6LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 6lzmA00
2OE7X 4S0WA 1G0JA 4W58A 1L96A 2B6WA 1G0PA 175LA 3CDOA 1C6QA 214LA 3GUMA 198LA 1L20A 1L31A 1QTZA 4YX7C 128LA 230LA 4EKRA 1L07A 1L18A 3C7WA 250LA 1L53A 3CDRA 159LA 3EMLA 187LA 2Q9DA 1PQKA 104LA 1L67A 4I7TA 3F8VA 110LA 4YXAC 1CV6A 1L09A 1L10A 3C81A 3SB9A 1L38A 249LA 157LA 1L92A 1LYHA 1QUOA 240LA 2B6XA 1L75A 186LA 1QTDA 1C6LA 1L37A 1D2WA 4I7PA 1L40A 1CU5A 1QTCA 1KNIA 164LA 1P46A 1D9WA 3C8QA 1L91A 2ANXA 113LA 1C67A 251LA 4ARMA 1QUGA 2NTGA 4K5YA 3C8SA 3NY9A 177LA 1L62A 2LCBA 3RZEA 3V2WA 2RAZX 162LA 1L06A 184LA 1P5CA 1QTHA 3C82A 1OV7A 1L34A 4EKQA 3GUOA 1P2LA 1C6HA 1L63A 146LA 231LA 1L29A 1L03A 233LA 3HT9A 4I7LA 4LDLA 151LA 1L45A 1SX7A 1LYDA 219LA 1D3MA 216LA 176LA 145LA 152LA 1CV1A 1P36A 1P7SA 4W59A 1C6PA 1LGXA 3L2XA 3FA0A 1LI6A 2B75A 3SB8A 107LA 1KY1A 182LA 1L60A 1QT4A 1PQIA 1LI3A 3PBLA 148LE 1C6DA 4I7SA 1D3FA 2B70A 1OYUA 1L23A 261LA 3DN4A 1C6BA 103LA 1CUQA 1QTVA 1LLHA 1DYCA 2Z6BA 2B6ZA 2B6YA 3C7YA 4W51A 1L47A 247LA 2F2QA 161LA 169LA 1L0JA 1D3JA 1CVKA 167LA 1L48A 234LA 1ZWNA 131LA 126LA 170LA 1SWZA 1LPYA 212LA 225LA 1L66A 2F47A 3D4SA 1KS3A 1L24A 3PDSA 192LA 1C6AA 1P6YA 3DMZA 1G07A 1P64A 1WTHA 218LA 1L49A 1G0QA 1P56A 1L68A 2Q9EA 1P37A 3DN8A 3L64A 1L05A 2B72A 1LYEA 1PQJA 1NHBA 1L12A 1L93A 166LA 1SSYA 1CU2A 1L44A 3SN6R 1C61A 3HTBA 3HUAA 1KY0A 1CU3A 178LA 245LA 2LZMA 1L80A 1L61A 253LA 215LA 2HUKA 4ZPUA 3GUIA 260LA 1L13A 2LC9A 3UONA 160LA 1C6CA 112LA 1DYDA 2RBOA 1LWKA 1L16A 4W56A 1L11A 3HH6A 3OE9A 2F32A 129LA 2OEAX 2B74A 3NY8A 3NYAA 1L94A 205LA 2RB0X 120LA 1I6SA 2RBRA 4EXMA 4IAPA 139LA 1L14A 3F9LA 3ODUA 1L22A 1CU0A 2RB2X 1LYIA 1PQMA 3HDFA 3DMXA 1L55A 1OWYA 244LA 255LA 3G3XA 1QT7A 256LA 3DMVA 3HTDA 1L26A 158LA 1G06A 1L84A 4GBRB 1QT8A 1SX2A 3HH5A 4ARMB 4AQNA 1QT3A 4EKPA 4ARPA 4W53A 1L41A 1QT5A 2O4WA 1CV3A 1XJTA 3FI5A 2B7XA 6LZMA 2OU9A 2O79A 1CV5A 4ARJA 1L70A 1L17A 1L90A 2RB1X 2RBQA 1L04A 1L88A 188LA 1CX7A 1C6IA 122LA 3HH3A 4W54A 1L64A 1C6JA 232LA 4PJZA 3SB6A 210LA 248LA 258LA 2B6TA 3FADA 3HDEA 211LA 252LA 