA 193LA 1LZEA 4NGYA 4DDBA 5KXOA 1JHLA 1GF5A 2BQHA 4OWCA 1A4VA 1IP7A 2LYMA 2X0AA 4YOPA 3CSQA 2ZIKA 1YAPA 1RE2A 3A96A 2FYDA 4HPEA 1IP3A 1LPIA 3E3DA 4WG1A 1LJIA 5I5QA 4NWHA 1JISA 3RU5A 1YILA 2LHMA 2Z19A 3B0IA 2Y8PA 4M6DA 4E3UA 1HENA 3N9CA 1IWZA 4WM5A 1LSPA 1XGUC 1TAYA 4OWAA 1UIGA 1YAOA 5HMJA 1OUIA 1UCOA 4KT3A 1D0KA 1J1XY 1OQMA 1YKZX 2HU3A 1C08C 1LAAA 1OUFA 1XGTC 4LT0A 4TSCA 1ZV5L 3TXJA 5IDDA 1HNLA 2I6ZA 154LA 5LAFA 1GXV2 3AB6A 5LVKA 1XGPC 2YBNA 4H9CA 4NHSA 4WM2A 4BADA 4D9ZA 1FLWA 5F9UA 4DD3A 1B7QA 4DD2A 2ZQ3A 1GB0A 1B7MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZFPA 5I4WA 1LMTA 3HDEA 1RFPA 4GCCA 5D5CA 2IFFY 4ZPUA 2DQGY 2BQCA 1VFBC 170LA 1L15A 1LYIA 3P68A 5KXMA 2CJLA 4P2EA 1HEQA 3ATNA 1NHEA 4CFOA 4PJZA 1B5WA 1GDWA 1GF0A 3EMLA 3SBAA 1QSQA 4XJIA 3WUAA 3A6CY 4XN6A 1CV4A 102LA 1B2KA 4QDNA 1B7NA 1L40A 4EOFA 4HV2A 2BQOA 1QDTA 4LT2A 3NY9A 2O4WA 2H5ZA 3BKVA 1L20A 1ALCA 1B5XA 1IOCA 4XJGA 205LA 1EQ5A 2MEEA 4J1BA 4H91A 2L78A 255LA 2Z2FA 4W51A 3AZ4A 1GE4A 4NGVA 1IWWA 1PQDA 167LA 238LA 5KXLA 237LA 3B72A 5K7OA 4ZEEA 4H94A 4W96A 1C64A 3MGWA 1LSDA 4NSIA 1LHJA 1YROA 3ZVQA 1AKIA 4ML7A 5F9XA 1GB6A 4LZMA 1UUZC 1C6DA 1NWGA 1O23A 1L64A 5B59A 262LA 2BQMA 4EKRA 4QGZA 1PQIA 1IIZA 1LZYA 1T3PA 181LA 1L60A 1JJ3A 122LA 1L22A 145LA 3CT5A 4PJ2C 5FCPA 3AYQA 5E9RA 1KXXA 1LYYA 3WH1A 112LA 4LYCA 1L06A 2RB2X 234LA 5KY1A 4EKSA 1LZ4A 1T97A 4GLVA 235LA 1UBZA 1L92A 1DYCA 1L86A 1IOQA 2G4PA 4FJRA 2BQNA 2OU0X 1CNSA 1C7PA 2BQAA 1FLYA 1LZAA 1TBYA 1C6AA 1CKCA 1L48A 2B72A 1LSFA 2RBRA 2RH1A 4HJZA 1L02A 5KXXA 5DL9A 5ILCA 1QSBA 3WULA 4KXIA 1L59A 5FHWA 1ZWNA 5EBHA 3DMXA 1EL1A 1KXYA 147LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2MEC A;  4ZFP A;  3IJU A;  4MR1 A;  4NGW A;  5I4W A;  4C3W A;  1LMT A;  2BLX A;  3A91 A;  1CJ8 A;  1IC4 Y;  1RFP A;  1UC0 A;  1VDP A;  1KIR C;  4GCC A;  4TWS A;  5D5C A;  4Z46 A;  2IFF Y;  1IP6 A;  1LHK A;  1LZT A;  2DQG Y;  1LYS A;  1JTT L;  1VFB C;  2BQC A;  4LFP A;  2BQI