7LYZA

Protein model building by the use of a constrained-restrained least-squares procedure
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Protein Model Building by the Use of a Constrained-Restrained Least-Squares Procedure
pubmed rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 42
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1977-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 7lyzA00
1B2KA 1LHJA 2H9JA 1OUGA 1BHZA 4YF2A 4W96A 4WM2A 4P2EA 4ETAA 1BB6A 1GB5A 1GB6A 3B0OA 2YBHA 5KXSA 3W3EA 1HELA 1IWTA 4R0FA 5FHWA 4AGAA 3CT5A 4DYGA 1B0DA 1DPXA 2ZIKA 1OQMA 4RW1A 3TXFA 1W6ZA 4ETDA 1SQ2L 4B4IA 5APCA 1JJ0A 3WUNA 2CWIA 5KKJA 1WQPA 3N9EA 132LA 4HJZA 1NQIA 4YENA 1C7PA 5LVGA 3EMSA 4LT0A 1IR7A 1HERA 1GDXA 2HUBA 1LZ8A 2WARA 4XJFA 3ZVQA 2MEBA 4WLDA 1C10A 2VB1A 1REMA 2D4KA 1IVMA 2ZNWY 1LZYA 4J7VA 4HSFA 154LA 1LHIA 3W6DA 1BB4A 1LKSA 4NG8A 1VFBC 4H9AA 4L41A 4KXIA 1VDQA 4XJGA 5B59A 4NGOA 4PRUA 1W08A 3WU9A 4BADA 1FKVA 2YVBA 4TSBA 5A3EA 2DQGY 1GXV2 1RE2A 1WTNA 4N9RA 4OWBA 4EMNA 4G49A 1IIZA 4NSIA 5I53A 1GB8A 1GWDA 2D4IA 2YBMA 2BQCA 3ATNA 4NGZA 2BQLA 3FI7A 1UBZA 3TXDA 3W6FA 1F6SA 4NGJA 4NIJA 4NHSA 1G7MC 1KXXA 5KXRA 1LPIA 208LA 193LA 4GN4A 2HTXA 5KJ9A 1NHEA 1JUGA 4NGLA 1F10A 4WL7A 3ULRA 1G7IC 1CJ7A 1GBOA 1GFKA 1JTOL 4H1PA 5LAGA 1LSBA 1HEMA 1HEQA 2DQIY 2Z2EA 1G7HC 1CJ6A 1GHLA 5KXLA 1HEOA 3ZVQB 4H8YA 4LYOA 2LYOA 1XGPC 3LYOA 134LA 1GAZA 1GBXA 2G4PA 1IC5Y 5LYTA 4Z98A 1JISA 4HPEA 1LSGA 3A3QA 3VWOA 4QEQA 1LMCA 1GF5A 2N5ZA 4G4BA 1HSWA 1KIQC 4C5FA 2HECA 1LZEA 4LYCA 4NG1A 4ET8A 4RLNA 7LYZA 2LZTA 1C43A 1J1XY 3GXKA 133LA 4G9SA 3K3TA 2F4AA 1DZBX 1JKDA 1B5YA 2DQHY 4X3BA 5E9RA 5C6JA 1IC7Y 4YEMA 1NBYC 1LMQA 4H9EA 4DWXA 1BB7A 4XN6A 1WQRA 3B0KA 1VDTA 2FYCA 4KPMA 4HPIA 2YBNA 3G3BB 3TXEA 4LGKA 2DQDY 2XBRA 5ILCA 2MEGA 4I8SA 2BLYA 4ZEEA 1YAMA 1LMAA 3IWRA 1BWHA 2F4GA 1GXXA 1HNLA 1YROA 1QTKA 3AGHA 1QDRA 5I5QA 1GFGA 4WM6A 4CJ2A 1CKGA 5FEKA 4H91A 3B6LA 1B5VA 3FE0A 4WM4A 1I56A 1GAYA 2MEEA 1A4VA 5HQ1A 4H9BA 6LYZA 3TMVA 1MLCE 4N1CC 3P4ZA 1GDWA 2F30A 3TXKA 3A96A 1YL0X 3A91A 1B7RA 