7LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 7lzmA00
3DMZA 2LZMA 1L58A 1L09A 2RBOA 1KNIA 4W56A 1SSYA 1C6QA 1JTNA 1L10A 1C68A 219LA 1LPYA 1QT7A 2OU9A 3OE0A 1CX7A 1L66A 2HULA 1C6BA 1CV0A 1TLAA 1L29A 1L64A 1QUHA 1T8GA 3CDQA 167LA 4GRVA 3HDFA 1CX6A 150LA 1L51A 241LA 3CDVA 3FA0A 1L15A 2OE9X 3HUAA 231LA 1L87A 2ANXA 4ARLA 258LA 236LA 3V2WA 1L92A 115LA 1G07A 169LA 1QT6A 261LA 1T8FA 3GUOA 3DN6A 213LA 1C6TA 4DJHA 4PK0A 1L52A 1CUPA 4W57A 260LA 1C6GA 1G0MA 173LA 1OVJA 3C81A 2B6WA 1DYAA 1L03A 2B75A 2O4WA 3HU8A 1L44A 189LA 107LA 1L12A 1PQIA 234LA 183LA 2RB1X 4S0WA 4I7TA 3C8QA 2OEAX 1P46A 3NY8A 1L65A 1SSWA 1QSBA 1D3JA 3UONA 1I6SA 2Q9EA 1P36A 1L93A 3C7ZA 3LZMA 2LC9A 2HUMA 3HT9A 3DN4A 3SB8A 1C6HA 220LA 1L89A 4GBRB 1C64A 1C63A 1L77A 2HUKA 1L32A 3HTGA 1C6DA 4ARMB 177LA 1L75A 215LA 4W55A 170LA 1L61A 3SB9A 1L68A 229LA 3OE6A 1L16A 1L57A 138LA 1P56A 1C6MA 1LI6A 175LA 2O7AA 3HTBA 4LZMA 3HH6A 1L59A 128LA 253LA 152LA 1G0JA 1SWYA 1CU2A 3HH5A 1P2RA 1LYIA 2RBSA 1L05A 3GUMA 1LWGA 143LA 212LA 129LA 3HT7A 1DYEA 4ARQA 2B70A 198LA 1OYUA 3SB7A 2B6XA 1L01A 191LA 2ANVA 3K2RA 206LA 1L56A 1WTHA 1OV5A 3OE9A 2RBRA 1JTMA 2OE4X 1G0PA 3G3VA 1C6AA 1L04A 1L76A 1T8AA 1L14A 4EPFA 3HTDA 262LA 1L43A 1K28A 5LZMA 3GULA 1PQJA 196LA 126LA 2LCBA 140LA 4K5YA 103LA 1G1WA 232LA 1L54A 221LA 3F9LA 4YX7C 1LYHA 158LA 1PQOA 3CDTA 3EMLA 200LA 2NTHA 1QT4A 1L35A 259LA 1L37A 146LA 1G0GA 4I7JA 3SBBC 187LA 3C8SA 165LA 1P5CA 210LA 251LA 1L80A 163LA 1LYDA 1C6CA 1DYGA 2B6YA 1G06A 3JR6A 139LA 3GUNA 2A4TA 1XEPA 3HUKA 1JQUA 171LA 1LI3A 1PQKA 5I14A 250LA 1DYFA 1LYFA 4I7OA 1LW9A 1OWZA 1C6LA 1L28A 1L81A 1L55A 190LA 1L26A 1L24A 130LA 242LA 1CU6A 180LA 4I7SA 1ZWNA 1L06A 1PQDA 1L62A 4EKPA 1CU0A 1P7SA 1L30A 1L46A 2F47A 2B6ZA 120LA 159LA 184LA 110LA 1D2WA 7LZMA 209LA 256LA 4LDEA 122LA 1QSQA 4W58A 127LA 1PQMA 1L07A 230LA 2Q9DA 4IAPA 1CV5A 237LA 1L45A 1ZYTA 1L84A 3GUJA 1L60A 1L02A 1KY1A 4DKLA 1LWKA 3DN8A 1CTWA 205LA 214LA 3HUQA 108LA 1L99A 3HDEA 4W54A 186LA 178LA 4EKQA 1C6KA 176LA 1QTDA 1NHBA 4ARJA 1DYBA 3DN0A 4LDOA 1C62A 2OTYX 