A;  3AGH A;  1WQM A;  3N9E A;  1DI3 A;  3P68 A;  4BS7 A;  1B7R A;  3ATO A;  2A7F A;  5KXM A;  3LYT A;  4NGI A;  4LYT A;  2CJL A;  4P2E A;  3ZEK A;  1C46 A;  1HEQ A;  3A92 A;  1ZMY L;  1WTM A;  2HTX A;  1NHE A;  1REM A;  2I26 L;  3ATN A;  5I54 A;  4CFO A;  1IR8 A;  4IAS A;  1IP2 A;  1LSC A;  208L A;  3CSZ A;  1B5W A;  1GDW A;  1GF0 A;  1GFK A;  4NGO A;  1OP9 B;  5LIN A;  4DT3 A;  4CFP A;  2BQF A;  1LMC A;  1WTN A;  1NDM C;  1LHM A;  1MEL L;  207L A;  4XJI A;  3WUA A;  1IP5 A;  2AUB A;  3A6C Y;  4XN6 A;  1HSX A;  1B2K A;  4QDN A;  5T3F A;  3TXE A;  1VAU A;  1BWH A;  1B7N A;  1GE0 A;  4PRQ A;  3QE8 A;  1YKY X;  4EOF A;  1P2C C;  4HV2 A;  2MEI A;  1LZ6 A;  2BQO A;  1QDT A;  5I53 A;  2Z12 A;  4LT2 A;  5AMY A;  1D0L A;  4NWE A; 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 5DLA A;  1WQR A;  1GEV A;  2WAR A;  1LSG A;  2H9J A;  3WW5 A;  1TEW A;  1GF6 A;  2N5Z A;  1HEP A;  3P64 A;  4WO6 A;  4RLN A;  4PPO A;  4A7D A;  194L A;  3WPK A;  4FDY A;  4DD9 A;  2HEA A;  1FDL Y;  4NHI A;  5KJ9 A;  1PZY A;  2EKS C;  2HEB A;  3BKH A;  3IJV A;  4B4J A;  2IHL A;  3M3U A;  1CKG A;  4PGJ B;  2YBH A;  4H8X A;  1JKB A;  3B6L A;  1XFP L;  1UIF A;  3J4G A;  1TCY A;  1AT5 A;  2MEB A;  4YM8 A;  3LYZ A;  4GN4 A;  4TX7 A;  1UIC A;  5KXY A;  2MED A;  2W1Y A;  5C6I A;  4LZT A;  2YSS C;  3SP3 A;  2Q0M X;  2DQH Y;  3TMV A;  1LSZ A;  2BAA A;  193L A;  1LZE A;  4NGY A;  4DDB A;  5KXO A;  1JHL A;  1GF5 A;  2BQH A;  4OWC A;  1A4V A;  1IP7 A;  2LYM A;  2X0A A;  4YOP A;  3CSQ A;  2ZIK A;  1YAP A;  1RE2 A;  3A96 A;  2FYD A;  4HPE A;  1IP3 A;  1LPI A;  3E3D A;  4WG1 A;  1LJI A;  5I5Q A;  4NWH A;  1JIS A;  3RU5 A;  1YIL A;  2LHM A;  2Z19 A;  3B0I A;  2Y8P A;  4M6D A;  4E3U A;  1HEN A;  3N9C A;  1IWZ A;  4WM5 A;  1LSP A;  1XGU C;  1TAY A;  4OWA A;  1UIG A;  1YAO A;  5HMJ A;  1OUI A;  1UCO A;  4KT3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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