1GFRA 2LZ2A 1JIYA 1TBYA 1LSPA 1HC0A 4NHTA 3LZ2A 4WO6A 4GCCA 4LYMA 4ANRA 4NGWA 1GF4A 1H6MA 4OOTA 4B1AA 1QUSA 2ZIJA 4DD3A 3LHMA 1HSXA 1IP5A 5EBHA 3W6BA 5K7OA 1GF0A 2IFFY 1QSAA 2W1XA 2XBSA 1WVVA 4H9CA 5LAFA 1XGRC 1GB9A 1NKHA 2DQCY 4HJVA 1CNSA 4HP0A 4WL6A 1XGTC 3LN2A 4IATA 4IJ4A 4FJRA 3A8ZA 4OOOA 3CT1A 4YOPA 1CJ8A 4NWEA 4C3WA 2FYDA 1LHMA 1IR9A 3AGIA 4RLMA 1JHLA 1ZMYL 5DN4A 1QUTA 5DN5A 4DD9A 4NWHA 1GEZA 1I20A 1XGQC 1IY4A 1OUEA 3WXTA 2CJLA 1JEFA 3D9AC 4XJHA 2BQJA 1A2YC 1LZ1A 1AT6A 2EIZC 1YILA 5APDA 4LFPA 1TEWA 4LYZA 4XENA 5IELA 2W1YA 5F14A 1T6VL 4WLYA 1GFAA 1LYYA 2ZILA 2YSSC 4HV2A 1GB3A 3LYMA 4BS7A 5LVJA 1OUAA 2Z12A 2BQOA 1OUBA 1DI4A 1XEIA 1JKBA 5KXPA 4NHQA 1H87A 2EKSC 5FCPA 4GCEA 4MSTA 4GLVA 2BLXA 1NBZC 1IP1A 4W94A 1BWIA 2BQNA 5JENB 1EQ4A 2D91A 2FBDA 2I26L 5B06A 1REZA 2YBIA 3AZ4A 1DQJC 4G4HA 2MEHA 1GBSA 1YAPA 2EQLA 1GBZA 1LJGA 1GF9A 3WPLA 1UA6Y 3ATOA 3QE8A 1IWXA 4OWAA 1JJ3A 1LZRA 4NY5A 4GCDA 5B07A 1G7LC 1OP9B 2ZQ4A 4UWVA 1B7OA 4NHPA 2H9KA 2IHLA 1TDYA 4ETBA 4WOAA 1B5ZA 3LZTA 2DQAA 4A7DA 1UACY 1QTEA 1QQYA 4TSCA 4H8XA 1LSFA 1LSZA 4DD2A 2ZQ3A 6LYTA 5LIOA 4B4JA 1DKJA 1IY3A 4CGEA 1IX0A 3TMWA 3WPJA 5T3FA 4M4OA 1ZVHL 1IWUA 1B9OA 4H9HA 1FKQA 1KIPC 1MELL 2A7FA 1IP3A 3CSRA 4RDSA 4WMGA 1B5UA 1P2CC 2MEIA 4B0DA 4CHXA 1LSMA 4DD0A 4E3UA 2HU1A 3P68A 3T6UA 194LA 3N9AA 3AZ7A 4OWEA 1IOCA 1ZV5L 1LSAA 2RSCA 1VEDA 3AJNA 3AYQA 5LINA 1DPWA 2YBJA 3HBDA 1LSEA 2Z2FA 3CT0A 4NHIA 3RT5X 3ZEKA 1AM7A 2BQGA 1J1PY 4NSJA 5I4YA 2DKVA 1IOQA 1J1OY 1LZDA 1LYOA 1XEKA 2D4JA 3J6KA 5D5CA 5E4PA 5L3IA 5LYMA 1LJKA 1NWGA 2Z38A 4O34A 4XADA 4OWHA 4XJDA 1GEVA 1O23A 1B7MA 1BWJA 3WVYA 1D6PA 4IASA 1LZ5A 3IJVA 2XTHA 4HTKA 1IWZA 3WUAA 1YKZX 2NWDX 2GV0A 2ZYPA 4GN3A 4NFVA 1BVKC 2DQJY 4CFOA 1XFPL 3HBEX 5C6IA 1DKKA 1NMMA 2BQAA 1I1ZA 3A95A 1LHHA 2C8OA 1LJIA 2BQFA 3LYTA 5IDDA 4B49A 5F81A 1JTTL 9LYZA 3RW8A 2CGIA 4MCKA 4U3XB 2HEBA 4TTDA 1LJHA 1YL1X 5LXWA 1LJNA 1YAOA 4R6CA 1QDTA 1UIEA 2BQBA 2BQMA 2DQFC 2MEFA 4FDYA 3TXJA 3IJUA 1EL1A 4YM8A 1IP6A 1GE2A 1IP4A 1REYA 1LSDA 1WQOA 8LYZA 4XYYA 3HFMY 1GPQC 4KT3A 5KY1A 2W1LA 2LYMA 4QGZA 