1L31A 6LZMA 225LA 223LA 1QTHA 227LA 1L17A 1EPYA 1L70A 1L48A 2B6TA 239LA 3C82A 254LA 1B6IA 1LYJA 2RAYX 1L00A 172LA 181LA 2OU0X 3CDRA 1L97A 3HT6A 1CVKA 2RBQA 1CV4A 238LA 1T97A 3DKEX 4YXAC 3DN3A 1G0QA 131LA 3DMXA 1D3MA 1SX7A 119LA 3HT8A 4W53A 1L85A 1L21A 1XJTA 1QS9A 174LA 1L79A 216LA 1QUDA 3C8RA 164LA 1L63A 1CV1A 188LA 1L25A 3GUIA 2B74A 112LA 1DYCA 1L73A 1L42A 233LA 3GUPA 111LA 3DMVA 3GUKA 2RAZX 1L36A 252LA 1D9WA 1G1VA 4I7PA 3PBLA 2QB0B 2IGCA 1KW5A 2RB0X 4AQNA 1QTCA 4EPIA 102LA 1LYGA 257LA 4ZPUA 1L88A 222LA 1LI2A 4I7LA 142LA 1L38A 1P6YA 2RBNA 4EKRA 2QARC 1CU3A 1L67A 1P37A 1C67A 3SB5A 217LA 1QT3A 3C7WA 4I7RA 149LA 1DYDA 168LA 4I7NA 244LA 211LA 4EXMA 4YXCA 1C69A 1L83A 114LA 1OVHA 1L22A 1L71A 3G3XA 1L0JA 3L64A 1L86A 4W59A 1D2YA 1L74A 157LA 1L11A 1QT8A 192LA 1LYEA 2L78A 1L69A 1G0KA 1L23A 4I7QA 4OO9A 4EKSA 2O79A 1LGUA 1KS3A 137LA 4ARMA 3HH3A 3D4SA 4DAJA 141LA 246LA 3HWLA 1L34A 1QS5A 1QTBA 4ARPA 201LA 1L82A 3HU9A 2Z6BA 1C6NA 4ARQB 1QUGA 113LA 4PJZA 1L0KA 1L08A 1L39A 166LA 1T6HA 1LLHA 255LA 3ODUA 1L91A 1P3NA 161LA 1D3FA 2B7XA 243LA 1L50A 1L47A 2B72A 218LA 155LA 1L19A 1C61A 3PDSA 1C65A 145LA 1G0LA 2F32A 3OE8A 125LA 118LA 1QTZA 3QAKA 1L90A 1L72A 3G3WA 1L98A 1C6FA 1D3NA 3L2XA 1P64A 2RB2X 2OE7X 1XJUA 1OWYA 1CU5A 248LA 3NY9A 151LA 3V2YA 1P2LA 2RBPA 3HTFA 104LA 1QTVA 1CV3A 1QT5A 195LA 4I7KA 3SBAA 1KY0A 2RH1A 1C6IA 3C80A 3FI5A 3HH4A 2OU8A 2OTZX 3FADA 3RUNA 162LA 1L95A 3SN6R 3CDOA 3DN1A 160LA 2CUUA 3RZEA 1LGWA 1QUOA 2F2QA 2B73A 109LA 245LA 4LDLA 1L41A 3C7YA 1C6EA 1CUQA 2NTGA 3F8VA 240LA 1L49A 3DN2A 4EJ4A 1L40A 4W51A 1C6PA 1SX2A 3SB6A 235LA 4W52A 1L18A 247LA 1CV6A 123LA 1L33A 1KW7A 1L27A 1OVKA 185LA 224LA 3C83A 182LA 1SWZA 1OV7A 4I7MA 228LA 1C6JA 1L13A 249LA 1L53A 3VW7A 1L20A 199LA 197LA 1C66A 4E97A 3DNAA 3NYAA 1C60A 144LA 148LE 1L94A 226LA 147LA 1L96A 156LA 1ZURA 1LGXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B7MA 1L09A 1SSYA 4OOTA 3WW6A 133LA 1JTNA 219LA 1GAZA 2DQJY 1JISA 4H9IA 1CX7A 3KAMA 2BLXA 1L66A 2HULA 4J1AA 1GF9A 1JEFA 1C08C 3A95A 1LJKA 1QUHA 167LA 2YSSC 150LA 