4W52A 1L36A 1C6NA 1L19A 1C68A 4DAJA 140LA 1C63A 3HUQA 190LA 1C6KA 1L54A 200LA 172LA 3C83A 2HUMA 1CV0A 3HUKA 1LI2A 4GRVA 1L46A 108LA 1CTWA 1L43A 4ARQA 130LA 125LA 1L73A 254LA 1OV5A 4I7RA 1G0GA 3C80A 220LA 147LA 3DKEX 1P2RA 222LA 1SSWA 1C60A 4DKLA 1L08A 5I14A 3CDQA 239LA 3HU8A 1DYGA 1L74A 1G0KA 2RBSA 209LA 2OE4X 1KW5A 4I7NA 4I7QA 1L65A 3OE8A 2RBNA 224LA 1L57A 1L72A 3DN6A 1T8FA 3DN0A 1T8AA 1L81A 3SB5A 3C7ZA 1L01A 1L25A 173LA 1DYBA 4PK0A 1CX6A 7LZMA 171LA 181LA 2HULA 1L0KA 3DN2A 1KW7A 143LA 221LA 1DYFA 1L30A 201LA 1TLAA 238LA 1L28A 1L42A 3DN3A 4ARLA 3HWLA 2QB0B 3DN1A 227LA 1JTNA 144LA 127LA 1T8GA 4W57A 165LA 1L32A 3HU9A 3QAKA 114LA 1L86A 4LDEA 156LA 2OE9X 4I7JA 196LA 1LYJA 3SB7A 1EPYA 4DJHA 1CV4A 1L02A 4E97A 3RUNA 1L79A 1L27A 1G1VA 4LZMA 3SBAA 1L97A 2OTYX 4LDOA 1QUHA 1C69A 236LA 241LA 262LA 1L82A 115LA 2OU0X 259LA 1C6EA 102LA 3GUKA 1QS5A 243LA 1ZURA 1QUDA 1QS9A 3C8RA 1LWGA 5LZMA 2O7AA 1PQDA 109LA 1JTMA 2L78A 3OE0A 3G3VA 199LA 185LA 4EPFA 3GUNA 189LA 1CU6A 1C65A 2IGCA 3SBBC 1L35A 4OO9A 1L51A 1C66A 163LA 1XJUA 242LA 3GUJA 2RBPA 246LA 2RAYX 1PQOA 1L33A 1L71A 235LA 1D3NA 213LA 1G1WA 1L15A 223LA 1T6HA 1JQUA 2OTZX 3CDTA 2B73A 1L76A 1L83A 1XEPA 123LA 1LYGA 1L87A 1ZYTA 228LA 4YXCA 1C6FA 1L56A 257LA 174LA 3HT7A 1L50A 1SWYA 119LA 1L39A 1L98A 237LA 168LA 1G0MA 1LW9A 3HTFA 142LA 4EJ4A 3JR6A 197LA 1L89A 1L99A 1D2YA 1LYFA 229LA 1C6GA 3HH4A 1G0LA 149LA 1C6TA 4I7KA 4ARQB 3VW7A 3DNAA 1LGWA 2ANVA 137LA 1T97A 1CUPA 1L59A 2RH1A 3HTGA 138LA 183LA 1DYAA 1P3NA 1L69A 1QSQA 1C62A 1L52A 150LA 1C64A 226LA 3K2RA 3HT8A 1L85A 1QTBA 4EPIA 3OE6A 4EKSA 191LA 195LA 4I7OA 1OVKA 3V2YA 2CUUA 1L58A 118LA 155LA 2OU8A 1QT6A 3CDVA 111LA 1OVJA 2QARC 217LA 3LZMA 1L00A 1OVHA 3GUPA 2NTHA 3HT6A 1B6IA 1L95A 4I7MA 180LA 3G3WA 1QSBA 1K28A 1L77A 1LGUA 1C6MA 3GULA 2A4TA 4W55A 206LA 1DYEA 1L21A 1OWZA 141LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AUBA 1FBIX 2B6WA 1LSZA 3GUMA 4WLYA 2CGIA 1IP1A 3N9EA 4J1BA 4EKRA 4NG1A 4NWHA 1NBZC 1L53A 159LA 2MECA 2Z18A 4I7TA 2Z19A 4WL7A 1GPQC 110LA 4WMGA 1HEOA 4L41A 1L09A 