1UIFA 5B05A 3MGWA 1C46A 5HNCA 1IOTA 3A6BY 4LZTA 2MEAA 1OUIA 1KXYA 4HV1A 2B5ZA 2BQIA 2Y8PA 4H9IA 4J1AA 1LMTA 4UWNA 3EBAB 4WM3A 1KIRC 4N1EI 4XJBA 4RW2A 1YANA 5KXZA 1CKDA 3M18B 2BQHA 4NGIA 1D9UA 1IOSA 5HMJA 3WYHA 1TAYA 1PS5A 4J0LA 4AXTA 1LJ4A 5A3ZA 1CJ9A 5KXMA 1SLYA 2A7DA 4GCFA 1JKCA 1GFUA 4OWCA 5IHGA 1GD6A 1LYZA 1D0LA 1LSNA 1JKAA 4LT2A 4WLXA 3WPKA 4HJYA 1UUZC 4DT3A 3KAMA 1JJ1A 1DI3A 1C45A 5F9XA 4ML7A 4NSHA 1LZTA 2Z37A 2HU3A 1LOZA 2ZYCA 4WM5A 1LZCA 1LHLA 5LVHA 5I4XA 4ET9A 1LJFA 4LYTA 3A6CY 4PHIA 3BKHA 1LZ6A 3P66A 1WQMA 1RJCB 3B72A 1AKIA 5FELA 2I25L 3W6EA 1UIDA 1YIKA 1B7NA 1HFXA 1C08C 1RI8B 153LA 4H9FA 3WW5A 1OUJA 1HHLA 1JSFA 1CKCA 2PC2A 3G3AB 5KXOA 1RCMA 1ZVYB 1OUFA 2FBBA 4N0JA 3W6CA 2Z18A 3WULA 1GE1A 1UC0A 4J1BA 2BQKA 1B7LA 2F2NA 3A94A 1GFVA 1HMLA 3WW6A 4DD1A 1E8LA 5ILFA 5KKIA 1VAUA 1IP7A 1D6QA 1OUDA 4N8ZA 5DM9A 5DL9A 5LYZA 1YKYX 1EQEA 4UWUA 1LZBA 2MECA 3TXHA 3EXDA 1B7QA 4H94A 3WMKA 2H5ZA 1BVXA 4XJIA 3AZ6A 1XGUC 5KXNA 3A92A 1F6RA 3P65A 4TX7A 1GF6A 1GF3A 4G4CA 4PRQA 1GB2A 3D3DA 3M3UA 135LA 5HLLA 3CSQA 4EOFA 1OUHA 2YBLA 5LA8A 2C8PA 1V7TA 2ZNXY 3CQLA 1NDMC 1GFHA 1WVUA 1JSEA 3RNXA 2Z19A 1QIOA 1WTMA 1XEJA 1LKRA 4H92A 3A34A 3E3DA 4N5RA 5FSTA 1GE3A 4BAPA 1LCNA 4DDCA 1VDPA 1INUA 1IC4Y 1REXA 4Z3MA 1B5XA 1LSYA 3CB7A 1V7SA 3TXGA 2HEFA 1IO5A 1CKHA 4BAFA 1BQLY 4ZIXA 3WH1A 2YDGA 5LVIA 1IORA 1IWYA 1B5WA 1LMNA 2HEAA 4NGKA 1VDSA 3OJPA 1BGIA 1JWRA 3T36A 1GE0A 2D6BA 1LZ9A 1GBYA 5L3HA 3A90A 1LZAA 3A67Y 4LYBA 3TMUA 3WU8A 5I4WA 5LA5A 4H8ZA 2MEDA 1JITA 1GBWA 1HEPA 4KL7A 4PJ2C 2HEDA 4M6DA 2EPEA 3WL2A 1XSFA 3A3RX 4DDBA 3WUMA 3WXUA 4Z41A 3AW6A 4LT3A 4DDAA 3GXRA 2G4NA 4DD7A 4HTNA 1FLYA 1LSCA 4GLAA 5I54A 5KXWA 3RZ4A 1BB3A 1HEWA 4H90A 4Z46A 3TXIA 1GFJA 1LAAA 1LZGA 1FN5A 4NGYA 4TWSA 4NEBA 3WVXA 1LTMA 1F0WA 3QNGA 1QSWA 5C6LA 1GFEA 5KXKA 3LYZA 3EO5A 1HF4A 1IWWA 3CSZA 5KXXA 4WG1A 1IEEA 4WO9A 5II3A 3AZ5A 5AMYA 3P64A 1CKFA 1GF8A 3J4GA 1GB0A 5B1FA 5KXTA 3QY4A 1G7JC 1JPOA 5APFA 3F6ZA 207LA 3AGGG 2BPUA 1IP2A 1GB7A 2HEEA 1YKXX 2DQEY 3OK0A 1UIAA 1FLWA 1GF7A 1OUCA 1LJJA 1HFZA 1UIHA 1UICA 3BKVA 