2Z2FA 4GCEA 241LA 3CDVA 3FA0A 1HF4A 1L15A 1IP7A 1LZ8A 1L87A 2ANXA 4NIJA 1TBYA 236LA 2BQMA 1G7IC 1QT6A 1IP3A 261LA 3AGGG 1T3PA 3D9AC 1L52A 4XJDA 3LYZA 1OQMA 4W57A 1GB2A 2FBDA 5FCPA 1CKDA 1L03A 1PQIA 1D0LA 1WQPA 3TMWA 5I4YA 3C8QA 5LVIA 1GE4A 2OEAX 4MCKA 1L65A 1I6SA 1BQLY 4XJIA 1P36A 1OP9B 3C7ZA 1HELA 4NWHA 1HMKA 5DN4A 3HT9A 1BWIA 1LYYA 1YKXX 1GBOA 2I6ZA 3ULRA 2W1XA 1LMAA 1HSXA 138LA 1P56A 2O7AA 5ILCA 3HTBA 2MECA 1BB3A 253LA 1G0JA 1LJ4A 1P2RA 1UIBA 2RBSA 4NEBA 5DM9A 1GWDA 3W6BA 3ZEKA 143LA 2Z12A 5F14A 4MR1A 4DD7A 3HT7A 4YENA 3WU9A 3E3DA 2XBRA 5L3IA 2ANVA 1YIKA 206LA 1L56A 1OV5A 1B2KA 4BAPA 1T8AA 5C6IA 1OUAA 4EPFA 262LA 1L43A 5M1YA 5LZMA 196LA 2HEDA 4ML7A 103LA 4R0FA 4YX7C 1PQOA 5KXNA 4WM2A 2NTHA 1VDTA 5EBHA 1JITA 259LA 4OWEA 1PZYA 1L80A 4B0DA 1LYDA 1C6CA 1DYGA 1BWJA 4N1CC 2Z37A 1IVMA 1GF5A 3HUKA 4XJBA 1YKZX 2EIZC 1PQKA 1NF5A 250LA 1LYFA 1LW9A 1L55A 190LA 3P64A 3M3UA 2FYCA 1OUHA 2HTXA 1H6MA 1CU6A 3M18B 4DDCA 3W6EA 1L06A 1L30A 4HPEA 1JJ0A 2B6ZA 4N5RA 159LA 1AT6A 4DT3A 110LA 5IHGA 1QSQA 127LA 230LA 4IAPA 4G4BA 237LA 2BQOA 1LSAA 3GUJA 4A7DA 3T36A 4BAFA 3AZ5A 3WL2A 108LA 5DN5A 4W54A 4QEQA 4C3WA 5LXWA 1C6KA 176LA 1QTDA 5LAGA 1WQNA 5LA5A 2F4AA 1YAQA 5F16A 5LYTA 1C62A 2OTYX 1LPIA 4WM4A 1UACY 223LA 227LA 1L17A 2ZQ3A 4DYGA 4GN5C 1UIFA 1GFKA 3GXRA 1GB5A 239LA 1LYJA 1L00A 1JKBA 3QY4A 1RE2A 3HT6A 1B5VA 1D6QA 1IWXA 4G4HA 131LA 1LHKA 119LA 4RW1A 3RU5A 1XEKA 5KXMA 1L85A 216LA 3C8RA 2ZYCA 3A67Y 2D6BA 1LSPA 1CJ7A 3GUIA 1IC7Y 1F6RA 4H9BA 1L42A 3TMUA 4DD9A 111LA 1GFEA 1L36A 1T6VL 1EQEA 3PBLA 4WMGA 135LA 257LA 4KL7A 1IY3A 222LA 1GFHA 1UIDA 2CDSA 2H9JA 1C67A 3CSQA 3LZTA 3WPLA 1DYDA 168LA 4YXCA 5A3ZA 1REMA 1L74A 157LA 3WPKA 1LYEA 2L78A 1L23A 2D4IA 2IHLA 4OO9A 1LGUA 4DQ7A 1LJIA 1HENA 4DAJA 1HEMA 4YEOA 5FDJA 1L34A 1LHJA 1QDRA 1C43A 113LA 1TAYA 1B5UA 4GCCA 4XYYA 255LA 3ODUA 1P3NA 2B7XA 2GV0A 4WM1A 4WM3A 2XTHA 1LSDA 1L50A 4N1EI 1LHIA 4XN6A 3WUMA 1HEOA 1IWWA 1G0LA 3OE8A 125LA 4WLTA 1XGQC 2HECA 2LYZA 1C45A 3L2XA 1LZ4A 2RSCA 1YAOA 1OWYA 1DZBX 248LA 3AYQA 1I56A 4HJVA 151LA 3HTFA 104LA 1QTVA 