240LA 1LTMA 3CT0A 1L75A 1AT5A 1NKHA 1QTCA 4N1CC 1P46A 1JSFA 3ATOA 1BB4A 4YOPA 4ARMA 1FLQA 1QUGA 4LT0A 3C8SA 3NY9A 177LA 2LCBA 1OUFA 2BQAA 1HELA 2LZ2A 2BQJA 1OUHA 1OV7A 2EPEA 4HTNA 1P2LA 1L63A 3TMXA 146LA 1REZA 1OQMA 1O23A 4ET9A 3WU8A 3RT5X 1L45A 1SX7A 1IWXA 1D3MA 4DDAA 134LA 152LA 1CV1A 3WYHA 1P7SA 1XEIA 1CNSA 1FLWA 2MEDA 1GHLA 1LGXA 4DQ5A 1TAYA 1LSBA 4DD2A 1DKJA 1V7TA 1IR9A 3CB7A 4CGEA 3TXEA 1C6DA 1PS5A 1QSWA 1GFKA 3DN4A 1C6BA 4XJFA 3T36A 1LSEA 103LA 1CUQA 1JPOA 2DKVA 1LLHA 3C7YA 1GE4A 1L47A 2F2QA 169LA 1LJGA 4CFPA 2BQGA 1D3JA 1CVKA 1L48A 4PHIA 131LA 126LA 170LA 1KIPC 4R6CA 1LPYA 3W6AA 2F47A 4XJDA 1HFZA 1KS3A 1CKHA 1L24A 1G07A 1P64A 5F81A 3A91A 2W1MA 1P37A 3L64A 4YEOA 1KXWA 2BAAA 4DD9A 5LA5A 4KXIA 1LYOA 5L3IA 4WM2A 1L61A 1CKFA 1CKCA 2ZIKA 3UONA 1DYDA 5APEA 1L11A 3HH6A 3OE9A 1OUBA 1LZGA 129LA 3KAMA 2OEAX 3NY8A 1L94A 4DD3A 1I6SA 5DN5A 1IP5A 4H8ZA 1LSDA 3P64A 1XGTC 2DBTA 244LA 256LA 4HPEA 158LA 1QT8A 2D91A 4AQNA 2G4PA 2BPUA 4NY5A 4EOFA 1HSXA 4B4IA 2B7XA 3RU5A 1L70A 1B2KA 2H9JA 5KXXA 2G4NA 1OUAA 1FKVA 1L88A 1LSGA 122LA 3HH3A 5B05A 232LA 4NIJA 4PJZA 3SB6A 210LA 258LA 3FADA 3HDEA 1L36A 1LZ8A 4RW1A 1C68A 4W96A 4DAJA 1GWDA 2YBLA 190LA 1C6KA 4H8YA 3C83A 4BADA 1LZ6A 1GF6A 3HUKA 125LA 1L73A 3TMUA 1OV5A 1G0GA 3DKEX 1P2RA 4PJ2C 3OK0A 4NGIA 135LA 1HMKA 3HU8A 2YBMA 3LYOA 1L65A 2F2NA 224LA 1L57A 1L72A 4GLVA 1T8FA 1L81A 4OWEA 3C7ZA 2A7FA 1KW7A 2YVBA 1RE2A 3W3EA 221LA 4NSIA 1IWWA 201LA 1GBZA 2HEAA 238LA 2ZILA 5L9JA 2BQHA 3HWLA 227LA 1IWZA 1CJ8A 1TEWA 127LA 1T8GA 2BLXA 5F9XA 5C6LA 1LPIA 3LZTA 4ZFPA 5KXRA 1L02A 4E97A 2ZYCA 4OWHA 1L79A 1LZEA 1QSAA 4FDYA 2XJWA 1HHLA 5FELA 1BB7A 259LA 133LA 4YF2A 2EQLA 1B7RA 3GUKA 2IHLA 1G7IC 1BHZA 4NGKA 3TXFA 1QUDA 1GBWA 1GF0A 4G4BA 3OE0A 199LA 193LA 189LA 1CU6A 2EKSC 1L35A 1P2CC 1GXV2 163LA 2RBPA 5I53A 1JKCA 5D5FA 2BQFA 1G1WA 1LZTA 1L15A 223LA 3WXUA 5HNCA 4DWXA 2B73A 1L76A 1L83A 2DQIY 1YKYX 1LSFA 4ETBA 3HT7A 174LA 3LHMA 1L50A 4PPOA 1XSFA 237LA 168LA 1LW9A 1DI3A 1EQEA 1LMNA 3HTFA 3JR6A 4IATA 1L99A 1D2YA 3IWRA 1HFYA 4MCKA 3HH4A 1C6TA 4I7KA 2BQBA 