5M1YA 1LJEA 4H93A 4QY9A 2DBTA 1B7PA 1LYSA 5F16A 2X0AA 4HTQA 4LFXA 1T3PA 1UIGA 1LJ3A 2BQEA 1LZ4A 3WU7A 1LMOA 5B1GA 2BAAA 1WQQA 1HENA 2LYZA 5F9UA 1PZYA 1LZNA 2XJWA 2I6ZA 1KXWA 2CDSA 4WM1A 1YAQA 3TMXA 3N9CA 3HBHA 4TUNA 1NF5A 4DC4A 2G4QA 1GFTA 1HMKA 1DXJA 1FBIX 1JTPL 2LHMA 4ETEA 5J7CA 1IWVA 4LT1A 1IR8A 5LVKA 5L9JA 5HNLA 4GCBA 1FLQA 3A93A 3AW7A 1FLUA 5D5FA 1LMPA 1DI5A 4MR1A 1EQ5A 4I0CA 4OW1A 4YEOA 1B7SA 1Z55A 1YQVY 4NSGA 5KXYA 3SP3A 4ETCA 1TCYA 2Z39A 4QDNA 1ALCA 4WG7A 1LHKA 1N4FA 1D0KA 1D0MA 1UIBA 1VATA 4GN5C 5FDJA 4B4EA 1WQNA 3B0IA 1UCOA 2AUBA 2W1MA 4II8A 4NGVA 3TXBA 3AB6A 4PGJB 4CFPA 1RFPA 4ZFPA 1BB5A 4PPOA 4WLTA 1FDLY 4D9ZA 3W6AA 5HMVA 1AZFA 2Q0MX 3RU5A 1HFYA 2ZWBA 1NDGC 5DLAA 1LZSA 1AT5A 1GE4A 2BQDA 5APEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B2KA 1CU2A 2H9JA 4YF2A 1T8AA 4ETAA 1LYJA 2RBOA 2YBHA 3DMVA 1HELA 1IWTA 5FHWA 4DYGA 4ETDA 4B4IA 5APCA 3WUNA 1WQPA 3F8VA 1HERA 1GDXA 178LA 1C10A 2VB1A 3RZEA 1IVMA 2ZNWY 154LA 4NG8A 4L41A 1L18A 1VDQA 1L27A 1QUHA 1FKVA 1L55A 3SB5A 1L12A 4OWBA 1GB8A 2OE7X 4NGZA 3FI7A 3OE8A 3W6FA 1L07A 1C66A 1LPIA 4GN4A 1JUGA 1G7IC 1CJ7A 4H1PA 5LAGA 1HEQA 4EKQA 1G7HC 1CJ6A 3LYOA 2G4PA 1JISA 3A3QA 1C68A 224LA 1G1VA 1LMCA 1GF5A 4C5FA 7LYZA 3GXKA 213LA 1DZBX 1NBYC 4H9EA 4DWXA 1BB7A 3B0KA 176LA 3G3BB 3TXEA 189LA 3CDQA 1YAMA 1QT7A 1QTKA 2B75A 1C6HA 3AGHA 1CKGA 4H91A 1L71A 2ANVA 1A4VA 1L03A 4H9BA 6LYZA 1MLCE 1GDWA 1SWZA 3HDFA 5LZMA 1LI3A 4WO6A 4LYMA 1GF4A 4B1AA 4DD3A 1HSXA 1P7SA 1GF0A 1QSAA 1L28A 4EPIA 1GB9A 2NTHA 243LA 1QT3A 1L86A 1C60A 4IATA 4FJRA 4IJ4A 4OOOA 4NWEA 1L85A 1JHLA 1GEZA 1C6PA 1C6BA 3D9AC 2BQJA 3C7ZA 1YILA 5APDA 1OVKA 1TEWA 1GFAA 5LVJA 2BQOA 1L41A 1OUBA 4LDLA 1DI4A 1JKBA 2O4WA 3DN8A 1H87A 5FCPA 4MSTA 1IP1A 2BQNA 5JENB 152LA 2D91A 3L64A 2YBIA 3AZ4A 5B07A 1G7LC 1OP9B 1PQOA 1G0PA 2HULA 1L52A 1UACY 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B2K A;  1LHJ A;  2H9J A;  1OUG A;  1BHZ A;  4YF2 A;  4W96 A;  4WM2 A;  4P2E A;  4ETA A;  1BB6 A;  1GB5 A;  1GB6 A;  3B0O A;  2YBH A;  5KXS A;  3W3E A;  1HEL A;  1IWT A;  4R0F A;  