5LAFA 4I7KA 5KXYA 3FADA 1CKHA 3TXIA 1XSFA 4N0JA 2CUUA 2F2QA 4NGZA 4H8YA 4LDLA 2HU3A 2D91A 4W94A 4LYZA 4WM6A 4H9AA 4NFVA 2EQLA 207LA 1YKYX 1B9OA 1GB7A 3SB6A 4O34A 1REZA 1L18A 4GCBA 2F4GA 1JPOA 2WARA 1UIGA 4NGLA 1OVKA 2D4JA 1SWZA 1VFBC 3TXHA 4I7MA 3AZ4A 1QIOA 3AW6A 3QE8A 3A92A 1C6JA 1LYOA 4H94A 2F30A 4AGAA 1OUEA 5C6JA 4AXTA 1ZURA 1LGXA 5T3FA 2LZMA 2DBTA 1KIPC 4KPMA 4W56A 4LT3A 1G7LC 4N8ZA 4M6DA 1OUGA 1LPYA 4DQJA 1WQMA 1LZYA 4QY9A 1KIRC 1SQ2L 208LA 2B5ZA 2MEBA 5LYMA 1CJ6A 5HLLA 1RI8B 1F6SA 1TLAA 5HQ1A 1L64A 1T8GA 1GF4A 4GRVA 3HDFA 1CX6A 3A3RX 3P68A 3CT5A 4ARLA 2BQBA 4BS7A 1L92A 1LZCA 1ZVHL 3CT0A 1G07A 2MEDA 1NKHA 1T8FA 1JHLA 3GUOA 213LA 4UWVA 4PK0A 4DJHA 1CUPA 1C6GA 3C81A 4H8ZA 4W96A 4LFPA 1PS5A 2B6WA 1DKKA 4WL6A 234LA 2YBHA 2BQKA 4UWUA 4I7TA 3AB6A 1CJ9A 4GCFA 1NDMC 1NDGC 3HBEX 1IP2A 3TMXA 4XENA 3A91A 3K3TA 2Q9EA 1KXYA 1L93A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B7M A;  1L09 A;  1SSY A;  4OOT A;  3WW6 A;  133L A;  1JTN A;  219L A;  1GAZ A;  2DQJ Y;  1JIS A;  4H9I A;  1CX7 A;  3KAM A;  2BLX A;  1L66 A;  2HUL A;  4J1A A;  1GF9 A;  1JEF A;  1C08 C;  3A95 A;  1LJK A;  1QUH A;  167L A;  2YSS C;  150L A;  2Z2F A;  4GCE A;  241L A;  3CDV A;  3FA0 A;  1HF4 A;  1L15 A;  1IP7 A;  1LZ8 A;  1L87 A;  2ANX A;  4NIJ A;  1TBY A;  236L A;  2BQM A;  1G7I C;  1QT6 A;  1IP3 A;  261L A;  3AGG G;  1T3P A;  3D9A C;  1L52 A;  4XJD A;  3LYZ A;  1OQM A;  4W57 A;  1GB2 A;  2FBD A;  5FCP A;  1CKD A;  1L03 A;  1PQI A;  1D0L A;  1WQP A;  3TMW A;  5I4Y A;  3C8Q A;  5LVI A;  1GE4 A;  2OEA X;  4MCK A;  1L65 A;  1I6S A;  1BQL Y;  4XJI A;  1P36 A;  1OP9 B;  3C7Z A;  1HEL A;  4NWH A;  1HMK A;  5DN4 A;  3HT9 A;  1BWI A;  1LYY A;  1YKX X;  1GBO A;  2I6Z A;  3ULR A;  2W1X A;  1LMA A;  1HSX A;  138L A;  1P56 A;  2O7A A;  5ILC A;  3HTB A;  2MEC A;  1BB3 A;  253L A;  1G0J A;  1LJ4 A;  1P2R A;  1UIB A;  2RBS A;  4NEB A;  5DM9 A;  1GWD A;  3W6B A;  3ZEK A;  143L A;  2Z12 A;  5F14 A;  4MR1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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