3EMSA 3DNAA 2ANVA 137LA 4AXTA 3HTGA 1RCMA 1HEMA 3WVYA 4MR1A 2BQNA 1QSQA 1LHHA 4G4CA 4Z98A 1L52A 150LA 3HT8A 1REXA 1L85A 1QTBA 4EKSA 191LA 5IDDA 195LA 3AGHA 1LHIA 1L58A 1BWIA 3B0OA 1LJEA 1LMOA 1JIYA 1UBZA 3CDVA 4X3BA 7LYZA 1JJ3A 1C08C 4WM4A 5D5CA 180LA 1C6MA 1BB6A 1XEJA 2ZQ4A 4YEMA 1LHJA 3A67Y 4S0WA 3IJVA 5FSTA 1G0JA 2HUBA 3CDOA 198LA 1B7PA 1L20A 4YX7C 1DI5A 230LA 2I6ZA 5A3ZA 1GBXA 1GB7A 3AZ6A 3C7WA 1J1PY 3CDRA 4OWBA 3EMLA 187LA 104LA 3J6KA 4ETEA 1LKRA 2W1XA 4YXAC 1CV6A 1B7MA 1L10A 1D9UA 1L38A 157LA 4NSGA 5IHGA 1QTDA 4I7PA 1CU5A 1KNIA 1FDLY 4H1PA 2ANXA 113LA 3K3TA 1JHLA 2YBIA 2YDGA 2RSCA 1GB8A 2B5ZA 3RZEA 1FN5A 3WUAA 4HPIA 1L06A 1P5CA 1ZVHL 3C82A 4EKQA 3ZEKA 1IOQA 1UIFA 2C8PA 1H87A 4LDLA 4GCCA 5KKJA 1WQMA 1NHEA 1JJ0A 4H9IA 4B4EA 3CT5A 4Z46A 176LA 1P36A 3TMVA 4BAFA 4W59A 3L2XA 2XBRA 5LVHA 1LSAA 2HEEA 1QT4A 4B4JA 1LZNA 1BB3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2AUB A;  1FBI X;  2B6W A;  1LSZ A;  3GUM A;  4WLY A;  2CGI A;  1IP1 A;  3N9E A;  4J1B A;  4EKR A;  4NG1 A;  4NWH A;  1NBZ C;  1L53 A;  159L A;  2MEC A;  2Z18 A;  4I7T A;  2Z19 A;  4WL7 A;  1GPQ C;  110L A;  4WMG A;  1HEO A;  4L41 A;  1L09 A;  240L A;  1LTM A;  3CT0 A;  1L75 A;  1AT5 A;  1NKH A;  1QTC A;  4N1C C;  1P46 A;  1JSF A;  3ATO A;  1BB4 A;  4YOP A;  4ARM A;  1FLQ A;  1QUG A;  4LT0 A;  3C8S A;  3NY9 A;  177L A;  2LCB A;  1OUF A;  2BQA A;  1HEL A;  2LZ2 A;  2BQJ A;  1OUH A;  1OV7 A;  2EPE A;  4HTN A;  1P2L A;  1L63 A;  3TMX A;  146L A;  1REZ A;  1OQM A;  1O23 A;  4ET9 A;  3WU8 A;  3RT5 X;  1L45 A;  1SX7 A;  1IWX A;  1D3M A;  4DDA A;  134L A;  152L A;  1CV1 A;  3WYH A;  1P7S A;  1XEI A;  1CNS A;  1FLW A;  2MED A;  1GHL A;  1LGX A;  4DQ5 A;  1TAY A;  1LSB A;  4DD2 A;  1DKJ A;  1V7T A;  1IR9 A;  3CB7 A;  4CGE A;  3TXE A;  1C6D A;  1PS5 A;  1QSW A;  1GFK A;  3DN4 A;  1C6B A;  4XJF A;  3T36 A;  1LSE A;  103L A;  1CUQ A;  1JPO A;  2DKV A;  1LLH A;  3C7Y A;  1GE4 A;  1L47 A;  2F2Q A;  169L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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