5FHW A;  4AGA A;  3CT5 A;  4DYG A;  1B0D A;  1DPX A;  2ZIK A;  1OQM A;  4RW1 A;  3TXF A;  1W6Z A;  4ETD A;  1SQ2 L;  4B4I A;  5APC A;  1JJ0 A;  3WUN A;  2CWI A;  5KKJ A;  1WQP A;  3N9E A;  132L A;  4HJZ A;  1NQI A;  4YEN A;  1C7P A;  5LVG A;  3EMS A;  4LT0 A;  1IR7 A;  1HER A;  1GDX A;  2HUB A;  1LZ8 A;  2WAR A;  4XJF A;  3ZVQ A;  2MEB A;  4WLD A;  1C10 A;  2VB1 A;  1REM A;  2D4K A;  1IVM A;  2ZNW Y;  1LZY A;  4J7V A;  4HSF A;  154L A;  1LHI A;  3W6D A;  1BB4 A;  1LKS A;  4NG8 A;  1VFB C;  4H9A A;  4L41 A;  4KXI A;  1VDQ A;  4XJG A;  5B59 A;  4NGO A;  4PRU A;  1W08 A;  3WU9 A;  4BAD A;  1FKV A;  2YVB A;  4TSB A;  5A3E A;  2DQG Y;  1GXV 2;  1RE2 A;  1WTN A;  4N9R A;  4OWB A;  4EMN A;  4G49 A;  1IIZ A;  4NSI A;  5I53 A;  1GB8 A;  1GWD A;  2D4I A;  2YBM A;  2BQC A;  3ATN A;  4NGZ A;  2BQL A;  3FI7 A;  1UBZ A;  3TXD A; 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 1CKF A;  1GF8 A;  3J4G A;  1GB0 A;  5B1F A;  5KXT A;  3QY4 A;  1G7J C;  1JPO A;  5APF A;  3F6Z A;  207L A;  3AGG G;  2BPU A;  1IP2 A;  1GB7 A;  2HEE A;  1YKX X;  2DQE Y;  3OK0 A;  1UIA A;  1FLW A;  1GF7 A;  1OUC A;  1LJJ A;  1HFZ A;  1UIH A;  1UIC A;  3BKV A;  5M1Y A;  1LJE A;  4H93 A;  4QY9 A;  2DBT A;  1B7P A;  1LYS A;  5F16 A;  2X0A A;  4HTQ A;  4LFX A;  1T3P A;  1UIG A;  1LJ3 A;  2BQE A;  1LZ4 A;  3WU7 A;  1LMO A;  5B1G A;  2BAA A;  1WQQ A;  1HEN A;  2LYZ A;  5F9U A;  1PZY A;  1LZN A;  2XJW A;  2I6Z A;  1KXW A;  2CDS A;  4WM1 A;  1YAQ A;  3TMX A;  3N9C A;  3HBH A;  4TUN A;  1NF5 A;  4DC4 A;  2G4Q A;  1GFT A;  1HMK A;  1DXJ A;  1FBI X;  1JTP L;  2LHM A;  4ETE A;  5J7C A;  1IWV A;  4LT1 A;  1IR8 A;  5LVK A;  5L9J A;  5HNL A;  4GCB A;  1FLQ A;  3A93 A;  3AW7 A;  1FLU A;  5D5F A;  1LMP A;  1DI5 A;  4MR1 A;  1EQ5 A;  4I0C A;  4OW1 A;  4YEO A;  1B7S A;  1Z55 A;  1YQV Y;  4NSG A;  5KXY A;  3SP3 A;  4ETC A;  1TCY A;  2Z39 A;  4QDN A;  1ALC A;  4WG7 A;  1LHK A;  1N4F A;  1D0K A;  1D0M A;  1UIB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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